Bioprospeksi

aktinomiset: Produksi
antibiotik
Siti nur jannah
ANTIMICROBIAL AGENT

 any chemical or drug used to treat an infectious disease,

either by inhibiting or killing the pathogens in vivo
 Ideal Qualities:
 1. kill or inhibit the growth of pathogens
 2. cause no damage to the host
 3. cause no allergic reaction to the host
 4. stable when stored in solid or liquid form
 5. remain in specific tissues in the body long enough to be
effective
 6. kill the pathogens before they mutate and become resistant
to it
ANTIBIOTICS

 Substances derived from a microorganism or produced

synthetically, that destroys or limits the growth of a living
organism
 Sources
 1. Natural a.Fungi – penicillin, griseofulvin b.Bacteria – Bacillus
sp. (polymixin, bacitracin) ; Actinomycetes (tetracycline,
chloramphenicol, streptomycin)
 2. Synthetic
 Penemuan Penisilin pada tahun 1928 dan Streptomisin pada tahun
1943, merupakan tonggak sangat penting untuk eksplorasi bahan alam
sebagai sumber mengarah molekul baru.
 Produk mikroba, terutama dari actinomycetes telah sukses fenomenal
selama tujuh dekade terakhir.
 actinomycetes have proved to be a sustained mine of novel antibiotics,
which selectively destroys the pathogens without affecting the host
tissues.
 Each of these antibiotics is unique in their mode of action.
 in 2009, includes about 166 antibiotics and derivatives such as the Beta-
lactam peptide antibiotics, the macrolide polyketide erythromycin,
tetracyclines, aminoglycosides, daptomycin, tigecycline, most of which
are produced by actinomycetes.
 Actinomycetes continue to play a highly significant role in drug discovery
and development. Among the bioactive compounds that have been
obtained so far from microbes, 45% are produced by actinomycetes,
38% by fungi and 17% by unicellular eubacteria.
.
 Actinomycetes awalnya dianggap sebagai bakteri dengan
kedok jamur. Memang merupakan tantangan untuk
mengklasifikasikan mereka. Beberapa ilmuwan
menganggap mereka sebagai Eubacteriales atau bakteri
yang lebih tinggi, sementara beberapa menganggap
mereka milik Hypomycetes atau jamur yang lebih rendah.
Selman Waksman berpendapat bahwa mikroorganisme ini
dapat dikelompokkan secara terpisah.
 Actinomycetes, like true bacteria (Eubacteria) are
prokaryotes. Their growth (prothallus) is characterized by
the formation of normally branching threads and rods,
frequently giving rise to a typical mycelium, which is
unicellular, especially during the early stages of growth.
Generally non-septate, the hyphae may turn septate under
special conditions.
 Strains of streptomyces are characterized by the presence of
an aerial mycelium under laboratory conditions. On the other
hand, the aerial mycelium of nocardia, often invisible to the
naked eye, may be altogether absent. Occasionally it may
consist of few short filaments, which sometimes look like
mere granules (8). Actinomycetes reproduce through special
sporulating bodies or from parts of the vegetative mycelium
(8).
 Currently, Actinomycetes are classified as Actinobacteria.
The taxon currently accommodates Gram-positive bacteria
that have a DNA with a high guanine-plus-cytosine content
(69 to 73 mol %) and that form extensive branching
substrates and aerial mycelia. Actinomycetes can be isolated
and identified from various natural habitats such as soils from
various ecological units, marine water, insects, pollen grain,
sand, alkaline lake waters etc.
 The Waksman group isolated streptomycin from the actinomycete,
Streptomyces griseus in 1943.
 Satu pengamatan sebelumnya yang dianggap layak dilakukan oleh
Waksman adalah fakta bahwa Mycobacterium tuberculosis, agen
penyebab Tuberkulosis, tidak bertahan hidup di tanah. Jelas bahwa ada
beberapa faktor atau senyawa dalam tanah yang menghalangi
kelangsungan hidup mereka. Efek streptomisin diuji terhadap bakteri ini
di beberapa pusat klinis, termasuk Mayo Clinic. Streptomisin kemudian
menjadi agen kuratif pertama untuk Tuberkulosis.
 Kantor paten AS memberikan paten proses, paten AS ke 2.449, 866
berjudul "Streptomycin and process of preparation" kepada Schatz dan
Waksman pada 21 September 1948.
 Actinomycetes are soil-dwelling Gram-positive bacteria that have
extensive arsenals of secondary metabolites, metabolism products
that, (differently from primary metabolites such as vitamins, amino
acids, nucleotides, etc.), are not essential for the bacterial growth, at
least in laboratory conditions; indeed, many mutants in antibiotic
biosynthesis have been generated revealing that they are still vital
and were used as models to understand molecular mechanisms
governing antibiotic production.

