BAB I

PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Protein merupakan Makromolekul yang paling berlimpah di dalam sel hidup dan
merupakan 50% atau lebih dari berat kering sel. protein ditemukan di dalam
semua bagian sel. protein juga amat bervariasi ratusan jenis yang berbeda dapat
ditemukan dalam satu sel. Protein terdiri dari rantai rantai panjang asam Amino
yang terikat satu sama lain dalam ikatan Peptida. Asam Amino terdiri atas unsur
unsur karbon, hidrogen, oksigen dan nitrogen. beberapa protein mengandung
Gugus kimia lain seperti Fosfor, besi, Iodium dan kobalt. Protein mempunyai
peran penting dalam prosess bilogi karena protein adalah komponen utama
penyusun sel makhluk hidup (Dirga, et al, 2020).

Protein berasal dari Bahasa Yunani “proteios” yang memiliki arti pertama atau
utama. Seperti banyak diketahui, protein adalah zat makanan yang mengandung
nitrogen yang diyakini sebagai faktor penting untuk fungsi tubuh manusia.
Sehingga dapat diartikan protein merupakan makromolekul yang menyusun
sebagian besar sel dalam tubuh manusia. Sumber protein dapat digolongkan
menjadi dua yaitu, sumber protein konvensional dan juga sumber protein non
konvensional. Sumber protein konvensional bisa didapatkan dengan
mengkonsumsi makanan yang mengandung protein nabati (dari tumbuhan) dari
hewan. Sedangkan sumber protein konvensional biasanya berupa sumber protein
yang dikembangkan untuk menutupi kebutuhan dan protein biasanya berasal dari
mikroba (bakteri, khamir, atau kapang) Yang dikenal sebagai protein sel tunggal
(Kholimah, et al, 2021).

Aplikasi dalam bidang farmasi yaitu seorang farmasis dapat mengetahui prinsip
analisis protein dan cara menganalisis sehingga dapat dimanfaatkan pada
penelitian sampel yang mengandung protein hal inilah yang melatarbelakangi
percobaan kali ini.
I.2 Maksud dan Tujuan Percobaan
I.2.1 Maksud Percobaan
Memahami berbagai sampel protein berdasarkan ukuran (berat molekul)
dan struktur titik molekul menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid.

I.2.2 Tujuan Percobaan

Mengetahui berbagai sampel protein berdasarkan ukuran (berat molekul)
dan struktur titik molekul menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid.

I.3 Manfaat Percobaan

Manfaat dari percobaan ini yaitu untuk mengetahui memahami dan mengetahui
berbagai sampel protein berdasarkan ukuran (berat molekul) dan struktur titik
molekul menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid.

I.4 Prinsip Percobaan

Prinsip dari percobaan ini yaitu mengetahui teknik untuk memisahkan berbagai
sampel protein berdasarkan ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekul
menggunakan elektroforesis dengan menggunakan media SDS PAGE dan sampel
bakteri Escherichia coli.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

II.1 DASAR TEORI

Isitilah protein berasal dari bahasa yunani yaitu proteos, yang berarti yang utama
atau yang didahulukan. Kata ini diperkenalkan oleh ahli kimia Belanda, Gerardus
Mulder ian berpendapat bahwa protein adalah zat yang paling penting dalam
setiap organisme. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan ikatan
peptide. Tiga per empat zat pada tubuh terdiri dari protein (otot, enzim, protein
plasma, antibody, hormon). Banyak protein terdiri ikatan kompleks dengan fibril
atau disebut protein fibrosa. Macam protein fibrosa : kolagen (Tedon,
krtilago,tulang, elastin (arteri), keratin (rambut, kuku) dan aktinmiosin. Protein
dapat memerankan fungsi sebagai bahan structural karena seperti halnya polimer
lain. Protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-
linking dan lain-lain (Suprayitno dan Dwi 2017).

Protein dapat diidentifikasi, diekstrak, dan isolasi dari makhluk hidup, mulai dari
organisme sederhana, seperti virus dan bakteri hingga organisme kompleks
seperti manusia, hewan dan tanaman. Protein dapat diisolasi dari setiap organ
pada makhluk hidup, bahkan termasuk jaringan keras, seperti tulang pada
manusia, tanduk hewan, struktur halus jarring laba-laba, kerangka serangga atau
serat tanaman. Keberadaan protein disetiap bagian tubuh makhluk hidup
menunjukkan bagaimana protein memegang peranan vital dalam berbagai proses
biologi. Diluar air protein adalah biomolekul yang ditemukan paling banyak
didalam makhluk hidup, lebih banyak dari kelompok biomolekul lain (DNA,
RNA, Lipid, Polisakarida) (Thenawidjaja 2017).

