mendegradasi polipropilen.

Identifikasi isolat bakteri ST2 dilakukan dengan

mengkulturnya kemudian disentrifus. Tujuan dari sentrifus adalah memisahkan
partikulat padat (pelet) dalam cairan (supernatan) sehingga partikel yang lebih
besar terkumpul ke dalam tabung sentrifus [27]. Supernatan dari hasil sentrifus
dibuang menggunakan mikropipet. Pelet yang mengendap pada bagian mikrotube
ditambahkan larutan Nuclei lysis untuk menglisis atau memecah inti sel bakteri,
kemudian dihomogenkan. Setelah itu, ditambahkan larutan Rnase untuk menglisis
RNA dari bakteri dan larutan Protein precipitation untuk mendegradasi protein di
dalam sel bakteri kemudian divortex sampai homogen. Pelet DNA direhidrasi
menggunakan larutan Rehydration untuk mengikat DNA dan membuat DNA dalam
keadaan stabil [28]. Sampel hasil PCR disekuensing DNA dan diperoleh fasta isolat
ST2 sebagai berikut :
>K2_785F

GGACGTCGATGAGTGCTAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTT
AACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAA
GGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGC
AACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGG
GCTTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGT
GTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTT
GCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGA
AGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGT
GCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTC
ATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTG
GAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCT
TGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGG
GTAACCTTTTGGAGCCAGCCGCCTAAGGTGGGACAGATGATTGGGGTGAAGC
ACAAGGGGGGAAAAAACAAAAAGTCACCCCTCTTTGGTCCCCGTGCTTCGCTG
TCGGGCCCGCTTCCCTGTGCTCTGCCTGTCTTCCGCGTGGCGGCTCTTTTCTTG
GTGTTCGTCTCCCGCTCGCTTCTCTCCGCCGTTTCCCCGTCCCGCGCGCGCCGT
30
GCGTTCGTTCGCGCTCCCCGTCGTCGCTCGGCCTGCCGCCTCCTTCTCCCCTCTG
TCCTCTCGCGGCGTCTTTGTCGTCTTGTTGTTTTGCTGGTTTTCGTTCGTCGCTT
GGTTTCTCTGCGGGCGGTTGTTGTTTCTGGTCTTCCTTTTTGTGTTGCGCGCCTG
CCTGCCCGGTTCGTGTGCGTGGTGGTGGTGCCCCCCGCCTCTTGGTCCCGGGT
GGGTTGGTTCTCCCCCCTCCGTTCCCCCTTTTTTTTCTTTTCTCGGTGTGCGTTGT
GTTGGCCTGCCGCTGGCCCCGGGGGCTGGGTGTGGGGGCGCGGGGGCTGGG
CCCGTCTTTCCCTCTCTCCCGTCGGTGTCTGGGTGCTTGGTGGGGGTTTGTTGC
GTCTTCTTCTTGTGCGGGCTGGGCCCGTG

>K2_907R

ACGTTGGGCGTATCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAACTTCAGCACTAAAG
GGCGGAAACCCTCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGG
GTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGTGTCAGTTACAGACC
AGAAAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCATATCTCTACGCATTTCACCGCTA
CACATGGAATTCCACTTTCCTCTTCTGCACTCAAGTCTCCCAGTTTCCAATGACC
CTCCACGGTTGAGCCGTGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCACCTGCGCG
CGCTTTACGCCCAATAATTCCGGATAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGC
TGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCCAG
CTTATTCAACTAGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGTTTTACGACCCGAAAG
CCTTCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGAT
TCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGC
CGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCGTTACCTCA
CCAACTAGCTAATGCGACGCGGGTCCATCCATAAGTGACAGCCGAAGCCGCCT
TTCAATTTCGCACCATGCAGCGCAAAATGTTATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCC
CGGAGTTATCCCAGTCTTATGGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGC
CGCTAACTTCATAAGAGCAAGCTCTTAATCCATTCGCTCGACTTGCATGTATTA
GGCACGCCGCCAGCGTTCATCTGAGAAGAGAAAATAAAAAAAAAAATAA

Kemudian dilakukan Alignment pada aplikasi Bioedit untuk mendapatkan contig

dari hasil sekuens primer 785F dan 907R, berikut adalah fastanya :

31
>K2_contig_1

TATTTTTTTTTTTATTTTCTCTTCTCAGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACA
TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGAC
GGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAA
ACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGCGCTGCATGGTGCGAAATTGAAAGG
CGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGA
GGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGG
CCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGG
AATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGA
AGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAA
TAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCC
AGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGT
AAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACC
GTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGA
ATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCG
AAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGC
AAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTG
TTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTG
GGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCAC
AAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGG
TCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCCCTTCGGGGGCAGAG
TGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAG
TCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTC
TAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCA
TCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGA
GCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGAT
TGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCA
GCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA
CGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGGGTAACCTTTTGGAGCCAGCCGCC
TAAGGTGGGACAGATGATTGGGGTGAA
32
Fasta hasil kontig kemudian dianalisis menggunakan BLAST-N pada NCBI untuk
mengetahui Top-10 bakteri yang memiliki kekerabatan terdekat dengan isolat
bakteri ST2. Hasil analisis menggunakan BLAST-N disajikan pada Gambar 9.

Gambar 9. Hasil Analisis Menggunakan BLAST-N

Pada penelitian ini, analisis pohon filogenetiknya menggunakan

Construct/Test Neighbor Joining Tree karena pohon yang dikonstruksi tidak
mengasumsikan bahwa semua jarak root adalah sama, serta hanya menguji dan
menghasilkan 1 pohon saja. Tes filogenetik yang digunakan berdasarkan metode
1000 bootstrape replicates, analisis ini dipilih karena dapat menguji seberapa baik
set data model dan validitas penyusunan cabang dalam prediksi pohon filogenetik.
Kimura 2-parameter model dipilih untuk mengetahui kesamaan antar sekuens
karena model ini memiliki kelebihan yaitu lebih cepat dan mudah untuk
menganalisis sekelompok sekuens [29]. Dengan adanya pohon filogenetik, isolat
ST2 dapat diidentifikasi kemiripan dan kekerabatannya. Hasil analisis pohon
filogenetik disajikan pada Gambar 10.

33