Zhang et al.

Environmental Microbiome (2022) 17:25

https://doi.org/10.1186/s40793-022-00420-6 Environmental Microbiome

RESEARCH ARTICLEOpen Access

Beyond the snapshot: identification

of the timeless, enduring indicator microbiome
informing soil fertility and crop production
in alkaline soils
Jianwei Zhang1,2, Jan Dolfing3, Wenjing Liu1,2, Ruirui Chen1, Jiabao Zhang1, Xiangui Lin1 and Youzhi Feng1*

Abstract
Background: Microorganisms are known to be important drivers of biogeochemical cycling in soil and hence could
act as a proxy informing on soil conditions in ecosystems. Identifying microbiomes indicative for soil fertility and crop
production is important for the development of the next generation of sustainable agriculture. Earlier researches
based on one-time sampling have revealed various indicator microbiomes for distinct agroecosystems and agricul-
tural practices as well as their importance in supporting sustainable productivity. However, these microbiomes
were based on a mere snapshot of a dynamic microbial community which is subject to significant changes over
time. Cur- rently true indicator microbiomes based on long-term, multi-annual monitoring are not available.
Results: Here, using samples from a continuous 20-year field study encompassing seven fertilization strategies, we
identified the indicator microbiomes ecophysiologically informing on soil fertility and crop production in the main
agricultural production base in China. Among a total of 29,184 phylotypes in 588 samples, we retrieved a streamlined
consortium including 2% of phylotypes that were ubiquitously present in alkaline soils while contributing up to
half of the whole community; many of them were associated with carbon and nutrient cycling. Furthermore, these
phylotypes formed two opposite microbiomes. One indicator microbiome dominated by Bacillus asahii,
characterized by specific functional traits related to organic matter decomposition, was mainly observed in organic
farming and closely associated with higher soil fertility and crop production. The counter microbiome, characterized
by known nitrifiers (e.g., Nitrosospira multiformis) as well as plant pathogens (e.g., Bacillus anthracis) was observed in
nutrient- deficit chemical fertilizations. Both microbiomes are expected to be valuable indictors in informing crop yield
and soil fertility, regulated by agricultural management.
Conclusions: Our findings based on this more than 2-decade long field study demonstrate the exciting
potential of employing microorganisms and maximizing their functions in future agroecosystems. Our results
report a “most- wanted” or “most-unwanted” list of microbial phylotypes that are ready candidates to guide the
development of sustainable agriculture in alkaline soils.
Keywords: Soil microorganisms, Soil fertility, Sustainable agroecosystem, Archived soils, Fertilization

*Correspondence: yzfeng@issas.ac.cn
1
State Key Laboratory of Soil and Sustainable Agriculture, Institute of
Soil Science, Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210008, People’s
Republic of China
Full list of author information is available at the end of the article
Background
Soil microorganisms with their incredible genetic and
ecophysiological diversity play essential roles in regu-
lating multiple ecosystem services, including nutri-
ent cycling, organic matter decomposition, plant

© The Author(s) 2022. Open Access This article is licensed under a Creative Commons
Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution
and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to
the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons licence, and
indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are
included in the article’s Creative Commons licence, unless indicated otherwise in a credit
line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons licence
and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted
use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a
copy of this licence, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. The Creative
Commons Public Domain Dedication waiver (http://creativeco
mmons.org/publicdomain/zero/1.0/) applies to the data made available in this article,
unless otherwise stated in a credit line to the data.
 RANGKUMAN JURNAL
Mikroorganisme dikenal sebagai pendorong penting siklus biogeokimia di tanah dan karenanya dapat
bertindak sebagai proksi yang menginformasikan kondisi tanah dalam ekosistem. Mengidentifikasi mikrobioma
yang menunjukkan kesuburan tanah dan tanaman production adalah important fatau development dari generasi
next berkelanjutan agriculture. Earlier researches berdasarkan one-time sampling telah mengungkapkan
berbagai indikator mikrobioma untuk agroekosistem yang berbeda dan agricul- tural practices sebagai well
sebagai importance mereka di supporting berkelanjutan productivity. However, ini microbiomes were
berdasarkan hanya snapshot dari komunitas mikroba dinamis yang tunduk pada perubahan signifikan dari
waktu ke waktu. Mikrobioma indikator sejati yang disewakan berdasarkan pemantauan multi-tahunan
jangka panjang tidak tersedia.
Peneliti, menggunakan sampel dari studi lapangan 20- tahunan berkelanjutan yang mencakup tujuh strategi
fertilisasi, kami mengidentifikasi indikator mikrobioma yang secara ekofisiologis menginformasikan
kesuburan tanah dan produksi tanaman di basis produksi pertanian utama di Cina. Di antara total 29.184
filotipe dalam 588 sampel, kami mengambil konsorsium yang efisien termasuk 2% filotipe yang ada di mana-
mana di tanah alkali sambil berkontribusi hingga
setengah dari seluruh komunitas; banyak dari mereka dikaitkan dengan siklus karbon dan nutrisi. Selanjutnya,
phylotypes ini membentuk dua mikrobioma yang berlawanan. Salah satu indikator mikrobioma yang
didominasi oleh Bacillus asahii, ditandai dengan sifat fungsional spesifik yang terkait dengan dekomposisi
bahan organik, terutama diamati dalam pertanian organik dan diassiasikan dengan tanah yang lebih tinggi di
skala fertilitas dan produksi tanaman. Lawan microbiome alami , di karkterisasikan oleh nitrifikat
yang telah diketahui (misalnya, Nitrosospira multiformis ) serta patogen tanaman (misalnya, Bacillus
anthracis ) diamati dalam pemupukan kimia defisit nutrisi. Kedua mikrobioma tersebut diharapkan dapat menjadi
indiktor yang berharga dalam menginformasikan hasil panen dan kesuburan tanah, yang diatur oleh
manajemen pertanian.
Dalam Jurnal ini berdasarkan studi lapangan selama lebih dari 2 dekade ini menunjukkan potensi menarik
dari employing microorganisms dan memaksimalkan kesenangan mereka ctions di future agroecosystems
. Hasil menunjukan daftar filotipe mikroba yang paling tidak diinginkan merupakan kandidat siap untuk
memandu pengembangan pertanian berkelanjutan di tanah alkali.
 TRANSLASI JURNAL

Latar Belakang
Mikroorganisme tanah dengan keragaman genetik dan ekofisiologisnya yang luar biasa
memainkan peran penting dalam regu- lating beberapa layanan ekosistem, termasuk siklus
nutri- ent, dekomposisi bahan organik, tanaman
produktivitas, dan pengendalian patogen [1–3]. Namun, keanekaragaman komunitas bakteri
tanah yang sangat besar telah menghambat upaya untuk mengkarakterisasi taksa fungsional
dan/atau kontra- sortia [4]. Penelitian terbaru menunjukkan strategi alternatif untuk fokus
pada subset filotipe yang relatif kecil alih-alih menyaring secara mendalam keragaman yang
luar biasa itu [5–7]. Filotipe yang disempurnakan ini sangat diperlukan pra- dikirim dalam
komunitas dengan frekuensi tinggi dan mereka berkumpul sendiri menjadi konsorsium
yang dapat mencirikan kondisi lingkungan yang berbeda (selanjutnya disebut indikator
mikrobioma) [4, 8]. Mikrobioma yang ramping tetapi ada di mana-mana seperti itu akan
menjadi target yang bermanfaat bagi upaya berbasis genomik dan kultivasi untuk
meningkatkan pemahaman kita tentang mikroba tanah dan kontribusinya terhadap
ekosistem [4 , 6–8].
Agroekosistem dibentuk oleh jaringan interaksi yang terjerat di antara mikroorganisme yang
terdiversifikasi. Komposisi dan interaksi spesies dalam ikatan komuni- mikroba menentukan
fungsi dan layanan ekologis yang mereka berikan dan karenanya mereka memainkan peran
penting dalam menjaga keberlanjutan ekosistem [9]. Memanfaatkan mikroorgan- isme dan
memaksimalkan fungsinya dalam agroekosistem menawarkan salah satu solusi jangka panjang
yang paling menjanjikan untuk memenuhi permintaan integral untuk secara bersamaan
mempromosikan produksi tanaman dan kelestarian lingkungan [6, 10]. Mikroba tanah yang
berbeda secara filogenetik secara inheren menunjukkan preferensi ceruk yang berbeda, yang
pada gilirannya mencerminkan kondisi lingkungan yang berbeda [4, 8], misalnya, tanah
kesuburan tinggi dengan produksi tanaman tinggi, dan sebaliknya.
Pemupukan adalah salah satu manipulasi agroekosistem manusia yang paling berdampak
[11], di mana sistem pertanian penyelam-gent mendukung mikrobioma yang berbeda
tergantung pada dan menunjukkan kondisi dalam agroekosistem yang bersangkutan [12, 13].
Praktik pemupukan yang berbeda memberi kita kesempatan untuk mengungkap mikrobioma
indikator yang terkait dengan siklus nutrisi, misalnya, manajemen penambahan nitrogen
yang menggeser mikrobioma yang terkait dengan siklus N [12] dan amandemen bahan
organik yang menghubungkan mikrobioma yang terkait dengan dekomposisi bahan
organik bahan eksternal [13, 14]. Dalam konteks ini, percobaan lapangan jangka panjang
yang sistematis termasuk- ing aplikasi yang sering dari beberapa jenis pemupukan dapat
memberi kita mikrobioma indikator umum yang terkait dengan siklus nutrisi tanah dan
karenanya produksi tanaman [15– 17].
Tanpa gangguan eksternal yang kuat, komposisi komunitas mikroba tanah dapat bervariasi
pada skala dari hari ke tahun karena penyimpangan stokastik dan spesiasi dalam kombinasi
dengan proses penyebaran yang sedang berlangsung [18-20_bookmark22]. Mengingat situasi
ini, pola temporal mikroba tidak dapat diperlukan- yaitu digeneralisasi bahkan jika tanah
terkena kondisi iklim yang sama [21], yang mempertanyakan keberadaan mikrobioma
indikator yang konsisten yang dapat menahan
variabilitas temporal [18, 21]. Di sisi lain, situ- ation berbeda ketika pengaruh
deterministik dari gangguan eksternal yang kuat melebihi variabilitas temporal sto- chastic
yang melekat dalam komunitas mikroba [21, 22]. Misalnya, pembuahan adalah filter
mental lingkungan yang kuat yang secara signifikan membentuk lingkungan, dan
karenanya menggeser komunitas mikroba di dalamnya [6, 23, 24]. Dalam hal ini, kami
berhipotesis bahwa mikrobioma indica-tor spesifik secara konsisten muncul selama strategi
pemupukan jangka panjang yang berbeda, yang dapat menjadi indikasi kesuburan tanah dan
hasil panen. Memang, analisis temporal yang komprehensif dari mikrobioma indikator akan
tran- scend informasi berisik dari studi snapshot khas [7, 21] dan sangat penting untuk
penyempurnaan identifikasi dan penerapan mikrobioma indikator yang sangat penting untuk
tanaman hasil dan kesuburan tanah.
Di sini, kami melakukan analisis retrospektif dari percobaan pemupukan selama 20 tahun
yang mencakup 588 sampel dari tujuh perlakuan pupuk yang kontras, yang mewakili
lintasan sistem pertanian dari kon- ventional ke organik dan dari kekurangan nutrisi ke
keseimbangan nutrisi. Sampel unik ini memungkinkan kami untuk menyelidiki
keberadaan, komposisi, dan struktur mikrobioma indikator di seluruh skala decadal yang
terkait erat dengan kesuburan tanah dan produksi tanaman di bawah berbagai praktik
manajemen. Percobaan lapangan jangka panjang ini dilakukan di Dataran Cina Utara, di
mana rotasi jagung gandum musim dingin-musim panas adalah sistem tanam domi- nant
dan produksi tanaman terutama dibatasi oleh kesuburan asli yang rendah dari tanah alkali
[14]. Sekitar 30% lahan subur di dunia suf- fers dari tekanan alkali yang membatasi
produksi tanaman [25], dan tantangan ini diperparah oleh kekeringan global [26, 27 ].
Gandum dan jagung adalah salah satu tanaman komoditas yang paling banyak ditanam di
seluruh dunia, menyumbang sejumlah besar area subur lahan pertanian, menghasilkan
kalori non-daging dan pakan ternak [28]. Dalam hal ini, mikrobioma indikator yang
diidentifikasi untuk fer- tilitas tanah dan hasil panen dari penelitian ini, meskipun
dihasilkan dari lokasi pengambilan sampel tertentu, dapat memberikan infor- mation penting
untuk ekosistem lahan kering pada skala global yang suf- fer dari alkalinitas tanah.