 Secondary metabolites include :

 antitumorals (e.g., doxorubicin and bleomycin),
 antifungals (e.g., amphotericin B and nystatin),
 immunosuppressives (e.g., FK-506 and rapamycin),
 insecticides (e.g., spinosyn A and avermectin B),
 herbicides (e.g., phosphinotricin)
 and many antibiotics of clinical and commercial importance.
 Antibiotics are molecules that selectively inhibit bacterial growth
without damaging the eukaryotic organisms. The selectivity of
action of these substances is given by the fact that they
interfere with processes essential for the bacterial cell and
absent or different in the eukaryotic cell.

 Antibiotics essentially target bacterial structures or functions,

such as
 cell wall biosynthesis (e.g., vancomycin),
 translation (e.g., streptomycin),
 RNA transcription (e.g., rifampicin),
 DNA replication and synthesis (e.g., novobiocin and metronidazole),
 membrane (polimyxins),
 and in general they inhibit bacterial growth (Figure 1).
 Di antara antibiotik yang menargetkan perusakan dinding
sel, glikopeptida adalah kelas obat yang diproduksi oleh
Actinomycetes dan terdiri dari peptida non-ribosom
glikosilasi siklik atau polisiklik. Glikopeptida mengikat
dipeptida D-alanil--D-alanin (D-Ala-D-Ala) di dalam dinding
sel bakteri Gram-positif yang ini mencegah penambahan
unit baru ke peptidoglikan dan menghambat sintesis
peptidoglikan.
 Antibiotik glikopeptida yang signifikan termasuk antibiotik
anti-infeksi vankomisin, teicoplanin, telavancin, ramoplanin,
decaplanin, dan antitumor bleomycin. Vankomisin digunakan
sebagai antibiotik pilihan terakhir untuk infeksi
Staphylococcus aureus yang resisten methicillin. Strain S.
aureus toksigenik dapat diisolasi dari pangan yg hal ini
menjadi masalah nyata bagi kesehatan masyarakat

 Sikloserin, diproduksi oleh Streptomyces orchidaceus,

adalah analog siklik D-alanin yang bekerja melawan dua
enzim penting yang penting dalam tahap sitosol dari sintesis
peptidoglikan: alanin racemase dan D-Ala-D-Ala ligase.
Ketika kedua enzim ini dihambat, residu D-alanin tidak dapat
terbentuk dan molekul D-alanin yang telah terbentuk
sebelumnya tidak dapat bergabung bersama.
 Banyak kelas antibiotik yang berbeda yg memblokir sintesis protein.
Tetrasiklin (diproduksi oleh Streptomyces aureofaciens), misalnya,
menghambat pengikatan aminoasil-tRNA, sedangkan kloramfenikol
(Streptomyces venezuelae) dan eritromisin (diproduksi oleh
Saccaropolyspora erythraea) mengikat subunit 50S, menghalangi aktivitas
transferase peptidil; kanamisin (diproduksi oleh Streptomyces kanamyceticus)
berikatan dengan subunit 30S; thiostrepton (diproduksi oleh Streptomyces
laurentii) menghambat EF-Tu dan EF-G GTPase yang bergantung pada
ribosom, sedangkan streptomisin (diproduksi oleh Streptomyces griseus)
mencegah pembentukan kompleks inisiasi dengan memasukkan asam amino
yang tidak tepat.

 Rifampisin adalah antibiotik semisintetik yang dihasilkan oleh fermentasi

strain Amycolatopsis mediterranei dan merupakan komponen kunci dari terapi
anti-tuberkulosis. Ini menghambat RNA polimerase bakteri dengan mengikat
saku subunit RNAP dalam saluran DNA / RNA dan mengacaukan kompleks
DNA-RNA polimerase-oligonukleotida.