Protein adalah polimer dari asam amino yang berikatan membentuk struktur
polinukleotida. Asam amino dicirikan dengan adanya gugus amina, gugus
karboksil, gugus hidroksil dan rantai samping asam amino. Protein merupakan
komponen strukturan dan fungsional yang terdapat dalam organisme hidup.
Dogma sentral biologi menempatakan protein sebagai hasil ekspresi gen dalam
organisme seluler maupun non seluler melalui proses replikasi., transkripsi dan
translasi. Peran protein sebagai komponen structural yang menyusun berbagai sel
dan jaringan., serta dalam tingkat organisasi kehidupan yang lebih tinggi dalam
organisme. Peran protein sebagai komponen fungsional dapat dilihat sebagai
biokatalisator reaksi biokimia yang terjadi dalam proses metabolisme organisme
sehingga dapat membantu meningkatkan efektivitas dan efisiensi reaksi kimia
dalam tubuh. Protein juga berperan dalam komunikasi antar sel yang menjadi
kunci mekanisme pertumbuhan, perkembangan dan ketahanan organisme yang
diperantarai oleh jalur sinyal transduksi (Interaksi antara ligand dan Reseptor
(Eka O, dan Maya E, 2019).

Escherichia coli merupakan salah satu bakteri koliform yang termasuk dalam
family Enterobacteriaceae. Enterobacteriaceae merupakan bakteri enteric atau
bakteri yang dapat hidup dan bertahan didalam saluran percernaan. Escherichia
coli merupakan bakteri berbentuk batang bersifat gram negative, fakultatif
anaerob, tidak membentuk spora dan merupakan flora alami pada usus mamalia.
Escherichia coli dibagi menjadi 3 kelompok besar berdasarkan interaksinya
dengan inang (manusia), yaitu (1) non pathogen (komensal), (2) pathogen saluran
pencernaan, dan (3) pathogen diluar saluran pencernaan (ekstraintestinal).
(Winiati P, et al 2018).

Identifikasi molekuler memerlukan tahapan awal yaitu isolasi DNA genom.

Prinsip isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang tidak tercampur
dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat.Isolasi DNA
genom dapat dilakukan dengan metode lisis sel secara fisik dan kimia. Secara
fisik sel dipecah dengan kekuatan mekanik yaitu secara freeze thaw, bead mill
homogenization dan resonansi misalnya dengan sonikasi. Sedangkan secara
kimia sel dirusak dengan buffer lisis berisi senyawa kimia yang dapat merusak
integritas barrier dinding sel, misalnya SDS (Sodium Dedocyl Sulfate) dan
CTAB (Cetyltrimethylammonium bromide) (Murtiyaningsih 2017).
II.2 Uraian Bahan
1. Aquadest (Fi III ,1979 : 961)
Nama Resmi : AQUA DESTILLATA
Nama Lain : Air Suling
RM/BM : H20 / 18, 02
Rumus
Struktur
: (Pubchem, 2022)
Pemerian : Cairan Jernih, Tidak Berwarna, Tidak Berbau
Kelarutan :-
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan : Sebagai Pelarut
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Baik
Persyaratan :-
Kadar
2. Ammonium Presulfat (Fi III. 1979 : 644)
Nama Resmi : AMONIUM PRESULFAT
Nama Lain : Amonium Presulfat
RM/BM : (NH4) 25. 208 / 27, 21
Rumus
Struktur : (Pubchem, 2022)
Pemerian : Serbuk Hablur Atau Hablur Putih
Kelarutan :-
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan :-
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Rapat
Persyaratan : Mengandung Tidak Kurang Dari 98,0 % (NH4) 25.
Kadar 208
3. Acrylamide (Pubchem, 2022)
Nama Resmi : 2-PROPENAMIDE
Nama Lain : Acrylamide
RM/BM : C3 H5 NO / 71, 03
Rumus
Struktur
: (Pubchem, 2022)
Pemerian : Berwujud Padatan Kristal Putih
Kelarutan :-
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan :-
Penyimpanan : Ditempat Sejuk
Persyaratan :-
Kadar
4. Bis Acrylamide (Pubchem, 2022)
Nama Resmi : N,N'-Methylenebisacrylamide
Nama Lain : Bis Acrylamide
RM/BM : C7H10N2O2 / 154,17
Rumus
Struktur
: (Pubchem, 2022)
Pemerian : Bubuk Kristal Putih, Bau Netral
Kelarutan : Sangat Larut Dalam Air
Khasiat :-
Kegunaan : Zat Tambahan
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Baik
Persyaratan :-
Kadar
5. Bromphenol Blue (Fi III, 1979 : 660)
Nama Resmi : BROMPHENOL BLUE
Nama Lain : Bromphenol Blue
RM/BM : C18 G10 Br4 O53 / 670
Rumus
Struktur : (Pubchem, 2022)
Pemerian : Hablur Merah Jambu
Kelarutan :-
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan :-
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Rapat
Persyaratan :-
Kadar
6. Gliserin (Fi III, 1979 : 271)
Nama Resmi : GLYCEROLUM
Nama Lain : Gliserol
RM/BM : C3H3O3 / 92,10
Rumus Struktur

