Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

Bioquímica I // Transcripción Clase I:

Proteínas I
Prof. Dra. Germaine Jacob.
Por Diego Villavicencio M. / Tecnología Médica

Abordaremos algunos aspectos, sobre todo en lo que dice relación con la estructura versus función
de las proteínas.
Las proteínas las encontramos en todas las funciones celulares. Ellas cumplen funciones
estructurales y otra serie de funciones que veremos luego.
Están en distintos ámbitos, por ejemplo, la keratina es una proteína estructural que esta en el pelo, la
piel y los cuernos de los animales, por ejemplo del rinoceronte, sus cuernos están formados
altamente por keratina, proteína que se caracteriza por su alto contenido de alfa hélice.
La hemoglobina, proteína que transporta el oxigeno a través de la sangre contenida en los
eritrocitos, que tiene estructura cuaternaria fundamental.

Y finalmente una luciérnaga, ellas tienen la capacidad de emitir luz, dada por una reacción, ellas
tienen una proteína llamada luciferina, que cuando es atacada por una enzima que se llama
luciferasa, este sustrato (reaccionantes) se transforma, y ahí en esa oxidación se libera luz, se
liberan fotones, por eso ellas iluminan en la noche por la reacción luciferina/luciferasa.

Las proteínas las tenemos a muy distintos niveles:

- Proteínas estructurales: Como la keratina
- Proteínas contráctiles: actina y miosina del músculo, de los cilios, etc.
- Proteínas de transporte: no solamente la hemoglobina, también las que transportan ácidos
grasos, triglicéridos y colesterol en el plasma. Las que transportan fierro, etc.
- Catalizadores: la gran mayoría de los catalizadores biológicos son proteínas (ahora se ha
descubierto que algunos RNAs son catalizadores)
- Anticuerpos: proteínas que responden frente a antígenos.
- Transducción de señales extracelulares: Desde receptores de membrana, los nucleares,
hormonas peptídicas (como la insulina, glucagón, etc.), factores de crecimiento (FC
Epidérmico, FC del hepatocito, etc.), proteínas de transducción (proteína G)
- Proteínas de unión al DNA que regulan la transcripción de los genes y el ciclo celular.
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

Cuando hablamos de información genética en el DNA ¿Qué es lo que está exactamente en el DNA?
Está la secuencia de aminoácidos de las proteínas de las células, o sea, en el fondo eso es lo que
interesa, tener codificadas las estructuras primarias de todas las proteínas; con eso la célula está
asegurada en todo aspecto.

Las proteínas son muy similares,

pero a la vez muy distintas, por
ejemplo, en sus pesos
moleculares: Hay proteínas muy
pequeñas como el Citocromo C
(PM 13.000), pero hay proteínas
aún más pequeñas.
La diferencia entre un péptido y
una proteína es el tamaño, pero,
esto es bien arbitrario, porque hay
textos que dicen que hasta un PM
de 5.000 es considerado un
péptido y sobre ese valor, se
considera proteína, pero es
absolutamente arbitrario.
Luego vemos que los pesos moleculares van aumentando: La hemoglobina humana tiene un peso
molecular de 64.500; la RNApol que hace la trascripción en la Echericcia coli tiene un PM de
450.000; y llegamos a una proteína que es absolutamente gigantesca, que es la Titina humana que
tiene un peso molecular que bordea los 3.000.000, lo increíble es que, es sólo una cadena
polipeptídica. Lo que uno espera, es que proteínas que tengan estructura cuaternaria y por tanto,
varias cadenas polipeptídicas tengan pesos moleculares muy grandes, el caso de la Glutamina
sintetasa, que tiene un PM de 619.000, pero son 12 subunidades. Entonces, lo más notable de la
Titina es que tiene un gran peso molecular pero es sólo una cadena polipeptídica.

Propiedades de los aminoácidos

Los aminoácidos en números y secuencias variables
van a generar todas las proteínas que conocemos.
Los aminoácidos que forman las proteínas son
siempre alfa-amino, es decir, en los aminoácidos hay
un carbono central, que en la nomenclatura antigua
orgánica corresponde al carbono alfa (el carbono
vecino al grupo funcional predominante). Estos
aminoácidos tienen dos grupos funcionales: carboxilo
y amino. Recordemos que las funciones oxigenadas predominan sobre las nitrogenadas, pero acá
da lo mismo.
Cabe destacar que acá no se utiliza la nomenclatura IUPAC, absolutamente ningún compuesto se
nombra así, si no que se utilizan solamente los antiguos. Nos damos cuenta con los mismos
aminoácidos.

