PENUNTUN PRAKTIKUM

KIMIA SAINS DAN TEKNOLOGI

TEACHING LABORATORY
PROGRAM PENDIDIKAN KOMPETENSI UMUM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Edisi Rev. Semester Gasal 2022/2023
PRAKATA
Dengan Kurikulum 2020 (K-2020) di Institut Pertanian Bogor dan menyesuaikan dengan
Standar Kerangka Kerja Nasional Indonesia (KKNI), mata kuliah Kimia Sains dan Teknologi
dilengkapi dengan praktikum diberikan kepada mahasiswa Tingkat Pertama di Program
Sarjana S1 IPB (Program Pendidikan Kompetensi Umum, PPKU). Perkuliahan membahas
tentang konsep-konsep dasar dan contoh-contoh aplikasi kimia sedangkan di laboratorium
mahasiswa melakukan praktikum yang dapat meningkatkan ketrampilan dan sekaligus
berlatih menerapkan konsep kimia di dalam laboratorium.

Penuntun praktikum Kimia PPKU ini disusun berdasarkan pada percobaan-percobaan yang
mendukung pokok bahasan yang diberikan dalam kuliah kimia. Isi penuntun praktikum
terdiri atas materi Pengenalan Peralatan dan Keselamatan Kerja Laboratorium, Pengenalan
Bahan Kimia, Pembuatan Larutan, Ikatan Kimia: Ionik dan Kovalen, kinetika kimia, Polimer,
Hukum Gas, Sublimasi Iodin, Asam Basa Larutan Penyagga (Bufer), Kesetimbangan Kimia,
Model Molekul, dan Reaksi Redoks.

Diharapkan penuntun praktikum ini dapat membantu dan menjadi buku pegangan para
mahasiswa Programdalam mengikuti mata kuliah Kimia Sains dan Teknologi.

Bogor, Februari 2021

Koordinator Kimia Sains dan Teknologi
 PERCOBAAN 13
MODEL MOLEKUL

A. MODEL MOLEKUL DAN NOTASI VALENCE SHELL ELECTRON REPULSION (VSEPR)

PENDAHULUAN
Atom-atom bergabung menjadi senyawa yang lebih stabil dengan mengeluarkan energi.
Atom-atom bergabung karena ada gaya tarik menarik. Gaya tarik menarik antara dua atom
itulah yang disebut ikatan kimia. Jenis ikatan kimia yang akan dipelajari disini adalah ikatan
ion, ikatan kovalen, serta pengaruh gaya antarmolekul terhadap sifat fisik suatu senyawa.
Ahli-ahli kimia sering menggunakan model-model molekul sebagai alat bantu untuk
lebih memperjelas struktur suatu molekul yang kompleks yang sedang mereka pelajari. Kita
biasanya sudah terbiasa mengenal rumus kimia tetapi ketika akan menuliskan rumus struktur
yang telah berkembang maka penulisan dua dimensi dirasakan keterbatasannya.
Keterbatasan ini dapat menyebabkan gambaran penting dari suatu struktur menjadi tidak
jelas terutama bagi mereka yang tidak berpengalaman dalam menangani model-model
molekul tiga dimensi.
Setiap atom yang dibuat sebagai model molekul memiliki warna dan jumlah lubang
tertentu, yaitu antara satu sampai enam lubang dengan sudut-sudut yang tepat, yaitu 109,5°
untuk karbon dan nitrogen, 105° untuk oksigen, 90° untuk atom S, dan P mempunyai dua
sudut 90° dan 120° (Tabel 12.1).

Tabel 12.1 Komponen-komponen dalam perangkat model molekul

Diameter Jumlah
Warna Atom Simbol
(mm) dalam satu set
Putih Hidrogen H 17 38
Hitam Karbon C 24 14
Merah Oksigen O 20 12
Biru Nitrogen N 24 6
Hijau Klorin Cl 17 12
Jingga Bromin Br 17 2
Ungu Iodin I 17 2
Coklat Fosforus & Boron P dan B 17 dan 24 2
Perak Sulfur S 20 2

Ikatan abu-abu sedang biasanya digunakan untuk ikatan-ikatan tunggal pada model
rantai terbuka sehingga atom-atom terpisah dengan baik satu dengan lainnya. Hal ini akan
mempermudah melihat posisi relatif suatu atom dan membandingkan model senyawaan
tersebut dengan rumus strukturnya. Pengikat abu-abu panjang digunakan untuk

3
mencerminkan ikatan ganda dua dan tiga. Selain itu dapat juga digunakan sebagai model
pengikat abu-abu sedang jika kita akan membuat model senyawaan yang lebih besar. Pengikat
putih pendek dapat digunakan untuk membuat model-model pengisi ruang yang dapat
memperkirakan keadaan bentuk sebenarnya dari molekul organik yang jenuh. Selain itu,
pengikat putih pendek juga digunakan untuk membuat model rantai terbuka lebih ringkas
dengan mengurangi ukuran radikal-radikal yang biasa ada, yaitu gugus metil dan etil (Tabel
12.2).

