‫فصل ‪3‬‬

‫روش شناسی پژوهش‬

‫‪ - 3‬مقدمه‬
‫در کار تحقیقاتی حاضر‪ ،‬یک رویکرد شبیه‌سازی ترکیبی مونت کارلو و دینامی ک مولک ولی ب رای ارزی ابی‬
‫عملکرد جذب ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و در ‪ HKUST-1‬و (‪ MIL-68 (In‬توسط نرم‌افزار متریال استودیو ‪3D1‬‬
‫اتخاذ شده است‪ .‬شبیه‌سازی ترکیبی مونت کارلو ودینامیک مولکولی‪2‬روشی برای پیش‌بی نی ن ه تنه ا ظ رفیت‬
‫جذب گاز در مواد با شبیه‌سازی مونت کارلو بزرگ متعارف‪ ،‬بلک ه همچ نین بررس ی دینامی ک ج ذب فرآین د‬
‫‪1‬‬
‫‪Studio Materials3D‬‬
‫‪2‬‬
‫‪GCMC , MD‬‬
 ‫جذب با شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است‪ .‬این روش ابتدا ب ا شبیه‌س ازی ترکی بی م ونت ک ارلو و دینامی ک‬
‫مولکولی برای محاس به ع ددی مق دار گ از جذب‌ش ده انج ام می‌ش ود و شبیه‌س ازی دینامی ک مولک ولی ب رای‬
‫مطالعه جذب‪ ،‬مکانیس م گازه ای جذب‌ش ده مانن د خ واص انتش ار گازه ا در چ ارچوب ه ای آلی فل زی اج را‬
‫می‌شود‪ .‬در مطالعه حاض ر‪ ،‬ی ک شبیه‌س ازی ترکی بی ‪ GCMC‬و دینامی ک مولک ولی امک ان ی ک رویک رد‬
‫دقیق‌تر و عملی‌تر را برای دستیابی به اهداف تحقیق فراهم می‌کند‪ .‬یک ابزار مدل سازی و شبیه سازی جامع‬
‫برای مهندسی مواد و علوم است‪ .‬این به محققان اجازه می دهد ت ا خ واص م واد را در س طح میکروس کوپی‬
‫بهتر درک کنند‪ .‬شبیه‌سازی ترکیبی مونت کارلو و دینامیک مولکولی برای پیش‌بینی ظرفیت ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و‬
‫تحت ج ذب نوس ان فش ار‪ ،‬و شبیه‌س ازی دینامی ک مولک ولی ب رای مش اهده خ واص س اختاری و دین امیکی‬
‫مولکول‌های ‪ CO2‬و ‪ CH4‬در چارچوب های آلی فلزی استفاده می‌شود‪.‬‬
‫روش های شبیه سازی‬ ‫‪-3-1‬‬

‫اطالعات زیربنایی مورد نیاز در شبیه‌سازی ساختار فلزی‪-‬آلی ها (و مولکول‌های مهمان در داخل منافذ آنها)‬
‫برهمکنش‌های مولکولی درگیر در سیستم م ورد نظ ر اس ت ک ه ب ه ط ور ذاتی ق ابلیت اطمین ان و دقت نت ایج‬
‫شبیه‌سازی را تعیین می‌کند‪ .‬رویکردهای نظری برای تعیین کمیت برهمکنش‌های مولکولی ب ه ط ور کلی ب ه‬
‫دو دسته تقسیم می‌شوند‪ :‬یکی مبتنی بر فیزیک نیوتنی کالسیک و دیگ ری مبت نی ب ر مکانی ک کوانت ومی‪ 3‬می‬
‫باشد‪.‬‬
‫رویکرد کالس یک ب اعث ایج اد مکانی ک مولک ولی می ش ود ک ه پای ه و اس اس ش بیه س ازی ه ای مولک ولی‬
‫(کالسیک) را فراهم می کند که به روش های میدان نیرو نیز معروف است‪ .‬فرض اساسی در اینجا این است‬
‫که اتم ها به اندازه کافی بزرگ هستند که بتوان آنها را به عن وان اجس ام کالس یک در نظ ر گ رفت‪ .‬یع نی ب ه‬
‫صورت کره هایی که با پیوندهایی که به عنوان فنر در نظر گرفته می شوند به هم متصل می شوند‪ .‬الکترون‬
‫ها را نمی توان به صورت کالسیک مدل کرد و بنابراین نادیده گرفته می شوند‪ .‬یک شکل کلی ب رای ان رژی‬
‫کل یک مولکول در یک میدان نیروی افزایشی شامل شرایط پیون دی (درون مولک ولی) و غ یر پیون دی (بین‬
‫مولکولی) است‪ ،‬که در آن عبارت پیوندی شامل کشش پیوند‪ ،‬خمش پیوند‪ ،‬و ب رهمکنش ه ای پیچش ی اس ت‪.‬‬
‫اصطالح غیر پیوندی دارای فعل و انفعاالت واندروالسی و الکترواستاتیکی است‪.‬‬
‫رویکرد مکانیک کوانتومی به صراحت الکترون‌ها را در نظ ر می‌گ یرد‪ ،‬اگرچ ه رفت ار الکترون‌ه ا در ی ک‬
‫مولکول می‌تواند بر اساس نظریه اوربیتال مولکولی از ابتدا یا نظری ه ت ابعی چگ الی ‪4‬باش د‪ .‬ه ر دو س طح‬
‫نظریه‪ ،‬پیکربندی الکترونیکی حالت پایه مولکول را با یافتن راه حل هایی برای معادله شرودینگر به دس ت‬
‫می دهند‪ .‬تفاوت اصلی بین این دو شاخه در این است که تابعی چگالی ی ک ت ابع م وج معم ولی را محاس به نمی‬
‫کند (که روش ابتکاری انجام می دهد)‬

