Machine Translated by Google

ARTIKEL
ARTIKEL PENELITIAN
PENELITIAN
Fidalgo
Fidalgo et
et al.,
al., Jurnal
Jurnal Mikrobiologi
Mikrobiologi Medis
Medis 2021;70:001367
2022;70:001367
DOI
DOI 10.1099/jmm.0.001367
10.1099/jmm.0.001367 MEMBUKA

MENGAKSES

Peningkatan diagnosis infeksi gastrointestinal menggunakan

PCR real-time multipleks semi-otomatis untuk mendeteksi
enteropatogen
dari enteropatogen
Berta Fidalgo1 , Elisa Rubio1 ,,
Victor Pendeta2 ,,
Marta Parera2 , Clara Ballesté-Delpierre3 , Mariana José Fernández1 ,,

Genoveva Cuesta Chasco1 , Andrea Vergara1,2, Yuliya Zboromyrska1 , Cristian Aylagas1 , Pilar Salvador1 ,,
Adan Fernández1 ,,

Míriam
M. Eugenia Valls1 , Míriam José
José Alvarez
Alvarez Martinez1
Martinez1 ,,
Aurea Mira4 ,, Maria Angeles Marcos1 , Jordi Vila1 , Miguel

J. Martinez1,3†,† dan Clement Casals-Pascual1,3, *,†,†

Casals-Pascual1,3,*,†,†

Abstrak
enteropatogen
Perkenalan. Identifikasi
sangat penting
enteropatogen
untuk penatalaksanaan
sangat penting klinis
untukpasien
penatalaksanaan
yang diduga
klinis
mengalami
pasien yang
infeksi
diduga
gastrointestinal.
menderita gastroin-Introduksi.
Sistem PCR multipleks
Identifikasi
FLOW
semi-otomatis
(FMPS) adalah(FLOW
platform
System,
semi-otomatis
Roche) untuk
(FLOWanalisis
System, PCR
Roche)
multipleks
untuk real-time.
infeksi testis multipleks. Sistem PCR multipleks FLOW (FMPS) adalah platform
analisis PCR waktu nyata.

Hipotesis/Pernyataan Kesenjangan.
seperti Hipotesis/Pernyataan FMPS memiliki
Kesenjangan. sensitivitas
FMPS memiliki yang lebih
sensitivitas besar
yang lebihuntuk
besarmendeteksi patogenpatogen
untuk mendeteksi enterik dibandingkan metodemetode
enterik dibandingkan standar
seperti
standarkultur,
sepertiidentifikasi biokimia,biokimia,
kultur, identifikasi imunokromatografi atau pemeriksaan
imunokromatografi, mikroskopis.
atau pemeriksaan mikroskopis.

Tujuan. Kinerja diagnostik FMPS dievaluasi dan dibandingkan dengan prosedur mikrobiologi tradisional.

Metodologi. Sebanyak
Sebanyak 10659 10.659
sampel sampel dikumpulkan
dikumpulkan dan dianalisisdan dianalisis
selama kurunselama Metodologi.
waktu 7 tahun. Dari tahun 2013 hingga 2018 (setiap bulan Juli hingga September),
menggunakan
sampel diolah menggunakan
metode kultur mikrobiologi
metode kulturstandar.
mikrobiologi
Pada standar.
tahun 2019,
PadaFMPS
tahundiimplementasikan
2019, FMPS dilaksanakan
menggunakan
hinggaPCR
September),
real-time sampel
untuk mendeteksi
diproses
enteropatogen berikut: Shigella spp., Salmonella spp
spp.,.,Campylobacter
Campylobacterspp.,
spp.,Giardia
Giardiaintesti-
intestinalis,
menggunakan
Entamoeba
PCR
histolytica,
real-timeBlastocystis
untuk mendeteksi
hominis,
Cryptosporidum spp.,
spp., Dientamoeba Dientamoeba
fragilis, fragilis,
adenovirus, adenovirus,
norovirus norovirus dan rotavirus. nalis, Entamoeba histolytica, Blastocystis hominis, Cryptosporidum
dan rotavirus.
Metode kultur mikrobiologi standar (2013–2018) mencakup kultur tinja, mikroskop, dan imunokromatografi.

Hasil. Sebanyak
1078 sampel tinja1078 sampel
dianalisis tinja dianalisis
secara prospektifsecara prospektif
menggunakan menggunakan
FMPS FMPSSeptember
dari Juli hingga dari Juli hingga September
(2019): (2019): parasit,
patogen bakteri, bakteri, dan
Hasil. Sebanyak
virus diidentifikasi
masing-masing
pada 15,3, 9,71 pada 15,3, 9,71,
dan 5,29% dan
kasus. 5,29%periode
Selama kasus. Selama periode
6 tahun yang yang
sama sama yaitu 6proporsi
(2013–2018), tahun, patogen parasit
identifikasi dan
positif virus diidentifikasi
menggunakan metode masing-masing
mikrobiologi
standar dari hingga
tahun 2013 tahun 2013
2018hingga
adalah2018 adalah
signifikan signifikan
-sangat (2013–2018),
rendah. proporsi
Peningkatan identifikasi
pemulihan positif menggunakan
yang signifikan terlihat padametode
semuamikrobiologi standar
spesies bakteri yangdari
diuji:
Shigella spp./enteroinva-cantly
enteroinva-sive Escherichia colilebih rendah.
(EIEC) Peningkatan
(P <0,05), pemulihan
Salmonella spp. (Pyang signifikan
<0,05) diamati untukspp.
dan Campylobacter semua spesies
(P <0,05). bakteri yang
Perbedaan diuji:
yang Shigellajuga
mencolok spp./
terdapat padaG.intestinal,
pada parasit EscherichiaCryptosporidium
coli (EIEC) (P <0,05), Salmonella
spp. dan D.fragilis.spp. (P <0,05) dan Campylobacter spp. (P <0,05). Perbedaan mencolok juga diamati
diamati untuk parasit G.intestinal, Cryptosporidium spp. dan D.fragilis.