: (Pubchem, 2022)
Pemerian : Cairan Seperti Sirup
Kelarutan : Dapat Bercampur Dengan Air Dan Etanol
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan :-
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Rapat
Persyaratan : Mengandung Tidak Kurang Dari 99,0 % Dan Tidak
Kadar Lebih Dari 101,0 % C3H3O3
7. Glisin (Fi IV, 1995 : 419)
Nama Resmi : GLYCINUM
Nama Lain : Glisin
RM/BM : C2H5NO2 / 75,07
Rumus
Struktur
: (Pubchem, 2022)
Pemerian : Serbuk Hablur Putih, Tidak Berbau, Rasa Agak Manis
Kelarutan : Mudah Larut Dalam Air, Sangat Sukra Larut Dalam
Air
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan : Zat Tambahan
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Rapat
Persyaratan : Mengandung Tidak Kurang Dari 90,5 % Dan Tidak
Kadar Lebih Dari 101,5 % C2H5NO2
8. Hcl (Fi III, 1979 : 53)
Nama Resmi : ACIDUM HYDROCHLORIDUM
Nama Lain : Asam Klorid
RM/BM : HCL / 36,46
Rumus Struktur

: (Pubchem, 2022)
Pemerian : Cairan Tidak Berwarna, Bau Merangsang
Kelarutan : Sangat Larut Dalam Air
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan : Sebagai Pelarut
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Baik
Persyaratan : Mengandung Tidak Kurang Dari 35,0 % Dan Tidak
Kadar Lebih Dari 38,0 % HCL
9. Sodium Bodecyl Sulfate ( Pubchem, 2022)
Nama Resmi : SODIUM DODECYL SULFATE
Nama Lain : Sodium Lauryl Sulphat
RM/BM : NA SO4 C12 H25 / 288,38
Rumus
Struktur : (Pubchem, 2022)
Pemerian : Pasta Atau Cairan Putih Hingga Kuning Pucat
Kelarutan : Kelarutan Dalam Air 9/100 Ml Pada 20 %
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan :-
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Baik
Persyaratan :-
Kadar
10. Tris HCL
Nama Resmi : 2-AMINO-2-(HYDROXYMETHYL)PROPANE
Nama Lain : Tris HCL
RM/BM : C4 H4 NO3. HCL / 157,6
Rumus
Struktur : (Pubchem, 2022)
Pemerian : Padatan Berwarna
Kelarutan : Sangat Larut Dalam Air
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan :-
Penyimpanan : Simpan Ditempat Yang Sejuk Dan Memiliki Ventilasi
Yang Baik
Persyaratan :-
Kadar
11. Temed (Pubchem, 2022)
Nama Resmi : N,N,N',N'-TETRAMETHYLETHYLENEDIAMINE
Nama Lain : Temeed
RM/BM : C6 H16 N / 116,208
Rumus Struktur

