PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

SDS PAGE

Sodium Dodecyl Sulfate PoliAcrylamide Gel Electrophoresis

Disusun Oleh :
Rista Anggara wati A03227211
Rosi Nofrianti A03227212
Ruliana wati A03227213

S1 FARMASI ALIH JENJANG

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS SETIA BUDI

SURAKARTA

2022
A. LANDASAN TEORI

SDS PAGE atau Sodium Dodecyl Sulfate PoliAcrylamide Gel

Electrophoresisntuk bertujuan untuk memisahkan protein berdasarkan ukuran. Fase
diam yang digunakan adalah gel poliakrilamid. Gel yang dibuat dari bubuk
Polyacrylamide yang kemudian muatan listrik protein akan diubah menjadi muatan
negatif dengan bantuan SDS. SDS protein memiliki macam-macam muatan sebelum
ditambahkan SDS, namun setelah ditambahkan SDS Muatan listrik protein akan diubah
menjadi muatan negatif dengan bantuan SDS. Protein yang dipisahkan dengan SDS-
PAGE dapat dikarakterisasi berdasarkan berat molekulnya dengan satuar Kilo Dalton
(kDa), satu dalton dengan satu hidrogen molekul.

PRINSIP KERJA SDS-PAGE

1. Preparasi sampel:

Langkah pertama yang dikerjakan pada saat SDS yaitu mendenaturasi protein
menggunakan SDS bertujuan untuk membuat molekul protein menjadi bermuatan
negative. Kemudian memutus ikatan disulfida pada struktur protein menggunakan
beta-merkaptoetanol jadi ikatan disusul atau tidaknya diputus dahulu. Bila perlu
denaturasi didukung dengan memanaskan sampel. Contohnya Sampel protein
disiapkan dengan menambahakan buffer sampel (0.06 M Tris HCL, pH 6,8, 2%
SDS, 10% gliserol, 0,025% bromophenol blue dan ẞ-mercaptoethanol).
Penambahan SDS 2% bertujuan untuk mendenaturasi protein tambahan gliserol,
kemudian ditambahkan 0,025% bromophenol blue dan ẞ-mercaptoethanol untuk
memtus ikatan sulfida. Tujuan penambahan buffer untuk membuat sampel
bermuatan sama sehingga muatan tidak mempengaruhi pergerakan komponen
sampel dalam gel.

2. Membuat & Mencetak gel→ gel poliakrilamida dibuat dengan konsentrasi tertentu
& dibuat menggunakan cetakan gel membentuk lembaran segiempat dengan
ketebalan tertentu. Setelah selesai dibuat jalannya lalu dimasukkan ke dalam
chamber, kemudian membuat sumuran dengan menggunakan sisir.
3. Proses pemisahan (running) → Setelah sampel dimasukkan dalam sumur gel, gel
dialiri arus listrik sehingga komponen yang terdapat dalam sampel akan terpisah
melewati matriks gel. Elektroforesis dilakukan pada 70 A selama 3-4 jam dan akan
membentuk spot. Jika rotein yang berat molekulnya rendah akan bergerak cepat
namun protein yang berat molekulnya besar akan bergerak lambat.

4. Visualisasi dengan pewarnaan

Tahap visualisasi dengan pewarnaan menggunakan dua warna yaitu Commasie

Brilliant Blue mengikat protein secara spesifik dengan ikatan kovalen dan Silver
Salt Staining memiliki sifat lebih sensitif dan akurat namun membutuhkan proses
yang lebih lama.
 Perbedaan Elektroforesis Gel Agarosa dan SDS-PAGE

Elektroforesis gel agarosa SDS-PAGE

Untuk memisahkan asam nukleat seperti Untuk memisahkan protein

DNA dan RNA.

Memisahkan berdasarkan muatan listrik, Gel dibuat dari bubuk Polyacrylamide

ukuran dan bentuk

Gel dibuat dari agarosa yang berasal dari Memisahkan berdasarkan ukuran
rumput laut

B. ALAT
- Chamber
- Comb
- Mikropipet
- Perangkat elektroforesis
- Well atau sumuran
- Electrical supplay
C. BAHAN
- Sampel protein
- Commasie briliant blue
- Silver salt stanning
- Separating gel
- Stacking gel
- Buffer
- 10% gliserol
- 0,025% bromophenol blue
- ẞ-mercaptoethanol
- SDS 2%
D. PROSEDUR KERJA

1. Preparasi sampel:

Mendenaturasi protein menggunakan, kemudian memutus ikatan disulfida pada

struktur protein menggunakan beta-merkaptoetanol. Bila perlu denaturasi didukung
dengan memanaskan sampel.

2. Membuat & Mencetak gel→ gel poliakrilamida dibuat dengan konsentrasi tertentu
& dibuat menggunakan cetakan gel membentuk lembaran segiempat dengan
ketebalan tertentu.

3. Proses pemisahan (running) → Setelah sampel dimasukkan dalam sumur gel, gel
dialiri arus listrik sehingga komponen yang terdapat dalam sampel akan terpisah
melewati matriks gel. Elektroforesis dilakukan pada 70 A selama 3-4 jam.

4. Visualisasi dengan pewarnaan

Tahap visualisasi dengan pewarnaan menggunakan dua warna yaitu Commasie

Brilliant Blue dan Silver Salt Staining.