Cours - Microbiologie - Parcours - VALDEC-Partie I-2023-24

FACULTE DES SCIENCES SEMLALIA
DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
Cours de Microbiologie Générale de l’eau
Parcours d’Excellence VALDEC
1
Cours de Microbiologie Générale de l’eau
Ce cours est composé de deux parties complémentaires. La première concerne des
notions de base de la Microbiologie générale. Elle est basée sur des aspects concernant
surtout la structure, la nutrition et la croissance bactériennes.
Quant à la deuxième partie, elle correspond à la production pédagogiques des

étudiants de la promotion (2023-2024). Autrement dit, des exposés, avec des
thématiques complémentaires à la partie du cours, ont été attribués à des binômes ou
trinômes d’étudiants. Ces différents exposés ont été supervisés par l’enseignant ayant
dispensé la première partie I du cours. Après chaque exposé, un débat est lancé sur le
thème développé (remarques sur la forme et le fond).
L’évaluation pédagogique des connaissances des étudiants, prendra en considération les

deux parties complémentaires du cours dispensé.
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PREMIERE PARTIE
3
CHAPITRE I
GENERALITES
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I) Introduction générale
1- Qu’est e que la Microbiologie ?
( de micro = petit, et bios= vie)
• Microbe : terme ancien créé au 19ème siècle

1 µm = 10-6 m
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I) Introduction générale
2- Bref historique de la microbiologie
Premières observations :
* La découverte des micro-organismes
 Observation et application empirique de phénomènes de nature
bactérienne
 Van Leeuwenhoeck (1632 – 1723)
 Premières observations et description des bactéries
 Deux siècles plus tard …
 Les bactéries demeurent une simple curiosité scientifique
 Relance du débat sur la génération spontanée
 « l’intervention des êtres vivants préexistants
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B) génération spontanée
 L'idée que la vie puisse émerger du monde inerte est vieille comme le
monde.
 Les civilisations antiques croyaient que :
 les pucerons sortaient des bambous
 la boue pouvait engendrer des vers ou des grenouilles.
 Cette théorie de la génération spontanée, due à Aristote traversera le moyen âge
et sera encore évoquée à la Renaissance.
La génération spontanée est une notion aristotélicienne supposant l'apparition,

sans ascendant, d'êtres vivants à partir de la matière inanimée. Cette notion
est apparentée au concept moderne d'abiogenèse.
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Premières études expérimentales :

Le débat sur la génération spontanée
• Felix Pouchet (1859)
 Les micro-organismes se développent sans la contamination par
l’air
• Louis Pasteur (1822 – 1895)
 Coup de grâce, en 1861, à la théorie de la génération spontanée
Naissance de la théorie germinale
Un organisme vivant ne peut provenir que d’un organisme
vivant
9
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 Résultat!! la génération spontanée n'existe pas.
 Cette prouesse lui vaudra le prix de l'Académie des sciences en 1862.
 les microorganismes, comme tous les autres êtres vivants,
n’apparaissent pas spontanément, mais à partir de « germes »
existants (théorie de la génération spontanée)
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3- Certaines caractéristiques des microorganismes
• Invisibles à l’œil nu: microscopiques
 Ubiquistes: Les micro-organismes ou microbes sont des
êtres vivants microscopiques.
Ils sont omniprésents ( = ubiquité) dans :
• existent partout (sol, air, eaux……)
• Très diversifiés: bactéries, virus, algues, mycètes,
protozoaires…
• Abondants: 10x avec x=de l’ordre de 9-10-11-12
• Adaptatifs: différentes conditions environnementales
(pH, T°C, salinité, anaérobiose, aérobiose etc.
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a) Place des micro-organismes dans le monde
 Les micro-organismes ou microbes sont des êtres vivants microscopiques.
 Ils sont omniprésents ( = ubiquité) dans :
L’environnement Colonisent également le vivant

Animaux
 Eau Végétaux
 Air Microorganismes…
 Sol
 Sédiments
 Minéraux
Bactéries colonisant la surface
de la peau Virus infectant des Bactéries
 La plupart ne sont pas dangereux et contribuent à
notre bonne santé.
 Certains entraînent des maladies : ils sont pathogènes.
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b) Abondance des microorganismes
Combien y a-t-il de microorganismes ?
Les microorganismes représentent la biomasse

la plus importante de la Terre.
• 1 g de yaourt ----------------------------------------------109 bactéries
• 1 g de terre ------------------------------------------25x109 bactéries
(4 fois plus que d’Hommes sur Terre)
• 1 g de fèces -----------------------------------------------1012 bactéries
(autant de cellules que dans le cerveau)
• Intestin humain -----------------------------------------1014 bactéries
(10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre
corps).
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4- Domaines et rôles de la Microbiologie
• Quelle est l’importance de la microbiologie?

 La Microbiologie est l’une des plus importante disciplines en biologie
 Elle permet:
 D’étudier l’implication de certains de ces microorganismes dans

l’apparition des maladies
 De trouver des remèdes pour ces maladies
 D’utiliser microbes à des fins industrielles, écologiques etc….
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• Microbiologie médicale
 Maladies humaines et animales
 Identification de l’agent responsable d’une maladie infectieuse
 Identification de nouveau agents pathogènes
• Microbiologie de la santé publique

 Limiter la propagation des maladies contagieuses
 Vérification des réserves alimentaires
 Contrôle de la qualité des eaux d’alimentation
• Microbiologie agro-alimentaire
 Maladies végétales qui affectent les cultures d’importance alimentaire
 Transmission des maladies alimentaires (botulisme, salmonelloses)
 Augmenter la fertilité des sols
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• Microbiologie industrielle
 Utilisation des micro-organismes pour produire des substances telles que des
antibiotiques, des vaccins, des alcools et autres solvants, des vitamines, des acides
aminés, des enzymes …etc
• Ecologie bactérienne
 Relations entre les bactéries et leur environnement
 Fonctionnement des cycles biogéochimiques
• immunologie
 Fonctionnement du système immunitaire
 Mise au point de techniques de production et d’utilisation des anticorps
• Génétique microbienne et biologie moléculaire