Bahan dan metode

Situs studi dan pengumpulan sampel
Sampel tanah dikumpulkan dari percobaan pemupukan nutrisi jangka panjang di Fengqiu
Ecological Experi- Mental Station yang berafiliasi dengan Institute of Soil Science, Chinese
Academy of Sciences (Kaifeng City, Henan Prov- ince, 35° 00′ N, 114° 24′ E). Tanah ini
diklasifikasikan sebagai Aquic Inceptisol (tanah fluvoaquic berkapur), tanah alka- garis khas
di Dataran Cina Utara yang berasal dari aluvial
sedimen Sungai Kuning. pH tanah kira-kira 4plikasi re) secara total. Tanah C dan N
8,65, dengan total bahan organik pada 5,83 diukur dengan penganalisis LECO, dan tanah
g/kg, total N pada 0,45 g/kg, total P pada 0,5 P dan K diukur dengan kolorimetri.
g/kg, dan total K pada 18,5 g/ kg pada awal
Pengurutan DNA dan analisis keragaman bakteri
percobaan [14 ]. Tanaman suc- cession adalah
DNA genomik diekstraksi dari tanah yang
gandum musim dingin (Triticum aestivum L.
diarsipkan menggunakan FastDNA Spin Kit
) dan jagung musim panas (Zea mays L. ).
for Soil (MP Biochemicals, Solon, OH, USA),
Eksperimen ini dilakukan pada tahun 1989
dengan beberapa modifikasi pada protokol
dan terdiri dari tujuh rezim pembuahan
pabrikan. Secara singkat, tanah sekitar 500
dengan empat replikasi dalam plot acak
mg (sebagai berat kering) ditimbang
sebagai berikut [14]:
menjadi tabung centrifuge yang disiapkan
(1) OM: pupuk organik (dilengkapi dengan P
(prechilled hingga 4 °C) yang mengandung
dan K sebagai pupuk kimia untuk jumlah
buffer dan manik-manik kaca ekstraksi.
nutrisi yang sama seperti dalam perawatan
Sampel diinkubasi selama 30 menit untuk
lainnya); (2) NPKM: setengah pupuk organik
rehidrasi, dan kemudian sel-sel dilisis dalam
ditambah pupuk kimia NPK; (3) NPK: npk
FastPrep-24 Homogenizer (pengaturan 6,0,
pupuk chemi- cal seimbang ; (4) NP: pupuk
40 detik; MP Biokimia, Amerika Serikat).
kimia NP; (5) PK: pupuk kimia PK; (6) NK:
Sampel kemudian diinkubasi pada suhu 70 °C
pupuk kimia NK; dan (7) Kontrol: tidak ada
selama 10 menit untuk membantu lisis bakteri
pembuahan. Rincian pengalaman- desain
Gram-positif, dan secara singkat (~ 10 detik)
mental dan rezim pembuahan telah docu-
dikocok kembali dalam homogenizer. DNA
mented dalam pekerjaan sebelumnya [29, 30],
tanah yang diekstraksi dilarutkan dalam 50
dan dapat dirujuk dalam File tambahan 2:
μl buffer TE, diukur dengan
Tabel S1. Secara singkat, setiap plot diukur
9,5 5 m2. Semua fosfor (kalsium spektrofotometer
superfosfat),
kalium (kalium sulfat) dan pupuk organik
ferti- lizer (campuran jerami gandum, kue
rapeseed minyak, dan kue cot- tonseed dalam
perbandingan 100:40:45) diterapkan sebagai
pupuk basal, sedangkan N (urea) ditambahkan
dalam dua appli- kation sebagai basal (60 kg
ha−1 N untuk jagung dan 90 kg ha −1 N untuk
gandum, masing-masing) dan pupuk
tambahan (masing-masing 90 kg ha −1 N
untuk jagung dan 60 kg ha−1 N untuk
gandum). Hasil panen dicatat setiap tahun dan
umumnya meningkat di bawah pemupukan
kecuali untuk mereka yang kekurangan pupuk
N dan P (PK dan NK, masing-masing) dan
Kontrol yang tidak dibuahi (File tambahan 1:
Gambar. S1). Sampel tanah dikumpulkan
setiap tahun setelah panen jagung musim
panas (biasanya pada bulan Oktober),
dikeringkan di udara dan diarsipkan dalam
botol kaca yang dihentikan. Pada tahun
2019, kami
mengambil sampel tanah yang diarsipkan dari
tahun 1989 hingga 2009, menghasilkan 588
sampel (21 tahun × 7 rezim pemupukan ×
dan disimpan pada suhu − 20 °C USEARCH. Urutan raw paired-end (maju
(penyimpanan jangka panjang dalam − 80 dan mundur) digabungkan dengan fungsi
°C). Meskipun pengeringan udara dan "fastq_mergepairs" dan urutan berkualitas
penyimpanan jangka panjang, DNA rendah (panjang < 200 atau skor kualitas <
berkualitas tinggi ditemukan dari tanah yang 20) disaring dengan fungsi "fastq_filter"
diarsipkan selama beberapa dekade
dalam perangkat lunak USEARCH [33].
(260/280 ~ 1,8 ([31]). Kami sebelumnya
Kami menggunakan fungsi "fastx_uniques"
telah di-pub- lished berdasarkan analisis
untuk melakukan dereplication yang dapat
DGGE dari sampel ini [14], yang
sangat mengurangi permintaan memori
mengkonfirmasi perbedaan sistematis antara
computa- tional. Fungsi "cluster_otus" dan
sampel dari sistem pertanian yang berbeda
"unoise3" kemudian digunakan untuk
dan melaporkan bahwa Bacillus asahii mekar
mengelompokkan urutan unik ke dalam unit
dari 2 hingga 4 tahun seterusnya di bawah
taksonomi operasional (OTUs), dan untuk
pemupukan organik. Dalam penelitian ini,
per- bentuk koreksi kesalahan pada urutan
platform pengurutan throughput tinggi
(denoising menjadi OTUs radius nol,
Illumina digunakan untuk membedah
zOTUs ), masing-masing. Singletons dibuang
informasi yang lebih canggih tentang
karena berpotensi diakibatkan oleh kesalahan-
komposisi ko-munitas bakteri. Untuk setiap
ous sekuensing atau prediksi. Identifikasi
sampel tanah, set primer 519F/907R [32] filotipe dicapai dengan menggunakan
digunakan untuk memperkuat sekitar 400 bp pengklasifikasi RDP dengan ambang batas
wilayah V4-V5 dari frag- ment gen 16S kemampuan prob-80% ≥ 80% [34]. Tabel
rRNA bakteri. Urutan oligonukleotida OTU dibangun menggunakan
panjang 5 bp digabungkan ke primer depan fungsi "otutab", dan kemudian
untuk membedakan sampel individu. PCR dikombinasikan dengan identifikasi filotipe
dilakukan dalam campuran 50 μl dengan dalam R. Kami menghapus filotipe yang tidak
komponen-komponen berikut (konsentrasi ditetapkan sebagai Bakteri terdeteksi dan
akhir): 200 μM dNTP; 0, 6 μM maju dan dalam waktu kurang dari 10 kali di seluruh
mundur primer; 2 unit/50 ul Taq DNA kumpulan data. Akhirnya, data yang
polimerase (TaKaRa, Jepang); sekitar 1 ng/ divalidasi dijernihkan
μl template DNA; tambahkan udara steril ke
50 ul. Dua puluh lima siklus (95 °C untuk 45
detik, 56 °C untuk 45 detik, dan 72 °C
selama 60 detik) dilakukan dengan ekstensi
akhir pada suhu 72 °C selama 7 menit pada
siklus termal Bio-Rad C1000. PCR rangkap
tiga dilakukan per sampel dan kemudian
dikumpulkan, dimurnikan menggunakan kit
Qiaquick PCR Purification (QIAGEN), dan
diukur menggunakan NanoDrop ND-1000
(Thermo Scien- tific, USA). Produk PCR
berkode batang dari semua sam-
ples dinormalisasi dalam jumlah yang
sama untuk membangun perpustakaan
menggunakan kit MiSeq Regent v3 (PE 2 ×
300), dan kemudian diurutkan pada
platform Illumina MiSeq di
institut kami (Illumina Inc., CA, USA).
Data urutan gen 16S rRNA bakteri
dipropagandakan menggunakan pipa
hingga 8200 (untuk pengelompokan 97%)
dan 9500 urutan (untuk denoising) per sampel
untuk menyeimbangkan upaya pengambilan
sampel, masing-masing. Plot keragaman beta
dihasilkan dengan data yang dijernihkan
menggunakan skrip QIIME
beta_diversity_through_ plots.py berdasarkan
metrik Bray Curtis [35]. Kedua pendekatan
tersebut menghasilkan komu- nitas yang
sangat tumpang tindih (21.112 filotipe untuk
pengelompokan 97% dan 29.184 filotipe
untuk denoising, masing-masing), dengan
metrik keragaman alfa dan beta berkorelasi
sangat positif (r > 0,73 untuk kekayaan yang
diamati, dan r > 0,98 untuk Bray–Cur- tis
dissimilarity, File tambahan 1 : Gambar. S2).
Pendekatan denoising hanya meningkatkan
(sebesar 1,4 kali) resolusi keragaman bakteri,
sejalan dengan investi- gations sistematis
baru-baru ini yang menunjukkan efek
terbatas dari pendekatan OTU pada struc- ture
komunitas mikroba yang dihasilkan [8].
Meskipun ambang kesamaan 97% diterima
secara luas untuk menentukan OTUs
molekuler dari wilayah 16S rRNA bakteri [4],
penggunaan zOTUs bernoisasi memiliki
keuntungan penting pada yang jauh lebih
tinggi resolu- tion untuk memungkinkan
identifikasi yang lebih tepat hingga ke tingkat
spesies dan bahkan berpotensi melampaui
[8 ]. Di sana, mengingat tumpang tindih
substansial antara kedua pendekatan, kami
memutuskan untuk menggunakan zOTUs
denoized untuk semua analisis hilir.
Himpunan data yang dihasilkan dan dianalisis
selama studi saat ini tersedia di repositori
National Center for Biotechnology
Information (NCBI) dengan nomor aksesi
PRJNA726588.
Validasi untuk analisis mikroba retrospektif
berdasarkan sampel tanah yang diarsipkan
Kami pertama-tama memperkirakan kesetiaan
sampel tanah yang diarsipkan untuk analisis
retrospeksi sesuai dengan karakteristik
kimia tanah mereka (yaitu, SOC, TN, TP,
TK) dan komposisi ko-munitas bakteri
melalui algoritma Random Forest. Metode
ini sebelumnya telah terbukti mengungguli
pendekatan pemodelan lain ketika digunakan
untuk kumpulan data bakteri lingkungan
[13, 36]. Dalam model klasifikasi ini
(jumlah pohon = 500, permutasi = 999),
fertila-
strategi tion (vektor termasuk tujuh faktor
yang corre- spond terhadap tujuh perlakuan
pemupukan yang digunakan) ditetapkan
