Entérobactéries

Généralité
Famille très hétérogène
Caractères biologiques communs:BGN, Asporulés, AAF, Facilement cultivables, Fermente le glucose, Nitrate-réductase(+), Oxydase(-)
Habitat:
Tube digestif de l’homme et des animaux,
sols et eaux indicatrices de la contamination fécale.
Pathogènes opportunistes (Escherichia coli, Enterobacter sp, Proteus mirabilis, Klebsiella sp) ou pathogènes spécifiques (Pathovars
d’Escherichia coli, salmonella,shigella,yersinia).
Fréquence:
 > 80% des isolats du laboratoire.
 ~ 30 à 35 % des bactéries impliquées dans les infections nosocomiales
 Acquisition fréquente de résistance aux antibiotiques

Epidémiologie
Agent •Classification actuelle : biologie moléculaire (hybridation ADN –ADN, gène des ARN ribosomaux ; séquençage
pathogènes
•classification traditionnelle en « tribus » basée sur les caractères biochimiques
Tribu Escherichiae Klebsiellae Proteae Yersiniae
Genre Escherichia Salmonella Shigella Citrobacter Klebsiella Enterobacter Serratia Proteus Providencia Morganella Yersiniae

Espèces E. coli S. S. C. K E. S. P. P M. Y.
thypi dysenterie freundii oxytoca cloacae marcesens vulgaris rettgeri morganii enterolitica
parathypi A sonnei koseri pneumoniae aerogenes mirabilis stuartii pestis
et C flexneri penneri alcalificiens
mineurs boydii
Entérobactéries Réservoir
Réservoir Commensale prédominant TD Hoe et An: 10 8 bactéries/
Escherichia coli
g de selles, Environnement
Shigella TD Hoe malades, convalescents et rares porteurs sains.

Salmonella S. typhi et paratyphi: TD Hoe, malades, Eaux contaminés

– aliments souillés
S.mineurs: TD An. et Hoe malades, porteurs sains.,
Aliments d’origine animales (volaille, œuf: mayonnaise
Yersinia Y.enterocolitica: environnement, animaux
Y.pestis: rongeurs (rat )

Klebsiella Commensale TD Hoe, Environnement (sol, eau,

plantes…).
Enterobacter Commensale TD Hoe, Environnement

Serratia Commensale TD Hoe (S.marcescens), Environnement

Proteus,Morganella,Providencia commensaux TD Hoe et des An, Environnement

Transmission • Directe :
– mains sales
– aérienne (Yersinia pestis)
• Indirecte :
– Eau, aliments souillés (TIAC)
– Cathéter, sondes…
• vectorielle :
– puce : Yersinia pestis.

Réceptivité totale
Caractères bactériologiques

1- Caractères morphologiques:
 BGN, coloration bipolaire , extrémités arrondies.
 2- 4 long/0.4-0.6 large.
 Mobiles : flagelles péritriche ou immobiles (Klebsiella, Shigelle, Yersina pestis).
 Non sporulés.
 Peuvent être capsulées ( Klebsiella).
Espèces pathogènes : fimbriae ou pili communs  facteurs d'adhésion

2- Caractères culturaux:
 Milieux ordinaires, 18 à 24 heures, 35 à 37°C (Yersinia 25 à 30°C).
Aéro-anaérobies facultatives.
Milieux gélosés :
colonies : 1 à 3 mm de diamètre .
Arrondies, lisses, humides, blanches voir translucides (S : smooth).
Rugueuses, sèches à contours irréguliers et mates bactéries vieillies ou anormales (R : Rugueux).
Milieux liquides  un trouble uniforme du bouillon
3- Caractères biochimiques:
Caractères communs:
AAF ( Aéro-anaérobie facultatif).
fermentent le glucose(avec ou sans production de gaz).
Oxydase -
Nitrate réductase + ( réduction des nitrates en nitrites)
Catalase + (Sauf Shigella dysenteriae type1)
Caractères de differentiation:
 Fermentation des sucres : lactose, saccharose...
 Activités enzymatiques : TDA, UREASE, TRYPTOPHANASE, ADH, LDC, ODC…

4- Caractères antigéniques:
• Antigène O : paroi ,LPS (endotoxine), thermostable.

