Master 1 Biotechnologies BT1 Génomique Fondamentale - Session 1 - Décembre 2017 (| Sujet Anne Chottesu (th) —> c= yn emche Les figures ci-dessous sont extraites d’un article étudiant le promoteur d'un gene et étude de sa régulation selon différentes approches. la figure 1 ci-dessous représente schématiquement 3 fragments (de 1000, 470 et 230 paires de base) du promoteur du géne pro que l'on souhaite étudier (TSS signifie le positionnement du site d'initiation de la transcription, ATG le codon d'intiation de la traduction) : a eee [eee are) proud 1000 pO) ———_ re promo 470 pb —— are promo 230 pb La figure 2 ci-dessous représente la carte physique de deux vecteurs plasmidiques utilisés pour base de Fexpérience ayant conduit aux résultats de la figure 3 : (luct = luciferase ; LacZ = f-galactosidase) ‘un de ces 2 vecteurs est utilisé pour le clonage des fragments de promoteur schématisés en Figure 1. La figure 3 ci-dessous représente les résultats obtenus 48h aprés la transfection de ces constructions plasmidiques dans des cellules en culture : on ose 070 00 050 00 030 020 020 a 010 Si a GL pGL3-promo PGL3-promo _pL2-promo 1000p 4700p -230bp Activité uetfrase RelativeDétailler le principe de lexpérience qui a été mise en place pour permettre d’obtenir les résultats de Ia figure 3 ? Servez-vous des indications précisées dans explication des figures. Pour vous guider dans votre réponse : 4 quoi sert le vecteur pGL3-basic ? le vecteur pSV-f- galactosidase ? Pourquoi ? Quelle stratégie mise en place en utilisant ces 2 vecteurs permet de répondre 6 cette question ? Développez et argumentez votre réponse. Que signifie Activité Luciférase Relative? Pourquoi la notion d'activité relative est importante dans le contexte de cette expérience ? Comment sont obtenues les valeurs présentées sous forme d’histogramme pour les différentes constructions pGL3 / pGL3-promo 1000pb / pGL3-promo 470pb / pGL3-promo 230pb ? Décrire_le_protocole expérimental de l'expérience ayant permis obtention de la figure 3. Détailler les différentes étapes et les différents acteurs utilisés dans 'expérience ainsi que la fagon d'obtenir les résultats. Commenter les résultats obtenus et présentés sous forme d’histogramme. Qu’en concluez-vous quant 8 activité de ces fragments du promoteur ? Développez et argumentez votre réponse. Proposer une suite 8 cette expérience permettant d'aller plus loin dans la caractérisation du promoteur, en tenant compte des hypothéses que vous aurez émises en 4, Développez et argumentez votre réponse en proposant une ou plusieurs expériences possibles.Master 1 Biotechnologies BT 1 Génomique Fondamentale — Session 1 - Décembre 2017 Sujet de Julien Chapuis - EPIDEMIOLOGIE GENETIQUE (1h) > ¢=/°%) Exercice 1: Vous rencontrez votre nouveau voisin. Lors de la discussion, il vous dit que plusieurs membres de sa famille présentent une pathologie dont Iétiologie est encore inconnue. Vous reconstituez done avec lui son arbre généalogique BO (obée@ bobbé Wha a 3 al 5 Question 1) Que pensez-vous de la transmission de la maladie a travers les générations ? Question 2) Votre voisin est lindividu 114 et il s'inguie (ILS). Que pouvez-vous lui dire ? pour la santé de son enfant 4 naitre Ayant suivi les cours d'épidémiologie génétique, vous décidez de localiser la mutation responsable de la maladie. Question 3) Quel type d’analyse peut vous permettre de rechercher 1a localisation du gene impliqué ? Vos investigations vous aménent & obtenir le résultat suivant : as = a ‘i (isis bbs i paling oa Question 4) Que vous permet de conclure de cette figure ? Exereice 2: Vous vous intéressez aux facteurs de susceptibilité d’une maladie dont vous suspectez implication de facteurs génétiques. Question 1) Citez une méthodologie susceptible de mettre en évidence la présence d’une composante génétique dans cette maladie?Question 2) Vous recherchez, maintenant a identifier les facteurs génétiques de cette maladie par des études en population, Citez une approche pouvant permettre "identification de ces facteurs de risques génétiques ? Lots de vos analyses vous vous intéressez a un variant localisé sur le gene codant pour enzyme OTC (L'omithine carbamoyltransférase). Vous obtenez la distribution génotypique suivante dans votre population (Population France 1). cc cr TI ‘Témoins 814 336 42 Cas 860 324 28 Question 3) Aprés calcul, vous observez. que ces distributions génotypiques respectent la loi d’Hardy-Weinberg. Que pouvez-vous en conclure ? Question 4) Pour évaluer l’impact de I’alléle T sur le risque de développer la maladie vous calculez I’Odds Ratio selon un modéle dominant. Quels génotypes avez-vous comparés ? Vous souhaitez maintenant valider vos résultats dans d’autres populations indépendantes. Pour cela vous demandez a vos collégues francais (procédant les échantillons de la population France II), anglais (population UK) et américains (population USA) d’évaluer impact de ce variant dans leurs populations respectives. Les résultats sont les suivants : kts Ratio Cs Ratio Study or Subgroup _AAH Fixed, 5% C1 st Fed, 0951 France! 072 (056, 0921 France 036 038, 080) ue 071 fo, 105) Usa. 072 (056, 0931 Tonal ose ‘260 059,070) Question 5) Comment interprétez-vous ces résultats ? Question 6) Ce variant est-il responsable de association observée entre pour le gene de POTC et la maladie?Master 1 Biotechnologies BT1 Génomique Fondamentale Session 1 - Décembre 2017 Sujet. Lejeune (Lh) > copre Vedke 1) Donner une définition du mécanisme de nonsense-mediated mRNA decay (NMD) (3 points) 2) Donner une définition de la translecture (1 point) 3) Donnez 3 exemples de substrats naturels du NMD et décrire succinctement leur mode de régulation (6 points) 4) Décrivez la terminaison de la traduction conduisant au NMO et la terminaison de la traduction conduisant a un nouveau cycle de traduction? (5 points) jue du cancer? (5 5) Décrivez les avantages d'une inhibition du NMD comme approche thérapet points)