REGULASI DAN EKSPRESI GEN

Pendahuluan
Gen merupakan unit fungsional terkecil dari mahkluk hidup. Gen terdapat
dalam kromosom atau DNA yang mengandung kode genetik yang spesifik untuk
spesies yang bersangkutan untuk mengatur, mengkoordinasikan, menggawasi serta
mengendalikan semua proses kehidupan seperti bentuk organ, fungsi organ,
pertumbuhan, keturunan dan lain sebagainya, yang diwariskan dari satu generasi ke
generasi berikutnya sehingga bentuk dan sifat induk dan keturunannya tetap sama. Kode
genetik itu berupa kodon yang terdiri dari tiga gabungan nukleotida (triplet nukleotida)
yang merupakan sandi untuk membentuk protein (Sukardja,2000)
Pada seluruh genom manusia, ketika sel membelah, seluruh DNA disimpan
dalam nukleus harus di salin.Regulasi dari fungsi sel-sel dikontrol dengan mengubah
ekpresi gen.
Langkah-langkah dalam ekpresi gen adalah :
1. Transkripsi gen DNA menjadi RNA
2. RNA memproses untuk menghasilkan sambungan mRNA
3. Translasi mRNA pada polyribosom menjadi rantai polypeptida
4. memproses protein menjadi bentuk fungsional tertier

Replikasi DNA
Setiap kali sel membelah, pertama kali harus membuat sebuah salinan duplikat
dari genom untuk membagi dengan masing-masing dari dua progeny. Seperti sebuah
pertumbuhan embrio dari sebuah sel tunggal menjadi organisme multiseluler, informasi
genomik ini harus tepat direproduksi pada setiap sel. Untuk duplikasi DNA, sel
manusia khusus memerlukan waktu 6 sampai 12 jam. Pada saat penyelesaian periode
sintesis DNA disebut dengan fase S dari siklus pembelahan sel, dimana sel menjadi
tetraploid dan berisi 92 kromosom. Keadaan tetraploid ini bertahan untuk beberapa jam
lebih dan kemudian sel membelah dengan cara mitosis. Masing-masing dari 2 sel baru
menerima salinan identik pada 46 kromosom genom diploid.

1
 2

Replikasi DNA dimulai dengan pemisahan dari double-stranded DNA helik.

Proses ini disebut ”melting” karena untuk terjadinya proses ini membutuhkan
keseimbangan energi thermal. Pemanasan double-stranded DNA secara in vitro sampai
900C, akan menyebabkan pemisahan menjadi komponen single-strand. Didalam sel,
pemisahan strand DNA dimulai pada multipel spots diseluruh genom. Enzim-enzim
mempercepat proses pemisahan rangkaian dengan menyediakan DNA supaya dapat
”melting” pada suhu 370C. Tiap area lokal dimana pemisahan strand terjadi merupakan
awal dari struktur yang disebut replicon. Beberapa enzim terlibat dalam permulaan dan
kontrol dari proses ini. Sebuah enzim yang disebut dengan DNA helicase, mengkontrol
pelepasan dari molekul double-stranded DNA. DNA polymerase mempercepat sintesis
dari duplikat strand yang baru. DNA polymerase bekerja dengan cara menambahkan
nukleotida pada 3’end dari pertumbuhan sintesis strand yang baru. Nukleotida
bertambah dengan menyalin strand template dengan menggunakan dasar-dasar
complementary. Satu dari dua strand DNA asal secara langsung disalin dalam arah 5’
menjadi 3’. Strand lain harus diduplikasi dalam arah terbalik 3’ menjadi 5’.
Duplikasi strand terbalik terjadi sebagai sintesis dari fragmen-fragmen kecil pada arah
5’ ke 3’(satu-satunya arah polymerase DNA bekerja). Lalu fragmen-fragmen kecil ini
digabungkan dari kepala hingga ekor. (Gambar 1. menunjukkan proses ini dengan
memperlihatkan replicon DNA tunggal)

