Módulos de apoyo. Metodología de la investigación.

Pubmed 2014

Metodología de la investigación
PubMed
¿Qué es PubMed?
El sistema de búsqueda PubMed ha sido desarrollado por la National Center for Biotechnology
Information (NCBI) en la National Library of Medicine (NLM) de Estados Unidos. PubMed permite el
acceso a bases de datos bibliográficas compiladas por la NLM: MEDLINE, PreMEDLINE (citas enviadas por
los editores, que aún no fueron indexadas), Genbak y Complete Genoma. Medline contiene subbases:
AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine,Core Clinical Journals, Dental Journals, Nursing
Journals, PubMed Central.
MEDLINE es la base de datos más importante de la NLM, contiene más de 22 millones de referencias de
artículos publicados en revistas biomédicas desde el año 1950. PREMEDLINE, una base de datos que
suministra datos básicos y resúmenes antes de que se añadan todos los campos en los registros
completos y sean incorporados a Medline. Cada día se introducen nuevos registros a Premedline, y cada
registro recibe un número de identificación PMID. Una vez que se les incorpore los términos MeSH y
otros datos de la indización, se suprimen de Premedline y se incorporan en Medline.

¿Cómo realizar una búsqueda básica en Pubmed?

Para iniciar la búsqueda en PubMed, introduzca el término o frase en el formulario de búsqueda y pulse
el botón search o la tecla enter. Si el término está compuesto por más de una palabra (ej. HIV
Seropositivy), PubMed automáticamente combina mediante el operador lógico (AND) los términos
introducidos utilizando el sistema de mapeo automático de términos. Por el contrario, si lo que
deseamos es buscar una frase, debemos escribirla entre comillas (ej. "rheumatic diseases"). Podemos
modificar nuestra estrategia de búsqueda añadiendo o eliminando términos en el formulario de
búsqueda, combinar términos mediante los operadores lógicos o booleanos (AND, OR, NOT) y truncar
términos. Adicionalmente PubMed ofrece un menú desplegable de sugerencias cuando se ingresan

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palabras y el cuadro Titles with your search terms, disponible después de una búsqueda.

Filters está disponible en el margen izquierdo y con él puede limitar la búsqueda. Haga clic sobre el término
para activar o desactivar el filtro. Puede hacer múltiples elecciones dentro de una sección. Use Show
Additional Filters para que aparezcan opciones adicionales de filtros incluyendo: especies (humanos o
animales), tipo de artículo, tema, idioma, edad, sexo y categoría de publicación. Un tilde indica un filtro
activado.

El mensaje Filters Activated aparece encima de los resultados y los límites permanecen activos hasta
que sean borrados (Clear all).

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Search Details está localizado en el margen derecho y muestra como PubMed realizó la búsqueda. PubMed
busca las palabras introducidas primero como términos MeSH, luego en los títulos, luego en autores y
finalmente en todos los campos. Search Details muestra como PubMed mapea los términos en los
encabezamientos MeSH. En el cuadro se pueden hacer cambios a la búsqueda; luego debe hacer clic en
el botón Search para actualizarla.

¿Cómo utilizar los Operadores booleanos?

Nos van a permitir combinar (AND), sumar (OR) o excluir (NOT) términos.
• Intersección (AND) - recupera solo aquellas citas que contengan los términos.
Ej.: "rheumatic diseases" AND pregnancy
• Unión (OR) - recupera citas que contengan los dos términos, o al menos uno de ellos
Ej.: fever OR hyperthermia
• Exclusión (NOT) - excluye las citas que contengan el término
Ej.: Hypertension NOT pulmonary
Importante: Los operadores booleanos AND, OR, NOT deben escribirse en mayúscula, ej. fever OR
hyperthermia, o bien FEVER OR HYPERTHERMIA.
Otros operadores útiles son los operadores de proximidad: NEXT y NEAR
NEAR encuentra términos cuando están dentro de las 6 palabras de distancia. Ej: cancer near lung
(encuentra lung cancer y cancer of the lung)
NEAR/X (donde X= número de palabras que uno desea fijar) Busca términos asociados a X palabras de
distancia. Ej: cancer near/3 lung (encuentra lung cancer y cancer of the lung)

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NEXT.encuentra términos que estan pegados y respeta el orden. Ej: lung next cancer (encuentra lung
cancer pero no cancer of the lung)

¿Cómo truncar un término?

