Challenges for the future of taxonomy: talents, databases and knowledge growth

(Desafíos para el futuro de la taxonomía: talentos, bases de datos y crecimiento del conocimiento)
CHARLES OLIVER COLEMAN & ADRIANA E. RADULOVICI

La forma en que se hace y se comunica la taxonomía ha cambiado en las últimas décadas. Cuando el
primer autor comenzó su carrera en biología hace unos 35 años, la mayoría el conocimiento se
organizaba en papel. libros científicos y documentos, no presentes en la biblioteca, tuvieron que ser
obtenidos por un lento préstamo interbibliotecario. Fotocopias con especies la información se organizó
en una tarjeta de papel taxonómica archivos para revisar miles de taxones. Para taxones grandes tal
archivo de tarjeta taxonómica tardó años en construirse. Somos todos afortunados de que las cosas
hayan mejorado mientras tanto y taxónomos pueden ser mucho más productivos hoy en día debido a la
revolución digital. Además, la práctica de publicación taxonómica ha cambiado. Tancoigne y Dubois
(2013) mostraron, mediante el análisis de datos del Registro Zoológico entre 1980 y 2010, que el
número de especies por taxonómica publicación disminuyó lentamente en este período de tiempo, así
como como el número de especies nuevas descritas anualmente o subespecies por autor. También
encontraron que la proporción de publicaciones interdisciplinarias aumentó entre 1950 (0,9%) y 2008
(27,9%) y que las monografías pasaron a ser menos numerosos. Sangster y Luksenburg (2014)
mostraron tendencias similares en taxonomía de aves comparando publicaciones entre 1935 y 2009.
Curiosamente la calidad de las descripciones de aves aumentó en este intervalo de tiempo, por ejemplo,
por descripciones más detalladas, inclusión de ilustraciones, mapas y sonogramas. Parece que la
taxonomía se ha vuelto más detallado, interdisciplinario y por lo tanto más interesante A través de los
años. Y el proceso de publicación es más rápido hoy. Envío de manuscritos y planchas, así como la
revisión El proceso se puede hacer convenientemente usando portales en línea. Entonces, ¿Está todo
bien y el futuro de la taxonomía es brillante?
Desde la firma de la Convención sobre Biotecnología Diversidad durante la Cumbre de la Tierra de
1992 en Río de Janeiro el término „impedimento taxonómico “fue reconocido resumir los problemas de
las lagunas de conocimiento taxonómico, el número insuficiente de taxónomos capacitados y falta de
infraestructura taxonómica. Desde entonces ha sido muy controvertido cuán significativo es el
impedimento taxonómico realmente lo es, pero parece ser un problema mundial. Por ejemplo, Venera-
Pontón et al. (2020) mencionó una escasez particular de taxónomos y datos de países en desarrollo y
países en transición, especialmente en los campos de la biodiversidad marina. Además, Paknia et al.
(2015) analizó la infraestructura taxonómica en países en desarrollo mega diversos y encontraron
comparativamente bajo número de colecciones de biodiversidad, historia natural museos y herbarios.
Un factor para contrarrestar el taxonómico impedimento es el progreso tecnológico. Muchos
taxonómicos ahora los procedimientos se ven facilitados por el uso de computadoras, Internet, listas de
especies en línea y técnicas moleculares. Ahora la taxonomía está en camino de convertirse en un
modelo moderno, ciencia integradora, impulsada por hipótesis y apasionante.
En el siguiente ensayo queremos arrojar algo de luz sobre temas seleccionados de taxonomía que
creemos que valen la pena mirando: los problemas de la fuerza laboral taxonómica, el crecimiento del
conocimiento taxonómico basado en el uso de bases de datos y portales web y algunas sugerencias para
mejorar la calidad de las bases de datos moleculares en beneficio de la comunidad científica,
profesionales de la conservación, reguladores, formuladores de políticas y científicos ciudadanos.
¿Por qué es tan difícil convertirse en taxónomo?
Convertirse en un taxónomo (en estos párrafos pensamos en un taxónomo como un experto en especies
clásicas) requiere algunos talentos especiales, incluso tal vez un tipo especial de cerebro en mantener
una clasificación compleja de un grupo, sino también las diminutas diferencias que discriminan entre
especies. Para algunos, el interés por las especies comienza a una edad temprana, cuando padres e hijos
exploran juntos las maravillas de la naturaleza, una experiencia muy emotiva y formativa para ambos.
Otros tener maestros dedicados en la escuela o en la universidad generando una chispa en un joven para
estudiar especies.