Kesimpulan. Hasilanalisis
mendukung nilai ini mendukung nilai analisis
PCR real-time PCRuntuk
multipleks multipleks real-time
mendeteksi untuk enterik
patogen mendeteksi
dalampatogen enterik
diagnosis di laboratorium-Kesimpulan.
laboratorium Hasil ini
dengan kinerja luar biasa dalam
mikroorganisme
mengidentifikasi labil.
mikroorganisme
Identifikasi mikroorganisme
labil. Identifikasi yang
diagnosis
tidakmikro-ratori
diduga untuk yang
gambaran
tidak diduga
klinis dengan
yang kurang
kinerja
spesifik
luar biasa
juga dalam
dapat mengidentifikasi
berdampak pada praktik
klinis dan membantu
organisme mengoptimalkan
untuk presentasi klinis yangmanajemen pasien.
kurang spesifik juga dapat berdampak pada praktik klinis dan membantu mengoptimalkan manajemen pasien.

Diterima 16 Oktober 2020; Diterima 18 April 2021; Diterbitkan 13 September 2021

Afiliasi penulis: 1 Departemen Mikrobiologi, Klinik Rumah Sakit, Barcelona, Spanyol; 2 Inti Biologi
Molekuler,
Molekuler,
Klinik
Klinik
RumahRumah
SakitSakit
Barcelona,
Barcelona,
Barcelona,
Barcelona,
Spanyol;
2 Inti Spanyol;
Biologi 3
Institut
KesehatanBarcelona
Global Barcelona
(ISGlobal),(ISGlobal),
Klinik Rumah
Klinik
Sakit
Rumah
– Universitat
Sakit – Universitat
de Barcelona,
de Barcelona,
Barcelona,Barcelona,
Spanyol; 4Spanyol;
Pusat Diagnostik
3 Institut Kesehatan
Biomedis 4 Global
Pusat Diagnostik
Sakit,Biomedis
Universitas
(CDB),
Barcelona,
Klinik Rumah
Barcelona, Spanyol.
(CDB), Klinik Rumah Sakit, Universitas Barcelona, Barcelona, Spanyol.
*Korespondensi: Clement Casals-Pascual, ccasals@clinic.cat
Kata Kunci: diagnostik; enteropatogen; infeksi saluran cerna; PCR waktu nyata multipleks; metode standar.
Singkatan: FMPS, sistem PCR multipleks FLOW; GI, pencernaan.
†Para penulis ini memberikan kontribusi yang sama untuk pekerjaan ini
†Para penulis ini berbagi kepenulisan senior.
Tiga tabel tambahan tersedia dengan versi online artikel ini.
001367 © 2021 Penulis

Ini adalah artikel akses terbuka yang didistribusikan di bawah ketentuan Lisensi NonKomersial Atribusi Creative Commons.
001367 © 2021 Penulis
1
Machine Translated by Google

