1.

Aminoácidos

1.1. Antecedentes1, 2
Las proteínas se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus constituyentes: los aminoácidos.
Todas las moléculas con un centro quiral son ópticamente activas, es decir, hacen girar el plano de la luz polarizada.
Según convención, el grupo carboxilo del aminoácido sería el C−1 y el C−α el C−2. En aminoácidos con grupos
R heterocíclicos se usa la notación numérica. Aminoácidos con cadena lateral ramificada reciben números después
de las letras griegas (ejemplo δ 1 y δ 2 en leucina).
Para la configuración absoluta, se propuso el sistema D-L basado en el gliceraldehído.
Las células sólo sintetizan isómeros L de los aminoácidos debido a que los centros activos de las enzimas son
asimétricos, lo que implica que las reacciones que catalizan son estereoespecíficas.
Son insolubles en disolventes no polares, y su moderada solubilidad en agua depende del pH en el que se
encuentren. Siendo menos soluble en agua cuando se encuentra como Zwitterion, es decir, cuando el pH = pI y
más soluble a pH extremos, es decir, muy ácidos o muy básicos.

1.2. Grupos de aminoácidos1

 Grupos R apolares alifáticos: Los grupos R aquí son apolares e hidrofóbicos. Las cadenas laterales de la
alanina, valina, leucina e isoleucina tienden a agruparse entre sí en las proteínas, estabilizando las
estructuras proteicas a través de interacciones hidrofóbicas. En la glicina, su cadena lateral no tiene aporte
en las interacciones hidrofóbicas. La prolina tiene una conformación rígida que reduce la flexibilidad
estructural de las regiones polipeptídicas que contienen este aminoácido.

 Grupos R aromáticos: Relativamente apolares. El −OH de la tirosina puede formar puentes de hidrógeno y
constituye un grupo funcional importante en algunas enzimas. La tirosina y el triptófano son
significativamente más polares que la fenilalanina debido al −OH y N respectivamente. La fenilalanina
absorbe luz UV en menor grado comparado con el resto de los aminoácidos del grupo.

 Grupos R polares sin carga: Los grupos R son más solubles en agua debido a la formación de puentes de
hidrógeno. La polaridad de la serina y treonina viene de los −OH , en cisteína del sulfhidrilo, que es un ácido
débil y establece puentes de hidrógeno débiles con O y N . La asparraguina y glutamina por sus grupos
amida. La asparraguina y glutamina son las amidas del asparatato y glutamato respectivamente, los que se
hidrolizan fácilmente por ácido o base. La cisteína se oxida fácilmente a cisteína en la que 2 cisteínas están
unidas por un enlace disulfuro. Los residuos unidos por enlace disulfuro son fuertemente hidrofóbicos.

 Grupos R cargados negativamente (ácidos): Los únicos con carga neta negativa a pH =7 son el aspartato y
glutamato. Ambos tienen un segundo grupo carboxilo.

 Grupos R cargados positivamente (básicos): La histidina tiene un imidazol. Al ser el único ionizable con un
pK a cercano a la neutralidad, puede estar protonado como no tener carga a pH =7 . Los residuos de
+¿¿
histidina facilitan muchas reacciones catalizadas por enzimas al servir de dadores/aceptores de H . Están
+¿¿
también la lisina y arginina. Son básicos ya que las cadenas laterales pueden tomar H del medio.

Recordar que:
pK a → Es la tendencia a ceder un H +¿¿ .
pI →o pH isoeléctrico, es el pH característico en que la carga eléctrica neta es cero.

1
Lehninger. Principios de Bioquímica - David Nelson & Michael Cox (5ta Edición).
http://www3.uah.es/bioquimica/Tejedor/bioquimica_quimica/R-T14-ciclokrebs.pdf
http://cleuadistancia.cleu.edu.mx/cleu/flash/PAG/lecturas/estudios/CICLO%20DE%20KREBS.pdf
2
“Proteínas”, bioquímica para enfermería, U. Mayor.
 2. Péptidos y proteínas

2.1. Antecedentes1
Dos aminoácidos se unen covalentemente a través de un enlace amida sustituido, denominado peptídico. Se forma
por la eliminación del grupo α-carboxilo de un aminoácido y el grupo α-amino de otro (deshidratación). Así, es una
reacción de condensación.
Cuando se escribe la secuencia de un péptido, polipéptido o proteína el extremo amino se coloca a la izquierda y el
extremo carboxilo a la derecha. La secuencia se lee de izquierda a derecha empezando por el residuo amino
terminal. Aunque la hidrólisis de un enlace peptídico es una reacción exergónica, tiene lugar lentamente debido a su
alta energía de activación. Así, los enlaces son estables con un t 1/ 2de 7 años en la mayoría de las condiciones
intracelulares.
El α-carboxilo y el grupo α-amino no terminales de todos los aminoácidos están unidos covalentemente en forma de
enlace peptídico, de manera que no se ionizan, y así, no contribuyen al comportamiento generales ácido-base de los
péptidos. Los grupos R de algunos aminoácidos si pueden ionizarse, contribuyendo al comportamiento ácido-base.

