TRANSCRIPCION

La función de la ARN polimerasa es copiar una hebra del dúplex de ADN en

ARN.
Una unidad de transcripción es una secuencia
de ADN que se transcribe en un solo ARN,
iniciando en el promotor y culminando en el
terminador.
Las hebras de ADN se separan para
formar una burbuja de transcripción.
(12 a 14 bp)
El ARN se sintetiza mediante
apareamiento de bases
complementarias con uno de los
Hebras de ADN
A medida que avanza la burbuja
de transcripción se regenera el
dúplex de ADN, desplazando el
ARN de una solo cadena
polinucleótidica.
Durante la transcripción, en el interior de la
ARN polimerasa bacteriana, se mantiene la
burbuja donde se desenrolla y rebobina el
ADN y sintetiza ARN.
De los 12 a 14 bp que forman la burbuja solo 8
a 9 bp forman el hibrido ADN-ARN
La iniciación puede dividir en varios pasos. El
reconocimiento del molde o plantilla comienza con la unión
de la ARN polimerasa al promotor. La enzima forma un
complejo cerrado en el que permanece el ADN en doble
cadena, la enzima desenrolla la sección del promotor
incluyendo el inicio de la transcripción para formar el
complejo abierto. Con el ingreso de ribonucleótidos y la
complementariedad de las bases se inicia la síntesis con
eventos abortivos, aproximadamente 10 nucleótidos,
mientras todavía está unido en el promotor. La enzima a
menudo hace rondas sucesivas de abortos transcripcionales.
La fase de iniciación termina cuando la enzima finalmente
logra extender una cadena de ARN liberándose del
promotor.
La elongación implica el desplazamiento de la enzima. Se
agregan nucleótidos covalentemente al extremo 3 'de la
cadena de ARN en crecimiento, formando un ARN– Híbrido
de ADN dentro de la región desenrollada. Dependiendo de
las secuencias la enzima puede pausar su actividad y hasta
puede incluso eliminar algunos nucleótidos antes de
reiniciar.
La terminación implica el reconocimiento de secuencias que
señalan detener la adición de nucleótidos a la cadena de
ARN. Además, las pausas prolongadas pueden provocar la
terminación. La secuencia de ADN que dirige la terminación
al final de la transcripción se llama el terminador.
Transcripción en Procariotes
La ARN polimerasa bacteriana
Las ARN polimerasas bacterianas son inhibidas
por acción de antibióticos como rifampicina
La ARN polimerasa se asocia inicialmente con
la región de −55 a +20. Cuando sigma se
disocia, el núcleo enzimático se contrae a −30;
cuando la enzima mueve algunos pares de
bases, de forma compacta en el complejo de
alargamiento general.
Elementos del ADN y módulos de la ARN polimerasa que contribuyen al
reconocimiento del promotor por factor sigma.
Factores sigma de E. coli reconocen a los promotores con diferentes secuencias de
consenso.
 Aminoácidos involucrados de α hélice del
segment 2.4 en contacto con la cadena
codificante de la secuencia del promotor -10
El ADN se ve obligado a girar en el sitio activo
por un pared de la estructura enzimatica. Los
nucleótidos pueden ingresar al sitio activo a
través de un poro en la proteína.
 Ciclos transitorios

Elemento flexible permite movimientos hacia adentro y afuera

La polimerasa permanece unida al promotor y tira del ADN

pyrophosphorolytic editing
hydrolytic editing

Las secuencias de ADN necesarias para la
terminación se ubican hebra arriba de la
secuencia del terminador. Podría ser necesaria
la formación de una horquilla en el ARN.
Los terminadores intrínsecos
incluyen regiones palindrómicas que
forman horquillas que varían en
longitud de 7 a 20 pb. El tallo-bucle
incluye una región rica en G-C y es
seguida por una serie de U residuos.
El factor Rho se une al ARN y se transloca a lo largo del
ARN hasta que alcanza el híbrido ARN-ADN en el ARN
polimerasa, donde libera el ARN del ADN.

Un sitio de unión de Rho tiene una secuencia rica en C y

pobre en G antes del sitio (s) real (s) de terminación. La
secuencia corresponde al extremo 3 'del ARN.
Rho tiene un dominio de unión a ARN N-
terminal y un Dominio de ATPasa C-terminal.

Un hexámero en forma de anillo se une al ARN

a lo largo del exterior de los dominios N-
terminales. El final 5 ʹ del ARN está unido por
un sitio de unión secundario en el interior de
el hexámero.
La transcripción genera un superenrollamiento
positivo en el ADN antes de la ARN polimerasa,
mientras que por detrás se produce un
superenrollamiento negativo
 T7RNA polymerase

La ARN polimerasa T7 tiene un bucle de especificidad

que une las posiciones −7 a −11 del promotor,
mientras que las posiciones −1 a −4 ingrese al sitio
activo.
 Sigma Factor – set of promoters