Fidalgo et al., Jurnal Mikrobiologi Medis 2022;70:001367

Perkenalan bulan-bulan dengan masuknya sampel terbesar (Juli, Agustus dan

September) dari tahun 2013 hingga 2019.
Infeksi saluran cerna (GI) merupakan masalah kesehatan masyarakat
yang utama. Di seluruh dunia, infeksi saluran cerna menyebabkan dua Sampel yang dikumpulkan untuk penelitian ini adalah pasien yang
miliar kasus setiap tahunnya, dan diare merupakan penyebab kematian datang ke unit gawat darurat, pasien yang dirawat di bangsal rumah
kedua terbanyak pada anak di bawah usia 5 tahun [1, 2]. sakit berbeda, dan pasien yang datang ke Klinik Perjalanan/Departemen
Dalam banyak kasus, infeksi ini dapat sembuh dengan sendirinya dan Kesehatan Internasional, dengan dugaan klinis diare pelancong.
hilang dalam beberapa hari. Namun, pada populasi tertentu seperti bayi
baru lahir, bayi, pasien dengan gangguan sistem kekebalan tubuh, dan
orang lanjut usia, komplikasi yang berpotensi serius dapat terjadi dan Metode laboratorium
mengancam jiwa. Dalam konteks ini, identifikasi agen penyebab yang
Pada tahun 2013 hingga 2018, sebanyak 9581 sampel feses diolah
benar dan cepat masih menjadi tantangan di laboratorium mikrobiologi
menggunakan metode kultur mikrobiologi standar, yaitu kultur bakteri,
klinis. Berbagai macam patogen bakteri, parasit dan virus telah
pemeriksaan konsentrasi dan mikroskop untuk parasit, serta
dilaporkan berhubungan dengan infeksi GI [3].
imunokromatografi untuk adenovirus dan rotavirus. Tes diagnostik yang
berbeda dilakukan berdasarkan kecurigaan diagnostik dan kriteria klinis
Diagnosis infeksi GI menggunakan metode standar seperti tertentu. Pemeriksaan rutin (kultur tinja, mikroskop, dan
kultur, identifikasi biokimia, imunokromatografi atau imunokromatografi) dilakukan dalam waktu 24 jam setelah sampel tiba
pemeriksaan mikroskopis memakan waktu dan seringkali di laboratorium.
kurang sensitif dan spesifisitas. Deteksi spesifik dan
kuantifikasi materi genetik dalam sampel biologis telah
Sampel feses dikultur pada cawan agar CCDA (Oxoid, Basingstoke,
menunjukkan dampak yang signifikan di semua bidang
UK) untuk isolasi Campylobacter, cawan agar SS (Becton Dickinson,
kesehatan, terutama penyakit menular [4-6]. Diagnosis
Heidelberg, Jerman) untuk Shigella dan Salmonella, cawan agar CIN
molekuler penyakit menular adalah bidang penelitian yang
(Oxoid) untuk Yersinia, agar darah ( Oxoid, Basingstoke , Inggris) dan
dinamis dan terus berkembang yang telah merevolusi diagnosis klinis.
agar MacConkey (Becton Dickinson, Heidelberg, Jerman). Kaldu
Gambaran klinis biasanya tidak spesifik terhadap patogen, sehingga Pengayaan Salmonella Rappaport–Vassiliadis (VWK Chemicals, Merck-
menyoroti perlunya peningkatan diagnostik untuk mengoptimalkan KGaA, Darmstadt, Jerman) digunakan sebagai langkah pengayaan
manajemen pasien. Dalam konteks ini, alat diagnostik molekuler yang untuk perolehan Salmonella, diikuti dengan pelapisan pada agar SS.
menargetkan beberapa patogen secara bersamaan mungkin mempunyai Identifikasi Campylobacter, Salmonella, Yersinia, Aeromonas dan E.
dampak besar dalam praktik klinis. Sejumlah besar panel molekuler coli dilakukan dengan menggunakan spektrometri massa waktu
saat ini tersedia [7]. Beberapa platform ini telah divalidasi, seperti panel penerbangan desorpsi/ionisasi berbantuan matriks (MALDI-TOF)
patogen gastrointestinal (GPP) xTAG (Luminex Molecular Diagnostics, (Bruker, Bremen, Jerman). Serotipe Salmonella dan Shigella ditentukan
Toronto, Kanada), yang secara bersamaan mendeteksi 15 patogen [8], melalui aglutinasi dengan antisera komersial (Bio-Rad, Mar-nes-la-
atau panel FilmArray GI (FilmArray) (BioFire, Inc., Salt Lake City, UT, Coquette, Prancis). Kerentanan antibiotik diuji menggunakan metode
USA), yang mendeteksi sebagian besar enteropatogen [9]. Panel difusi cakram mengikuti rekomendasi Komite Pengujian Kerentanan
molekuler komersial lainnya yang dikembangkan dalam beberapa Antimikroba Eropa (EUCAST) [12].
tahun terakhir termasuk Seeplex (Seegene, Seoul, Republik Korea),
Panel Bakteri Enterik BD MAX (Becton Dickinson GmbH, Heidelberg,
Jerman), RIDAGENE (RBiopharm AG, Darmstadt, Jerman) atau Panel
Gastroenteritis FTD (Fast Track Diagnostics, Junglinster, Luxembourg),
Koloni E. coli dari sampel diare pelancong diperiksa gen
antara lain [10, 11].
virulensi E. coli diare
(E coli enteroagregatif, E.coli enterotoksigenik yang menghasilkan
panas dan/atau enterotoksin labil, E. coli penghasil toksin mirip Shiga )
Berikut kami sajikan hasil implementasi FLOW multiplex menggunakan pengujian internal PCR titik akhir [13].
PCR system (FMPS), sebuah analisis PCR real-time Pemeriksaan mikroskopis sampel tinja dilakukan dalam formalin eter
multipleks 11 patogen menggunakan platform semi otomatis mertiolat pekat [14] atau langsung dari sampel tinja segar (hanya pada
(FLOW System, Roche) untuk mendeteksi patogen berikut : sampel diare) untuk mencari parasit . Kista coccidia dideteksi dengan
Shigella spp./enteroinvasif Escherichia coli mikroskop cahaya dari slide yang diwarnai Kinyoun [15]. Tidak ada
(EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Giardia usus, Entamoeba
pewarnaan khusus untuk D. fragilis yang digunakan selama periode
histolytica, Blastocystis hominis, Cryptosporidum spp., Dientamoeba
2013–2018.
fragilis, adenovirus, norovirus dan rotavirus.
Imunokromatografi digunakan untuk mendeteksi rotavirus dan
adenovirus dalam sampel tinja (Vikia Rota-Adeno, Biomerieux, Lyon,
Perancis). Kehadiran Norovirus terdeteksi oleh PCR real-time
Metode (MutaPLATE). Selama masa penelitian kami tidak menerima permintaan
Populasi penelitian khusus untuk deteksi norovirus.

