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Transfeção – método não viral de entrega de DNA nas células (metodologias físicas e químicas).
Infeção – método viral de entrega de DNA, no qual os vírus se associam às células e injetam a sua carga de DNA.
Metodologias:
› Física
Microinjeção – emprega na célula por perfuração com uma agulha (aplica pressão); Requer aparelhos específicos
e técnicos especializados;
Eletroporação – aplicada em bactérias e leveduras; consiste na aplicação de um campo elétrico, as moléculas de
DNA carregadas migram na direção do ânodo (positivo); cria poros na membrana e o DNA pode entrar; ao desligar
o campo elétrico, os poros voltam a fechar e a célula reconstitui a membrana;
Biolística – o que medeia esta transferência é uma partícula em espécie de bala que tem o DNA misturado com
metais pesados (tungsténio ou ouro) que se ligam ao DNA carregado negativamente. A bala é disparada e para
abruptamente na extremidade, fazendo as partículas de DNA-metal sejam disparadas a grande velocidade e
penetrem o DNA na parede celular.
› Química
Transfeção com fosfato de cálcio – necessário uma solução de cloreto de cálcio (fonte de iões Ca 2+), e um tampão
HEPES (fonte de iões fosfato). O cloreto de cálcio é misturado com células que vão ser transfetadas e depois o tampão
é adicionado. Quando as soluções se combinam, os iões cálcio (positivos) e os iões fosfato (negativos) formam um
precipitado na superfície das células.
Transfeção com base em lípidos (lipofecção) – formação de moléculas lipídicas de gordura solúveis (lipossomas)
que incluem o DNA que depois vão ser endocitados ou fundidos com a membrana da célula, permitindo a entrada do
DNA;
› Viral
Envolve a produção de um vírus; Pode ser feito in vivo ou in vitro; O vírus é o veículo que vai transferir o DNA que
está encapsulado dentro do vírus – liga-se à superfície e injeta o DNA.
Os vírus são defeituosos – não tem capacidade de se multiplicar no hospedeiro. Para produzir em larga escala, é
necessária uma linhagem de células que consegue fornecer ao vírus o que ele necessita para se multiplicar;
Lentivírus; Adenovírus; Vírus adeno-associados; Vírus herpes simplex; Adenovírus canino.
Plasmídeos Repórter
Cromoproteínas, proteínas fluorescentes, proteínas com reação calorimétrica;
O produto é fácil de detetar e monitorizar.
São usados para verificar se um gene foi inserido na célula, localizar o gene ou quantificar a expressão génica.
Ex. GFP, dsRed (green or red fluorescent protein), Luciferase, LacZ (β-galactosidase)
O gene a medir e o gene repórter têm de estar sobre o controlo do mesmo sistema de tradução.
- Fusão de Transcrição – Origina duas proteínas diferentes;
– Cada gene tem o seu RBS;
– O promotor do gene de interesse controla os dois RBS;
– O gene reporte é quantificável, mas não dá informação sobre a localização.
- Fusão de Tradução – Origina uma proteína de fusão (interesse + repórter);
– A expressão do gene repórter está sob controlo do promotor e do RBS do gene;
– Permite quantificar e localizar.
Estas proteínas de fusão podem também ser usadas para facilitar a extração das proteínas alvo, por exemplo ao
diminuir a permeabilidade da membrana.
› Sistemas:
One-gene – o fagemídeo inclui apenas uma proteína de fusão;
Two-gene – o fagemídeo é transformado e inclui duas proteínas de fusão, ou o fago auxiliar inclui outra
proteína de fusão
› Aplicações:
Biologia Tumoral e Imunoterapia - Estudo e caraterização da heterogeneidade de tumores
Seleção de peptídeos e fragmentos de anticorpos para diversos alvos, incluindo células cancerígenas,
células imunitárias e citocinas;
- Peptídeos selecionados de fagos usados para guiar peptídeos líticos, drogas citotóxicas e
nanopartículas para células cancerígenas com o objetivo de obter terapias mais eficientes e menos tóxicas;
Anticorpos desenvolvidos pela Phague Display em tratamento de doenças autoimunes e em alguns
cancros metastáticos.
