Massoma Rizvi

Assignment: 01

Box Plot
data": [
{
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"0-17\r",
"0-17\r",
"0-17\r",
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"46-50\r",
"46-50\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"36-45\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
Massoma Rizvi

"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"26-35\r",
"26-35\r"
],
"x": [
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"P00285442\r",
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"P00156442\r",
"P00213742\r",
"P00214442\r",
"P00303442\r",
"P00135742\r",
"P00039942\r",
"P00161442\r",
"P00078742\r",
"P00085942\r",
"P00118742\r",
"P00297942\r",
"P00266842\r",
"P00058342\r",
"P00032442\r",
"P00105942\r",
"P00182642\r",
"P00186942\r",
"P00155442\r",
"P00221342\r",
"P00087242\r",
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Massoma Rizvi

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"P00113242\r",
"P00192642\r",
"P00110842\r"
],
"type": "box",
"boxpoints": false
}
],
"layout": {
"autosize": true,
"hovermode": "closest",
"xaxis": {
"range": [
-2.666666666666666,
50.666666666666664
],
"type": "category",
"autorange": true
},
"yaxis": {
"range": [
-0.5,
5.5
],
"type": "category",
"autorange": true
}
}
}
Massoma Rizvi

Scatter plot

"data": [
{
"ysrc": "samreenrabbani:5:f3d727",
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"mode": "markers",
"y": [
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"0-17\r",
"0-17\r",
"0-17\r",
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"46-50\r",
"46-50\r",
"46-50\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"36-45\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
Massoma Rizvi

"26-35\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"26-35\r",
"26-35\r"
],
"x": [
"P00069042\r",
"P00248942\r",
"P00087842\r",
"P00085442\r",
"P00285442\r",
"P00193542\r",
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"P00346142\r",
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"P00303442\r",
"P00135742\r",
"P00039942\r",
"P00161442\r",
"P00078742\r",
"P00085942\r",
"P00118742\r",
Massoma Rizvi

"P00297942\r",
"P00266842\r",
"P00058342\r",
"P00032442\r",
"P00105942\r",
"P00182642\r",
"P00186942\r",
"P00155442\r",
"P00221342\r",
"P00087242\r",
"P00111142\r",
"P00259342\r",
"P0094542\r",
"P00148642\r",
"P00312142\r",
"P00113242\r",
"P00192642\r",
"P00110842\r"
],
"type": "scatter"
}
],
"layout": {
"autosize": true,
"xaxis": {
"range": [
-2.974169741697416,
50.974169741697416
],
"type": "category",
"autorange": true
},
"yaxis": {
"range": [
-0.39608177172061326,
5.396081771720613
],
"type": "category",
"autorange": true
}
}
}
Massoma Rizvi

Scatter

"data": [
{
"ysrc": "samreenrabbani:5:f3d727",
"xsrc": "samreenrabbani:5:a24ea3",
"mode": "markers",
"y": [
"0-17\r",
"0-17\r",
"0-17\r",
"0-17\r",
"55+\r",
"26-35\r",
"46-50\r",
"46-50\r",
"46-50\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"51-55\r",
"36-45\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"26-35\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
Massoma Rizvi

"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"36-45\r",
"26-35\r",
"26-35\r"
],
"x": [
"P00069042\r",
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"P0097242\r",
"P00274942\r",
"P00251242\r",
"P00014542\r",
"P00031342\r",
"P00145042\r",
"P00231342\r",
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"P0096642\r",
"P00058442\r",
"P00036842\r",
"P00249542\r",
"P00220442\r",
"P00156442\r",
"P00213742\r",
"P00214442\r",
"P00303442\r",
"P00135742\r",
"P00039942\r",
"P00161442\r",
"P00078742\r",
"P00085942\r",
"P00118742\r",
"P00297942\r",
"P00266842\r",
"P00058342\r",
"P00032442\r",
"P00105942\r",
"P00182642\r",
"P00186942\r",
"P00155442\r",
"P00221342\r",
"P00087242\r",
"P00111142\r",
"P00259342\r",
"P0094542\r",
"P00148642\r",
Massoma Rizvi