Sebanyak 10659 sampel tinja dari 8305 pasien dengan penyakit Mulai tahun 2019 dan seterusnya, setelah FMPS divalidasi
gastrointestinal dianalisis di rumah sakit kami selama dan diterapkan, metode ini digunakan di semua sampel klinis

2
Machine Translated by Google

Fidalgo et al., Jurnal Mikrobiologi Medis 2022;70:001367

Tabel 1. Jumlah bakteri patogen yang teridentifikasi per tahun selama periode penelitian

2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 (FMPS)

N (%) N (%) N (%) N (%) N (%) N (%) N (%)

Shigella spp. 2 (0,33) 4 (0,58) 3 (0,37) 2 (0,16) 1 (0,10) 2 (0,17) 44 (4.08)

Salmonella spp. 8 (1.31) 10 (1.44) 8 (0,98) 15 (1.24) 11 (1.06) 14 (1.18) 34 (3.15)

Campylobacter spp. 8 (1.31) 11 (1.58) 6 (0,74) 6 (0,49) 26 (2.50) 48 (4.06) 87 (8.07)

Jumlahnya tidak. dari sampel yang diuji 610 695 813 1213 1039 1182 1078

*Nilai P <0,05 membandingkan proporsi identifikasi pada tahun 2019 vs 2013–2018.

FMPS, sistem PCR multipleks ALIRAN.

dan menggantikan imunokromatografi untuk virus dan kultur tinja
untuk bakteri. Dari Juli 2019 hingga September 2019, 1078
sampel tinja (1 per pasien) diproses dengan PCR.
Studi parasitologi hanya dilakukan jika diminta oleh dokter. Ketika
bakteri enteropatogen terdeteksi dengan PCR, sampel yang
disimpan diambil dan dikultur dalam media selektif untuk
mengisolasi koloni bakteri dan menguji kerentanan antimikroba.
API spesifik (bioMérieux) dilakukan untuk membedakan Shigella
spp. dan EIEC. Ketika agen parasit terdeteksi oleh FMPS,
identifikasi mikroskopis dilakukan secara paralel, bahkan jika
studi parasitologi pada awalnya tidak diminta oleh dokter.
sistem ekstraksi asam nukleat; Sistem Pengaturan PCR untuk
mengatur pelat PCR; dan Sistem Light Cycler 480 II ( thermocycler
real-time) [16]. Semua prosedur dilakukan sesuai dengan instruksi
pabriknya. Ekstraksi asam nukleid dilakukan dengan kit
MagNAPure 96 dalam 500 ÿl sampel dan dielusi dalam 50 ÿl,
dimana 5 ÿl digunakan untuk masing-masing tiga panel (virus,
parasit dan bakteri) yang mendeteksi patogen berikut: Shigella
spp. /EIEC, Salmonella spp., Campylobacter spp., G.intestinal,
E. histolytica, B. hominis, Cryptosporidum spp., D. fragilis,
adenovirus grup F, norovirus genogroup I dan II, dan rotavirus
A.

Primer dan probe spesifik komersial (Modular Light-Mixes,

Pemrosesan sampel dan metode molekuler
Sampel tinja seukuran kacang polong disuspensikan dalam 1000
ÿl buffer STAR (Stool Transport and Recovery) (Roche
Diagnostics) dalam tabung mikrosentrifugasi 1,5 ml dan dibekukan
pada suhu ÿ80 °C selama minimal 30 menit. Aliquot tinja
kemudian dicairkan dan diinkubasi selama 15 menit pada suhu
95 ° C dengan pengocokan pada 850 rpm. Setelah sentrifugasi
pada 13000 rpm selama 1 menit, sampel dimasukkan ke dalam
FMPS. Sistem ini adalah platform semi-otomatis yang mencakup
modul-modul berikut: Sistem Penanganan Primer yang
menambahkan kontrol internal PCR (RNA Process Control kit,
Roche Diagnostics) dan menyiapkan sampel untuk pemurnian asam nukleat;
Roche diagnostik) digunakan untuk setiap patogen bersama
dengan campuran master kit Kontrol Proses RNA (Roche
Diagnostics,). Kondisi amplifikasi sama untuk semua target:
transkripsi balik 50 °C selama 10 menit; denaturasi 95 °C selama
30 detik; 45 siklus amplifikasi 2 langkah (95 °C selama 5 detik
dan 60 °C selama 15 detik;); dan siklus pendinginan pada suhu
40 °C selama 30 detik.
Kurva amplifikasi diperiksa secara visual untuk setiap target.
Dalam kasus penghambatan PCR (<1%; ditandai dengan
penghambatan kontrol internal), proses ekstraksi dan amplifikasi
diulangi satu kali. Waktu penyelesaian maksimal 12 jam dan
minimal
6 jam.
MagNA Murni 96

Tabel 2. Jumlah patogen parasit yang teridentifikasi per tahun selama periode penelitian

2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 (FMPS)

N (%) N (%) N (%) N (%) N (%) N (%) N (%)

E. histolytica/dispar 7 (2.13) 2 (0,54) 4 (0,77) 5 (0,61) 3 (0,37) 7 (0,80) 3 (0,27)*

G.intestinal 7 (2.13) 6 (1.62) 14 (2.69) 17 (2.06) 15 (1.83) 8 (0,91) 27 (2.5)

Blastocystis hominis 4 (1.22) 7 (1,89) 0 61 (7.38) 49 (5.97) 29 (3.30) 226 (20.9)†

Kriptosporidium spp. 1 (0,30) 0 3 (0,58) 0 1 (0,12) 2 (0,23) 7 (0,64)†

D.rapuh tidak tidak tidak tidak tidak tidak 68 (6.3)†

Jumlahnya tidak. dari sampel yang diuji 329 371 521 826 821 879 1078

* Nilai P=0,08. Signifikansi yang rendah atau tidak signifikan mungkin disebabkan oleh kekuatan statistik yang tidak memadai karena jumlah pengujian yang dilakukan pada tahun 2019
menggunakan FMPS jauh lebih tinggi dibandingkan tahun-tahun sebelumnya.
† Nilai P <0,05 membandingkan proporsi isolat pada tahun 2019 vs 2013–2018.
FMPS, sistem PCR multipleks ALIRAN.