 Novobiocin, juga dikenal sebagai albamycin atau cathomycin, adalah

antibiotik aminocoumarin yang diproduksi oleh actinomycete Streptomyces
niveus. Novobiocin adalah penghambat DNA girase bakteri yang sangat kuat
dan berfungsi dengan menargetkan subunit GyrB dari enzim yang terlibat
dalam transduksi energi.
 Metronidazole is a synthetic compound used in the treatment of infections
caused by Gram-negative anaerobic bacteria and protozoa. It was shown to
induce base-pair substitutions and to be a potent mutagen in bacteria and low
eukaryotic systems
 Polimiksin adalah antibiotik yang diproduksi oleh sistem sintetase peptida
nonribosomal pada bakteri Gram-positif, seperti Paenibacillus polymyxa.
Strukturnya terdiri dari peptida siklik dengan ekor hidrofobik yang panjang.
Mereka bertindak dengan mengganggu struktur membran sel bakteri dan
berinteraksi dengan fosfolipidnya.

 Beberapa antibiotik diproduksi oleh sintesis kimia (misalnya, kuinolon dan

metronidazol). Kuinolon adalah agen bakterisida sintetis yang menghambat
enzim topoisomerase II, suatu DNA girase yang diperlukan untuk replikasi
mikroorganisme. Enzim topoisomerase II menghasilkan supercoil negatif pada
DNA, memungkinkan transkripsi atau replikasi; dengan demikian, dengan
menghambat enzim ini, replikasi dan transkripsi DNA diblokir.

 Metronidazol adalah senyawa sintetis yang digunakan dalam pengobatan

infeksi yang disebabkan oleh bakteri anaerob Gram-negatif dan protozoa. Itu
terbukti menginduksi substitusi pasangan basa dan menjadi mutagen kuat
pada bakteri dan eukariotik sistem rendah
 Genes involved in the biosynthesis of antibiotics and
other secondary metabolites are typically clustered
within the respective genome or, rarely, in circular
plasmid. A biosynthetic gene cluster contains many
genes, often located within a few thousand base pairs of
each other that encode for proteins participating in a
metabolic pathway that leads to the production of a
particular secondary metabolite.
 Ukuran kelompok gen dapat bervariasi secara signifikan, dari
beberapa hingga beberapa ratus gen. Umumnya, 10-50 gen diperlukan
untuk sintesis antibiotik. Sebuah cluster gen biasanya berisi gen yang
terlibat dalam biosintesis prekursor, menyesuaikan langkah, ekspor,
resistensi, dan regulasi.
 Poliketida adalah kelas lain dari antibiotik alami yang disintesis
melalui kondensasi dekarboksilat unit ekstender turunan malonil-KoA
dalam proses yang mirip dengan sintesis asam lemak. Rantai
poliketida yang dihasilkan oleh sintase poliketida minimal sering
dimodifikasi lebih lanjut (misalnya, glikosilasi) menjadi produk alami
bioaktif.
 Actinorhodin dan undecylprodiginine adalah dua antibiotik yang
diproduksi oleh S. coelicolor. Actinorhodin adalah
benzoisochromanequinone penunjuk pH merah/biru yang dibuat oleh
jalur berbasis poliketida sintase tipe II, sedangkan undecylprodiginine
adalah tripirrol hidrofobik merah yang dibuat oleh mirip asam lemak
sintase.
 In the bacteria producers of antibiotics, resistance genes are
necessary to avoid the suicide, while transport genes are used to
export the antibiotic outside the cell. Resistance to antibiotics can
be caused by several general mechanisms (Figure 3): increased
efflux or decreased influx of the antibiotic, target site alteration,
target amplification, or antibiotic inactivation/modification
 The production of β-lactamase is a common mechanism found in
many pathogens. This enzyme is capable of hydrolyzing and
destroying the β-lactam ring of the antibiotic avoiding its
antibacterial activity.