2.2. El enlace peptídico1, 2

Los C−N de los enlaces peptídicos no pueden girar libremente a causa de su carácter parcial de doble enlace. Así,
la rigidez del enlace peptídico, limita el número de conformaciones que puede adoptar una cadena polipeptídica.
Pueden rotar libremente el C−C α y C α −N .
El enlace peptídico C−N es ligeramente más corto que el C−N de una amina simple, y que los átomos asociados
al enlace peptídico son coplanares, indicando la existencia de una resonancia.
La conformación de un péptido está determinada por tres ángulos diedros, también llamados ángulos de torsión: ψ , ϕ
y ω , que describen la rotación. Un ángulo diedro es formado por la intersección de dos planos. Por convención, ψ y ϕ
suelen tomar valores de ± 180º cuando el polipéptido está totalmente extendido y todos los grupos peptídicos están
en el mismo plano. Φ incluye los enlaces C−N−C α −C (rotación alrededor de N−C α ), mientras que ψ considera
los enlaces N−C α −C−N . ω no suele considerarse. Los valores permitidos para ϕ y ψ se pueden visualizar en una
gráfica de Ramachandran.
El oxígeno del carbonilo ( C=O ) tiene carga parcial negativa y el nitrógeno amídico ( N−H ) tiene carga parcial
positiva, por lo que se da un pequeño dipolo eléctrico.
Los átomos de oxígeno e hidrógeno de cada enlace peptídico se disponen en forma trans. Cada enlace peptídico
guarda relación trans con el siguien enlace peptídico, al igual que las cadenas laterales R.
La conformación que más favorable se dará por:
- Energéticamente.
- Menor impedimento estérico.
- Menor repulsión electrostática.

2.3. Estructura1, 2
Las interacciones que ayudan a estabilizar las conformaciones están los puentes disulfuro (covalentes) y las
interacciones débiles (no covalentes). En general, la conformación proteica de menor energía libre será la que posea
el mayor número de interacciones débiles, así, será más estable. En las interacciones débiles, predominan las
interacciones hidrofóbicas.

 Estructura primaria
Es la descripción de todos los enlaces covalentes (principalmente peptídicos y puentes disulfuro) que unen los
aminoácidos de una cadena polipeptídica. La estructura primaria corresponde a la secuencia definida de los residuos
de aminoácidos presentes en la proteína. Nos indica: cantidad, tipo y orden de los aminoácidos.

 Estructura secundaria
Disposición particularmente estable de los aminoácidos que dan lugares a patrones repetitivos. La estructura
secundaria corresponde a un plegamiento regular local de la proteína. Podemos encontrar 3 tipos: α-hélice,
estructura-β y vueltas-β.
- α-hélice: Se produce cuando la cadena polipeptídica gira sobre si misma originando un cilindro donde los
enlaces peptídicos se unen por fuerzas de atracción del tipo puente de hidrogeno a otro enlace peptídico. De
 esta forma se producen enrollamientos helicoidales en los que las cadenas laterales de los aminoácidos se
proyectan hacia el exterior de la hélice.
Esta estructura se mantiene gracias a los enlaces de H intracatenarios formados entre el grupo −NH de un
enlace peptídico y el grupo −C=O del cuarto aminoácido que le sigue. Cuando la cadena polipeptídica se
enrolla sobre sí misma debido a los giros producidos en torno al C α de cada aminoácido se adopta la
conformación α-hélice.

- Estructura-β: Es una estructura extendida de la cadena polipeptídica.

 Estructura terciaria
Describe todos los aspectos del plegamiento tridimensional de un polipéptido.

 Estructura cuaternaria
Cuando la proteína tiene dos o más subunidades polipeptídicas, su disposición en el espacio se denomina estructura
cuaternaria.
 3. Purificación de proteínas

Las proteínas se desnaturalizan fácilmente a temperaturas elevadas, aunque algunas se pueden desnaturalizar a
25°C. La purificación de las proteínas debe llevarse a cabo a 0°C o temperaturas cercanas.

Tabla 3.1: Técnicas de purificación/separación de acuerdo a las propiedades de las proteínas

Características Procedimiento
1. Salting in
Solubilidad
2. Salting out
1. Cromatografía de intercambio iónico
Carga iónica
2. Electroforesis
1. Electroforesis en gel
Tamaño Molecular
2. Cromatografía de filtración en gel
Especificidad de unión 1. Cromatografía de afinidad

Las proteínas precipitadas por salado retienen su conformación nativa y pueden disolverse de nuevo, normalmente
sin experimentar desnaturalización. El sulfato amónico es el preferido para precipitar las proteínas por salado, debido
a su gran solubilidad en agua, lo que permite alcanzar fuerzas iónicas muy elevadas.

3.1. Precipitación por salado3

- Salting in: Solubilidad por salado.
A baja concentración, las sales incrementan la solubilidad de muchas proteínas, en el que los contraiones adicionales
recubren con mayor eficacia las numerosas cargas iónicas de las moléculas proteicas, con lo que se incrementa la
solubilidad de las proteínas.
Las sales de los iones divalentes tales como el K 2 SO 4 y el ( NH 4 ) SO 4, son mucho más eficaces en la solubilización
de las proteínas que las sales de iones monovalentes tales como el NaCl y el KCl.