 Nature de l’information génétique
 Étude des mutations et de transfert génétiques
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CHAPITRE II
Propriétés fondamentales des

microorganismes
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1- Propriétés fondamentales des microorganismes
Avant la découverte des microorganismes, les organismes

vivants étaient classés en deux règnes
Règne animal Règne végétal
 Organismes multicellulaires
 Organismes multicellulaires
 Pas de paroi cellulaire
 Ayant une paroi squelettique.
 Hétérotrophes par ingestion
 Autotrophes (photosynthèse)
 Pas de chloroplastes
 Cellules avec chloroplastes
 Capables de se déplacer
 (chlorophyle)
 Toutes les espèces se
 Incapables de se déplacer
 Reproduisent sexuellement
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Après la découverte des microorganismes, les
scientifiques ont essayé de les classer parmi les deux
règnes.
 Ceux ayant des caractères proches des végétaux (photosynthétiques,

immobiles…Règne animal
 Ceux ayant des caractères proches des animaux (non photosynthétiques,
 mobiles…. Règne végétal
Mais, certains microorganismes ne ressemblaient ni aux animaux, ni aux végétaux
Nécessité de créer un nouveau système de

classification comprenant les
microorganismes
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1-1) Classification des microorganismes
Classification de Haeckel
En 1886, Haeckel proposa la création d’un troisième règne qui comprendrait les
microorganismes c’est le règne des Protistes
Règne des Règne des Règne des Protistes

animaux végétaux ( Bactéries, Cyanobactéries, algues,
protozoaires, champignons)
Organisation cellulaire
Unicellularité et indivisibilité
Taille cellulaire
Flexibilité métabolique
Potentiel de reproduction
Omniprésence et abondance
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Organisation cellulaire
1838 (Schleiden et Schwann) : théorie cellulaire
 « la cellule est l’unité fonctionnelle de tout être vivant
capable de fonctionner de manière autonome »
• 1937 (Chatton) : deux types de cellules

 La cellule eucaryote: noyau entouré d’une membrane
et renfermant un certain nombre d’organites cellulaires
 La cellule procaryote : organisation cellulaire
rudimentaire.
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1-1) Classification des microorganismes
L’observation de l’ultrastructure des protistes a montré l’existence de certaines

différences au sein de ce règne, ce qui a engendré l’appellation suivante
Règne des protistes
Protistes inférieurs Protistes supérieurs

Bactéries Algues
Archées Mycètes
 Structure cellulaire protozoaires
simple  Structure cellulaire
 Procaryotes complexe
 Eucaryotes
* Absence de membrane autour * Possèdent un véritable noyau

du matériel nucléaire bien délimité par une membrane
Procaryotes Eucaryotes
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1-2) Différence entre cellule eucaryote et procaryote
les cellules procaryotes sont apparues avant les cellules eucaryotes
Cellule eucaryote
Cellule procaryote
24
25
1-3) Taille des microorganismes
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1-4) LA CELLULE PROCARYOTE : STRUCTURE & FONCTION
1-Méthode d’étude par microscopie à lumière

Le microscope optique permet de visualiser des objets vivants (bactéries, levures, organismes
unicellulaires) ou fixés (coupes de tissus) à l'échelle cellulaire.
Il enseigne sur la forme des bactéries et leur mobilité éventuelle.
Préparation de la lameObservation au microscope La résolution du microscope
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1-4) LA CELLULE PROCARYOTE : STRUCTURE & FONCTION
2- Méthode d’étude par microscope électronique
Les microscopes électroniques ont un pouvoir de

résolution supérieur aux microscopes optiques
Ils peuvent obtenir des grossissements beaucoup plus élevés

allant jusqu'à 2 millions de fois, alors que les meilleurs
microscopes optiques sont limités à un grossissement de 2000
fois
Ils permets l’étude de la structure fine des bactéries
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1-5) PRINCIPALES FORMES BACTÉRIENNES
Les formes des cellules bactériennes sont extrêmement diverses. Nous en
retiendrons trois principales :
 Le coque (sphère)
 Le bacille (bâtonnet)
 La forme spiralée
Ces formes peuvent êtres regroupées selon différentes organisations
Chaînette Amas Tétrade
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Bactéries coques
Streptocoques
Staphylocoques
30
Bactéries baciles
Exemples: Escherichia coli, Clostridium,

Salmonelles, Bacilles lactiques…
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Bactéries spiralée
Vue en microscopie
électronique à
transmission de
Leptospira biflexa.
Vibrio cholerae, microscopie

électronique à balayage
32
1-6) ORGANISATION DE LA CELLULE PROCARYOTE
Structure et organisation d’une cellule procaryote
a) Structures obligatoires
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A) Structures obligatoires
A-1) La paroi cellulaire procaryote
 Une des parties les plus importantes de la cellule
 La plupart des bactéries ont une paroi
 Donne la forme et protège contre la lyse osmotique
 Protège contre les substances toxiques
 Site d’action de plusieurs antibiotiques
 Confère à la cellule sa rigidité et sa résistance aux pressions
 Assure la protection de la membrane cytoplasmique (membrane
interne)
 La structure de la paroi est différente selon qu’il s’agit de bactérie à
Gram positif ou à Gram négatif.
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Gram positives Gram négatives

 Plus épaisse  Plus complexe
 Couche de muréine  Couche de muréine
(20 à 80 nm (1 à 3 nm
d’épaisseur d’épaisseur)
 Membrane externe
(7 à 8 nm
d’épaisseur).
35
36
A-2) La membrane cytoplasmique
Située sous la paroi
 Lipides (30 à 40 %)
 Protéines (60 à 70 %)
 Glucides (constituants mineurs)
 Absence de cholestérol
 Différence avec la cellule eucaryote
Elle a de nombreuses fonctions :
 Respiration (fabrication d’énergie)
 Transfert et transport des substances
 Barrière osmotique
La membrane est la cible des antibiotiques polypeptidiques.
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A-3) Cytoplasme
 Dépourvu d’organites délimités par une membrane

 Contient beaucoup d’eau (70 % de la masse bactérienne)
 Son pH est compris entre 7 et 7.2
 Le cytoplasme contient
 Des ARN
 Des ribosomes
 Des substances de réserves
 Matériel nucléaire
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A-3) Cytoplasme
Le nucléoïde
 Les cellules procaryotes ne possèdent pas de vrai noyau (Il n’y a pas de membrane nucléaire comme
chez les eucaryotes)
 Elle possèdent du matériel nucléaire : Support de l’information génétique
 Le chromosome est le plus souvent unique
 Il s’agit d’une formation en double hélice circulaire (parfois linéaire)
 Longueur 1 mm.
 Il est composé d’ADN (60%), d’ARN (30%) et de protéines (10%).
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A-3) Cytoplasme
Les plasmides
 Ce sont des molécules d’ADN double brin