‫‪3‬‬
‫‪QM‬‬
‫‪4‬‬
‫‪DFT‬‬
‫انرژی کل را به عنوان تابعی از توزیع الکترون بیان می کند که به نوبه خود یک تابع وابسته فض ایی ب رای‬
‫چگالی الکترون است‪ .‬از آنجایی که الکترون‌ها ب ه ط ور ص ریح مدل‌س ازی می‌ش وند‪ ،‬روش‌ه ای مکانی ک‬
‫کوانتومی از هر نوع امکان محاسبه (حداقل در تئوری) هر خاصیت مولک ولی م ورد عالق ه را می‌دهن د‪ .‬ب ا‬
‫این حال‪ ،‬این هزینه دارد‪ :‬محاسبات مکانیک کوانتومی از نظر محاسباتی بسیار بیشتر از همتایان مبت نی ب ر‬
‫میدان نیرو هستند‪.‬‬
‫هدف این فصل ارائه یک مرور مختصر (واقعًا) از ابزارهای محاس باتی اس ت ک ه در این ک ار اس تفاده ش ده‬
‫است‪.‬‬
‫شبیه سازی مولکولی‬ ‫‪-3-1-1‬‬
‫‪ -3-1-1-1‬مکانیک آماری‬
‫شبیه‌سازی‌های مولکولی امکان مطالعه ویژگی‌های سیستم‌های چند جسمی را ب ا کم ک مکانی ک آم اری (ی ا‬
‫ترمودینامی ک آم اری) ف راهم می‌کن د ک ه س اختاری ف یزیکی ب رای ارتب اط خ واص میکروس کوپی و‬
‫برهم‌کنش‌های موجودات منفرد (یعنی اتم‌ها‪ ،‬مولکول‌ها و غیره در موجودیت‌ها) ف راهم می‌کن د‪ .‬سیس تم) ب ه‬
‫خواص ماکروسکوپی سیستم ها‪ .‬برای مثال‪ ،‬یک شبیه‌س ازی دینامی ک مولک ولی موقعیت‌ه ا و س رعت‌های‬
‫آنی را به دست می‌دهد‪.‬‬
‫ذرات تشکیل دهنده این کاربرد مکانیک آماری است که امکان استخراج قاب ل مش اهده‌های ماکروس کوپی را‬
‫فراهم می‌کند‪ ،‬که معموًال به آن عالقه‌مندیم‪ ،‬از توزیع‌های میکروسکوپی و حرکات ذرات در سیستم‪.‬‬

‫در زبان مکانیک آماری‪ ،‬کمیت‌های ترمودینامیکی ماکروس کوپی (مانن د دم ا‪ ،‬فش ار و ان رژی داخلی) ی ک‬
‫سیستم متشکل از ذرات بسیار بر اساس توزیع‌های احتمالی تفسیر می‌شوند‪ .‬توزیع بولتزمن یکی از مهمترین‬
‫قوانین توزیع (یا معیارهای احتمال) است که به توزیع حاالت یک سیستم مربوط می شود‪ .‬ب ه عن وان مث ال‪،‬‬
‫در سیستمی که می تواند انرژی‪ ،‬اما نه ذرات یا حجم را با محیط خود مبادله کند (یعنی مجموع ه متع ارف (‬
‫‪ ،))NVT‬توزیع بولتزمن این احتمال را می دهد ک ه سیس تم در ح الت خاص ی پی دا ش ود ک ه دارای ان رژی‬
‫‪U‬است‪.‬‬

‫=) ‪P ( i‬‬
‫‪exp‬‬
‫(‬ ‫‪−U i‬‬
‫‪K B .T‬‬ ‫)‬ ‫=‬
‫‪exp‬‬
‫(‬ ‫‪−U i‬‬
‫‪KB . T‬‬ ‫)‬ ‫معادله (‪)1-3‬‬
‫(‬ ‫)‬
‫‪−U‬‬ ‫‪Q‬‬
‫‪∑ exp K . Ti‬‬
‫‪j‬‬ ‫‪B‬‬

‫جایی که ‪ KB‬ثابت بولتزمن است‪ T ،‬دما است‪ ،‬و مجم وع در مخ رج در تم ام ح الت ه ا انج ام می ش ود‪ .‬در‬
‫آخرین بخش معادله(‪)1-3‬تابع پارتیشن (متعارف) ‪ Q‬تعریف شده است و آگاهی از آن به فرد اجازه می ده د‬
‫تا متغیرهای ترمودینامیکی مانن د ان رژی داخلی‪ ،‬ان رژی آزاد و آن تروپی را اس تخراج کن د توزی ع بول تزمن‬

‫(‬ ‫‪−U i‬‬

‫)‬
‫همچنین می گوید ‪exp K .T‬که حالت های انرژی باال ‪ni‬ب ه ط ور قاب ل ت وجهی کم تر از ح الت ه ای کم‬
‫‪B‬‬

