Natural Variation in TBP-ASSOCIATED

FACTOR 4b Controls Meiotic Crossover

and Germline Transcription in Arabidopsis
Emma J. Lawrence, Hongbo Gao, Andrew J. Tock, Christophe Lambing, Alexander R. Blackwell,
Xiaoqi Feng, Ian R. Henderson

Genética I - FCEN UBA

1er C 2023
Turno mañana
Link al paper:
https://drive.google.com/file/d/1zZrIfIqBSvY9-x6IiQgsJ7ZHsZGfTdSh/view?usp=share_link

Guía de lectura:
https://drive.google.com/file/d/1Y2ct1LWqgpPpylM1oCoKqA9DrpX7fUK4/view?usp=share_link
Trabajo por grupo

● Grupo 1: Figura 1, paneles A, B, C

● Grupo 2: Figura 1, paneles D, E, F, y tabla 1
● Grupo 3: Figura 3 completa
● Grupo 4: Figura 4
● Grupo 5: Figura 5, paneles A y B
INTRO 1

MEIOSIS

FUENTES DE VARIACIÓN

Doublestrand

breaks (DSBs)
At least one ‘‘obligate’’
crossover is generally
required per chromosome
pair to ensure balanced
segregation at anaphase I
INTRO 2 Cis- and trans-acting genetic variation influence meiotic recombination frequency

Structural genetic changes Arabidospsis thaliana & mammals

inversions and translocations Describen un caso en A. thaliana : meiosis-specific E3
suppress crossover formation at large physical scales ligase that promotes crossover formation

the effects of genetic

polymorphism on
crossover are varied and
scale dependent
INTRO 3

OBJETIVO:
In this work, we sought to further explore natural genetic variation in Arabidopsis that
influences meiotic crossover frequency.

ANTECEDENTES:
Signatures of outcrossing are evident in Arabidopsis, as (1) linkage disequilibrium
decays rapidly over kilobase distances, (2) historical crossover hotspots are detected,
and (3) outcrossing and heterozygosity in natural stands have been directly observed
Grupo 1: Figura 1, panel A
Integrantes grupo 1: Maria Pia Salazar Peruzzi, Hernán Mascias, Lara Aguilar, Delfina Contestabile, Guillermina Bollini
Integrantes grupo 6: Augusto Gomez, Leandro Gori, Itziar Iglesias, Rodrigo Nolli, Natalia Nuñez, Rodrigo Pellegrino.

(A) Physical map of chromosome 3 showing the positions of 420 FTL T-DNA markers (red and green triangles).
Grupo 1: Figura 1, panel B

(B) Diagram illustrating the

pedigree used for rQTL
mapping.
Grupo 1: Figura 1, panel C
Se observan micrografías fluorescentes de
semillas provenientes de la autofertilización de la
F2 Col-420/Bur (RG/++), usando filtros rojo (izq.)
o verde (der.).

(C) Fluorescent micrographs showing 420 (RG/++) seed using red or green fluorescent filters.
 Grupo 2: Figura 1 panel D
Integrantes grupo 2: Tomás Fiorini, Candida Di Masso, Florencia Varela García y Camila Garcia

Resultados: La variación en la F2 en la
frecuencia de entrecruzamiento es
significativamente mayor que los
individuos Col-420/Bur F1.

La prueba estadística utilizada es

Brown-Forsythe con p = 9.76 x 10-6

(D) Histogram of 420 cM phenotypes in F1 (dark

blue) and F2 (light blue) Col/Bur individuals.
Mean values are shown by the dashed lines.
Grupo 2: Figura 1 panel E
Integrantes:

(E) Representative ethidium-bromide-stained

gel showing an SSLP marker amplified from
Bur. Col, and Col/Bur F1 plants.
 Grupo 2: Figura 1 panel F
Integrantes:

Valor umbral = 0.05

(F) Col-420 3 Bur F2 multiple (two-dimensional) QTL scan showing LOD scores on chromosomes 1, 2, and 3.
Positions of genetic markers (cM) are denoted by ticks on the x axis. The horizontal red line indicates the LOD
significance threshold (a = 0.05).
Grupo 2: Tabla 1
Integrantes:
Grupo 3: Figura 3 paneles A y B
Integrantes: Arce Alejandra, Cardozo Natalia, Moreno Álvaro, Pracilio Quimey, Reyes Martin

