UNIVERSIDAD DEL VALLE – QUÍMICA - CAGV

TALLER 3 DE BIOQUÍMICA 2018-II PROFESOR: CÉSAR A. GODOY V.

Parcial 3 (4 de Abril).
LECTURA PREVIA METABOLISMO + COMPRENSIÓN DE TEXTOS EN INGLÉS
(REF: http://www.chembio.uoguelph.ca/educmat/chm452/f90mtans.htm)

0. Biochemical pathways operate under steady state conditions rather

than equilibrium. Explain the distinction.

Equilibrium refers to a state in a single reversible reaction in which the rate of forward
reaction is exactly equal to the rate of the reverse reaction. A reaction at
equilibrium gives no net conversion of substrate to product.

Steady state refers to a series of consecutive reactions in which the net rate of production
of intermediate X is exactly equal to the net rate of consumption of X by the
next step (rather than by reversal of the production reaction). In a steady state,
the net conversion or flux rate is the difference between forward and reverse
rates reaction of reaction at any step. It is a general principle of steady state
systems that the flux rate is the same for all steps of an unbranched pathway.

If initially, the rate of production of intermediate X were to exceed the rate of consumption,
the concentration of X would gradually rise, speeding up the consumption
reaction until both match. If the rate of consumption were to exceed the rate
of production, the concentration of X would gradually fall, causing the rate of
consumption to drop back. Thus there is an inherent tendency to assume a
stable flux rate for all steps of the pathway.

In a hypothetical metabolic pathway

ABCD

Concentrations [A] and [D] are maintained constant by drawing from or

secreting into an external pool such as circulating blood. (Otherwise initial
reactant would be depleted and final product would build up).

1. Why is no step exactly at equilibrium when steady state is established?

Steady state reaction has net conversion of A to D, but true equilibrium

implies no net conversion. Reactions may be far from equilibrium so
that forward rate = flux rate, reverse rate = 0, or close to equilibrium,
implying that the reverse rate is almost equal to the forward rate. The
net difference between forward and reverse rates must be equal to the
flux rate.
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2. If an analysis is performed to determine concentrations [A], [B], [C], [D] what clues
would you look for to detect a potential regulatory step?

Compare the observed concentrations with the equilibrium constant (--para

sacar el coeficiente Q--) or determine which a numerical indicator of distance
from equilibrium is.

An equilibrium step must have enough enzyme activity to catalyze reaction in

both forward and reverse direction, so catalytic capacity is in excess.

A one way reaction only has enough activity to catalyze one direction, so is not
in excess and is more likely to be rate limiting.

3. If there is no change in concentrations [A] and [D], how could the direction of net
conversion from A to D be reversed?

Equilibrium reactions are easily reversed by increasing the initial product

concentration or decreasing the initial reactant concentration. The equilibrium
will then be re-balanced slightly in favor of the reverse reaction.

The only way to reverse the direction of the non-equilibrium steps is to provide
an alternative reaction with different cofactors so that the new reaction is
favored in the opposite direction. An enzyme can't shift the position of reaction
equilibrium, nor can inhibitors or activators selectively change the catalysis in
one direction but not the other. So we have to reverse the action of
phosphofructokinase (which consumes ATP) by using fructose bisphosphatase,
which does not regenerate ATP.

4. In the test tube, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

(glycolysis/gluconeogenesis pathway) is inhibited by one of its products, NADH. Why is
this regulation considered irrelevant in vivo?

Glyceraldehyde-3-P dehydrogenase is known to be an equilibrium step in

glycolysis, so it's an unlikely target for regulation. To be effective, the required
inhibitory concentration of NADH is higher than the typical level in vivo,
because the cytoplasm maintains a very low ratio [NADH] / [NAD+]. This is the
case for many "regulatory steps" discovered by in vitro inhibition studies. One
needs to be sure that inhibition is effective at typical cellular levels of the
supposed inhibitor.
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BIOMOLÉCULAS Y ENERGÍA (Complemente este taller con las preguntas de vitaminas del
anterior):