sebagai variabel respons sedangkan
karakteristik kimia tanah atau komposisi
masyarakat ditetapkan sebagai variabel
prediktor, di mana waktu pemupukan (pada
tahun dari 0 hingga 20) ditetapkan sebagai
strata (yaitu variabel faktor yang digunakan
untuk stratified sam- pling) untuk
mempertimbangkan dinamika temporal
dalam kondisi lapangan. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa sampel tanah yang
kami arsipkan disimpan dengan baik sejauh
kami dapat menggunakan sifat kimia tanah
akurasi (akurasi 91,5% esti- dikawinkan
melalui tingkat kesalahan out of bag pada
model Random Forest) dan komunitas
bakteri (akurasi 86,73%) untuk secara akurat
mengidentifikasi perlakuan pupuk yang
berasal dari sam- ple (File tambahan 1:
Gambar. S3). Akurasi kecocokan yang tinggi
ini dapat dibandingkan dengan yang
didasarkan pada
sampel segar [37], dan memberikan kesempatan untuk mengidentifikasi taksa
kepercayaan tinggi pada hasil kami. Analisis yang sangat terhubung dan indikator [43].
Random Forest dilakukan menggunakan Platform interaktif "Gephi" (set parameter
paket R rfPermute (dengan parameter default , v0.9.1 [44]) digunakan untuk
default, v2.1.81 [38]). memvisualisasikan pekerjaan bersih
kookrekursensi. Dalam grafik jaringan, node
Mengidentifikasi mikrobioma indikator dan mewakili filotipe indi- vidual, dengan warna
konstruksi jaringan ko-kejadian yang menunjukkan modul ekologis tempat
Kami pertama kali memilih taksa dominan mereka berada, dan ukuran node sebanding
dengan mempertahankan zOTUs di mana- dengan kelimpahan relatifnya dalam ko-
mana yang ada di lebih dari 80% dari munitas. Tepi mewakili korelasi berpasangan
semua sampel tanah (n = 544), yang yang signifikan dengan lebarnya sebanding
menghasilkan komunitas subset
terdiri dari 604 filotipe. Kami tidak dengan koefisien. Kami menghitung
menerapkan abun- kelimpahan relatif dari setiap kelompok
kriteria tari dalam analisis ini karena taksa dengan summa- rizing kelimpahan relatif dari
batu kunci mikroba dapat memberikan semua filotipe di dalamnya. Kami menyadari
pengaruhnya (baik secara individu atau sifat komposisi data mikrobioma [45] dan
sebagai serikat) pada ekosistem yang fakta bahwa korelasi Spearman bukanlah
berfungsi terlepas dari kelimpahannya di metrik korelasi yang sadar komposisi [46].
seluruh ruang dan waktu (seperti yang Ketika kami menguji dengan metrik korelasi
terlibat dalam fiksasi nitrogen atau oksidasi yang sadar komposisi, yaitu SparCC [47],
amonia) [5]. Jaringan ko-kejadian ekologi- meskipun ada perbedaan dalam lay-out dan
kal memberikan informasi penting tentang skala jaringan, hasil dan kesimpulannya sama
hubungan potensial di antara (File tambahan 1: Gambar. S4). Selain itu,
mikroorganisme tanah dan dapat digunakan
untuk mengidentifikasi filotipe indikator
tanah dan / atau konsorsium yang terkait
dengan tingginya tingkat func- tioning tanah
dan produksi tanaman [5, 23]. Semua
kemungkinan korelasi peringkat Spear-man
antara OTUs di seluruh sampel dan nilai P
yang sesuai dihitung. Kami mengoreksi
tingkat penemuan palsu menurut Benjamini–
Hoch- berg [39]. Kami menganggap
peristiwa ko-kejadian yang valid kuat jika
koefisien korelasi Spearman |ρ|> 0,6 dan
signifikan secara statistik pada P < 0,01 [40,
41]. Korelasi Spearman berpasangan
dihitung menggunakan fungsi 'rcorr' dalam
paket R Hmisc (v4.4–0) [42], dan jaringan
co-occurrence dibangun menggunakan fungsi
'graph.adjacency' dalam paket R picante
(v1.8.1). Kami juga mendeteksi
kluster/modul potensial dalam jaringan
cooccur- rence menggunakan fungsi
'fastgreedy.community' dalam paket R
picante, karena kluster ekologis mewakili
unit ekologis penting yang memberikan
Pendekatan Spearman menghasilkan fungsional modul dengan meringkas proporsi
jaringan berskala lebih besar di mana filotipe yang berhasil dicocokkan dalam setiap
menyediakan lebih banyak taksa kandidat modul.
potensial yang merupakan target yang
bermanfaat dalam praktik manajemen [4, 41]. Analisis statistik
Di sana, kami memutuskan untuk memilih Pentingnya taksa dominan ini diperkirakan
pendekatan Spearman dalam analisis down- dengan menghitung rasio hitungan mereka
stream . serta rasio kelimpahan relatif mereka .
Korelasi Pearson antara proporsi tipe/modul
filo- dan karakteristik kimia tanah dihitung
Identifikasi taksonomi yang akurat dan sifat menggunakan fungsi "rcorr" dalam Hmisc
fungsional mikroba usia paket R (v4.4–0) [42]. Metode kuadrat
Mengingat bahwa zOTUs yang didenoifikasi terkecil biasa digunakan untuk
memungkinkan identifi- kation yang tepat memperkirakan hubungan antara diversitas
hingga ke tingkat spesies [8], kami ko- munitas (alfa dan beta) yang dihasilkan
selanjutnya memvalidasi informasi taksonomi oleh 97% pendekatan pengelompokan dan
dengan meledakkan filotipe kami terhadap denoising serta dis- kesamaan antara seluruh
database 16S rRNA di NCBI. Hasil komunitas dan komunitas subset yang terdiri
penelitian menunjukkan bahwa, 163 dari 604 dari filotipe dominan terpilih. ANOVA
filotipe yang dipilih memiliki 16S urutan digunakan untuk menguji perbedaan
rRNA yang dapat ditetapkan dengan > 98,5% signifikan dalam proporsi masing-masing
iden- tity (ambang kesamaan untuk modul di antara perlakuan pupuk. Kami
membedakan dua spesies berdasarkan urutan menggunakan fungsi "aov" dalam Stats paket
gen 16S rRNA [48]) ke tipe speci- man R (v3.6.3) untuk melakukan analisis ini
dengan genom berurutan dalam database dengan rumus
NCBI. Kemudian, anotasi spesimen tipe yang
sesuai diambil sebagai taksonomi filotipe ini.
Akuntansi untuk kecocokan duplikat, 163
filotipe ini menyumbang 140 organisme tipe
terpisah. Kami mencocokkan fi- lotipe
tersebut di tingkat spesies dengan
mikroorganisme funorganismec- tional yang
tersedia untuk umum yang terkait dengan
nitrogen (fiksasi nitrogen/M00175,
nitrifikasi/M00528, denitrifikasi/M00529,
pengurangan nitrat dissimilasi/M00530,
asimi- latory reduksi nitrat/M00531,
nitrifikasi lengkap/ comammox/M00804),
(metabolisme fosfonat dan fosfinat/ko00440,
alkali fosfatase/ M00126), dan sulfur
(asimilatory fosfore sulfate reduction/
M00176, dissimilatory sulfate
reduction/M00596, oksidasi thio- sulfat oleh
SOX complex/M00595) metabo- lism dari
database KEGG (terakhir diakses pada 25
April 2021). Kami menghitung proporsi
aov(modul% ~ pupuk + Kesalahan mikro-bial yang disederhanakan ini terdiri
(durasi/pupuk)), di mana pupuk adalah dari 604 OTUs dari satu set kecil filum
variabel tetap, tetapi durasi percobaan bakteri (yaitu, filum Proteobacteria,
(tahun) acak dan pupuk bersarang dalam Firmicutes, Actinobacteria, Chloroflexi dan
durasi untuk memperhitungkan variasi Acidobacteria), yang hanya mewakili ~ 2,1%
temporal dalam dari semua 29.184 sampel kaktus - filotipe
kondisi lapangan. Pohon filogenetik rial, sementara berkontribusi pada hampir
melingkar itu di-visu- alized menggunakan setengah dari pembacaan total yang
diidentifikasi sebagai Bakteri (Gbr. 2 dan File
alat online iTOL [49]. Semua anal- yses tambahan 2 : Tabel S2). Variasi dalam indeks
statistik dalam penelitian ini didasarkan pada bray-Curtis yang berbeda- ity dari konsorsium
R versi v3.6.3 [42]. yang disederhanakan ini berkorelasi positif
dengan keragaman seluruh ko- munitas bakteri
(r = 0,95, P < 0,001, tambahan File 1: Gambar.
Hasil S5a).
Kesetiaan sampel tanah yang diarsipkan untuk Kelimpahan dan frekuensi filotipe individu
analisis retrospektif berkorelasi positif, dengan filotipe yang
Kami pertama kali memeriksa kesetiaan relatif sedikit menjadi sangat sering dan
kimia dari sampel tanah yang diarsipkan . berlimpah, dan sebagian besar
Berdasarkan tanda tangan kimia mereka,
kami dapat secara akurat menetapkan sampel
tertentu untuk perawatan tertentu dengan
kepercayaan diri > 91% (File tambahan 1:
Gambar. S3a). Kemudian kami melakukan
pendekatan yang sama berdasarkan tanda
tangan komunitas mikroba dari sampel, dan
hasilnya sekali lagi sangat positif: kami dapat
mengidentifikasi dengan 86,73% cer- tainty
dari seri perawatan apa sampel (disimpan)
berasal (File tambahan 1: Gambar. S3b).
Analisis koordinat utama (PCoA)
berdasarkan jarak Bray– Curtis
menunjukkan bahwa komunitas bakteri
tanah menunjukkan pola yang berbeda sesuai
dengan jenis pemupukan (Gambar. 1a),
dan untuk durasi pembuahan dalam setiap
jenis (Gbr. 1b). Yang mengejutkan, sampel
membentuk empat kelompok berdasarkan
jenis pemupukan: dua jenis fertilisasi organik
(OM dan NPKM) berbeda dari pupuk kimia
dan membentuk dua kelompok independen,
sedangkan tiga jenis pemupukan defisit
elemen (NP, NK, dan PK) dikelompokkan
bersama, sementara fer- tilizer kimia
seimbang (NPK) lebih erat kaitannya dengan
Kontrol yang tidak dibuahi (Gbr. 1Sebuah).

