เมแทบอลิซึ่มของนิวคลีโอไทด์ และชีวเคมีของโรคทีเ่ กีย่ วข้ อง

(Nucleotides metabolism and related diseases )

อ.วนิดา ถุงคา
รายวิชา 411100
ภาควิชาชีวเคมี คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์
มหาวิทยาลัยนเรศวร
Contents
• โครงสร้างทางเคมี และชนิดของนิวคลีโอไทด์ทเ่ี ป็ นส่วนประกอบของสิง่ มีชวี ติ
• กระบวนการย่อยและการดูดซึมนิวคลีโอไทด์จากอาหาร
• การสังเคราะห์และการสลายนิวคลีโอไทด์ภายในเซลล์ และการควบคุมการสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์
• การสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์โคเอนไซม์
• โรคทีเ่ กิดจากความผิดปกติของเมแทบอลิซมึ ของนิวคลีโอไทด์

2
โครงสร้างทางเคมี และชนิ ดของนิ วคลีโอไทด์ท่ี
เป็ นส่วนประกอบของสิง่ มีชีวติ

3
Nucleic acid
สารพันธุกรรม (Genetic material) – Nucleic acid
ถ่ายทอดข้อมูลทางพันธุกรรม (Genetic information) ของสิง่ มีชวี ติ
จากรุน่ หนึ่งไปยังรุน่ ถัดไปให้แสดงลักษณะต่างๆของสิง่ มีชวี ติ

Human DNA
• Chromosomes = 23
คู่ (46 แท่ง)
• 3.2 × 109 bp
4
Nucleic acid

Macromolecule Protein = Polypeptide

Carbohydrate = Polysaccharide
Polymer Nucleic acid = Polynucleotide

Polynucleotide

Nucleotide (Monomer)

5
 Pyrimidine: 4C + 2N
Nucleotide components

• Pentose sugar (5C) Purine: 5C + 4N

• Nitrogenous bases
• Phosphate group
2

3 (HPO42-) 1

6
 Basic structure of purines and pyrimidines

2
7
Names and structures of important purines and
pyrimidines

8
9
 บทบาทหน้าที่ของ Nucleotide
• สารตั้งต้นในการสังเคราะห์กรดนิวคลีอิก (DNA และ RNA)
• สารพลังงานสูง (High-energy phosphate compounds): ATP, GTP
• 2nd messenger ช่วยในการออกฤทธิ์ของฮอร์โมน: cAMP, cGMP 3
• ส่วนประกอบในโครงสร้างของ coenzyme: FAD, NAD (adenine dinucleotide),
Coenzyme A
• Nucleotide analogue Ester bond
2
รักษาโรคมะเร็ง, โรคติดเชื้อไวรัส:
5-fluorouracil (5-FU), 6-thiolguanine, 6-azacytidine, 8-azaguanine
1
รักษาโรค HIV:
- glycosidic linkage
3'-Azido-2'-deoxythymidine (AZT or zidovudine or azidothymidine)
รักษาโรค Gout:
4-hydropyrazolopyrimidine (Allopurinol)

10
กระบวนการย่อยและการดูดซึมนิ วคลีโอไทด์จาก
อาหาร

11
Digestion of dietary nucleic acids
• แหล่งของนิวคลีโอไทด์ทส่ี าํ คัญของร่างกายได้มาจากการรับประทานอาหารทีม่ กี รดนิวคลีอิกเป็ นส่วนประกอบ
• กรดนิวคลีอกิ ในอาหารส่วนใหญ่จะอยู่ในรูปนิวคลีโอโปรตีน

12
Digestion of dietary nucleic acids
• นิวคลีโอโปรตีน (Nucleoprotein) = DNA + Histones

13
Digestion of dietary nucleic acids
• กระบวนการย่อนสลายจะเกิดขึ้นที่ลาไส้เล็กเป็น
หลัก โดยอาศัยเอนไซม์ในกลุ่ม hydrolyzes จาก
ตับอ่อนและเยื่อบุผนังลาไส้
• 90% ของกรดนิวคลีอิกที่ได้รับจากอาหารจะถูก
ย่อยสลายและดูดซึมเข้าสู่เซลล์ลาไส้ในรูปของ
nucleosides
• Purines ที่ถูกดูดซึมเข้าสู่ร่างกายโดยส่วนใหญ่แล้ว
จะถูกเปลี่ยนเป็น uric acid โดยเซลล์เยื่อบุลาไส้
(intestinal mucosal cells)

