Segunda Sesión: La Material genético: archivo del proceso

Variación Genética y H.W. evolutivo...

Luis E. Eguiarte, Valeria Souza et al.
Instituto de Ecología, UNAM
TLEM09
a partir de este archivo, con la teoría
evolutiva, buenos datos y
muestreo, y buen análisis
estadístico, podremos reconstruir el
proceso evolutivo y entender las
fuerzas evolutivas que han
modelado la diversidad y
adaptaciones de los organismos...
1 TLEM09 2

VARIACIÓN GENÉTICA:
1) EL PRIMER PASO EN TODO ESTUDIO EVOLUTIVA
Genética Clásica:
2) SI NO HAY VARIACIÓN, NO PUEDEN ACTUAR LAS
FUERZAS EVOLUTIVAS

3) SEGUN EL TIPO DE VARIACIÓN, SE VA A

DETERMINAR LA EVOLUCIÓN ADAPTATIVA Y/O
ALEATORIA DE LAS POBLACIONES

4) A PARTIR DE COMO SE DISTRIBUYEN DENTRO Y

ENTRE LAS POBLACIONES, PODEMOS INFERIR
LAS FUERZAS EVOLUTIVA Y LA HISTORIA
PASADA (ESTA SERÍA “LA GRAN ILUSIÓN”, PERO
A CADA VEZ PARECE MAS SEGURO QUE SI SE
PUEDE LOGRAR!!!)
TLEM09 3 TLEM09 4

1

Gen: unidad de herencia que se
trasmite de padres a hijos
Locus/ loci: lugar en el cromosoma
donde se localiza el gen; lo usamos
como sinónimo de gen.
a veces llamamos genes a secciones
no-codificadoras (práctico, útiles...).
ALELOS: las diferentes formas de un
gen dado (A, a, a1, a2, a´, a*, etc.).
TLEM09
Genes en autosomas y en cromosomas
sexuales, X y Y.
Organismos haplo-diploides: himenópteros:
machos haploides, hembras diploides.
Mitocondria y cloroplasto: herencia materna,
origen bacteriano.
Cromosomas: piezas largas de ADN que
segregan de manera independiente de otros
cromosomas. dentro de un cromosoma
tenemos genes ligados entre si (se producen
gametos con igual ligamiento que en los
padres y otros con diferente ligamiento,
RECOMBINACION.
TLEM09
Diploide: organismos con 2 copias de cada gene.
Haploides: 1 sola copia (bacterias)
Poliploides: varias copias (más de 2);
tetraploides: 4, etc. Pueden ser autopoliploides
(las 4 copias de un ancestro), o alopoliplodes (2
de uno y 2 de otro).
Genoma: una de las copias de todos los genes...
(se usa a veces para mitocondria, cloroplasto,
etc.).
Genotipo: constitución genética de los
organismos: Homócigos, las dos copias del
gen iguales AA, aa.
5
Heterócigo
TLEM09
: las dos copias distintas. 6
Grupo de alelos ligados: haplotipo (se usa
mucho para mitocondria, cloroplasto).
wildtype: la forma silvestre, en genética
clásica, la forma más común, el fenotipo
“normal” (no mutante).
ADN: 4 nucelótidos, codifica en tripletes, 20
aminoácidos, 64 combinaciones.
Mutaciones silenciosas o sinónimas: si no
cambia el a.a.
Mutaciones de reemplazo o no-sinónimas: las
que cambian el a.a.
7 TLEM09 8
2
Genetic material at the molecular level:
More complicated than what F, H & W (and even Kimura!) Genetic material at the molecular level:
thought...

