Virologia

I virus fanno parte del raggruppamento dei microrganismi. I microrganismi cellulari si trovano in tutti e tre i
domini della vita, per fare la classificazione filogenetica si utilizza una molecola costante in tutte le forme
cellulari, gene che codifica per il DNA ribosomiale. Abbiamo delle forme di vita che non sono organizzate
secondo una struttura cellulare, sono organizzate con una struttura diversa. non avendo il gene per l’RNA
ribosomiale che possiamo usare come orologio molecolare, non possiamo avere un’organizzazione
completa a livello filogenetico nell’albero della vita. Oltre ai microrganismi cellulari c’è un gruppo
sostanzioso di microrganismi rappresentati dai virus. In genere i virus sono conosciuti per via delle
patologie causate, come influenza, vaiolo, ha condizionato la storia e l’evoluzione umana, da sempre il
vaiolo ha tormentato la vita degli uomini, solo nel 1976 abbiamo eliminato questo virus anche se abbiamo
conservato dei campioni, un altro virus che recentemente ha insediato l’umanità è Sars cov II, i virus sono
molto studiati per le patologie che causano. Non ci sono solo virus che causano patologie, alcuni virus
possono portare un beneficio alla vita dell’uomo, studiare i virus ci aiuta ad andare avanti nei processi
scientifici e risolvere tante patologie.

Sono le entità biologiche più abbondanti nel pianeta, possono causare malattie, alcuni virus però risultano
anche utili, un aspetto della loro utilità è quello di arricchire le conoscenze, gran parte dei meccanismi che
sono stati sviluppati e decifrati all’inizio della biologia sono stati ottenuti per lo studio dei batteriofagi,
modello eccezionale per lo studio della biologia, hanno inoltre contribuito alla formazione degli organismi
più complessi. Ambienti marini, prendendo 1L di acqua marina contiene un numero eccezionale di
microrganismi, c’è un sistema per mantenere questo numero costante, i virus sono fondamentali per
garantire un’omeostasi, riusciamo a manipolare i virus per utilizzarli a nostro interesse, sono molecole che
meglio di tutti conoscono le cellule che infettano, se sono cellule con mutazioni genetiche abbiamo la
possibilità di intervenire in maniera definitiva utilizzando come vettore un virus. Terapia genica, eseguita
con manipolazione dei virus.

Cos’è un virus? Entità biologiche acellulari costituite in maniera semplice da DNA o RNA che possono essere
a doppio o singolo filamento e racchiuse e impacchettate da un involucro proteico, inoltre si può replicare
solo in una cellula vivente chiamata cellula ospite. Si studiano per gli effetti negativi, vengono infatti definiti
come cattive notizie avvolte in un involucro proteico. Un virus ha una struttura fisica esterna alla cellula
(virione) ed una organizzazione interna dematerializzata, non una struttura fisica riconoscibile, in pratica
fuori dalla cellula ha una struttura costituita da un corpo proteico, delle proteine funzionali ecc, dentro la
cellula penetra solo il genoma virale. Abbiamo detto che i virus sono cattive notizie avvolte da proteine, la
morfologia del virus è determinata da queste proteine, tutto quello che serve al virus per propagarsi è
contenuto nel suo genoma. Possono avere organizzazioni base o complesse. Genoma virale, non si parla
solo di DNA, mentre nelle cellule eucariotiche e procariotiche l’informazione genetiche è tenuta sottoforma
di DNA a doppio filamento, per i virus l’informazione può essere DNA o RNA, possiamo avere anche DNA a
singolo filamento o RNA a doppio o a singolo filamento con polarità negativa o positiva, il genoma porta
l’informazione necessaria al virus per replicare se stesso. tutto il metabolismo non viene svolto dal virus,
sfruttano la cellula da infettare. I virus sono endoparassiti endocellulari obbligati, hanno bisogno di una
cellula ospite. Questa però è una definizione non sufficiente. Abbiamo altri microrganismi anch’essi
parassiti intracellulari obbligati che non sono virus, come clamidie e mycoplasma si sono evoluti per vivere
all’interno di una cellula ospite per riprodursi. Clamidie ad esempio non sono autosufficienti perché non
producono ATP. Nei batteri abbiamo però una membrana e parete organizzata, nel caso di virus
l’organizzazione strutturale è essenziale, questo perché dobbiamo pensare ai virus in due momenti, fuori
dalla cellula o dentro la cellula. Fuori dalla cellula avremo il virione, all’interno della cellula non avremo il
virione perché entra solo il materiale genetico, resta solo l’acido nucleico che sovverte tutti i meccanismi di
regolazione della cellula. La crescita è diversa per i virus, non c’è accrescimento di volume cellulare come
nelle normali cellule procariotiche o eucariotiche, il virione nasce dall’autoassemblaggio delle proteine per
l’involucro. I virus sono forme di vita? Dipende da cosa intendiamo per vita, un’entità biologica (quindi
vitale) viene definita quando è in grado di riprodurre se stessa e si adatta ai cambiamenti, i virus quindi
sono entità biologiche, si riproducono in modo efficiente e si adattano agli ambienti in cui vivono. I virioni
nel momento in cui riconoscono una possibile cellula utile danno inizio al processo di infezione, durante
questo processo avviene il ciclo replicativo del virus. Anche le dimensioni dei virus sono elementi tipizzanti,
i virus hanno dimensioni molto inferiori, al microscopio ottico non si riescono a vedere, si possono vedere
gli effetti di infezione del virus nelle cellule ospiti, per vedere la struttura del virione dovremmo ricorrere
alla microscopia elettronica, la maggior parte dei virus hanno dimensioni che vanno da 20 a 300 nm.
Abbiamo virus così piccoli che hanno le dimensioni di un ribosoma cellulare (esempio poliovirus 28nm). Ci
sono virus piccolissimi, ma ci sono anche dei virus che possono arrivare a dimensioni più grandi, come box
virus, il vaccino è un virus, i ribosomi di E.coli sono grandi come molti virus. Non moltissimo tempo fa,
questo dogma che i virus sono più piccoli dei batteri è stato confutato, ci sono delle eccezioni, ad esempio il
mycoplasma ha le stesse dimensioni dei mimivirus, virus che infettano le amebe, hanno dimensioni notevoli
400nm, virus giganti, il pandora virus supera anche il micron. La maggior parte dei virus, soprattutto quelli
che causano patologie, ad esempio il mamavirus (virus giganti), può essere infettato da un altro virus, il
virus che infetta il mamavirus si chiama SPUTNIK, i pandora virus sono sempre virus giganti.