• Antigène H : flagelle, flagelline, thermolabile, agglutination facilement dissociable par agitation.

• Antigène K ou Vi (Salmonelle): capsule (couches externes), polysaccharides , peuvent masquer l’antigène O ébullition 2 heures.

• Antigène de Kunin ou Enterobacteriaceae common antigen (ECA) : glycophospholipide, spécifique des entérobactéries .

Antigènes F: fimbriae ou pili communs, protéines

5- facteurs de virulence:

Facteurs de virulence Rôle

Pili communs ou fimbriae Adhésion aux épithéliums

Capsule Protège contre la phagocytose par les macrophages

(klebsiella)

Enzymes bactériennes Invasion et destruction tissulaire

Exotoxines: Entérotoxines, cytotoxines, neurotoxines Mode d’action spécifique

Endotoxine : LPS des BGN Destruction et désorganisation du système

immunitaireChoc endotoxinique

Physiopathologie et aspects cliniques

• Contamination
• Adhésion à l’épithélium (pili commun ou fimbriae)
• Pathogènes spécifiques:
 Invasion et altération des épithéliums
 syndrome dysentériques, infections extraintestinales
 Sécrétion des toxines
 syndrome cholériformes.
 Pathogènes opportunistes:
 Colonisation des différents sites
Pathogénicité localisée ou généralisée.

Entérobactéries Mécanismes Clinique

ECET: Enterotoxine LT , ST
E. coli ECEP: SLT
ECEA: Toxine EAC,
Enterotoxine stable
ECEH (O157H7): Invasion
enterocytaire, SLT1- SLT2
ECEI: Invasion enterocytaire
colique, shigatoxines like
Shigella Invasion enterocytaire,
shigatoxine
Salmonella Invasion enterocytaire
Infections intestinales: diarrhées aqueuses (ECET, ECEP,
ECEA), diarrhées sanglantes (ECEH, ECEI), syndrome
hémolytique et urémique (ECEH)
Infections extra intestinales: urinaires (80% E.coli), néonatale
grave (meningite , E.coli O18K1H7), choc endotoxinique.
Adulte: colites infectieuses
Enfant : gastro-entérites sévères avec diarrhée mucopurulente et
sanglante, fièvre et déshydratation.
S. typhi et paratyphi: Fievre Typhoïde ,Parathyphoide
Fièvre progressive , signes généraux, Septicémie à point de départ
lymphatique S.mineurs:
 Gastroentérite avec diarrhée fébrile , rares bactériémie -->
Déclaration obligatoire
Yersinia Invasion iléale Y.enterocolitica: Diarrhée fébrile +/- sanglante , polyarthrite
réactionnelle, septicémie, syndromes appendiculaires, érythème
noueux.

Y.pestis: peste bubonique; adénite pesteuse réactionnelle après

piqûre se compliquant d'un syndrome toxi-infectieux; peste
pulmonaire (pneumopathie très sévère après contamination
interhumaine).

Y. pseudotuberculosis: adénolymphites mésentériques réalisant

des tableaux pseudo-appendiculaires, érythème noueux

Klebsiella Enterobacter Serratia
Proteus,Morganella,Providencia
Colonisation d'autres sites
Infections nosocomiales respiratoires (Klebsiella pneumoniae),
urinaires, bactériémies, infections neuro-méningées post
traumatiques ou post-chirurgicales, Colites hémoragique post ATB
(klebsiella oxytoca), bactériémies, infection des pieds diabétiques,
lithiase urinaire (germe à activité uréasique : formation de
cristaux phospho- amoniaco-magnésien), suppurations diverse

