UNIDAD EXPERIMENTAL: Ambystoma mexicanum (ajolote)

¿De dónde se tomó la información sobre la unidad experimental?

La información fue tomada de la revista Trends in Genetics de Elsevier. Se trata de un
artículo elaborado por Brian J. Haas y Jessica L. Whited que data del 22 de junio de 2017.

¿De qué se trata el experimento?

El experimento trata del estudio sobre las capacidades altamente regenerativas que presentan
los individuos de la especie Ambystoma mexicanum, también conocido vulgarmente como
ajolote. El punto de utilizar esta especie para investigar las capacidades regenerativas estriba
en la similitud anatómica de las extremidades de estos animales con las de los seres humanos,
por lo que saber cómo se regeneran debería proporcionar pistas importantes para la medicina
regenerativa.

¿Qué busca con utilizar dicha unidad experimental?

Ya que la mayoría de los estudios sobre la capacidad regenerativa de las salamandras se ha
basado en los ejemplares de ajolote, se ha recurrido una vez más a éstos en el presente estudio
debido también a que su tiempo de generación es mucho más corto que el de otras
salamandras. Otra ventaja con la que se cuenta al utilizar dicho animal es que en los últimos
años se han realizado exitosamente la transgénesis y la edición del genoma del ajolote.
Con este experimento se busca estudiar células in vivo y conocer las funciones de los genes
involucrados en el proceso de regeneración de las extremidades. Esto se lograría utilizando
datos de secuencia para los genes de interés y un cribado amplio e imparcial de datos de
expresión específicos de tejido para conseguir un enfoque dirigido al gen candidato.
Se trata de ampliar la investigación que ya se ha hecho sobre la regeneración en ajolotes para
utilizar el ARNm de la regeneración de tejidos del ajolote como guía experimental con el fin
de descubrir los mecanismos de regeneración de las extremidades.
A la biblioteca de datos sobre el genoma del ajolote ya existente se busca incorporar también
la expresión genética del ajolote con contigs de las extremidades en regeneración: blastemas
de extremidades y colas, etapa embrionaria, cerebro, riñón, bazo, hígado, corazón, branquias
y gónadas.

Metodología
Uso de EST y microarreglos.
Debido a que es un estudio a nivel molecular y lo que se busca es conocer expresión génica,
a metodología utilizada consiste en el uso de microarreglos para descubrir las transcripciones
de regeneración. Esta metodología incluye la secuenciación y expresión de ARNm en ADNc.
¿Cómo se lleva a cabo? Se realiza mediante la clonación en masa de los ADNc para crear
una biblioteca y luego secuenciar insertos de ADNc, leyendo varios cientos de bases en los
extremos de las transcripciones originales.
También se han empleado técnicas de hibridación diferencial para evaluar la expresión
génica que puede ser la base de las capacidades regenerativas.
1. Se eligió el punto de tiempo único de cuatro días después de la amputación (blastema
temprano).
2. Se comparó la muestra con muestras de extremidades no amputadas en una pantalla
de hibridación sustractiva de supresión.
3. El cribado produjo 279 clones secuenciables que probablemente eran específicos o
muy enriquecidos en el blastema temprano.
4. De los clones secuenciados, sólo uno estuvo implicado previamente en la
regeneración del miembro del ajolote.
5. La hibridación sustractiva también condujo a la identificación de una molécula de
superficie celular crítica para instruir la polaridad próximodistal de la extremidad en
regeneración en tritones implicada en el mismo proceso en ajolote.

Otro estudio de microarreglos fue diseñado para descubrir transcripciones que están
enriquecidas en extremidades que experimentan una regeneración completa en comparación
con las extremidades que simplemente curan heridas laterales que no están experimentando
una regeneración completa de las extremidades. El estudio compara la expresión génica en
estos dos casos con la expresión génica en los brotes de las extremidades en desarrollo: las
excrecencias de tejido iniciales llenas de células progenitoras de las extremidades que
alimentan el primer desarrollo de la extremidad en animales inmaduros. Esto puede revelar
las diferencias funcionales entre cómo se desarrollan las extremidades y cómo se regeneran.
Conocer estas diferencias podría generar respuestas regenerativas en contextos que no serían
regenerativos, como en los humanos.

Transcriptómica
Se realiza con la finalidad de estudiar ARN-seq con genes altamente expresados y en aportes
muy bajos de ARN, esto es, la posibilidad de trabajar con cantidades mínimas de ARN y
genes muy expresados sin efectos de saturación.
Bibliografía
Haas, B. y Whited, J. (2017). "Advances in Decoding Axolotl Limb Regeneration". Trends
in Genetics, 33(8): 553-565. DOI: 10.1016/j.tig.2017.05.006