Chương 7.

Đường hướng trao đổi chất

(Metabolic pathways)

- Phân giải: catabolism

- Tổng hợp: anabolism

1
 Phát triển các quá trình sinh học

• Quá trình sinh học tổng hợp sản phẩm dựa trên khả
năng trao đổi chất của sinh vật,
• Lựa chọn sinh vật có chứa con đường TRĐC mong
muốn, có khả năng tổng hợp sản phẩm :
– Tác nhân sinh vật tự nhiên (wild type)
– Tác nhân cải biến con đường TRĐC (metabolic
engineering): cắt/ ghép các gen cần cho con đường
TRĐC tạo sản phẩm

➢ Hiểu biết các con đường trao đổi chất là chìa khóa

2
 Con đường trao đổi chất
• Trao đổi chất bao gồm tập hợp các phản ứng hóa học xảy ra
trong cơ thể sống, cho phép tế bào phát triển, tái tạo, và phản
ứng lại với môi trường sống.
• TRĐC xảy ra nhờ tập hợp các enzym xúc tác các phản ứng nói
trên, chuyển hóa cơ chất bên ngoài tế bào thành các sản phẩm
bên trong tế bào, có thể tiết ra ngoài tế bào
• Đặc điểm TRĐC:
– Khác nhau đối với SV khác nhau Kiểm soát
– Bị ảnh hưởng/thay đổi bởi môi trường sống quá trình
Ví dụ: Saccharomyces cerevisae
Điều kiện Sản phẩm
Yếm khí Ethanol
Hiếu khí CO2+H2O
Hiếu khí, nồng độ glucose cao (Hiệu ứng Cabtree) Ethanol 3
4
Thuật ngữ
– Dị hoá (Catabolism): Các phản ứng TRĐC phân giải
các chất dinh dưỡng thành các tiền chất và/hoặc thu
nhận năng lượng
– Đồng hoá (Anabolism): Các phản ứng TRĐC tổng hợp
các chất /thành phần của cơ thể nhờ tiền chất và năng
lượng thu được
– Sản phẩm trao đổi chất (Metabolite): sản phẩm cuối của
quá trình trao đổi chất
– Sản phẩm trao đổi chất trung gian (Intermediate
metabolite (phân tử lượng thấp< 1000)

5
 Phân giải chất dinh dưỡng (catabolism)
Proteins → Amino Acids,
Polysaccarit → Monose
Lipit → Axit béo, rượu bậc cao…
….. …..

Tổng hợp thành phần cơ thể (anabolism)

Proteins Amino Acids
Polysaccharit Monose
Lipit Axit béo, rượu bậc cao…
Axit nucleic Nucleotit…
6
 Nguồn năng lượng

Hình thức sinh năng lượng:

- Quang năng (phototroph)
- Hóa năng (chemotroph)

Nguồn Chất mang Chất nhận

Electrons Electrons điện tử
cuối cùng

Nguồn Cacbon

Hình thức dinh dưỡng :

- CO2/CO3-2: tự dưỡng (autotroph)
- Hợp chất hữu cơ: dị dưỡng
(Heterotroph)
7
 Tự dưỡng Dị dưỡng
Tự dưỡng quang năng quang năng
Dị dưỡng
hóa năng hiếu khí hóa năng
Hô hấp

Hô hấp yếm khí

Phân nhóm sinh vật theo

đặc tính dinh dưỡng và
nguồn sinh năng lượng 8
Sự hình thành năng lượng trong
cơ thể sinh vật (dị dưỡng)
 Đại phân Chất dinh
tử của tế dưỡng
bào

Đồng Dị Quan hệ về
hoá hoá năng lượng và
các quá trình
trao đổi chất:

Tiền chất Tiền chất

Sản phẩm cuối
cùng + năng
lượng
10
 Hợp chất cao năng lượng

• Khái niệm:
– Được tạo thành khi tạo ra liên kết giàu năng,
hấp thụ/dự trữ một lượng năng lượng lớn
– Khi thủy phân, giải phóng một lượng lớn năng
lượng, cung cấp cho tế bào
• Vai trò:
– Dự trữ năng lượng
– Cung cấp năng lượng cho cơ thể
• Hợp chất điển hình: ATP (adenosine
triphosphat) 11
Hợp chất cao năng lượng ATP
(adenosine triphosphat)