‫انرژی ‪ ni‬هستند‪ .‬که ازراه های ممکن مختلف سیستم می تواند به حالت ‪ i‬برسد‪.‬‬
‫ریز حالت یک پیکربندی میکروسکوپی خاص (یا یک عکس فوری در طول شبیه سازی) از سیستم است که‬
‫حاوی اطالعات کاملی در مورد موقعیت و لحظه لحظ ه تم ام ذرات در سیس تم اس ت‪ .‬در مقاب ل‪ ،‬ی ک ح الت‬
‫ماکروسکوپی‪ ،‬که به ویژگی‌های ماکروسکوپی یک سیستم اشاره دارد‪ ،‬با مجموعه خاصی از مح دودیت‌های‬
‫ترمودینامیکی مش خص می‌ش ود ک ه ب ه نوب ه خ ود ی ک مجموع ه آم اری خ اص را تعری ف می‌کن د‪ .‬مفه وم‬
‫مجموعه های آماری ب رای ت دوین مکانی ک آم اری اهمیت اساس ی دارد‪ .‬در تع ادل ترمودین امیکی‪ ،‬مش اهده‬
‫پذیرهای ماکروسکوپی را می توان با میانگین های آماری مجموعه اندازه گیری کرد‪ ،‬زیرا شامل تمام ح الت‬
‫های ممکن سیستم و احتماالت مربوط به تحقق آنها است‪ .‬به منظور افزایش م یزان تم اس ب ا محی ط خ ارجی‬
‫سیستم‪ ،‬مجموعه های مهمی عبارتند از‪:‬‬
‫‪ -3-1-1-2‬قضیه ارگودیک‬
‫قضیه ارگودیک در اصل توسط بول تزمن ارائ ه ش د‪ ،‬ت وجیهی ب رای توص یف سیس تم‌های ماکروس کوپی ب ر‬
‫حسب مجموعه‌های آماری ارائه می‌کند اساسًا بیان می‌کند که در درازمدت مسیر ی ک سیس تم در فض ای ف از‬
‫روی سطحی با انرژی ثابت به طور مساوی از هر ناحیه از آن سطح عبور می‌کند‪ .‬این اساس ًا ب ه این نتیج ه‬
‫می رسد که اگر سیس تم ارگودی ک باش د‪ ،‬می انگین زم انی (رویک رد دینامی ک مولک ولی) براب ر ب ا می انگین‬
‫مجموعه (رویکرد مونت کارلو) اس ت‪ .‬عالوه ب ر این‪ ،‬ب رای مس یرهای ب ه ان دازه ک افی ط والنی (دینامی ک‬
‫مولکولی)‪ ،‬خواص میانگین زمانی مستقل از شرایط اولی ه می ش وند‪ .‬فرض ی ک ه این گ زاره ص ادق اس ت ‪-‬‬
‫یعنی می انگین ه ای زم انی را می ت وان ب ا می انگین ه ای مجموع ه ای ج ایگزین ک رد و ب العکس ‪ -‬فرض یه‬
‫ارگودیک نامیده می شود‪ .‬البته وجود دارد‪.‬بنابراین سیستم های چن د بدن ه ارگودی ک هس تند و ب ه س ادگی در‬
‫شبیه سازی های مولکولی فرض می شود حتی اگر یک سیستم به طور رسمی ارگودیک باش د‪ ،‬رفت ار آن در‬
‫طول شبیه سازی کامپیوتری ممکن است شبیه به سیستم های غیر انرژی باشد‪ .‬این بدان معنی است که سیستم‬
‫به درستی فضای فاز را کاوش نمی کند‪ .‬بنابراین‪ ،‬میانگین‌های آماری محاسبه‌شده احتماًال وابستگی شدیدی به‬
‫شرایط اولیه نشان می‌دهند‪ .‬به این پدیده شبه غیر انرژی گرایی می گویند‪ .‬ظاهر ش به غ یر ان رژی می توان د‬
‫ناشی از (به عنوان مثال) موانع انرژی باال باشد که حجم های مختلف را در فضای ف از ج دا می کن د‪ ،‬ک ه از‬
‫انتقال بین این حجم ها در طول شبیه سازی جلوگیری می کند یا منجر به این می شود که انتقال ه ا ب ه ن درت‬
‫اتف اق بیفت د ک ه ب رآورد دقی ق می انگین ه ای آم اری را نمی ت وان انج ام داد پس ب ه دس ت آم ده‪ .‬اطمین ان از‬
‫ارگودیکی بودن شبیه‌سازی (یک سیستم ارگودیکی) از اهمیت باالیی برخوردار است‪.‬‬
 ‫شبیه سازی مونت کارلو‬ ‫‪-3-2‬‬
‫در یک شبیه‌سازی مونت کارلو از ن وع م تروپلیس ی ک زنج یره م ارکوف از پیکربن دی‌ها‪/‬حالت‌ه ا س اخته‬
‫می‌شود و احتمال یافتن ه ر پیکربن دی خ اص در این زنج یره توس ط توزی ع بول تزمن داده می‌ش ود‪ .‬زنج یره‬
‫مارکوف دنب اله‌ای از آزمایش‌ه ا اس ت ک ه تالش می‌کنن د پیکربن دی جدی دی را از طری ق ان واع حرکت‌ه ای‬
‫تصادفی مانند ترجمه‪ ،‬چرخش‪ ،‬درج و حذف ایجاد کنند‪ .‬حرکات طبق یک قاعده پذیرش مناسب پذیرفته یا رد‬
‫می شوند‪ ،‬که می تواند از قوانین تعادل تفصیلی استخراج شود‪.‬‬
‫معادله )‪acc o n min 1 , exp U nU o(2−3‬‬

‫جایی که‪ 1 kBT‬معادله (‪ )2-3‬بیان می کند که احتمال پذیرش یا رد یک حرکت آزمایش ی ب ه تف اوت‬
‫انرژی بین حالت های جدید (‪ )n‬و قدیمی (‪ )o‬سیستم بستگی دارد‪ .‬اگر پیکربندی جدید منجر به انرژی کمتر‬
‫شود‪ ،‬یک ح رکت همیش ه ب دون قی د و ش رط پذیرفت ه می ش ود (پ ذیرش = ‪ .)٪100‬در غ یر این ص ورت‪،‬‬
‫احتمال پذیرش این حرکت کمتر از ‪ 1‬است‪ .‬هر چه انرژی حالت جدید بیشتر باشد‪ ،‬احتم ال پذیرفت ه ش دن آن‬
‫کمتر می شود‪.‬‬
‫یکی از جنبه های جذاب رویکرد مونت کارلو این است که یک روش تصادفی است که در آن تنه ا ان رژی‬
‫ها (به جای نیروها) در طول نمونه برداری پیکربندی ارزیابی می شوند‪ .‬سیستم در یک شبیه س ازی م ونت‬
‫کارلو مجبور نیست (و معموًال هم چنین نمی کند) مسیر طبیعی را دنبال کند‪ .‬پیکربندی جدیدی را می ت وان‬
‫با حرکات غیرفیزیکی (به عنوان مثال‪" ،‬پرش" از یک موقعیت به موقعیت دیگر) به گونه ای ایجاد کرد که‬
‫موانع انرژی به هر معنا نادیده گرفته شوند‪ ،‬بنابراین به طور قابل توجهی بازده ش بیه س ازی در رس یدن ب ه‬
‫تعادل ترمودینامیکی بهبود می یابد‪.‬‬
‫شبیه‌سازی‌های مونت کارلو به‌ویژه برای مطالعه خواص ترمودینامیکی جذب گازها و مخلوط‌ه ای آنه ا در‬
‫ساختار فلزی‪-‬آلی ‪ s‬مناس ب هس تند‪ .‬ب رای مث ال‪ ،‬ایزوترم‌ه ای ج ذب معم وًال ب ا اس تفاده از شبیه‌س ازی‌های‬
‫ترکی بی دینامی ک مولک ولی ‪ -‬م ونت ک ارلو محاس به می‌ش وند‪ .‬در روش شبیه‌س ازی‌های ترکی بی دینامی ک‬
‫مولکولی‪ /‬مونت کارلو ‪ ،‬پتانسیل شیمیایی‪ ،‬حجم و دما ثابت نگه داشته می شود در ح الی ک ه تع داد مولک ول‬
‫های گاز در فاز جذب شده در نوسان است به طوری که پتانسیل های شیمیایی فاز جذب ش ده و مخ زن گ از‬
‫حجیم برابر است‪ .‬ورودی یک شبیه‌سازی شبیه‌سازی‌های ترکیبی دینامیک مولکولی‪ /‬مونت کارلو شامل دما‬
‫و پتانسیل ش یمیایی مولکول‌ه ای گ از در مخ زن اس ت و خ روجی شبیه‌س ازی می انگین تع داد مولکول‌ه ای‬
‫جذب‌شده است‪ .‬این شبیه به یک جذب است‬
 ‫آزمایشی که در آن دما و فش ار حجمی گ از مش خص ش ده و م یزان ج ذب مربوط ه ان دازه گ یری می ش ود‪.‬‬
‫پتانسیل شیمیایی (همانطور که در شبیه‌سازی‌های ترکیبی دینامیک مولکولی ‪ -‬مونت کارلو استفاده می‌ش ود)‬
‫را می‌توان با فشار فاز گاز (همانطور که در آزمایش‌ها مشخص شد) با یک معادله حالت مرتبط کرد‪.‬‬
‫‪5‬‬
‫شبیه سازی دینامیک مولکولی‬ ‫‪-3-3‬‬
‫شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (دینامیک مولکولی) یک تکنیک محاس باتی قطعی اس ت ک ه ب ه ط ور معم ول‬
‫برای مطالع ه‪ ،‬ب ه عن وان مث ال‪ ،‬انتش ار مولکول‌ه ای مهم ان در س اختار فل زی‪-‬آلی اس تفاده می‌ش ود ی ک‬
‫شبیه‌س ازی دینامی ک مولک ولی مس یر ط بیعی ح رکت مولک ولی را ب رای نم ونه‌برداری از پیکربن دی‌های‬
‫متوالی‪ ،‬به دنبال مکانیک کالسیک نیوتنی تقلید می‌کند‪ .‬در یک دمای معین‪ ،‬سرعت های اولیه اتم ها در یک‬
‫سیستم بر اساس توزیع ماکسول‪-‬بولتزمن اختصاص داده می شود‪ .‬نیروی اعمال شده بر هر یک از اتم ه ا ب ا‬
‫گرادیان منفی تابع انرژی پتانسیل نسبت به موقعیت اتم به دست می آید‪ .‬هنگامی که این نیروها شناخته شدند‪،‬‬
‫معادالت حرکت نیوتنی به صورت عددی با یک گام زمانی حل می‌ش وند و م وقعیت و س رعت اتم‌ه ا به‌روز‬
‫می‌شوند‪.‬‬
‫شبیه سازی دینامیک مولکولی را می توان در گروه های مختلف‪ ،‬مش ابه رویک رد دینامی ک مولک ولی انج ام‬
‫داد‪ .‬به منظور استفاده از یک مجموعه هم دما مانند مجموعه متعارف (‪ )NVT‬یا گروه همدما‪-‬ایزوباری ک (‬