14
Digestion of dietary nucleic acids
• Nucleases ลาไส้เล็กส่วนต้น ...หลั่งจากตับอ่อน
deoxyribonuclease/ribonuclease (Nucleic acid → Oligonucleotide)
• Phosphodiesterases ลาไส้เล็ก ....หลั่งจากตับอ่อน/เซลล์เยื่อบุผนังลาไส้
(Oligonucleotide → mononucleotide)
• Nucleotidase (ตัด phosphate → nucleoside)
• Nucleosidases (Nucleoside → ribose/deoxyribose + base)

15
 (+Phosphoric acid)

(+Sugar → Carbohydrate metabolism (Pentose phosphate pathway))

(Anabolism)
การสังเคราะห์และการสลายนิ วคลีโอไทด์ภายใน
เซลล์

17
Nucleic Acid Nucleotide
(Polynucleotide) (Monomer)

18
Degradation and Biosynthesis of Nucleotides
• The breakdown of DNA and RNA is occurring continuously in the cell.

(Anabolism)

Uric acid, Acetyl CoA or Succinyl CoA 19

Purine degradation
Pyrimidine: 5C + 4N

20
Purine degradation
ผลผลิตจากการย่อยสลายพิวรีน
• Inosine (กาจัดหมู่อะมิโนออกจากโมเลกุล Adenosine)

• Hypoxanthine (กาจัดน้าตาล ribose-1-P ออกจาก Inosine

/กาจัดหมู่อะมิโนออกจากโมเลกุล Adenine)

• Xanthine (ออกซิไดซ์ hypoxanthine ด้วยออกซิเจน /กาจัด

หมู่อะมิโนออกจากโมเลกุล Guanine)

• Uric acid (มนุษย์)....***GOUT/Xanthine oxidase***

• Allantoin (สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชนิดอื่นๆ)

• Allantoic acid (สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้าและปลาชนิด)

• Urea (สัตว์เลื้อยคลานและปลาบางชนิด)

• Ammonia (NH3) (สัตว์ทะเลไม่มีกระดูกสันหลัง) 21

Purine degradation
• Degradation of purines to uric acid and
salvage of purine bases via
hypoxanthine-guanine phosphoribosyl
transferase (HGPRT)

22
Measurement of serum uric acid levels in humans

Phosphotungstic acid method ของ Caraway

• กรดฟอสโฟทังสติคไปออกซิไดซ์กรดยูริกในด่าง คือ sodium carbonate โดยกรดฟอสโฟทังสติค จะทาหน้าที่เป็นทั้งตัวตกตะกอนโปรตีน
และทาปฏิกิริยาให้เกิดสี โดยในภาวะ pH มากกว่า 6 กรดฟอสโฟทังสติค จะออกซิไดซ์กรดยูริกไปเป็นอะลันโทอิน (allantoin) และ
คาร์บอนไดออกไซด์ ในขณะเดียวกันกรดฟอสโฟทังสติค จะถูกรีดิวซ์ได้สารทังสเตนบลู (tungsten blue) ซึ่งมีค่าการดูดกลืนแสงของสาร
สูงสุดที่ 700 nm

O H
H
O
H C N N
N CH C
C O + H 3PW 12O 40 + O 2 C O + CO2 + Tungsten blue
C CH CH
O N N Phosphotungstic N
acid NH
H H H
H C
Uric acid
NH O
Allantoin

เพศชาย 3-7 mg% เพศหญิง 2-6 mg% 23

Pyrimidine degradation
Pyrimidine: 4C + 2N

24
Pyrimidine degradation
• Pyrimidine bases – Cytosine, Uracil, Thymine
• Products - b-alanine, b-aminoisobutyric acid (ขับออกทาง
ปัสสาวะได้), Methyl malonyl CoA, Acetyl CoA, Succinyl
CoA
• Intermediates in Krebs Cycle - Acetyl CoA และ Succinyl
CoA
• TCA cycle/Krebs Cycle - (ATP)***
• CO2 และ NH3 อาจรวมตัวเป็น Uria และขับออกทางปัสสาวะได้

25
Krebs cycle
• เมื่อ Acetyl CoA 1 โมเลกุลเข้าสู่ Krebs cycle จะให้
ผลผลิตเป็นพลังงานได้มากถึง 10 ATP โดย 1 ATP จะได้
จากกระบวนการ Krebs cycle โดยตรง และอีกประมาณ
9 ATP จะได้จากกระบวนการ oxidative
phosphorylation ของ FADH₂ และ NADH ที่เป็น
ผลผลิตของกระบวนการ.