El truncado permite recuperar todos los términos que poseen la misma raíz. Si colocamos un asterisco
(*) al final de un término de búsqueda, PubMed busca en todas aquellas palabras que tengan la misma
cadena de letras como raíz. Así, si escribimos neurol* se incluye en la búsqueda los términos neurology;
neuroleptic; neurolekin; neurologic etc. PubMed usa las primeras variantes del término truncado. No
localiza frases, por ejemplo "infection*" incluye "infections", pero no "infection control."
Importante: El truncado anula el mapeo automático de términos.
Otro signo útil es el signo de interrogación. Este matchea una sola letra. Por ejemplo wom?n busca
women or woman, y system? busca systems o system

¿Cómo utilizar los calificadores de campos o tags?

Cada campo de un registro bibliográfico, se identifica mediante una etiqueta de dos o más letras
(calificadores de campo), que podemos añadir a continuación de cada término entre corchetes: ej.:
mycobacterium bovis[mh].
Tanto los términos de búsqueda como los calificadores de campo, no importa si se escriben en
mayúscula o minúscula ni el espacio ej.: cysticercosis [mh] = Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH]
Tabla de calificadores de campo

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Reglas y sintaxis para la búsqueda

PubMed procesa los operadores booleanos de izquierda a derecha. Esto se puede cambiar utilizando
paréntesis ej. Pulmonary tuberculosis AND (drug therapy OR drug resistance). Si deseamos limitar el
término a un campo específico, debemos escribir el término seguido de la abreviatura del campo entre
corchetes (véase tabla de calificadores de campos).
Ejemplos de Búsquedas Booleanas:
• Citas que contengan a Perlman como autor, que trate de tuberculosis y publicado en 1999:
Tuberculosis, pulmonary [mh] AND perlman [au] AND 1999 [dp]
• Artículos que traten de la fiebre o hipertermia en la tuberculosis pulmonar: Tuberculosis, pulmonary
[mh] AND (hyperthermia OR fever)
• Artículos de revisiones en inglés que traten sobre la terapéutica del asma en niños preescolares:
asthma/therapy [mh] AND review [pt] AND child, preschool [mh] AND english [la]

¿Cómo mostrar los documentos?

Luego de hacer clic en el botón Search, PubMed muestra los resultados en forma resumida (formato
Summary). Para obtener más información de los resultados, use el menú Display Settings para elegir el
formato Abstract o el MEDLINE. Siempre se debe poner APPLY luego de elegir

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Citas Relacionadas
Un rasgo de PubMed que puede resultar de mucha ayuda es su capacidad para hallar citas similares a las
que resultaron de su interés. Para recuperar los artículos relacionados haga clic en el enlace Related
citations que se encuentra debajo de cada cita en el formato Summary o seleccione las citas del cuadro
con la lista, a su derecha.

Clipboard
Esta sección permite recolectar citas seleccionadas de una o más búsquedas por ocho horas. Haga clic en
las casillas de verificación al lado de las citas para seleccionarlas. Luego, en el menú desplegable
Send To, seleccione Clipboard y haga clic en el botón Add. Para ver las citas seleccionadas haga clic
en el enlace Clipboard en la columna de la derecha. El enlace es visible solo cuando algún ítem está
almacenado en Clipboard. Puede guardar permanentemente las citas en PubMed My NCBI desde el
menú Send to.

Sensores
PubMed examina ciertos elementos de los términos de búsqueda y provee un área sombreada encima
de los resultados de la búsqueda con enlaces a una o más citas o bases de datos. Ej.
 Citation Sensor: aparea términos de búsqueda con elementos de citas (ej. blood choi 2009)
 Gene Sensor: controla la aparición del símbolo de un gen registrado en la base de datos Entrez Gene
(ej. CFTR).
 Sequence Sensor: detecta números de nucleótidos o proteinas (ej. X62176)

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Impresión, envío por correo y descarga de archivos

Luego de seleccionar sus citas (ej. con las casillas de verificación o desde el Clipboard) seleccione su formato
desde Display Settings y luego imprímalas directamente desde su navegador. Otra alternativa es usar el
menú desplegable Send To. Allí File le ofrece opciones de formato y ordenamiento antes de permitirle
descargar el archivo. La opción E-mail le permite enviar el archivo y le solicita una dirección de correo

electrónico. Citation Manager le entrega un archivo en formato MEDLINE® para descargar a un

programa de gestión de citas.