Tenemos entonces, el carbono alfa, y los aminoácidos que forman las proteínas son alfa-amino
porque el grupo amino también está sobre el carbono alfa. Por ende, todos los aminoácidos que
forman las proteínas son alfa-amino y alfa-carboxilos. Como este es un carbono tetraédrico con
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

hibridación sp3, tiene también un sustituyente que es un hidrógeno y tiene un radical, que es el que
hace la diferencia entre cada aminoácido. Los aminoácidos que forman las proteínas son 20.

Las proteínas están formados por L-aminoácidos, si recordamos, si tenemos un aminoácido (como
la alanina) y hacemos su imagen al espejo tendremos un par de enantiómeros, y si considerando
algunas reglas: como colocar el grupo
más oxidado arriba y el radical abajo,
entonces, podemos observar la posición
del grupo amino:
- Si el grupo amino queda hacia la
izquierda es la L-alanina

- Si el grupo amino queda hacia la

derecha es la D-alanina.

Esto por supuesto, es un carbono tetraédrico, en donde los grupos de los lados están hacia los
lados y hacia adelante; el grupo carboxilo está hacia arriba y hacia atrás; y el grupo metilo, en este
caso está hacia abajo y hacia atrás.
Lo importante de esto, es que todas las proteínas están formadas por L-aminoácidos.

Clasificación de los aminoácidos

Las características de los radicales de los aminoácidos nos importan mucho para la estructura de las
proteínas. Los aminoácidos se pueden agrupar en 5 clases principales, basadas en las propiedades
de sus grupos R, en especial de su polaridad o tendencia a interaccionar con el agua a pH biológico.
La polaridad de los grupos varía enormemente desde apolar o hidrofóbico a altamente polar o
hidrofílico.

Aminoácidos monoamino monocarboxílicos: Tienen un sólo grupo amino y un sólo carboxilo.

a) Con radicales alifáticos:

Se llaman también con grupos R apolares alifáticos. Los grupos R de estos aminoácidos son
apolares e hidrofóbicos. Debemos manejar las características más importantes de cada aminoácido.
Las cadenas laterales de alanina, valina, leucina e isoleucina tienden a agruparse entre si en las
proteínas, estabilizando la estructura proteica con interacciones hidrofóbicas.
- La alanina tiene un radical metilo.
- La glicina tiene un radical simplemente de hidrógeno, aunque formalmente es apolar, su
cadena lateral muy pequeña no contribuye realmente a las interacciones hidrofóbicas.
- La valina tiene un radical isopropilo
- La leucina e isoleucina tienen radicales alifáticos, que dan hidrofobicidad.
- La metionina tiene un tioéter, con azufre (azufre entre dos radicales)
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

- La prolina, es especial, no es
propiamente un aminoácido. Tiene
su carbono alfa en el ciclo, de la
misma forma como el hidrógeno alfa
amino también forma parte de un
ciclo; pero también se comporta
hidrofóbicamente. El grupo amino
secundario (imino) de los residuos
de prolina se mantienen en una
conformación rígida que reduce la
flexibilidad estructural de las
regiones polipeptídicas que
contienen prolina.

Con radicales aromáticos:

La fenilalanina, la tirosina y el triptófano con sus cadenas laterales aromáticas son relativamente
apolares (hidrofóbicos) en donde, todos pueden participar en este tipo de interacciones.

- La fenilalanina tiene un anillo benceno

- La tirosina es similar, pero con un grupo OH
- El triptófano, también es un radical aromático, pero mucho más complejo
- La diferencia entre fenilalanina y la tirosina; la última tiene dos componentes: un anillo
bencénico y un OH que le da polaridad, así que obviamente la tirosina es mucho más polar
que la fenilalanina. Comparados con otros radicales que tienen grupos hidroxilo, es menos
polar porque tiene el anillo bencénico.
- La tirosina y el triptófano son más polares que la fenilalanina debido al grupo hidroxilo de la
tirosina y al nitrógeno del anillo indólico del triptófano.
- Todos los aminoácidos con radicales
aromáticos absorben la luz ultravioleta. Si
medimos la absorbancia en nm. vemos que
el triptófano tiene un pick máximo de
absorción en torno a los 280 nm. Es el que
más absorbe; La tirosina es bastante
menos pero su pick es alrededor de
menos de 280, la fenilalanina absorbe
mucho menos.
- Esta Absorbancia de triptófano es una
manera rápida para cuantificar proteínas
con absorbancia al 280 nm. Pero tiene
ciertas limitaciones: hago la medición, leo
la absorbancia a 280 y me dice 0, pero no
es que no haya proteína, si no que hay una
proteína que no tiene triptófano (muy raro), esa es su limitante: por ejemplo, un mol de
proteína puede tener 20 triptófano, 1 mol de otra puede tener 40 triptófano y de otra 1 mol
puede tener 12, entonces si mido su absorbancia, me arrojara errores porque pensaré que
las concentraciones son distintas, y eso no es así, si no que es que las proteínas tienen
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

distinto número de triptófano. Se considera así, un método semicuantitativo, sólo me da un

indicio si hay o no proteínas.