26
Nucleotide biosynthesis
• De novo pathway
วิถีการสังเคราะห์หลัก โดยนิวคลิโอไทด์จะจะถูกสังเคราะห์จากสารตั้งต้นที่
เป็นสารอื่น เช่น กรดอะมิโนต่างๆ , Ribose-5-phosphate, CO2 นามาทาปฏิกิริยาหลาย
ขั้นตอนจนได้ ribonucleotide

• Salvage pathway
วิถีการสังเคราะห์แบบประหยัด เกิดจากการนาเอาเบสอิสระ นิวคลิโอไซด์
หรือนิวคลีโอไทด์อื่นๆที่มีอยู่แล้วภายในเซลล์กลับมาใช้สังเคราะห์นิวคลีโอไทด์ที่ต้องการใช้งาน
อีกครั้ง เป็นวิธีง่ายๆ มีเพียง 1-2 ปฏิกิริยา

27
Phosphoribosyl pyrophosphate (PRPP)
• Ribose-5-phosphate (Pentose phosphate pathway)
• Add Phosphate by ATP
• Ribose phosphate pyrophosphokinase (PRPP synthetase)
• Phosphoribosyl pyrophosphate (PRPP): Active form of ribose-5-phosphate (Sugar + Phosphate)

PRPP synthetase
Mg2+

28
 De novo and Salvage pathways

2 Glutamine
1 Glycine
1 CO2
1 Aspartate
Purine synthesis enzymes
PPAT: phosphoribosyl pyrophosphate amidotransferase
2 Formate
GART: Glycinamide Ribonucleotide Transformylase
PFAS: Phosphoribosylformylglycinamidine Synthase
PAICS: Phosphoribosylaminoimidazole Carboxylase And
Phosphoribosylamino-imidazolesuccinocarboxamide Synthase
ADSL: Adenylosuccinate Lyase
ATIC: 5-Aminoimidazole-4-Carboxamide Ribonucleotide Formyltransferase
IMPDH: Inosine Monophosphate Dehydrogenase
GMPS: Guanine Monophosphate Synthase
ADSS: Adenylosuccinate Synthase
HPRT: hypoxanthine phosphoribosyltransferase 29
APRT: adenine phosphoribosyltransferase
 De novo and Salvage pathways

1 Glutamine
1 CO2
1 Aspartate

Pyrimidine synthesis enzymes

CAD: Carbamoyl-Phosphate Synthetase 2, Aspartate
Transcarbamylase, And Dihydroorotase
DHODH: Dihydroorotate Dehydrogenase
UMPS: Uridine Monophosphate Synthetase

Cytidine Uridine
Pyrimidine salvage pathway
30
CTP dTMP
31
Deoxyribonucleotide Synthesis
• From Ribonucleotide to Deoxyribonucleotide

+ H2O

32
Regulation of nucleotide biosynthesis

• กระบวนการควบคุมแบบย้อนกลับ เมื่อผลิตภัณฑ์ของกระบวนการเพิม่ สูงขึ้นจะไป

ยับยั้งการทางานของเอนไซม์บางชนิดที่ทาหน้าที่ในกระบวนการ

33
Regulation of purine biosynthesis

1
2

34
Regulation of pyrimidine biosynthesis

1
1

35
การสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์โคเอนไซม์

36
Nucleotide coenzymes
• Nicotinamide coenzyme (NAD+, NADP+) - tryptophan → quinolinate/niacin (nicotinate)/food (nicotinamide)
• Flavin coenzyme (FMN, FAD) - Vit B2 (riboflavin)
• Coenzyme A (CoA) - pantothenic acid (Vit B5)/cysteine