: (Pubchem, 2022)
Pemerian : Cairann Tidak Berwarna, Tampak Kuning, Bau Khas
Kelarutan :-
Khasiat : Zat Tambahan
Kegunaan :-
Penyimpanan : Dalam Wadah Tertutup Baik
Persyaratan :-
Kadar
12. Media LB (Pratiwi, 2019)
Komposisi :
Peast Extra
Tripton
Nacl
Kegunaan : Media Natrium
II.3 Uraian Sampel
1. Eschericia Coli (Yanuar, 2019)
Kingdom : Bacteri
Division : Propophyta
Class : Scitomycate
Orde : Eubacteriologi
Family : Eutercobacteriaceae
Genus : Escherichia
Spesies : Escherichia Coli
II.4 Prosedur kerja (tim dosen, 2022)
a) Pembuatan mastermix PCR (Berdasarkan protokol standar dari Red mix
yang digunakan)
1. Siapkan semua bahan yang dibutuhkan, cairkan dan tetap jaga pada suhu
dingin.
2. Buat formula mastermix seperti pada tabel atau sesuai dengan kebutuhan
Komponen 1 reaksi Volume (µL)
2X Taq Plus PCR Mastermix 25
Primer Forward (10 µM) 1
Primer Reverse (10 µM) 1
DNA template 200 ng (disesuaikan)
Nuclease free water Add 50
Total Volume 50 L
3. Masukkan semua komponen mastermix kedalam PCR tube dengan urutan
yang berwarna dan lebih besar volumenya terlebih dahulu, lalu vortex
sehingga menjadi homogen, spin down untuk memastikan semua cairan
berada dibagian bawah tube.
b) Running PCR
1. Hidupkan alat PCR (usahakan menggunakan UPS)
2. Atur parameter running PCR seperti contoh berikut : (Berdasarkan primer
yang digunakan)
Step Siklus Suhu Waktu
Pre denaturasi 950C 1 menit
Denaturasi 940C 30 detik
Annealing 580C 15 detik
Ekstensi 720C 30 detik
Pengulangan 30 kali 30 kali
Final ekstensi 720C 6 menit
Inkubasi 140C Disesuaikan
 3. Analisa produk PCR dengan proses elektroforesis gel agarose 1% - 2%,
kemudian difoto menggunakan gel documentation system
c) Pembuatan Agarose Gel Elektroforesis
1. Buatlah buffer TAE 1X dari pengenceran bunffer TAE 10X menggunakan
akuabides/ddH2O steril
2. Buatlah 2% agarose gel dalam 30 ml buffer TAE 1X, kemudian panaskan
dalam microwave/pemanas/hot plate dan stirrer sampai larutan menjadi
bening dan mendidih, hangatkan kemudian tambahkan GelRed 3 µL.
3. Biarkan hingga hangat kemudian tuang gel pada gel caster dan sisipkan
comb untuk membuat well (lubang/sumur), biarkan hingga memadat.
Kemudian angkat comb perlahan – lahan usahakan tidak terbentuk
gelembung pada sumuran gel.
4. Letakkan gel pada chamber elektroforesis dengan posisi well pada muatan
(-) negative (warna hitam)
5. Tuangkan buffer TAE 1X sehingga gel terendam dalam chamber
elektroforesis (tidak melebihi garis batas maksimum buffer)
d) Loading sampel dan Running Elektroforesis
1. Pipet 10 µL sampel kedalam well Catatan : Sampel dapat dicampurkan
dengan loading dye dengan perbandingan 1 : 4 (namun jika menggunakan
red mix HS tidak perlu menggunakan loading dye, karna sudah terkandung
didalam red mix)
2. Salah satu well dimasukkan dengan DNA Ladder sebanyak 6 µL
3. Atur voltase PowerPac pada 100 volt (V constant), lalu atur waktu selama
30 – 45 menit
4. Klik tombol “Run” pada PowerPac
5. Setelah selesai matikan alat kemudian pindahkan gel agarose kedalam UV
Transluminator
6. Kemudian dinyalakan dan didokumentasikan menggunakan kamera Hp.

BAB III
 METEDEOLOGI PERCOBAAN

III.1 Alat Dan Bahan

III.1.1 Alat
1. Mikropipet
2. Tabung eppendrof
3. Sentrifuge
4. Waterbath
5. Satu set alat elektroforesisi gel poliakrilamid
6. Comb
7. Tray

III.1.2 Bahan
1. Media CB cair
2. Media CB padat
3. Acrylamide
4. Bis-acrylamide
5. Tris
6. Sodium Dodecyl Sulfate
7. TEMED
8. Ammonium Persulfat
9. Glicerol
10. Clisin
11. Bromophenol Blue
12. Hcl
13. DTT