› Possíveis Resultados:
Inversão – Ambos os lox estão na mesma cadeia, mas em direções opostas; A recombinação resulta na
inversão do gene;
Translocação – Os lox estão em cromossomas diferentes; A recombinação resulta numa troca recíproca
entre ambos os cromossomas;
Deleção – Os lox estão na mesma molécula com a mesma direção; A recombinação resulta numa
circularização (que inclui o gene), havendo excisão de informação;
Ex. de utilização da técnica de
recombinação nos slides.
› Aplicações:
Cre-dependent gene expression – colocar um codão stop com locais loxP em qualquer lado (cassete "lox-
stop-lox" ou "LSL") a montante do gene de interesse irá prevenir a expressão do gene na ausência de Cre.
Na presença de Cre, o codão stop é excisado e a expressão do gene prossegue.
Cre-dependent gene knockout – colocar locais loxP em ambos os lados de um gene (denominado
"floxing", para "flanqueado por loxP") para expressão do gene. Assim que é adicionada Cre, o gene será
interrompido ou excluído.
Selection marker removal – no targeting convencional de ratos, os clones são selecionados por usar um
marcador de resistência. No entanto, muitas vezes é desejável remover o marcador após o processo de
seleção inicial.
Regulated Cre expression – colocar a Cre a jusante de promotores que são ativos apenas em certas
condições (tipos de células/tecidos, certos estágios de desenvolvimento), ou tornando o Cre induzível, a
recombinase Cre apenas poderá ser expressa em células ou em estágios específicos.
› Como se faz?
Usando dois ratos (um possuindo LoxP e outro Cre), é feito o cruzamento e obtém-se uma geração que
possui ambas as caraterísticas.
Foi substituída (em grande parte) pela tecnologia de CRISPR-Cas9.
Plasmídeos de Engenharia de Genomas
Edição de Genoma com CRISPR-Cas9
› Sequências CRISPR aparece em ~50% das bactérias e quase 90% de Archaea;
› Pertence a um sistema de imunidade adquirida, em bactérias;
› Existem sequências palindrómicas repetidas (cicatrizes) que são fragmentos de DNA de bacteriófagos que
infetaram previamente as bactérias. – Permite que a célula consiga reconhecer e destruir bacteriófagos
semelhantes que tentem infetar as células.
› Cas9 – Utiliza as sequências CRISPR para reconhecer a sequência PAM (NGG) e clivar o DNA;
› O reconhecimento do DNA é feito por uma molécula de RNA guia – sequência scaffl que permite a
associação da proteína Cas9 e uma sequência que se associa à sequência do genoma perto da sequência
PAM, onde se quer clivar.
› Aplicações
Engenharia de Linhas Celulares e Organismos vivos;
Biologia Sintética e Engenharia a Nível do Genoma;
Edição de Genoma para fins terapêuticos.
Indel (Mutações por inserção ou deleção) – faz pequenas inserções ou deleções no genoma; NHEJ.
Deleção no cromossoma – deleção de uma sequência mais longa; NHEJ.
Inserção transgénica – inserção de um gene de um plasmídeo; HDR.
Inserção de uma pequena sequência – HDR.
Translocação cromossómica – Troca de genes entre cromossomas; NHEJ.
* NHEJ - reparação do DNA não homóloga e por recombinação das quebras do DNA;
* HDR – reparação do DNA homóloga
Gibson Assembly
Método de montagem de diversos fragmentos de DNA linear → Independentemente do comprimento ou
compatibilidade das extremidades, os diversos fragmentos sobrepostos
podem ser montados numa única reação isotérmica, com ajuda de 3
enzimas.Formação de extremidades 3’ estendidas;
T5 exonuclease – cria ssDNA 3’ estendido ao remover bases da
extremidade 5’. Instável aos 50ºC, desnatura
2. Hibridação dos terminais dos fragmentos (são complementares);
3. Preenchimento das regiões em falta;
Phusion DNA polimerase de alta fidelidade – liga-se às extremidades 5’
e preenche a região em falta
4. Ligação entre regiões da mesma cadeia.
Taq DNA ligase – liga as regiões 5’ sintetizadas à extremidade 3’ do
terminal hibridado
Vetores Virais
Lentivírus – vetores que se integram no genoma, provocando uma modificação celular;
Adenovírus – expressão transitória, sempre acompanhadas por uma resposta imunitária em peso;
Vírus Adeno-associados (AAV) – carregam inserts muito curtos.