3
Machine Translated by Google

Fidalgo et al., Jurnal Mikrobiologi Medis 2022;70:001367

Tabel 3. Jumlah patogen virus yang teridentifikasi per tahun selama periode penelitian

2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 (FMPS)

N (%) N (%) N (%) N (%) N (%) N (%) N (%)

Adenovirus 0 0 1 (2.27) 1 (1,45) 0 1 (1.72) 7 (0,65)

Rotavirus 3 (7.69) 2 (6.90) 0 1 (1,45) 0 2 (3.45) 4 (0,37)

Norovirus tidak tidak tidak tidak tidak tidak 46 (4.27)

Jumlahnya tidak. dari sampel yang diuji 39 29 44 69 43 58 1078

FMPS, sistem PCR multipleks ALIRAN.

Metode statistik
Variabel kategori disajikan sebagai angka absolut dan proporsi per
mikroorganisme diidentifikasi dan ditampilkan sebagai tabel
kontingensi. Data untuk masing-masing mikroorganisme dari tahun
2013 hingga 2018 (mikrobiologi standar) digabungkan dan
dibandingkan dengan data dari FMPS 2019. Perbedaan proporsi dan
signifikansi statistiknya diukur menggunakan uji chi-square dengan uji
eksak Fisher ketika angka yang diharapkan kecil. Semua analisis
dilakukan menggunakan Stata versi 16 (StataCorp, TX, USA).
Hasil
Sampel penelitian
Dari tahun 2013 hingga 2018, 9581 sampel feses diproses
menggunakan metode standar: 5552 sampel diminta sebagai 'kultur
tinja' standar untuk mempelajari bakteri enteropatogenik; 3747 untuk
mendeteksi keberadaan parasit pada tinja; dan 282 untuk mendeteksi
virus (adenovirus dan norovirus).
FMPS digunakan secara rutin pada 1078 sampel tinja pada bulan Juli
hingga September 2019. Persentase penghambatan FMPS <1%
Jumlah patogen yang teridentifikasi selama periode penelitian (2013–
2019) disajikan secara rinci pada Tabel 1–3. Pada tahun 2019, jumlah
patogen yang teridentifikasi melalui PCR pada 1078 sampel yang
dimasukkan adalah sebagai berikut: 44 Shigella spp./EIEC, 34 Salmonella
Tabel 4. Jumlah bakteri dan parasit patogen yang diidentifikasi dengan metode
molekuler dan standar
FMPS Metode Tingkat pemulihan, %
standar
spp. dan 87 Campylobacter spp. Dari Shigella spp., Salmonella spp.
dan Campylobacter spp. terdeteksi, masing-masing 47,5% (19/44),
72,5% (25/34) dan 82,8 (72/87), diisolasi dalam kultur. G.intestinal, E.
hystolitica dan Cryptosporidium
spp. terdeteksi pada 27/1078 (2,50%), 3/1078 (0,28%) dan
7/1078 (0,65%) sampel yang dianalisis dengan PCR.
Diantaranya , 13/27 (48,15%) G.intestinalis, 3/3 (100%) E.histolytica
dan 5/7 Kriptosporidium spp. diamati dengan pemeriksaan mikroskopis
(Tabel 4).
Dari 1.078 sampel tinja yang diproses oleh FMPS, 566
sampel tidak diminta identifikasi parasitnya oleh dokter.
Di antara sampel tersebut, 13 G.intestinal, 5 Cryptosporidium
spp., 1 E. histolytica dan 21 D. fragilis diidentifikasi oleh FMPS.
Dua atau lebih mikroorganisme terdeteksi (tidak termasuk B. hominis)
pada 39/1.078 sampel (3,61%). Pada sebagian besar kasus (34/39,
87,18%) hanya dua mikroorganisme yang terdeteksi. Kombinasi agen
infeksi yang paling sering adalah Campylobacter spp. dengan
G.intestinal dan D.fragilis
dengan norovirus. Sebelum diperkenalkannya PCR multipleks, tidak
ada infeksi campuran yang dilaporkan (Tabel 5).
Mikroorganisme yang diidentifikasi tetapi tidak termasuk dalam panel
PCR molekuler dijelaskan pada Tabel S1 dan S2 (tersedia dalam versi
online artikel ini).
Diskusi
Penerapan metode molekuler baru di laboratorium mikrobiologi klinis
menjadi lebih luas seiring dengan tersedianya platform molekuler
multipleks throughput tinggi yang otomatis dan lebih terjangkau . Studi
ini menjelaskan dampak FMPS untuk analisis rutin sampel tinja di
universitas tersier dengan 700 tempat tidur.