Identifikasi filotipe indikator

Karena mikroba yang secara konsisten hadir
dengan fre- quency tinggi cenderung
memberikan func- tions ekologis yang kritis,
kami mencari taksa mikroba yang terdeteksi
di lebih dari 80% sampel. Konsorsium
 s Komputer 2 b Komputer 2
(9,26%) (9,26%)
e
b
1989
u
a NK PK

h NP
Kontrol
NPK
NPKM
OM

Komputer 1 Komputer 1
2009
(12,05%) (12,05%)

Komputer 3 Komputer 3
(4,72%) (4,72%)

Gambar 1 Jenis dan durasi pemupukan sangat sangat menyusun komunitas mikroba. Proyeksi data dalam PCoA berdasarkan jarak Bray
Curtis. Simbol mewakili mikrobioma dan diwarnai oleh jenis pembuahan (a menurut jenis asal pembuahan spesifik) berdasarkan durasi (b
tahun pengambilan sampel, gradien warna). Tiga KOMPUTER MIKRO pertama diplot dengan persentase variasi yang dijelaskan oleh
masing-masing KOMPUTER MIKRO
taksa bakteri yang diambil dibatasi dalam lebih tinggi (File tambahan 2: Tabel S2).
kelimpahannya (File tambahan 1: Gambar. Namun demikian, beberapa filotipe
S5b). berlimpah di kelas Bacilli filum Fir-
Jika dibandingkan dengan database micutes, seperti B. asahii (r = 0,3),
GenBank, 163 dari 604 filotipe memiliki > Lysinibacillus sphaeri- cus (r = 0,31) juga
berkorelasi positif dengan produksi yang lebih
identitas urutan 98,5% dengan urutan yang tinggi.
diperoleh dari strain tipe bacte- rial yang
tersedia untuk umum (Gbr. 2 dan Identifikasi mikrobioma indikator
Tambahan file 2: Tabel S2). Taksa yang Kami menggunakan analisis jaringan co-
paling melimpah termasuk Bacillus asahii occurrence untuk mengidentifikasi phy-
(2,05%), Methylobacterium radiotolerans lotypes dalam mikrobioma indikator yang
(1,99%), Priestia fila- mentosa (0,94%) dan sangat con- nected satu sama lain, dan oleh
Blastococcus colisei (0,93%). Secara karena itu, preferensi lingkungan yang
keseluruhan, mayoritas anggota dengan berpotensi sama dan potensi fungsional
kelimpahannya terkait erat dengan berbagai (yaitu, efek pada produksi jagung dalam
kondisi hara tanah serta hasil jagung penelitian ini), yang bisa
(Gambar. 2), menunjukkan bahwa
konsorsium mikroba olahan ini dapat
bertindak sebagai mikrobioma indikator
kesuburan tanah dan produksi tanaman.
Specifi- cally, 40% filotipe yang berafiliasi
dengan filum Fir- micutes negatif (P < 0,05)
berkorelasi dengan produksi tanaman,
sementara lebih dari seperempat (27%) fi-
lotipe dalam filum Proteobacteria (terutama
yang ada di Alphaproteobacteria dan di
Gammaproteobacteria ) secara positif (P <
0,05) berkorelasi dengan produksi yang tinggi
melampaui prediksi berdasarkan affilia
taksonomi mereka saja. Pendekatan ini layak
dilakukan karena jenis pemupukan con-
trasting mendukung berbagai tingkat
produksi jagung (File tambahan 1: Gambar.
S1) dan cenderung memunculkan komunitas
mikroba yang berbeda (Gambar. 1Sebuah).
Kami mendeteksi dan mengidentifikasi
beberapa kelompok ekologis dari
mikrobioma yang disempurnakan dalam
kerja bersih ko-kejadian. Banyak anggota
(66 dari 165 filotipe) dari cluster ini dapat
diidentifikasi secara akurat pada tingkat
spe- cies berdasarkan ambang kesamaan
98,5% (Gbr. 2
dan File tambahan 2: Tabel S2). Secara
khusus, Cytobacil- lus firmus (kelimpahan =
0,88%), Neobacillus mesonae (0,81%) dan
Bacillus anthracis (0,56%) pada filum Fir-
mikus adalah anggota utama dalam modul
#1; modul #2 terutama terdiri dari
Nitrospira japonica (0,27%) dalam filum
Nitrospirae dan banyak taksa tidak
terklasifikasi lainnya dalam filum
Proteobacteria dan Acidobacteria; modul
#3 didominasi oleh Actinobacteria, seperti
Blastococ- cus colisei (0,93%) dan
Micrococcus terreus (0,63%); dan filotipe
dalam genus Bacillus dari filum Firmicutes
domi- nated modul #4, di mana B. asahii
(1,98%) dan L. sphaericus (0,31%) adalah
anggota yang paling melimpah melimpah
(Gbr. 3Sebuah). Anggota dalam setiap
modul secara konsisten dan positif
berkorelasi satu sama lain. Modul #1 dan
#2 adalah komponen utama dalam
jaringan, dan terhubung melalui beberapa
filotipe dengan korelasi negatif.
Selanjutnya, sementara beberapa anggota
(misalnya, N. mesonae dan B. anthracis
dalam modul #1, B. colisei dalam mod- ule
#3 dan B. asahii dalam modul #4) adalah
tipe phylo- penting yang mendominasi
komunitas dan membangun modul, taksa
dominan belum tentu dijamin menjadi
taksa keystone dalam suatu komunitas
(misalnya, Priestia flexa
Gambar 2 Identifikasi mikrobioma indikator dalam survei temporal ini. Rasio kelimpahan (%) dan kekayaan
indikator filotipe mikrobioma di masyarakat dilaporkan dalam diagram lingkaran. Plot kesal menunjukkan
tumpang tindih filotipe antara indicat spesifik pupuk individu atau microbiome. Phylogeny dari indicatatau
microbiome diidentifikasi dalam ini temporal survey (d). Tdia tree shows the phylogenetic relationships
dari OTUs= (n 604) terus-menerus hadir dalam jenis pupuk individu. Cincin "Filum" menunjukkan strain jenis
bakteri yang paling erat yang diambil dari GenBank, dengan identitas urutan > 97% dan 98,5% berwarna hitam
di cincin yang berdekatan "Identifikasi". Cincin "Korelasi" menunjukkan tombak Korelasi koefisien antara Si
proporsi bahasa Arab orang filotipe dan hasil hasil sebagai sumur sebagai Beberapa tanah gizi Variabel (TOC,
TN TP TK). Cincin "Kelimpahan (%)" mewakili Si proporsi bahasa Arab orang filotipe di Bakteri masyarakat.
 Kosong Sel di Cincin "Identitas", "Korelasi" mewakili Bakteri filotipe itu Gagal ke korek api Si ambang ambang
yaitu, Urutan identitas > 97% dan 98.5% atau Statistik arti P < 0.05

dalam modul #1, N. japonica dalam modul
#2 dan L. sphaericus
dalam modul #4) (File tambahan 2: Tabel
S2).
Analisis jaringan mengungkapkan bahwa
gabungan kelimpahan filotipe modul #2 dan
#4 secara signifikan dan positif berkorelasi
dengan produksi jagung dan beberapa
kandungan nutrisi tanah (misalnya, SOC dan
TN, TP), sedangkan
modul #1, #3 dan #5 dipamerkan
berlawanan pat- terns (Gbr. 3b). Selain itu,
kedua kelompok modul yang kontras ini juga
menunjukkan pola distribusi yang berbeda
di seluruh jenis pembuahan yang berbeda.
Dibandingkan dengan kontrol yang tidak
dibuahi dan pupuk kimia, pemupukan
organik (misalnya, OM dan NPKM) secara
konsisten
 b Koefisien Korelasi
s
e
0,30,00,3
b
u
a
h
TOC