Gambar.1
 3

Replikasi DNA yang memanjang dalam kedua arah, strand baru yang telah
disintesis kembali membentuk sebuah double-helix dengan masing-masing strand
template asal. Hal ini disebut replikasi semikonservatif. Masing-masing salinan dari
DNA akan berisi satu strand asal dari molekul induk dan satu strand baru tersintesis
yang memilin bersama dalam sebuah double helix.
Ketepatan replikasi DNA dipertahankan dalam beberapa sistem. Pertama, DNA
menyalin aparatus(perlengkapan) replicon dibuat sedikit mungkin kesalahan. Angka
kesalahan yang terukur dalam penyalinan langsung yaitu 0,01% atau 1 kesalahan tiap
104 pasangan Beberapa sistem koreksi kesalahan membuat tingkat kesalahan lebih
rendah. Ada sistem koreksi yang memeriksa pasangan sementara strand template dan
strand duplikasi baru yang telah disintesis. Sistem lainnya, mendeteksi modifikasi kimia
seperti methylasi bases. Seluruh sistem jaminan kualitas ini sangat berguna dalam
memperbaiki angka kesalahan dalam replikasi DNA. Ketepatan pada replikasi DNA
dengan semua sistem perbaikan kesalahan diperkirakan 1 dalam 108 pasangan base. Ini
masih berarti bahwa terjadi 60 kesalahan setiap kali genom manusia disalin saat
pembelahan sel. Untungnya, hampir semua kesalahan hanya terjadi karena
kemungkinan dari luar gen. Bahkan kesalahan dalam gen dari pengaruh fungsi protein
hanya memiliki kemungkinan sangat kecil.

Ekspresi gen
Ketika gen diaktifkan, rangkaian genetiknya ditranslasi kedalam produk protein.
Mekanisme primer untuk mengaktifkan sebuah gen adalah dengan mengikat protein
penginduksi untuk memajukan tempat kepala gen. Gen yang tersisa dalam keadaan
aktif, langsung mensintesis lebih banyak protein, sampai pada saat ikatan penginduksi
yang awalnya mengaktifkan gen diganggu oleh adanya sejumlah besar produk protein.
Mekanisme yang biasa dalam regulasi gen adalah arus balik negatif. Mekanisme turn on
dan off pada gen ini seperti termostat, berguna untuk menyeimbangkan pemeliharaan
suply hasil terhadap pemakaian.
Mekanisme yang digunakan untuk regulasi ekspresi gen adalah dengan
penandaan(signaling) eksternal. Cara penandaan(signaling) eksternal yang
mempengaruhi ekspresi gen tidak dapat diketahui secara lengkap. Telah kita ketahui
bahwa reseptor permukaan sel memiliki kemampuan mengenali dan mengikat molekul
 4

spesifik. Pada saat tanda(signal) eksternal spesifik molekul terikat pada sel reseptor,
sebuah enzim yang disebut protein kinase diletakkan pada bagian internal membran sel
yang teraktivasi. Protein kinase berjalan melalui sitoplasma sel kemudian masuk
kedalam nukleus sel. Sejumlah reseptor mengatur kecepatan dan intensitas respon pada
tanda(signal) diluar. Reseptor permukaan sel sendiri dibawah kontrol gen. Jumlah
reseptor dapat meningkat atau menurun. Jika ekspresi reseptor permukaan sel turun
maka akhirnya semua reseptor permukaan sel akan hilang. Ketika sel tidak memiliki
reseptor permukaan, maka tidak akan ada reaksi lebih panjang terhadap tanda(signal)
eksternal dari reseptor. Kehilangan reseptor permukaan sel berarti meletakkan sel dalam
keadaan laten untuk berinteraksi dengan stimulus luar.