TLEM09 9 TLEM09 10

Genetic material at the molecular level: Mobile elements

(transposable elements)
Nuclear Genome of de Arabidopsis thaliana
10% of the total nuclear genome
(Arabidopsis genome initiative, Nature (2000) 408: 796-
(specially intergenic DNA 20% )
815.)
5 chromosomes (2n=10), 125 megabases (Mb)
Inbreeder, t=0 (self-pollinates) 2,109 class I (replicate using a
25,498 genes (proteins) in 11,000 families RNA intermediary ): in
centromers
C. elegans 19,099, Drosophila 13,601 genes
H. sapiens 26,000 to 38,000 genes 2,203 class II ( move directly
4,405 genes in E. coli using DNA): pericentric

Why so many in a plant?: Perhaps correlated to the

complex biochemistry of the plants, related do
secondary compounds, defense to pathogens and
herbivores,
TLEM09 etc. 11 TLEM09 12

3
17% of Arabidopsis genome is in “tandem
arrays”, the repeated genes one after
another...
Most genes duplicated (not necessarily in
tandem), but seldom triplicated, etc.
This, coupled with molecular clock analyses
suggests a polyploid (tetraployd ancestor, ca.
112 Million YA).

Centromers: In chromosome 2, duplicated

75% of the mitochondrial genome. Duplications in the 5 chromosomes of A. thaliana
TLEM09 13 TLEM09 14

Average length of each gene: 1.9 kb (humans Three genomes in A. thaliana

27kb per gene!!!): Different levels of resolution for different
Exons: 5.18 exons in average per gene,
evolutionary problems.
Average size of each exon: 250 bp.
Average size of each intron: 170 bp.
Nuclear Chloroplast Mitochondria
ca. 600 bp of introns per gene
4 introns per gene in average. Length 125 Mb 154kb 367kb
Genomes per cell 2 560 25
5 exones, de 250 bp cu Duplications 60% 17% 10%
N.protein genes 25,498 79 58
kb/protein gene
(1/density) 4.5 1.2 6.25
Length codifying gene 1.9kb 0.9kb 0.86kb
Genes with introns 79% 18.4% 12%
Genes/Pseudogenes 1/0.03 1/0 1/0.2-0.5
Transposons, % total 10% 0% 4%
TLEM09
total length 1.9 kb 15 TLEM09 16
4 introns, 170 bp each

4

Genomes and genetics are more
complicated than what the orignal
population geneticist (even
Kimura!) thought...
La variación en poblaciones
naturales: 1966 Harris y Hubby y Lewontin
isoenzimas/alozimas... para entender H necesitamos
revisar la Genética de Poblaciones Clásica

But we can adjust our models and

analyses to study this incredible
rich databases!!!

TLEM09 17 TLEM09 18

POBLACION IDEAL Las

. frecuencias alélicas p y q varían dentro
y entre poblaciones
modelo, poblaciones reales complicadas... p frecuencia alelo A q frecuencia del alelo a
(caricatura de la realidad)
ESPECIE
Pobl. ideal: no operan las fuerzas evolutivas)
Individuos que se pueden cruzar entre si en un poblaciones AA
Aa

lugar y a un tiempo Aa
aa
aa
Aa
AA
Aa
a aa aa
AA Aa
Apareamientos al azar aa
Aa
A
A
A
a
AA
AA
Aa aa
aa
Aa
AA
AA Aa Aa Aa
Población grande. AA
AA AA
A
Aa
AA
AA
Aa
AA
AA

aa
Generación Discretas (no se sobreponen) Aa
Aa
AA Aa

Aa aa
Aa
AA
aa
aa
AA
aa
aa
AA Aa aa aa
AaAa aa
Aa aa

Todo
TLEM09esto forma la poza génica (GENETIC POOL)
19 TLEM09 20

5
 Iniciales gametos Sig. Generación

Números Frecuencias F. alélicas P=AA pxp= AA

genotípicos genotípicas A=p
H=Aa pxq y qxp=Aa
NAA P=NAA/Nt A= p p= P+1/2H a=q
Q=aa qxq= aa
NAa H=NAa/Nt
a= q q= Q+1/2H
Naa Q=Naa/Nt si los gametos se liberan al medio y los
______________________________ apareamientos son al azar...
Sumas erizos de mar, peces...
Nt 1 1 p+q=1
TLEM09 21 TLEM09 22

Equilibrio de Hardy-Weinberg 1 = p2 + 2pq + q2

Equilibrio de Hardy-Weinberg 1 = p2 + 2pq + q2

Supuestos de H-W: Fuerzas que violan el

supuesto!!!
1.- Apareamientos al azar 1.-Endogamia

2.- Poblaciones muy grandes 2.- Deriva Génica

3.- No lleguen genes nuevos 3.- Migración, Mutación

4.- Individuos con igual 4.- Selección Natural

oportunidad de dejar hijos
TLEM09 23 TLEM09 24

6
H:W. escribe el contenido genético
de una población diploide
en términos de frec. alelicas p/q y no
de las genotípicas P, H, Q
Relación entre frecuencias alélicas p
y q y genotípicas (AA, Aa, aa)....
que se alcanza en un generación! (y
ahí se mantienen...).