TN

TP
TK
1 2 3 4 5
Proporsi (%)

Modul #

c
NK NP PK
30
20
10
0
Mengua NPK
sai
30
20 modul #1
modul #2
10
modul #3
0 modul #4
NPKM OM
30 modul #5

20
10
0 1995200519952005

Fig. 3 C o-okupan rrence Network dari indicatatau Microbiome. Network diagRams dengan simpul (n = 165) ColorEd accorDing to differTht
Simpul indicate
ecologIcal Bacterial phylotypes (OTUs) dan Tepi rEpresent Significant c o-okupan rrence r kegembiraan (Spea rMa n's ρ > 0,6 dan P < 0,05).
moduls.
Ukuran Node sesuai dengan proporsinya di komunitas. Tepi yang diwarnai merah merah atau biru menunjukkan korelasi positif atau
negatif negatif negatif yang signifikan, masing-masing, dan lebar tepi sesuai dengan nilai koefisien korelasi (a). Korelasi Pearson antara
kelimpahan modul dan sifat fisikokimia tanah dan produksi jagung. Sel kosong menunjukkan korelasi yang tidak signifikan pada ambang P <
disimpan a Tinggi
0,05 (b). Kelimpahan dinamis modul kontras
proporsi dalam dalam
dari filotipe Multifungsi
jenis pembuahan mikrobioma
divergen di seluruh indikator
durasi pengambilan sampel (c)
modul #4 (F = 4.54, P < 0.001), dan filotipe Filotipe bakteri dalam indikator mikrobioma
di Modul #1 ekshib- ited berbagai fungsi metabolisme yang
(F = 2,78, P = 0,011) dan #3 (F = 5,3, P <
0,001) adalah per- berkaitan dengan nitrogen, fosfor dan siklus
sangat jarang terjadi pada pembuahan OM sulfat, dengan sebagian besar mem- bers
dibandingkan dengan jenis pemupukan kimia mampu menguraikan fosfor organik melalui
(Gbr. 3c). metabolisme fosfonat dan fosfonit (Gbr. 4).
Filotipe bakteri pada modul #2 (N. japonica)
adalah
terkait dengan reduksi sulfat asimilasi, dan
yang ada di modul #4 (yaitu, L.
sphaericus, dan B. asahii) terlibat dalam
metabolisme fosfonat/fosfinat. Anggota
dalam modul #1 disarankan untuk
memainkan peran penting dalam berbagai
fungsi: B. anthracis, P. filamentosa dan N.
kombinasi mesonae memainkan peran kunci
dalam metabolisme fosfo- nate dan fosfinat,
sementara Nitrosospira multiformis terlibat
dalam nitrifikasi, asimilasi sul- fate
reduction dan alkaline phosphatase
produksi, dan diperkaya di bawah
pemupukan nitrogen kimia,
Rhodopseudomonas palustris aktif dalam
fiksasi nitrogen dan asimilasi nitrat reduksi
menjadi ammo- nium (Gbr. 4). Perlakuan
pupuk nitrogen menunjukkan
 NitrFix
Modul #1 Modul #2 Modul #3Modul #4

Nitr
Mengua NK NP NPK NPKMOMPK
sai
0.2

ANRA DNRA
0

1.0
Proporsi (%)

0.2

ASR
0

0.2

PPM
0

1.5

10

1
ALP

0
1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2
9 0 9 0 9 0 9 0 9 0 9 0 9 0
9 0 9 0 9 0 9 0 9 0 9 0 9 0
Gbr. 4 Multifungsi mikrobioma indikator. Kami mencocokkan filotipe bakteri kami dengan tabel modul KEGG yang terkait dengan
5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5
metabolisme nitrogen, fosfor, dan sulfat. Fiksasi nitrogen NitrFix, Nitr nitrifikasi, pengurangan nitrasi disimilasi/asimilasi DNRA/ARNA
menjadi amonium, reduksi sulfat asimilasi ASR, PPM fosfat dan fosfat, ALP alkali fosfatase

proporsi filotipe yang lebih tinggi dalam P < 0,001) serta asimilasi reduksi sulfat (F =
modul #1 yang terlibat dalam nitrifikasi (F = 55,71, P < 0,001), sedangkan fer- organik tilizer
47,59, P < 0,001) dan basa fosfatase (F = 54,37, sampel menunjukkan potensi yang lebih tinggi
dalam nitrogen fixa- Tion (F = 14, P <
0,001), pengurangan nitrat menjadi amonium
(F = 14 bagi ANRA dan F = 11.20 bagi
DNRA, P < 0.001) di
modul #1 dan metabo- lism fosfonat dan
fosfonit (F = 5,58, P < 0,001) pada modul #4.
Pembahasan
Ciri-ciri fungsional filotipe indikator untuk
kesuburan tanah dan hasil panen
Memanfaatkan mikrobioma menawarkan
pendekatan yang tak ternilai untuk mencapai
keberlanjutan agroekosistem dengan bersama
pertimbangan ketahanan pangan dan
tekanan lingkungan [6, 10]. Dalam
penelitian ini, kami mengatasi masalah ini
dengan charac- terizing identitas, fertilisasi-
ketergantungan dan ecol- ogy mikrobioma
indiktor yang diidentifikasi dalam percobaan
pembuahan jangka panjang (> 20 tahun) yang
dilakukan dalam percobaan pembuahan jangka
panjang (> 20 tahun) yang dilakukan dalam
percobaan pembuahan jangka panjang (> 20
tahun) yang dilakukan dalam percobaan
pembuahan jangka panjang (> 20 tahun) yang
dilakukan dalam percobaan pembuahan jangka
panjang (> 20 tahun) yang dilakukan dalam
percobaan pembuahan jangka panjang (> 20
tahun) yang dilakukan dalam percobaan
pembuahan jangka panjang (> 20 tahun) yang
dilakukan dalam percobaan pembuahan
jangka panjang (> 20 tahun) yang dilakukan
dalam Dataran Cina Utara yang mencakup
tujuh jenis pemupukan yang sering
diterapkan. Untuk mendeteksi dan
mengkarakterisasi mikrobiota indikator
dengan percaya diri, kami memilih filotipe
yang muncul pada frekuensi tinggi selama 20
tahun. Kriteria ketat ini menghasilkan satu
set filotipe indikator yang efisien (~ 2,1%)
dari beberapa filum bakteri yang
menyumbang hampir setengah (~ 50%) dari
populasi komunitas (Gbr. 2a). Filotipe
indikator ini encom- melewati taksa
dominan dengan kelimpahan yang cukup
besar yang mempengaruhi proses yang luas
(misalnya, posisi dekom- bahan organik)
dan mikroba langka yang memberikan
pengaruh tidak proporsional pada proses
spesifik yang terdefinisi dengan baik
(misalnya, nitro- fiksasi gen dan oksidasi
oksidasi ) (Gbr. amonia 3a, 4). Banyak
anggota filotipe indikator ini tercatat
sebagai mikroba indikator atau keystone
dalam berbagai agroekosi- tem, seperti
taksa paling melimpah yang diidentifikasi
dalam penelitian ini seperti B. asahii dan
M. radiotoleran (Gbr. 2d dan File
tambahan 2: Tabel S2). Karena sebagian
besar bakteri umumnya tidak mengambil
makromolekul, Bacillus spp. secara alami
mengeluarkan berbagai enzim hidrolitik untuk
menguraikan bahan organik yang kompleks
dan untuk melepaskan nutrisi mineral
(seperti fosfat) ke lingkungan mereka,
menjadikannya taksa keystone di jaring
tanah makanan [14, 50], dan pelopor ketika
terkena organik amandemen materi dalam
tanah alkali [14, 51]. Memang, B. asahii
ditemukan mendominasi komunitas bakteri
dari 2 hingga 4 tahun dan seterusnya di
bawah pembuahan organik di inves- tigation
kami sebelumnya [14]. Sebagai
perbandingan, M. radiotoleran lebih
berlimpah di bawah jenis pemupukan kimia
defisit nutrisi (File tambahan 2: Tabel S2),
membantu tanaman melawan kekurangan
nutrisi dengan membentuk hubungan
simbiosis- kapal dengan tanaman di mana
M. radiotoleran mengkonsumsi limbah
tanaman sebagai sumber karbon dan pada
gilirannya menghasilkan sub- sikap yang
mendorong pertumbuhan tanaman [52].
Sehubungan dengan indikator filotipe
langka, untuk
contoh, R. palustris adalah fototrof yang
ditularkan melalui tanah yang telah terbukti
memberikan efek positif pada pertumbuhan
tanaman dengan merangsang penyerapan
nitrogen dan meningkatkan kadar auksin
dalam memperluas daun [53]. R. palustris
diperkaya di bawah perlakuan OM dalam
penelitian ini (File tambahan 2: Tabel S2),
menunjukkan bahwa pemupukan organik
mendukung kemampuan fiksasi nitrogen
tanah yang lebih kuat. N. multiformis
adalah nitrifier impor- tant di tanah dataran
tinggi dan diperkaya di bawah pemupukan N
kimia (File tambahan 2: Tabel S2), yang
mungkin membatasi efisiensi penggunaan N di
tanah dataran tinggi dengan accel- erating
nitrifikasi dan denitrifikasi [54]. Bukti
kehadiran taksa langka yang konsisten
dengan pengaruh disproporsi poten- tially
meningkatkan kemungkinan bahwa anggota biosfer langka tetap tidak dapat
dihukum dalam fungsi agroekosistem [5].
Secara keseluruhan, hubungan erat antara
filotipe indikator terbatas dan siklus nutrisi
yang diinduksi pemupukan spesifik di
seluruh durasi dua decadal menunjukkan
kemungkinan dan / atau kelayakan
menggunakan mikroba untuk mencapai
hasil yang diinginkan dengan mengubah
pertanian Praktek.