Diagnostic bactériologique
A-Diagnostic direct classique:
Respect des conditions du GBEA.
Prélèvement  Ensemencement  Examen direct  Identification  Antibiogramme.
1- Prélèvements:
• Selon le site infecté : Urines, LCR, Ponctions, Pus…
• Conditions de transport et de conservation : variable.
Ex : Yersinia  triple emballage pour la protection du manipulateur.
Exactitude du diagnostic  Qualité du prélèvement!
2- Examen direct:
a- Examen macroscopique:
• Aspect: Hématique, purulent, trouble.
• Couleur (Urines, liquides de ponction…)
• Consistance : visqueux, fluide (LBA, AB, Crachats …),selles (diarrhéique , pâteuse, molles).
b- Examen microscopique:
• L’état frais: apprécier la mobilité.
• Coloration de Gram
3- Culture:
a- Milieux de culture:
• Bactéries non exigeantes
• Choix des milieux de culture dépend du type de prélèvement
• Géloses Non sélectives : sites normalement stériles
Milieu CLED, BCP: Urines
Gélose Chocolat , Gélose au sang de mouton ou cheval
• Géloses Sélectives : sites polymicrobiens (selles)
 Milieu Mac Conkey , EMB: Entérobactéries
 Gélose Hektoen, SS : Salmonella-Shigella
 Milieu CIN : Yersinia Enterocolitica
 Milieu de Mac Conkey au sorbitol : ECEH (O157H7)
 Milieux chromogènes : identification directe E. coli, orientation vers certains groupes bactériens ( KES)…
Milieux liquides d’enrichissement:
• Bouillons≪ cœur-cervelle ≫ : non sélectif
• Bouillons au thioglycolate: non sélectif
• Bouillons Sélénite: Salmonelle
Teneur en sélénite: Inhibition des microorganismes autres que les salmonelles ( exception: Pseudomonas et les Proteus )
b- Ensemencement:
Dépend du type de prélèvement: Stries perpendiculaires, étoile, quadrant…..
c-Incubation :
• 37° pdt 18h à 24h en aéro , 10% de CO2, ou anaérobiose.
• Yersinia: culture lente et thermodépendante 48h-72h entre 25-30°C.
4- Identification:
a-Aspect macroscopique:
• Aspect des colonies : taille (1 à 3 mm; petite..),forme ( bombée , lisse, muqueuses , rugueuses ..)
• Couleur des colonies ( blanchâtre , opaques .. )
• Présence ou non de pigments (rouge : Serratia )
• Odeur (poisson pourri : Proteus mirabilis )
b-Aspect microscopique:
• EF: mobilité
• Gram : BGN
c- Identification biochimique:
• Caractères communs : AAF, glucose +, Oxydase - , Nitrate réductase +Catalase + (Sauf Shigella dysenteriae type1)

 Caractères de différenciation : fermentation des sucres ( lactose, saccharose...) et Activités enzymatiques (LDC, ODC…)

 Galeries classique
 Galeries miniaturisées (API 20E…
 Test Caractère Réaction Résultat
recherché
Catalase - Mee d’une H2O2 H2O + 1/2 O2 - Dégagement
catalase. Catalase gazeux : catalase +
- Pas dégagement :
catalase -
Oxydase - Mee de la NN-diméthyl-paraphénylène diamine (imprégnant un papier buvard) - Coloration violette :
phénylène coloration violette. oxydase +
diamine oxydase. - Pas de coloration :
oxydase -
Fermentation - Type de Sucre acides - Virage du pH :
des sucres métabolisme. Fermentation fermentation
- Pas de virage : pas
de fermentation.
ONPG - Mee de la ß- ONPG + H2O ONP + ß-D- galactopyranose - Coloration jaune :
galactosidase qui ß-gal –
hydrolyse le - Pas de coloration :
lactose en glucose ß-gal+
et galactose.

VF - Type Culture en présence et en absence de di-oxygène. - 4 types

respiratoire. respiratoires :
B. aérobie
B. anaérobie
B. aéro-anaérobie
B. micro-aérophile
VP (Voges - Voie - Coloration rouge-
Proskauer) fermentaire du rose : VP+
butan-2,3-diol à - Pas de coloration :
partir du glucose : VP-
définit le grpe
KES.
déffirencie P.
vulgaris (VP -) de
P. mirabilis
(VP +).
TDA - Recherche de - Coloration marron :
(Tryptophane TDA sur milieu (TDA +)
désaminase) urée-tryptophane - Coloration jaune :
ou urée-indole : (TDA-)
définit Proteus
morganella,
providencia.