Adenosine nucleotide 12
 Cơ chế tạo, tích trữ và sử dụng năng lượng trong tế bào
thông qua ATP

ADP synthase
E-
30,6 KJ

PO4-

E ATP synthase
30,6 KJ

PO4-

ATP tái tạo ở người lớn

với tốc độ 9 × 1020/giây 13
 Các phương thức hình thành phân tử cao năng:
sự phosphoryl hoá
1. Phosphoryl hoá ở mức cơ chất: Nhóm P cao năng chuyển từ
một hợp chất chứa nó (cơ chất) sang ADP, năng lượng giải
phóng ra giúp hình thành liên kết cao năng mới, tạo ATP

14
2. Phosphoryl hoá oxy hóa
Năng lượng dự trữ trong NADH hay FADH2 được sử dụng
để tạo ATP.
Giai đoạn oxy hóa: vận chuyển điện tử trong chuỗi vận chuyển
điện tử

Giai đoạn phosphoryl hóa:

ADP + Pi → ATP

15
Chuỗi vận chuyển điện tử
 So sánh hai dạng phosphoryl hóa
Phosphoryl hóa ở mức cơ Phosphoryl hóa oxy hóa
chất
Tạo ra ATP nhờ enzym Kinase (xúc tác phosphoryl hóa)
Bản chất Vận chuyển nhóm P và năng Sử dụng gradient proton H+
lượng sinh ra từ cơ chất tới tạo ra trong chuỗi vận
ADP, tạo ATP chuyển điện tử, tạo ATP
Vị trí Tế bào chất và trongty thể Màng (trong) ty thể
Con đường Đường phân và chu trình Trong chuỗi vận chuyển
Kreb điện tử

16
CÁC HỢP CHẤT CAO NĂNG KHÁC

17
18
Mức năng lượng các hợp chất cao năng

19
20
 Co-Enzym oxy hoá khử

• NAD/NADH(NADP/NADPH)-Nicotin
adenin dinucleotit (phosphat): piridin
dehydrogenase: cấu tạo hơn 200 enzym

• FMN/FMNH, FAD/FADH (FADP/FADPH):

flavin dehydrogenase
21
NAD/(NADP): Nicotin adenin dinucleotit (phosphat)

Dạng
khử

Dạng
oxy Trong NADP, gốc OH thay
bằng liên kết este với nhóm
hoá phosphat 22
23
FMN, FAD: flavin mononucleotid/ flavin adenin dinucletotit

24
25
 Các dạng phản ứng trao đổi chất

Gồm 5 loại phản ứng do enzym xúc tác:

1. Oxy hoá khử: kiểm soát tốc độ quá trình-vai trò
điều hòa
2. Phản ứng bẻ gãy/tổng hợp mạch cacbon
3. Chuyển đổi nội tại mạch cacbon (đồng phân hoá,
loại nhóm)
4. Chuyển nhóm
5. Tạo gốc tự do
 Con đường
phân giải các hợp chất hữu cơ

27
 Sơ đồ tổng thể Protein Polysaccharide
Lipit Thủy Cn
phân
phân giải các hợp C6
chất hữu cơ ta oxy Đường
hóa phân
C3

C2
Chu trình
Lên men Kreb

Chuỗi hô
SP lên hấp
men

ATP
28
Glycolyse 1) Pha chuẩn bị

Hoạt hoá
glucose
C6 → C6

•ATP là hợp
chất cho (Pi)
nhóm
phosphat

Bẻ gãy
mạch
C6→C3

29
 2) Pha hoàn thiện

Phosphoryl
hoá ở mức
cơ chất (P vô
cơ)
- Tạo năng
lượng dự trữ
dưới dạng
ATP và
NADH.H+,
trong piruvat