Transkripsi
Untuk mentranskripsikan atau duplikat sebuah gen, maka pada rantai double
helix dimana terletak kromosom yang mengandung gen, harus diuraikan dulu. Setetlah
terurai, sebuah enzim khusus, yang disebut RNA polimerase, melekat pada gen dibagian
tertentu, dan disebut sekuens pengontrol atau promotor. Sewaktu RNA polimerase
melekat pada tempat tersebut, gen mengalami penggandaan, dengan cara yang sama
seperti pada proses replikasi DNA. Namun, duplikat baru tersebut bukan potongan
DNA baru, tetapi suatu molekul yang disebut ribonucleat acid (RNA).Satu perbedaan
penting dibanding DNA adalah bahwa RNA menggunakan dasar yang disebut Urasil
untuk mengganti Thimidin (semua T diganti dengan U dalam salinan molekul RNA).
Sewaktu suatu gen disalin sebagai RNA, setiap basa sitosin menjadi guanin, setiap
guanin menjadi sitosin, setiap timin menjadi adenin, dan setiap adenin menjadi urasil.
Keseluruhan gen ditranskripsikan dengan cara ini . Setelah gen disalin, RNA polimerase
akan mencapai sekuens khusus di DNA (disebut sekuens terminasi/akhir) dan proses
akan berhenti.Salinan RNA kemudian dibebaskan dari gen dan bergerak menuju ke
sitoplasma. RNA yang menyampaikan pesan DNA keribosom disebut messenger RNA
(mRNA) (Corwin,1996)
Langkah awal dalam ekspresi gen sesudah menginduksi protein terikat pada
bagian promotor tepat pada 5’ exon pertama adalah transkripsi. Seperti pada gambar
2, .DNA mulai melakukan pelepasan pada 5’ end dari gen. Strand tunggal molekul
 5

RNA dibuat dari DNA template. RNA ini merepresentasikan salinan tepat dari helaian
DNA anticoding, yang mana disebut juga helaian molekul DNA complementary.

DNA

RNA

Gambar.2

Setelah transkripsi dalam nukleus, molekul mRNA pindah kedalam sitoplasma,

dimana diproses untuk memindahkan bagian-bagian yang sesuai kedalam rangkaian
intron. Hal ini ditunjukkan secara skematis pada gambar 3. Bagian RNA yang
bersesuaian dengan rangkaian intron disambung keluar. Awal dan akhir tiap exon
memiliki rangkaian yang disebut acceptor penyambung dan tempat donor. Pada tempat
dimana disalin diatas molekul RNA, sinyal enzim memindahkan bagian yang
menghalangi dan tidak dibutuhkan pada pengkodean struktur protein. Langkah final
pada pemrosesan DNA adalah menambah tutup pada bagian kepala dan sebuah seri
adenin pada molekul ekor. Struktur lengkap dinyatakan sebagai mRNA.

Gambar.3
 6

Translasi
mRNA sekarang terikat pada sebuah polyribosome, sebuah organela sitoplasma
yang menyediakan tempat pentranslasian mRNA menjadi protein. Polyribosome
berjalan sepanjang molekul mRNA. Tiap kelompok dari 3 nukleotida pada molekul
mRNA menunjukkan 1 codon. Tiap codon menarik molekul carrier yang disebut
transfer RNA(tRNA). tRNA terletak pada satu pasangan akhir codon mRNA. Pada
ujung lain tRNA dilekatkan asam amino tunggal. Ada tRNA specific carrier untuk tiap
codon, dan tRNA hanya dapat mengangkut satu macam asam amino. tRNA membawa
asam amino untuk template mRNA sekitar dan melekatkannya seperti manik-manik
pada tali. Gambar 4 menunjukkan penambahan peptida, satu asam amino pada satu
waktu, sebagai molekul transfer membaca template mRNA.

A U G C C C C U C A A C G U U mRNA
UUG

tRNA

Gambar. 4

Translasi mRNA menjadi protein ini berlanjut sampai codon penutup pada akhir
molekul mRNA dicapai. Ketika codon penutup dicapai, mRNA mengurangi
polyribosome. mRNA yang digunakan sangat cepat menurun. Peptidanya sekarang
berjalan melipat kedalam struktur protein mature sekunder dan tertier. Pada beberapa
protein, struktur tambahan dibawa keluar oleh sel, seperti pada penambahan kelompok
gula untuk membuat glikosilasi. Sekarang protein siap digunakan dalam sel.