 Portent, comme le chromosome, des informations
génétiques
 Se répliquent indépendamment du chromosome,
 Peuvent s’intégrer au chromosome
 Sont transmissibles à d'autres bactéries.
 Ils codent pour la synthèse de différentes protéines
enzymatiques conférant ainsi à la bactérie qui les
possède des caractères particuliers tels que
possibilité d'utiliser tel ou tel substrat ou résistance
aux antibiotiques..
40
A-3) Cytoplasme
Les corps d’inclusion
Les corps d’inclusion peuvent être organiques et/ou inorganiques

 Le glycogène: polymère de glucose (liaison glycosidique α (1AE4) dispersé dans le
cytoplasme sous forme de granules visibles uniquement au microscope électronique;
 Le poly-β-hydroxybutyrate (PHB): molécules de β-hydroxybutyrates reliés par des liaisons
esters entre groupe carboxyle et hydroxyle de molécules adjacentes;
 Le glycogène et le PHB représentent des réserves de carbone pour la production de
l’énergie et pour la biosynthèse.
 Granules de polyphosphates
 Granules de soufre
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A-3) Cytoplasme
Les ribosomes
 Éléments complexes (protéines et ARN)

 Formées de deux (2) sous unités : 50 S
et 30 S
 Rôle dans la synthèse des protéines
 Légèrement plus petits que les
ribosomes des eucaryotes
 Appelées souvent ribosomes 70 S
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B) Structures Inconstantes
B-1) Capsule
 Elle n’existe que chez certaines bactéries et n’est pas indispensable à leur survie.
 Elle confère souvent à la bactérie un pouvoir pathogène que la bactérie non capsulée
ne possède pas
 C'est un facteur de virulence car elle protège la bactérie de la phagocytose.
 Empêche la fixation des bactériophages
 Confèrent une certaine résistance aux agressions physico-chimiques comme la
dessiccation ou aux détergents
 Permet l’adhérence de la bactérie sur les tissus animaux
 Si cette capsule est diffuse on parle de couche mucoïde.
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B-2) Cils et flagelles
 Appendices locomoteurs Impliqué mobilité des bactéries

 Le point d'insertion des cils et des flagelles se situe dans le cytoplasme,
au contact de la membrane plasmique.
 Structures minces (environ 20 nm de diamètre sur 15 à 20 mm de long)
 Ils sont fins et doivent être épaissies pour être observées au microscope (cf.
coloration des flagelles).
 Propriétés antigéniques
 Utilisé (sérodiagnostic) pour la différentiation des espèces bactériennes.
44
B-2) Cils et flagelles
Les flagelles
Chez les bactéries mobiles, il existe différents types flagellaires induisant des déplacements variables
qu'on appellera ciliature :
Un seul flagelle Plusieurs Un flagelle à Des flagelles

polaire flagelles polaires chaque pôle entourant la bactérie
Monotriche Lophotriche Amphitriche Péritriche
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B-2) Cils et flagelles Donner le type de ciliature de chaque bactérie??
Proteus Bactérie péritriche Bactérie lophotriche

Vibrio cholerae
Legionella
Spirillum undula
Bactérie amphitriche Bactérie monotriche
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B-3) Les pili ou fimbriae
 Courts appendices fins (comme les cheveux)
 Plus minces que les flagelles et ne sont pas impliqués dans le mouvement
 Une cellule peut être couverte de 1000 fimbriae, mais on ne les voient qu’au
microscope électronique
 3 à 10 nm de diamètre sur plusieurs micromètres de long
 Pili commun ou fimbriae: Sont courts et cassants ils sont utiles pour
l'adhésion des bactéries aux muqueuses et sont donc des facteurs de
virulence.
 Pili sexuels : Plus longs et relient deux bactéries et sont voies d'échanges de
matériel génétique entre les bactéries.
47
Image de microscopie Deux bactéries E.

électronique d’une coli effectuent un transfert
bactérie Escherichia génétique au moyen d’un
coli. pilus sexuel
Legionella pneumophila et son flagelle
Les appendices
entourant la bactérie
sont des fimbriae
48
La conjugaison bactérienne
49
B-4) Les spore bactériennes
 Si on place les bactéries dans des conditions défavorables de survie,
pour certaines d'entre elles (bacilles Gram + : Bacillus et Clostridium) il y
a formation de spores
 Les endospores se forment lorsque le milieu est appauvri en

nutriments ou dans des conditions physiques défavorables.
 La endospore contient, sous forme condensée, le génome et une partie

du cytoplasme déshydraté autour d’une enveloppe très résistante.
 Si on place des spores dans des conditions favorables, elles retournent à

l'état de bactéries végétatives ; c'est la germination.
50
B-4) Les spore bactériennes
 Ces structures sont extraordinairement résistante aux conditions sévères de l’environnement comme :
 la chaleur
 les radiations ultraviolettes
 Les radiations gamma
 Les désinfectants chimiques
• Les endospores sont d’une grande importance
 Hautes pressions
pratique en microbiologie alimentaire,
 Antibiotiques industrielle et médicale à cause de leur
résistance et du fait que certaines espèces
bactériennes formant des endospores sont
dangereusement pathogènes.
• Il est donc essentiel de pouvoir stériliser les
solutions et les objets.
51
52
B-5) Colorations bactériennes
 Coloration simple (un seul colorant)

 Les colorants ionisables se divisent en deux classes :
 Les colorants basiques (cationiques)
 Les colorants acides (anioniques)
 Coloration différentielle type Gram
53
a) Coloration simple (un seul colorant)

La coloration simple constitue l’une des façons les plus rapides d’observer des
caractéristiques de l’aspect physique d’une bactérie, comme sa forme, sa taille ainsi
que son arrangement.
 Suite à une coloration simple, il est possible de bien voir les bactéries à l’étude à
l’aide du microscope et de noter les éléments relatifs à leur apparence qui sont
primordiaux à leur identification éventuelle.
 Les colorants ionisables se divisent en deux classes :
 Les colorants basiques (cationiques)
Se fixent aux molécules chargées négativement comme les acides nucléiques et les
protéines. Ex. : Bleu de méthylène, Fuchsine basique, Cristal violet,
Safranine
 Les colorants acides (anioniques)
Se fixent sur les molécules chargées positivement. Ex. : Eosine, Rose bengal, Fuchsine
acide.
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Préparation et coloration des échantillons
Exemple d’une préparation d’un échantillon
Identifier la lame Déposer une Prélever une partie