Uréase - Recherche de - Milieu rouge

l’uréase sur (basique) : uréase +
milieu urée- - Milieu orange ou
tryptophane : jaune : uréase -
P. mirabilis,
yersinia,
klebsiella.
Production de - Recherche de Anneau rouge :
l’indole l’indole grâe à (indole +) Anneau
une tryptophanase jaune : (indole -)
sur milieu urée-
tryptophane ou
urée-indole.
Nitrate- - Mee des nitrites - Coloration rouge :
réductase formées à partir NR+
soit de : - Pas de coloration :
milieu gélosé 2
nitraté, cas possiblesajout
bouillon nitraté du Zinc :
à 10 g.dm-3, coloration rouge :il
milieu mannitol reste des nitrates
mobilité. dans le milieu :NR-
pas de coloration :
pas de nitrates. B. les
a réduit au delà du
stade des nitrites :
NR+
Citrates de - Mee des B ; Citrate + 3 H2O → Acide citrique + 3OH- - Coloration bleue :
Simmons utilisant le citrate citrate-pérméase citrate+
comme seule - Coloration verte :
citrate-
 source de
carbone.

LDC, ODC, - Mee des - Virage au violet

ADH décarboxylases et (basique) :
de l’arginine décarboxylase +
dihydrolase sur - Virage au jaune
milieu de Möller : (acide) :
pH acide décarboxylase –
Anaéorobiose

Algorithme d’identification des

entérobactéries lactose, ONPG positives

Algorithme d’identification des

entérobactéries lactose, ONPG négatives
d- Identification antigénique: Sérotypage
 Différencier les souches de microorganismes en fonction de leur composition antigénique (sérotypes ou sérovars) .
 Salmonella , Shigella , E.coli
 Technique immunologique: agglutination
Principe:
Mise en contact avec des particules de latex sensibilisées avec des anticorps spécifiques.
+/- chauffage à 100° C pendant 15 min
e- Recherche de toxine
 Culture, prélèvement
 Techniques immunologique: immunoenzymatiques, immunochromatographiques
 Biologie moléculaire: PCR

5- Sensibilité aux antibiotiques: Antibiogramme

 Traitement
 Surveillance épidémiologique
 Aide à l’identification
a- Méthodes
1) Méthode de diffusion en milieu gélosé: CA-SFM 2017
• Milieu de culture : gélose Mueller-Hinton
• Inoculum : 0,5 McFarland
• Incubation : atmosphère normale, 35±2ºC, 20±4H
• Disques imprégnés d’antibiotique de charge fixe

Classification des entérobactéries selon leurs phénotypes sauvages de résistance aux beta lactamines:
Groupe 0 Groupe 1 Groupe 2 Groupe 3 Groupe 4 Groupe 5

AML S S R R R R
TIC S S R S R S
AMC S S S R R S
C1G S S S R R R
C3G S S S S S S

Phénotype pas de Case non PBN CBN PBN et CBN Céfuroximase

betalactamase exprimée
Bactéries Salmonelle E. Coli Klebsiella Enterobacter Yersinia P.Vulgaris
P.Mirabilis Shigella C. koseri Serratia P. Penneri
E.Hermanni C. freundii
FOX R