Hedrick, P. W. 2005. Genetics of

Populations. Third Ed. Jones and
Bartlett Publs. Sudbury, Mass. USA
TLEM09 25 TLEM09 26

Iniciales Sig. Generación

AA pxp= AA A1A1=p2
A=p A1A2=2pq
Aa pxq yqxp=Aa A2A2= q2
a=q
aa qxq= aa

TLEM09 27 TLEM09 28

7
FRECUENCIAS GENOTIPICAS: P= A1A1
H= A1A2 y Q= A2A2

también se puede derivar de

estimación de las
frecuencias los apareamientos
TLEM09 alélicas p y q! 29 TLEM09 30

TLEM09 31 TLEM09 32

8
 Estimadores:
Frecuencias Genotípicas Frecuencias alélicas

se llega rápido a H.W. aún si las

generaciones son
sobrepuestas... Moran 1962
TLEM09 33 TLEM09 34

p = P +1/2H= 0.5424
q= Q + 1/2 H= 0.4575
TLEM09 35 TLEM09 36

9
 s= (3 + 1/2 (8 +19))/114=0.1447
s2 = 0.0204, x 114= 2.38694

HE máxima= 0.5 si 2 alelos

tiende a 1 si infinto alelos igual f.
alélica...
TLEM09 37 TLEM09 38

Estimadores multialélicos

TLEM09 39 TLEM09 40

10
 si son marcadores dominantes,
no se puede calcular HW, pero
se peuden aproximar la f.a. y la H
TLEM09 41 TLEM09 42

TLEM09 43 TLEM09 44

11
 Indice de Fijación F, desviación de HW

TLEM09 45 TLEM09 46

se
requiere
de
muestras
grandes

TLEM09 47 TLEM09 48

12
H esperada en
HW
0 a 1...
TLEM09 49 TLEM09 50

TLEM09 51 TLEM09 52

13
 Los datos electroforéticos
de las alozimas se
ajustan a la teoría de
la G. de P. de F.H. W.

rarefacción y
efectos del tamaño
TLEM09 de muestra 53 TLEM09 54

Levels of Genetic Variation in Natural Populations

Lewontin y Hubby (1966): average H= 0.12 y P 30% in 18
loci in D. pseudoobscura... similar high levels in most
organisms!!!
Medidas de variación genética.
Datos mendelianos
P: proporción de loci polimórficos, 0 a 100%
H: heterocigosis esperada en HW, 2pq

TLEM09 55 TLEM09 56

14
 Especie Población N HE P
A. cupreata C3 La Esperanza 30 0.2924 (+0.153) 83.3
C10 Mesones 30 0.2484 (+0.187) 72.2
C13 La Laguna 29 0.2120 (+0.162) 72.2
C14 Etúcuaro 33 0.2585 (+0.185) 75.0
C16 Tzitzio 31 0.2758 (+0.174) 72.2
H s =0.2574 ( +0.030)
Especie 153 Ht=0.2944 (+0.133) 88.8

A. potatorum P2 Camarón 39 0.2301 (+0.185) 61.1

P7 Miahuatlán 31 0.2306 (+0.165) 72.2
P9 Sta. Catarina 29 0.2669 (+0.157) 86.1
P11 Zapotitlán 43 0.2689 ( +0.167) 75
P13 Azumbilla 37 0.2125 ( +0.182) 63.8
H s =0.2459 ( +0.025)
Especie 179 Ht=0.2689 (+0.149) 83.3

ISSR, datos dominantes!