Distribuzione dei virus, quali sono gli ospiti che possono infettare? Il tipo di ospite che un virus infetta
diventa un modo per la classificazione dei virus. I virus possono infettare ogni tipo di cellula, esistono infatti
virus che infettano animali (virus animali, infettano uomo, bovini), virus delle piante (molto abbondanti con
implicazioni economiche, quando la produzione di vegetali causa patologie) virus che infettano invertebrati,
i molluschi, funghi, di qualsiasi organismo si possono isolare virus, esistono virus che infettano i procarioti. I
virus infettano tutto, quelli che infettano i batteri sono batteriofagi, anche detti fagi.

Struttura del virus, forma. la stragrande maggioranza dei virus rispecchia due strutture generali, ci sono
anche dei virus che infettano gli archea, virus archeali, negli archea si sono sbizzarriti i virus per avere
morfologie particolari, una particolarmente bizzarro ha la forma di limone. Un virus umano è il virus ZIKA ha
una morfologia circolare, virus del tabacco forma allungata tubulare filamentosa, mimivirus virus circolare. I
virus degli archea hanno forme particolari.

Sputnik è un virus che infetta il mamavirus. I batteriofagi hanno dato origine alle tecniche iniziali della
virologia, hanno dato origine alle tecniche che si usano ancora oggi, hanno fatto capire come funzionano
molti enzimi. I virus delle piante non sono molto studiati. Il virus del mosaico del tabacco è stato il primo ad
essere isolato. Beijering si è imbattuto in una patologia delle piante di tabacco, il tabacco ai tempi era una
risorsa economica per produrre sigari e sigarette, nel tentativo di capire cosa succede nelle produzioni,
riscontrò questo virus, utilizzava filtri di porcellana, triturava le foglie di tabacco ed il liquido lo faceva
passare attraverso i filtri di porcellana, si accorse che riprendendo ciò che restava trattenuto nei filtri non
provocava la malattia nelle foglie di tabacco, prendeva la malattia solo quando metteva a contatto quello
che passava attraverso, spiegò che ciò che infettava le foglie di tabacco era qualcosa che passava attraverso
e dentro di esse. Contemporaneamente anche ivanowski fece queste deduzioni, hanno visto gli effetti del
virus ma non potevano vederlo ed isolarlo, poi ci si incaponì e grazie alla cristallizzazione, facendo
precipitare dei cristalli sul virus si vedeva al microscopio ottico, e grazie al microscopio elettronico si viste il
mosaico del tabacco. Passava attraverso i filtri di porcellana per le dimensioni minori dei pori. Intorno agli
anni 50 si sono potuti coltivare i virus perché hanno coltivato cellule animali. La struttura del virione è
costituita da un avvolgimento di proteine che è il capside, circonda il genoma all’interno del virione, il
capside può anche essere a sua volta circondato da altre strutture. Virus che sono costituiti solo da capside
e acido nucleico sono virus nudi, quelli che hanno capside, acido nucleico e pericapside si chiamano virus
rivestiti. All’esterno del capside abbiamo un ulteriore rivestimento formato da un doppio strato
fosfolipidico, questo non è codificato da informazioni che si trovano nel genoma del virus ma è di origine
cellulare, deriva dalla cellula ospite che il virus ha infettato, è una membrana cellulare modificata dalla
presenza di proteine virali, abbiamo protuberanze che sono proteine virali che codificano per proteine
specifiche con ruolo importante nelle fasi del ciclo replicativo.

Struttura del virione, struttura extracellulare, acido nucleico, capside che è il rivestimento proteico, un
ulteriore rivestimento nei virus rivestiti è l’envelope o pericapside, doppio strato fosfolipidico associato a
queste proteine. I virioni hanno morfologie diverse che ritroviamo nei diversi tipi di virus, molti sono
filamentosi, altri sferici, ci sono virus filamentosi e nudi, la morfologia è in base a come si aggregano le
proteine del capside, nei virus filamentosi e nudi si aggregano ad elica formando una struttura elicoidale.
Può anche essere sferico un virus nudo, le proteine invece di avvolgersi ad elica possono autoassemblarsi
ad una tipologia simile, se sono rivestiti dobbiamo distinguere la morfologia del capside detto
nucleocapside in quelli rivestiti, può avere morfologia sferica o filamentosa ma l’envelope lo fa apparire
sferico anche quello con nucleocapside elicoidale.