‫‪ ،)NPT‬سیستم ممکن است به یک جفت شود‪.‬‬

‫پارامترهای ورودی‬ ‫‪-3-1‬‬

‫در تمامی شبیه‌سازی‌های ترکیبی دینامیک مولکولی ‪ -‬مونت کارلو و دینامیک مولک ولی‪ ،‬پارامتره ای ورودی‬
‫شامل بار جزئی اتمی و میدان نیرو از اهمیت باالیی برخوردار هستند که باید قبل از شبیه‌سازی تع یین و تخص یص داده‬
‫شوند‪.‬‬

‫بار جزئی اتمی‬ ‫‪-3-1-1‬‬

‫در برخی از مطالعات محاسباتی اولیه برای ج ذب ‪ CO2‬و ‪ CH4‬در چ ارچوب ه ای آلی فل زی‪ ،‬ممکن اس ت در ب رخی‬
‫موارد از تعامالت درون مولکولی غفلت شود‪ .‬با این ح ال‪ ،‬ب ا توس عه روش محاس باتی‪ ،‬پتانس یل پیون دهای ش یمیایی در‬
‫چارچوب های آلی فلزی قابل توجه شده است و ممکن است به دقت محاسباتی کم ک کن د‪ .‬بن ابراین‪ ،‬اختص اص باره ای‬
‫اتمی برای محاسبه دقیق پتانسیل های الکترواستاتیک در چارچوب های آلی فلزی ضروری اس ت‪ .‬و ب ا توج ه ب ه مم ان‬
‫چهار قطبی ‪ CO2‬و ‪ ،CH4‬تعیین بارهای اتمی اتم های ‪ O‬و ‪ C‬برای محاسبه برهمکنش های الکترواستاتیکی مهم است‪.‬‬
‫لطفا توجه داشته باشید که این موارد هرگز به صورت تجربی یا مکانیکی کوانتومی مشاهده نشده است ‪.‬‬
‫به طور کلی‪ ،‬چند تقریب وجود دارد که می تواند این هزینه ها را مشخص کند‪ .‬گسترده ترین روش پذیرفته شده پتانس یل‬
‫الکترواستاتیک (‪ )ESP‬است که رویکرد مبتنی بر کوانتومی بر اساس ‪ DFT‬اس ت‪ .‬ب ا این ح ال‪ ،‬این تکنی ک اغلب ب ر‬

‫‪5‬‬
‫‪Molecular Dynamic Simulation‬‬
 ‫روی مدل های غیر دوره ای اعمال می شود‪ .‬روش تحلیل جمعیت مولیکن ‪6‬که یکی دیگ ر از روش‌ه ای محاس به مبت نی‬
‫بر ‪ DFT‬است‪ ،‬معموًال هزینه‌ها را بیش از حد برآورد می‌کند‪ .‬اخیرًا‪ ،‬یک روش تعادل بار مولکولی‪ ،‬تکنیک تعادل ب ار‬
‫مولکولی (‪ )Qeq‬معموًال برای سیستم‌های مولکولی انجام می‌شود‪ .‬مطالعات زیادی برای به دست آوردن بارهای اتمی در‬
‫انجام شده است زیرا هندسه و الکترونگاتیوهای اتم های مختلف را در نظر می گیرد که برای مدل ه ای چ ارچوب ه ای‬
‫آلی فلزی با مرز تناوبی دقیق تر است‪.‬‬