2) Résistance acquise :
Résistance aux bétalactamines
 Résistance enzymatique
Phénotypes de résistance acquises aux bétalactamines
 PBN PHN CBN TRI BLSE CHN Carbapenemase
AML R R R R R R R
TIC R R S R R R R
AMC S R R R R R R
TCC S R S R R R R
TZP S R S R R R R
C1G S R R S R R R
C2G S S S S S R R
C 3G S S S S R R R
C4G S S S S S/R S/R R
Carbapenemes S S S S S S R
Résistance aux bétalactamines
 Résistance non enzymatique
• Modification de la cible : PLP par mutations (rares ).
 Diminution de la production de la PLP1A : imipénème et mecillinam chez P. mirabilis.
• Diminution de la perméabilité : modification ou perte de porines (fréquente).
 Trois phénotypes de résistance:
(i) résistance de bas niveau à la céfoxitine ±aux C1G et C2G,
(ii) résistance isolée aux C4G chez des souches hyperproductrices de céphalosporinases
(iii) résistance aux carbapénèmes chez des souches hyperproductrices de céphalosporinases ou de BLSE.
• Hyperproduction de système d’efflux : chez K. pneumoniae.
 Préférentiellement céfoxitine et C2G
 Difficile à distinguer du point de vue phénotypique des résistances par modification des porines.
Résistance aux aminosides
• Enzymatique: aminosides phosphotransférases (APH), aminosides nucléotidyltransférases (ANT), aminosides acétyltransférases (AAC)
• Phénotypes : G, GT, GTN, TNA et GTNA.
• Rares chez Escherichia coli, Salmonella et Shigella (moins de 3% ); Fréquence moyen chez Proteus; Plus fréquents chez Klebsiella,
Enterobacter, Citrobacter, Serratia (20 à 50%)
Résistance aux phénicolés
• Enzymatique: chloramphénicol-acétyl-tranférase (CAT)
• Certaines souches de Salmonella.
B-Autres méthodes de diagnostic direct :
1- Biologie moléculaire :
• Polymerase Chain Reaction (PCR), Séquençage (Avec ou sans amplification),
• Prélèvement et culture
• Mise en évidence :
– Gène spécifique de la bactérie.
– Mutation dans le gène cible de l’antibiotique.
– gènes de facteurs de virulence
2- Spectrométrie de masse:
• Technologie MALDI_TOF(matrix assisted laser desorption/ionisation time-of-flight)
• Prélèvement et culture
• Analyse des protéines bactériennes : comparaison des pics protéiques obtenus avec les banques de données
• A partir de colonies OU prélèvements

C-Diagnostic indirect: Sérodiagnostic

• Recherche d'anticorps
• ELISA, immunofluorescence, agglutination.
• 2 prélèvements à 15 jours d’intervalles
 Séroconversion
 Augmentation du titre des anticorps
Entérobactéries Méthodes de diagnostic
Escherichia coli Culture diverses,
Coproculture:
ECET: PCR ( gènes LT,ST)
ECEP: serogroupage, PCR
ECEH (O157H7): culture milieux sorbitol,
serogroupage, PCR,
ECEA: Pas de dg à ce jour
ECEI: PCR
Shigella coproculture
Salmonella Salmonella typhi et paratyphi: coproculture et
hémocultures+ séréotypage, sérodiagnostic Widal
et Felix
S.mineurs : coproculture, Hémoculture ( ID)
Yersinia Yersinia Enterocolitica : Coproculture ,
hémoculture
Yersinia Pestis et pseudotuberculosis: Culture
divers,
Séro-agglutination
Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Culture diverses
Proteus,Morganella,Providencia
 VI – Traitement

Curatif
• Selon l’espèce et le site d’infection.
• Selon l’antibiogramme.
Prophylactique
• La lutte contre la mauvaise hygiène

Entérobactéries Traitement
Escherichia coli Symptomatique ; antibiotiques : cas graves
Shigella Symptomatique, antibiotiques : azithromycine, ceftriaxone,
ciprofloxacine
Salmonella S.typhi et paratyphi :
TTT Indispensable: ceftriaxone (réf), FQ
Prévention : vaccination , Dépistage des porteurs
S.mineurs :
TTT Déconseillé (augmente la durée de portage), SXT, FQ
dans les cas graves. Prévention : Hygiène alimentaire ( chaine
du froid ), Dépistage des porteurs professionnelles
Yersinia Yersinia Enterocolitica : ciprofloxacine, doxycycline chez les
patients prédisposés et en cas d’infection chronique
Yersinia Pestis : streptomycine , cycline.
Prévention : Dératisation, Amélioration des conditions d’
hygiène
Klebsiella, Enterobacter, Selon l’antibiogramme.
Serratia, Proteus,
Morganella, Providencia

VIII - Conclusion
Généralité