CAPSIDE, morfologia più specifica, in natura i diversi virus formano più spesso queste forme perché hanno
avuto successo. Il virus del mosaico del tabacco possiamo avere simmetria elicoidale, abbiamo solo una
proteina che riveste l’acido nucleico ed è il capsomero, i vari capsomeri si avvolgono in struttura elicoidale e
vanno a formare una struttura del virione a bastoncello, allungata, quando si ha una morfologia del
nucleocapside, sferica non è proprio sferica, è una morfologia simile a quella sferica, abbiamo un icosaedro
solido a venti facce, si distinguono 20 facce triangolari, 12 vertici e 30 spigoli, lo si ritrova per virus diversi
formati da proteine diverse, l’evoluzione ha mandato avanti questa tipologia in quanto efficiente,
garantisce maggiore quantità di informazione in minore spazio, in questa morfologia ci sono più proteine
diverse e non solo capsomeri, ci sono strutture che per mantenere legate le proteine non c‘è bisogno di
legami covalenti, ci sono proteine che si vanno a disporre secondo una precisa struttura, le proteine del
capside sono tutte autoassemblanti, se le mettiamo in soluzione queste proteine formeranno da sole un
capside, si sfrutta questo per esperimenti di biologia molecolare. Non si chiamano capsomeri queste
proteine ma esameri e pentameri, si distinguono quelli che formano i vertici e quelli che formano gli spigoli.
I vertici sono formati da cinque unità e la proteina è il pentamero (pentoni), esoni formano gli spigoli 6
proteine che si associano, sei esameri. Simmetria dei virioni, il capside può avere simmetria elicoidale o
icosaedrica ma la morfologia di un virus rivestito può avere una forma diversa. il nucleocapside per i virus
rivestiti è l’unione del capside più acido nucleico. Il genoma è protetto dalle proteine che si legano all’acido
nucleico, questo è il core del virione. Nei virus rivestiti abbiamo un ulteriore componente di natura
proteica, zona chiamata matrice o tegumento, zona che si interpone tra matrice ed envelope, è una matrice
proteica non definita. Le proteine che formano questa impalcatura le chiameremo matrice o tegumento. Il
genoma può essere a DNA o RNA, singolo o doppio filamento, può essere circolare o lineare, tutta
l’informazione genetica può essere contenuta in una sola molecola o avremo un genoma segmentato. Per i
virus a RNA a singolo filamento distinguiamo quelli a polarità positiva e quelli a polarità negativa. Polarità
positiva orientamento uguale a quello dell’RNA messaggero, può essere tradotto dal ribosoma, a polarità
negativa orientamento della molecola di RNA complementare a quella dell’RNA messaggero. Il genoma
quanti geni può portare? I virus hanno un genoma essenziale, sono grandi risparmiatori, cercano di
ottimizzare al massimo tutti gli spazi, si portano dietro un numero di geni necessari alla loro sopravvivenza,
portano nel loro genoma pochissimi geni, anche tre o quattro ma sufficienti per riprodurre se stessi, altri
hanno cicli replicativi più complessi o infettano cellule più complesse e hanno superiore numero di geni,
circa 100, sempre più piccolo del numero dei geni della cellula procariotica. Molti di questi geni, non sono
posizionati solo uno dietro l’altro, ma sono geni sovrapposti, a partire dalla stessa regione possono essere
trascritti con promotori diversi ma hanno funzione comune. Questi geni codificano o per RNA regolatori ma
la maggior parte codificano per mRNA che poi andranno nel processo di sintesi proteica a formare le
proteine, le proteine virali che vengono decodificate dal virione possono essere strutturali (capside, evelope
o matrice) o funzionali (o sono multitasking, oltre ad avere una funzione hanno anche un ruolo strutturale e
hanno all’interno della cellula ospite una funzione, altre non si ritrovano all’interno del capside, non si
trovano nel virione ma si trovano nel momento in cui il virus è all’interno della cellula durante il ciclo
replicativo, tra queste ci sono quelle che alterano le funzioni dell’ospite, informazione per alterare la cellula
ospite che ha dei meccanismi che si oppongono alla sua replicazione. I virus con più geni sono molto abili a
manipolare le cellule ospiti, poi ci sono anche le proteine che compongono la matrice. Oltre alle simmetrie
più frequenti, abbiamo virus con strutture particolari, poxvirus (vaiolo, vaccino, vaiolo della scimmia)
particolarmente riconoscibili per morfologia, dimensioni più grandi 300nm e hanno la morfologia
complessa, è anomalo anche il capside, morfologia a mattone, o la morfologia del virione del virus della
rabbia che è a proiettile. Virus dell’influenza pleiomorfi, le particelle virali dei diversi virioni non assumono
la stessa forma, ha un nucleocapside elicoidale, genoma diviso. Virus a struttura binaria, tipo di morfologia
che si riscontra all’interno dei batteriofagi e virus archeale, molto frequentemente hanno una struttura
binaria, combinazione di struttura icosaedrica della testa e struttura elicoidale della coda. Fagi testa-coda
con questa morfologia. Morfologie particolari negli archea. Le proteine della matrice dei virus animali
hanno un importante strato della matrice. Tegumento struttura spessa della matrice.

Nelle particelle virioniche extracellulari, i virioni sono metabolicamente inattivi. Contiene anche alcuni
enzimi, per i virus testa-coda dei batteriofagi nella coda abbiamo il lisozima virale, non esattamente
identico al lisozima, ha la stessa funzione, scinde i legami beta 1-4. Il virus dell’influenza nel suo envelope
ha un enzima in grado di tagliare dei legami, neuraminidasi, taglia legami zuccherini. Altri enzimi molto
importanti sono le replicasi virali, a seconda dei diversi virus possiamo avere enzimi deputati alla
polimerizzazione degli acidi nucleici differenti. Enzima importante per un processo molecolare anomalo che
si chiama trascrittasi inversa, da il nome ai retrovirus. In molti virioni troviamo già pronte le proteine
necessarie alla replicazione degli acidi nucleici. Sono necessarie proteine di polimerizzazione diverse da
quelle che ci si trovano all’interno della cellula. durante la formazione di nuove particelle virali la
sintetizzano nella cellula ospite e la portano nel virione. Il virione ha enzimi che fanno funzioni
fondamentali, replicasi virale, termine generico, enzima deputato alla replicazione. Oltre alle spike vere e
proprie ha anche delle altre sporgenze, neuroamminidasi, che scinde l’acido sialico, glicolipidi ecc…, senza
queste non possono funzionare le emoagglutinine che permettono l’entrata del genoma virale nella cellula
ospite, alcune inibiscono la neuroamminidasi. All’interno dei retrovirus abbiamo che si portano altri enzimi,
hanno una morfologia del capside particolare, HIV si porta dietro una serie di proteine, oltre proteine
strutturali, troveremo proteasi e integrasi e trascrittasi inversa.