Sin embargo, parece que hoy en día tal fundación en interés de la historia natural no se plantea tan
fácilmente. Para ejemplo, las organizaciones de conservación de la naturaleza se quejan sobre un
número decreciente de nuevos miembros y una alta proporción de antiguos. Si bien los expertos en
especies son se necesita desesperadamente, por ejemplo, para la conservación de la naturaleza, parece
que no se están formando suficientes expertos (Frobel y Schlumprecht 2014). El problema empieza en
las escuelas, donde los planes de estudios de hoy no incluyen necesariamente materias de historia, y
continúa en muchas universidades, donde taxonomía ya no se enseña formalmente y los profesores con
experiencia taxonómica faltan. Además, el El mundo actual es acelerado y digital, mientras que la
paciencia y las habilidades de observación requeridas en taxonomía podrían ser declinando como
rasgos de las nuevas generaciones. Hay varios estudios que informan una disminución a veces solo
supuesta en taxónomos (e.g. Mora et al. 2011), otros, sin embargo, contradicen esta impresión
(Lohrmann et al. 2012). En últimos años incluso la política ha comenzado a expresar preocupación
sobre el deterioro del conocimiento taxonómico (House de Señores. Comité de Ciencia y Tecnología,
2008), especialmente con respecto a algunos taxones no carismáticos (p.nematodos, hongos).
Sea como fuere, no es fácil llegar a ser y permanecer un taxónomo y pensamos, podría estar
relacionado con nuestra cultura de la ciencia moderna:
 La taxonomía suele ser un compromiso a largo plazo. Lleva mucho tiempo, por lo general
muchos años, convertirse en un experto en un grupo de especies. Y el tiempo no es fácil
disponible hoy. Los jóvenes científicos tal vez no estén dispuestos pasar años organizando la
información taxonómica en un forma análoga o digital. Si el taxónomo es un trabajador líder del
grupo, entonces sus estudiantes pueden participar en su trabajo preliminar y hay un sentido de
conocimiento tradición, por ej. durante las Alianzas para Mejorar Programa de Pericia en
Taxonomía (PEET) del Instituto Nacional Fundación para la Ciencia (NSF) (Rodman & Cody
2003). Sin embargo, si tal figura integradora se retira, deja una gran brecha y los proyectos
taxonómicos basados en estudiantes pueden llegar a una parada.
 La ciencia se basa en proyectos. Después de un proyecto en particular ha terminado, podría
abordarse un tema muy diferente por los científicos. La investigación a menudo sigue las
tendencias actuales, que luego cambian a las nuevas tendencias. Así que los científicos deben
ser muy flexible hoy, y el menos flexible es el taxónomo que está “casado de por vida” con su
grupo taxonómico y no puede cambiar fácilmente de campo o taxón debido al tiempo ya
invertido en el trabajo preliminar necesario.
 La taxonomía, al menos la taxonomía clásica, es bastante barato, que parece ser bueno a
primera vista. Pero Los proyectos taxonómicos baratos dan como resultado gastos generales
bajos, lo que no son atractivos para las instituciones académicas. ¿Una institución contrate a un
taxónomo barato o prefiera a un solicitante usando métodos modernos y costosos, atrayendo por
 lo tanto grandes subvenciones? Y los métodos modernos también significan para un joven
científico una buena reputación y libertad para cambiar a otro campo de la ciencia o la
economía en general utilizando las mismas técnicas.
 Hablando de reputación, las revistas donde los taxónomos normalmente publican tienen factores
de impacto notoriamente bajos. Debido a que la comunidad taxonómica para la mayoría de los
taxones no es grande, el número de citas entre estas pocas personas también son bajos. Para
empeorar las cosas, existe una práctica único en la ciencia por no citar hipótesis de especies
apropiadamente, especialmente entre los usuarios de la taxonomía, p. ecologistas, quienes en la
mayoría de los casos no citan autores de especies en sus referencias Por ejemplo, Escherichia
coli (Migula, 1895), un organismo modelo utilizado en muchos campos de la ciencia moderna,
tiene aproximadamente 3.570.000 visitas académicas de Google, pero el autor original de la
bacteria sólo ha sido mencionado en el texto de 792 publicaciones y citado en su totalidad en el
referencias solo 35 veces (consultado el 6 de enero de 2020).
Para los jóvenes científicos sería estratégicamente imprudente invertir mucho tiempo para convertirse
en un experto en especies y apostar por la taxonomía para una futura oportunidad laboral. Muchos
entienden esto y seleccione otros campos.