30
 Tóm tắt Đường phân
• Con đường chung:
– glucose được oxy hoá thành 2 phân tử piruvat,
– năng lượng dự trữ chuyển thành 2ATP, dự trữ trong
coE khử và còn lại trong piruvat (60%).
• Ba dạng chuyển hóa:
– Phân cắt mạch C6 (glucose) thành C3 (piruvat)
– Phosphoryl hóa ở mức cơ chất chuyển ADP tạo
thành hợp chất cao năng ATP
– Chuyển ion H+ cho NAD, tạo NADH. H+
• Đường phân là quá trình không thuận nghịch
• Phương trình tổng thể glycolys

31
 Điều hòa dị lập thể EMP

32
Chuyển hoá yếm khí axit piruvic: Lên men

-Tái oxy hoá co-enzym khử

- Hiệu suất năng lượng:
2 ATP 2ATP/glucose
- Tiêu thụ glucose và tạo sản
phẩm lên men

2 Ethanol

33
 Hiệu quả năng lượng quá trình yếm khí

Quá trình yếm khí (lên men)

Pyruvat reduction -2NADH 3 or 5

_________
Total yield/glucose: ATP 2

34
 Coenzyme A (CoA)

- CoA cấu trúc từ VTM B5 (pantothenic acid)

- CoA: Hợp chất mang/vận chuyển nhóm acetyl (chủ yếu)
- Acetyl-CoA sử dụng trong nhiều con đường chuyển hóa trong
tế bào: vai trò quan trọng trong chuyển nhóm acetyl vào chu
trình Kreb trong chuyển hóa glucose 35
 Oxy hóa piruvat tới Acetyl-CoA

C3 → C2

Enzyme: Pyruvate decarboxylase 36

1. Tách CO2 vào môi trường: C đầu tiên của glucose bị tách
2. NAD+bị khử tới NADH:
- Gốc hydroxyethyl bị oxy hóa tới acetyl
- NAD+ bị khử thành NADH.
3. Nhóm acetyl chuyển cho CoA, tạo acetyl CoA.

Lưu ý: trong hô hấp hiếu khí (phân giải hiếu khí), khi một C bị loại
bỏ, sẽ kết hợp với 2 O, tạo CO2, SP cuối chủ yếu của hô hấp hiếu37
khí
 C2

C4 C6

Chu NADH C6
trình
C4
Kreb FADH
CO2

C5

C4
ATP

CO2 38
 C2

C4 C6

C6
Chu trình C4
Kreb
C5

C4

39
40
 Tóm tắt chu trình Kreb

• CH3COSCoA →2CO2 + 1 ATP + 1FADH +3 NADH

• Sau mỗi vòng Kreb, một mảnh C2 được phân
giải
• Sản phẩm: ATP, coE khử
• Các sản phẩm trung gian: axit hữu cơ, tiền
axit amin

41
Chuỗi hô
hấp

42
43
 Thế
oxy hóa khử
các cặp oxy
hóa khử

44
 Vai trò chuỗi hô hấp

– Nhận điện tử từ chất cho điện tử và vận chuyển

tới chất nhận cuối cùng là oxy (quá trình bắt
buộc là hiếu khí)

– Thứ tự sắp xếp các CoE trong chuỗi hô hấp theo

độ tăng thế oxy hóa của chúng

– Tích luỹ năng lượng dưới dạng ATP

– Tái tạo CoE oxy hóa.

45
Hiệu quả năng lượng quá trình hiếu khí

6
2
6
18
4
2
----
36-38

46
 So sánh hiệu quả năng lượng
Quá trình hiếu khí (oxy hóa)

Quá trình yếm khí (lên men)

Pyruvat reduction -2NADH 3 or 5

_________
47
Total yieled/glucose 2
 Điều hoà oxyhoá axit
pyruvic tạo năng
lượng
Chất điều hòa âm:
- Enzym dị lập thể
-Acectyl Co-A
-Xitrat
-Axit béo (acetyl-CoA)
-NADH
-ATP
Chất điều hòa dương:
- AMP/ADP
- Ca+2
- NAD+
48
Chuyển hoá các
49
hexose khác
 Các con đường cơ bản chuyển hoá gluxit khác
Năng lương, CO2