Flamber l’anse
goutte d’eau d’une colonie isolée
Fixé le frottis en
passant délicatement
Laisser sécher Mélanger les
et rapidement la lame
l’étalement à l’air bactéries
2-3 fois au dessus de la
avec la
flamme
goutte d’eau
55

Exemple d’une coloration simple au bleu de méthylène
Couler une Après 1-3min Sécher entre Observer la lame Bactéries du yaourt colorées
solution de bleu rincer à l’eau deux feuilles de au bleu de méthylène
de méthylène sur de robinet papier buvard au microscope à
un frottis l’aide de l’huile à
l'immersion
(x100)
56
b) Coloration différentielle: Coloration de Gram

 Développée en 1883 par le médecin danois Christian Gram.
 C’est la méthode de coloration différentielle la plus utilisée en microbiologie.
 Elle permet de diviser les bactéries en deux grands groupes : les Gram positives et les Gram
négatives.
 Les parois des bactéries à Gram négatif ont un taux élevé de lipides (à cause de la membrane
externe) et une fine couche de peptidoglycane.
 L'alcool contenu dans le décolorant extrait le lipide, ce qui rend la paroi des bactéries à Gram
négatif plus poreuse, et incapable de retenir le complexe violet-lugol, décolorant ainsi la bactérie
qui prennent la coloration rose par la suite.
 Le peptidoglycane plus épais et le degré de réticulation plus élevé piège le complexe violet-lugol
plus efficacement, ce qui rend la paroi Gram positif moins sensible à la décoloration avec une
coloration violette.
57

Coloration de Gram
58
B-5) Colorations bactériennes Quelles couleurs vont

prendre ces deux cellules
Coloration de Gram après coloration de Gram
et pourquoi??
59
CHAPITRE III
TAXONOMIE ET CLASSIFICATION DES

BACTÉRIES
60
1) TAXONOMIE ET CLASSIFICATION DES BACTÉRIES
A) Taxonomie et classification
 La taxonomie (du grec taxis= arrangement) est la science qui étudie les méthodes
permettant de classer les organismes en groupes d’affinité, dits taxons.
 L’espèce est l’unité fondamentale de la classification.
 L’espèce regroupe les organismes qui possèdent de nombreux caractères communs
 Cependant, à l’intérieur d’une même espèce, il est possible de distinguer des
souches et des clones.
 Une souche= sous-division d’une espèce.
 Un clone= population descendant d’une même souche.
61
L’espèce biologique est l’unité de base de tout système de classification

=
C’est un groupe d’organismes très apparentés, différents
des autres groupes d’organismes et capables de se
croiser entre eux.
Cette définition n'est pas applicable aux procaryotes (bactéries)
En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et par

l'ensemble des souches considérées comme suffisamment proches de
la souche type pour être incluses au sein de la même espèce .
62
Les bactéries peuvent être classées selon Les bactéries peuvent également être classées selo
leurs caractères :  Coloration de Gram
 Biochimiques (en biotypes ou biovars),  Morphologie
 Pathogéniques (en pathotypes ou pathovars),  Mobilité
 Antigéniques (en sérotypes ou sérovars),  Capacité à sporuler
 Moléculaires (par ex séquençage de l’ARN  Température de croissance
ribosomal, en ribotypes),  Besoins nutritionnels
 Sensibilité aux ATB (classification en ATB) etc…  Mode de respiration

 Capacité de photosynthèse
 Utilisation de différentes sources de carbone, d’azote
 % de G+C dans du génome.
63
B) Nomenclature des bactéries
La nomenclature est l’ensemble des règles qui régissent l’attribution d’un nom à chaque taxon distinct.
 Elle est universelle.
 Dans le système de nomenclature créé par Carl von Linné (1735), l’appellation scientifique de
chaque organisme vivant est formée de deux mots latins.
 Les deux mots sont un nom de genre et une épithète spécifique, qui sont tous deux
soulignés ou écrits en italique.
 Le nom du genre porte une majuscule.
Exemple : Staphylococcus aureus.
64
1) Taxonomie et Classification des Bactéries
D’une manière générale, la classification des êtres

vivants est hiérarchisée ainsi:
Domaine, Ex Bacteria
Règne , Procaryote
Phylum,
Classe, Schizomycètes
Ordre, Micrococcales
Famille, Micrococaceae
Genre, Staphylococcus
Espèce: S. aureus
65
CHAPITRE IV
PHYSIOLOGIE ET CROISSANCE
BACTÉRIENNES
66
1) PHYSIOLOGIE ET CROISSANCE BACTÉRIENNE
A) Physiologie bactérienne
La physiologie bactérienne est la science des fonctions et des constantes du

fonctionnement normal des bactéries.
 Les principaux éléments de la physiologie bactérienne :
Les conditions de la croissance bactérienne:
 Nutritionnelles: De nutriment adapté (quoi mangé?).
 Environnementales: D’un environnement favorable (où vivre?)
Ces deux paramètres réuni permettront la Croissance bactérienne ,qui est révélé en
pratique par une augmentation du « nombre » de bactéries dans un milieu donnée.
 La croissance bactérienne proprement dite :
 Division bactérienne
 Dynamique de la croissance
Leurs implications dans la conduite d’un examen bactériologique et donc le
diagnostic d’une infection bactérienne .
67
A) Physiologie bactérienne
Principaux éléments de la Implication lors de l’examen
physiologie bactérienne bactériologique
Besoins nutritifs Choix des milieux de culture
Choix de la température et de
Conditions environnementales l’atmosphère d’incubation des
milieux de culture
Division bactérienne Délais de croissance et de rendu

des résultats
Dynamique de la croissance Dénombrement, identification et
antibiogramme
68
B) Nutrition bactérienne
Besoins nutritifs des bactéries et milieux de culture
1- Les besoins nutritifs des bactéries