- Salting out: Insolubilidad por salado.

A medida que la fuerza iónica aumenta, la solubilidad de una proteína comienza a disminuir. A una fuerza iónica lo
suficientemente elevada, una proteína puede ser casi completamente precipitada de su disolución, que es el
resultado de la competencia por moléculas de solvatación entre los iones salinos agregados y los otros solutos
disueltos.
Uno de los factores que explican este efecto es que la concentración elevada de la sal puede eliminar el agua de
hidratación de las moléculas de proteína, reduciendo entonces su solubilidad.
La adición de sales elimina el agua de la proteína hidratada, dejando las regiones hidrofóbicas en libertad de
combinarse intermolecularmente

3.2. Cromatografía en columna4

La cromatografía en columna utiliza una columna de vidrio vertical que se llena con un soporte sólido.
Se tiene una fase estacionaria y una fase móvil. La fase estacionaria es un adsorbente (los más utilizados son gel de
sílice ( SiO2 ) y alúmina ( Al 2 O 3 )). La muestra que se quiere separar se deposita en la parte superior de este soporte.
El resto de la columna se llena con el eluyente (disolvente que constituye la fase móvil) que, por efecto de la
gravedad, hace mover la muestra a través de la columna. Se establece un equilibrio entre el soluto adsorbido en la
fase estacionaria y el disolvente eluyente que fluye por la columna. Debido a que cada uno de los componentes de
una mezcla establecerá interacciones diferentes con la fase estacionaria y la móvil, serán transportados a diferentes
velocidades y se conseguirá su separación.

3.3. Cromatografía de intercambio iónico: Carga5, 6, 7

3
http://ufq.unq.edu.ar/Docencia-Virtual/BQblog/Salting-in-Salting-out-precipitacion-solventes.pdf
4
http://www.ub.edu/oblq/oblq%20castellano/cromatografia_tipus.html#columna
5
http://ufq.unq.edu.ar/Docencia-Virtual/BQblog/Cromatografia%20de%20intercambio%20ionico.pdf
6
http://www.fbioyf.unr.edu.ar/evirtual/pluginfile.php/6799/mod_resource/content/0/Separacion_de_biomoleculas.pdf
7
https://bioquimexperimental.files.wordpress.com/2009/08/metodos-cromatograficos.pdf
La cromatografía de intercambio iónico es un método que permite la separación de moléculas basada en sus
propiedades de carga eléctrica.
En este tipo de cromatografía, la matriz contiene un grupo cargado que puede interaccionar con la macromolécula en
estudio de forma de unirse a ella por interacciones electrostáticas.
Las proteínas se eluyen de menor a mayor fuerza de unión. Los factores que se usan para la elución son: aumentar
concentración de NaCl u otra sal (es decir, aumentar la concentración del contraión de modo de desplazar el
equilibrio de unión de la macromolécula hacia la forma libre) y cambiar el pH (cambia la afinidad de unión de la
proteína. La disminución de la afinidad se debe a una disminución de la carga neta de la proteína.).
El principio básico de la cromatografía de intercambio iónico es que las moléculas cargadas se adhieren a los
intercambiadores de forma reversible de modo que dichas moléculas pueden ser asociadas o disociadas cambiando
el ambiente iónico.

3.4. Cromatografía de filtración en gel: Tamaño4*, 5*

En este tipo de cromatografía la fase estacionaria es un gel. El gel está constituido por partículas esféricas que tienen
poros de un determinado tamaño.
Las moléculas de tamaño pequeño difunden a través de los poros de las partículas del gel y por ello son retardadas
en su paso por la columna. Las moléculas grandes no entran en los poros de las partículas del gel, eluyen primero.
El tamaño mínimo que debe poseer una molécula para entrar a los poros se denomina límite de exclusión.

3.5. Cromatografía de afinidad5*, 8

Se basa en la afinidad biológica específica de cada proteína hacia un ligando en particular.
El principio de la separación es la interacción específica entre moléculas de uno de los componentes de la muestra y
moléculas unidas al soporte, fase estacionaria, gel o resina "de afinidad" que rellena la columna. Esta especificidad o
afinidad procede de una complementariedad a escala molecular, en la que participan fuerzas de enlace débiles de los
tipos van der Waals, enlaces de hidrógeno, hidrofobicidad o interacciones iónicas. Ejemplos clásicos son las
interacciones Proteína – Ligando, Enzima – Sustrato, Receptor – Hormona o Anticuerpo – Antígeno.
Las moléculas que han quedado retenidas en la columna debido a su afinidad por la fase estacionaria se liberan
mediante un cambio del medio eluyente a condiciones en las que la interacción se debilite: generalmente se cambian
el pH (lo que afecta al estado de ionización de las biomoléculas), la fuerza iónica (concentración de sales, que afecta
a las interacciones iónicas) o la polaridad del eluyente.