III.2 Sampel
Bakteri Escherichia coli

III.3 Cara Kerja

III.3.1 Tehnik Pemisahan Protein dengan Metode SDS-PAGE
1. Disiapkan alat dan bahan
2. Dibuat Loading Buffer
3. Dimasukan sampel kedalam Mikrotube
4. Dipanaskan loading buffer pada suhu 95° selama 5 menit
5. Dibuatkan larutan separating gel PH 8,8 dan PH 6,8
6. Diasiapkan dan disusun secara vertikal dua pelat kaca dengan
penjepit karet
7. Dituang separating gel ke dalam pelat kaca dan ditunggu hingga
mengeras
8. Dituang stocking gel pada bagian atas
9. Dimasukan comb (sisiran) dan tunggu hingga meneras dan terbentuk
sumur-sumur
10. Dikeluarkan comb
11. Dimasukan pelat kaca berisi gel kedalam alat elektroforesis
12. Ditambahakan buffer lisi PH 8,3
13. Dimasukan sampel dan protein ladder kedalam sumur-sumur
14. Dinyalakan arus listrik
15. Dilepaskan prlat kaca
16. Dibuan stocking gel dan dilanjutkan dengan pewarnaan
III.3.2 Pembuatan Separating gel 12.5%
1. Disiapkan alat dan bahan
2. Siapkan tabung polipropilen 50 ml
3. Masukkan 3,123 ml stock acrilamid dalam tabung
4. Masukkan 2,25 ml, 1 ml triss PH 8,8 kemudian tabung ditutup lalu
digoyang dengan perlahan-laha
5. Masukkan aquabides 1,505 ml, tabung ditutup lalu digoyang dengan
shaker secara perlaha-lahan
6. Masukkan 75ml SDS ( Sodium Dodecly Sulfat) 10 % tabung
ditutup, lalu digoyang denga shaker secara perlahan-lahan
7. Masukkan 75 ml APS (Amonium Pre Sulfat) 10 % ,tabung ditutup
lalu digoyang dengan shaker secara perlahan
8. Masukkan 6,25 ml TEMED, tabung ditutup lalu digoyang dengan
shaker secara perlahan-lahan
9. Segera tuang larutan kedalam plate pembentuk gel menggunakan
mikripipet 1 ml sampay bats
10. Perlahan lambahkan aquades diatas larutan gel dalam plate agar
permukaan gel tidak bergelombang
11. Biarkan gel memadat selama ,30 menit, setelaj itu, air/u-BuOH yang
menutup Separating gel dibuang
III.3.3 Pembuatan Stocking Gel 3%
1. Disiapkan alat dan bahan
2. Siapkan tabung polipropilen 50 ml
3. Masukkan 30% acrylamide-bis 0,45 ml
4. Masukkan 1 ml tris PH 6,8 sebanyak 0,78 ml , tabung ditutup lalu
digoyang dengan shaker secara perlahan-lahan
5. Masukkan Aquabides 2,11 ml, tabung ditutp lalu digoyang dengan
shaker secara perlahan-lahan
6. Masukkan 10 % SDS 30 ml ( Sodium Dodecyl Sulfat) tutup tabung
lalu digoyang denga shaker secara perlahan-lahan
7. Masukkan 10 % APS 30 ml kemudian tabung dititip lalu digoyang
secara perlahan -lahan
8. Masukkan TEMED 5 ml, tabung ditutup lalu digoyang dengan
shaker secara perlahan-lahan
9. Ditunag stocking gel
10. Pasang sisir tempat penyuntikan samprl biarkan hingga memadat
11. Lepas sisir
III.4 Skema Kerja

Alat dan Bahan

- Dibuat

Loading Buffer
- Dimasukkan Sampel
Mikrotube
+ Loading Buffer
- Dipanaskan suhu 95°c selama 5
menit
Mikrotube
- Dibuat

Larutan separating gel PH 8,8

- Dibuat
Larutan separating gel PH 6,8
- Disiapkan
- Disusun secara vertikal
Dua pelat kaca

- Dituang
Separating gel
- Tunggu hingga mengeras
- Dituang
Comb (sisiran)

- Ditunggu
Terbentuk sumur-sumur

- keluarkan comb
- Masukkan pelat kaca (berisi gel)
Alat elektroforesis
- Ditambahkan
Buffer Wis PH 8,3
 - Masukkan sampel dan protein ladder
di sumur

Dinyalakan arus listrik

- Dilepas
Pelat kaca
- Buang Stocking gel dan dilanjutkan

Pewarnaan
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

IV.1 Hasil Pengamatan

Sampel Hasil Keterangan

Bakteri Protein total yang di isolasi di

eseuerichia coli kultur bakteri e-coli memiliki
kelebihan pita yang berbeda-
beda

IV.2 Analisis Data

1. Pembuatan gel agarosa 2%
2% dibuat dengan 30 ml, maka :
2
x 30 ml = 0,69 (agorose)
100
IV.3 Pembahasan
Protein dapat dipisahkan atau dimurnikan berdasarkan besar molekul, muatan
dan afinitas elektronnya. Metode pemisahannya dikenal dengan istilah
elektroforesis yang merupakan metode yang digunakan untuk menentukan berat
molekul protein (BM). Pendeteksian kemurnian dan kerusakan protein atau
asam amino, asam nukleat serta penetapan titik isoelektrik protein (Kalmudin,
2020).