 Les bactéries sont des organismes vivants devant trouver
dans l’environnement l’ensemble des substances
nécessaires à leur énergie et pour la croissance cellulaire.
 Les bactéries se nourrissent :
 De substances organiques simples (acides aminés,
glucides, acides gras, vitamines, hydrocarbures, ect.) et
 De certaines substances inorganiques (phosphates,
soufre, nitrates, ect.).
 Selon la nature des besoins nutritifs, on définit
différentes catégories de bactéries : ce sont les types
trophiques
69
• 1- Les besoins nutritifs des bactéries
– Source d'énergie
• • Une bactérie, pour qu'elle puisse synthétiser ses constituants et se
déplacer, doit dépenser de l'énergie.
Energie lumineuse → Energie chimique →

phototrophie. chimiotrophie.
Réactions
Photosynthèse
biochimiques
Phototrophe chimiotrophe Oxydation des
composés organiques
et inorganiques
70
• 1- Les besoins nutritifs des bactéries

– Source d’électron
• Chez les bactéries, le donneur d'électrons n’est jamais H2O ; sa nature

chimique permet de distinguer deux types trophiques.
• Il peut être:
 Minéral → Lithotrophie
 Organique → Organotrophie
71
Source d’énergie
Lumière Oxydation d’un composé chimique
Phototrophes Chimiotrophes
Photolitotrophes Photoorganotrophes chimiolitotrophes chimioorganotrophes
Donneur d’électrons Donneur d’électrons Donneur d’électrons Donneur d’électrons

= Composé Minéral = composé organique = Composé Minéral = composé organique
Ex : bactéries sulfureuses, Ex : bactéries pourpres Ex : bactéries Ex : bactéries sulfo-

Pourpres et vertes Non sulfureuses nitrifiantes oxydantes
72
Source de carbone
Le carbone est l'élément constitutif le plus abondant chez les bactéries
– Selon la source de carbone on distingue :
Se développent en Exigent des composés

milieu inorganique organiques
CO2 = seule source Pour se reproduire
(minérale) de carbone
73
Source d’énergie Source d’électrons Source de carbone
lumineuse chimique inorganique organique inorganique organique
phototrophe chimiotrophe lithotrophe organotrophe autotrophe hétérotrophe
A retenir: Les bactéries Chimio-organotrophe

sont « les » bactéries d’intérêt médical.
74
Autres besoins
Besoin en azote: Les protéines constituent 10 % du poids sec de la bactérie.
 Fixation azote moléculaire « N2 » (Rhizobium)
 Nitrites (Nitrobacter) « NO3 »
 Source organique groupements aminés des composés organiques (RNH2)
Besoin en soufre:
 Présent dans certains acides aminés sous forme de groupements thiols (-SH).
 A partir de sulfates « SO4 ».
Besoin en phosphore: Composant des acides nucléiques et coenzymes de l’ATP.
 On le retrouve sous forme organique ou minéral (pyrophosphate ou phosphate)
Oligoéléments et minéraux: Constituant structuraux ou le plus souvent constituant d’enzyme et coenzyme:
 Fer, magnésium calcium, cobalt, cuivre, manganèse …
75

 Les bactéries se nourrissent à partir des aliments présents dans les milieux de culture et dans des
conditions physico-chimiques bien précises.
 les besoins nutritifs des bactéries sont de deux types :
Besoins élémentaires Besoins spécifiques

Eau,  Facteurs de croissance
Source d'énergie,
Source de carbone,
Source d'azote et
 ELéments minéraux .
Besoins communs à toutes Besoins essentiels pour certains

les bactéries types de bactéries
76
Facteurs de croissance
 les bactéries capables de croitre en présence d'eau, d'une source
d'énergie, d'une source de carbone, d'une source d’azote et d'éléments
minéraux sont qualifiées de prototrophes.
 Les bactéries nécessitant, en plus, un ou plusieurs facteurs de croissance
qu'elles sont incapables de synthétiser sont dites auxotrophes .
Un facteur de croissance est un élément indispensable à la croissance de la bactérie (auxotrophe

pour ce facteur). Il doit être présent dans l'environnement car la bactérie est incapable de le
synthétiser.
77
Facteurs de croissance
 Quelques fois les besoins en facteur de croissance d’une espèce bactérienne peuvent être
satisfaits par la présence dans le milieu d’une autre espèce capable de synthétiser ce facteur : c’est
le phénomène de Syntrophie
Exemple : la culture sur la même boite de :
* Haemophilus spp = bactérie auxotrophe au facteur V (NAD)
* Staphyloccoque = bactérie productrice de NAD
Donne une culture en satellite de Haemophilus spp
78
79
2- Les facteurs physiques
On appelle facteurs physiques les facteurs qui relèvent de l'environnement.

Ces facteurs peuvent favoriser, empêcher ou inhiber la nutrition et la
croissance bactérienne.
 Eau
 température
 pH
 oxygène
 pression osmotique
a) Eau :
• Représente 80 % des constituants cellulaires bactériens
• Indispensable au développement de la bactérie
• Solvant des nutriment et agent des réactions d’hydrolyse
80
b) Température
 Elle influence aussi bien la multiplication que le
métabolisme bactérien
 Les différentes espèces ont une température
• Minimale : A laquelle ils peuvent se
développer Tmi
• Optimale : C'est la meilleure à laquelle ils Topt Tma
n
x
peuvent se développer
• Maximale : Au-delà de laquelle ils ne peuvent
se développer
81
b) Température
Les bactéries peuvent être classées :
• Mésophiles: 10-45°C optimum 30-37°C,
c’est le cas de la plupart des bactéries
pathogène
• Psychrophiles : -15°C à 20°C (5-10°C) ex:
Listeria monocytogène.
• Thermophiles (45-70°C) ex: Les
Coliformes fécaux
• Hyperthermophiles (>80°C)
82
pH
c) Le potentiel Hydrogène pH Basophiles
Basique
 Le pH influence l’équilibre ionique du milieu, extrêmes
les réactions métaboliques et l’activité
enzymatique. Basophiles
 Les bactéries préfèrent un pH neutre ou
Neutrophile
légèrement alcalin (7 –7.5) mais les limites
s
sont très larges :
 Selon leur pH optimale de croissance on Acidophiles
distingue des bactéries :
 Acidophiles (1– 4) Acide
Acidophiles
extrêmes
 Neutrophiles (5,5 – 8,5)
 Basophiles (8,5 à 11,5).
83

d) Oxygène
• En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4 types respiratoires de bactéries :
 Aérobies stricts : Exigent l’oxygène libre pour leur croissance
 Aéro-anaérobies (anaérobies facultatives) : Capables de croître avec ou sans
oxygène libre.
 Anaérobies stricts : Ne peuvent pas se multiplier en présence d’oxygène libre
 Microaérophiles : Ne se multiplient qu’en présence d’une faible tension
d’oxygène.
 Les B. anaérobies aero-tolérants : Bien que tolérant l’oxygène , ils ne peuvent
pas l’utiliser et tirent leur énergie exclusivement de la fermentation. ex.
Lactobacilles
84

d) Oxygène
85
d) Oxygène
86
d) Oxygène
Quel est le type respiratoire des bactéries suivantes ???
1) les bactéries aérobies strictes

