As inúmeras camadas de arenitos, conglomerados e calcários, hoje
expostos na região, representam as atividades de ventos, rios e
mares como agentes modificadores ao longo do tempo geológico. E dada a sua conformação, de acordo com Oliveira (2008), “[...] a Chapada Diamantina é ainda um grande divisor de águas na hidrografia baiana, com rios que, a oeste, vão alcançar a bacia do São Francisco, e que, ao leste, seguem na direção do oceano Atlântico.” (OLIVEIRA, 2008, p. 53). A vegetação apresenta características heterogêneas oriundas de diversos biomas nacionais, tais como os campos rupestres, o cerrado, a caatinga e as matas ciliares (Figura 18). A flora e a fauna são ricas e peculiares das diferentes estruturas ambientais encontradas. Existem muitas espécies vegetais endêmicas da região, sobretudo nas regiões dos campos rupestres que, de acordo com o Plano de Manejo para o Parque Nacional Da Chapada Diamantina, elaborado pele equipe do Instituto Chico Mendes (ICM), podem se originar endemicamente por vários fatores, dentre eles “[...] a existência de refúgios ecológicos durante os períodos glaciais e a ocorrência de ambientes fragmentados (insularizados)”. Contudo, o cenário atual certamente não corresponde ao ambiente que existia no fim do Pleistoceno e início do Holoceno na região. Deve-se salientar a presença de animais da mega fauna, como as preguiças gigantes, encontradas no território da Chapada. Segundo Toth, “[...] uma vegetação, ou mesmo uma floresta cobriu a região que conhecemos hoje.” (TOTH, 1997, p. 194). A presença de mamíferos de grande porte indica a necessidade da existência de uma vegetação mais vasta capaz de alimentar grandes animais herbívoros.