Batteriofagi, non hanno solo struttura testa-coda, abbiamo anche strutture icosaedriche e filamentose, la
maggior parte sono a DNA a doppio filamento, la porzione più ampia del genoma è a DNA a doppio
filamento, ci sono anche quelli a RNA e DNA a singolo filamento. Sono virus nudi, non hanno envelope, solo
il φ6 è provvisto di envelope, l’unico dei batteriofagi. Per i virus, sia che infettino tutto, hanno molti punti in
comune, cambiano dettagli ma lo schema generale di struttura e ciclo di replicazione è proponibile. I virus
che infettano i procarioti, la cellula che infettano non ha nucleo (inteso naturalmente come compartimento
che contiene il genoma virale), nei procarioti non c’è nucleo, c’è il nucleoide che è una regione in cui è
localizzato il genoma ma non è avvolto da alcuna membrana. Abbiamo anche piccola differenza nel
momento in cui il virus infetta la cellula ospite. Il virus per infettare la cellula ospite deve superare le
barriere esterne, il batterio ha involucri e rivestimenti esterni ben strutturati, nel momento in cui il virione
incontra la cellula ospite inizia l’infezione, il ciclo di replicazione, si articola di 5 fasi, le 5 fasi si ritrovano nel
ciclo di replicazione di un virus animale. Attacco, penetrazione, sintesi, assemblaggio con maturazione e
rilascio. Attacco, adsoribimento, non tutte le cellule possono essere attaccate, dopo l’attacco c’è al
penetrazione, nel caso dei batteriofagi l’involucro resta all’esterno ed entra solo l’acido nucleico, fase di
sintesi termine cumulativo che ci fa pensare a due processi, duplicazione dell’acido nucleico, genoma
iniziale che si moltiplica in molti genomi e al processo di trascrizione e traduzione delle proteine,
formazione di RNA che virale tradotto dai ribosomi della cellula in proteine virali, tutte le proteine e gli acidi
nucleici che si accumulano all’interno della cellula vanno nella fase di assemblaggio a disporsi nella struttura
adatta, l’acido nucleico va nelle teste dei fagi e poi c’è lisi della cellula ospite e rilascio dei virioni
nell’ambiente.
Ciclo replicativo virale

Tecniche di coltura

Le cellule ospiti devono essere in crescita affinchè i virus possano moltiplicarsi al loro interno, le cellule
morte non possono generare virus. Coltivando un fago con ciclo litico, come T4 che infetta E.coli, colture
pure di cellule batteriche vengono inoculate in un terreno liquido oppure distribuite su piastre di agar.
Successivamente viene inoculata la sospensione virale. I virus vegetali e animali vengono inoculati in colture
di tessuti, in quanto richiedono adeguati terreni di crescita e contengono un ampio assortimento di
nutrienti, tra cui siero ematico e altre sostanze nutritive per alimentare le cellule animali e antibiotici per
prevenire qualche tipo di infezione batterica. Per le colture di tessuti vegetali viene spesso utilizzato un
sistema di radici che facilita la propagazione dei virus. Una sospensione virale può essere quantificata per
determinare il numero dei virioni infettivi presenti per unità di volume, quantità chiamata titolo. Questo è
ottenuto mediante il saggio delle placche, quando il virus infetta cellule ospiti su una superfice piatta si
osserva una zona di lisi chiara chiamata placca. Nel caso dei batteriofagi, le placche si possono ottenere
aggiungendo dei virioni ad una piccola quantità di agar contenente una coltura di batteri ospiti che è poi
uniformemente distribuito sulla superficie di un terreno solido. Dopo la lisi delle cellule infettate avviene la
formazione di uno strato chiaro chiamato placca. Contando il numero delle placche si conta il titolo
dell’informazione virale come unità formanti placche per mL.

Per potersi replicare, un virus deve indurre una cellula ospite vivente a sintetizzare tutte le componenti
necessarie per produrre nuovi virioni. Tramite la propria struttura proteica, il virione riconosce la cellula
bersaglio ed inizia il ciclo replicativo virale. Può avere differenze in base al tipo di virus. Il virione è in grado
di riconoscere la cellula ospite (virus batteriofagi), il virione resta al di fuori della cellula e l’acido nucleico
verrà iniettato nella cellula ospite e guiderà la sintesi delle proprie componenti cellulari e la replicazione del
genoma virale. È il presupposto per una fase di assemblaggio e replicazione dei virioni e rilascio delle
particelle virali neoformate attraverso la lisi della cellula. Uno schema del genere è specifico per i fagi ma
simile per altri virus. Questo tipo di replicazione è detta di tipo litico o virulento, indicando il destino nefasto
della cellula ospite che andrà incontro a lisi. C’è un altro tipo di infezione nei fagi, oltre all’infezione di tipo
virulento potremmo avere un ciclo lisogenico. Un esempio del ciclo litico è quello che avviene nel fago T4 e
come esempio di ciclo lisogenico utilizzeremo un fago temperato, fago in grado di compiere entrambi i due
cicli, batteriofago lambda. In entrambi gli esempi l’infezione inizia con la fase di attacco, è fondamentale
che una componente strutturale del virus vada a riconoscere una struttura specifica sulla componente
cellulare della cellula. questi due tipi di fagi riconoscono strutture specifiche di E.coli. come recettori, i virus
riconoscono molecole o macromolecole diverse a seconda del trofismo del virus stesso, il T4 riconosce in
maniera specifico l’LPS della membrana esterna di E.coli, molti virus sfruttano il flagello o il pilo, utilizzano
queste strutture per la prima fase di attacco e penetrazione, il batteriofago lambda utilizza la proteina
canale per il maltosio.

Le fasi del ciclo replicativo sono attacco (adsorbimento) del virione alla cellula ospite, penetrazione con
ingresso del virione o del suo acido nucleico nella cellula ospite, sintesi dell’acido nucleico virale e delle
proteine virali a opera del macchinario cellulare riprogrammato dal virus. Assemblaggio dei capsidi e
impacchettamento del genoma virale, poi c’è il rilascio dei nuovi virioni.

