Новоиспечённый 28-летний вице-губернатор довольно быстро внушил уважением своим политическим

противникам, в чём ему помогало отличное образование и опыт юриста. Было принято непопулярное
решение о снижении жалованья чиновникам вдвое (губернатору штата до 1000 долларов в год),
сэкономленные средства предполагалось пустить на основание новых поселений. Сам Доннелли
продвигал снижение процентной ставки по долгам и введение нового положения о банкротстве.
Объяснялось это тем, что опустевший Нинингер пребывал в полной разрухе, а долг Игнатиуса к 1860
году достиг 5000 долларов, у него не было денег содержать семью в Сент-Поле. Кэтрин убедила его
сдавать земли в аренду фермерам, усилить присутствие в Ассоциации аграриев и вступить в долю с
братьями-соседями Хейсами[26]. После окончания сессии легислатуры штата губернатор Рэмси отбыл в
Вашингтон. Доннелли был оставлен исполнять обязанности губернатора, которых было немного; в тот
период Сент-Пол ещё не был соединён телеграфной линией с Восточным побережьем. В этот период
Игнатиус взялся за самообразование и большую часть времени проводил в библиотеке штата, набирая
материалы для лекций и агитационных выступлений. Для души он читал исторические
сочинения Шлегеля и Гизо, и «Анатомию меланхолии». Также ирландец проникся уважением
к Наполеону, и впоследствии установил его бюст в своей библиотеке. Жалованье политика составляло
36 долларов в неделю, то есть почти 1900 долларов в год [27][28].
В преддверии гражданской войны Доннелли разработал стратегию привлечения электорального
ресурса немецких, скандинавских и ирландских поселенцев в Миннесоте, которые традиционно
голосовали за демократов. Ещё в 1858 году он опубликовал воззвание «Трудящимся Старого Света!»
(газета St. Paul Minnesotan от 18 июля 1858 года), в котором ставил перед читателями дилемму: если
человечество обречено «карабкаться по лестнице, восходящей от варварства к высотам цивилизации»,
то Новый Свет освободил многие ступени наверх, занятые в Европе аристократами. В этой ситуации
Демократическая партия, «преданная Югу и рабству», противопоставлялась Республиканской партии,
которая «не имела в своём прошлом ничего позорного и мрачного», и «всецело руководствуется
принципами Декларации независимости». Впервые высказанная в этой статье формула «отдавая
неизменную справедливость чёрным, продвигать достоинство и способствовать благополучию белой
расы», использовалась в том или ином виде до конца жизни Доннелли [29]. Когда война началась,
Игнатиус не скрывал симпатий к Союзу и произнёс речь в поддержку радикальной республиканской
политики. В частности, он заявил, что «восстание против справедливого и благодетельного
правительства есть самое отвратительное из преступлений, заслуживающее самого страшного из
наказаний». На южан-раскольников должен пасть «гнев всей нации, и они падут, и будут испепелены
огнём, как в древности, когда на мятежников нисходил гнев Божий» [30]. Поздним летом 1862 года в
Миннесоте началось восстание индейцев сиу. Основной причиной стало то, что аборигены исчерпали
все запасы хлеба в резервациях, которые имелись на складах, однако федеральные фонды для оплаты
поставок индейцам не были перечислены. 15 августа представитель индейских агентов цинично
предложил аборигенам «есть траву», они убили его и набили рот трупу той самой травой из прерии, а
затем начали разграбление складов в Нью-Алме. Подавление восстания возглавил Александр Рэмси.
Доннелли тоже присоединился к карательному отряду, и хотя лично не участвовал в битве у Форт-
Риджели[en], 28 августа опубликовал репортаж об исходе гражданского населения из зоны конфликта.
Это привлекло симпатии военных на сторону республиканцев [31][28].