3.6. Electroforesis en gel de poliacrilamida9

La electroforesis es la migración de solutos iónicos bajo la influencia de un campo eléctrico. La poliacrilamida es un
soporte químicamente inerte, de propiedades uniformes. Forma geles transparentes con estabilidad mecánica,
insolubles en agua, relativamente no iónicos y que permiten buena visualización de las bandas durante tiempo
prolongado. Además, tiene la ventaja de que variando la concentración de polímeros, se puede modificar de manera
controlada el tamaño del poro.
En el punto isoeléctrico de la biomolécula, pH al cual su carga neta es 0, esta no migra. Por debajo del punto
isoeléctrico tiene carga neta positiva y migra hacia el cátodo, y por encima del punto isoeléctrico tienen carga neta
negativa y migra hacia el ánodo.

3.7. SDS-PAGE7*
Es la electroforesis en geles de poliacrilamida con dodecil sulfato de sodio (SDS). La electroforesis con SDS es un
excelente método para identificar y monitorear las proteínas durante un proceso de purificación; también se emplea
para la determinación del peso molecular de las subunidades de proteínas. El SDS desnaturaliza por completo las
proteínas y rompe las interacciones no covalentes que determinan la estructura terciaria y cuaternaria. De este modo
se obtiene un fraccionamiento que obedece a: la diferencia de peso; la longitud de la cadena (tamaño); y la forma de
la proteína.
El peso molecular (PM) de las proteínas puede determinarse en electroforesis al comparar las movilidades
electroforéticas de varios marcadores de peso molecular conocido.
Básicamente, el SDS confiera una gran carga negativa a la proteína, haciendo insignificante la carga de ésta. Así,
separa estrictamente sólo en función de la masa del péptido.

3.8. Tabla de purificación10

8
http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/cromat/crom-afinidad.html
9
http://www.bvs.sld.cu/revistas/uni/vol1_2_00/uni07200.pdf
La actividad específica es la velocidad de una reacción enzimática expresada en términos de la cantidad de enzima.
Es una medida de la pureza enzimática.
Unidades totales en la fracción i
Actividad específica ( AE )=
Total de proteínas en la fracción i
Unidades totales en la fracción i
Rendimiento ( R )=
Unidades totalesen la fracción original

AE enla fracción i
Porcentaje de purificación ( P ) =
AE en lafracción original

10
http://ufq.unq.edu.ar/Docencia-Virtual/BioquimicaI/Teorias/T15-Purificacion.pdf
 4. Enzimas

Las enzimas son proteínas que catalizan reacciones químicas y no se consumen o modifican durante éstas. Son
altamente específicas participan en casi todas las reacciones que ocurren en un organismo. Algunas son
estereoespecíficas.
Las enzimas disminuyen la energía de activación de las reacciones que catalizan, pero no modifican la constante de
equilibrio.
Siguen la reacción general:
A+ B+ E ↔ C+ D+ E
Por ejemplo, la glucoquinasa sólo cataliza la reacción de la α-D-glucosa hacia α-D-glucosa-6-fosfato, mientras que la
forma β-D-glucosa no reacciona.
Un mismo compuesto puede ser sustrato de varias enzimas que lo modifican de distinta forma.

4.1. Nomenclatura
Se utiliza el sufijo -asa.

4.2. Clasificación11
+¿¿
 Oxidorreductasas: Reacciones redox que involucran transferencia de electrones o H .
A H 2 +B → A + B H 2

 Transferasas: Reacciones de transferencia de grupos funcionales de un sustrato a otro.

A−X + B → A+ B−X

 Hidrolasas: Reacciones de hidrólisis y su reverso.

A−B+ H 2 O ↔ A−OH + H −B

 Liasas: Catalizan reacciones de ruptura o unión de sustratos. Crean dobles enlaces.

A−B ↔ A + B

 Isomerasas: Reacciones de isomerización.

A↔B

 Ligasas: Formación de puentes con rompimiento de ATP.

A+ B+ ATP ↔ A−B+ ADP+ Pi

4.3. Cofactor – coenzima – grupo prostético9*

Los cofactores son pequeñas moléculas/iones de naturaleza no proteica que las enzimas usan durante la catálisis, es
decir, es requerida para que la enzima ejerza su función biológica. Las holoenzimas se producen por la unión de una
apoenzima y un cofactor. Las apoenzimas son enzimas que carecen de los componentes químicos apropiados para
realizar la actividad catalítica, por ello se ayudan de los cofactores.
Los cofactores se dividen en 2 grupos: los iones metálicos y las coenzimas (son pequeñas y de naturaleza orgánica).
El cofactor puede enlazarse estrechamente con la enzima, pasando a ser un grupo prostético (unión covalente).
La coenzima puede estar libre como un sustrato, por lo que se llama cosustrato.

4.4. Sitio activo9*

Es la región de la enzima donde se unen los sustratos y se realiza la catálisis. Es una región tridimensional de la
proteína que une específicamente al sustrato, mediante un reconocimiento estructural complementario. Contiene a
los grupos catalíticos y los cofactores/coenzimas. Proporciona la especificidad a la enzima.
Los sustratos se unen mediante interacciones débiles. Esto permite liberar energía libre para lograr la catálisis y
especificidad.

