Professional Documents
Culture Documents
Laporan Isolasi DNA Buah
Laporan Isolasi DNA Buah
Si
Disusun Oleh:
Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA.
DNA terletak pada kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas.
Sedangkan RNA dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom. DNA ada dalam
setiap sel makhluk hidup. Zat ini disebut cetak biru kehidupan karena memiliki
peranan yang sangat penting, yaitu sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain. DNA bisa mengalami
denaturasi dan renaturasi. Banyak hal yang mempengaruhi proses tersebut,
antara lain suhu yang tinggi, pH ekstrim, kandungan elektrolit Na+ atau K+ dan
komposisi basa C-G. (Hays, 2005).
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh
makhluk hidup dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Zubaidah (2004:
38) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara,
akan tetapi pada setiap jenis maupun bagian tanaman dapat menimbulkan
masalah berbeda, antara lain karena adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian
DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim seperti polimerase, ligase,
endonuklease restriksi, atau enzim untuk kegiatan molekuler lain yang dapat
menyebabkan DNA tidak dapat digunakan untuk aplikasi penelitian.
Struktur DNA yang digambarkan oleh Watson dan Crick dari hasil foto
Rosalind Franklin yaitu berupa untaian double helix dengan gula fosfat terletak
di luar struktur double helix dan basa-basa nitrogen menghadap ke sebelah
dalam struktur double helix (Klesger 2006: 44). DNA terdapat pada nukleus,
mitokondria, dan kloroplas. DNA nukleus merupakan DNA yang terdapat
dalam nukleus (nDNA). nDNA memiliki struktur double helix yang dilengkapi
protein histon dan cenderung linear. nDNA lebih sering digunakan dalam
analisis forensik. DNA mitokondria merupakan DNA yang terdapat di matriks
mitokondria. mDNA memiliki laju mutasi tinggi, diwariskan hanya dari ibu,
memiliki ukuran genom yang kecil, tidak memiliki protein histon, struktur
double helix, dan berbentuk lingkaran. Laju mutasi mDNA yang tinggi
disebabkan karena mDNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang efisien.
DNA kloroplas merupakan DNA yang terdapat pada kloroplas. DNA kloroplas
memiliki struktur double helix, tidak memiliki protein histon, dan melingkar.
Proses transkripsi dan translasi pada DNA kloroplas sama seperti pada
prokariot (Snustad 2003: 26).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga
bisa diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa
isolasi DNA dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi
esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun
isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap
jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena
adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan
sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat
memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air
rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan
semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Ada tiga langkah utama dalam ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding
sel (lisis), pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA (Ardiana, 2009).
Menurut Juwita (2012); DNA dapat diisolasi atau dipisahkan dari zat-zat
lain selain DNA. Prinsip-prinsip yang digunakan untuk mengisolasi DNA yaitu
pelisisan, ekstraksi, pengendapan, dan pemurnian, yaitu sebagai berikut:
Ada beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA
antara lain harus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti protein
dan RNA; metodenya harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua spesies
metode yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul
DNA; dan metodenya harus sederhana dan cepat. (Surzycki, 2000).
f) Beaker glass
✓ Ditambahkan garam 3 sendok the peres dan sabun cair (sunlight) sebanyak
5 ml.
4.1 Hasil
Ket.
Hasil DNA
Gambar
DNA
Hail seluruh
terlihat
kelompok
semua
Hasil DNA
kelompok 3 terlihat
4.2 Pembahasan
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi
pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda,
hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA
dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar
air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga
DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit (Suryo, 2004).
Pada hasil pengamatan dapat kita lihat pada gambar 4.1 dan 4.2 dimana
gambar tersebut merupakan gambar yang diambil langsung pada saat
praktikum isolasi DNA buah. Dimana gambar 4.1 adalah gambar keseluruhan
dari kelompok 1 hingga kelompok 4, sedangkan gambar 4.2 merupakan hasil
dari kelompok 3. Masing-masing kelompok memiliki urutan cara kerja yang
sama, hanya saja pada kelompok yang menggunakan tomat berbeda dengan
kelompok lain, yakni tidak adanya penambahan aquades, karena kandungan air
didalam buah tomat cukup banyak. Hal ini disesuaikan dengan teori diatas.
Sehingga jika ditambah dengan air ditakutkan DNA tidak terlihat atau sedikit
terlihat.
Pada ekstrak buah alpukat yang kelompok 3 lakukan DNA nya terlihat
sangat banyak ditimbang dengan ekstrak buah pada kelompok lainnya. Hal
tersebut disebabkan karena jumlah potongan buah yang kami haluskan cukup
banyak yakni sekitar separuh dari buah yang digunakan. Sehingga aquades
sebanyak 50 ml membuat ekstrak buah alpukat tersebut masih terlihat sangat
kental, dan ini berbeda dengan ekstrak buah pada kelompok lainnya. Sehingga
semakin padat/kental atau banyak buah menandakan banyak sel yang telah
digunakan, sehingga banyak DNA yang bisa keluar dari sel-sel tersebut. Hal
ini sesuai dengan teori menurut suryo yaitu “Semakin tinggi kadar air, maka
sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit (Suryo, 2004)”.
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
g) Pada hasil isolasi DNA akan tercipta 3 lapisan diantaranya yang paling
bawah adalah ekstrak buah, bagian tengah adalah etanol absolute dingin
dan yang paling atas adalah DNA yang berbentuk semacam benang-benah
halus berwarna putih yang menggumpal.
5.2 Saran
a) Praktikan menjadi lebih paham terkait praktikum ini melalui arahan asisten
dosen sehingga pada saat praktikum tidak terjadi kesalahan.
c) Berharap sekali kepada rekan praktikum untuk memahami apa yang telah
kita lakukan di dalam praktikum agar memudahkan kita juga nantinya.
d) Dan juga laporan yang saya buat ini mungkin masih banyak kesalahan
maupun kekeliruan dalam penulisan, saya mohon bantuannya untuk kritik
dan sarannya.
DAFTAR PUSTAKA
Ardiana, D.W. 2009. Isolasi DNA genom pepaya dan jeruk menggunakan bufer
CTAB. Buletin Teknik Pertanian. 14(1):12-16.
Susanto, S., Herik, S., Sri, M. 2011. Pertumbuhan vegetatif dan generatif batang
atas jeruk pamelo ‘Nambangan’ pada empat jenis interstok. Jurnal
Hortikultura Indonesia. 1(2):53-58.
Clark, M.S. (1997). Plant Molecular Biologi. Lab Fox. BIOS Scientific Publisher
Limited. UK.
Zubaidah, Siti. 2004. Identifikasi, Variasi Genetik, Distribusi dan Upaya Eliminasi
Bakteri Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration).
Desertasi tidak diterbitkan. Malang: Program Pasca Sarjana
Universitas Brawijaya.