Multifungsi mikrobioma indikator untuk kesuburan

tanah dan hasil panen
Jaringan ko-kejadian ekologis telah banyak
digunakan untuk mengidentifikasi
mikroorganisme yang terjadi bersama di
masyarakat dan berpotensi memberikan infor-
mation kritis pada multifungsi mikrobioma
[5, 23]. Dalam penelitian ini, kami
mengidentifikasi beberapa mod- ules ekologis
yang terdiri dari filotipe indikator yang
diidentifikasi, di mana anggota dalam setiap
modul berkorelasi positif satu sama lain
(Gambar. 3Sebuah). Yang penting, modul-
modul ini mengucilkan fungsi ekosistem yang
berbeda terkait dengan nutrisi tanah dan
siklus karbon (Gambar. 4) dan karenanya
disajikan multi-fungsi dengan kesuburan
tanah dan hasil panen (Gbr. 3b, c).
Misalnya, modul #1 terlibat erat dalam proses
biogeo-kimia seperti fiksasi nitrogen,
nitrifikasi, dan dekomposisi fosfat organik
(Gbr. 4). N dan P adalah nutrisi yang paling
membatasi dalam ekosistem terestrial;
namun, ketersediaannya untuk tanaman dan
biota tanah sangat tergantung pada
depolimerisasi mat- ter organik tanah dan
mineralisasi bersih oleh mikroorganisme
tanah [55]. Secara khusus, kami menemukan
bahwa pengobatan OM adalah associ- ated
dengan kelimpahan filotipe yang lebih tinggi
yang terlibat dalam fiksasi nitrogen
(misalnya, R. palustris) dan reduksi nitrat
menjadi amonium, sedangkan jenis pupuk
nitrogen kimia memperkaya filotipe aktif
dalam nitrifikasi (misalnya, N. mul- tiformis)
dan alkali fosfatase (Gbr. 4), menunjukkan
persaingan nutrisi tanah antara mikroba tanah
dan tanaman di bawah jenis pemupukan
kimia konvensional [13]. B. B. B. anthracis
dalam modul #1 adalah patogen tanaman
yang ditularkan melalui tanah yang
didistribusikan secara luas [56], dan
ditemukan lebih diperkaya di bawah
pemupukan defisit nutrisi (File tambahan 2:
Tabel S2), yang mungkin juga
memperhitungkan produksi tanaman yang
lebih rendah dalam sistem pertanian tersebut.
Dengan demikian, mikroorganisme dalam
modul #1 didistribusikan di tanah
berdasarkan jenis pemupukan, dengan
kelimpahan gabungannya secara negatif
terkait dengan kesuburan tanah dan hasil
panen (Gbr. 3b).
Sebaliknya, modul #4 dalam jaringan
hanya dipamerkan
dan fungsi yang kuat dalam melarutkan
fosfat dengan menguraikan bahan organik
eksternal (terutama B. asa- hii),
menjadikannya tanda tangan mikroba
paling khas untuk lokasi pengambilan
sampel di Dataran Cina Utara, di mana
produksi pertanian terhalang oleh
ketersediaan P yang lebih rendah [14].
Dalam konteks ini, amandemen dengan
bahan organik eksternal diperlukan untuk
mempromosikan mikroorganisme asli
untuk meningkatkan ketersediaan tanah P, yang diarsipkan menimbulkan serangkaian
disebut tanah gabungan C dan P bersepeda metodologi dan tantangan teknis. Sementara
[51]. Selain itu, ketersediaan P tanah tinggi sampel yang diarsipkan diterima secara luas
yang diinduksi C eksternal membuka jalan untuk analisis retrospektif dari sifat kimianya
bagi beberapa filotipe ben- eficial (yaitu, L. [59, 60], penerapannya dalam studi
sphaericus [57]) yang dapat mendorong mikrobiologis retro-spektif tetap kontroversial
pertumbuhan tanaman atau mengendalikan [61, 62]. Dalam penelitian ini, kami
serangga dan hama. Hasilnya, kami menunjukkan bahwa komunitas mikro-bial
menemukan bahwa mikroorganisme dalam tanah sangat terpelihara dengan baik sejauh
modul #4 paling melimpah dalam yang dapat kami tetapkan secara akurat,
perawatan OM (Gbr. 3c), dan terkait erat dengan keyakinan tinggi (akurasi 86,7%, File
dengan kesuburan tanah dan hasil panen yang tambahan 1: Gambar. S3b) compara- ble
lebih tinggi (Gbr. 3b). Demikian pula, telah dengan kepercayaan diri yang terkait dengan
dilaporkan bahwa sistem pertanian OM sampel segar [37],
dicirikan oleh serikat mikro-bial tertentu
yang diketahui terlibat dalam degradasi
senyawa organik kompleks, sedangkan
sistem pupuk kimia receiv- ing mungkin
menyimpan organisme oligotrofik yang
disesuaikan dengan lingkungan yang
terbatas nutrisi [13]. Yang penting,
pemupukan kimia jangka panjang
berpotensi menekan fiksasi nitrogen tanah
yang melekat dengan menghuni fixer
nitrogen [58]. Menerapkan mikroorgan-
isme untuk meningkatkan penyerapan
nutrisi tanaman dan ketahanan terhadap
stres biotik dan abiotik telah didalilkan
sebagai salah satu solusi jangka panjang
yang paling menjanjikan untuk tantangan
integral dalam mencapai ketahanan pangan
sambil mendukung lingkungan yang sehat
[6, 10]. Hasil kami mengungkapkan bahwa
sistem pertanian OM lebih mungkin untuk
mencapai tujuan ini dibandingkan dengan
sistem konvensional yang menerima pupuk
chemi- cal di tanah alkali.

