DNA Microarrays ( gene chip technology)

DNA microarrays adalah alat penelitian yang digunakan untuk memeriksa DNA dari sampel
individu atau jaringan. Dalam biologi molekuler, teknologi DNA microarray bertumpu pada
kemampuan untuk menyimpan sekitar puluhan ribu sekuens DNA yang berbeda pada permukaan
kecil seperti slide kaca yang sering disebut sebagai chip. Secara umum, aplikasi hibridisasi DNA
microarray biasanya digunakan untuk analisis ekspresi gen. Selain itu, dalam biologi molekuler
DNA microarray juga digunakan untuk pharmacogenomic research, untuk infeksi dan penyakit
genetik serta diagnosis kanker, juga untuk tujuan identifikasi forensik.

GA big dan Wegrzyn (2001) mendefinisikan teknologi DNA microarray sebagai susunan DNA
atau urutan oligonukleotida berdensitas tinggi yang dikenal sebagai probe dalam jumlah ribuan.
Probe ini akan menghibridisasi sampel mRNA dalam pasangan basa Watson-Crick (adenin
dengan timin, guanin dengan sitosin). Adanya probe untuk setiap gen ini memungkinkan kita
untuk mengukur tingkat aktivitas gen dalam sampel tertentu. Untuk menentukan gen mana yang
dihidupkan dan mana yang dimatikan dalam sel tertentu, seorang peneliti perlu melakukan
eksperimen microarray, sebagai berikut:
1. Molekul mRNA yang ada dalam sel itu diekstraksi, diisolasi, dan dimurnikan.
2. Melabeli setiap molekul mRNA menggunakan enzim transcriptase balik. Proses ini akan
menghasilkan oligonukleotida komplementer pada mRNA. Selama proses itu nukleotida
fluoresen melekat pada mRNA.
3. Menempatkan mRNA berlabel ke slide DNA microarray. mRNA berlabel yang mewakili
mRNA dalam sel kemudian akan berhibridisasi atau mengikat ke sintetiknya DNA
komplementer atau oligonukleotida yang melekat pada slide microarray.
4. Peneliti kemudian menggunakan scanner untuk mengukur intensitas fluoresen untuk setiap
fitur pada microarray slide.

Jika suatu gen tertentu sangat aktif pada sel tertentu, gen tersebut menghasilkan banyak molekul
mRNA. Oleh karena itu, proses hibridisasi akan menghasilkan fluoresensi yang sangat terang.
Gen yang kurang aktif menghasilkan mRNA yang lebih sedikit dan akan menghasilkan
fluoresensi yang lebih redup. Jika tidak ada fluoresensi, tidak ada molekul pembawa pesan yang
berhibridisasi ke target pada slide microarray, yang menunjukkan bahwa gen tersebut tidak aktif.
Ekspresi gen diukur dengan nilai intensitas citra hasil scan dari microarray slide setelah tahapan
hibridisasi, pencucian dan pewarnaan.