Adenovírus Lentivírus AAV
Eficiência de transfeção >90% ~30% 30-40%
Integração no genoma hospedeiro Não Sim Sim
Capacidade de insert Até 34kb 8.5kb 4KB
Título Viral Alto* Sim Não Não
*Número de células virais capazes de causar infeção
Lentivírus – Vetores retrovirais
› Vetores retrovirais são usados para introduzir genes novos ou alterados no genoma de células
animais/humanas;
› Retrovírus são vírus de RNA – O RNA viral é convertido em DNA por transcriptases reversas virais e depois
é integrado de forma eficiente no genoma hospedeiro;
› Qualquer gene hospedeiro estranho ou mutado inserido no genoma do retrovírus será integrado no
cromossoma hospedeiro e pode permanecer indefinidamente;
› Vetores retrovirais são muito usados para estudar oncogenes e outros genes humanos;
› Conseguem infetar células que se estão a dividir ou não – não requerem eventos mitóticos para integração
do gene;
› Codificam 3 genes semelhantes em toda a família, sempre flanqueados por sequências LTR;
› Lentivírus pode carregar genes CAR (codifica recetores quiméricos de antigénios – permite que as células
imunitárias se dirijam para células específicas) ou genes saudáveis (as células são transplantadas em
indivíduos com doenças génicas que possuem o gene defeituoso).
› O lentivírus não consegue se replicar dentro do hospedeiro, por isso são utilizadas packaging cells onde é
inserido um packaging mix com o transgene e plasmídeos que fornecem os genes necessários para
replicação do lentivírus (integrase de transcriptase reversa e proteínas do envelope e cápsula viral);
› Na célula alvo, é feita a transcrição reversa para DNA em cadeia dupla e depois integra-se no DNA
hospedeiro;
› Vantagens:
Não é necessário reagente de transfeção; Integração estável do gene no genoma hospedeiro; Transdução
eficiente na maioria das células de mamíferos; Infetam linhagens celulares “difíceis de transfecionar”; Baixa
imunogenicidade quando usado in vivo.
Adenovírus
› Vírus de DNA em cadeia dupla que conseguem infetar uma grande variedade de tipos de células incluindo
células em divisão ou não, e por isso são usados como veículos de entrega de genes.
› Possuem dois tipos de genes – Genes E, expressos numa fase precoce no desenvolvimento viral, e os Genes
L que só são necessários numa fase mais tardia, mais relacionados com o empacotamento.
› Os vetores são feitos para serem defeituosos na replicação – removidos os genes E1 e E3;
› O vetor não se integra no genoma hospedeiro;
› Enzima Subtilisina
Protease alcalina – utilizada em detergentes para lavagem de roupa;
Alteração de Asp para Ser na posição 99 (perto do centro ativo) fez aumentar a atividade a pH mais
elevado;
Vantagens: Aumento da resistência a temperaturas altas (WT até ~70ºC) e atividade a pH mais alto;
Aumento da resistência a agentes oxidantes;
Resistente à desnaturação por detergentes não-iónicos;
Não requer iões metálicos;
Microrganismos Recombinantes
› Aplicações na Indústria e no Ambiente:
Endonucleases de Restrição e Moléculas Biológicas de pequena dimensão;
Degradação Microbiana de Xenobióticos;
Utilização de Celulose e Hemicelulose;
Utilização de Açúcares e Amido;
Lípidos de cianobactérias;
Produção de Hidrogénio.
› Enzimas de Restrição – Alguns micróbios são difíceis de cultivar. Pode-se clonar o gene para a enzima de
restrição de um micróbio em E. coli, juntamente com os genes para as modificações necessárias (metilação
– metilase DdeI) para proteção dos genes em E. coli.