TLEM09 57 TLEM09 58

0.5
A. cupreata A. potatorum

0.45 Distribución regional

0.4 Perennes de vida corta

Monocotiledóneas

0.35
0.3
A. striata spp. striata

Fst 0.25
Perennes longevas
A. victoriae-reginae

0.2 A. striata
Yucca filamentosa

0.15 A. deserti
A. celsii albicans
A. cupreata

0.1 A. subsimplex
A. difformis
A. cerulata A. striata ssp. falcata
A. potatorum A. lechuguilla

0.05
A. hidalguensis Manfreda brachstachya
A. xylonacantha

Genetic differentiation: 0
Higher in A. cupreata 0.1 0.15 0.2 0.25 0.3 0.35 0.4 0.45 0.5
Fst = 0.145, Nm =1.5, Heterocigosis
than in A. potatorum
Fst = 0.084, Nm = 3 Except the cultivated species, Agaves are rich in genetic variation, have low genetic
differentiation: Long lived perennial (somatic mutations accumulate), mating systems
(outcrossers), long distance pollination by bats... Speciation mediated by allopatry
TLEM09 59 TLEM09 60
and ecological adaptation (physiology, reproductive ecology)

15
 VARIACIÓN GENÉTICA EN AGAVE
130 RAPDs
loci 40 plants
He, heterocigosis esperada en HW P, porciento de loci polimórficos
10 per site

* ** *
*
*
**
* *

No genetic variation in Tequila plants!,

TLEM09 pero...61 just one genotype of A. angustifolia H=0, P=0
TLEM09 62

Helix aspersa introducida en 1930

En poca área, fuertes cambios en las
frecuencias alélicas.. calles barreras
Ciclos de 3 años, cada generación 6 a 8 semanas,
importantes... 20 generaciones, Lap cambios adaptativos? Otras enzimas
TLEM09 63 TLEM09 64
con menos cambios

16
 Los humanos tenemos baja
Los variación genética (h = 0.067)
humanos
tenemos
baja
variación
genética

TLEM09 65 TLEM09 66

Variación
Variación Genética a Nivel Genética a
Nivel Molecular
Molecular (Secuencias ADN)
RFLPs
restriction fragment
lenght polymorphism
FILOGEOGRAFIA
Geomys pinetis

TLEM09 67 TLEM09 68

17
TLEM09 69 TLEM09 70

TLEM09 71 TLEM09 72

18
 Two basic measure of genetic variation at
the sequence level (DNA)

Nucleotide diversity (Nei and Li, 1979)

π=(n/n-1) (Σ pi pj π ij)
n=number of sequences examined
pi=proportion of the i th sequence in the sample
pj=proportion of the j th sequence in the sample
π ij= proportion of different nucleotides between
the ith and jth sequences.

TLEM09 73 TLEM09 74

Another measure is Watterson (1975): θ=s/a

If there are no selection (neutral
s=total segregating sites
model)according to the IAM (infinte alleles
a=1 +1/2+1/3+1/4....+1 /(n−1)
model) Kimura (1969)
n= number of sequences
π= θ
and both should be equal = 4Νµ
thus, Tajima (1983) suggested a simple
test to compare them

D´= π−θ/variance (π−θ)1/2

TLEM09 75 TLEM09 76

19
 Indirect estimates of Natural Tajima D´s (1983)
Selection using DNA sequences
Compares the diversity as estimated with the allelic frequencies
Stabilizing or balancing
t according to the “nucleotidic diversity (π),
Eliminates both tails in a distribution. with the diversity estimated with the segregating sites, (θ).

D= (π−θ
(π−θ)/square root (variance(π−θ
)/square (variance(π−θ))
))
Directional (purifying if
eliminates the product of If π & θ are equal, we are in the neutral conditions, No natural
mutation) Eliminates one of the
selection!
tails.