b) Con Radicales polares y sin carga eléctrica:

Los grupos R de estos aminoácidos son más solubles en agua que los de los aminoácidos apolares,
debido a que tienen grupos funcionales que forman puentes de hidrógeno con el agua. En esta clase
de aminoácidos se incluyen la serina, tirosina, cisteína, prolina, asparragina y glutamina.
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

- La polaridad de la serina y de la treonina provienen de sus grupos hidroxilo.

- La de la cisteína de su grupo sulfhidrilo (diol).
- De la asparragina y glutamina de sus grupos amida.
- La asparragina y glutamina son las amidas de otros dos aminoácidos (aspartato-glutamato)
los que se hidrolizan fácilmente por acido-base.
- El acido glutámico y aspártico tienen un grupo carboxilo en el radical.
- Todos estos radicales son polares, pero ninguno tiene carga formal.

Aminoácidos monoamino dicarboxílicos:

a) Con carga negativa a pH celular:

Los dos aminoácidos que tienen grupos R con carga neta negativa a pH celular son el aspartato y el
glutamato, cada uno de los cuales tiene un segundo grupo carboxilo.
El ácido aspártico y el acido glutámico se refiere a lo mismo en cuanto a aspartato y glutamato, este
último es el nombre de sus aniones porque se da el nombre a pH celular (disociado).
Tienen dos grupos carboxilos: un beta carboxilo en el ácido aspártico; en el glutámico hay un gamma
carboxilo.

Aminoácidos diamino monocarboxílicos

b) Con carga positiva a pH celular:

Los grupos más hidrofílicos son aquellos que están cargados positiva o negativamente. Los
aminoácidos en los grupos R que tienen una carga neta positiva a pH 7.0 son: lisina (tiene segundo
grupo amino primario en la posición Epsilon de su cadena alifática); la arginina que tiene el grupo
guanidinio; y la histidina que tiene un grupo imidazol.
Tienen un sólo grupo carboxilo, pero tienen un segundo grupo amino en el radical o similar.
- El que tiene propiamente un grupo amino en el radical es la glicina, ese es un grupo Epsilon-amino
(amino del radical).
- La arginina tiene un grupo que se comporta similarmente pero no es, propiamente un grupo
amino, esto es un grupo guanidinio.
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

- La histidina es un anillo heterocíclico tiene la capacidad de captar un protón, dando un NH+,

esto ocurre al pH celular. En la imagen no lo indican.
- La histidina es el único aminoácido que tiene una cadena lateral ionizable con un pKa
próximo a la neutralidad.

Especies iónicas dependientes del pH

a) Para monoamino monocarboxílico.

Cuando tenemos aminoácidos del tipo monoamino monocarboxílicos (alfa amino y alfa carboxilo)
tenemos la posibilidad de tres especies iónicas. Si partimos de un pH los suficientemente bajo, tanto
el grupo amino como el carboxilo estarán protonados. Debemos considerar que, los equilibrios
acido- base significan un grupo carboxilo que puede estar protonados, que son ácidos débiles y se
disocian parcialmente para dar el anión y liberar un protón. Los grupos aminos, son básicos y
nosotros podríamos imaginar que cuando están protonados por ser básicos (captan protones)
quedando con carga positiva, ese protón lo liberan para dar el grupo amino más protón.
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

Si lo miramos en el sentido contrario, estamos mirando la basicidad del grupo, recordemos que el
nitrógeno tiene un par de electrones no compartidos con los cuales pueden captar el protón para dar
el NH3+. Estos son los equilibrios involucrados, de modo que si imaginamos que si tenemos un pH
bajo (por ejemplo 2) tanto el grupo amino como el carboxilo están protonados, pero si, vamos
aumentando el pH o sea, baja la concentración de protones (por ejemplo titulamos con base) el
primero que se disocia es el grupo carboxilo, porque es un grupo acido mas fuerte que el amino
protonados. Por ende, el grupo carboxilo estará disociado pero el amino estará protonado. Si
seguimos agregando base para subir el pH, se disocia el grupo amino para quedar desprotonado.
Por ende tenemos una posibilidad de tener tres especies iónicas diferentes:
- Una que tiene carga positiva, llamada catión +1
- Una que tiene carga neta 0 (una positiva y una negativa) llamada zwitter ión.
- Otra que tiene carga neta negativa, llamada anión -1

