Es un proceso ocurre entre dos fluoróforos, un par donante y receptor, que están a una distancia

de 10 nm aprox. Si el donante está excitado y el receptor está muy cerca, la energía se puede
transferir sin radiación al receptor, que luego emite un fotón en una longitud de onda desplazada
hacia el rojo.

Por lo tanto, esto se puede utilizar como una regla molecular, ya que la transferencia entre el
donante y el receptor depende en gran medida de la distancia entre los dos. Los científicos han
utilizado un dispositivo de microfluidos y FRET para medir la cinética de unión de un ARNr y una
proteína ribosomal. Y ya que FRET es muy sensible a la distancia, generalmente requiere un
conocimiento preciso de la molécula y se aplica mucho más fácilmente a complejos que contienen
ADN o ARN que a las interacciones puras proteína-proteína. Este proceso es único en su capacidad
para proporcionar información sobre el estado conformacional de una proteína o un complejo
proteico y esto lo convierte en un método interesante para el interrogatorio de alto rendimiento
de la dinámica de proteínas en función del espacio de secuencia.

Otro método FRET que es adecuado para medir las interacciones de proteínas es el uso de dos
proteínas fluorescentes, cada una acoplada a una proteína diferente (A y B). La interacción de las
proteínas 'A' y 'B' une las dos proteínas fluorescentes y conduce a FRET. La ventaja de este método
es que las proteínas fluorescentes se pueden codificar genéticamente y se pueden generar
grandes bibliotecas de proteínas quiméricas. El inconveniente de los métodos basados en FRET es
la sensibilidad inherente de FRET a la distancia. Por lo tanto, es posible que dos proteínas que
interactúan estén orientadas geométricamente de tal manera que las dos proteínas fluorescentes
no estén lo suficientemente cerca para este sea eficiente.

FRET es, por lo tanto, algo subóptimo para métodos exploratorios a gran escala para detectar
nuevas interacciones de proteínas. No obstante, sigue siendo un método extremadamente
sensible e informativo para caracterizar interacciones conocidas y bien definidas, y en el sistema
correcto podría muy bien escalarse a un alto rendimiento para interrogar las relaciones secuencia-
estructura de proteínas.

Mitomi

Es un nuevo método optomecánico para medir interacciones moleculares [15--] El método se

basa en la captura de moléculas que interactúan entre dos superficies en un dispositivo
microfluídico altamente integrado fabricado mediante litografía blanda multicapa. Seguido de
cuantificación óptica de las moléculas atrapadas. Para medir la interacción de un sistema de dos
componentes, digamos entre la proteína A y la proteína B, la proteína A se localiza en la superficie.
Se agrega proteína B a la solución y se le permite interactuar con la proteína A. En este punto, el
techo del canal microfluídico en el que tiene lugar la interacción se colapsa, poniéndolo en
contacto directo con la superficie en la que se ha localizado la proteína A. En consecuencia, todas
las moléculas de disolvente y soluto no unidas, incluida la proteína B no unida, se excluyen del
área de detección, dejando atrás solo la proteína A y la fracción unida de la proteína B. Para fines
de detección, las proteínas A y B pueden marcarse con anticuerpos fluorescentes o, si se sintetizan
mediante la incorporación específica de residuos de una lisina marcada con fluorescencia o
proteínas fluorescentes.
MITOMI puede derivar afinidades de unión absolutas a través de múltiples series de dilución,
también puede capturar interacciones entre moléculas que se asocian débilmente y complejos
transitorios. La cinética de asociación y disociación también puede ser medida, a través del control
temporal rápido y preciso del tiempo que el área de detección está disponible para la interacción.
Usando este enfoque, se pueden medir cientos de tasas de encendido y apagado en paralelo en un
solo dispositivo.

MITOMI es extremadamente fácil de escalar. No se requieren configuraciones ópticas complejas

para leer los dispositivos. En los primeros experimentos de MITOMI, se midieron 2400
interacciones en paralelo en un solo dispositivo, y un solo investigador podía ejecutar múltiples
experimentos en un corto período de tiempo. También se demostró que MITOMI es aplicable a
una amplia variedad de mediciones de interacción. En un experimento, se demostró que se podían
medir 100 variantes de factores de transcripción frente a 64 secuencias de ADN, lo que requería
más de 19 200 mediciones de interacción independientes.

El rendimiento actual de MITOMI está en órdenes de magnitud por encima de cualquier otro
método actualmente disponible, lo que habla de su facilidad de integración y simplicidad.