1. Defina claramente desde el punto de vista bioquímico y desde el punto de vista fisiológico:
metabolismo, catabolismo y metabolismo, anaeróbico, aeróbico.
2. Diferencie claramente entre macronutrientes y micronutrientes. Dé un ejemplo de cada uno
de ellos. ¿Por qué las vitaminas son claves en el metabolismo?
3. Hongos y bacterias son capaces de emplear celulosa como fuente de “carbono”
(carbohidratos) mientras que los humanos no podemos; ¿específicamente por qué sucede
esto?
4. ¿Por qué los seres vivos emplean reacciones de hidrólisis y sistemas electroquímicos para
aprovechar la energía de los alimentos y no una reacción de combustión convencional?
5. Existen diversas moléculas empleadas por los seres vivos empleadas para “almacenar” energía,
entre ellas el ATP. ¿Qué hace del ATP una molécula “rica” en energía? ¿Por qué es la más
usada en los seres vivos? La Acetil-CoA es otra molécula rica en energía, investigue las razones
de por qué esto es así, averigüe el valor usual de energía liberada cuando se hidroliza.
6. ¿El hecho de que el ATP sea una molécula rica en energía implica que es “inestable”? ¿Cómo
se suele hidrolizar el ATP en un ser vivo? Averigüe los valores de la constante de equilibrio de
la primera hidrólisis del ATP (y en lo posible el valor de la energía de activación asociada),
mostrando en la ecuación los debidos balances de carga y masa. Con esa información y otra
que considere pertinente, argumente su respuesta.
7. Muchas de las reacciones biológicas son per se desfavorables desde el punto de vista
termodinámico, sin embargo, los seres vivos son capaces de llevarlas a cabo. ¿Cómo es esto
posible? Dé un ejemplo concreto diferente a lo vistos en clase.
8. Se dice que lo seres vivos son capaces de modular la cantidad energía útil obtenida a partir de
una reacción química dada. ¿Qué explica que la primera hidrólisis por mol de ATP pueda
generar en ocasiones ~28 kJ o hasta ~40 kJ? Explique esto desde el punto de vista
termodinámico. Averigüe además bajo qué condiciones termodinámicas se pueden obtener
los mencionados valores extremos.
RUTAS METABÓLICAS.
9. ¿Por qué es necesario regular las vías metabólicas? ¿Qué mecanismos se aprovechan/
emplean para regularlas? ¿Qué pasos, dentro de una ruta metabólica, requieren de controles
regulatorios más estrictos? Añada ejemplos a su respuesta.
GLUCÓLISIS
10. Ustedes deben minimizar el costo asociado al gasto de la materia prima en un proceso de
biotransformación donde a partir de glucosa (materia prima) se produce energía ¿Sugeriría un
diseño aeróbico o anaeróbico para el biorreactor del proceso? ¿Hasta cuánta masa de glucosa
ahorraría con el diseño que Ud. sugiere por unidad arbitraria de energía obtenida? Argumente
su respuesta desde el punto de vista bioquímico dejando de lado el punto de vista ingenieril.
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11. En un cultivo de levadura o bacterias que crece en medio rico en carbohidrato la tendencia
del pH es a descender en la medida que pasa el tiempo. ¿Cuál/es son/serían las razones de
esto?
12. En la fermentación láctica los microorganismos transforman glucosa a ácido láctico. Escriba
la ecuación química balanceada de la reacción global. ¿Es una reacción tipo redox? ¿Qué
relación tiene esto con que algunos organismos deban cambiar a “modo anaeróbico” en
ausencia de oxígeno?
ENTRADA AL/Y CICLO DE KREBS (O CICLO DE LOS ÁCIDOS TRICARBOXÍLICOS)
13. ¿Por qué una deficiencia o mutación del complejo de la Piruvato Deshidrogenasa puede
causar acidosis?
14. ¿Por qué se dice que la “entrada de Acetil-CoA al ciclo de Krebs” no es una reacción
anaplerótica? ¿Cuáles son las dos funciones principales del ciclo de Krebs? En su respuesta
debe quedar claro por qué se considera a este ciclo como anfibólico dando ejemplos. Dé
varios ejemplos de reacciones que sí sean anapleróticas.
15. Este ejercicio fue dejado en clase. Cuantos ciclos de Krebs como mínimo y como máximo
debe sufrir una molécula de Acetil-CoA para ser convertida en CO2. Argumente su respuesta
con esquemas claros. Nota: el succinato y el fumarato son moléculas simétricas.
16. Averigüe cómo el Ca2+ regula del ciclo de Krebs. ¿A través de que metabolito no
coenzimático “se regulan a la vez” la glicólisis y el C. de Krebs? ¿Por qué se dice que el
oxígeno sería un activador indirecto del ciclo de Krebs?
CADENA DE TRANSPORTE DE ELECTRONES (CTE)
17. A qué se debe el nombre de la “cadena de transporte de electrones”. ¿De dónde vienen
originalmente, en qué intermediario/s se acumularon y a donde van finalmente esos
electrones?
18. Si Ud. hace cuentas, desde la glicólisis y hasta el C. de Krebs se produjeron
10NADH+2FADH2. Sin embargo en las diapositivas para los cálculos de producción de ATP se
tienen en cuenta 8NADH+4FADH2. ¿Por qué? Pista: Tenga en cuenta dónde se produjeron
c/u de esos diez NADH.
19. De acuerdo a lo visto en la CTE se sabe que cada NADH sirve para “bombear” al espacio
intermembrana (de la mitocondria) 12H+, mientras que cada FADH2 lo hace solo con 8H+.
Explique las razones de esto desde el punto de vista de la CTE.
20. Calcule el valor en Julios/mol que en condiciones estándar produce la oxidación de NADH
(emplee la ecuación de Nerst). Teniendo en cuenta que para producir ATP desde ADP se
requiere cerca de 30,5kJ/mol calcule la cantidad de ATP que se podría producir a partir de
su primer cálculo. ¿Por qué el valor en moles de ATP que obtiene está por encima del que
realmente se produce?
21. Se calcula que en promedio el cuerpo humano requiere ingerir alrededor de 2500 kcal/día
(Asumiendo que se aprovecha el 40%) calcule la masa necesaria de ATP que se debe
hidrolizar a ADP+Pi para llegar a ese requerimiento neto. ¿Le parece que su respuesta tiene
sentido? ¿Qué no ha tenido en cuenta en sus cálculos?
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Fosforilación oxidativa y fosforilación a nivel de sustrato PEP, Hidroliza Succinil-CoA CK