Cada una de estas reacciones tiene una constante de equilibrio. La primera relaciona la especie
catión +1 con el zwitter ión; y la segunda nos muestra el equilibrio entre el zwitter ión y el anión -1.
Si lo miramos en un gráfico en donde se muestra la concentración de cada especie iónica versus el
pH nos encontramos con esto: A un pH muy bajo tenemos catión y a medida que aumenta el pH la
especio catión va disminuyendo y a medida que sucede esto aparece la especie zwitter ión, que
llega a un máximo para luego decaer hasta hacerse 0, mientras comienza a aparecer anión -1.
Los puntos de intersección en donde la concentración de catión es igual a la concentración de
zwitter ión son los pKa de los grupos que se ionizan. No confundir con el punto isoeléctrico estaría
aproximadamente a pH 6. Recordemos que este punto isoeléctrico es el pH al cual existe la máxima
concentración de zwitter ión.

Pka= -Log de cte de disociación del grupo carboxilo. En este punto el pKa es numéricamente igual al
pH indicado. (Ecuación de Hendersson)

pH= pKa + Log {Base conjugada / {ácido sin disociar}

Mirando esa ecuación, decimos que en ese punto la especie catión +1 (acido) con la especie zwitter
ión (base conjugada) están en una relación 1:1 ¿Qué pasa cuando la relación es 1:1? El pH es igual
a pKa, por ende ese punto es el pK del grupo carboxilo.

Punto Isoeléctrico: Es el pH al cual la concentración de zwitter-ión es máxima. En el pI, el

aminoácido presenta carga neta 0 y no migra en un campo eléctrico. Para un aminoácido
monoamino monocarboxílico: Es un promedio entre el pKa del grupo carboxilo con el pKa del
grupo amino.

b) Para un diamino monocarboxílico

Tenemos tres grupos ionizables, y por tanto cuatro especies iónicas. Si partimos de un pH muy bajo
en donde todo esta protonados: vemos protonados los dos grupos amino y el carboxilo, con eso nos
da una carga positiva +2, por lo tanto, a un pH muy bajo tenemos la especie catión +2. Luego si se
disocia el grupo carboxilo al ir aumentando el pH (siendo éste el primero en disociarse) tendremos
una especie que tiene que tiene una carga negativa y dos positivas, por ende, es un catión +1.
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

A continuación se disocia el alfa-amino. El alfa-amino protonados como acido es más fuerte que un
amino del radical por lo tanto se disocia antes, dando una especie con carga negativa y positiva, el
zwitter ión.

Pero este grupo protonados amino, se puede disociar si aumenta aún más el pH generando la
especie anión -1 (carga debido al carboxilo disociado). La especie zwitter ión por ser máxima entre el
pKa del alfa-amino y el pKa del amino del radical. Entre esos dos pKa’s tendremos la

Máxima concentración de zwitter ión, por lo tanto el punto isoeléctrico para aminoácidos de este tipo
es:
c) Para un monoamino dicarboxílico
También tenemos tres grupos ionizables y con ello 4 especies iónicas. Primero vemos a un pH bajo
en donde la especie iónica corresponde a un catión +1, en donde todos sus grupos tanto amino
como el carboxilo se encuentran totalmente protonados. Cuando sube el pH un poco nos
encontramos con el zwitter ión. Luego con la especie iónica anión -1, producto de la desprotonación
de grupo carboxilo del radical, para finalizar con un pH bastante básico en donde se desprotona o
disocia, entonces el grupo alfa-amino, quedando con una carga -2, y formando con ello el anión -2.
 Transcripción clase Bioquímica I 2010 TM

El punto Isoeléctrico para este caso es: tiene que estar a mitad del camino, promedio entre el pKa
del alfa-carboxilo y el pKa del carboxilo del radical, en donde tenemos la máxima concentración de
zwitter-ión.

Podemos saber utilizando la ecuación de Genderson, cuales son las especies iónicas a cualquier pH
de cualquier aminoácido conociendo los pKa de sus grupos. Los pKa de los aminoácidos son muy
similares, por ejemplo, si tomamos los pKa de los grupos alfa-carboxilo de aminoácido son muy
similares (aunque no idénticos) porque en el resto de la molécula puede estar influenciando en la
disociación de estos grupos.
Podemos plantearnos… ¿Cuál es la forma iónica de la alanina a pH 8? - ¿Cuál es la forma iónica del
ácido glutámico a pH 11?, todo eso se puede responder.

Fin