Tujuan percobaan ini adalah untuk mengetahui teknik pemisahan berbagai

sampel protein berdasarkan ukuran (berat sampel) dan struktur. Molekul
menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid.

Prinsip dari percobaan ini yaitu menganalisis protein menggunakan bahan yang
ditentukan dengan menggunakan media SDS-page dan sampel bakteri.

Cara kerja pada percobaan ini yaitu disiapkan alat dan bahan titik dibuat
loading buffer yang menggunakan (SDS, beta mercaptoetanol, brumofenol biru,
dan gliserol), dimasukkan sampel bakteri ke dalam mikrotum menggunakan
mikropipet titik ditambahkan loading buffer yang telah dibuat ke dalam
mikrotum yang berisi sampel menggunakan mikropipet titik dipanaskan
mikrotum pada suhu 95°C selama 5 menit. Dibuat larutan separating gel dengan
PH 8,8 yang mengandung acrylamid, bis-acrylamid, ammonium persulfate dan
TEMED. Disiapkan dua pelat kaca yang disusun secara vertikal dengan
penjepit kaca. Dituangkan larutan separatin gel terlebih dahulu ke dalam pelat
kaca, tunggu hingga keras. Dituangkan larutan stacking gel kemudian letakkan
comb (sisiran) di bagian atas jel sampai terendam setengah, ditunggu hingga
mengeras atau terbentuk sumur-sumur kemudian dikeluarkan comb (sisiran).
Dimasukkan pelat kaca berisi gel ke dalam alat elektroforesis secara vertikal.
Ditambahkan buffer lisis yang mengandung tris, glisin dan klorin dengan PH
8,3 ke dalam gel. Dimasukkan sampel ke dalam sumur, dan satu sumur
dimasukkan protein ledder. Dinyalakan arus listrik pada elektroforesis dan
diberhentikan sebelum molekul protein sampai pada bagian bawah gel. Dilepas
pelat kaca pada jel. Kemudian dibuang stacking gel di bagian atas. Diwarnai
separating gel menggunakan coomasie blue dan asam asetat di wadah dengan
cara direndam, setelah pewarnaan protein terdeteksi pita biru.

Alasan menggunakan SDS page berfungsi untuk mendenaturasi protein karena

SDS bersifat sebagai deterjen yang mengakibatkan ikatan dalam protein
terputus membentuk protein yang dapat tersikulasi dalam gel. Alasan loading
dye untuk protein berupa buffer yang terdiri dari 3 sebagai asam, bromofenol
sebagai pewarna dan gliserol sebagai pemberat (Oktaviani, 2019).

Alasan protein yang dialirkan medium yang mengandung medan listrik

menyebabkan senyawa-senyawa yang bermuatan listrik akan bergerak dalam
larutan sebagai akibat dari sifat polaritas yang berlawanan, sehingga mobilitas
suatu molekul merupakan fungsi dari bentuk, ukuran molekul, dan besar tipe
muatan (Rahmania, 2017).

Alasan penambahan larutan buffer berfungsi untuk mempertahankan ph dalam

medium pemisah koma dan berfungsi sebagai media penyedia elektrolit pada
proses pergerakan aliran listrik. Alasan dilakukan pemanasan yaitu karena
pemanasan merupakan salah satu faktor yang mengakibatkan senyawa-senyawa
terdenaturasi (Harahap, 2018).

Alasan penggunaan sampel bakteri E.coli pada percobaan ini adalah karena
bakteri E.coli mengandung banyak protein, yaitu tidak kurang dari 15%. Jika
dibandingkan dengan biopolimer lain seperti DNA yang hanya sekitar 1%,
RNA 6%, polisakarida 3%, lipida 2%, asam amino 1%, garam-garam mineral
1%, asam nukleat 1% dengan sekitar 70% air (Suhartono, 2019).