4.5. Teorías de unión del sustrato9*, 12

11
https://bqexperimental.files.wordpress.com/2010/01/actividad-enzimc3a1tica.pdf
12
Lehninger. Principios de Bioquímica - David Nelson & Michael Cox (5ta Edición)
  Modelo llave – cerradura
La enzima tiene un sitio (el sitio activo de la enzima) en el que “encaja” perfectamente el sustrato, al unirse ambos se
lleva a cabo la catálisis
 Modelo del ajuste inducido
La unión del sustrato al sitio activo de la enzima, promueve un cambio conformacional de la enzima para que al
unirse ambos se lleva a cabo la catálisis.

4.6. Complejo enzima – sustrato13

El sustrato queda ligado a una región específica de la enzima: el sitio activo. Estabilizan el complejo de transición. Es
decir, la enzima para catalizar la reacción debe ser complementaria al estado de transición.

4.7. Tipos de catálisis10*

 Catálisis ácido-base general
Si la catálisis usa H+ u OH- presentes en el agua se denomina catálisis ácida o básica específica.
La catálisis ácido-base general se refiere a transferencias de protones facilitadas por otro tipo de moléculas.

 Catálisis covalente
Implica la formación de un enlace covalente transitorio entre la enzima y el sustrato. Supongamos una enzima con un
grupo nucleofílico X :, se tiene:
A−B+ X : A− X +B H 2 O A+ X :+ B
→ →

 Catálisis por ion metálico

Puede participar de varias formas: Une los sustratos, orientándolo apropiadamente para la reacción. Mediante redox.
O mediante estabilización electrostática, o protección de cargas negativas.

13
https://profesorjano.files.wordpress.com/2009/12/enzimas-mcm-apuntes.pdf
 5. Enzimas

5.1. Catálisis enzimática10*

Uno de los factores que afectan la velocidad de una reacción catalizada por una enzima es la concentración de
sustrato presente ( [ S ] ), pero el estudio del efecto de la concentración es difícil debido a que ésta varía durante el
transcurso de la reacción. Una aproximación que sirve para simplificar los experimentos cinéticos consiste en medir la
velocidad inicial ( V 0 ) . A medida que aumenta [ S ] , V 0 aumenta cada vez menos hasta alcanzar un punto máximo,
V máx .
Michaelis y Menten postularon:
E+ S k 1 ES k 2 E+ P
¿ ¿
Donde la formación de productos es el paso limitante de la reacción, así, la velocidad de reacción global ha de ser
proporcional a [ ES ] .
Supongamos que existe un estado estacionario en el cual [ ES ] es constante a través del tiempo, así, la velocidad de
formación y de descomposición de ES puede igualarse. Además, en los primeros instantes de la reacción [ P ] se
puede despreciar, así:
E+ S k 1 ES k 2 E+ P
¿ →
Así obtenemos:
[ Et ] [ S ]
[ ES ] =
k −1+ k 2
[ S ]+
k1
Donde:
[ Et ] : Suma de la enzima libre y enzima unida a sustrato.
k −1 +k 2
: Constante de Michaelis – Menten, K M .
k1

Se sabe que la velocidad máxima se consigue cuando: [ ES ] =[ E t ] , además:

V 0=k 2 [ ES ]
V máx =k 2 [ Et ]
Así se obtiene:
V máx [ S ]
V 0=
K M +[ S ]

Esta es la ecuación de Michaelis – Menten, la ecuación de velocidad de una reacción catalizada por un sustrato.
Una relación interesante se da cuando V 0=V máx , así:
K M =[ S ]

También, para una representación gráfica, la ecuación de Michaelis – Menten se puede transformar a la ecuación de
Lineweaver – Burk:
1 KM 1
= +
V 0 V máx [ S ] V máx

Podemos definir una constante de velocidad limitante: k cat . También puede llamarse número de recambio. En cinética
de Michaelis – Menten, k cat=k 2, así:
V máx
k cat=
[ Et ]
Indicará el número de moles de sustrato convertidos a producto por segundo y por mol de enzima. Útil para comparar
las actividades de las diferentes enzimas.
Para comparar las eficiencias catalíticas de las enzimas se usa la constante de especificidad:
k cat
KM

5.2. Inhibición10*
Los inhibidores enzimáticos son moléculas que interfieren en la catálisis, enlenteciéndola o deteniendo las reacciones
enzimáticas. Son de dos tipos: reversibles e irreversibles.

 Inhibición reversible
Existen 3 tipos: Competitiva, acompetitiva o mixta.
- Competitivo: Compite con el sustrato por el sitio activo de la enzima. Mientras el inhibidor
ocupa el sitio activo impide la fijación del sustrato a la enzima. Son estructuralmente similares al sustrato,
formando un complejo EI que no conduce a la catálisis. Aquí, V máx no cambia, pero si lo hace K M .

- Acompetitivo: Se fija a un sitio distinto del que se fija el sustrato. Sólo se une al complejo ES.
Aquí disminuye V máx y K M .