(A) Ubicación de los FTLs utilizados para (B) Correlación entre el porcentaje de
medir entrecruzamientos en el genoma de decrecimiento de entrecruzamientos
Arabidopsis. entre individuos wild-type y taf4b-1, y
la ubicacion en el cromosoma.
Grupo 3: Figura 3 panel C:

(C) Frecuencia de entrecruzamientos (cM) en los distintos FTLs medidos. En

rojo los individuos wild-type, en azul los individuos taf4b-1, en violeta
individuos taf4b-1/wild-type.
Grupo 8: Figura 3 paneles D, E

Meiocitos de machos de las líneas Col, taf4b-1 y Cuantificación de foci de MLH1 para Col, taf4b-1, y Bur
Bur en Diacinesis
- Foci de MLH1: Sitios de acumulación de MLH1
- MLH1 : Proteína involucrada en la formación de - *** : Diferencia significativa según test Mann-Whitney-
entrecruzamientos de tipo 1 Wilcoxon (***p ≤ 0.001).
- DAPI : Molécula fluorescente que se une a los
cromosomas
Grupo 8: Figura 3 panel F

“Atlas meiótico”: spreads teñidos con DAPI de meiocitos de macho de Col (wild-type) y Bur
(taf4b-1) en cada fase meiótica arriba mencionada.
Grupo 4: Figura 4 paneles A, B
Integrantes: Valentina Michan, Agustina Harfuch, Celina Gonzalez, Mercedes Olmedo.

Figura 4.A. Se muestra la media en la F1 de la distancia

genética en cM. taf4b muestra menos cM, mayor
recombinantes, mayor distancia genética.

Figura 4.B. Muestra la frecuencia de crossovers en los

individuos en la F2 (después de la auto-fertilización).

Es consistente la disminución de crossovers en la línea

de taf4b-1/Bur.
 Grupo 4: Figura 4 paneles C, D
Integrantes: Valentina Michan, Agustina Harfuch, Celina Gonzalez, Mercedes Olmedo

Figura 4.C. Frecuencia de crossover en F2, proporcional a los brazos del cromosoma, desde el telómero hasta el
centrómero.
Figura 4.D. Muestra la frecuencia de crossovers a lo largo de 5 cromosomas en F2.

Es consistente con la disminución subtelomérica de crossovers en la línea de taf4b-1/Bur.

Grupo 5: Figura 5 paneles A y B
Integrantes: Galatto Julián, Casian Alan, Rojas Julián, de Benedetti Abril

(A) Nivel de expresión (transcritos por millón [TPM]) de los genes

con roles conocidos en meiosis o fotosíntesis, y TAF4 y TAF4b
de las librerías de RNA-seq replicadas de meiocitos y hojas [25].
Se aplica una escala de colores relativa dentro de cada panel,
donde el verde y el rojo denotan valores de TPM altos y bajos,
respectivamente.

(B) Como en (A), pero mostrando los genes significativamente

de-regulados en taf4b-1 en comparación con los meiocitos Col y
de-regulados en los meiocitos Col en comparación con el tejido
de hoja Col, ordenados según el cambio en taf4b-1. Se muestra
la expresión en las librerías de RNA-seq de meiocitos de Col,
taf4b-1 y Bur, y de hojas y meiocitos de Col [25]. Se destacan los
genes con roles conocidos en meiosis.
Grupo 5: Figura 5 paneles C y D
Integrantes: Galatto Julián, Casian Alan, Rojas Julián, de Benedetti Abril

(C) Diagrama de Venn que muestra la superposición entre
los genes que están significativamente disminuidos en Bur
(tasa de descubrimiento falso [FDR] <0.01) y los genes
que están significativamente disminuidos en taf4b-1
(FDR <0.01), en comparación con Col.
(D) Diagrama de Venn que muestra la superposición entre
los genes significativamente disminuidos en taf4b-1 en
relación a Col (FDR <0.01) y los genes significativamente
aumentados en los meiocitos de Col en comparación con
el tejido de hojas de Col [25] (FDR <0.01).
Todxs:
Figura 6