If positive, suggest diversifying/balancing selection, π

larger than θ, in words, some alleles are more common than
Disruptive of expected, due to their advantages in W, due to selections
diversifying or
Eliminates the modal
classes, tail with higher
Negative: Indicates directional or purifying selection, π
W less than θ: alleles in lower frequencies than expected at random,
TLEM09 77 dueTLEM09
to selection eliminating them 78

E. coli... Example E. coli analysis Amanda Castillo PNAS 2005

gene sec size(pb
size(pb)) π θ Tajima D positive π larger than θ, suggests diversifying selection
D positive,
PutP 47 698 0.023 0.022 -0.176 neutro D Tajima y diversidad pi
Mdh 87 827 0.011 0.012 -0.387 pur-dir Pi Non Syn Tajima D
GapA 57 664 0.003 0.008 -1.825 pur-dir 2.5

FimA 28 546 0.074 0.056 0.434 bala-div 2

MutS 30 851 0.020 0.041 -1.882 pur-dir 1.5

0.5
EspB 18 664 0.148 0.115 1.209 bala-div
0
Tir 14 1745 0.444 0.310 1.939 bala-div

U
1

8
sD

cD

*
1

cS

10

12

16

18

19

cF
cN

pA

pB
cU
-0.5
RF

RF

RF
RF

RF

RF

RF

pF
es
es

RF

RF

RF

RF

RF
es

ce

es

es

es

es
rO

rO

rO
O

O
Eae 19 2369 0.564 0.286 3.903 bala-div

es
O

O
-1

-1.5
LEE genes
The genes in the pathogenic Island LEE are more
variable and suggest diversifing selection...
D negative,
negative π is smaller than θ,
The genes outside are neutral or show purifying
indicates directional or purifying selection
selection,
TLEM09 with the exception of FimaA. 79 TLEM09 80

20
 Alcohol dehydrogenase, Adh
Examples of Plants: Cummings y Clegg (1998, PNAS 95: 5637-5642)

Alcohol dehydrogenase, Adh

Cummings and Clegg (1998, PNAS 95: 5637-5642)
In the neutral (infinite alleles model) evolution
θ= 4 N e µ
µ = mutation rate
θ can be estimated from intraespecific sets of DNA sequences
if µ = 6.5 x 10-9, as in the Adh locus in grasses Ne can be aprox.

Derived for 3 estimates of genetic variation:

S (θ) = the number of segregating sites
π= the average number of pairwise differences
n= the number of singletons (mutations detected in only one allele)
TLEM09 81 TLEM09 82

Estimate do the effective population size Ne

Alcohol dehydrogenase, Adh; θ= 4 Ne µ
Humanos:
µ = 6.5 x 10-9, as in the Adh locus in grasses Mucha
menos
Ne from θ
Species Sn (θ) π Ns variación
Hordeum vulgare 190,000 180,000 420,000 que E. coli
Zea spp. 1,830,000 1,890,000 1,690,000 π
Pennisetum glaucum 296,000 260,000 407,000
Arabidopsis thaliana 790,000 990,000 628,000 promedio
Arabis gemminifera 170,000 110,000 390,000 0.000751
The only out-crosser Zea, an order of magnitude larger.
(E. coli de
In a given species, estimates may differ among methods, but are
0.08
in the same order of magnitude. a 0.21!!!)
Between 260,000 & 1,890,000individulas: but all these estimate
TLEM09 83 TLEM09 84
can be affected both by Natural Selection and by demography

21
 sel. balancedora Tajima´s D (1983) has some problems:
Low sensitivity, needs very large sample to
detect significant differences...
Could be due to demographic process
(population increasing or decreasing in size)
and is affected by other evolutionary forces.
sel. Does not distinguishes between purifying
purificadora (Kimura) and directional (Darwinian) selections

A lo largo de un cromosoma, sitios con mucha variación: selección

balanceadora o mucha mutación
TLEM09 85 TLEM09 86
o muy poca: selección purificadora o poca mutación

DNA
fósil: Moas,
H obs. Dinornis
machos hembras

TLEM09 Sitios con mucha variación: ventajas selectivas, selección

87 TLEM09 88
balanceadora o diversificadora!!! Una especie en cada Isla (mADN), dimorfismo sexual

22
 Variación Morfológica
Bases genéticas sencillas...

bosque
ciudad
Limicolaria, fósiles con 8 a 10 mil años, Oeste de Uganda
Se ha mantenido el polimorfismo mucho tiempo,
TLEM09 89 TLEM09 90
selección natural!

Variación Críptica

Cambios en frecuencia alélica en metros!