¿Cómo asegurar un crecimiento del conocimiento de alta calidad en portales

taxonómicos y bases de datos?
A pesar de la queja mencionada a menudo de que la taxonomía es en una especie de crisis, algunos
dicen que vivimos en el mejor de todas veces, porque nunca ha sido tan fácil organizar conocimientos
taxonómicos con tanta eficacia. De hecho, hoy podemos usar listas de especies basadas en Internet
como World Registro de Especies Marinas (WoRMS) (http://www.marinespecies.org), bases de datos
para taxonomía como “DELTA”, “Lucid” o “Scratchpads” (http://scratchpads.eu) y bases de datos
moleculares como GenBank y el Barcode of Life Data Systems (“BOLD”) para análisis molecular
identificación de especies (ver abajo). tenemos moderno métodos de entintado digital, microscopía
electrónica de barrido (SEM) y apilamiento de fotografías para alta calidad ilustración de especies.
Metadatos de colecciones de museos están en bases de datos en todo el mundo y son accesibles a través
del Servicio de Información sobre Biodiversidad Global (GBIF) portal (https://www.gbif.org) por lo
que es fácil de encontrar material para responder preguntas taxonómicas específicas. La literatura
científica nunca ha sido tan fácil de encontrar e intercambiar como copias digitales (pdf, por ejemplo,
usando researchgate.com o la Biblioteca del Patrimonio de la Biodiversidad,
(https://www.biodiversidadlibrary.org).
Pero, ¿pueden estas bases de datos y colecciones permitir una transición suave del conocimiento
taxonómico de una generación de expertos a la siguiente? ¿Y están bien curados? suficiente para ser
útil y tener flujos de trabajo implementados para que los errores se pueden solucionar fácilmente?

¿Qué taxones conocemos? Hay un gran número de tales bases de datos con listas de especies, algunas
curadas por un solo persona, otros por grandes equipos. Algunas de estas bases de datos reflejar o
agregar datos entre sí. ZooBank (http://zoobank.org/) es el registro oficial de zoológicos nomenclatura
y se llena automáticamente con datos durante el proceso de publicación taxonómica. De la gran lista de
bases de datos disponibles en línea, están destacando sólo dos ejemplos de buenas prácticas en términos
de gestión de datos.
“Registro mundial de especies marinas”, WoRMS (http://www.especiesmarinas.org) . En este momento
hay 289 editores, supervisando los taxones de los que son responsables y actualización muy rápida de
la lista de especies o cambios en la clasificación una vez que se dispone de nueva información. Algunos
de los rangos más altos tienen subbases de datos separadas, p.ej. “Mundo de los Copépodos” y el
“Mundo de los Anfípodos base de datos”, esta última con tres editores coordinadores y 31 editores
asociados. Estas subbases de datos alimentan directamente en la base de datos principal de WoRMS.
El “Catálogo mundial de arañas” (https://wsc.nmbe.ch) (Nentwig et al. 2015). Esta no es sólo una lista
de especies en arañas, pero también ofrece acceso a 15.000 artículos taxonómicos como pdf para los
miembros. Similar a WoRMS, hay un equipo de editores temáticos que garantizan la calidad de la base
de datos.

