Ujian Tengah Semester

Pengantar Bioinformatika
Soal Pertemuan 5 dan 6
Dosen : Dr. Toto Haryanto, M.Si
Waktu : Maksimal 40 menit

A. Soal Multiple Sequence Alignment

[ Dilarang copy paste]

Apa yang Anda ketahui dan pahami tentang Multiple Sequence Alignment (MSA)
Ceritakan dalam 1 paragraf.

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

B. Soal Phylogenetic Tree

Diketahui matrik jarak di bawah ini

1 2 3 4
1 0 0.2 0.7 0.9
2 0.2 0 0.6 0.8
3 0.7 0.6 0 0.4
4 0.9 0.8 0.4 0

a. Selesaikan dengan menggunakan UPGMA [jelaskan setiap langkahnya]

b. Buatlah Phylogenetic tree nya

Jawab
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..
…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..