Kesetiaan sampel tanah yang diarsipkan untuk

analisis retrospektif
Penelitian ini didasarkan pada sampel tanah
yang diarsipkan yang dikumpulkan dari
percobaan lapangan jangka panjang. Kami
menyadari bahwa analisis retrospektif
komunitas mikroba berdasarkan sampel tanah
pemupukan kimia dengan kekurangan unsur
yang berbeda menyimpan komposisi
komunitas mikroba yang serupa, yang
berbeda dari rekan-rekan mereka yang
seimbang. Hasil berdasarkan sifat kimia
tanah bahkan lebih baik (akurasi 91,5%, File
tambahan 1: Gambar. S3a). Kesetiaan yang
tinggi ini memberikan keyakinan bahwa
komunitas mikroba dalam sampel yang
diarsipkan mencerminkan komunitas asli —
meskipun mungkin bukan reflec- tion yang
100% akurat — sejauh mereka dapat
digunakan untuk mengidentifikasi
mikrobioma indikator untuk kesuburan tanah
dan hasil panen di lokasi pengambilan
sampel di Dataran Cina Utara .
Kesimpulan
Dalam studi ini, kami memanfaatkan
analisis retrospektif untuk menyelidiki
mikrobioma indikator untuk kesuburan
tanah dan hasil panen di lahan yang
terpapar pada praktik pengelolaan
pemupukan yang kontras. Dengan
menggunakan kriteria yang ketat, kami
mengidentifikasi mikrobioma indikator
yang terdiri dari filotipe terbatas tetapi ada
di mana-mana dan berlimpah berlimpah,
yang sebagian besar sangat terkait dengan
sampel tertentu untuk perawatan tertentu berdasarkan mereka
tanda tangan mikroba. Komunitas mikroba
menunjukkan pola sampel yang kuat
berdasarkan jenis pembuahan, dengan
konfigurasi yang jelas sesuai dengan durasi
untuk setiap jenis pembuahan (Gbr. 1).
Menariknya, di seluruh durasi percobaan
lapangan, ikatan komuni- mikroba di bawah
perlakuan OM secara konsisten dipisahkan
dari yang telah berkembang di bawah
fertilisasi kimia dan kontrol yang tidak
dibuahi, mengkonfirmasi keragaman
mikroba berbeda yang sering tercatat di
bawah pertemuan- sistem pertanian tional
dan OM pada skala deret waktu [13, 31,
63]. Yang mengejutkan, tiga jenis tidak
seimbang
kesuburan tanah dan produksi tanaman.
Selain itu, kami memberi tahu dua subset
kecil dari anggota yang hidup
berdampingan yang menunjukkan
hubungan yang berlawanan dengan
kesuburan tanah dan produksi tanaman di
tanah alkali. Satu kelompok terdiri dari
anggota yang diperkaya di bawah
pemupukan organik, yang menunjukkan
fungsi metabolisme spesifik yang terkait
dengan dekomposisi bahan organik dan
sangat terkait dengan kesuburan tanah yang
lebih tinggi dan produksi tanaman di lokasi
pengambilan sampel jenis ini. Kelompok
lain mencakup filotipe mikroba yang
berpotensi membatasi kesehatan tanaman
dan penyerapan nutrisi dan ditemukan
diperkaya di bawah praktik pemupukan
kimia defisit nutrisi. Singkatnya, penelitian
ini melaporkan daftar filotipe mikroba yang
"paling dicari" atau "paling tidak diinginkan"
yang merupakan kandidat yang layak untuk
manipulasi manusia dalam mendukung
produksi tanaman pertimbangan dengan
eksplisit tentang keberlanjutan environmen-
tal.
Informasi Tambahan
Versi online berisi materi tambahan yang tersedia di
https://doi. org/10.1186/s40793-022-00420-6.
Filedditional 1 Informasi tambahan termasuk
hasil panen tahunan dan dukungan statistik
tambahan untuk langkah-langkah
keanekaragaman alfa dan beta: Gambar S1:
Produksi jagung dari berbagai jenis pupuk di seluruh
durasi; Gambar S2. Perbandingan α komunitas(a)
dan β(b) ikatan diversi untuk pendekatan
pengelompokan dan denoising urutan 97%;
Gambar S3. Kesetiaan sampel yang diarsipkan
dalam studi saat ini untuk analisis retrospeksi;
Gambar S4. Jaringan ko-kejadian mikrobioma
indikator berdasarkan korelasi SparCC.
Gambar S5. Keragaman indikator mikroba
phylotypes.
File tambahan 2 Informasi tambahan termasuk
pengaturan eksperimen terperinci dan filotipe
indikator: Tabel S1. Rinci rezim ferti- lisasi dalam
penelitian ini; Tabel S2. Informasi rinci tentang
indikator
filotipe (n = 604).
Ucapan Terima Kasih
Para penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada Diterima: 5 Januari 2022 Diterima: 30 April 2022
Dr. Zhiying Guo atas bantuannya dalam analisis data,
dan Dr. Yanan Huang atas komentar konstruktifnya
dalam membangun naskah ini.
Referensi
Kontribusi penulis 1. Falkowski PG, Fenchel T, Delong EF. Mesin
Y.Z.F., J.W.Z. dan J.D. mengembangkan ide-ide dalam mikroba yang menggerakkan eart h's biogeokimia
artikel ini. J.B.Z, X.G.L., Y.Z.F. dan cycles. Science. 2008;320(5879):1034–9.
R.R.C memimpin pengambilan sampel tanah. J.W.Z., doi.org/10.1126/science.1153213 https://
W.J.L., Y.Z.F., J.D. dan R.R.C. menganalisis data. https://doi.org/10.1126/science.1153213.
Naskah terakhir ditulis oleh J.W.Z., J.D. dan Y.Z.F. 2. Delgado-Baquerizo M, Maestre FT, Reich PB,
dengan kontribusi from semua c o-authors. Semua Jeffries TC, Gaitan JJ, Encinar D, et al. Microbial
penulis read dan approved the final manuscript. diversity drives multifunct t tionality in terrestrial
ecosys- tems. Nat Commun. 2016. https:// doi.
Pendanaan org/10. 1038/ncomms10541.
Karya ini didukung oleh National Natural Science 3. Delgado-Baquerizo M, Reich PB, Trivedi C, Eldridge
Foundation of China (Project No. 41771294), DJ, Abades S, Alfaro FD, et al. Multiple unsur
National Key R&D Program (2019YFC1520700) biodi tanah versity drive ecosystem functions lintas
dan Youth Innovation Promotion Association, CAS bioma. Nat Ecol Evol. 2020;4(2):210–20.
(Member No. 2014271). https://doi.org/10.1038/ s41559-019-1084-y.
4. Delgado-Baquerizo M, Oliverio AM, Brewer TE,
Ketersediaan data dan materi Benavent-González A, Eldridge DJ, Bardgett RD,
Himpunan data yang didukung studi saat ini tersedia di et al. A global atlas of the dominant bacteria
repositori NCBI dengan nomor aksesi found in soil. Science. 2018;359(6373):320–5.
PRJNA726588. https:// doi. org/10. 1126/ sains.aap9516.
5. Banerjee S, Schlaeppi K, Van Der Heijden MGA.
Deklarasi Taksa keystone as drivers of microbiome
structure and functioning. Nat Rev Microbiol.
Persetujuan etika dan persetujuan untuk
2018;16(9):567–76.
berpartisipasi
https://doi.org/10.1038/s41579-018-0024-1.
Tidak berlaku.
6. Toju H, Peay KG, Yamamichi M, Narisawa K,
Hiruma K, Naito K, dkk. Core microbiomes for
Persetujuan untuk publikasi
sustainable agroecosystems. Nat Plants.
Tidak berlaku.
2018;4(5):247–57.
Kepentingan yang bersaing https://doi.org/10.1038/s41477-018-0139-4.
7. Walters WA, Jin Z, Youngblut N, Wallace JG,
Para penulis menyatakan bahwa mereka tidak memiliki
kepentingan yang bersaing. Sutter J, Zhang W, et al. Studi lapangan replikasi
skala besar dari jagung rhizosphere
Penulis detail mengidentifikasi herit- able microbes. Proc Natl
1
State Key Laboratory dari minyak S dan Acad Sci U S A. 2018;115(28):7368–73.
Berkelanjutan Agriculture, Institute dari minyak S doi.org/10.1073/pnas.1800918115 https://
S cience, Cina Acade my dari Sciences, Nanjing https://doi.org/10.1073/pnas.1800918115.
8. Egidi E, Delgado-Baquerizo M, Plett JM, Wang J,
210008, Peopl e's Republic
dari Cina. 2University dari Cina Academy dari Eldridge DJ, Bardgett RD, et al. A few
Sciences, Beijing 100049, Peopl e's Republik Cina. Ascomycota taxa dominate soil fungal
3
Fakultas Teknik dan Lingkungan, Northumbria communities
University, Newcastle Upon Tyne, Inggris.
 worldwide. Nat Commun. 2019;10(1):2369.
https:// doi. org/10. 1038/ s41467-019-
10373-z.
9. Stegen JC, Bottos EM, Jansson JK. Kerangka
konseptual terpadu for prediction and control
of microbiomes. Curr Opin Microbiol.
2018;44:20–7.
https://doi.org/10.1016/j.mib.2018.06.002.
10. Singh BK, Trivedi P, Egidi E, Macdonald CA,
Delgado-Baquerizo M. Crop microbiome
and sustainable agriculture. Nat Rev
Microbiol. 2020;18(11):601–2.
https://doi.org/10.1038/s41579-020-00446-y.
11. Tilman D, Balzer C, Hill J, Befort BL. Global
food demand and the sustainable
intensification of agriculture. Proc Natl Acad
Sci U S A. 2011;108(50):20260–4.
https://doi.org/10.1073/pnas.1116437108.
12. Dai ZM, Su WQ, Chen HH, Barberan A, Zhao
HC, Yu MJ, et al. Long- term nitrogen
fertilization mengurangi keragaman bakteri dan
mendukung pertumbuhan Actinobacteria dan
Proteobacteria dalam agro-ekosistem across the
globe. Glob Change Biol. 2018;24(8):3452–
61. https:// doi. org/10. 1111/gcb. 14163.
13. Hartmann M, Frey B, Mayer J, Mader P, Widmer
F. Mikroba tanah yang berbeda diversity under
long-t erm organic and conventional farming.
ISME J. 2015;9(5):1177–94.
https://doi.org/10.1038/ismej.2014.210.
14. Feng YZ, Chen RR, Hu JL, Zhao F, Wang JH, Chu
HY, dkk. Bacillus asahii muncul ke permukaan di
tanah alkali pupuk organik yang dibuahi pupuk
kandang. Biokimia Biol Tanah. 2015;81:186–94.
https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2014.11.021.
15. Fierer N, Wood SA, Bueno De Mesquita CP.
How microbes can, and can- not, digunakan
untuk menilai kesehatan tanah. Biokimia Biol
Tanah. 2021. https://doi.
org/10.1016/j.soilbio.2020.108111.
16. Guerra CA, Bardgett RD, Caon L, Crowther
TW, Delgad o-Baque r i z o M, Montana rella
L , et al. Tracking, targeting, and conserving soil
biodiver- sity. Science. 2021;371(6526):239–
41. https:// doi. org/10. 1126/science. abd7926.
17. Shade A, Handelsman J. Beyond the Venn
diagram: perburuan mikrofon inti robiome.
Environ Microbiol. 2012;14(1):4–12. https://
doi. org/10. 1111/j.1462-2920. 2011.02585.x.
18. Chernov TI, Zhelezova AD. The dynamics of
soil microbial communities on dif f ff f erent
timescales: a review. Eurasian Soil Sci.
2020;53(5):643–52.
https://doi.org/10.1134/S106422932005004x.
19. Liu W, Graham EB, Zhong L, Zhang J, Li S, Lin
X, et al. Long-t erm sto- kesucian bergabung
dengan variabilitas jangka pendek dalam proses
perakitan to underlie rice paddy sustainabilit y.
Front Microbiol. 2020;11:873.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.00873.
20. Rasche F, Knapp D, Kaiser C, Koranda M, Kitzler
B, Zechmeiste r-Bolt- enstern S, et al. Musiman
dan ketersediaan sumber daya mengendalikan
komunitas bakteri dan archaeal di tanah hutan
beech beriklim sedang. ISME J. 2011;5(3):389–
402. https://doi.org/10.1038/ismej.2010.138.
21. Lauber CL, Ramirez KS, Aanderud Z, Lennon J,
Fierer N. Variabilitas temporal dalam komunitas
mikroba tanah di seluruh jenis penggunaan
lahan. ISME J. 2013;7(8):1641–50.