- E. coli é fácil de cultivar. Em gram negativas, é necessário proteger o DNA, além de que a localização
das enzimas de restrição (periplasma) é diferente da localização das enzimas de proteção (citoplasma).
› Degradação e Biorremediação Microbiana de Xenobióticos
- Biorremediação – uso de agentes biológicos para remover lixos tóxicos do ambiente
- Xenobióticos – químicos não naturais como herbicidas, pesticidas, refrigerantes, solventes, petróleo, e
outros compostos orgânicos.
- Pseudomonas conseguem naturalmente degradar alguns xenobióticos. Essa capacidade é conferida por
dois grandes plasmídeos que possuem.
Plantas Transgénicas
› Metodologias:
Transformação de plantas com Plasmídeo Ti de Agrobacterium tumefaciens;
Sistemas de vetores derivados do Plasmídeo Ti;
Engenharia de Cloroplastos;
Bombardeamento de Microprojéteis;
Uso de genes repórter em células de plantas transformadas;
Manipulação da Expressão Génica em plantas;
Produção de plantas transgénicas livres de marcas;
› Engenharia de Cloroplastos
A maioria das plantas superiores possuem 50-100 cloroplastos;
Construção de genes:
- Expressão de um gene de interesse no núcleo e alvo no cloroplasto – proteína de fusão com uma
sequência de sinalização para o cloroplasto;
- Expressão de um gene de interesse no cloroplasto;
› Plantas transgénicas
Resistência a insetos*, vírus, herbicidas, fungos, bactérias;
Tolerância à seca e sais;
Modificação do conteúdo nutricional, sabor e aspeto da planta;
Plantas como Bioreatores e produtores de vacinas;
Rendimento;
*Bacillus thuringiensis, uma bactéria do solo gram positiva produz uma proteína/toxina crista (cry) que
mata insetos; Esta prototoxina é produzida juntamente com os endósporos. Quando a prototoxina é
ingerida por larvas, é digerida por uma protease específica. Quando clivada, a toxina é ativada e liga-se
a recetores de membrana do epitélio do intestino levando à formação de poros. Isso leva a um desequilíbrio
do potencial energético, deixando as larvas letárgicas (pouca energia) mas não morrem. Assim, as larvas
são usadas como fonte de nutrientes para os esporos se desenvolverem e multiplicarem.
- Para evitar insetos resistentes à toxina de B. thuringiensis: Usar 2/+ genes de toxinas Bt diferentes; Usar
um gene de toxina Bt e um para uma outra proteína inseticida; Usar um promotor induzível para limitar a
expressão da toxina Bt apenas quando os insetos são um problema.
Animais Transgénicos
› Ratos transgénicos
Metodologias
- Microinjeção de DNA – o DNA é injetado num ovo após fertilizado e inserido na fêmea; Apenas 5% dos
ovos resulta num descendente modificado;
Aplicações
- Modelos para o estudo de diversas doenças (Alzheimer, Huntington, Artrite, etc)
- Sistemas de teste (p.ex. redução dos níveis de proteínas que contribuem para Alzheimer; correção de
mutações que conduzem a doenças; proteção contra doenças virais).
- Regulação condicional da expressão de genes;
- Controlo condicional de morte celular (para estudo de falha de tecidos/órgãos).
› Aplicações no Gado
Clonagem de gado através de transferência nuclear de células somáticas;
Dadores de órgãos; Produção de compostos farmacêuticos;
Gado resistente a doenças; Melhoramento da qualidade do leite.
Cabras/Ovelhas: Glândulas mamárias como bioreator; Aumento da quantidade de caseína no leite; Leite
com lactase (remove lactose).
› Galinhas transgénicas
› Peixes transgénicos
Genes introduzidos em ovos fertilizados por microinjeção ou eletroporação;
Aumento da velocidade de crescimento, com o gene para hormona de crescimento;
Resistência a doenças; Biossensores para a poluição da água.
*Salmão transgénico