SV tự Tổng
dưỡng hợp

Polysaccarit Cn

thuỷ phân Tổng

hợp

Entner douduroff C6

Chu trình Glycolyz

pentozophosphat

Lên men
C3
Acetyl Coenzyme A C2
Kreb
50
Chuỗi hô hấp
 Glycolyz

Pentozophosphat
51
(hexose monophosphate)
Non-oxydative phase
52
53
 Pentose phosphate pathway
(hexose monophosphate)

a. Có ở một vài vi khuẩn, tế bào đồng thời với đường

phân
b. Tạo NAD(P)H cho các phản ứng tổng hợp, sửa chữa
sai hỏng do oxy hóa protein, L,…
c. Cung cấp chất trung gian tổng hợp nucleic acid, acid
amin và đường phân
a. Ribose 5-P cho tổng hợp nucleic acid
b. Glyceraldehyde 3-P, fructose 3-P cho glycolyse
c. Erythrose 4-P cho tổng hợp axit amin

54
 Glucose
ATP
ADP
Glucose 6-phosphate
NADP+
NADPH
6-phosphogluconic acid

2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconic acid

Pyruvic acid Glyceraldehyde 3-phosphate

+
NAD
NADH
1,3-diphosphoglyceric acid
ADP
ATP
3-phosphoglyceric acid

The Entner-Doudoroff 2-phosphoglyceric acid

Pathway phosphoenolpyruvic acid

ADP
ATP
pyruvic acid 55
 Entner-Doudoroff

• Chỉ có ở một vài vi khuẩn Gram (-), thay thế cho

glycolyse

• Sản phẩm: pyruvate, NADH, NADPH, ATP

56
 Cơ sở các quá
trình lên men Axit amin
công nghiệp

-Tác nhân sinh vật

-Đặc điểm dinh dưỡng
-Đặc điểm hô hấp 57
 Thủy
phân

Phân
-oxy
giải hóa
Lipid

Oxy
hóa
acetyl-
CoA

58
https://www.youtube.com/watch?v=uYutpPY7xcw&t=665s 59
 Các giai đoạn phân giải axit béo

1. Carnitin transport
2. Beta-
oxydation

3. Chuyển hóa
acetyl-CoA
60
 Cơ chế

Ba giai đoạn
1. Hoạt hóa axit béo trong dịch bào

Acetyl CoA synthetase- Thiokinase

Mg2

61
2. Vận chuyển axit béo đã hoạt hóa vào ty
thể

62
3. Beta oxy hóa axit béo trong ty thể
Bốn giai đoạn:
1. oxy hóa (nhờ FADdehydrogenase)
2. Hydrate hóa (bởi hydratase)
3. Oxy hóa (NAD dehydrogenase)
4. Phân cắt (thiolase)

63
Beta oxy hóa

Chu trình
Kreb

Keton
synthesis
 Oxy hóa Palmitic Acid - Hiệu quả ATP

• Palmitic: C-16
• Cần 1 ATP (hoạt hoá bởi acetyl-CoA)
• Một vòng beta-oxy hóa:
– FADH.H (e.t.c.) = 2 ATP 5 ATP
– NADH.H (e.t.c.) = 3 ATP
• Palmitic Acid = 16 carbon = 8 mảnh acetyl-CoA
• Số vòng beta-oxy hoá = 8-1 = 7
• ATP do beta oxy hoá= 7 vòng beta oxyhoá x 5 = 35 ATP
• ATP do oxy hoá acetyl CoA: 8 x 12 = 96 ATP
• ATP tổng số từ oxy hoá Palmitic:
35 - 1 + 96 = 130 ATP
65
 Beta oxy hoá axit béo mạch C lẻ

CH 3CH 2CH 2--CH2CH 2--CH2CH 2--CH2CH 2--CH2CH 2--CH2COSCoA

5 Cycles

5 CH3COSCoA + CH3CH2COSCoA Propionyl CoA

Propionyl CoA Carboxylase
TCA Cycle ATP/CO2

CO2 H CO2 H
Mutase Epimerase
CH 3 -C-H H-C-CH3
HO 2CCH 2CH 2COSCoA
Succinyl CoA Vit. B12 COSCoA COSCoA
L-Methylmalonyl D-Methylmalonyl
CoA CoA
66
 Beta oxihoá axit béo không no