Regulasi
Seluruh proses regulasi sel komplek, banyak detail dan banyak nuansa yang
belum dapat diungkap. Tehnik pengaturan ekspresi gen terjadi pada banyak tingkatan
dan memperhitungkan banyak sekali kontrol melalui fungsi gen. Untuk regulasi fungsi
 7

gen, pertama dengan langkah alami modulasi ekspresi gen sel, selain itu ada juga alat
artificialyang perlu dipertimbangkan yaitu oligonukleotida antisense dan vektor virus.
Pada tingkatan paling tinggi, bahkan sebelum dibaca menjadi RNA, gen dapat berada
pada bentuk aktif atau inaktif. Beberapa sistem gen tetap pada bagian multipel yang
harus digabungkan bersama sebelum transkripsi.
Banyak kontrol fungsi gen terjadi saat meregulasi gen
ditranscribe(ditulis/direkam) menjadi RNA.. Ada dua lokasi promotor, P1 dan P2,
memperlihatkan tepat arah 5’exon pertama.dua lokasi TATAA berdekatan. Promotor
dan lokasi TATAA diperlukan untuk memfasilitasi pengikatan polimerase RNA pada
kepala gen, sehingga mereka dapat digunakan untuk mengontrol kecepatan transkripsi.
Ada kemungkinan faktor yang lebih kecil mengontrol tahap lanjut ekspresi gen,
seperti translasi mRNA menjadi protein atau faktor –faktor yang belum diketahui.
Pabrik polyribosom yang menyusuri strand mRNA sangat efisien saat memproduksi
strand linear rangkaian asam amino mencocokkan blueprint genom. Tahap akhir dalam
menghasilkan produk gen final adalah membungkus menjadi bentuk aktif dan
menambahkan sentuhan akhir seperti glikosilasi.

Oligonukleotida antisense
Gen dapat diregulasi pada tingkat translasi dengan obat baru yang disebut
oligonukleotida antisense. Oligonukleotida antisense adalah mencampur ikatan mRNA
pada polyribosom. Bagian pendek DNA, khususnya 15 sampai 30 pasang base(dasar)
disintesis. Oligonukleotida ini merupakan complementary, gambaran cermin genetik,
pada bagian molekul RNA lebih panjang. Ini disebut salinan antisense ketika
complymentary mRNA yang berisi pesan genetik Pada orientasi sense yang benar.
Oligonukleotida antisense berikatan dengan bagian mRNA complementary,
menghasilkan rangkaian double-stranded sepanjang kebalikan garis linear molekul
single-stranded. Area double-stranded ditranslasi menjadi protein pada polyribosom.
Lebih jauh lagi, bagian double-stranded molekul mRNA dikenali sebagai keabnormalan
oleh sel dan dirusak oleh enzim yang disebut ribonuklease H. Jadi, ketika
oligonukleotida antisense terikat pada molekul mRNA compymentary, hasilnya adalah
perusakan fungsional pesan-pesannya. Jika oligonukleotida antisense muncul dalam
kelebihan sitoplasma, tak ada pesan yang berhasil diproses oleh sel. Jadi, walaupun
 8