T4 è un fago con organizzazione testa-coda, ha la coda a simmetria elicoidale con una serie di proteine che
formano ganci per l’attacco alla superficie della cellula, alla fine delle spine caudali c’è il lisozima che è
fondamentale nel processo di adsorbimento. Attraverso le spine il T4 riconosce l’LPS ci saranno
cambiamenti conformazionali che consentono alla coda di contrarsi, questo cambio di conformazione attiva
il lisozima che crea un poro attraverso le membrane delle cellule infettate (E.coli), il DNA viene iniettato
all’interno della cellula ospite per la contrazione della guaina caudale ed il virione rimane all’esterno. tutti i
batteriofagi iniettano l’acido nucleico e lasciano la struttura proteica all’esterno. l’acido nucleico si trova nel
citoplasma ed inizia la sintesi per il genoma del fago T4, quando avviene l’infezione, appena il DNA a doppio
filamento si trova all’interno del citoplasma diventa la sede di un’attiva trascrizione, questa avviene in
maniera cadensata, prima un gruppo di mRNA viene prodotto, poi verranno tradotti in proteine, il tutto
avviene in 25 minuti dal momento dell’infezione, le proteine precoci daranno l’input di avvio ad una nuova
ondata di trascrizione. Tra le proteine intermedio virali vengono sintetizzati numerosi elementi, quelli
chiave che sono nuovi fattori sigma, soggiogando la cellula ospite, la produzione dei fattori sigma farà si che
la trascrizione del genoma virale sia favorita a quella del genoma batterico, vengono sintetizzate delle
nucleasi, che andranno a degradare il cromosoma batterico che verrà spezzettato, tutto ciò che c’è nella
cellula servirà alla replicazione del fago. Tra le proteine intermedie abbiamo una DNA polimerasi che porta
alla replicazione del DNA virale. Il DNA virale verrà replicato in un numero elevato di copie ed il nuovo DNA
servirà da template per l’ultima ondata di trascrizione delle proteine tardive, quelle strutturali, avremo
molto copie di DNA virale e tante subunità strutturali delle componenti che costituiscono i virioni, queste
componenti sono autoassemblanti, quando si ritrovano nel citoplasma si organizzano in teste e code,
catena di montaggio molto efficiente. L’inserimento del DNA a doppio filamento avviene all’interno delle
teste attraverso un meccanismo particolare, prima si forma una protesta che contengono proteine di
sostegno, poi viene assemblato il motore dell’impacchettamento intorno all’apertura della protesta, il
genoma di T4 viene spinto nella protesta sottopressione, si utilizzerà l’ATP per spingere il DNA nella
protesta e questa ATP è naturalmente sintetizzata da E.coli in quanto il virus si avvale del suo metabolismo,
la protesta si espande e le proteine di sostegno vengono eliminate, poi si stacca anche il motore di
assemblamento e la testa del fago viene sigillata. il genoma verrà impacchettato nella cellula tramite
proteine specifiche che restano nella cellula ospite ma spingeranno l’acido nucleico nelle teste e poi
vengono assemblate le altre componenti come la coda, le spine caudali e le fibre della coda che si
autoassambleranno. Poi verranno prodotti degli enzimi codificati dal genoma del fago per la lisi della
membrana citoplasmatica e lo strato di peptidoglicano, avviene la lisi osmotica e la liberazione dei virioni.

Batteriofago lambda, fago temperato, fa tutti e due i cicli, sia quello litico che quello lisogenico.
Morfologicamente è un batteriofago testa-coda ma non ha la struttura a uncino delle fibre caudali e ha una
coda molto lunga ma utilizza un recettore diverso rispetto al T4, utilizza il canale del maltosio per entrare
nella cellula, ha anch’esso un DNA a doppio filamento lineare, quando entra nella cellula questo DNA
ciclizza. Possono avvenire due cicli, via litica e lisogenica. La lisogenica prevede l’integrazione del DNA del
fago di lambda. Il DNA del fago viene integrato nel cromosoma. Il DNA ha un doppio filamento lineare con
estremità Cos (coesive), alla fine questa estremità termina a singolo filamento con sequenza
complementare al singolo filamento dell’estremità opposta, nel momento in cui si trova nel DNA si può
unire con l’estremità complementare tra queste basi per ciclizzare. Una volta che viene cirolarizzato nel
citoplasma inizia la trascrizione. Non si chiama cascata perché avviene a monte, avviene la trascrizione di
pochi geni che portano alla trascrizione di proteine virali, C’ e cro che sono in competizione tra di loro. Il
DNA virale integrato al cromosoma batterico (profago), si replica insieme a quello della cellula ospite fino a
quando non sono espressi i geni che attivano la virulenza. La proteina C’ funge da soppressore di CRO, se si
accumula prima CRO in quantità maggiore e la quantità C’ non è sufficiente a inibirla verrà promosso il ciclo
litico, porta alla formazione di nuove particelle virali e alla lisi della cellula ospite, se C’ sarà in quantità
maggiori rispetto a Cro allora avviene il ciclo lisogenico. In questo stato il virus integrato nel cromosoma
batterico verrà chiamato profago e garantirà la propria sopravvivenza attraverso la scissione binaria della
cellula ospite che lo contiene.

L’integrasi, di lambda in E.coli è detta sito specifica, avviene a livello del cromosoma di E.coli nello stesso
punto rispetto alla mappa di geni del cromosoma di E.coli tra il gene Gal e Bio, avviene un crossing over tra i
due DNA circolari facilitato da diverse proteine. Anche a livello del genoma di lambda avviene a livello dei
siti att, questo viene aperto per l’integrazione ed inserito tra il gene Gal e bio, non sfrutta le estremità
coesive ma compie un taglio in un altro punto attraverso crossing over. I siti cos si trovano non più terminali
ma al centro. Qualora ci fosse il prevalere del ciclo litico ed il genoma di lambda diventa il principale per la
sintesi dei genomi del ciclo litico, avviene in maniera efficiente, meccanismo a cerchio rotante, in modo che
in poco tempo ci siano molte copie del genoma parentale.