TLEM09 91 TLEM09 92
3 metros entre cada una! Cambio entre años y sitios... dif. en w genes recesivos

23
 Así podemos ver los genes recesivos
de las propiedades de la dist.
deletéreos que de Poisson, de la categoría sin letales
se mantiene en las poblaciones naturales se despeja la media de letales...
TLEM09 93 TLEM09 94

Pruebas más finas, para comparar

cada cromosoma
como heterócigo en dos “backgrounds”

Si el 2o. cromosoma es el 40% del genoma, el número esperado de

letales por genoma va de 0.30 en Corea a 2.37 en Florida.
TLEM09 95 TLEM09 96

24
 letales, 37% letales, 55%
University of
Illinois,
100
generaciones
si se responde
a la
selección,
hay variación
genética

Variación genética considerable Variación Cuantitativa

que modifican la viabilidad
TLEM09 97 TLEM09
n-genes, expresión
98
afectada por el ambiente

Teorema fundamental
de la
Selección Natural de
Fisher:
(la tasa de evolución
proporcional a la varianza
genética aditiva en la
adecuación del caracter)
Si ha operado la
selección, se pierde la
variación...
(caracteres más
“importantes”, menos
heredabilidad

QTLs
h2 heredabilidad sentido restringido, 0 a 1, Dopa decarboxilasa
1 todo es variación genética aditiva, se hereda lo que se selecciona,
0: no hay variación genética, se regresa a la media poblacional
en
TLEM09 99 el Cromosoma
TLEM09 2 100

25

Ajolote vs salamandra (A. mexicanum no
cambia, A.tigrinum llega a forma terrestre)
Gene recesivo hace que no cambien...
AFLP 32.17, proporción más alta,
candidato: buscar genes de
adaptaciones!
TLEM09 101
Para Concluir:
Las poblaciones naturales son muy ricas
en variación genética, que se puede
detectar con distinto métodos, y que tiene
diferentes efectos fenotípicos (de neutras a
letales o muy ventajosos), pero los niveles
varía entre organismos, regiones del
genoma, etc. SEÑALES DE SU HISTORIA/
FUERZAS EVOLUTIVAS
TLEM09 103
Discutir que tenemos diferentes
genomas y genes, unos cambian más
rápido que otros (diferente resolución
filogenética), unos selectivos, otros
neutros.
y diferentes métodos moleculares
y otros tipos de marcadores
morfológicos y cuantitativos...
TLEM09 102
El material genético constituye un extenso
archivo de la historia evolutiva y toda la
evolución molecular y la filogenia son
consecuencia de las fuerzas evolutiva.
La genética de poblaciones representa un
conjunto de herramientas y teoría muy
poderosas que nos permiten analizar e
interpretar la historia y evolución de los
organismos a partir de esta VARIACIÓN
GENÉTICA!.
TLEM09 104
26
 Darwin propuso la Selección Sewall Wright propone un
Natural como el principal juego entre las fuerzas evolutivas:
proceso evolutivo la teoría del “shifting balance”
balance”

Pero nunca supo las bases de SN

la herencia ni concibió la otras W
fuerzas... DG

z
Fisher creía que
solo la selección x
era importante... La selección te lleva a un
pico adaptativa, la deriva
TLEM09 105
te permite explorar la
TLEM09 106
topografía

Los neodarwinistas
Al usar técnicas de electroforesis
pensaban que solo
para alo/isoenzimas, R. Lewontin
era relevante la
(1966) detectó mucha variación....,
Selección Natural
que se ajustaban al modelo
especialmente
balanceado de T. Dobhzansky
la balanceadora
(ventaja de heterócigo) Pero M. Kimura (1968, 1983)
y esperaban mucha
variación en las propone la Teoría Neutra de
poblaciones naturales la Evolución Molecular:
(modelo balanceado de
la estructura genética de La variación genética es el
las poblaciones)
balance entre la mutación y
la deriva génica...
génica...
T. Dobhzansky
R. Lewontin
la selección juega un papel
secundario, como
TLEM09 107 TLEM09 108
purificadora...

27
 La gran cantidad de datos
moleculares más las nuevas
herramientas de análisis de la
genética de poblaciones indican
que vamos entrar en una edad de
oro de la Biología Evolutiva

FIN SEGUNDA SESIÓN

TLEM09 109 TLEM09 110

28