- Mixta: Se fija a un sitio distinto del que se fija el sustrato. Se una al complejo ES y a la
enzima. Afecta a V máx y K M . Un caso especial es la inhibición no competitiva, donde V máx se ve afectada
pero no K M .

 Inhibición irreversible
Se unen de manera covalente, destruyen un grupo funcional de la enzima que es esencial para su actividad o forman
una asociación no covalente muy estable.

5.3. Control de la actividad enzimática

Se define 1,0 unidad de actividad enzimática como la cantidad de enzima que produce la transformación de 1,0
[mol] de sustrato por minuto a 25ºC. El término actividad se refiere a las unidades totales de enzima en una
solución.
 6. Bioenergética y Metabolismo

6.1. Bioenergética14
Las células y organismos vivos son sistemas abiertos que intercambian materiales y energía con su entorno.
Aprovechan la energía:
 A partir de la energía solar
 A partir de componentes químicos de su ambiente (nutrientes)

Utilizan la energía para la producción de un trabajo biológico:

 Biosíntesis (anabolismo)
 Trabajo mecánico (contracción muscular)
 Gradientes osmóticos (transporte contra gradiente)
 Trabajo eléctrico (transmisión del impulso nervioso)

En su sentido más amplio es la aplicación de la Termodinámica en los sistemas biológicos, esto incluyen todas las
transformaciones de energía que se producen en los seres vivos. Es el estudio cuantitativo de la transferencia y
utilización de la energía en los sistemas biológicos. La única energía que pueden utilizar es la energía libre de Gibbs.
Prácticamente en todos los procesos que se dan en los seres vivos, existe un intermediario común en los
intercambios de energía, el Trifosfato de Adenosina (ATP) de ahí que en forma clásica la Bioenergética se ocupe del
estudio de los mecanismos de síntesis de ATP, dejando los mecanismos de consumo para su revisión durante el
estudio del metabolismo.

6.2. Acoplamiento energético de las reacciones químicas 1*

Las reacciones exergónicas espontáneas se acoplan a reacciones endergónicas para que éstas tengan lugar.
Por ejemplo:

Glucosa+ Pi →Glucosa−6−fosfato+ H 2 O ΔG =13,8

0
[ ]
kJ
mol

ATP+ H 2 O → ADP+ P i Δ G =−30,5

0
[ ]
kJ
mol
Cómo comparten intermediarios:

Glucosa+ ATP →Glucosa−6−fosfato+ ADP Δ G 0=−16,7

[ ]
kJ
mol
Así, la reacción global es exergónica.
Los compuestos ricos en energía, la liberan mediante hidrólisis y transferencia de grupo (rotura del enlace rico en
energía).

14
http://www.bioquimica.dogsleep.net/Teoria/archivos/Unidad61.pdf
 6.3. ATP14*
El Adenosintrifosfato es uno de los compuestos llamados nucleótidos. Los nucleótidos reciben este nombre debido a
que son las unidades estructurales de los ácidos nucleicos, pero también cumplen otras funciones. En el ATP los
componentes son Adenina, Ribosa y tres Fosfatos.
Los enlaces fosfoanhídridos tienen un G de hidrólisis muy negativo o un alto potencial de transferencia de grupos

fosfato. El cambio de energía libre estándar de hidrólisis del ATP puede ser de −25 a −40
[ ]
kJ
mol
.

Las reacciones de hidrólisis de los enlaces anhidro, producen un aumento de estabilidad de los productos:

Tabla 6.1: Termodinámica de las reacciones de hidrólisis

Reacción Energía Libre

ATP+ H 2 O → ADP+ P i 0
Δ G =−30,5
[ kJ
mol ]
ADP+ H 2 O→ AMP+ P i Δ G0 =−30,0
[ kJ
mol ]
AMP+ H 2 O → Adenosina+ P i Δ G0 =−14,0
[ kJ
mol ]
ATP+ H 2 O → AMP+ P Pi Δ G0 =−31,2
[ kJ
mol ]
P P i+ H 2 O →2 Pi Δ G0 =−29,3
[ kJ
mol ]
Analizando los valores enlistados, está claro que únicamente el ATP, ADP y Pirofosfato tienen alta energía de
hidrólisis de sus enlaces anhidro de fosfato.
Las reacciones de hidrólisis de los enlaces anhidro, producen un aumento de estabilidad de los productos, en
relación a los reactivos, mediante diferentes mecanismos que explican el valor grande del cambio de energía libre de
hidrólisis.
 La estabilización por resonancia de los productos de hidrolisis es mayor que la estabilización por resonancia
del compuesto.
 Repulsión electrostática entre los oxígenos negativamente cargados de los fosfatos favorece la separación
de los fosfatos.

6.4. Metabolismo15
Se denomina metabolismo al conjunto de reacciones químicas enzimáticamente catalizadas que tienen lugar en la
célula. Las reacciones químicas están organizadas en vías. Sustrato de una vía es transformado en producto con la
participación de numerosos intermediarios.
Características:
 Las vías metabólicas son irreversibles.
 Todas las vías metabólicas están reguladas finamente.
 Las vías anabólicas y catabólicas deben ser diferentes.
 Cada vía metabólica tiene un primer paso limitante.