My NCBI
Las características de My NCBI le permiten guardar citas y estrategias de búsqueda y recibir
actualizaciones automáticas por e-mail de búsquedas almacenadas. Ud. debe registrarse en My NCBI
creando un nombre de usuario y una palabra clave. En la opción Manage Filters puede seleccionar o

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crear hasta quince filtros de búsquedas.

Enlaces a textos completos

Muchas citas de PubMed tienen enlaces a artículos de texto completo a través de PubMed Central (un
archivo digital gratuito de revistas de ciencias de la salud), a través de bibliotecas electrónicas o a través
de una empresa editorial (esta última puede requerir suscripción paga o pago por ver el artículo).
Consulte con su biblioteca otros modos de obtener los artículos de texto completo.

Ayuda y Entrenamiento
Haga clic en Help, arriba del cuadro de búsqueda, o en PubMed Tutorials, debajo de Using PubMed en la
página inicial.

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¿Cómo realizar una búsqueda avanzada en Pubmed?

El enlace Advanced provee dos opciones para refinar y focalizar una búsqueda, que se describen a
continuación. El cuadro de búsqueda avanzada siempre queda en blanco y no retiene búsquedas
previas.
PubMed Advanced Search Builder Permite construir una búsqueda usando operadores Booleanos.
Usando All Fields se buscará automáticamente el término ingresado en todos los campos o puede
seleccionar del menú desplegable un campo específico para aplicar al término. El enlace Show index list
muestra un cuadro con un índice de términos del campo de búsqueda, cada uno con su número de citas. Este
cuadro permite la selección de varios términos simultáneamente para unir con “OR”.
History guarda las distintas búsquedas y las numera. Haciendo clic en el número que las precede
aparece un menú que permite combinarlas en una nueva búsqueda (con los conectores AND, OR o
NOT), ejecutarlas, borrarlas, examinarlas en Details o guardarlas en My NCBI.
More Resources está arriba y a la izquierda, provee enlaces para búsquedas adicionales rápidas a las bases de
datos MeSH y Journals y a Single Citation Matcher. También tiene enlaces a búsquedas pre-construidas de
Clinical Queries y Topic-Specific Queries.

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¿Cómo buscar respuestas rápidas a interrogantes clinicos?

PubMed Clinical Queries facilita hallar artículos sobre investigación clínica aplicada. A ella se puede
acceder desde la página de inicio o desde More Resources en búsqueda avanzada. Ingrese un término
de búsqueda y haga clic en Search. Se mostrarán los siguientes 3 tipos de resultados.

Clinical Studies Categories muestra resultados por categoría de estudio clínico (Etiology, Diagnosis,
Therapy, Prognosis y Guides) y alcance (Broad o Narrow), las cuales pueden ser cambiadas usando los
menues deplegables.

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Systematic Reviews muestra revisiones sistemáticas, meta-análisis, revisiones de ensayos clínicos,

medicina basada en evidencia, conferencias de consenso y guías.

Medical Genetics muestra citas relacionadas a distintos tópicos de genética médica. Luego de ingresar
los términos de búsqueda elija uno de los tópicos disponibles o seleccione All.

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¿Cómo realizar una búsqueda utilizando términos MeSH?

Lo primero que tenemos que hacer es entrar en PubMed (http://pubmed.gov.) y para comenzar con una
búsqueda más concreta debemos desplegar el listado donde pone PubMed y clickar en MeSH o lo que
es lo mismo Medical Subject Headings.

Pero … ¿Qué son los MeSH? Es el tesauro o, lo que es lo mismo, lista de vocabulario controlado que la
NLM (National Library of Medicine) utiliza para indexar (clasificar) los artículos. MeSH se trata de un
tesauro en lengua inglesa que cuenta con aproximadamente 22.997 descriptores. Esto significa que
diferentes formas de denominar un concepto (sinónimos) se agrupan en un solo concepto o descriptor,
y a su vez se jerarquizan en un orden.

El principal problema para los de habla hispana, es que MeSH es en inglés. Debido a esto BIREME (un
centro especializado de la Organización Panamericana de Salud) creó el DeCS (Descriptores en ciencias
de la salud, http://decs.bvs.br/E/homepagee.htm ) que es un tesauro trilingüe (español, portugés e
inglés) basado en el MeSh y en el que podemos escribir un descriptor, ver si es correcto y ver cómo se
escribe en inglés para poder realizar la búsqueda en PubMed. Aca va un ejemplo. Suponganse que
quieren saber el termino MeSH por el cual pubmed indexa los artículos referntes a diabetes mellitus.
Como no estoy seguro como se escribe en ingles, lo primero que hago es ir al DECS.