Shigella spp. 44 19 47.5 Keuntungan utama dari deteksi molekuler enteropatogen seperti
yang diamati dalam penelitian ini adalah pengurangan waktu
Salmonella spp. 34 25 72.5
penyelesaian dari lebih dari 24 menjadi 12 jam atau kurang sejak
Campylobacter spp. 87 72 87.5 penerimaan sampel tinja hingga validasi hasil. Lebih lanjut, peningkatan
G.intestinal 27 13 48.1 sensitivitas merupakan keuntungan besar namun bukan tanpa
keterbatasan. Metode amplifikasi DNA meningkatkan sensitivitas
Kriptosporidium 7 5 71.4
deteksi patogen dibandingkan dengan teknik berbasis kultur , yang
E. histolitica 3 3 100 memerlukan kelangsungan hidup mikroorganisme.
Namun, tingkat kepositifan yang lebih tinggi terkait dengan metode
% pemulihan dihitung dengan menentukan jumlah patogen yang molekuler mungkin disebabkan oleh rendahnya jumlah DNA patogen
terdeteksi dengan metode molekuler.
yang ada dalam sampel. Signifikansi klinis dari amplifikasi yang lemah
FMPS, sistem PCR multipleks ALIRAN.
masih belum jelas dan kelangsungan hidup patogen masih belum jelas