¿Cómo identificar taxones con software y utilizarlos herramientas para escribir artículos
taxonómicos? hay bases de datos para caracteres taxonómicos que aceleran dramáticamente
escribiendo descripciones de especies, creando claves e interactivos herramientas de identificacion
“DELTA”, Lenguaje Descriptivo para Taxonomía (Dallwitz 1980) (https://www.delta-
intkey.com ;https://downloads.ala.org.au/p/Open%20DELTA) es un ejemplo de un libre de cargo,
respectivamente de código abierto, paquete de software. “Lúcido” (https://www.lucidcentral.org) se
concentra en crear claves en la web. Es un producto comercial y, por lo tanto, no de código abierto. El
futuro de este producto y las bases de datos creadas con él es por lo tanto cuestionable. Pero también
teclas interactivas creadas con libre software como “DELTA” puede ser retirado de Internet cuando el
promotor se jubila (por ejemplo, el Dr. Jim Lowry, quien creó y estaba ejecutando http://crustacea.net,
un sitio web con teclas interactivas e información sobre muchos crustáceos taxones). Proyectos
aislados, funcionando solo por un tiempo limitado, no contribuyen mucho al crecimiento y
mantenimiento del conocimiento taxonómico. Otro problema de tal aplicación aislada es que son
ejecutadas por individuos solo y no están diseñados para un trabajo cooperativo más grande en la
misma base de datos al mismo tiempo. Sin embargo, esto desventaja podría superarse fácilmente como
el DELTA el software ahora es de código abierto y sin duda será más desarrollado en el futuro.
Asimismo, el futuro de los proyectos realizados con “Scratchpads” (http://scratchpads.eu), un
contenido sistema de gestión diseñado principalmente para la taxonomía contenido, no queda claro
cuando es desarrollado por un solo persona. Es posible que deje de actualizarse cuando el autor se
retire. o cambia de trabajo. En tales casos no hay mucho de una tradición del conocimiento.
¿Dónde se almacena el material de referencia? si museo Los metadatos de la colección se capturan y
publican en el web, en ocasiones gracias a la publicación en internet, el material comienza a “existir”
para los usuarios. Para tipo de material en una colección, el nombre (original) de una especie es claro y
relativamente estable. Para los no-tipos, sin embargo, tendría que esperar una cierta tasa de
identificación errónea (por ejemplo, más del 50 % de los especímenes de plantas tropicales fueron
incorrectamente nombrado en herbarios, según un estudio de caso sobre algunos taxones por Goodwin
et al. 2015) y trabajo constante en estos especímenes es necesario. Para colecciones que son trabajado
regularmente, la calidad de la identificación y los metadatos deberían aumentar con el uso a lo largo de
los años. Cuando las colecciones no están en la base de datos y no se están utilizando, el estado a
menudo permanece congelado. Asimismo, la organización de los departamentos de colecciones de los
museos tiene una fuerte influencia en la calidad de una colección. Si las colecciones no son trabajados
activamente por equipos de científicos y técnicos, la colección puede quedar descuidada y luego decaer
de un sistema bien organizado a una agregación desordenada. Sin embargo, en muchas instituciones tal
cooperación ya no existe: los científicos sí sus científicos y técnicos o gestores de colecciones (a veces
con experiencia taxonómica limitada) se sienten abandonados solo con la colección, entonces la calidad
de una colección Podría sufrir. En algunos museos se está volviendo difícil obtener tipos en préstamo
(por ejemplo, Naturalis, Leiden). En otros casos, sólo unos pocos especímenes están depositados en las
colecciones y un gran número permanece en las colecciones de trabajo privadas de los taxónomos con
un destino incierto para el futuro.