H H
CH 3(CH2)7-C=C-CH 2(CH2)6COSCoA
Oleoyl CoA
Beta Oxidation
(3 Cycles)

H
H H Isomerase

CH 3(CH2)7-C=C-CH 2COSCoA CH 3(CH2)7-CH2-C=C-COSCoA

trans- 2 H
cis- 3

Beta Oxihoá
67
 Beta oxyhoá axit béo mạch nhánh

CH3 CH3
- Thiếu hụt enzym gây tích
CH 3(CHCH 2CH 2CH 2)3CHCH 2CO 2H luỹ Phytanic acid trong cơ
gây: suy thần kinh, thận, rối
Phytanic Acid loạn tổng hợp da, xương,
(phân cắt chlorophyll) chuyển động

-Hydroxylase
CH3 CH3
CH 3(CHCH 2CH 2 CH 2 )3CHCHCO 2H CO2
CH3 CH3
OH
-Oxidation CH 3(CHCH 2 CH 2 CH 2 )3 CHCO 2 H
(in peroxisomes) Pristanic Acid
68
 Beta oxyhoá axit béo mạch nhánh (tiếp)

CH3 CH3 HS-CoA CH3 CH3

CH 3(CHCH 2CH 2CH 2)3CHCO 2H CH 3(CHCH 2CH 2CH 2)3CHCOSCoA

Pristanic Acid Pristanoyl CoA

Beta Oxidation
CH3 (6 cycles)

CH3CHCOSCoA + 3 CH3CH2COSCoA + 3 CH3COSCoA

iso-Butyryl CoA Propionyl CoA Acetyl CoA

HO 2CCH 2CH 2COSCoA TCA Cycle

Succinyl CoA

69
70
Bệnh do thiếu hụt enzym
phân giải axit béo

71
 Chu trình
phân giải axit amin 72
Chuyển
hoá
axit
amin
thành
acetyl-
CoA

73
Chuyển hoá axit amin
thành piruvat

74
Chuyển hóa axit amin thành –xetoglutarate

75
Tổng hợp các hợp chất

76
Tổng hợp các gluxit

77
 Glycolyse và
gluconeoge-nesis
- Tổng hợp glucose khi
thiếu nguồn C (cung cấp
ATP cho cơ thể)

• Một số quá trình

thuận nghịch
• Một số quá trình
không thuận nghịch,
xúc tác bởi:
– Hexokinase
– PFK-1
– Piruvat kinase 78
 Điều hòa Gluconeogenesis

Rate Limiting
step

79
Chu trình
Calvin
đồng hoá
CO2

80
81
82
Tổng hợp lipit
Lipogenesis

83
84
85
86
87
88
89
Tổng hợp
axit amin,
nucleotit,
amin

90
91
Quan hệ chu trình urea và Kreb
92
Tổng hợp protein
93
 Các giai đoạn tổng hợp protein

• Phiên mã (mRNA)
• Dịch mã
• Sau dịch mã: tạo cấu trúc (folding, chaperon),
cắt, nối, glycosyl hóa

Tổng hợp Protein:

Sinh học phân tử, kỳ 1, năm thứ tư
94
Điều hòa trao đổi chất

95
 Các dạng điều hòa trao đổi chất

1. Tối ưu hóa hiệu quả sử dụng năng lượng bằng cách

hạn chế các con đường trao đổi chất đối chiều vận
hành đồng thời ( glycolysis và gluconeogenesis);

2. Phân bổ hợp lý các chất trao đổi giữa các con đường
trao đổi chất (glycolysis và pentose phosphate);

3. Thiết kế sử dụng năng lượng phù hợp cho nhu cầu tế

bào (glucose, fatty acids, glycogen, amino acids);