‫میدان نیرو‬ ‫‪-3-1-1‬‬

‫به غ یر از ب ار ج زئی اتمی‪ ،‬می دان ن یرو یکی دیگ ر از پارامتره ای حی اتی ب رای شبیه‌س ازی‌های مولک ولی اس ت‪ .‬در‬
‫شبیه‌سازی‌های محاسباتی اخیر‪ ،‬توصیف تمام برهمکنش‌های مرتبط بین اتم‌ها در سیستم‌ها ضروری است ‪,‬میدان ن یرو (‬
‫‪ )FF‬به عنوان مجموعه‌ای از انرژی‌های بالقوه شناخته می‌شود که پیون د (ظ رفیت) و تع امالت غیرپیون دی را توص یف‬
‫می‌کنن د‪ .‬اص طالح ظ رفیت ش امل فع ل و انفع االت درون مولک ولی (مانن د پیون د‪ ،‬زاوی ه‪ ،‬پیچش و وارونگی) اس ت‪ .‬و‬
‫اصطالح غیر پیوندی به طور کلی شامل لنارد ج ونز (‪ )LJ‬و پتانس یل ه ای الکترواس تاتیک دورب رد (ب رهم کنش ه ای‬
‫کلمبی) است‪ .‬تا به امروز‪ ،‬تعدادی میدان نیرو برای شبیه‌سازی‌های مولکولی از جمله میدان نیروی جهانی‪ ،7‬پتانس یل‌های‬
‫مولکولی بهینه فاز متراکم برای مطالعات شبیه‌سازی اتمی ‪ 8‬و سایر میدان‌های نیروی خاص در میان آنها‪،‬‬
‫‪ UFF‬گسترده‬
‫متریالاستودیو‬ ‫‪ UFF‬به شدت توسط محققان‬
‫ترین میدان نیروی مورد استفاده برای شبیه سازی های مولکولی است‪ ،‬زیرا‬
‫‪ 3D‬آزمایش شده است و نتایج با کارهای منتشر شده مطابقت دارد‪ UFF .‬یک میدان نیروی کامال مورب و هارمونیک اس ت‪.‬‬
‫معادله‪ 3-‬بیان می شود‪:‬‬
‫‪3‬‬ ‫در ‪ ،UFF‬انرژی پتانسیل ‪ E‬به صورت مجموع برهمکنش های ظرفیتی و غیرپیوندی در‬
‫‪E= ER + Eθ + Eɸ + Eω + Evdw + ECoulombic‬‬ ‫معادله( ‪) 3-3‬‬

‫در جایی که کشش پیوند (‪ )ER‬با یک عبارت هارمونیک‪ ،‬خمش زاوی ه (‪ )Eθ‬ب ا انبس اط کس ینوس فوری ه س ه ت رمی‪ ،‬و‬
‫پیچش (‪ )ɸE‬و وارونگی (‪ )ωE‬با شرایط انبساط کسینوس‪-‬فوریه توصیف می شود‪ ،‬واندروالس (‪ ) )wdvE‬فعل و انفع االت‬
‫توسط لنارد جونز توصیف شده است‪.‬‬

‫‪6‬‬
‫‪Mulliken‬‬
‫‪7‬‬
‫‪DREIDING، UFF‬‬
‫‪8‬‬
‫‪COMPASS‬‬
 ‫برهمکنش های پتانسیل و الکترواستاتیک (‪ )ECoulombic‬توسط تک قطبی های اتمی و یک اصطالح کولم بی غرب ال ش ده‬
‫(وابسته به فاصله) توصیف می شوند‪ UFF ..‬برای مطالعه حاضر بعنوان معیار پذیرفته ش ده اس ت زی را ‪ UFF‬س ازش‬
‫خوبی در شبیه‌سازی مولکولی در رابطه با اثربخشی و دقت محاسباتی ارائه می‌کند‪ .‬عالوه ب ر این‪ UFF ،‬در ارتب اط ب ا‬
‫روش ‪ qEQ‬توسعه یافته است‪ ،‬بنابراین میدان نیروی جهانی معموًال با روش تعادل بار ‪ QEq‬هم خوانی خوبی دارد‪.‬‬

‫‪9‬‬
‫اثر کلی‬ ‫‪-3-2‬‬

‫اثر کلی مجموعه ای از تمام سیستم های ممکن است که حالت های میکروسکوپی متفاوتی دارند اما حالت ماکروس کوپی‬
‫یا ترمودینامیکی یکسانی دارند‪ .‬به عبارت دیگر‪ ،‬یک مجموعه مجموعه ای از نقاط در فضای فاز است که ش رایط ی ک‬
‫حالت ترمودینامیکی خاص را برآورده می کند‪ .‬محدودیت های مختلف محی ط ماکروس کوپی منج ر ب ه ان واع مختلفی از‬
‫مجموعه ها با ویژگی های آم اری خ اص می ش ود‪ .‬چه ار گ روه اغلب در شبیه‌س ازی‌های مولک ولی اس تفاده می‌ش وند‪:‬‬
‫مجموعه بزرگ متعارف (‪ ،)µ-V-T‬که دارای پتانسیل شیمیایی ثابت (‪ ،)µ‬حجم (‪ )V‬و دما (‪ )T‬است‪ .‬مجموعه میک رو‬
‫متعارف (‪ ،)NVE‬که دارای تعداد ثابت اتم (‪ ،)N‬حجم (‪ )V‬و انرژی (‪ )E‬است؛ مجموعه متعارف (‪ ،)NVT‬ک ه دارای‬
‫تعداد اتم (‪ ،)N‬حجم (‪ )V‬و دما ( ‪)T‬؛ مجموعه ایزوترمال‪-‬ایزوباری ک (‪ ،)NPT‬ک ه دارای تع داد ث ابت اتم (‪ ،)N‬فش ار‬
‫ثابت (‪ )P‬و دما (‪ )T‬است‪ .‬عالوه بر این‪ ،‬یک تکنیک حمام حرارتی عددی برای افزودن یا حذف گرم ا در ط ول زم ان‬
‫در مجموعه‌های ‪ NVT‬یا ‪ NPT‬اتخاذ خواهد شد‪ .‬ترموستات برندسن ‪10‬و ترموستات هوور ای نوس ه ‪11‬دو تکنی ک رایج‬
‫مورد استفاده برای شبیه سازی مولکولی هستند‪.‬‬

‫‪12‬‬
‫شرایط مرزی دوره ای و فاصله قطع‬ ‫‪-3-3‬‬

‫اصطالح شرط مرزی دوره ای به شبیه سازی سازه های متشکل از شبکه های تناوبی از نقوش یکسان اش اره دارد‪ .‬این‬
‫بسیار مهم است زیرا به اتم‌ها یا مولکول‌ها در جعبه شبیه‌سازی اج ازه می‌ده د در ح الی ک ه هن وز هم ان می دان ان رژی‬
‫پتانسیل را تجربه می‌کنند‪ ،‬یک مسیر پیوسته را حفظ کنند‪ .‬به عنوان مثال‪ ،‬همانطور ک ه در ش کل ‪ 1-3‬نش ان داده ش ده‬
‫است‪ ،‬مربع مرکزی (زرد) منطقه شبیه سازی شده است و مربع های اطراف جعبه های شبیه س ازی تص ورات مج ازی‬
‫هستند‪ .‬ذره (خاکستری) در مربع مرکزی که به سمت بیرون حرکت می کند منعکس می شود و از آن خارج می شود‬