¿Qué se necesita?
 Si los proyectos reciben apoyo financiero solo por un tiempo limitado, el futuro de la base de
datos debe planificarse con anticipación para garantizar la sostenibilidad de la base de datos.
 Los operadores individuales de bases de datos deben encontrar sucesores para sus proyectos,
mejor conectados con una institución más grande.
 Los portales más grandes deben ser administrados por instituciones grandes con una base
financiera sólida y la accesibilidad a largo plazo deben ser garantizado.
 Las bases de datos en la web deben tener interfaces para la cooperación y mejoras de los
contenidos.
 Finalmente, los museos deben tener equipos de científicos y técnicos trabajando y desarrollando
las colecciones y sus metadatos juntos.

¿Cuáles son los desafíos de las bases de datos moleculares para la identificación de especies?
La ciencia ficción de la futura identificación de especies ha ya se ha esbozado: se presiona un
dispositivo de mano en un espécimen y el nombre de la especie aparece en el mostrar. Mientras que el
escáner es hasta ahora solo un sueño (aunque el progreso en la tecnología sigue avanzando en esta
dirección), las bases de datos subyacentes para la identificación de especies basadas en el ADN ya son
una realidad. Banco Genético, la mayor base de datos de secuencias genéticas, ha sido poblado con
datos por científicos durante la publicación proceso de sus artículos revisados por pares
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Aunque una gran base de datos con millones de secuencias
que pueden ser consultadas por cualquier usuario de forma gratuita, GenBank tiene metadatos limitados
que se pueden cargado junto con los datos de la secuencia. Además, en caso se ha deslizado algún error
(la mayoría de las veces errores taxonómicos a una identificación errónea), sólo uno de los autores
originales puede corregirlo, lo que trae dificultades en los casos en que los autores se han jubilado, han
cambiado de dirección o de trabajo.
Para el resto de esta sección, nos centraremos en el código de barras del Sistema de Datos de Vida
(BOLD; http://www.boldsystems.org;Ratnasingham y Hebert, 2007), una base de datos dedicada a
códigos de barras de ADN para la identificación de especies. En contraposición a GenBank, BOLD
solo se enfoca en multicelulares organismos y actualmente contiene 7,7 millones de códigos de barras
de 216.000 animales, 69.000 plantas y 22.000 hongos y otras especies, pero incluyendo también un
cierto número de secuencias sin identificación a nivel de especie (acceso 12 de enero de 2020). Estos
datos fueron subidos directamente por Usuarios BOLD o extraídos de GenBank por el equipo BOLD.
Una gran cantidad de datos subidos directamente a BOLD fueron generados a través de los esfuerzos
de la International Código de barras de Life Consortium (https://ibol.org/). Actualmente, iBOL tiene 32
estados miembros, pero solo presentamos un ejemplo de buenas prácticas aquí.
La rama alemana del consorcio iBOL ha sido muy activo desde sus inicios como el código de barras
alemán de Vida (GBOL). Esta red nacional tiene estricta calidad requisitos de datos de códigos de
barras de ADN y metadatos cuando creación de bibliotecas de referencia. Sólo secuencias de
especímenes identificado por expertos en especies reconocidos y registrados son aceptados y estos
especímenes de referencia (es decir, comprobante especímenes) de material secuenciado son
fotografiados y luego depositado en museos o universidades asociadas a GBOL colecciones Hasta
ahora (consultado el 6 de enero de 2020), 17.624 especies animales (203.859 ejemplares), 1.303
especies de plantas (3.402 especímenes) y 9 especies de hongos (14 especímenes) se enumeraron en el
sitio web de GBOL (https://www.bolgermany.de).
Sin embargo, no todos los usuarios de BOLD siguen la misma calidad estándares como GBOL. Como
consecuencia, BOLD (también como GenBank y otras bases de datos moleculares) contiene una cierta
cantidad de datos que no fueron debidamente validados y podría afectar la identificación correcta
basada únicamente en el ADN códigos de barras El problema de la identificación taxonómica
incorrecta no es exclusivo de bases de datos moleculares ya que frecuentemente ocurre también en
colecciones de museos/herbarios (como se mencionó arriba). Al ser una base de datos y un banco de
trabajo para análisis de datos, BOLD tiene un conjunto de recomendaciones para datos y metadatos de
alta calidad (p. ej., nombre del taxónomo identificación del espécimen, nombre de la institución que
almacena el espécimen, imagen del espécimen, detalles biológicos de muestra, datos de recolección,