 Pada bakteri penghasil antibiotik, gen resistensi diperlukan untuk

menghindari bunuh diri bakteri penghasil, sedangkan gen transpor
digunakan untuk mengekspor antibiotik ke luar sel. Resistensi
terhadap antibiotik dapat disebabkan oleh beberapa mekanisme
umum seperti peningkatan Efflux atau penurunan masuknya
antibiotik, perubahan situs target, amplifikasi target, atau
inaktivasi/modifikasi antibiotik
 Produksi -laktamase adalah mekanisme umum yang ditemukan di
banyak patogen. Enzim ini mampu menghidrolisis dan
menghancurkan cincin -laktam antibiotik menghindari aktivitas
antibakterinya.
 Potential
Antibiotic-
Producing
Actinomycetes
from Water and
Soil Sediments
From the serial dilution of 10−3 and 10−5, 0.1 ml was spread plated on the
Starch Casein Agar (SCA) plate (#95022–272), Himedia (composition: soluble
starch: 10 g, K2HPO4: 2 g, KNO3: 2 g, casein: 0.3 g, MgSO4.7H2O: 0.05 g,
CaCO3: 0.02 g, FeSO4.7H2O: 0.01 g, agar: 15 g, and filtered sea water:
1000 ml and pH: 7.0 ± 0.1). The plates were incubated for 4–5 days at 28°C for
isolating the colony of actinomycetes. Repeated subculture was performed by
streaking on the SCA to obtain pure culture. The submerged fermentation
technique was used. Yeast malt extract broth (YMEB) was the primary medium
in which the actinomycetes with higher zone of inhibition was kept with storage
by continuous shaking for 4 days at 28°C.
 Biosintesis antibiotik

 Antibiotik merupakan produk metabolit sekunder, yang dihasilkan

umumnya pada saat laju pertumbuhan rendah atau setelah
pertumbuhan berhenti, tidak esensial untuk pertumbuhan
mikroorganisme penghasilnya di dalam kultur murni, dan memiliki
struktur yang tidak umum dijumpai dalam produk metabolit primer.
 Metabolit sekunder dibiosintesis terutama dari banyakmetabolit-
metabolit primer: asam amino, asetil koenzim A, asam mevalonat,
dan zat antaralainnya.
 Metabolisme dari metabolit sekunder memiliki lintasan reaksi yang
berbeda-beda tergantung jenis organismenya,berbeda dengan
lintasan reaksi metabolisme primer yang hampir sama di berbagai
kelompok organisme.
 Beberapa reaksi yang umumnya terjadidalam biosintesis
antibiotik maupun metabolit sekunder lainnya yaitu

 1. Hidroksilasi Hidroksilasi merupakan reaksi yang menambahkan

gugus hidroksi kepada suatu senyawa organik. Pada reaksi ini, bagian
substrat yang berupa atom karbon jenuh (C-H) akan digantikan oleh
gugus -OH menjadi C-OH.
 2. Metilasi Metilasi merupakan reaksi penambahan gugus metil (-CH3)
pada substrat ataupun substitusi suatu atom atau gugus pada substrat
dengan gugus metil. Metilasi merupakan reaksi yang sering dijumpai
dalam biosintesis metabolit sekunder.
 3. Asilasi Asilasi atau disebut juga alkanolasi, merupakan reaksi
penambahan gugus asil (-RO) kepada suatu senyawa. Senyawa
penyumbang gugus asil yang umumnya digunakan adalah asil halida,
campuran anhidrida, dan disikloheksilcarbodiimida.
 4. Pengkopelan (coupling) oksidatif fenol. Biosintesis fenol terutama
terjadi melalui dua cara yaitu mengikuti alur poliketida yang berawal
dari asetil-KoA atau mengikuti alur asam shikimat.
Fenol dibentuk pada suatu terminal dalam biosintesis atau terlibat
dalam pembentukan metabolit yang lain. Yang penting dalam hal ini
adalah pengkopelan dari 2 residu fenolat.
Suatu landasan mekanistik yang ada dengan anggapan
pembentukan ikatan dapat terjadi dengan pengkopelan inter dan
intra-molekular dari 2 radikal mesomerik yang terbentuk dari oksidasi
elektron tunggal masing-masing dari satu pasang fenol.
Pembentukan ikatan karbon-karbon menurut hipotesis ini, hanya
dapat terjadi orto atau para terhadap gugus-gugus hidroksi fenolat.