‫‪9‬‬
‫‪Ensemble‬‬
‫‪10‬‬
‫‪Berendsen‬‬
‫‪11‬‬
‫‪Nos-Hoovere‬‬
‫‪12‬‬
‫‪Periodic boundary condition and cut-off distance‬‬
 ‫جعبه های شبیه سازی مجازی مجاور برای تضمین نیرو یا انرژی پتانسیل را می توان بر روی ذره اختصاص داد‪.‬‬
‫همه شرایط مرزی دوره ای یک معیار قطع را برای ایجاد تعادل بین دقت و کارایی محاسبات نشان می ده د‪ .‬ب ه عن وان‬
‫مثال‪ ،‬هنگامی که فاصله دو اتم فرات ر از ی ک مح دوده مش خص اس ت‪ ،‬ب رهمکنش بین آنه ا را می ت وان نادی ده گ رفت‪.‬‬
‫اساسا‪ ،‬حداقل قرارداد تصویر توصیه می کند که حداکثر فاصله برای این برش بیش از نیمی از ابعاد سلول نباشد ‪.‬‬

‫شکل ‪ -1-3‬شرایط مرزی دوره ای‪.‬‬

‫‪13‬‬
‫اصل شبیه سازی بزرگ کانونیکال مونت کارلو‬ ‫‪-3-4‬‬

‫با میدان نیرو به خوبی تعریف شده برای محاسبه برهمکنش‌ها‪ ،‬شبیه‌سازی م ونت ک ارلو ‪ ،‬یکی از رایج‌ت رین روش‌ه ای‬
‫پیش‌بینی جذب گاز در مواد متخلخل‪ ،‬برای بررسی جذب ‪ CO2‬و ‪ CH4‬در چارچوب های آلی فلزی اتخاذ شده است‪ .‬در‬
‫این روش‪ ،‬دمای (‪ ،)T‬حجم (‪ )V‬و پتانسیل‌های شیمیایی( ‪ ) μ‬ثابت نگه داشته می‌شوند و به ذرات ی ا مولکول‌ه ا اج ازه‬
‫داده می‌شود تا قبل از اینکه سیستم به فاز تعادل (فشار یا دما) برسد‪ ،‬حرک ات آزمایش ی (مثًال جاگ ذاری و ح ذف) داش ته‬
‫باشند‪ ، .‬این حرکات برابر است‪.‬‬

‫احتم ال دگرگ ونی ی ا چ رخش تص ادفی ذرات ی ا مولکول‌ه ای موج ود‪ ،‬س پس مق دار ج ذب ‪ N‬ذرات ی ا مولکول‌ه ا ب ا‬
‫رویکردی آماری پس از مرحله تعادل محاسبه می‌شود‪ .‬در بیشتر موارد‪ ،‬متروپلیس ‪14‬رایج‌ت رین تکنی ک م ورد اس تفاده‬
‫در شبیه‌سازی ‪ GCMC‬برای جذب‪ CO2‬و ‪ CH4‬در چارچوب های آلی فلزی است‪ .‬ایزوترم ج ذب ک ه مهم ت رین اطالع ات‬
‫‪13‬‬
‫‪GCMC‬‬
‫‪14‬‬
‫‪Metropolis‬‬
 ‫ترمودینامیکی است را می توان از شبیه سازی ‪ GCMC‬به دست آورد‪ .‬چنین ایزوترم جذب می توان د مقایس ه ای ب رای‬
‫نتایج تجربی فراهم کند‪.‬‬
‫در حال حاضر‪ ،‬شبیه‌سازی ‪ GCMC‬یک تکنیک محاس باتی عملی و معق ول ب رای بررس ی ویژگی‌ه ای ج ذب ‪ CO2‬و‬
‫‪ CH4‬یا مخلوط‌های تک جزء در چارچوب های آلی فلزی است‪.‬‬

‫‪15‬‬
‫اصل شبیه سازی دینامیک مولکولی‬ ‫‪-3-5‬‬

‫ت ا ب ه ام روز‪ ،‬مطالع ات ب ر روی خ واص انتش ار مولک ول ه ای مهم ان در چ ارچوب ه ای آلی فل زی در مقایس ه ب ا‬
‫دستاوردهای جذب بسیار محدود است‪ .‬در بین روش‌های مختلف شبیه‌سازی‪ ،‬شبیه‌سازی که بر اساس ق انون دوم ح رکت‬
‫نیوتن است‪ ،‬برای بررسی خواص ساختاری و دینامیکی مولکول‌های ج اذب در چارچوب‌ه ای فل زی‪-‬آلی ری ز متخلخ ل‬
‫امکان‌پذیر و موثر است‪.‬‬
‫شبیه سازی دینامیک مولکولی حل معادالت حرکت یا قانون دوم نیوتن است‪ .‬پس از تعیین نیرو بر روی ه ر اتم‪ ،‬ش تاب‬
‫هر اتم در سیستم قابل محاسبه است‪ .‬و سپس‪ ،‬ادغام معادالت حرکت می تواند مسیری از موقعیت های اتم‪ ،‬سرعت ه ا و‬
‫سایر اطالعات را با زمان ایجاد کند( معادله (‪)) 4-3‬‬
‫)‪∂ u(r 1 , r 2 , r 3 , … .. ,r n‬‬
‫=̈‪m r‬‬ ‫معادله )‪=F i(4−3‬‬
‫‪∂r i‬‬

‫جایی که 𝑭𝑖 نیروی وارد بر اتم ‪ i، 𝑖m‬جرم اتم ‪ ،i‬و ‪ U‬انرژی پتانسیل سیستم است‪.‬‬
‫بنابراین‪ ،‬با توجه به مختصات و سرعت های اولیه و سایر اطالعات دینامیکی در زمان ‪ ،t‬مختصات و سرعت ه ای ب ه‬
‫روز شده در یک زمان 𝑡 ‪ 𝛥𝑡 +‬قابل محاسبه و تعیین است‪ .‬از این نظر‪ ،‬الگوریتم ورلت از موقعیت 𝒓‪i‬و نیروی 𝑭𝒊 در‬
‫زمان 𝑡 و موقعیت از زمان 𝑡 ‪𝛥𝑡 −‬برای محاسبه موقعیت جدید 𝒓𝒊 در زمان 𝑡 ‪( 𝛥𝑡+‬سرعت) استفاده می کن د)‪ .‬ب ه‬
‫معادله (‪ )3-5‬و (‪ )3-6‬مراجعه کنید‪:‬‬
‫‪Fi ( Δt ) 2‬‬
‫‪r i ( t+ Δt )=−r i ( t−Δt ) +2 r i ( t ) +‬‬ ‫¿ معادله )‪Δt +O((Δt ) ¿ ¿ 3)(5−3‬‬
‫‪mi‬‬