secuencia de ADN y electroferograma, etc.), pero la responsabilidad final de seguir estas
recomendaciones es responsabilidad del usuario.
Hace unos años, realizamos una prueba de calidad de datos en NEGRITA con respecto a los datos
públicos de anfípodos (Radulovici y Coleman 2017). Ya sospechábamos que los errores podrían se han
infiltrado en BOLD en base a una visita de investigación de uno de nosotros (C. O. Coleman) a una
conocida colección nacional. La visita incluyó una revisión de una colección de anfípodos que había
sido identificado y codificado con barras previamente. De cada tubo que contiene múltiples
especímenes de supuestamente, la misma especie, se seleccionó un anfípodo y se procesó a través de
protocolos de códigos de barras estándar y datos cargados en ATREVIDO. En muchos tubos, sin
embargo, los anfípodos pertenecían a varias especies, a veces incluso de diferentes familias. Este
hallazgo, junto con la dificultad de rastrear los especímenes reales que tenían un código de barras para
verificar su identificación, nos llevó a sospechar un potencial error entrada en NEGRITA.
Comprobación de los datos de anfípodos respectivos en NEGRITA, encontramos que no cumplía con
el deseado normas de calidad. En muchos casos no había imágenes. asociado con los especímenes
secuenciados y, si está presente, las imágenes no pudieron ayudar a resolver el problema casos. Muchas
imágenes eran pequeñas o mostraban solo el habitas del anfípodo, pero no hay detalles esenciales de
apéndices o piezas bucales necesarios para ver taxonómicamente personajes relevantes. Debido a la
complejidad morfológica de estos animales, tales fotos no son adecuadas para comprobar la validez de
la identificación. La mayoría de los anfípodos no pueden ser identificados a nivel de especie sólo por su
habitas. En algunos casos, la misma imagen se ha subido para múltiples especímenes que, al ser
procesados, generaron muy distantes Secuencias de ADN, indicando múltiples especies. En otros casos,
las imágenes que muestran claramente las diferentes especies fueron subido para ejemplares de la
misma especie. Una foto mostró una familia completamente diferente en contraste con la que
mencionado en NEGRITA. En otros proyectos BOLD, fotos mostró solo fragmentos de cuerpo sin
sentido que quedaron después del tejido extracción o disección aproximada durante la identificación.
En pocas palabras, la mayoría de las imágenes de anfípodos en NEGRITA no fueron útil para
documentar la especie (Fig. 1).
Para ayudar con los problemas taxonómicos generalizados, BOLD implementó un algoritmo que
agrupa animales códigos de barras en grupos cohesivos con identificadores únicos llamados Números
de índice de código de barras (BIN; Ratnasingham & Hebert 2013). Se demostró que estos BIN
corresponden en gran medida a Linnean especies en múltiples taxones, y por lo tanto se utilizan como
representantes de las especies. Mientras que el inventario de código de barras especies animales incluye
216.000 especies, el número de BIN es tres veces mayor (659.000 BIN el 12 de enero 2020) que indica
la presencia de posibles especies crípticas sino también de muchas especies no identificadas presentes
en el base de datos. Debido a las herramientas disponibles basadas en BIN (por ejemplo, informe de
discordancia de BIN), las identificaciones erróneas se pueden encontrar fácilmente cuando un BIN en
particular incluye varios nombres de especies. El equipo de BOLD realiza de forma rutinaria la
curación de datos e investigando casos de BIN discordantes, sin embargo, el proceso no está
automatizado hasta la fecha. La curación manual es los registros empleados y sospechosos están
marcados y excluidos del conjunto de datos disponible para los usuarios al consultar sus secuencias
desconocidas. Dado que los BIN se generan cada mes basado en nuevos datos agregados a BOLD
mientras que en la curación es manual y se realiza periódicamente, sigue que en un momento dado
pueden existir datos erróneos en ATREVIDO. Se realizó una prueba similar a la de 2017 nuevamente
en 2019 y descubrió que el 8% de los anfípodos públicos Los BIN tenían discordancia (múltiples
taxones en un BIN) (Radulovici 2019). Para especies raras, sin embargo, donde un BIN se basa en una
sola secuencia o no hay BIN disponible (es decir, las secuencias cortas de ADN no generan un BIN),
un error en la identificación puede pasar desapercibido durante mucho tiempo, si es que se reconoce en
absoluto. En general, sin embargo, identificaciones erróneas en el "sistema molecular" son mucho más
fácil y rápido de detectar y corregir en comparación con el sistema “taxonómico tradicional”.