4. Kiểm soát nồng độ các sản phẩm tổng hợp: FEEDBACK

Sai lệch trong điều hòa trao đổi chất bệnh

96
1. Tối ưu hóa hiệu quả sử
dụng năng lượng bằng cách
hạn chế các con đường trao
đổi chất đối chiều vận hành
đồng thời ( glycolysis và
gluconeogenesis);
 Glucose
2. Phân bổ hợp lý
các chất trao đổi

Con
đường
tổng hợp

Pentozophosphat
(hexose monophosphate)
3. Thiết kế sử dụng
năng lượng phù hợp
cho nhu cầu tế bào:
Điều hoà oxyhoá
axit piruvic

- Enzym dị lập thể

-Axit béo (acetyl-
CoA)
-NADH
-ATP
-NADH là chất điều
hòa
-khi được sinh ra
nhiều hơn nhu cầu
sử dụng cho tổng
hợp và khử
glutathion → điều
hòa
pentozophosphat,
chuyển sang con
đường glycolysis
4. Kiểm soát nồng độ các sản phẩm tổng hợp

Kiểm soát hoạt động enzym

Feedback
Điều hòa phản ứng enzym theo cơ chế liên hệ ngược-
Feedback regulation

• Enzym kiểm soát chuỗi phản ứng: Enzym dị lập thể

• Sản phẩm cuối chuỗi phản ứng: Chất dị lập thể
• Hai dạng kiểm soát:
- Điều hòa âm: Ức chế
102
- Điều hòa dương:Hoạt hóa
 Biotechnology
Khái niệm:
- Sử dụng cơ thể, hệ thống, quá trình sinh học để tạo ra
sản phẩm với mục tiêu cải thiện chât lượng cuộc sống.
(Biotechnology is the use of biological processes,
organisms, or systems to manufacture products intended
to improve the quality of human life)
. Nông nghiệp: lai tạo, quá trình đầu tiên (The earliest
biotechnologists were farmers who developed improved
species of plants and animals by cross pollenization or
cross breeding).
• CNSH hiện đại

103
• Phân ngành CNSH:
– “Red biotechnology”: CNSH y-dược: thuốc, tế bào
gốc, liệu pháp gen (medical processes such as
getting organisms to produce new drugs, or using
stem cells to regenerate damaged human tissues and
perhaps re-grow entire organs).
– “White (gray) biotechnology”: CNCN: hiệu quả SX
hóa chất, nhiên liệu, năng lượng sinh học (industrial
processes such as the production of new chemicals
or the development of new fuels for vehicles).
– “Green biotechnology”: CNSH nông nghiệp (applies
to agriculture and involves such processes as the
development of pest-resistant grains or the
accelerated evolution of disease-resistant animals).
– “Blue biotechnology “(ít dùng): CNSH biển, thủy sản
104
• Red biotechnology is biotechnology applied to medical processes.
An example would include an organism designed to produce an
antibiotic, or engineering genetic cures to diseases through genomic
manipulation.
• White biotechnology, also known as '\grey biotechnology', is
biotechnology applied to industrial processes. An example would
include an organism designed to produce a useful chemical.
• White biotechnology tends to consume less resources that
traditional processes when used to produce industrial goods.
• Green biotechnology is biotechnology applied to agricultural
processes. An example would include an organism designed to
grow under specific environmental conditions or in the presence (or
absence) of certain agricultural chemicals.
• Green biotechnology tends to produce more environmentally friendly
solutions then traditional industrial agriculture. An example of this
would include a plant engineered to express a pesticide, thereby
eliminating the need for external application of pesticides.
• The term blue biotechnology has also been used to describe the
marine and aquatic applications of biotechnology, but its use is
relatively rare.
105
 Một số vấn đề để thảo luận của chương 7

• Khai thác khả năng dị hóa của sinh vật

trong lên men công nghiệp: ethanol-nhiên
liệu sinh học, dung môi, axit hữu cơ, các
sản phẩm sinh tổng hợp
• Cơ sở tạo lập các con đường phân giải
hợp chất mới:
– Khai thác nguồn nguyên liệu mới (khả năng
dinh dưỡng của sinh vật) của CNSH
– CNSH công nghiệp dựa trên các sinh vật cải
tạo gen
106