4
Machine Translated by Google
Fidalgo et al., Jurnal Mikrobiologi Medis 2022;70:001367
Tabel 5. Jumlah deteksi polimikroba yang terdeteksi oleh FMPS
Deteksi polimikroba Jumlah deteksi
Campylobacter spp.+G. usus
Campylobacter spp.+Salmonella spp.
Campylobacter spp.+Shigella spp.
Campylobacter spp.+D. rapuh
Campilobakter+norovirus
G.intestinal+Shigella spp.
G.intestinal+D. rapuh
G.intestinalis+E. histolytica
G.intestinal+norovirus
Salmonella spp.+D. rapuh
Salmonella spp.+rotavirus
Salmonella spp.+norovirus
Salmonella spp.+Shigella spp.
Shigella spp.+norovirus
Shigella spp.+D. rapuh
D. rapuh+E. histolitik
D.fragilis+norovirus
Campylobacter spp.+G. usus+Shigella
spp.
Campylobacter spp.+G. usus+norovirus
D. fragilis+Shigella spp.+Salmonella
spp.+Norovirus
Campylobacter spp.+Shigella spp.+D. rapuh
Jumlahnya tidak. dari sampel yang diuji
Kultur seringkali diperlukan untuk mendukung keputusan klinis lebih
lanjut, khususnya untuk patogen bakteri, karena pengujian
kerentanan antibiotik memerlukan kelangsungan hidup patogen dalam kultur.
Khususnya, peningkatan identifikasi positif yang signifikan diamati,
terutama di antara bakteri patogen (nilai P <0,05). Selama tahun-
tahun sebelum diperkenalkannya FMPS , jumlah identifikasi positif
Shigella spp., Campylobacter spp. dan Salmonella spp. jauh lebih
rendah, mungkin menyoroti pentingnya kelangsungan hidup bakteri
dalam sampel yang tiba di laboratorium. Mikroorganisme ini labil dan
beberapa mungkin gagal tumbuh pada media tertentu jika waktu
yang dibutuhkan dari pengumpulan sampel hingga kultur tertunda
atau jika kondisi transportasi kurang optimal [17]. Hasil ini
menunjukkan bahwa penggunaan kultur bakteri sebagai satu-satunya
metode identifikasi jelas meremehkan peran bakteri patogen sebagai
penyebab infeksi GI dalam pengaturan klinis kami.
Karena peningkatan sensitivitas dan kemampuan deteksi multipleks
dari metode ini, terjadi peningkatan kecepatan dalam deteksi
beberapa patogen enterik. Dalam ketidakhadiran
berdasarkan data klinis, kami tidak dapat memastikan relevansi
klinis dari berbagai infeksi yang terdeteksi. Mungkin saja metode
molekuler mendeteksi penjajah non-patogen dan oleh karena itu
7 hasilnya perlu diinterpretasikan dengan hati-hati.
Studi yang menggambarkan keberadaan patogen ini pada populasi
3
tanpa gejala mungkin cukup untuk memahami kontribusi relatif
1 masing-masing patogen terhadap episode klinis [18]. Dalam konteks
1 ini, riwayat klinis pasien sangat penting dalam menafsirkan hasil ini
dan menggunakannya untuk mengoptimalkan manajemen klinis [19].
1
3
Jumlah B. hominis (20,96%) dan D. fragilis (6,61%) yang diidentifikasi
1 dalam panel parasit sangatlah tinggi. Pada beberapa infeksi, B.
hominis dikeluarkan dari analisis karena kurangnya patogenisitasnya
1
[20, 21]. Temuan ini bertepatan dengan penelitian lain yang
1 menunjukkan tingginya prevalensi protozoa ini di negara-negara
1
industri [22, 23]. Diharapkan , tidak ada sampel yang positif D.
fragilis secara mikroskopis pada tahun-tahun sebelum penerapan
1
FMPS karena metode merthiolate formalin ether tidak memungkinkan
identifikasi yang memadai terhadap protozoa ini. Selama periode
1
yang sama dan setelah rekomendasi yang diterbitkan [24], hanya
1
kasus B. hominis dengan sejumlah besar parasit (lebih dari lima
4 organisme per lahan dengan tujuan perendaman 100x) yang
dilaporkan dalam sediaan.
1
1
Berdasarkan pengalaman kami sebelumnya, agen parasit yang
4 paling mungkin menyebabkan diare adalah E. histolytica, G. usus
2 dan C. parvum [25]. Pada tahun 2019, jumlah deteksi patogen ini
adalah yang tertinggi (nilai P <0,05 kecuali dari E.histolytica/dispar)
sepanjang tahun yang dianalisis, sesuai dengan sensitivitas metode
1
molekuler yang lebih tinggi dibandingkan dengan mikroskop cahaya
1 [12]. Panel parasit kami hanya mencakup lima target dan oleh karena
itu harus dikombinasikan dengan mikroskop cahaya konvensional
1 untuk mencakup spektrum penuh parasit penyebab penyakit
gastrointestinal. Dimasukkannya panel tambahan untuk penyakit
1078
parasit lainnya diharapkan dapat meningkatkan cakupan parasit
dengan metode molekuler.
E. histolytica dan E. dispar (non-patogenik) secara morfologi identik
dan tidak dapat dibedakan dengan mikroskop [26]. Pada tahun 2019,
primer dan penyelidikan spesifik mengidentifikasi tiga kasus E.
histolytica, lebih sedikit dibandingkan tahun-tahun sebelumnya.
Temuan bahwa sebagian besar kista Entamoeba yang terdeteksi
melalui pemeriksaan mikroskopis berhubungan dengan spesies non-
patogen sebelumnya telah dilaporkan dalam literatur [27].
Infeksi GI sering kali muncul dengan gejala yang tidak spesifik dan,
dalam banyak kasus, secara klinis tidak mungkin membedakan
infeksi bakteri, parasit, atau virus. Dalam penelitian kami, kami
mengamati bahwa dalam beberapa kasus, patogen yang
teridentifikasi pada awalnya tidak dicurigai oleh dokter sebagai
penyebab potensial episode GI. Memang benar bahwa hal ini terjadi
pada 13 kasus G.intestinalis , 5 kasus Cryptosporidium spp. dan 1
kasus E. hystolitica. Demikian pula dengan patogen virus, setelah
penerapan PCR multipleks, 46 kasus norovirus terdeteksi ketika,
pada tahun-tahun sebelumnya, tidak ada tes khusus untuk
mendeteksi norovirus yang diminta, mungkin karena fakta bahwa
kasus-kasus ini ditangani sebagai diare akut. sindrom asal virus .
5
Machine Translated by Google
Fidalgo et al., Jurnal Mikrobiologi Medis 2022;70:001367
Penelitian ini memiliki beberapa keterbatasan. Pertama, kurangnya
data klinis untuk pasien yang dilibatkan dalam penelitian ini tidak
memungkinkan analisis spesifik mengenai dampak klinis atau waktu
pengobatan sebagai akibat dari diagnosis yang lebih cepat. Kedua,
rendahnya jumlah sampel positif patogen tertentu seperti
Cryptosporidium spp. dan E. hystolitica, dan beberapa parasit GI
tidak termasuk dalam platform. Yang terakhir, analisis ekonomi
terhadap anggaran yang dialokasikan untuk platform baru ini
diperlukan untuk menentukan di laboratorium mana penerapan