Consecuencias de metadatos fácticamente defectuosos:

BOLD se ha establecido como parte de la tecnología basada en el ADN sistema de identificación de la
vida multicelular en la Tierra. A través de este enfoque, el inventario de la vida puede ser realizado de
una manera más rápida, estandarizada, simplificada y rentable y, al hacerlo, las nuevas especies están
obligadas a ser encontrado. Con los nuevos avances tecnológicos, es más fácil producir cantidades
masivas de datos de ADN como nunca antes. Muestras a granel o muestras ambientales ahora pueden
ser procesados rutinariamente como parte de las evaluaciones de biodiversidad y monitoreando. Sin
embargo, el éxito de estos enfoques para llegar a una lista final de especies se basa en gran medida en
la confiabilidad e integridad de la base de datos disponible para usuarios al realizar sus consultas de sus
nuevos datos. Por lo tanto, es esencial que cada secuencia de referencia en BOLD (y otras bases de
datos moleculares para el caso) está conectado al taxón correcto. Y si se identifica mal los especímenes
están conectados a secuencias en la base de datos y pasar desapercibidos, estos errores pueden persistir
durante mucho tiempo tiempo afectando en cierta medida a todos los estudios que se basaban
exclusivamente en bases de datos moleculares mientras tanto. Aunque ocurre con menos frecuencia,
¿qué sucede si hay un solo espécimen y este es destruido durante extracción de tejido o completamente
utilizado debido a su pequeño tamaño? Esto podría suceder si los investigadores no están siguiendo
protocolos especiales para la recuperación de vales (por ejemplo, cutícula de un espécimen guardado
después de la extracción de ADN, que incluso funcionó para kinorhynchs minuto, Yamasaki 2015) o
no tienen cuidado suficiente durante los protocolos de laboratorio. Estos posibles casos son
especialmente críticos si la especie es rara. Entonces el enlace entre el organismo y la secuencia ya no
se puede probar.

Sugerencias para abordar estos problemas:

BOLD es una plataforma en línea utilizada por miles de usuarios alrededor del mundo. Como tal,
depende en gran medida de que los usuarios sean ya capacitados en las mejores prácticas para códigos
de barras de ADN lo cual podría no ser siempre el caso como hemos visto en anfípodos. Por el
momento, los registros que se sospecha haber contaminación o identificaciones erróneas están
marcadas y no entorpecería la herramienta de identificación implementada en ATREVIDO. Sin
embargo, esta acción no necesariamente “arregla” el problema, especialmente para los registros
extraídos de GenBank que carecen de metadatos.