FAD
37
Nicotinamide coenzyme
• Redox reactions
• Exists in two forms: an oxidized (NAD+, NADP+) and
reduced form (NADH, NADPH)
• De novo synthesis occurs in the liver from tryptophan
and in the kidney and macrophages from nicotinate,
or recycling from nicotinamide.
• Essential roles in metabolism - a coenzyme in redox
reactions, ATP production, ATC cycle, ADP-
ribosylation reactions, a precursor of the second
messenger molecule cyclic ADP-ribose, a substrate
for bacterial DNA ligases and a group of enzymes
called sirtuins
• อาหารที่มี Vitamin B3 สูง เช่น ยีสต์ เนื้อสัตว์ นม และผักใบ
เขียว สัตว์ปีก ปลาเนื้อแดง ถั่วเปลือกแข็ง พืชตระกูลถั่ว
38
Flavin coenzyme
• Riboflavin (Rf) → flavin mononucleotide (FMN)
→ flavin adenine dinucleotide (FAD) Riboflavin kinase FAD synthase

• Riboflavin = Vitamin B2
• Redox reaction – ให้และรับได้ 2 อิเล็กตรอน (2H)
• ATC cycle, electron transport chain, DNA repair, FAD diphosphatase
Chromatin remodeling, ATP production, Rf FMN phosphohydrolase

antioxidant, and etc. FMN

• Vitamin B2 – นม หอยนางรม เห็ด ตับ เนย ผักใบเขียว

เช่น ผักโขม บล็อกโคลี
FAD

39
Coenzyme A (CoA)
• From vitamin B5
• Roles as an intermediator in metabolic pathways - Fatty acid
synthesis and ATC cycle
• Vitamin B5 – เนื้อสัตว์ ตับ มันฝรั่ง ธัญพืชไม่ขัดสี เมล็ดทานตะวัน อะโวกาโด
เห็ด กะหล่าปลี

40
โรคที่เกิดจากความผิดปกติ
ของเมแทบอลิซึมของนิ วคลีโอไทด์

41
Metabolic disorder
• Gout
- Turnover of nucleic acid (อาหารที่มีพิวรีนสูง, PRPP synthetase ผิดปกติ, การดูดซึมของไตผิดปกติ,
ขาด Glucose-6-phosphatase เป็นต้น)

• Lesch-Nyhan syndrome
- Inborn error of metabolism…ขาด HGPRT (Salvage pathway)

• Orotic aciduria
- ถ่ายทอดทางพันธุกรรม...ขาด orotate phosphoribosyl transferase/orotidylic acid decarboxylase
(megaloblastic anemia)
42
Gout
• Accumulation of excess uric acid
• เกณฑ์ปกติ 0.1-0.5 mmol/L = 2.5-8.0 mg/dL (male: 3-7 mg%, female: 2-6 mg%)
• Needle-shaped sodium urate crystals
• Decreased renal clearance, HGPRT deficiency, Glucose-6-phosphatase
deficiency (increase the synthesis of ribose-5-phosphate → PRPP →
Purines → serum uric acid)
• ยารักษา Allopurinol *** Hypoxanthine ***xanthine oxidase

43
Lesch-Nyhan syndrome
• Hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase (HGPRT)
deficiency…Salvage pathway
• X-linked recessive disorder (The gene encoding HGPRT is located
on the X chromosome) or new mutation (1 ใน 3)
• Over accumulation of PRPP
• Stimulates purine biosynthesis by up to 200 fold → uric acid
accumulates to high levels → Gouty arthritis and severe
neuropathology → Mental retardation
• เกิดความผิดปกติทางระบบประสาท ปัญญาอ่อน ทาร้ายตนเอง เคลื่อนไหว
ผิดปกติ การสะสมของยูริคในร่างกาย เกาต์ ไตวาย เสียชีวิต

44
Lesch-Nyhan Syndrome

Gout drugs

45
Orotic aciduria
• A deficiency of UMP synthase (unable to convert orotic acid into UMP) – ยีน
บนโครโมโซม 3 (autosomal recessive disorder)
• UMP synthase; Orotate phosphoribosyl transferase (OPRT) and OMP
decarboxylase
• Anemia resulting from defects in red blood cell maturation
• Orotic acid crystals form in urine, causing obstruction of the urinary tract
• มีอาการเฉี่อยชา โลหิตจางรุนแรง ร่างกายอ่อนแอ เจริญเติบโตช้า
• Treated with chronic uridine therapy (ต้องกินอาหารที่มียูริดีนสูงตลอดชีวิต)

46
Orotic aciduria

47