https://doi.org/10.1038/ismej.2013.50.
22. Fierer N, Jackson RB. Keanekaragaman dan
biogeografi komunitas bakteri tanah. Proc Natl
Acad Sci U S A. 2006;103(3):626–31. https://doi.
org/10.1073/pnas.0507535103.
23. Fan KK, Delgado-Baquerizo M, Guo XS, Wang
DZ, Zhu YG, Chu HY. Keanekaragaman hayati
filotipe batu kunci menentukan produksi
tanaman dalam percobaan pemupukan 4
dekade. ISME J. 2021;15(2):550–61.
doi.org/10.1038/s41396-020-00796-8
https://https://doi.org/10.1038/s41396-020-
00796-8.
24. Jiao S, Xu Y, Zhang J, Hao X, Lu Y. Mikrobiota inti
di tanah pertanian dan potensi hubungannya dengan
siklus nutrisi. mSistem. 2019.
https://doi.org/10.1128/mSystems.00313-18.
25. Takahashi M, Nakanishi H, Kawasaki S,
Nishizawa NK, Mori S. Peningkatan toleransi
beras terhadap ketersediaan zat besi yang rendah di
tanah alkali using barley nicotianamine
aminotransferase gens. Nat Biotechnol.
2001;19(5):466–9. https://doi.org/10.1038/88143.
26. Berdugo M, Delgado-Baquerizo M, Soliveres S,
Hernandez-Clemente R, Zhao YC, Gaitan JJ, dkk.
Ambang ekosistem global didorong oleh kekeringan.
Science. 2020;367(6479):787–90. https:// doi.
org/10. 1126/science.
https://doi.org/10.1126/science.aay5958https
://doi.org/10.1126/science.aay5958y59 58.
27. Slessarev EW, Lin Y, Bingham NL, Johnson JE,
Dai Y, Schimel JP, et al. Keseimbangan air
 menciptakan ambang batas pH tanah pada skala
global. Alam. 2016;540(7634):567–9.
https://doi.org/10.1038/nature20139.
28. Lobell DB, Field CB. Global scale climate—
crop yield relationships dan the impacts of
recent warming. Environ Res Lett. Tahun 2007.
https:// doi. org/ 10.1088/1748-
9326/2/1/014002.
29. Meng L, Ding W, Cai Z. Long-t erm
application of organic manure dan pupuk
nitrogen pada emisi N2O, kualitas tanah dan
produksi tanaman di tanah berpasir lempung.
Biokimia Biol Tanah. 2005;37(11):2037–45.
doi.org/10.1016/j.soilbio.2005.03.007 https://
https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2005.03.00
7.
30. Gpadag W, Yan X-Y, Wang J-Y, Hu T-X,
Gpadag Y-B. Long-t erm manu ring dan
pemupukan efek pada kolam karbon organik
tanah di bawah gandum-jagung cropping system
in North China Plain. Plant Soil. 2008;314(1–
2):67–76. https://doi.org/10.1007/s11104-008-
9705-2.
31. Liang YT, Ning DL, Lu ZM, Zhang N, Hale L, Wu
LY, dkk . Pemupukan selama seabad mengurangi
stokastisitas yang mengendalikan mikroba
padang rumput com- munity succession. Biokimia
Biol Tanah. 2020. https://doi.org/10.1016/j.
tanahbio.2020.108023.
32. Schwieger F, Tebbe CC. Pendekatan baru untuk
memanfaatkan polimorfisme konformasi PCR-
single-strand- untuk mikroba berbasis gen 16S
rRNA com- munity analysis. Appl Environ
Microbiol. 1998;64(12):4870–6.
doi.org/10.1128/AEM.64.12.4870-4876.1998 https://
https://doi.org/10.1128/AEM.64.12.4870-
4876.1998.
33. Edgar RC. UPARSE: urutan OTU yang sangat
akurat dari amplico mikroban reads. Nat
Methods. 2013;10(10):996–8. https:// doi.
org/10. 1038/Nsabu-sabu. 2604.
34. Wang Q, Garrity GM, Tiedje JM, Cole JR. Naive
Bayesian classifier fatau rapid assignment of
rRNA sequences into the new bac terial
taxonomy. Appl Environ Microbiol.
2007;73(16):5261–7. https:// doi. org/10. 1128/
Aem. 00062-07.
35. Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger
K, Bushman FD, Costello EK, dkk. QIIME
memungkinkan analisis data sequencing
komunitas throughput tinggi. Nat Methods.
2010;7(5):335–6. https:// doi. org/10.
1038/nmeth.f.303.
36. Smith MB, Rocha AM, Smillie CS, Olesen
SW, Paradis C, Wu LY, et al. Komunitas
bakteri alami berfungsi sebagai biosensor
geokimia kuantitatif. MBio. Tahun 2015.
https:// doi. org/10. 1128/mBio. 00326-
15https://doi.org/10.1128/mBio.00326-15.
37. Hermans SM, Buckley HL, Kasus BS, Curran-
Cournane F, Taylor M, Lear
G. Menggunakan komunitas bakteri tanah untuk
memprediksi fisiko-kimia variables and soi l
quality. Microbiome. Tahun 2020. https:// doi.
org/10. 1186/ s40168-020-00858-1.
38. Pemanah E. rfPermute: perkirakan permutasi p-
values untuk metrik kepentingan hutan acak.
Tahun 2020.
39. Benjamini Y, Hochberg Y. Mengontrol tingkat
penemuan palsu—pendekatan praktis dan kuat
untuk beberapa pengujian. J R Stat Soc B.
1995;57(1):289–300.
https://doi.org/10.1111/j.2517-6161.1995.tb020
31.x.
40. Widder S, Besemer K, Penyanyi GA, Ceola S,
Bertuzzo E, Quince C, dkk. Organisasi jaringan
fluvial membekas pada ko-kejadian mikroba
networks. Proc Natl Acad Sci U S A.
2014;111(35):12799–804. https://
doi.org/10.1073/pnas.1411723111.
41. Barberan A, Bates ST, Casamayor EO, Fierer N.
Menggunakan analisis jaringan untuk mengeksplorasi
pola kejadian bersama di komunitas mikroba tanah.
ISME J. 2012;6(2):343–51.
https://doi.org/10.1038/ismej.2011.119.
42. R Core Team. R: a language and environment for
statistical computing. Wina: R Yayasan untuk
Komputasi Statistik; 2013. http://www. R-
project.org/.
43. De Menezes AB, Prendergas t-M iller MT,
Richardson AE, Toscas P, Farr ell M, Macdonald
LM, dkk. Analisis jaringan mengungkapkan bahwa
bakteri dan jamur membentuk modul yang
berkorelasi secara independen dengan parameter
tanah. Environ Microbiol. 2015;17(8):2677–89.
https:// doi. org/10. 1111/1462- 2920.12559.
44. Bastian M, Heymann S, Jacomy M. Gephi:
perangkat lunak open source untuk exploring
and manipulating networks. In: Proceedings of
the interna- tional AAAI conference on web and
socia l media; Tahun 2009. https:// www. aaai.
org/ocs/indeks. php/ICWSM/09/paper/view/154.
45. Gloor GB, Macklaim JM, Pawlowsky-Glahn V,
Egozcue JJ. Microbiome datasets are
 compositional: and this is not optional. Front
Microbiol. 2017;8:2224.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02224.
46. Peschel S, Müller CL, Von Mutius E, Boulesteix A-
L, Depner M. NetCoMi: konstruksi jaringan dan
perbandingan untuk data mikrobioma dalam R.
Bioinformasi Singkat. 2021;22(4):bbaa290.
https://doi.org/10.1093/bib/bbaa290.
47. Kurtz ZD, Müller CL, Miraldi ER, Littman DR,
Blaser MJ, Bonneau RA. Inferensi yang jarang
dan kuat secara komposisi dari ekologi mikroba
networks. PLoS Comput Biol. 2015;11(5):
e1004226. https:// doi. org/10. 1371/journal.
pcbi. 1004226.
48. Kim M, Oh HS, Park SC, Chun J. Menuju
koherensi taksonomi antara identitas nukleotida
rata-rata dan urutan gen 16S rRNA
kesamaan untuk demarkasi spesies prokariota. Int J
Syst Evol Micro- biol. 2014;64:346–51.
https://doi.org/10.1099/ijs.0.059774-0.
49. Letunic I, Bork P. Interactive Tree Of Life (iTOL)
v4: pembaruan terbaru dan perkembangan baru.
Asam Nukleat Res. 2019;47(W1):W256–9. https://
doi.org/10.1093/ nar/gkz239.
50. Pohl S, Harwood CR. Sekresi protein heterolog
oleh Bacillus spe- cies: from the cradle to the
grave. In: Laskin AI, Sariaslani S, Gadd GM,
editataus. Advances in applyd microbiology.
London: Academic Press; Tahun 2010. hlm.
1–25.
51. Jing ZW, Chen RR, Wei SP, Feng YZ, Zhang JB,
Lin XG. Response dan umpan balik mineralisasi
C terhadap ketersediaan P yang didorong oleh
mikroorgan tanah. Biokimia Biol Tanah.
2017;105:111–20. https://doi.org/10.1016/j.
tanahbio.2016.11.014.
52. Dourado MN, Neves AAC, Santos DS, Araujo
WL. Potensi bioteknologi dan agronomi endofit
berpigmen merah muda methylotrophic
Methylobacterium spp. Biomad Res Int. Tahun
2015. https:// doi. org/10. 1155/ 2015/909016.
53. Hsu SH, Shen MW, Chen JC, Lur HS, Liu CT.
The photosynthetic bac- terium
Rhodopseudomonas palustris strain PS3
memberikan pertumbuhan tanaman-
mempromosikan efek dengan merangsang
penyerapan nitrogen dan meningkatkan kadar
auksin dalam daun mengembang. Sci Tanaman
Depan. 2021. https://doi.org/10.
3389/fpls.2021.573634.
54. Alonso-Ayuso M, Gabriel JL, Quemada M.
Nitrogen menggunakan efisiensi dan efek residu
pupuk dengan inhibitor nitrifikasi. Eur J Agron.
2016;80:1–8.
https://doi.org/10.1016/j.eja.2016.06.008.
55. Gao DC, Bai E, Li MH, Zhao CH, Yu KL, Hagedorn
F. Tanggapan siklus nitrogen dan fosfor tanah
terhadap siklus pengeringan dan pembasahan
kembali: meta-analisis. Biokimia Biol Tanah.
2020. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.
2020.107896.
56. Pohl S, Harwood CR. Sekresi protein heterolog
oleh Bacillus spe- cies: from the cradle to the
grave. Adv Appl Microbiol. 2010;73:1–25.
https:// doi. org/10. 1016/S0065-
2164(10)73001-X.
57. Berry C. Bakteri, Lysinibacillus sphaericus, sebagai
patogen serangga. J Invertebr Pathol.
 2012;109(1):1–10.
https://doi.org/10.1016/j.jip.2011. 11.008.
58. Fan KK, Delgado-Baquerizo M, Guo XS,
Wang DZ, Wu YY, Zhu M, dkk. Menekan
fiksasi N dan diazotrof setelah empat dekade
fertilisasi. Microbiome. Tahun 2019. https://
doi. org/10. 1186/s40168-019-0757-
8https://doi.org/10.1186/s40168-019-
0757-8https://doi.org/10.1186/s40168-
019-0757-8.
59. Blake L, Goulding KWT, Mott CJB, Johnston
AE. Ubahs in kimia tanah yang menyertai
pengasaman selama lebih dari 100 tahun di
bawah hutan dan rumput di Rothamsted
Experimental Station, Inggris. Eur J
Tanah Sci. 1999;50(3):401–12.
https://doi.org/10.1046/j.1365-2389.1999. 00253.x.
60. Blake L, Goulding KWT, Mott CJB, Poulton PR.
Temporal perubahans dalam sifat kimia tanah
yang disimpan di udara kering dan interpretasinya
untuk percobaan jangka panjang. Eur J Tanah
Sci. 2000;51(2):345–53. https://doi.
org/10.1046/j.1365-2389. 2000.00307.x.
61. Benucci GMN, Rennick B, Bonito G. Propagules
pasien: apakah arsip tanah melestarikan warisan
komunitas jamur dan prokariotik? PLoS
SATU. Tahun 2020. https:// doi. org/10.
1371/journal. pone. 0237368.
62. Tzeneva VA, Salles JF, Naumova N, De Vos WA,
Kuikman PJ, Dolfing J,
dkk. Pengaruh pengawetan sampel tanah,
dibandingkan dengan pengaruh variabel
lingkungan lainnya, terhadap keanekaragaman
bakteri dan eukariotik. Res Microbiol.
2009;160(2):89–98. https:// doi. org/10. 1016/j.
resmic. 2008.12.
001.
63. Schmidt JE, Kent AD, Brisson VL, Gaudin
ACM. Agricultural mengelolae- ment dan
pemilihan tanaman secara interaktif mempengaruhi
rhizosfer mikroba community structure and
nitrogen c ycling. Microbiome. Tahun 2019.
doi.org/10.1186/s40168-019-0756-9
https://https://doi.org/10.1186/s40168-019-
0756-9.

Catatan Penerbit
Springer Nature tetap netral sehubungan dengan
klaim yurisdiksi dalam peta pub- lished dan afiliasi
kelembagaan.