UNIVERSIDADE DO ESTADO DO RIO DE JANEIRO – UERJ

INSTITUTO DE BIOLOGIA ROBERTO ALCANTARA GOMES – IBRAG

DEPARTAMENTO DE GENÉTICA – DGEN

GENÉTICA DE POPULAÇÕES
IBRAG14-08989 ‒ IBRAG14-12174 ‒ IBRAG14-12329

Simulando a deriva genética

1. Após iniciar o programa Populus (https://cbs.umn.edu/populus), selecione a opção Model > Mendelian Genetics
> Genetic Drift (significando, Modelo > Genética Mendeliana > Deriva Genética);
2. Ao selecionar a opção acima, aparecerá uma janela Input (Entrada “dos parâmetros”), com duas abas: Monte
Carlo e Markov
3. Na aba do modelo de Monte Carlo, os seguintes parâmetros podem ser ajustados:
a) Runtime (Tempo de corrida) determina por quantas gerações as simulações serão realizadas (valor-
padrão = 3N; ou outro = numérico;
b) Permit Selfing (Permitir Autofertilização), quando selecionado, inclui a probabilidade de
autofertilização nas simulações;
c) Population Size (Tamanho da população) determina qual o tamanho populacional N inicial e a ser
mantido ao longo das gerações de simulação;
d) Initial Conditions (Condições Iniciais) incluem:
 Number of Loci (Número de Loci) determina o número de loci gênicos a serem simulados;
 Set frequencies collectively (Definir freqüências coletivamente), quando selecionado,
determina se os loci terão a mesma Initial Frequency (Frequência inicial); ou
 Set frequencies individually (Definir freqüências individuamente), quando selecionado,
habilitar determinar frequências iniciais para cada um dos loci a serem simulados.
Observação: Nos EUA, assim como em outros países de língua inglesa, usa-se geralmente um ponto
decimal, ao invés de uma vírgula decimal, como no Brasil.
4. Deixando todos os parâmetros em seus valores-padrão (Runtime = 3N; Permit Selfing = off; Population Size (N) =
8; Number of Loci = 6; Set frequencies collectively = on; Initial Frequency (p) = 0.5), selecione View (Ver);
5. Uma nova janela Ouput (Saída “das simulações”) aparecerá, mostrando um gráfico de dispersão t x p, onde:
a) o eixo das abcissas corresponde às gerações (t; Generations) de simulação;
b) e o eixo dos ordenadas corresponde às frequências alélicas (p; Allelic Frequency) em cada geração.
c) cada linha representando a evolução de um dos seis loci ao longo das 3N gerações;
6. Repita a simulação selecionando View, na janela Input, ou selecionando Iterate (Iterar ou Repetir) na janela
Ouput;
7. Repita a simulação dez vezes, acompanhando, em cada simulação, a frequência alélica de cada locus;
8. Na aba Input; altere os seguintes parâmetros para executar novas simulações selecionando View ou Iterate em
seguida:
a) Population Size (N) = 8; Initial Frequency (p) = 0.2;
b) Population Size (N) = 8; Initial Frequency (p) = 0.7;
c) Population Size (N) = 50; Initial Frequency (p) = 0.5;
d) Population Size (N) = 50; Initial Frequency (p) = 0.2;
e) Population Size (N) = 50; Initial Frequency (p) = 0.7;
f) Population Size (N) = 500; Initial Frequency (p) = 0.5;
g) Population Size (N) = 500; Initial Frequency (p) = 0.2;
h) Population Size (N) = 500; Initial Frequency (p) = 0.7.
9. Na aba Input; altere os demais parâmetros a seu bel-prazer e execute suas próprias simulações selecionando, em
seguida, View ou Iterate.
10. Agora, na aba do modelo de Markov, os seguintes parâmetros podem ser ajustados:
a) View Generations 3D (Ver Gerações em 3D), quando selecionado, mostra um gráfico de dispersão
com três eixos:
 o eixo das abcissas correspondendo às gerações (t; Generation) de simulação;
 o eixo dos ordenadas correspondendo às frequências dos estados alélicos (p; Frequency State);
 e o o eixo da altura corresponde às frequências de cada estado em cada geração (Frequency);
Observação: É recomendado que a opção View Generations 3D esteja sempre selecionada para que
seja possível ver as simulações no Populus. Os resultados das simulações, porém, podem ser
exportados para um arquivo e importados em outros programas com melhor capacidade de
representação gráfica.
b) Number of “A” genes per population (Número de genes “A” por população), define o número 2pN de
alelos na população incial a ser simulada;
c) Population Size (Tamanho da população) determina qual o tamanho populacional N inicial e a ser
mantido ao longo das gerações de simulação;
d) Generations to View in 3D (Gerações a Ver em 3D), determina por quantas gerações as simulações
serão realizadas quando a opção View Generations 3D está selecionada.
11. Inicie a simulação selecionando View na janela Input com os parâmetros em seus valores-padrão, que definem um
tamanho populacional N = 6, e uma frequência inicial 2pN = 6;

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12. Acompanhando, em cada geração, a frequência de aparecimento das frequências alélicas, e compare com o
experimento de Peter Buri (1956) com Drosophila de olhos brancos e vermelhos;
13. Na janela Input; altere os parâmetros para executar novas simulações selecionando View ou Iterate em seguida, de
forma que:
a) Population Size (N) = 10, e a frequência inicial p = 0.5;
b) Population Size (N) = 10, e a frequência inicial p = 0.2;
c) Population Size (N) = 10, e a frequência inicial p = 0.7;
d) Population Size (N) = 30, e a frequência inicial p = 0.5;
e) Population Size (N) = 30, e a frequência inicial p = 0.2;
f) Population Size (N) = 30, e a frequência inicial p = 0.7.

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