Sodium Dodecyl sulphate Polyacrilamide Gel Eektroforesis (SDS page) adalah

teknik untuk memisahkan rantai polipeptida pada protein berdasarkan
kemampuannya untuk bergerak dalam arus listrik yang merupakan fungsi dari
panjang rantai polipeptida atau berat molekulnya. Hal ini dicapai dengan
menambahkan deterjen SDS dan pemanasan untuk merusak struktur 3 dimensi
pada protein dengan terpecahnya muatan di sulfida yang selanjutnya direduksi
menjadi gugus Sulfi dihidrasil. SDS akan membentuk kompleks dengan protein
dan kompleks ini bermuatan negatif karena gugus-gugus anionik dari SDS
(Fatimah, et al, 2018).

Prinsip kerja SDS page melibatkan denaturasi awal protein komponen dengan
deterjen anonik yang juga mengikat protein memberikan semua protein muatan
negatif sebanding dengan massa molekul protein. Langkah ini diikuti dengan
elektroforesis melalui akrilik matriks gel bapoos yang memisahkan protein
berdasarkan masa molekul. Molekul-molekul yang lebih kecil akan bergerak
lebih cepat pada sel sedangkan molekul yang lebih besar akan bergerak secara
lambat sehingga menghasilkan pita yang dekat dengan well pada gel (Zulaika,
2017).

Elektroforesis menggunakan dua gel, yaitu separating gel dan stacking gel.
Separating gel berfungsi untuk memisahkan protein berdasarkan berat molekul
titik di dalam separating gel terdapat demet dan API yang berfungsi untuk
polimerisasi agar larutan memadat sehingga membentuk gel. Stacking gel
berfungsi untuk menyamakan starting point protein sebelum dijalankan sel yang
dipakai adalah poliacrylamide. Penggunaan poliacrylamide mempunyai
keunggulan dibandingkan dengan gel lainnya, karena tidak bereaksi dengan
sampel dan tidak menghambat pergerakan sampel yang memungkinkan
pemisahan protein secara sempurna. Selain itu, gel poliacrylamitde ini
mempunyai daya pemisahan yang cukup tinggi (Oktaviani, 2019).

Faktor-faktor yang mempengaruhi elektroforesis adalah sampel, larutan buffer

dan media listrik (Harahap, 2018).

Beberapa faktor yang mempengaruhi keberhasilan SDS page tersebut adalah

kemurnian isolat kebersihan isolat, konsentrasi protein dalam ekstrak. Isolat
yang murni akan menghasilkan pita protein yang baik tidak terdapat pita protein
yang menggelembung sehingga dapat mempermudah analisis molekul berat
relatif. Konsentrasi protein ekstrak mempengaruhi kualitas pita protein yang
terbentuk pada proses analisis karakteristik protein juga kecepatan pembuatan
pita protein (Germanyta, 2016).

Beberapa bagian alat elektroforesis adalah tray yang berguna untuk tempat
cetakan gel, comb untuk mencetak sumur-sumur pada gel elektroforesis,
chamber sebagai tempat berlangsungnya elektroforesis, pomersupply sebagai
sumber tegangan untuk listrik mengatur waktu berlangsung proses
elektroforesis, gel dokumentasi untuk mengamati dan mendokumentasikan gel
hasil elektroforesis (Redhina, et al, 2022).

Protein yang dielektroforesis dapat dianalisis dengan pengecatan menggunakan

commaise blue. Senyawa ini biasanya ditambahkan bersama-sama dengan
sampel titik pengecatan protein dapat juga dilakukan dengan larutan perak nitrat
yang lebih sensitif dibandingkan dengan commase blue (Yuwono, 2016).

Pada hasil elektroforesis terdapat sejumlah pita protein yang memiliki ketebalan
berbeda-beda titik protein yang memiliki ketebalan yang lebih besar
dibandingkan protein lain menunjukkan bahwa protein tersebut memiliki
konsentrasi yang tinggi titik semakin tinggi konsentrasi protein maka semakin
tebal pita yang terbentuk. Hal ini sejalan dengan prinsip pergerakan molekul
yang bermuatan yakni molekul bermuatan dapat bergerak bebas di bawah
pengaruh medan listrik, molekul dengan muatan dan ukuran yang sama akan
terakumulasi pada zona atau pita yang sama (Naschasain J, 2017).