2) les bactéries aéro-anaérobies
facultatives
3) les bactéries microaérophiles
4) Les bactéries anaérobies strictes
87
2- Les facteurs chimiques

d) Pression osmotique
 La plupart des bactéries sont insensibles à la pression osmotique (teneur en NaCl) (protégée par
la paroi rigide)
 Seules les bactéries marines adaptées à une concentration de 35 g/l de NaCl sont sensibles aux
variations de ce paramètre.
 Selon cette sensibilité on distingue
- Les bactéries non-halophiles : (NaCl < 0,2 M) (Entérobactéries)

- Les bactéries halophiles : 0,2 <NaCl< 5,2 M (Marina, Halobacterium salinarium)
- Les bactéries halotolérants : Concenration NaCl élevée (Staphyloccus)
88
Source
Type Source de carbone
d'énergie
Photoautotrophes ?? ??
Quiz
Matière
?? CO2
inorganique
Photohétérotrophes ?? ??
Composés Composés
??
organiques organiques
89
A noter
1. L’ensemble des connaissances des besoins nutritionnels des bactéries ,est à
la base de l’élaboration des milieux de cultures.
2. L’ensemble des connaissances des besoins environnementaux des bactéries,
est à la base de l’élaboration des conditions d’incubation.
• L’ensemble de 1 et 2 sont indispensable pour obtenir la « croissance
bactérienne » .
• L’ensemble de ce qui permet ou pas une croissance bactérienne est appelé
caractère de culture (ou caractères culturaux) .
90
8-4) PHYSIOLOGIE ET CROISSANCE BACTÉRIENNE
Les milieux de culture
Un milieu de culture est un support qui permet la culture de cellules, de bactéries, de

levures, de moisissures afin de permettre leur étude. Il se compose d'une base (agar-agar,
eau, minéraux, etc.) ainsi que d'un indicateur coloré de pH ou de réaction d'oxydoréduction
pour permettre de formuler des hypothèses sur le genre.
« Certaine » bactéries pathogènes pour l’homme « ne sont pas

cultivables ».
• Il n’existe pas « UN » milieu permettant la culture de « toutes »
les bactéries cultivables.
Donc:
• Une culture négative ne signifie pas absence de bactéries
pathogène dans le prélèvement.
91
Les milieux de culture

La composition des milieux de culture doit :
 Permettre la croissance bactérienne
 Tenir compte des besoins nutritifs des bactéries.
La composition de base de ces milieux comprend :
• Des substrats nutritifs : acides aminés, peptides,, sucres, …,
• Un système tampon assurant la constance du pH
• Des sels minéraux
• Des vitamines
• D’autres facteurs de croissance pour certaines bactéries dites
exigeantes: sang, protéines, hémoglobine, vitamines
supplémentaires.
92
COMPOSITION DU MILIEU DE CULTURE
 Une source de :
 carbone et d'énergie, généralement le glucose ;
 potassium et de phosphore : K2HPO4 ;
 Azote et de soufre : (NH4)2SO4 ;
 Magnésium : MgCl2 ;
 Calcium : CaCl2 ;
Composition du  fer : on emploie le citrate de fer (le citrate a pour rôle de maintenir
milieu de culture le fer en solution) ;
 Oligo-éléments : sels de Cu, Zn, Co, Ni, B, Ti ;
 une source d'eau, indispensable à toute forme de vie : on utilise
l'eau distillée (stérile) ;
 un tampon pH : il permet de maintenir un pH correct voire
optimum : KH2PO4 par exemple.
En l'absence de l'un de ces composants, les bactéries ne se

développent pas, car elles ne peuvent synthétiser ces produits.
C'est l'adjonction de facteurs de croissance appropriés qui permet

à des bactéries exigeantes de se développer.
89
A- SELON LA COMPOSITION : 2 TYPES
1- Composition indéfinie ou approximative: c’est des milieux naturels,
complexes. Par ex: extrait de viande, extrait de levure, extrait biologique (sang..)
2- Composition définie ou milieux synthétiques: ils sont fabriqués à partir de

substances chimiques purifiées. Les quantités et qualités de chaque constituant sont
connues
Synthétique
Remarques: Des milieux de culture naturels + milieux synthétiques = Milieux semi-

synthétiques
94
B- SELON L’UTILISATION
1- Milieux usuels de base: riches conçus pour tous les µorganismes (ex: bouillon nutritif
(BN), gélose nutritive (GN) , bouillon trypticase soja..).
2- Milieux sélectifs contiennent des inhibiteurs de croissance pour tuer les
µorganismes non désirés (ex: milieu de Chapman, milieu de Mc Conkey, gélose lactosée au
TTC et Tergitol 7).
3- Milieux enrichis contiennent des éléments favorisant la croissance de micro-
organismes recherchés (ex: sang, infusions, extrait de levure).
4- Milieux d’identification permettent la mise en évidence de caractères biochimiques
( ex: Bouillon lactosé permet de voir si la bactérie dégrade ou pas le lactose).
5- Milieux conservation pauvres, ils maintiennent les bactéries en survie et en
croissance ralentie.
95
C- SELON L’ÉTAT (SOLIDE / LIQUIDE)
1- Milieux liquides appelés aussi bouillons (en tubes, en bouteilles ou fioles..)