6.5. Vías metabólicas

 Catabolismo: Vías degradativas. Generan energía. Es degradativo, oxidante y exergónico.
 Anabolismo: Vías biosintéticas. Requieren energía. Es constructivo, reductor y endergónico.
Ambas tienen lugar simultáneamente en el citoplasma celular. Existen también algunas rutas que, en todo o en parte,
son comunes al catabolismo y al anabolismo; reciben el nombre de rutas anfibólicas.

6.6. NAD+¿/ NADH ¿

15
http://www.bionova.org.es/biocast/documentos/tema15.pdf
Nicotinamida Adenina Dinucleotido, también llamada difosfopiridina nucleótido y Coenzima I, es un aceptor de
electrones en las vías catabólicas. Es una coenzima que se encuentra en todas las células vivas. En el metabolismo,
+¿¿
el NA D participa en las reacciones redox (oxidorreducción), llevando los electrones de una reacción a otra.
+¿¿
El NA D , que es un agente oxidante, acepta electrones de otras moléculas y pasa a ser reducido, formándose
NADH , que puede ser utilizado entonces como agente reductor para donar electrones.
+ ¿ ⇌NADH ¿
−¿+2 H ¿
+¿+2 e ¿
NA D
6.7. FAD /FADH 2
Flavina Adenina Dinucleotido es un aceptor de electrones en las vías catabólicas. Grupo prostético que se une
irreversiblemente al sitio activo de la enzima.
El FAD puede ser parcialmente reducido a un radical estable FADH o bien completamente reducido a FADH 2
(hidroquinona)
+ ¿⇌ FADH 2¿
−¿+2 H ¿
FAD+2 e

7. Glucólisis

7.1. Antecedentes16
La glucólisis consiste en una secuencia de 10 reacciones enzimáticas que catalizan la transformación de una
molécula de glucosa a dos de piruvato, con la producción de dos moles de ATP y dos de NADH por mol de glucosa.

7.2. Reacciones17
1) Fosforilación de la glucosa: Transferencia del grupo fosforilo del ATP a la glucosa para formar glucosa-6-
fosfato (G6P) en una reacción catalizada por la hexoquinasa.

Glucosa+ ATP Hexoquinasa Glucosa−6−fosfato+ ADP Δ G =−16,7

→
0
[ ]
kJ
mol

2) Conversión de G-6P en F-6P:

Glucosa−6−fosfato Fosfohexosa isomerasa Fructosa−6−fosfato ΔG0=1,7

↔ [ ] kJ
mol

3) Fosforilación de la F-6P a FBP:

Fructosa−6−fosfato+ ATP Fosfofructoquinasa Fructosa−1,6−bifosfato+ ADP Δ G =−14,2

→
0
[ ]
kJ
mol

4) Rotura de la FBP en DHAP y G-3P:

Fructosa−1,6−bifosfato Aldolasa Dihidroxiacetona fosfato +Gliceraldehído−3−fosfato ΔG =23,8

↔
0
[ ]
kJ
mol

5) Interconversión de las triosas fosfato:

Dihidroxiacetona fosfato Triosafosfato isomerasa Gliceraldehído −3−fosfato Δ G =7,5

↔
0
[ ] kJ
mol

6) Oxidación del G-3P a 1,3-DFG:

Gliceraldehído−3−fosfato+ Fosfato Gliceraldehído−3−fosfato isomerasa 1,3−bifosfoglicerato ΔG 0 =6,3

↔ [ ]
kJ
mol

7) Transferencia del -P desde el 1,3-DGP al ADP:

La formación de ATP por transferencia del grupo fosforilo a partir de un sustrato se conoce como fosforilación a
nivel de sustrato.

16
https://www.coenzima.com/coenzimas_nad_y_nadh
17
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/fad.html
 1,3−bifosfoglicerato+ ADP Fosfoglicerato quinasa 3−fosfoglicerato+ ATP Δ G0=−18,5
↔ [ ]
kJ
mol

8) Conversión del 3-GP en 2-PG:

3−fosfoglicerato Fosfoglicerato mutasa 2−fosfoglicerato Δ G =4,4

↔
0
[ ]
kJ
mol

9) Deshidratación del 2-PG a PEP:

2−fosfoglicerato Enolasa Fosfoenolpiruvato Δ G =7,5

↔
0
[ ]
kJ
mol

10) Transferencia del -P desde el PEP al ADP:

Fosfoenolpiruvato+ ADP Piruvato quinasa Piruvato+ ATP Δ G =−31,4

→
0
[ ]
kJ
mol

7.3. Balance energético

+¿+ 2 ATP+ 2 H2 O ¿

Glucosa+2 NA D +¿+2 ADP +2 P →2 Piruvato+2 NADH +2 H

i ¿

7.4. Regulación
 Inhibe: Alta concentración de ATP y citrato inhibe la fosfofructoquinasa.
 Promotores: AMP, ADP y la FBP estimulan la fosfofructoquinasa.