rutinitas laboratorium baru ini akan hemat biaya.
Sebagai kesimpulan, hasil kami menunjukkan bahwa penerapan
FMPS di laboratorium mikrobiologi rutin menambah nilai pada
metode kultur standar, namun perlu diterapkan bersamaan dengan
metode kultur standar dan bukan sebagai pengganti. Waktu
penyelesaian yang lebih cepat dan peningkatan sensitivitas
cenderung mempunyai dampak klinis yang besar.
Informasi pendanaan
Para penulis tidak menerima hibah khusus dari lembaga pendanaan mana pun.
Konflik kepentingan
Penulis menyatakan bahwa tidak ada konflik kepentingan
Pernyataan etis
Menurut undang-undang yang berlaku di Spanyol (UU 14/2007), penelitian ini tidak
dianggap sebagai penelitian biomedis yang harus dievaluasi oleh Komite Etika Penelitian.
Referensi
1. Fischer Walker CL, Karung D, Hitam RE. Etiologi diare pada anak yang lebih besar,
remaja dan orang dewasa: tinjauan sistematis. PLoS Negl Trop Dis 2010;4:e768.
2. Kirk MD, Pires SM, Black RE, Caipo M, Crump JA, dkk. Organisasi Kesehatan Dunia
memperkirakan beban penyakit global dan regional dari 22 penyakit yang disebabkan
oleh bakteri, protozoa, dan virus yang ditularkan melalui makanan, 2010: Sintesis
data. Kedokteran PLOS 2010.
3. Musher DM, Musher BL. Infeksi gastrointestinal akut yang menular. N Engl J Med
2004;351:2417–2427.
4. Poritz MA, Blaschke AJ, Byington CL, Meyers L, Nilsson K.
Filmarray, sistem PCR Multipleks bersarang otomatis untuk deteksi multi-patogen:
Pengembangan dan penerapan pada infeksi saluran pernafasan sistem PCR
Multipleks bersarang otomatis untuk deteksi multi-patogen: Pengembangan dan
penerapan pada. Infeksi Saluran Pernafasan PLOS ONE 2011;6:26047.
5. Shakeel K, Iram S, Akhtar M, Hussain S, Maryam H, dkk. Validasi diagnostik deteksi
molekuler cepat Mycobacterium tuberculosis pada sampel nanah oleh GeneXpert.
Asosiasi J Pak Med 2018;68.
6. Hirvonen JJ, Kaukoranta SS. Genomera MRSA/SA, uji PCR homogen yang
sepenuhnya otomatis untuk mendeteksi Staphylo-coccus aureus secara cepat dan
penanda resistensi methisilin dalam berbagai matriks sampel. Ahli Rev Mol Diagn
2013;13:655–665.
7. Zboromyrska Y, Vila J. Diagnosis molekuler infeksi gastrointestinal berbasis PCR
tingkat lanjut: tantangan dan peluang. Pakar Rev Mol Diagn 2016;16:631–640.
8. Casañ C, Ocete MD, Medina R, Gimeno C. Evaluasi luminex xTAG -GPP (panel
patogen gastrointestinal) dalam diagnosis penyakit dengan diare akut. Enfermedades
Infecc dan Microbiol Clin (Edisi Bahasa Inggris) 2017;35:574–577.
9. Piralla A, Lunghi G, Ardissino G, Girello A, Premoli M, dkk.
Kinerja panel GI FilmArray™ untuk diagnosis gastroenteritis akut atau diare
hemoragik. Mikrobiol BMC 2017;17:111.
10. Coupland LJ, McElarney I, Meader E, Cowley K, Alcock L, dkk.
Deteksi simultan patogen enterik virus dan bakteri menggunakan sistem deteksi
Seeplex® Diarrhea ACE. Infeksi Epidemiol
2013;141:2111–2121.
11. Biswas JS, Al-Ali A, Rajput P, Smith D, Goldenberg SD. Sebuah studi akurasi diagnostik
paralel dari tiga panel molekuler untuk mendeteksi gastroenteritis bakterial. Eur J
Clin Mikrobiol Menginfeksi Dis
2014;33:2075–2081.
12. Zboromyrska Y, Hurtado JC, Salvador P, Alvarez-Martínez MJ, Valls ME, dkk. Etiologi
diare pelancong: evaluasi alat PCR multipleks untuk mendeteksi enteropatogen yang
berbeda. Clin Mikro-biol Menginfeksi 2014;20:O753-9.
13. Rajkhowa S, Hussain I, Rajkhowa C. Deteksi gen enterotoksin Escherichia coli yang
stabil terhadap panas dan labil panas pada sampel tinja diare anak sapi mithun (Bos
frontalis) dengan reaksi berantai polimerase. J Appl Mikrobiol 2009;106:455–458.
14. Bailenger J. Coprologie parasitaire et fonctionnelle. edisi ke-4. Bordeaux:
52; 1982.
15. Garcia LS, Bruckner DA, Brewer TC, Shimizu RY. Teknik pemulihan dan identifikasi
ookista Cryptosporidium dari spesimen tinja. J Clin Mikrobiol 1983;18:185–190.
16. Friesen J, Fuhrmann J, Kietzmann H, Tannich E, Müller M, dkk.
Evaluasi uji parasit gastro lightmix Roche Multiplex PCR yang mendeteksi Giardia
duodenalis, Entamoeba histolytica, Crypto-sporidia, Dientamoeba fragilis, dan
Blastocystis hominis. Clin Infeksi Mikro-biol 2018;24:1333–1337.
17. Aggarwal P, Uppal B, Ghosh R, Prakash K, Chakravarti A, dkk.
Prevalensi sebenarnya dari shigellosis pada anak-anak di India dengan gastro-
enteritis akut: apakah kita telah melewatkan diagnosisnya? J Res Ilmu Kesehatan
2016;16.
18. Platts-Mills JA, Babji S, Bodhidatta L, Gratz J, Haque R, dkk.
Beban diare komunitas yang spesifik terhadap patogen di negara berkembang: studi
kohort kelahiran multilokasi (MAL-ED). Kesehatan Global Lancet 2015;3:e564–e575.
19. Riddle MS, Connor BA, Beeching NJ, DuPont HL, Hamer DH, dkk.
Pedoman untuk pencegahan dan pengobatan diare wisatawan: laporan panel ahli
bertingkat. J Perjalanan Med 2017;24:S57–S74.
20. OA L, Stensvold CR. Blastocystis dalam kesehatan dan penyakit: Apakah kita beralih
dari perspektif klinis ke perspektif kesehatan masyarakat. J Clin Mikro-biol
2016;54:524–528.
21. Subirats M, Borrás R. Blastocystis sp., parasit yang muncul dengan patogenisitas
kontroversial. Haruskah semua kasus pada manusia ditangani?
Rev Clin Esp 2018;218:133–134.
22. Stenzel DJ, Boreham PFL. Blastocystis hominis ditinjau kembali. 1996;9.
23. Garcia LS, Kraft CS. Dientamoeba fragilis, salah satu protozoa usus yang terabaikan.
J Clin Mikrobiol 2016;54:2243–2250.
24. Bustelo MAM, Do Joga MM, Sànchez SG, Ben LE, Taboada JL.
Blastocystis hominis, suatu penyakit besar. Pediatr Aten Primaria
2015;17:e39-44.
25. Verweij JJ, Blangé RA, Templeton K, Schinkel J, Brienen EAT, dkk.
Deteksi simultan Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, dan Cryptosporidium parvum
dalam sampel tinja dengan menggunakan multipleks real-time PCR. J Clin Mikrobiol
2004;42:1220–1223.
26. Gómez JC, Cortéz GA, Cuervo SI, César Gómez J, López MC. Amebi-
asis usus. Infeksi 2007;11:36–45.
27. Fotedar R, Stark D, Beebe N, Marriott D, Ellis J, dkk. Teknik diagnostik laboratorium
untuk spesies Entamoeba . Klinik Mikrobiol Rev
2007;20:511–532,