Además de σ70, E. coli tiene varios factores

sigma que son inducidos por condiciones
ambientales particulares. (Un número en el
nombre de un factor indica su masa).
El factor sigma asociado con el núcleo
enzimático determina el conjunto de
promotores en el que se inicia la transcripción.
La transcripción de los genes del fago SPO1
está controlada por dos sustituciones sucesivas
del factor sigma que cambian la especificidad
de iniciación
La esporulación involucra la diferenciación
de una bacteria a bacteria madre que es
lisada y una bacteria espora que es liberada.
Implica cambios sucesivos controlados por
diversos sigmas que controlan la
especificidad de la ARN polimerasa. Las
cascadas en la célula madre (izquierda) y el
esporas (derecha) están relacionadas por
señales que pasan a través del tabique
(indicado por flechas horizontales).
Antitermination

La antiterminación puede
controlar la transcripción al
determinar si la ARN
polimerasa termina o lee un
terminador particular en la
siguiente región
Una proteína de antiterminación puede actuar
sobre el ARN polimerasa para permitirle leer a
través de un terminador específico
Transcripción en Eucariotes
 Los factores basales de transcripción y el
centro promotor son distintos para cada
polimerasa.
Pol I
• RNA Pol I
– Sintetiza el
precursor de rRNA 45S rRNA
precursor
(18S/28S)
Pol II
• RNA Pol II
– mRNAs, TATA pre-mRNA
U6 snRNA box

• RNA Pol III Pol III

– tRNA, 5S rRNA, AB
U1-U5 snRNAs tRNA
precursor
Un gen típico transcrito por la ARN polimerasa II tiene un promotor que se extiende
hebra arriba del sitio donde la transcripción es iniciado. El promotor contiene varias
secuencias cortas (~ 10 pb) elementos que se unen a factores de transcripción, dispersos
sobre ~ 100 pb.
Un potenciador (enhancer) que contiene una variedad de elementos más compacta que
también se unen a factores de transcripción pueden estar localizados varios cientos pares
de bases a varias kilobases distantes. (El ADN puede enrollarse o reordenarse para que
los factores de transcripción en el promotor y en el potenciador interactúan para formar
un gran complejo de proteínas).
 RNA polimerasa I sintetiza rRNA en el
nucléolo
RNA polimerasa II sintetiza mRNA en el
nucleoplasma
RNA polimerasa III sintetiza pequeños
RNAs en el nucleoplasma.

La subunidad mayor de la RNA

polimerasa II tiene un CTD (dominio
carboxiterminal ) que contiene
múltiple repeticiones de un
heptamero: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-
Pro-Ser

Una diferencia entre el la enzima

Las polimerasas forman un complejo de ~ 500 KD, y de eucariote es su inhibición por el
las doce subunidades que pueden tener las
compuesto octapeptido a - amanitin
polimerasa, algunas subunidades son comunes a todas
las clases de polimerasas de ARN eucariotas y algunas
están relacionadas con Polimerasa de ARN de
bacterias. Este dibujo es una simulación la ARN
polimerasa II de levadura purificada en un gel SDS para
separar las subunidades por tamaño.
 Promotor para RNA pol I
Región promotora de Pol I
(a) Estructura del promotor Pol I.
(b) Pol I factores de transcripción.
El caso que se muestra aquí es
para humanos. El conjunto de
proteínas involucradas para
ayudar a la transcripción de
Pol I en levadura es bastante
diferente.
UPE
UCE Upstream control element –
UPE
UBF Upstream binding factor
SL1 Factor selectivo de
transcripción 1
Factor de transcripción para pol I:
TIF.1B Rib1
 Promotor para RNA pol III

Los promotores de la ARN polimerasa III pueden consistir en secuencias bipartitas

hebra abajo del punto de inicio, box A separados de box C o box B, o pueden
consistir en secuencias separadas hebra arriba del punto de inicio (Oct, PSE, TATA).
Los promotores internos tipo 1 pol III utilizan
el ensamblaje factores TFIIIA y TFIIIC, en
boxA y boxC, para reclutar el factor de
posicionamiento TFIIIB, que recluta ARN
polimerasa III.
Los promotores internos de tipo 2 pol III
utilizan la unión de TFIIIC a las secuencias
boxA y boxB para reclutar el factor de
posicionamiento TFIIIB, que recluta ARN
polimerasa III.
 Startpoint polymerase II
Un promotor de pol II como mínimo puede
tener una caja TATA ~ 25 bp hebra arriba
del Inr. La caja TATA tiene la secuencia de
consenso de TATAA. El Inr tiene pirimidinas
(Y) que rodean el CA en el punto de inicio.
El DPE está hebra abajo del punto de inicio.
La secuencia muestra la cadena
codificante.

Promotor de Pol II. La figura muestra las posiciones de varios elementos de ADN. en relación con el sitio de inicio de la
transcripción (indicado por la flecha sobre el ADN). (BRE) Elemento de reconocimiento TFIIB; (TATA) Caja TATA; (Inr)
iniciador elemento; (DPE) elemento promotor hebra abajo; y (DCE) elemento central hebra abajo. También se muestran
las secuencias de consenso para cada elemento; (arriba) el nombre del factor de transcripción general que reconoce cada
elemento.
Modificación del heptapéptido en CTD de RNA polimerasa II durante la transcripción. El CTD de la ARN polimerasa II
cuando entra en el complejo de preiniciación no está fosforilado. La fosforilación de los residuos de Ser sirve como sitios
de unión para ambos Enzimas y quinasas de procesamiento de ARNm que catalizan aún más fosforilaciones.