• Una posible solución sería la implementación de un sistema de editores voluntarios (taxónomos con
experiencia en diferentes taxa), similar al sistema establecido en WoRMS (ver arriba)
para realizar un seguimiento y seleccionar los datos cargados en BOLD.
• Además, especificamos a continuación los metadatos que mejorar en gran medida la calidad de
BOLD si todos los usuarios lo siguen. Aunque todos estos campos están actualmente disponibles en
NEGRITA, pocos usuarios completan toda esta información a medida que cargan secuencias de ADN.
• Los metadatos deben incluir lo siguiente:
1) Ilustraciones extensas, con fotos y/o dibujos de todos caracteres relevantes para la
identificación, para cada secuencia espécimen de la biblioteca de referencia (o al menos un
espécimen de cada BIN);
2) Localidad exacta de recogida con coordenadas GPS;
3) Número de acceso de la colección donde se encuentra el material de referencia. almacenado;
4) Nombre de la persona que identificó cada espécimen y la fecha;
5) Pdf de la publicación una vez realizada la secuencia publicada;
6) BOLD tiene un sistema de etiquetas y comentarios que es general infrautilizado Cada registro
puede recibir comentarios o etiquetas permitir que los datos sean curados más rápido;
7) La colocación de material de referencia en los museos, similar a el procedimiento de tipos
morfológicos, debe ser obligatorio.

Si bien BOLD podría implementar algunos de estas recomendaciones como campos obligatorios para
el beneficio de la comunidad de códigos de barras, esta acción se pudo ver como una barrera para subir
datos a BOLD por la misma comunidad de códigos de barras. Creemos que los usuarios llevan la
responsabilidad de generar, validar y curar sus datos incluso, y especialmente, después de la
publicación. el código de barras comunidad puede aprender mucho de los taxónomos que volvería a
visitar las colecciones de los museos una y otra vez tiempo para mejorar la identificación de
especímenes en beneficio de la comunidad científica en general. Como comunidad, nosotros necesidad
de establecer y seguir un código de mejores prácticas para mejorar el sistema BOLD para garantizar su
utilidad a largo plazo.

Observaciones finales
La taxonomía es un campo complejo pero fascinante. Identificando los organismos pueden tardar desde
minutos hasta horas o días, y se puede hacer a ojo o usando cada vez más microscopios avanzados y
herramientas de disección. Solo la persona que luchó a través de interminables dicotómicos claves e
incertidumbres pueden comprender la satisfacción de llegando al final, a un nombre de especie para el
organismo en cuestión. Ya sea en base a caracteres morfológicos o a una cadena de nucleótidos, la
identificación de especies es importante. Todo el campo de la conservación de la biodiversidad tiene
especies identificación como punto de partida. Y como la biodiversidad está en crisis, se necesitan
expertos capacitados en especies identificación como nunca antes. No hay una base de datos molecular
completo; ni siquiera estamos cerca de haber codificado en barras todas las especies inventariadas hasta
la fecha, por no hablar de las muchas más que son estimados. La multitud de especies crípticas
descubiertas a través de métodos moleculares necesita taxónomos para clasificar y describirlos. Solo
trabajando a través de disciplinas y rompiendo estereotipos, ¿seremos capaces de avanzar en la
conocimiento taxonómico y comprensión de la naturaleza mundo. Este ensayo presenta nuestra visión
sobre el estado de la taxonomía hoy. Esperamos que no haya disuadido a nadie estudiante o
investigador de carrera temprana o incluso ciudadano-científico de considerar la taxonomía como un
campo de trabajo, por sí mismo o como un complemento a otros campos de investigación. Después de
todo, la taxonomía se está convirtiendo en un concepto moderno, integrador y ciencia basada en
hipótesis y emocionante como nunca antes.