Nel ciclo lisogenico avviene l’integrazione del cromosoma, avviene in tutti tranne nel virus P1, il genoma di
questo resta vicino al cromosoma del batterio ma non c’è integrazione, viene trasmesso il virus da una
generazione all’altra attraverso il ciclo di replicazione. Una piccola percentuale di batteri, una volta infettati,
vanno ad attivare il ciclo litico, l’integrazione non è un evento irreversibile, così come all’inizio si poteva
scegliere tra una via e l’altra, vi è la possibilità di tornare indietro, il batteriofago potrebbe ad un certo
punto dare vita ad un ciclo litico dopo aver scelto prima un ciclo lisogenico, sono importanti negli
ecosistemi marini mantengono costante il numero di cellule, se la popolazione cresce in maniera eccessiva
viene riportata a quel livello perché i fagi vanno incontro a ciclo litico, si può anche stimolare con un
trattamento stressante come irradiazione ai raggi ultravioletti, la coltura muore per lisi e nuove particelle
fagiche vengono formate, oltre che in laboratorio può avvenire anche per una variazione delle condizioni
ambientali. Il batterio col ciclo lisogenico è immune a nuove infezioni di lambda ma non a quella di altri fagi
differenti. Il fenomeno secondo il quale il batterio lisogeno va incontro a lisi si chiama induzione. In alcuni
casi si producono altre proteine, inutili per il profago ma cambiano il fenotipo della cellula batterica,
conversione lisogena, un batterio è in grado di fare qualcosa in più codificato dal profago lisogeno, come
Corynebacterium diphterite, dovuta alla presenza di una tossina codificata dal profago stabilmente
integrato beta, conversione lisogena.

CRISPR, negli organismi superiori il rapporto di infezione è dettato dalle capacità proliferative del virus e
quelle dell’organismo superiore che contrattacca con anticorpi o meccanismi di immunità innata.
L’organismo superiore si difende. Gli organismi procariotici unicellulari si difendono anche come quelli
eucariotici, alcuni si difendono tramite enzimi di restrizione-metilazione, meccanismi aspecifici, non rivolti
verso uno specifico virus o plasmide. Da poco si è scoperto che batteri e archea hanno un sistema di difesa
specifico, quando incontrano un agente virale sviluppano un’attività di memoria, sistema CRISPR, nel
genoma di batteri e archea abbiamo brevi ripetizioni palindrome (basi ripetute ed invertite) costanti
raggruppate e separate ad intervalli regolari, organizzazione strutturale di queste sequenze. Sono brevi
ripetizioni di sequenze di DNA costanti, presenti sul cromosoma ospite, che si alternano a brevi sequenze di
DNA variabili. Queste sequenze sono copie di sequenze specifiche dei diversi genomi virali che la cellula ha
incontrato nella sua vita e si difende con enzimi di restrizione-metilazione, per poi staccare una sequenza e
integrarla nel genoma. Ci sono proteine che vanno a lisare il genoma virale e lo inseriscono nel genoma, il
genoma del batterio trascrive un DNA complementare e forma un RNA sentinella, individua il genoma virale
quando avviene la penetrazione. Questo meccanismo è stato usato per utilizzarle come forbici molecolari
per tagliare e cucire pezzi di genomi di cellule eucariotiche complesse come quelle umane. Sistema
promettente per la terapia genica e intervento sulle patologie. Sistema scoperto da due donne (hanno
scoperto tutte le cose gli uomini, ogni tanto che scoprono qualcosa le donne si priano tutte).

Virus animali, ovvero virus che infettano cellule animali, però le cellule animali le dobbiamo immaginare
all’interno dell’organismo, ci sono fasi che si svolgono nel nucleo e fasi nel citoplasma. Oltre alla morfologia,
l’altra grande differenza è il meccanismo di entrata nella cellula ospite di questi virus. Nei virus animali non
c’è l’iniezione dell’acido nucleico, ma l’ingresso prevede che tutto il virione venga inglobato all’interno del
citoplasma, mai l’acido nucleico nudo. La maggior parte dei virus che infettano le cellule animali sono virus
rivestiti. C’è un ulteriore fase, sono 6 fasi, dopo l’entry c’è la fase di svestimento, fase in cui l’acido nucleico
deve essere esposto e il DNA verrà integrato (spoliazione del genoma virale). Mentre nei fagi la stragrande
maggioranza del genoma è costituito da DNA a doppio filamento, per i virus animali questa netta
distribuzione del DNA non c’è. I virus patogeni sono per la maggior parte virus a RNA. Herpesvirus, virus a
DNA a doppio filamento, il virus del vaiolo (facente parte dei poxvirus) ha anch’esso un DNA a doppio
filamento, poliomelite RNA a singolo filamento polarità positiva.

HIV della famiglia dei retrovirus ha un genoma a ssDNA con intermedio a dsDNA.

L’infezione nelle cellule animali inizia come per i batteriofagi. Nella cellula ospite deve esserci un recettore
riconosciuto dal virus. Il virus può utilizzare o un recettore presente su altre cellule di altri tessuti, ma se
utilizza un recettore specifico infetterà solo le cellule che contengono quel recettore per quello specifico
tessuto. il recettore è un componente nella cellula ospite, quello della cellula ospite determina il tropismo,
quello del virione è mediata dalla presenza di una proteina o lipoproteina, quelli che si trovano sui virus
sono antirecettori, componenti specifici che riconoscono il recettore cellulare, c’è un’iterazione
elettrostatica, oggi si usa dire VAP al posto di antirecettore, acronimo di terminologia anglosassone,
proteine di attacco del virus. L’attacco si realizza grazie all’iterazione diretta tra una proteina VAP virale e un
recettore cellulare. Tutto quello dopo dipende da se è avvenuto il contatto. Se si blocca la VAP non si infetta
la cellula, se la cellula non ha l’antirecettore esatto non avviene l’adesione. Il tropismo deriva dall’attacco
iniziale e quindi dell’iterazione tra VAP e recettore. Per i virus animali parliamo di tropismo tissutale o di
specie. se un virus per esempio riconosce il recettore dell’eparan solfato solo per un umano, non potrà
usare lo stesso recettore dell’eparan solfato del topo, perché è simile ma non uguale. I virus possono
evolversi e accumulando mutazioni nella VAP ma diventa in grado di infettare un’altra specie, c’è un salto di
specie, serie di passaggi dell’animale intermedio. Covid ad esempio, nacque dal pipistrello. Si sorvegliano i
virus degli animali selvatici per prevedere questi cambiamenti in caso riescano a fare un salto di specie
sull’uomo.