"P00312142\r",
"P00113242\r",
"P00192642\r",
"P00110842\r"
],
"type": "scatter"
}
],
"layout": {
"autosize": true,
"xaxis": {
"range": [
-2.974169741697416,
50.974169741697416
],
"type": "category",
"autorange": true
},
"yaxis": {
"range": [
-0.39608177172061326,
5.396081771720613
],
"type": "category",
"autorange": true
}
}
}
Massoma Rizvi
Massoma Rizvi

Histogram

"data": [
{
"autobinx": true,
"autobiny": true,
"ysrc": "samreenrabbani:5:a24ea3",
"xsrc": "samreenrabbani:5:f45a69",
"xbins": {
"start": -0.5,
"end": 24.5,
"size": 5
},
"y": [
"P00069042\r",
"P00248942\r",
"P00087842\r",
"P00085442\r",
"P00285442\r",
"P00193542\r",
"P00184942\r",
"P00346142\r",
"P0097242\r",
"P00274942\r",
"P00251242\r",
"P00014542\r",
"P00031342\r",
"P00145042\r",
"P00231342\r",
"P00190242\r",
"P0096642\r",
"P00058442\r",
"P00036842\r",
"P00249542\r",
"P00220442\r",
"P00156442\r",
"P00213742\r",
"P00214442\r",
"P00303442\r",
"P00135742\r",
"P00039942\r",
"P00161442\r",
"P00078742\r",
"P00085942\r",
"P00118742\r",
"P00297942\r",
"P00266842\r",
Massoma Rizvi

"P00058342\r",
"P00032442\r",
"P00105942\r",
"P00182642\r",
"P00186942\r",
"P00155442\r",
"P00221342\r",
"P00087242\r",
"P00111142\r",
"P00259342\r",
"P0094542\r",
"P00148642\r",
"P00312142\r",
"P00113242\r",
"P00192642\r",
"P00110842\r"
],
"x": [
"10\r",
"10\r",
"10\r",
"10\r",
"16\r",
"15\r",
"7\r",
"7\r",
"7\r",
"20\r",
"20\r",
"20\r",
"20\r",
"20\r",
"9\r",
"9\r",
"9\r",
"9\r",
"1\r",
"12\r",
"12\r",
"12\r",
"12\r",
"12\r",
"12\r",
"17\r",
"17\r",
"17\r",
"17\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
Massoma Rizvi

"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r",
"1\r"
],
"type": "histogram",
"ybins": {
"size": 2
},
"orientation": "v"
}
],
"layout": {
"autosize": true,
"xaxis": {
"range": [
-0.5,
24.5
],
"type": "linear",
"autorange": true
},
"yaxis": {
"range": [
0,
22.105263157894736
],
"type": "linear",
"autorange": true
}
}
}
Massoma Rizvi

Quantile-Quantile plot
print(__doc__)

import numpy as np

import matplotlib.pyplot as plt

from sklearn.svm import SVC

from sklearn.model_selection import StratifiedKFold

from sklearn.model_selection import permutation_test_score

from sklearn import datasets

iris = datasets.load_iris()

X = iris.data

y = iris.target

n_classes = np.unique(y).siz

random = np.random.RandomState(seed=0)

E = random.normal(size=(len(X), 9000))

X = np.c_[X, E]
Massoma Rizvi

svm = SVC(kernel='linear')

cv = StratifiedKFold(2)

score, permutation_scores, pvalue = permutation_test_score(

svm, X, y, scoring="accuracy", cv=cv, n_permutations=80, n_jobs=1)

print("x %s (pvalue : %s)" % (score, pvalue))

plt.hist(permutation_scores, 20, label='x-axis',

edgecolor='red')

ylim = plt.ylim()

plt.plot(2 * [score], ylim, '--g', linewidth=3,

label=' '

' (pvalue %s)' % pvalue)

plt.plot(2 * [1. / n_classes], ylim, '--k', linewidth=3, label='y-axis')

plt.ylim(ylim)

plt.legend()

plt.xlabel('x-axis')

plt.show()
Massoma Rizvi