2- Milieux solides = bouillon additionné d’agar agar à 15‰ (en tubes , boites de Petri)
96
Agar-Agar
Les utilisations de l'agar-agar découlent de ses propriétés de gélification des

solutions aqueuses. C'est le gélifiant naturel le plus puissant, son action est
perceptible à partir de 0,1 %.
Il sert de gélifiant des milieux de culture en microbiologie.
93
C) Croissance bactérienne
Division bactérienne, délai de croissance et délai des résultats
Division bactérienne
 Chez les organismes pluricellulaires, la croissance se manifeste par l'augmentation
de taille ou de masse.
 Chez les microorganismes unicellulaires, elle se manifeste par l'augmentation du
nombre (multiplication suite à des divisions binaires).
 Lorsqu'une cellule bactérienne est placée dans un milieu de culture convenable,
elle va assurer ses biosynthèses, augmente de taille puis se divise, par fission
binaire , en deux cellules filles Identiques séparées par un septum de division
formé par la paroi cellulaire.
98
Division bactérienne
Donc pour se multiplier, une bactérie doit être cultivée sur

des milieux de culture
Cet accroissement s’accompagne par :

 Une diminution de la quantité de matières nutritives disponibles dans le milieu de culture
 Une augmentation des déchets dans le milieu
 Une modification de certains paramètres du milieu (le pH, le potentiel d'oxydo-réduction, la
pression osmotique…
99
Délais de croissance
Le temps de division et les délais de croissance dépendent de

l’espèce bactérienne et des conditions du milieu extérieur
(favorables ou défavorables).
100
Cycle cellulaire bactérien
Un cycle cellulaire bactérien se décompose en

trois étapes :
- l'initiation (B),
- la réplication de l’AND chromosomique
(C)
- la division cellulaire (D)
C ne débute qu'à la fin de la période B

et D ne débute que lorsque la réplication de l'ADN
chromosomique est terminée .
Chez Escherichia coli
* C dure environ 40 min
* D dure environ 20 min.
* B a une durée variable selon les conditions de culture
101
Dynamique de la croissance bactérienne
La croissance bactérienne est un

phénomène dynamique qui comporte six
phases représentées schématiquement
dans la figure suivante.
102
103

Aspects théoriques de la croissance bactérienne
 Théoriquement, une bactérie, placée dans un milieu

convenable peut se multiplier indéfiniment, par fission
binaire.
 La croissance se fait selon une progression géométrique : 1, 2,

4, 8,etc... ou 20, 21, 22, 23….. 2n (où n= nombre de
générations).
 Il s'agit d’une croissance exponentielle, mais, en réalité, cette

allure exponentielle ne représente qu'une petite partie de la
multiplication bactérienne.
104
Xn = 2n . X0 (1)
Si on part d'une population initiale X0, au bout de n divisions, on ou
aura un nombre théorique de bactéries : Nn = 2n . N0
X0 = Nombre initial
X1 = 2x X0 = 21 x X0
X2 = 2x2x X0 = 22 x X0
X3 = 2x2x2x X0= 23 x X0 Xn/ X0 = 2n
X4 = 2x2x2x2x X0= 24 x X0 Ln Xn/ LnX0= Ln 2n
Xn = 2n x X0 n= (Ln Xn – LnX0)/Ln2
105

Si on part d'une population initiale N0, au bout de n divisions, on

(1)
aura un nombre théorique de bactéries :
Le temps qui sépare deux divisions successives (ou temps

nécessaire au doublement d'une population) est appelé temps (2)
de génération θ
Le taux de croissance (µ) exprime la vitesse de multiplication des (3)

bactéries; c'est le nombre de divisions effectuées par unité de
temps.
106

Le nombre de divisions par unité de temps est égal
à l'inverse du nombre de génération (1/G) = µ
(1)
(1) et (3) (4) (2)
(3)
Il s'agit d'une fonction exponentielle (1) et (3) (4)
Pour la simplifier (5)
(linéarisation), on va lui faire
(6)
subir une transformation
logarithmique (5)
Si on travaille dans la base 2, log2 2 = 1

donc
(6)
107
F(X) = nombre de bactéries au temps « X »
X= temps en minutes
B0= nombre initial de bactéries
supposons que la population se dédouble toutes les 10 minutes= X
X (mn) Calcul F(x)

0 1xB0: 20B0 B0
10 2x B0: 21B0 21xB0
20 2x2x B0: 22B0 22xB0
30 2x2x2x B0: 23B0 23xB0
40 2x2x2x2x B0: 24B0 24xB0
50 2x2x2x2x2x B0: 25B0 25xB0
X 2X/10xB0 2X/10xB0
F(X) = B0 x 2X/10
108
Exercice d’application
Si après 1 heure il y a 896 bactéries dans la population,
combien en avait-il au départ?
B0= ? et X= 1H= 60 mn
F(X) = B0 x 2X/10
896 = B0 x 260/10
896/ 26 = B0
B0 = 14
F(X) = 14 x 2X/10
109
Combien y aura-t-il de bactéries après 3

heures?
3H= 180 mn Donc X= 180 mn

F(180) = 14 x 2180/10
F(180) = 14 x 218
= 3670 016 bactéries
110
Après combien de temps y avait-t-il 7168
bactéries dans la population ?
X=? F(X) = 7168
7168 = 14 x 2X/10
7168/14 = 2X/10
bc = a
512= = 2X/10 Logb (a) = c
Log2 (512)= X/10
9= X/10
X= 90 mn
111
Croissance bactérienne
Moyens d’étude de la croissance bactérienne
L'estimation de la croissance bactérienne peut être faite par :

 Mesure du nombre de cellules: Dénombrement
 Numération totale directe
 Dénombrement après culture (dénombrement indirect)
 Mesure de la biomasse
 Mesure de l’activité cellulaire (Ex : consommation d’un substrat).
112
1-Mesure du nombre de cellules: dénombrement
a-Numération totale directe
Principe:
on utilise des cellules de comptage (Thoma, Petroff-Hausser) dans un volume connu de suspension
bactérienne.
Numération totale des cellules au microscope
Avantages : méthode précise et fiable,

rapide et facile à mettre en œuvre.
Inconvénients : ne distingue pas les
cellules mortes des cellules vivantes.
113
a-Numération totale directe
114

b-Numération indirecte des cellules viables
 Cette méthode permet de compter les bactéries viables et cultivables

 C’est la méthode la plus utilisée, elle se fait de différentes façons
 Culture en boite de Pétri
 Méthode de filtration sur membrane
115