ENTRADA A LA GLUCÓLISIS DE OTROS AZÚCARES

22. Organismos como el ser humano aprovechan no solo la glucosa sino otros monosacáridos
como fuente de energía. En algunos casos sin embargo defectos genéticos pueden causar
que la ingestión de ciertos monosacáridos (o sus precursores oligosacáridos) causen
enfermedades. Describa brevemente una de ellas y explique qué reacción en específico no
se lleva a cabo.
VÍA DE LAS PENTOSAS FOSFATO
23. Mencione el/los objetivos principales de la vía de las pentosas fosfato.

SÍNTESIS DE GLUCÓGENO, GLUCOGENÓLISIS Y GLUCONEOGÉNESIS.

24. El glicógeno es una manera de glucosa (energía) en los mamíferos. ¿Por qué es necesario
reservar la glucosa como glicógeno (cuya síntesis implica cierto gasto energético) y no
dejarla “tal cual”?. Pista: propiedades coligativas.
25. Describa brevemente una enfermedad asociada a la síntesis de glicógeno o la glicogenólisis,
escriba la/s reacción/es química/s que no se llevan a cabo asociadas a tal patología.
26. ¿Cuál es el objetivo de la gluconeogénesis? ¿Por qué el ciclo de Krebs es clave para esta vía
y cuál/es reacción/es anapletórica/s la hacen posible?
27. La gluconeogénesis y la glucólisis son vías opuestas, el que se lleguen a realizar a la vez
pueden generar lo que se llama “ciclos inútiles”. Uno de los mecanismos para evitar esto es
el de la regulación alostérica. Por ejemplo la 1,6-Fructosabifosfatasa es activada por la
presencia de ATP mientras que es inhibida por AMP. En general los niveles de AMP indican
con mayor sensibilidad el estado energético de la célula que los de ADP. Explique desde el
punto del equilibrio químico por qué esto sería así. Pista: una enzima, la adenilato quinasa.
NADPH Y METABOLISMO DE GRASAS.
28. Por qué se hace énfasis en estudiar el metabolismo de triglicéridos y no tanto el del resto de
lípidos (exceptuando el colesterol) como por ejemplo fosfolípidos o esfingolípidos.
29. Roche (Xenical®) y otras compañías farmacéuticas han comercializado un principio activo
(Orlistat) que en principio puede ayudar a disminuir el peso corporal ¿Cuál sería el
fundamento bioquímico de esto?
30. Aun cuando se dejen de lado las grasas de la dieta es posible acumular grasa en el
organismo, bioquímicamente a qué se debe esto (descríbalo con amplio detalle).
31. A partir de una misma masa de glucosa y de una de grasa (tome como ejemplo un ácido
graso saturado de su elección) calcule compare la cantidad de ATP que es posible producir
cuando se convierten en CO2 +H2O según las vías metabólicas estudiadas. En este último
caso argumente su respuesta empleando un esquema que muestre cada uno de los
productos obtenidos y en que rutas metabólicas estos se transforman hasta llegar
finalmente a convertirse en ATP.
AMINOÁCIDOS.
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32. Diferencie entre aminoácido glucogénico y cetogénico. ¿Por qué es necesario llevar a cabo
reacciones de transaminación (describa al menos una) y el ciclo de la urea?
FOTOSÍNTESIS
33. Diferencia claramente las funciones del fotosistema 1 y del 2.
34. Establezca la conexión que hay entre la fase luminosa y la oscura de la fotosíntesis.