8. Complejo de la Piruvato Deshidrogenasa

8.1. Antecedentes18
El piruvato puede pasar a:
 Condiciones aeróbicas: Para la Fosforilación oxidativa
 Fermentación del ácido láctico: Para dar lactato.
 Fermentación alcohólica: Para dar Etanol+CO 2

La transformación del piruvato en acetil-CoA se lleva a cabo mediante un complejo multienzimático que descarboxila
al piruvato dando origen a una molécula de NADH , así como a un compuesto rico en energía, es decir, el acetil-CoA
Complejo multienzimático formado por 3 enzimas y 5 coenzimas para la reacción, y dos enzimas adicionales
implicadas en la regulación.
El complejo piruvato deshidrogenasa utiliza cinco coenzimas diferentes: FAD , NAD , CoA , Lipoamida y Pirofosfato
de tiamina.
El complejo piruvato deshidrogenasa tiene una localización exclusivamente intramitocondrial (matriz) dando comienzo
a los procesos oxidativos mitocondriales.
La actividad del piruvato deshidrogenasa se regula mediante fosforilación/desfosforilacíón de tal manera que la forma
fosforilada de la enzima es inactiva

9. Ciclo de Krebs

9.1. Antecedentes19
También llamado ciclo del ácido cítrico o ciclo de los ácidos tricarboxílicos. Es una ruta metabólica cíclica, de ocho
reacciones enzimáticas, en la que se oxidan fragmentos de 2C (acetilo) hasta CO 2 y H2O con un alto rendimiento
energético; por esta razón, a esta ruta se le denomina turbina metabólica. Se produce totalmente en el interior
mitocondrial.

18
https://academiaarcija.files.wordpress.com/2009/05/glucolisis.pdf
19
http://depa.fquim.unam.mx/amyd/archivero/Glucolisis_21645.pdf
 9.2. Reacciones
1) Formación del citrato:

Acetil−CoA +Oxalacetato+ H 2 OCitrato sintasa Citrato+CoA −SH Δ G =−32,2

→
0
[ ] kJ
mol

2) Formación del isocitrato vía cis-aconitato:

Citrato Aconitasa Cis− Aconitato+ H 2 O Aconitasa Isocitrato Δ G =13,3

↔ ↔
0
[ ] kJ
mol

3) Oxidación del isocitrato a α-cetoglutarato y CO2:

+¿ Isocitrato deshidrogenasa α −cetoglutarato+ NADPH + H
0
+¿+CO 2 Δ G =−20,9
[ mol
kJ
]¿ ¿
Isocitrato++ NADP ↔

4) Oxidación del α-cetoglutarato a succinil-CoA y CO2:

+¿ Complejoα −cetoglutarato deshidrogenasa Succinil−CoA +CO2 +NADH ¿
α −cetoglutarato +CoA−SH + NAD →

Δ G0 =−33,5
[ ]
kJ
mol
5) Conversión del succinil-CoA en succinato:

Succinil−CoA +GDP+ Pi Succinil −CoA sintasa Succinato+GTP+CoA −SH Δ G =−2,9

↔
0
[ ] kJ
mol

6) Oxidación del succinato a fumarato:

Succinato+ FAD Succinato deshidrogenasa Fumarato+ FADH 2 ΔG 0=0

↔ [ ]kJ
mol

7) Hidratación del fumarato y producción de malato:

Fumarato+ H 2 O Fumarasa L−Malato Δ G =−3,8

↔
0
[ ] kJ
mol

8) Oxidación del malato a oxalacetato:

+¿ Malato deshidrogenasa Oxalacetato +NADH +H
0
+ ¿Δ G =29,7
[ mol
kJ
]¿ ¿
L−Malato + NAD ↔

9.3. Balance del ciclo

+¿+FAD+GDP +Pi 2 CO 2+3 NADH +FAD H 2+CoA−SH +GTP¿
Acetil−CoA+3 H 2 O+3 NA D →

9.4. Regulación20
La regulación del ciclo hace posible la producción de moléculas de acuerdo a las necesidades celulares, y asegura
que no ocurra sobre o sub producción en un momento dado.
 Disponibilidad de sustratos.
 Inhibición por acumulación de productos.
 Regulación enzimática por citrato sintasa, isocitrato deshidrogenasa y α-cetoglutarato deshidrogenasa.
 Relación intramitocondrial ¿ ¿.

9.5. Reacciones anapleróticas

Son aquellas reacciones que reponen los intermediarios del ciclo del ácido cítrico.
−¿+ ATP Piruvato carboxilasa Oxalacetato + ADP+ Pi ¿
Piruvato+ HC O3 ↔

Fosfoenolpiruvato+CO 2+GDP PEP carboxilasa Oxalacetato+GTP

↔

20
https://academiaarcija.files.wordpress.com/2009/05/tema-25-destinos-metabolicos-del-piruvato.pdf
 −¿+ ATP Piruvato carboxilasa Oxalacetato + ADP+ Pi ¿
Piruvato+ HC O 3 ↔

−¿+ ATP Piruvato carboxilasa Oxalacetato + ADP+ Pi ¿

Piruvato+ HC O3 ↔