Autodock nasıl kullanılır?

• Bir ligandı hedefe yerleştirmek için ücretsiz bir yazılım olan Autodock
4.0'ı (ve Autodock Vina'yı) indirecek ve öğreneceksiniz.
• http://autodock.scripps.edu adresini ziyaret edin

• İndirme menüsü:
• Autodock Vina (http://vina.scripps.edu/download.html)
• ADT (Autodock araçları) (http://mgltools.scripps.edu/downloads)

Projenizde docking simülasyonunu nasıl gerçekleştireceğinizi anlamak için lütfen

Bu web sitesindeki Vina eğitimini izleyin: http://vina.scripps.edu/tutorial.html
• ÖNCELİKLE MASAÜSTÜNDE BİR KLASÖR OLUŞTURUN. GÖNDERDİĞİM PROTEİN VE LİGANDI BUNUN İÇİNE KAYDEDİN.
• SONRA AUTODOCK TOOLS ÇALIŞTIRIN
• PROTEINI ÖNCELİKLE AUTODOCK TOOLS EKRANI İÇİNDE AÇIYORUZ. İSTERSENİZ SÜRÜKLEYEREK İSTERSENİZ FILE → READ
MOLECULE → KLASÖRÜNÜZDEN →PROTEIN SEÇİN.
• ŞİMDİ PROTEİNİ HAZIRLAYACAĞIZ:
• Edit → add hydrogens → polar hydrogens (EKSİK OLAN HİDROJENLER
EKLENECEK) VE PROTEİNDE BEYAZ OLARAK EKLENEN HİDROJENLERİ
GÖREBİLECEKSİNİZ.

EKLE polar
hydrogen
oK
• ŞİMDİ PROTEİNİ PDBQT FORMATINDA KAYDEDİCEZ.
• Grid → macromolecule → choose → protein → select a molecule →
protein (AYNI KLASÖRE PROTEIN.pdbqt uzantılı olarak kaydedecek)
• şimdi aynı hazırlığı ligand için yapacağız.
• read molecule → ligand (yada yine sürükleyip ekranın içine bırakın)
• ligand → input → choose → select ligand → ok
• ligand → output → save as pdbqt (aynı klasöre ligand.pdbqt olarak kaydedin)
Grid kutusu
• Grid kutusu : 3-D kutu oluşturuyor. Bu kutu hedefin aktif yani
bağlanma bölgesini içerir ligand ile bu kutu içindeki etkileşimi
hesaplar.
• Grid → grid box → bir kutu oluşacak bunun x,y,z koordinatları önemli
bunları not edin. Config.txt dosyasında x,y,z yerine bu sayıları
yazacaksınız.
• Şimdi hazırız
• komut sistemini çalıştırın
• bulunduğunuz konumu oluşturduğunuz klasöre getirin. klasörün konumunu kopyala cd yazarak yapıştır ve
enter
şimdi vinayı çağıracağız. vinanın uzantısnı kopyala yapıştır yapın.
 log dosyasına
ekran çıktısını yazıyor

sonuçta oluşan 9 farklı pozun çıktısı

9 farklı poz enerji değerleri

https://discover.3ds.com/discovery-studio-visualizer-download

co-crystal ligand

en iyi model
(model 1)

protein (AChE)
 aynı hedef proteine 2. ilacın bağlanması
• protein pdbqt dosyası aynen kullanılacak
• config.txt dosyasında ligand ismi değişecekse onu güncellemek gerek
• 2. ligand’a ait sdf dosyasını pubchem’den indirin
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)
• sdf dosyasını Vina açamaz pdb dosya formatına çevirin online olarak:
https://cactus.nci.nih.gov/translate/
• Aynı docking protokolünü yeni ligand için tekrarlayın.
• En iyi bağlanan model 1 yine discovery’de etkileşimlerin detayları için
açılıp analiz edilir.
• Proteinin kendi içindeki ilaç sonucu ile 2. ilaç sonucunu karşılaştırın.
Bağlanma afinitesi, discovery’de yapılan etkileşimler vs. açısından
https://cactus.nci.nih.gov/translate