Tabel 12.2 Jenis-jenis ikatan di model molekul

Panjang Jumlah dalam
Tipe Kegunaan
(mm) satu set
Putih pendek Ikatan tunggal, 15 40
model pengisi ruang
Abu-abu sedang Ikatan tunggal, 30 60
model rantai terbuka
Abu-abu panjang Ikatan ganda dua 45 18
dan ganda tiga

Ukuran atom-atom utama (H, C, O, dan N) mempunyai ukuran yang mirip dengan ukuran
nyata dari atom-atom tersebut. Model pengisi ruang dibuat dengan skala 1,7 cm per 1 unit
Angstrom (100 ppm). Sementara pada model rantai terbuka 2,8 cm/angstrom.
Untuk membuat model molekuler dari suatu senyawa pilihlah atom-atom dan ikatan-
ikatan seperti pada rumus struktur dari senyawa sebanyak jumlah atom dan ikatannya.
Kemudian gunakan pengikat yang tepat untuk menghubungkan satu atom terhadap atom lain
seperti yang terdapat pada rumusnya. Untuk tujuan ini akan lebih membantu bila menulis
rumus struktur dari senyawa tersebut. Sebagai contoh untuk etanol (etil alkohol).
H H

CH3CH2OH H C C O H

H H
Rumus mampat Rumus struktur

Sebagai contoh untuk membuat model dari molekul etanol, pilih dua atom karbon
(hitam), enam atom hidrogen (putih), dan satu atom oksigen (merah). Hubungan mereka
seperti rumus struktur di atas, dengan menggunakan 8 pengikat abu-abu sedang sebagai
ikatan tunggal yang ditunjukkan oleh garis pada rumus tersebut. Untuk mengurangi
kemungkinan rusak dari model yang dipakai, selalu masukkan pengikat dengan mendorong
lurus ke dalam lubangnya dan waktu membongkar model tariklah dengan lurus pula.
Gunakan alat pencabut ikatan untuk pengikat putih pendek. Taruh pada pengikat dan dorong
hati-hati.
Ikatan kovalen ganda dua dan tiga dibuat dengan dua atau tiga pengikat abu-abu
4
panjang. Sebagai contoh untuk model O2 (gas oksigen), dapat dibuat dengan memasukkan dua
pengikat tadi ke dalam dua lubang dari satu atom oksigen (warna hitam), masukkan ujung
satunya lagi ke dalam lubang pada atom oksigen kedua, dan pada dua lubang lainnya yang
tidak terdapat ikatan menggambarkan dua pasang elektron bebas pada masing-masing atom
tersebut.
O=O
Gas oksigen
Selain itu Anda dapat melihat bentuk geometris suatu senyawa berdasarkan
pengetahuan Anda mengenai notasi VSPER. Contoh membuat model molekul CH4, NH3, dan
H2O. Ketiga molekul tersebut memiliki bentuk tetrahedral jika pasangan elektron bukan ikatan
juga dianggap sebagai satu ikatan, yaitu dengan notasi VSPER AB4.
Senyawa CH4 merupakan contoh senyawa dengan notasi VSPER AB4 yang atom pusatnya
(A) adalah karbon dan dikelilingi oleh empat buah atom hidrogen. NH 3 memiliki notasi VSPER
AB3E dengan atom pusat (A), yaitu atom nitrogen, tiga atom hidrogen sebagai atom keliling,
dan terdapat satu pasang elektron bebas (E). Sementara H2O memiliki atom pusat O dengan
dua atom keliling, yaitu H dan dua pasang elektron bebas, sehingga memiliki notasi VSPER
AB2E2.
Karena pasangan elektron bebas merupakan pasangan elektron bukan ikatan, maka
dalam menentukan bentuk geometri ikatan pasangan elektron bebas tidak diikutsertakan
tetapi menentukan bentuk geometri. Oleh karena itu CH4 tetap memiliki geometri
tetrahedral sedang NH3 dan H2O geometrinya bukan tetrahedral melainkan segitiga piramida
untuk NH3 dan “V” untuk H2O. Untuk menunjukkan adanya pasangan elektron bukan ikatan
pada ketiga senyawa tersebut gunakan warna hitam untuk atom C, N, dan O. Bentuk molekul
merupakan salah satu faktor yang perlu diperhatikan dalam menentukan momen dipol.
Beberapa hubungan antara momen dipol dan bentuk senyawa yang memiliki atom-atom
dengan pembedaan keelektronegatifan di antara keduanya (atom A dan B).

Tabel 12.3 Hubungan momen dipol dengan bentuk molekul

Notasi VSPER Bentuk Molekul Momen Dipol Kepolaran
AB Linier Tidak nol Polar
AB2 Linier Nol Nonpolar
AB3 Segitiga planar Nol Nonpolar
AB2E Angular (bentuk V) Tidak nol Polar
AB4 Tetrahedral Nol Nonpolar
AB3E Segitiga piramida Tidak nol Polar

KEMAMPUAN AKHIR YANG DIHARAPKAN

Setelah melaksanakan praktikum, Praktikan: (1) terampil mengenal model molekul-molekul
yang sederhana; (2) terampil menghubungan antara bentuk molekul dengan momen dipol

5
(kepolaran), kekuatan ikatan, dan sudut ikatan; (3) terampil mendemonstrasikan reaksi oksidasi
dengan bantuan model molekul.

