JURNAL BELAJAR 6

MATA KULIAH BIOINFORMATIKA

 Identitas Mahasiswa
Nama : Adelia Maisyaroh Lubis
NIM : 190402050
Unit :2
Nomor WA : 082267137189

 Waktu dan Tempat Pelaksanaan

Hari/Tanggal : Jumat 28 Oktober 2022
Waktu : 15.00-17.00
Pertemuan ke :6
Tempat/Ruang : Ruang FKIP 02

 Dosen Pembina:
Muhammad Khalil, M.Pd

 Tema Perkuliahan
Kuis

 Uraian Kegiatan
Pada pertemuan kali ini, perkuliahan dirumahkan karena dosen pembina
sedang ada urusan ke luar kota. Kami diberikan kuis sebagai tugas penggantinya.
Pada kuis tersebut terdapat 6 buah soal yang harus diselesaikan dengan kelompok.
Karena kami menyadari kekurangan kami dalam memahami materi kuis ini, maka
kami pun sepakat untuk menyelesaikan kuis bersama-sama teman sekelas. Kami
mengerjakan kuis ini di podium Universitas Samudra. Kami saling berbagi
informasi untuk melaksanakan setiap tahapan yang diminta pada kuis.
Terdapat 6 buah instruksi di dalam kuis yang diberikan. Instruksi pertama
yaitu mencari sekuens “SPIKE_SARS2” dengan ID P0DTC2 pada database
protein. Kami mencari sekuens tersebut di UNIPROT. Setelah itu, instruksi
selanjutnya adalah melakukan preparasi dan koleksi sekuens spike glycoprotein
SARS-CoV-2. Kami melakukan tahap ini dengan mengcopas koleksi sekuens
tersebut di notepad. Pada tahap selanjutnya, diminta untuk melakukan validasi
model protein yang dikonstruksikan. Kami melakukannya dengan bantuan
website SWISS-MODEL. Namun, karena sinyal internet yang tidak memadai,
maka hanya ada satu kelompok yang berhasil muncul model proteinnya. Sehingga
kami menyudahi pertemuan di podium.

Pemahaman Konsep
 Pemodelan protein adalah kegiatan memvisualisasikan struktur protein
menggunakan perangkat komputasi berdasarkan data sekuens asam amino
yang dimiliki.
 Ada tiga teknik dalam pemodelan protein yaitu ab initio, threading
modeling, dan homology modeling. Ab initio digunakan untuk panjang
amino kurang dari 120 residu dengan salah satu aplikasinya yaitu quark.
Teknik homology modeling menggunakan aplikasi pymol.
 Secara sederhana, tahapan pemodelan protein dengan teknik homology
modeling yaitu :
1. Preparasi sampel pada database, bisa mengambilnya dari uniprot
2. Simulasi pemodelan 3D dan validasi, dilakukan pada website SWISS-
MODEL
3. Metagenesis dengan aplikasi pymol
4. Visualisasi perbandingan struktur dengan aplikasi pymol

 Validasi model protein mengacu pada Ramachandran Plot. Semakin tinggi

persentase Ramachandran favoured, maka struktur model yang dihasilkan
dapat dikatakan valid (>90%).
 GMQE (Global Model Quality Estimaty) merupakan estimasi kualitas
protein yang dihasilkan template (0-1), semakin tinggi semakin baik.
 QMEAN merupakan tingkat comparable struktur 3D terhadap hasil
eksperimental (semakin mendakati 0 semakin baik, semakin minus
semakin buruk).
Konsep yang belum dipahami
Setelah mengerjakan kuis mengenai Pemodelan Struktur dan Simulasi
Rekayasa Protein, saya masih belum memahami fungsi khusus setiap ID protein
di UniProt.

Pertanyaan yang muncul dan Pemecahannya

1. Apakah fungsi ID protein pada UniProt?
Jawab : Untuk menamai sekuens protein yang dibedakan berdasarkan nama
protein, nama genus, nama organisme, dan panjangnya.

Refleksi
Setelah mengerjakan kuis ini, saya memahami ternyata virus corona yang
menyebabkan pandemi covid-19 merupakan virus baru yang mengalami mutasi
dari virus corona yang pernah ada sebelumnya. Saya juga baru memahami
ternyata virus ini memasuki sel yang diinfeksinya melalui interaksi spike
glycoproteinvirus dengan reseptor di permukaan sel yang disebut angiotensin
converting enzyme 2. Namun saya belum benar-benar memahami bagaimana
prosesnya. Maka, saya akan lebih giat lagi mempelajari materi bioinformatika ini
agar pemahaman saya utuh, tidak terjadi miskonsepsi.
 RUBRIK PENILAIAN JURNAL BELAJAR

Nama : Adelia Maisyaroh Lubis

Tanggal : 28 Oktober 2022

No Elemen Skor Penilaian Penilaian

. Maks Teman Dosen

I. Identitas
1 Nama dicantumkan
2 Seluruh masukan dibubuhi tanggal 5 5
3 Konsep yang dipelajari dicantumkan

II. Isi Jurnal

4 Mengeksplorasi beragam konsep
15 14
penting yang dipelajari
5 Menyajikan konsep yang belum
15 13
dipahami
6 Mengidentifikasi
permasalahan/pertanyaan beserta 15 13
pemecahannya
7 Jurnal menunjukkan bahwa
mahasiswa dapat melihat dirinya
sendiri sebagai pebelajar,
20 19
menemukan dan menyelesaikan
masalah serta bekerja untuk
meningkatkan kebiasaan belajarnya
8 Menyusun rencana ke depan
10 9
berdasarkan hasil lesson learned
III. Sistematika
9 Jurnal terorganisasi dengan baik dan
10 10
lengkap

IV. Lain-lain
10 Ketepatan dalam mengumpulkan
10 9
jurnal
Jumlah Skor Maksimal 100 92

Langsa, 28 Oktober 2022

Sariati
NIM. 190402016