Culture en boite de pétri
116

Sur un milieu nutritif gélosé, chaque bactérie donne

naissance à une colonie repérable à l’œil nu
Pour le dénombrement
On prend en considération les boites de 30 à 300
colonies. Les micro-organismes peuvent rester associés
et une colonie peut provenir de plusieurs
Calcul : (FD x NC)/V micro-organismes, on parle donc d’unités formant
FD: Facteur de dilution colonies (U.F.C.)
NC: colonies obtenues (UFC)
V: Volume de la prise en ml
117

Avantages :
 Méthode simple et plus précise, la précision augmentant avec le nombre de répétitions.
 Permet de dénombrer juste les cellules vivantes.
 Permet aussi d’effectuer un isolement.
Inconvénients :
 Méthode lourde du fait des dilutions, des milieux à préparer…
Notez qu'il existe une autre technique statistique semi-quantitative dite du « Nombre le Plus
Probable: NPP" appelé aussi « Most Probable Number : MPN »
 Milieu liquide
 Le calcul du MPN utilise des dilutions de l'échantillon et pour l'interprétation,. Il fait appel à des
calculs de probabilité
 La précision de cette méthode est nettement inférieure à la précédente
118

Méthode de filtration sur membrane
 Méthode classique de dénombrement

 Elle consiste à filtrer un volume déterminé d’une suspension sur une membrane filtrante de cellulose qui
est ensuite déposée sur un milieu de culture solide.
119
2-Mesure de la biomasse des bactéries

a-Mesure du trouble (ou absorbance)
 Cette méthode consiste à mesurer la lumière absorbée

par une suspension bactérienne à l'aide d’un
spectrophotomètre.
 C’est la méthode la plus utilisée pour évaluer la masse
microbienne.
120
2-Mesure de la biomasse des bactéries
b-Mesure du poids sec
 Les bactéries d’une suspension sont récoltées par

centrifugation ou par filtration sur membrane.
 Après le culot ou le filtre est desséché à 100-110°C
jusqu’à poids Constant et on fait une pesée
 Le poids est généralement exprimé en grammes de
matière sèche par litre.
121
2-Mesure de l’activité cellulaire
 Méthode qui permet la mesure indirecte de l'activité métabolique des

bactéries
 En appréciant, par exemple la production ou la consommation d'O2 ou
de CO2.
122
Isolement et identification bactérienne
1-Isolement
 L'isolement est une technique qui permet
de séparer les bactéries d'un échantillon.
 L'isolement permet d'obtenir des colonies
différentes, espacées les unes des autres
Ex : Technique des quadrants
123
Isolement et identification bactérienne
2-Identification bactérienne
 L’identification bactérienne consiste à placer un individu particulier dans un

taxon connu.
 Elle consiste habituellement à
 Obtenir une culture pure de celle-ci
 La comparer à l’aide de tests variés à un grand nombre d’autres
espèces déjà décrites jusqu’à retrouver celle correspondante.
 La définition actuelle de l’identification ne comprend plus la comparaison
de propriétés biochimiques mais prend en compte l’identification globale de
l’ADN avec une homologie supérieure à 70%.
124

Cours - Microbiologie - Parcours - VALDEC-Partie I-2023-24

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FACULTE DES SCIENCES SEMLALIA

Quant à la deuxième partie, elle correspond à la production pédagogiques des

L’évaluation pédagogique des connaissances des étudiants, prendra en considération les

• Microbe : terme ancien créé au 19ème siècle

2- Bref historique de la microbiologie

La génération spontanée est une notion aristotélicienne supposant l'apparition,

Premières études expérimentales :

L’environnement Colonisent également le vivant

Combien y a-t-il de microorganismes ?

Les microorganismes représentent la biomasse

• Quelle est l’importance de la microbiologie?

 D’étudier l’implication de certains de ces microorganismes dans

 De trouver des remèdes pour ces maladies

 D’utiliser microbes à des fins industrielles, écologiques etc….

• Microbiologie de la santé publique

• Génétique microbienne et biologie moléculaire

Propriétés fondamentales des

Avant la découverte des microorganismes, les organismes

Règne animal Règne végétal

 Ceux ayant des caractères proches des végétaux (photosynthétiques,

Nécessité de créer un nouveau système de

Règne des Règne des Règne des Protistes

• 1937 (Chatton) : deux types de cellules

L’observation de l’ultrastructure des protistes a montré l’existence de certaines

Règne des protistes

Protistes inférieurs Protistes supérieurs

* Absence de membrane autour * Possèdent un véritable noyau

1-Méthode d’étude par microscopie à lumière

Préparation de la lameObservation au microscope La résolution du microscope

2- Méthode d’étude par microscope électronique

Les microscopes électroniques ont un pouvoir de

Ils peuvent obtenir des grossissements beaucoup plus élevés

Ils permets l’étude de la structure fine des bactéries

Ces formes peuvent êtres regroupées selon différentes organisations

Chaînette Amas Tétrade

Exemples: Escherichia coli, Clostridium,

Vibrio cholerae, microscopie

Gram positives Gram négatives

 Dépourvu d’organites délimités par une membrane

 Elle possèdent du matériel nucléaire : Support de l’information génétique

 Le chromosome est le plus souvent unique

 Il s’agit d’une formation en double hélice circulaire (parfois linéaire)

 Il est composé d’ADN (60%), d’ARN (30%) et de protéines (10%).

 Ce sont des molécules d’ADN double brin

Les corps d’inclusion peuvent être organiques et/ou inorganiques

 Éléments complexes (protéines et ARN)

B-2) Cils et flagelles

 Appendices locomoteurs Impliqué mobilité des bactéries

Un seul flagelle Plusieurs Un flagelle à Des flagelles

Monotriche Lophotriche Amphitriche Péritriche

Proteus Bactérie péritriche Bactérie lophotriche

Image de microscopie Deux bactéries E.

 Les endospores se forment lorsque le milieu est appauvri en

 La endospore contient, sous forme condensée, le génome et une partie

 Si on place des spores dans des conditions favorables, elles retournent à

B-5) Colorations bactériennes

 Coloration simple (un seul colorant)

B-5) Colorations bactériennes

a) Coloration simple (un seul colorant)

B-5) Colorations bactériennes

Identifier la lame Déposer une Prélever une partie

B-5) Colorations bactériennes

b) Coloration différentielle: Coloration de Gram