‫‪15‬‬
‫‪MD‬‬
 ‫)‪∂ r r i (t + Δt )−r i (t− Δt‬‬
‫=)‪V i (t‬‬ ‫=‬ ‫¿‪+O‬‬
‫‪∂t‬‬ ‫‪2 Δt‬‬
‫توجه داشته باشید که مرحله زمانی 𝑡𝛥 به روش یکپارچه سازی و همچنین خود سیستم بستگی دارد‪.‬‬
‫به طور خالصه‪ ،‬شبیه‌سازی دینامیک مولکولی یک مسیر پیوسته است که جابجایی همه مولکول‌ه ا و اتم‌ه ا را توص یف‬
‫می‌کند‪ .‬اصل دینامیک مولکولی ساده است‪ ،‬در هر مرحله شبیه سازی دینامیک مولکولی‪ ،‬موقعیت اولی ه ‪ r‬و س رعت ‪v‬‬
‫ذره تعریف می شود و سپس تمام معادالت حرکت مولکول ها پس از محاسبه میدان نیرو ‪ F‬ب ه ص ورت ع ددی ح ل می‬
‫شود‪ .‬در نتیجه‪ ،‬موقعیت و سرعت برای ایجاد یک نمای پویا از تکامل سیستم به روز می شوند‪ .‬همانطور که در شکل (‬
‫‪ )3-2‬نشان داده شده است‪.‬‬

‫شکل‪3-2-‬نمودار شماتیک یک کد پایه دینامیک مولکولی‬

‫روش های تحلیل دینامیک مولکولی‬ ‫‪-3-6‬‬

‫اخیرًا‪ ،‬شبیه‌سازی دینامیک مولکولی به طور گسترده برای کاوش و تعیین ویژگی‌های انتشار و دینامیکی از جمل ه خ ود‬
‫نفوذپذیری ‪ ،‬انتشار انتقال و انتشار تصحیح شده ‪ CO2‬و ‪ CH4‬در چارچوب های آلی فلزی به کار گرفته شده است‪ .‬اکثر‬
‫مطالعات روی ماهیت انتشار مولکول ها با روش دینامی ک مولک ولی منف رد ی ا ی ک روش دینامی ک مولک ولی ترکی بی‬
‫تجربی انجام شده است‪.‬‬

‫میانگین جابجایی مربع‬ ‫‪-3-6-1‬‬

‫تجزیه و تحلیل جابجایی میانگین مربع‪16‬تکنیکی است که در توصیف رفتار انتشار مولکول های جذب شده در سیستم حیاتی‬
‫است‪ .‬همانطور که در شکل ( ‪ )3-3‬نشان داده شده است‪ ،‬میانگین جابجایی ذرات را در شبیه سازی دینامیک مولک ولی تع یین‬
‫می کند‪ .‬عالوه بر این‪ ،‬ثابت خ ود انتش ار ( ‪ )Ds‬را می ت وان ب ا اس تفاده از رابط ه انیش تین ب ه دس ت آورد ک ه ش یب‬
‫جابجایی میانگین مربع را در طول زمان می گیرد‪.‬‬
‫‪300‬‬

‫‪16‬‬
‫‪MSD‬‬

‫‪Pressure 0.1bar‬‬
 ‫‪250‬‬
‫)‪(Ds‬جابجایی میانگین مربع‬
‫‪200‬‬

‫‪150‬‬

‫‪100‬‬

‫‪50‬‬

‫‪0‬‬
‫‪0‬‬ ‫‪100‬‬ ‫‪200‬‬ ‫‪300‬‬ ‫‪400‬‬ ‫‪500‬‬
‫)‪ (Ps‬زمان‬

‫شکل(‪ )3-3‬جابجایی میانگین مربع‬

‫‪17‬‬
‫تابع توزیع شعاعی‬ ‫‪-3-6-2‬‬

‫عالوه بر این‪ ،‬شبیه‌سازی دینامیک مولکولی یک تص ویر مس تقیم ب رای بررس ی احتم ال بس ته‌بندی ی ا ت رتیب ذرات در‬
‫سیستم توسط آنالیز تابع توزیع شعاعی ارائه می‌کند‪ .‬تابع توزیع شعاعی یک تابع همبس تگی جف تی اس ت ک ه توض یح می‬
‫دهد چگونه اتم ها یا ذرات در یک سیستم به طور ریشه ای در اطراف یکدیگر بس ته بن دی می ش وند‪.‬و می توان د راهی‬
‫موثر برای توصیف حاالت سیستم ارائه دهد‪.‬‬

‫‪17‬‬
‫‪Radial Distribution Function‬‬
‫خواص ساختار کلی سیستم های مولکولی بی نظم همانطور که در شکل ( ‪ )4-3‬نشان داده شده تابع توزیع شعاعی را می‬
‫توان با معادله زیر بیان کرد (معادل ‪)5-3‬‬

‫معادله (‪𝑔(𝑟) = 𝑛(𝑟)/(𝜌)(4𝜋𝑟2d𝑟))5-3‬‬

‫جایی که (𝑟) 𝑔 تابع توزیع شعاعی است‪ 𝑛 )𝑟( .‬میانگین تعداد اتم ها در پوسته ای با عرض 𝑟‪ d‬در فاص له 𝑟 اس ت‪𝜌 ،‬‬
‫میانگین چگالی اتم است‪.‬‬
‫عالوه بر این‪ ،‬نتایج تابع توزیع شعاعی می‌تواند مکمل خوبی با پراش اشعه ایکس یا نوترون باشد بن ابراین‪ ،‬مک ان ه ای‬
‫اتصال مولکول های ‪ CO2‬و ‪ CH4‬را می توان با روش تابع توزیع ش عاعی پس از ش بیه س ازی دینامی ک مولک ولی ب ه‬
‫دست آورد‪.‬‬

‫شکل (‪ - )4-3‬تابع توزیع شعاعی‪.‬‬

‫قدرت جذب‬ ‫‪-3-6-3‬‬

‫عالوه بر این‪ ،‬ارزیابی انرژی جذب (‪ )pE‬بین چ ارچوب ه ای آلی فل زی و ‪ CO2‬و ‪ CH4‬ب ه ص ورت تج ربی و ع ددی‬
‫بسیار دشوار است‪ .‬با این حال‪ ،‬ممکن است در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با محاسبه مق دار متوس ط فریم‌ه ای تع ادلی‬
‫چ ارچوب ه ای آلی فل زی جذب‌ش ده ‪ CO2‬و ‪ ،CH4‬یع نی ‪ 6‬ف ریم از ‪ ps 400‬ت ا ‪ ps 500‬نس بتًا پای دار ب ه دس ت آی د‪.‬‬
‫بنابراین‪ ،‬انرژی جذب (‪ )pE‬را می توان با معادله (‪ )7-3‬محاسبه کرد‪:‬‬
 ‫‪Ep=Etotal-EMOF-ECO2 -ECH4‬‬ ‫معادله (‪)7-3‬‬