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1) Ingreso a la página y cliqueo en Consulta al DeCS

2) Ingreso el descriptor buscado y elijo el idioma en el cual lo estoy ingresando

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3) La página me va a mostrar cómo se escribe el descriptor en los diferentes idiomas. Opcionalmente

puedo cliquear en categoría con lo cual obtendré todos las categorías incluidas en dicho descriptor

4) Listado de subcategorias para el descriptor elegido

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Una vez que elegimos el descriptor y conocemos su equivalente en inglés, comenzamos a escribirlo y
nos aparecerá un listado de sugerencias, y seleccionamos “diabetes mellitus”.

Entonces una vez que la seleccionemos y busquemos saldrá una pantalla como esta:

En este caso, salen 61 opciones, lo que implica que desde un principio ya podemos acotar la búsqueda
de 61 formas diferentes. Si como vemos en el listado eligiésemos el punto 2, sólo encontraríamos
artículos relacionados con DM tipo 2, pero vamos a seleccionar el 1, y al clickar en él nos iremos a la
siguiente pantalla:

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Lo primero que encontramos es el titular (heading) explicado (nubecilla naranjita ), en este caso puede
resultar “tonto” porque todos sabemos que es la diabetes, pero en ocasiones resulta muy útil dado que
en español un término puede tener diferente significado al concepto en inglés.
Tras esto podemos hacer lo siguiente:
Podríamos restringir mucho más la búsqueda seleccionando “MeSH major topic” (flechita verde), lo que
hace que el motor limite su búsqueda a artículos cuyo punto principal sea el descriptor de
encabezamiento (heading). Podemos elegir subtemas (subheadings, flechita amarilla), que el motor de
búsqueda ya tiene clasificados.
Entonces el paso clave en este momento es clickar (flechita azul) “Add to search builder”, en el caso de
que no hayamos elegido ningún tema secundario al clickar sólo nos aparecería en el cuadradito
“diabetes mellitus”, pero en el caso de elegir el subheading “classification” nos aparecería “diabetes
mellitus/clasification”.
Asimismo el buscador permite realizar una búsqueda más exacta mediante el uso de los operadores
booleanos, que son (flechita roja) AND, OR y NOT. Por defecto cuando vamos añadiendo términos a la
búsqueda sale AND (Ver más adelante en el texto).
Una vez hayamos añadido un descriptor principal y lo hayamos añadido al cajón (recordar flechita azul),
podemos volver a realizar una búsqueda de un nuevo descriptor y añadir así diferentes relaciones. Por

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ejemplo diabetes mellitus AND acute stroke (ictus o accidente cerebrovascular agudo, ¿veis lo que os
decía de los sinónimos?). Lo que quedaría como señala la flecha lila en la siguiente pantalla:

Así una vez creada la búsqueda podemos dar a “search pubmed” justo debajo del cajón donde nos
aparece la descripción de dicha búsqueda. Con lo que inicialmente obtendríamos un listado de
bibliografía como este:

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En este caso obtendríamos 2667 registros, pero no nos debemos asustar, todavía existen los filtros
(recuadro verde) más específicos que nos pueden ayudar a restringir aún más la búsqueda. Hay varios
filtros (Ver más adelante en texto), siendo importante destacar:
-Publication dates (fecha de publicación), si queremos un tiempo concreto sólo tenemos que pulsar en
custom range y podremos meter la fecha de inicio y fin con día mes y año.
-Languages (idiomas), podemos conseguir limitar los idiomas (ya que como veis en la imagen, la entrada
nº 3 nos indica que es en Japonés) y para ello sólo tenemos que pinchar encima del idioma que
deseemos, si no nos aparece en la lista sólo tenés que pulsar more y saldrá la lista de idiomas para
seleccionar.
Una vez interpuestos todos estos filtros la búsqueda será más ajustada a nuestras necesidades. Es
importante recordar que lo más importante antes de iniciar la búsqueda es realizarnos esta pregunta:
¿Qué quiero encontrar? (Ver Modulo: Búsqueda bibliográfica electrónica. Metodología PICO).

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