;gmx pdb2gmx -f clean_model.pdb -o model.

gro -water spc

;gmx editconf -f model.gro -o box.gro -d 0.8 -bt cubic
;gmx solvate -cp box.gro -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top
;gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 3
;gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
-conc 0.2
;gmx grompp -f em.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
;gmx mdrun -v -deffnm em
;gmx grompp -f em-cg.mdp -c em.gro -p topol.top -o em-cg.tpr
;gmx mdrun -v -deffnm em-cg -nt 4
;gmx grompp -f nvt.mdp -c em-cg -r em-cg.gro -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 3
;gmx mdrun -deffnm nvt
;gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr -
maxwarn 3
;gmx mdrun -deffnm npt
;gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0.tpr
;gmx mdrun -deffnm md_0
;gmx trjconv -s md_0.tpr -f md_0.xtc -o md_0PBC.xtc -pbc mol -center (1and0)

;gmx rms -s md_0.tpr -f md_0PBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns (4 and 4)

;xmgrace rmsd.xvg
;gmx rmsf -f md_0.xtc -s md_0.tpr -o rmsf.xvg -oq bfac.pdb
;xmgrace rmsf.xvg
;pymol bfac.pdb

;Initital Structure: gmx rms -s em.tpr -f md_0PBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns

(Choose 4 and 4)
;Structure post MD: gmx rms -s md_0.tpr -f md_0PBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns (Choose 4
and 4)

;Plot the two together using Xmgrace: xmgrace rmsd_xtal.xvg rmsd.xvg

;( where em.tpr is the initial structure and md_0.tpr is after nvt npt and md)
;Black = New Structure; Red =Old Structure

;gmx trjconv -f em.gro -o em.pdb -pbc mol -s em.tpr (gmx to pdb ) (select 1)
; gmx pdb2gmx -f em.pdb -water spce -ignh ( if error occurs)

;gmx energy -s em-cg.tpr -f md_0.edr -o pos.xvg

;xmgrace pos.xvg

obabel inverted_Q1lig1.pdb -O lig2.pdbqt