‫که ‪ Etotal ، EMOF‬و ‪ ECO2‬و ‪ ECH4‬به ترتیب انرژی س اختار آلی ‪-‬فل زی و مولک ول ه ای ‪ CO2‬و ‪ CH4‬اس تخراج ش ده‬
‫هستند‪ ،‬همان طور که در شکل(‪ )5-3‬نشان داده شده است‪ .‬متریال اس تودیو‪ D3‬پس از ح ذف تم ام ‪ CO2‬و ‪ CH4‬ج ذب‬
‫شده در ساختار‪ ،‬می‌توان به انرژی پتانسیل ساختار آلی ‪-‬فلزی در مرحله تع ادل دس ت ی افت‪ .‬همچ نین می‌ت وان محاس به‬
‫انرژی پتانسیل مولکول‌های ‪ CO2‬و ‪ CH4‬را با حذف ساختار آلی ‪-‬فلزی در قاب انج ام داد‪ ،‬بن ابراین‪ ،‬ق درت ب رهم‌کنش‬
‫(انرژی جذب) را می‌توان با معادله (‪ )5-3‬برای درک قدرت جذب بین ‪ CO2‬و ‪ CH4‬با س اختار آلی ‪-‬فل زی تحت فش ار‬
‫خاص اندازه‌گیری کرد‪.‬‬

‫شکل ‪-5-3‬تصویر فوری ساختار ساختار آلی ‪-‬فلزی تعادل جذب شده ‪ CO2‬و ‪ :CH4‬س اختار آلی ‪-‬فل زی ج ذب ش ده ‪ CO2‬و ‪CH4‬‬
‫(باال)‪ ،‬ساختار آلی ‪-‬فلزی ایزوله (پایین سمت چپ) و مولکول های ‪ CO2‬و ‪ CH4‬جذب شده جدا شده (پایین سمت راست)‪.‬‬
 ‫خالصه‬ ‫‪-3-7‬‬

‫به طور خالصه‪ ،‬این بخش رویکردهای تحقیق اتی اص لی از جمل ه شبیه‌س ازی‌های ‪ GCMC‬و دینامی ک مولک ولی را‬
‫برجسته می‌کند‪ .‬قبل از شبیه سازی‪ ،‬پارامترهای ورودی مانند بارهای جزئی اتمی و میدان نیرو مهم هستند که باید ب ه‬
‫طور مناسب تعری ف ش وند‪ .‬ب ا توج ه ب ه برهمکنش‌ه ای بین مولک ولی و درون مولک ولی ک ه به‌ط ور مناس ب توس ط‬
‫میدان‌های نیرو توصیف می‌شوند‪ ،‬شبیه‌سازی بزرگ مونت کارلو (‪ )GCMC‬اغلب برای پیش‌بینی ظرفیت جذب گ از‬
‫در یک جعبه شبیه‌سازی دوره‌ای اجرا می‌ش ود ک ه در آن دم ا ‪ ،T‬حجم ‪ V‬و پتانس یل‌های ش یمیایی در آن وج ود دارد‪.‬‬
‫ثابت نگه داش ته می ش وند‪ ،‬تنه ا تع داد مولک ول ه ای ج ذب ش ده ‪ N‬می توانن د ب ا ایج اد‪ ،‬چ رخش‪ ،‬ح ذف و همچ نین‬
‫ترجمه‪/‬جابجایی تصادفی در سیستم در نوسان باشند و سپس زمانی که سیس تم ب ه مرحل ه تع ادل رس ید می انگین مق دار‬
‫مولکول های جذب شده از نظر آماری محاسبه می شود‪ .‬در حال حاضر‪ ،‬شبیه‌سازی ‪ GCMC‬یک تکنیک محاس باتی‬
‫کاربردی و محبوب برای بررسی خواص ج ذب ‪ CO2‬و ‪ CH4‬ت ک ج زء ی ا مخلوط‌ه ا در چ ارچوب ه ای آلی فل زی‬
‫است‪ .‬عالوه بر این‪ ،‬شبیه‌سازی دینامیک مولکولی‪ ،‬بر اساس معادله حرکت نیوتن‪ ،‬به طور فزاین ده‌ای ب رای بررس ی‬
‫خواص جنبشی و انتقال ماده جاذب در مواد ریز متخلخل‪ ،‬به‌ویژه در چارچوب های آلی فلزی محبوب می‌ش ود‪ .‬روش‬
‫تجزیه و تحلیل ‪ RDF‬و ‪ MSD‬برای کشف مکان های اتصال ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و خود انتشار آن در س اختار ه ای آلی ‪-‬‬
‫فلزی به کار گرفته می شود‪ .‬در نه ایت‪ ،‬ق درت ان رژی بین ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و چ ارچوب ه ای آلی فل زی ب رای آش کار‬
‫کردن رابطه مرتبط محاسبه می‌شود‪ .‬به طور فزاینده ای برای بررسی خواص جنبش ی و انتق ال م واد ج اذب در م واد‬
‫ریز متخلخل‪ ،‬به ویژه در ‪ MOF‬ها محبوب می شود‪ .‬روش تجزیه و تحلیل ‪ RDF‬و ‪ MSD‬برای کش ف مک ان ه ای‬
‫اتصال ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و خود انتشار آن در ساختار های آلی ‪-‬فلزی به ک ار گرفت ه می ش ود‪ .‬در نه ایت‪ ،‬ق درت ان رژی‬
‫بین ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و چارچوب های آلی فلزی برای آشکار کردن رابطه مرتبط محاس به می‌ش ود‪ .‬ب ه ط ور فزاین ده ای‬
‫برای بررسی خواص جنبشی و انتقال مواد جاذب در مواد ریز متخلخل‪ ،‬به ویژه در ساختار ه ای آلی ‪-‬فل زی محب وب‬
‫می شود‪ .‬روش تجزیه و تحلیل ‪ RDF‬و ‪ MSD‬ب رای کش ف مک ان ه ای اتص ال ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و خ ود انتش ار آن در‬
‫ساختار های آلی ‪-‬فلزی به کار گرفته می شود‪ .‬در نهایت‪ ،‬قدرت انرژی بین ‪ CO2‬و ‪ CH4‬و چارچوب های آلی فل زی‬
‫برای آشکار کردن رابطه مرتبط محاسبه می‌شود‪.‬‬