Daya hantar listrik pada air merupakan ekspresi numerik yang menunjukkan
kemampuan suatu larutan untuk menghantarkan arus listrik. Oleh karena itu,
semakin banyak garam-garam terlarut yang dapat terionisasi, semakin tinggi
pula nilai daya hantar listrik. Besarnya nilai daya hantar listrik bergantung
kepada kehadiran ion anorganik, valensi, suhu, konsentrasi total maupun
relatifnya. Daya hantar listrik (DHI) merupakan kemampuan suatu cairan untuk
menghantarkan arus listrik disebut juga konduktivitas (Khatimah, et al, 2017).

SDS page dinilai lebih menguntungkan dibandingkan dengan elektroforesis

kentang dan elektroforesis Pati. Hal ini disebabkan karena besarnya pori
medium penyangga, serta perbandingan konsentrasi acrylamide dan bis metten
acrylamide. Selain HCl, jel ini tidak menimbulkan konveksi dan bersifat
transparan (Susanti dan iman, 2021).

Sdsp cuma miliki kekurangan yaitu bersifat toksik preparasi gelnya

membosankan atau jenuh dan sering ada kebocoran dan butuh gel baru setiap
eksperimen (Santoso, et al, 2020).

Komposisi dari buffer TAE (tris asetate EDTA) atau tris HCl, asam asetat dan
EDTH PH 8, yang mana pada elektroforesis diperlukan larutan penyangga atau
buffer 0,05-0,50 m agar terjadi di mobilitas dalam keadaan basah maupun asam
titik jika pada keadaan Netral ion dan molekul jika dielektroforesis tidak
menyebabkan mobilitas dan yang seperti kita ketahui bahwa aquades adalah
salah satu larutan yang bersifat netral maka dari itulah aquades tidak bisa
digunakan sebagai larutan penyangga (Singga, et al, 2017).

Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan

listrik ditempatkan pada Medan berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut
akan berintegrasi menuju kutub paithfage negatif berdasarkan muatan yang
terkandung di daerahnya (Setiawan, 2018).

Aplikasi dalam bidang Farmasi seorang farmasi dapat mengetahui prinsip

analisis protein dan cara menganalisis sehingga dapat dimanfaatkan pada
penelitian suatu sampel yang mengandung protein.
 BAB V
PENUTUP

V.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan pada percobaan ini :
1. Analisis protein adalah sebuah metode untuk mengetahui karakteristik dan
sifat dari protein yang digunakan atau protein yang sedang di analisis
2. SDS-PAGE merupakan metode analisis protein berdasarkan pemisahan dari
berat molekul protein yang akan terpisah melalui poliakrilamid
3. Faktor yang mempengaruhi keberhasilan analisis yaitu sampel yang
digunakan arus listrik dan buffer

V.2 Saran
Diharapkan praktikan memahami cara kerja agar tidak terjadi kesalahan dalam
praktikum
 DAFTAR PUSTAKA

Dirga, et al .(2020). Analisis Protein Pada Teping Kecambah Kacang Hijau

(Phasealus Aureus L.) Yang Dikecambahkan Menggunakan Media Air, Air
Cucian Dan Air Kelapa. Jurnal of science and applicative technology.

Eka dan Maya E .(2019). Analisis protein isolat bakteri E.coli menggunakan SDS-
PAGE. Jurnal pendidikan biologi dan sains

Khotimah, D et a.(2021). Protein Sebagaia Zat Penyusun Dalam Tubuh Manusia

Tinjauan Sumber Protein Menuju Sel. Pisces vol 1

Mascheselin J.(2017). Efektivitas Obat Sirup Jahe Merah Terhadap Potensi

Pertumbuhan E.Colli. Docteral Diseratanium : FKIP UNPAS

Murtiyaningsih .(2017). Isolasi DNA Genom Dan Identifikasi Kekerabatan Genetik

Nanas Menggunakan RAPD. Jurnal Unmuh: Jember

Suprayitno E dan sulistiyati .(2017). Metabolisme Protein. Malang: UB press

Susanti dan Likan.(2021). Profil Protein Susu Dan Produk Olahannya. Jurnal MIPA
Vol 9 (3)

Santoso, et al.(2020). Dasar-Dasar Biokimia. Denpasar : Udayana University press

Singga, et al.(2017). Komposisi Buffer Pada SDS-PAGE. Yogyakarta : Deepublish

Setiawan .(2018). Genetiks Molekuler. Yogyakarta : Deepublish

Thenawidjaja M, et al .(2017). Protein Serial Biokimia Mudah Dan Menggugat.

Gramedia Widiasarana Indonesia

Winiati P, et al.(2018). Eschericia Coli: Patogenitas, Analisis Dan Kajian Resiko.

Bogor: IPB press