PROSEDUR PERCOBAAN
1. Buatlah model molekul CH4, NH3, dan H2O dengan menggunakan atom pusat hitam untuk
C, N, dan O. Pengikat abu-abu sedang untuk ikatan antara dua atom dan pengikat putih
pendek untuk menunjukkan adanya pasangan elektron bukan ikatan. Apakah geometri
molekul dari ketiga senyawa tersebut? Gambarkan model molekul ketiga senyawa
tersebut secara tiga dimensi. Jelaskan kenapa sudut ikatan H-C-N > H-N-H > H-O-H.
Manakah yang memiliki momen dipol tidak sama dengan 0?
2. Buatlah model untuk molekul-molekul berikut dengan menggunakan atom pusat yang
tepat dan pengikat abu-abu sedang untuk menunjukkan ikatan. Kemudian gambarkan
model molekul dari masing-masing senyawa berikut:
a.BeCl2 b. BF3 c. PF5 d. SF6
3. Ikatan ganda dua dan tiga. Buatlah molekul O2, N2, dan benzena (C6H6) dengan
menggunakan model pengikat abu-abu sedang dan/atau panjang. Gambarkan model
molekul dari O2, N2, dan benzena.
4. Buatlah dan gambarkan model molekul untuk menunjukkan persamaan reaksi berikut:
CH4 + 2O2 → CO2 + 2H2O

6
B. MODEL MOLEKUL DNA

PENDAHULUAN
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan biopolimer yang mengandung informasi
genetik. Berdasarkan hasil studi menggunakan difraksi sinar-X yang telah dilakukan oleh
Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins, pada tahun 1953 James Watson dan Francis Crick
mengusulkan struktur dobel-heliks DNA. Maksud dari struktur dobel-heliks DNA ialah DNA
terdiri atas 2 untaian rantai yang terpilin. Di ikatan tulang punggungnya terdapat molekul gula
deoksiribosa yang berikatan dengan asam fosfat pada C no 3 dan 5. Gabungan antara 1 molekul
gula dan 1 molekul gula ini disebut sebagai nukleosida. Gugus gula deoksiribosa ini kemudian
berikatan dengan basa nitrogen pada C no 1. Unit ulangan terkecil dari DNA yang terdiri atas 1
molekul gula, 1 molekul fosfat, dan 1 molekul basa nitrogen disebut nukleotida. Nukleotida-
nukleotida tersebut kemudian bergabung sehingga terbentuklah rantai panjang DNA dan DNA
disebut polinukleotida (Gambar 12.1).

Gambar 12.1 Rantai polinukleotida

Berdasarkan strukturnya, basa nitrogen dapat dikelompokkan menjadi purina dan

pirimidina. Terdapat 2 basa purina dalam DNA, yaitu adenina (A) dan guanina (G). Sementara
basa pirimidina juga ada 2, yaitu timina (T) dan sitosina (C). Dalam struktur dobel-heliks,
adenina (A) akan berpasangan dengan timina (T) dengan membentuk 2 ikatan hidrogen.
Sementara pasangan sitosina (C) dan guanina (G) akan membentuk 3 ikatan hidrogen (Gambar
12.2).

7
 adenina timina guanina sitosin

Gambar 12.2 Ikatan hidrogen pada pasangan basa nitrogen

Model molekul dapat digunakan untuk lebih memahami struktur DNA. Berikut
merupakan cara merangkai model molekul untuk unit terkecil DNA (nukleotida):

Pipa kecil putih untuk gugus fosfat

Pipa kecil biru untuk C
Pipa kecil hijau untuk T
Pipa kecil jingga untuk A
Pipa kecil kuning untuk G

KEMAMPUAN AKHIR YANG DIHARAPKAN

Setelah menyelesaikan praktikum, Praktikan (1) terampil merangkai bentuk 3 dimensi
dari struktur DNA; (2) terampil menelaah model molekul penyusun DNA dan titik sambung
ikatannya.

PROSEDUR PERCOBAAN
1) Hitung jumlah pipa berwarna (basa nitrogen) yang tersedia dalam set model molekul DNA.
Setelah itu, buatlah beberapa model molekul nukleotida menggunakan setengah jumlah
pipa berwarna (basa nitrogen).
Gambarkan dengan menggunakan pensil warna salah satu model molekul nukleotida.

2) Hubungkan antar-unit nukleotida dengan gugus fosfat (pipa kecil putih) sehingga diperoleh
sebuah rantai DNA. Buatlah satu lagi rantai DNA yang sama panjangnya dengan
memperhatikan aturan pasangan basa nitrogen. Hubungkan basa nitrogen dari 2 untaian
rantai DNA dengan menggunakan ikatan berwarna putih.
Gambarkan dengan menggunakan pensil warna.

8
3) Pelintir model molekul DNA yang telah dibuat sehingga diperoleh geometri seperti gambar
berikut:

4) Hitung jumlah masing-masing basa nitrogen dalam model molekul DNA yang sudah dibuat.