Entrata del virus, quelli degli animali sono rivestiti dall’envelope, nei virus nudi la VAP farà parte del
capside, nei rivestiti farà parte dell’envelope. Dopo il riconoscimento, un virus a capside nudo entra
attraverso vescicole di endocitosi, la cellula animale non ha rivestimenti esterni come le cellule batteriche e
vegetali, l’ingresso più facile, il virus si trova nel citoplasma all’interno del lisosoma che degrada gli involucri
esterni ma non il DNA virale. Diversi meccanismi, traslocazione della particella virale all’interno del
citoplasma.

Per il virus provvisto di envelope è più facile. La VAP riconosce il recettore, determina il cambiamento
conformazionale, media la fusione dell’envelope con la membrana cellulare della cellula ospite, entra il
nucleocapside. La fusione può avvenire dall’esterno all’interno dell’ospite o può entrare attraverso una
vescicola per endocitosi.

Nel citoplasma poi avviene l’espoliazione, vengono degradate le membrane esterne. L’acido nucleico farà la
fase di sintesi, nei virus animali la sintesi è più complessa. Nei virus dei batteri la sintesi avviene che si
formano nuove particelle virali, verranno assemblate e c’è poi la lisi della cellula, un virus provvisto di
envelope fuoriesce dalla cellula infettata tramite gemmazione, la membrana cellulare è modificata per la
presenza di proteine specifiche, la gemmazione esiste anche nei batteriofagi M13, ma la maggior parte
lisano la cellula ospite.

Fase di sintesi nei virus animali, molti dei virus che infettano gli animali hanno un genoma ad RNA, un
virologo si è inventato una classificazione chiamata per l’appunto classificazione di Baltimore, raggruppa i
virus in base allo schema replicativo della fase di sintesi, i diversi tipi di virus con genomi virali strutturati in
maniera diversa come fanno a formare RNA messaggero? Tutti devono arrivare a formare un RNA
messaggero, questa classificazione divide i virus in 7 classi in base alla fase replicativa, classe 1 virus con
genoma a DNA a doppio filamento, informazione contenuta in una molecola a doppio filamento, classe due
genoma con DNA a singolo filamento, classe 3 genoma RNA a doppio filamento, classe 4 RNA a singolo
filamento a polarità positiva, classe 5 genoma a RNA a singolo filamento a polarità negativa, classe 6
retrovirus con genoma di partenza a ssRNA con polarità positiva con intermedio a RNA, classe 7
hepadnavirus, genoma di partenza DNA a doppio filamento con intermedio a RNA a singolo filamento.
Bisogna ricavare un mRNA con polarità positiva.

Classe I e II hanno il genoma con DNA a singolo o doppio filamento

CLASSE I, l’enzima è una comunissima RNA polimerasi DNA dipendente che trascrive i geni, una volta che
entra nel citoplasma deve andare nel nucleo per poter fare avvenire la sintesi, anche i virus di classe 2
regolano nel nucleo come il virus dell’herpesvirus, tutti nel nucleo tranne il vaiolo dove la replicazione
avviene nel citoplasma, i poxvirus, grandi virus con morfologia a mattone, virus che hanno grande
informazione genetica con propri enzimi che li rendono autonomi e possono replicare nel citoplasma. La
trascrizione e traduzione avviene secondo ondate trascrizionale, proteine precoci che portano alla
replicazione del genoma. Massima trascrizione dei geni tardivi. la trascrizione avviene sul filamento di DNA
che forma l’RNA con polarizzazione positiva; quindi, avviene la trascrizione del filamento (-).

Classe due DNA a singolo filamento con polarità positiva, quando arriva il genoma viene letto come DNA da
riparare, copiato da enzimi cellulari. Per formare un mRNA con polarità positiva, i virus della classe II
devono prima sintetizzare il filamento complementare di DNA, ottenere un intermedio con DNA a doppio
filamento, e utilizzare il filamento (-) per produrre un mRNA (+). Il filamento positivo diventa il genoma,
quello negativo viene scartato. Tutti i virus a DNA a singolo filamento hanno polarità positiva.
Classe III, IV, V, VI, VII possiedono genomi con RNA a singolo o doppio filamento. L’RNA polimerasi cellulare
non catalizza RNA a partire da uno stampo RNA. Nei virus a RNA è presente la RNA replicasi che è una RNA
polimerasi RNA-dipendente. L’RNA replicasi replica il genoma virale a RNA e produce mRNA virus specifico.
Classe 3, dsRNA, infettano animali, vegetali, funghi e batteri. Questi devono trasportare enzimi capaci di
sintetizzare mRNA virale e di replicare il genoma virale a RNA. Quando avviene il processo di spoliazione
attiva l’RNA replicasi virale e da avvio alla replicazione del virus. La replicazione avviene all’interno del
citoplasma e all’interno del nucleocapside stesso. nella prima fase avviene la sintesi dell’mRNA (+) da parte
dell’RNA replicasi che utilizza come stampo il filamento negativo di RNA. Avviene poi la formazione delle
proteine virali e dei nucleocapsidi che catturano al loro interno una RNA replicasi, poi entrano le molecole
di RNA a singolo filamento all’interno del capside e l’RNA replicasi produrrà l’RNA a doppio filamento.