pada kenyataannya gen spesifik dinyalakan dan secara aktif ditranscribe menjadi
mRNA, pesannya tak dapat melewati. Oligonukleotida antisense diatur dengan
mekanisme yang sangat spesifik untuk mengganggu ekspresi gen tunggal saja.
Ada banyak penerapan supresi oligonukleotida antisense pada ekspresi gen.
Salah satu penerapannya adalah mematikan gen tertentu yang ekspresinya tak
diinginkan. Penambahan oligonukleotida antisense spesifik pada onkogen c-myc
mencegah ekspresi gen ini pada tumor. Menghasilkan incessation pembelahan sel.
Oligonukleotida antisense c-myc pada biakan sel model menjadi cara yang spesifik
untuk menahan pertumbuhan sel.
Oligonukleotida antisense mengatur peralatan riset yang sangat kuat yang
digunakan untuk mengerti pengaruh gen baru. Dengan oligonukleotida antisense, dapat
diobservasi bahwa gen tunggal dapat mematikan dan menghasilkan pengaruh pada
fungsi sel atau jaringan. Tehnik ini telah diterapkan pada sejumlah penelitian onkogen,
perkembangan embrionik(seperti gen drosophila tanpa sayap) dan pada gen protein
struktural seperti actin dan myosin.
Tehnik penting yang tersisa yaitu pada penggunaan oligonukleotida antisense
sebagai barrier untuk terapi medis. Oligonukleotida secara intrinsik tidak stabil, cepat
didegradasi oleh enzim dalam sel dan dalam darah. Namun, sintesis bentuk baru
oligonukleotida antisense dengan modifikasi kimia tulang belakang menambah
kestabilan dan membuat degradasi secara normal cepat pada molekul-molekul ini.
Oligonukleotida antisense adalah molekul yang relatif besar dengan berat molekul
sekitar 5 sampai 15-kd. Inilah batas kemampuan mereka untuk menembus sitoplasma
sel. Dua kegunaan oligonukleotida antisense yaitu sebagai agen antivirus dan sebagai
regulator spesifik ekspresi gen untuk mengobati penyakit manusia, alat lainnya berasal
dari teknologi recombinant DNA.

Vektor virus
Ekspresi gen dapat juga diubah dalam sel manusia dengan mengenali virus yang
dirancang membawa fragmen DNA yang telah diklon kedalam sel. Virus ini disebut
vektor dan prosesnya disebut transfeksi. Sebagai contoh rancangan virus dapat
menginfeksi sel dan secara kontinyu menghasilkan salinan mRNA antisense. Hal ini
akan menghalangi secara permanen pengspesifikan gen oleh fragmen antisense.
 9

Beberapa virus tersedia sebagai vektor, tiap virusnya memiliki sifat membantu
perancangan kontrol ekspresi gen. Virus adalah infektive, membuat mereka lebih mudah
masuk kedalam sel dengan bagian-bagian kosong DNA. Beberapa virus hanya
menginfeksi tipe-tipe sel yang pasti, hal ini memberi parameter lain untuk mengkontrol
prosesnya. Klas khusus retrovirus RNA memasukkan pesan mereka secara permanen
kedalam DNA nukleus sel.
Vektor seperti disket komputer. Merekalah yang dimaksud peneliti membawa
bagian DNA. Sebuah contoh perubahan ekspresi gen oleh vektor yaitu penanganan
cystic fibrosis. Sebuah adenovirus yang telah dirancang membawa fragmen yang
dikloning dari transmembran cystic fibrososis normal manusia conductance gen
regulator (CFTR) diberikan untuk menginfeksi sel paru dari pasien CF. Sel paru-paru
sekarang memiliki salinan kerja gen untuk saluran conductance ion klorida dan
ketebalan abnormal karakteristik sekresi bronchial CF berkurang sejalan
diekspresikannya gen ini. Model hewan CF dipakai untuk melihat kemungkinan
dikerjakannya terapi gen dan percobaan kilinik.
Tabel.1 mencatat beberapa contoh vektor yang biasa digunakan pada kloning fragmen
gen dan untuk transfeksi.

Name Origin Length Example Orowth

PUsmid Natural DNA 10* bp pBR322 - £. coli

fragment in
bacteria "
Phage Cosmid Bacterial virus 10'bp 10* XgtlO E. coli E. coli
Biocngineered bp c2RB
YAC Yeast artificial 10'bp JS97/98
P Yeast
Adcnovirus chromosome 10 'bp Ad-2 Human cells
Human virus

DAFTAR PUSTAKA
Corwin EJ, 1996. Handbook of Pathophisiology. Alih bahasa:Brahm U.Pendit.Cetakan
I:2001, Jakarta, EGC.
Ross DW. 1996. Introduction to Molecular Medicine. 2nd ed. New York, Springer-
Verlag, Inc
Sukardja IDG. 2000. Onkologi Klinik. Edisi ke-2. Surabaya. Airlangga University
Press.