Während des Zweiten Weltkriegs unternahm er 1939 eine halboffizielle Reise nach

Skandinavien, um von dort dem Unterhaus über den finnisch-sowjetischen

Winterkrieg zu berichten.[48] Während der sogenannten Norwegendebatte am 7. und
8. Mai 1940 stimmte Macmillan (als einer von 80 konservativen Abgeordneten)
gegen die Regierung Chamberlains, der im Anschluss an die Debatte
zurücktrat.[49] In unmittelbarer Folge gehörte Macmillan der neugebildeten
Koalitionsregierung an. Von Premierminister Winston Churchill in seine
Kriegsregierung berufen, arbeitete er zunächst zwei Jahre beim Ministry of
Supply unter Lord Beaverbrook,[50] bevor er für kurze Zeit als
Unterstaatssekretär in das Kolonialministerium wechselte.[51] Dazu gehörte er
auch dem Privy Council an, eine Ernennung, die ebenfalls auf eine Initiative
Churchills zurückging.[52]

Im Jahr 1942 wurde er Repräsentant der britischen Regierung (Minister Resident)

beim alliierten Hauptquartier (kurz AFHQ) im westlichen Mittelmeerraum.[53]
Dieser Posten, nominell mit Kabinettsverantwortung verbunden, bedeutete einen
Karrieresprung für Macmillan. Dabei war er unter Umgehung des Außenministeriums
Churchill direkt unterstellt und sollte als Verbindungsmann zwischen
Kriegskabinett und dem lokalen alliierten Hauptquartier in Algier dienen.[54] In
dieser Funktion nahm er an der Konferenz von Casablanca teil.[55] Der klassisch
gebildete Macmillan beschrieb diese Konferenz in Anlehnung an das spätrömische
Reich ironisch als das Treffen zwischen dem Kaiser des Westens und dem Kaiser
des Ostens.[56] Während seiner Zeit in Nordafrika war es wiederholt seine
Aufgabe, als Vermittler Spannungen zwischen Briten und Amerikanern zu
bereinigen, die sich aus unterschiedlichen Sichtweisen über die Führung des
Krieges ergaben. Zudem musste er interne Rivalitäten im Französischen Komitee
für die Nationale Befreiung beseitigen.[57] Im Gegensatz zu Churchill und
Franklin D. Roosevelt stand Macmillan dabei Charles de Gaulle aufgeschlossen
gegenüber, der mit Churchill und Roosevelt wiederholte Auseinandersetzungen
hatte.[58] Macmillan verhinderte mit seiner Vermittlung, dass die
angloamerikanische Allianz de Gaulle ihre Unterstützung entzog.[59] Auch baute
Macmillan eine harmonische Beziehung zu Dwight D. Eisenhower und seinem
amerikanischen Pendant Robert Murphy auf.[60] Im Februar 1943 verunglückte das
Flugzeug, in dem er von Algier aus nach Alexandria fliegen sollte, noch beim
Start. Macmillan, der bei dem Unfall einem anderen Passagier das Leben rettete,
erlitt eine Gehirnerschütterung sowie Verbrennungen an Körper und im
Gesicht.[61]

Britische Einheiten während der Schlacht von Athen

Nach der erfolgreichen Alliierten Invasion in Italien siedelte Macmillan mit dem
AFHQ von Algier nach Caserta um.[62] Mit Roosevelts Zustimmung ernannte
Churchill Macmillan nun – zusätzlich zu seinen Funktionen als Resident Minister
und Berater des Oberbefehlshabers – zum Chief Commissioner der Alliierten
Kontrollkommission, was seinen Einfluss und Aktionsradius noch einmal
beträchtlich erweiterte. Allerdings brachte ihn dies auch in Konflikt zu
Außenminister Anthony Eden, der mit Macmillan in diversen Sachfragen nicht
übereinstimmte und um seine eigene Stellung fürchtete.[63] Im weiteren
Kriegsverlauf spielte er eine entscheidende Rolle bei der Installation vo n
Erzbischof Damaskinos Papandreou als griechischen Regenten;[64] während der
Schlacht um Athen gelang es Macmillan, in der belagerten britischen Botschaft
Churchill von der Regentschaft zu überzeugen. Dieser hatte eigentlich eine
Restauration der Monarchie unter dem unpopulären Georg II. präferiert.[65] Am
12. Mai 1945, kurz nach Deutschlands bedingungsloser Kapitulation, flog
Macmillan nach Klagenfurt am Wörthersee, wo er sich mit dem Befehlshaber des
britischen 5. Korps, General Charles Keightley, traf. Im Raum standen
Diskussionen über den drohenden Konflikt mit Josip Broz Titos
Volksbefreiungsarmee, die Kärnten und Julisch Venetien teilweise besetzt hatte
und für das kommunistische Jugoslawien beanspruchte. Dabei riet er Keightley
(entsprechend einem Abkommen zwischen den Westmächten und der Sowjetunion, alle
sowjetischen Staatsbürger, die von britischen Truppen befreit waren, „ohne
Rücksicht auf deren Wünsche“ der Sowjetunion zu überstellen[66]), die dort
lagernden Kosakenverbände an die Rote Armee zu übergeben.[67] Macmillan kehrte
am nächsten Tag wieder nach Caserta und von dort nach England zurück, während
die endgültige Entscheidung über die Auslieferung erst bei einer
Militärkonferenz in Udine am 26./27. Mai 1945 fiel;[68] in den 1980er Jahren
sorgte seine Involvierung in diesen Vorgang, später unter anderem auch als
Lienzer Kosakentragödie bekannt geworden, jedoch für eine öffentliche
Kontroverse.