Classe 4 RNA a singolo filamento con polarità positiva, non hanno bisogno della replicasi perché usano il
proprio genoma come mRNA, il primo evento è la traduzione, come il coronavirus, polarità positiva, tutte le
informazioni sono contenute in un'unica molecola, il genoma non è segmentato, il coronavirus ha un
nucleocapside elicoidale con envelope in cui troviamo proteine virus specifiche, proteine a forma di clava
disposte in modo tale da formare una corona. Il tampone antigenico è specifico per una di queste proteine,
rileva la proteina N, la più abbondante tra le proteine virali. Due terzi del genoma sono coperti da geni
sovrapposti la cui trascrizione non porta a proteine strutturali, trascrive per l’RNA che porta ad una
poliproteina, grande proteina immatura la cui maturazione avviene con il taglio che darà vita a proteine
funzionanti, la trascrizione di queste proteine è il primo evento, ci saranno geni che porteranno alla
formazione di replicasi che devono prima sintetizzare il filamento negativo per fare da stampo a quello
positivo, quando il genoma arriva nella cellula incontra i ribosomi cellulari e copia l’RNA in un intermedio
che funge da stampo per nuovi RNA messaggeri a polarità positiva, avviene sempre da un template. L’RNA
parentale viene subito tradotto, ci sono dodici proteine che formano un complesso di replicazione che
formano diversi intermedi. Se conosciamo i passaggi chiave del virus che usa per replicarsi e sono a carico
di una proteina virus specifica si può pensare ad un farmaco che inibisce quella proteina specifica, farmaco
che ci aiuta a bloccare la replicazione del virus.
Classe V, classe con genoma a singolo filamento di RNA con polarità negativa. Questi hanno nel genoma
sequenze di basi complementari all’RNA che viene sintetizzato. Un esempio è il virus dell’influenza, è un
virus pleiomorfo, il genoma è particolare, è segmentato, diversi geni che non si trovano tutti sulla stessa
molecola ma distribuiti in segmenti. Anche questi virus sono avvolti da nucleoproteine, l’envelope è
composta da una membrana fosfolipidica e due proteine fondamentali che interagiscono con l’ospite, una è
l’emoagglutinina che riconosce l’acido sialico permettendo l’adsorbimento (è la VAP), poi c’è la
neuraminidasi si porta dietro un enzima. Il virus dell’influenza colpisce le cellule epiteliali delle vie
respiratorie. L’acido sialico si trova libero nelle mucose, siccome il virus deve raggiungere la cellula ospite
attraversando le vie respiratorie piene di muco e acido sialico, ha una funzione fondamentale perché
l’emoagglutinina potrebbe legarsi all’acido sialico della mucosa, quando arriva alla cellula bersaglio non la
può sfruttare perché ha il recettore occupato per l’acido sialico contenuto del muco, qui ha un ruolo
importante la neuraminidasi perché deve sempre liberare il recettore, la sua replicazione avviene nel
nucleo. oltre all’emoagglutinina e alla neuraminidasi, il virus dell’influenza si porta dietro una DNA replicasi
che converte il genoma a polarità negativa in un filamento a polarità positiva, e un RNA endonucleasi che
taglia il cap delle molecole di mRNA dell’ospite e lo trasferisce sull’mRNA virale affinché possa essere
tradotto dall’ospite.

Classe VI, Retrovirus hanno un enzima che è la trascrittasi inversa e la contengono nel virione, questo
enzima da il nome a tutto il gruppo. In partenza questi enzimi sono nel virione del virus con genoma a
ssRNA con polarità positiva, ci sono altri enzimi che sono una ribonucleasi e una DNA polimerasi. Il processo
avviene nel citoplasma, la trascrittasi inversa richiede un innesco per la sintesi del DNA e questa funzione
viene svolta da un tRNA virale, i nucleotidi sintetizzati in prossimità dell’estremità 5’ vengono retrotrascritti
in DNA. Si forma una corta molecola di DNA a singolo filamento. Che si appaia con l’altra estremità della
molecola a RNA virale, grazie a questa attività si forma una molecola di DNA a doppio filamento con lunghe
ripetizioni terminali che partecipano al processo di integrazione del DNA retrovirale nel cromosoma
dell’ospite da parte dell’integrasi trasportata nel virione. Una volta integrato diventa una componente
permanente del cromosoma dell’ospite ed è considerato un provirus. Alcuni di loro sono brutti e cattivi,
HIV, possiede proteine VAP che riconoscono CB4 nei linfociti, monociti e dendriti, la maggior parte è sui
linfociti CD4 positivi, T helper, infetta cellule del sistema immunitario, causa AIDS in quanto mette fuori uso
il sistema immunitario dell’ospite. schema di replicazione. I singoli geni saranno i messaggeri per le
proteine, vengono assemblati i componenti e il virus rilasciato per gemmazione.
Classe 7, Hepadnavirus. A seguito dell’infezione, il nucleocapside degli hepadnavirus entra nel nucleo
cellulare, si forma una molecola di DNA a doppio filamento grazie all’azione della polimerasi virale. La
trascrizione avviene ad opera della polimerasi dell’ospite e produce quattro classi di mRNA virale. Il più
grande dei trascritti, insieme alla trascrittasi inversa, si associa alle proteine virali nel citoplasma dell’ospite
per formare i nuovi virioni. Partendo da questo trascritto, la trascrittasi inversa produce il DNA genomico
negativo, e poi lo usa come stampo per formare una parte del filamento positivo, ottenendo così il DNA a
doppio filamento. I virioni maturi si associano al sistema di membrane ed escono per gemmazione.

Concetti in più

Geni sovrapposti, quando un virus contiene pochi geni non può codificare tutte le proteine utili per la
replicazione del virus, alcune parti del genoma vengono trascritte in differenti fasi di lettura. I diversi
prodotti dei geni sovrapposti vengono sintetizzati facendo ricominciare la trascrizione in una diversa fase di
lettura all’interno dello stesso gene.

Replicazione a cerchio rotante, meccanismo di replicazione del fago lambda, la replicazione inizia
dall’origine della forma replicativa a doppio filamento con il taglio del filamento positivo, poi avviene una
continua rotazione del cerchio che porta alla sintesi del genoma a struttura lineare mentre si accresce
l’estremità del filamento 3’. Solo il filamento negativo funge da stampo. Quando il filamento virale in
accrescimento raggiunge la lunghezza di un’unità genomica, viene tagliato e legato alle due estremità del
filamento singolo appena prodotto, in modo da ottenere una molecola a DNA circolare. Si viene a creare un
ssDNA con polarità positiva e un dsDNA che serve solo per la sintesi di altre unità genomiche con lo stesso
meccanismo.