gmx editconf -f xx.pdb -o xx.

gro 生成 gro 文件
服务器 python acpype.py -i .mol2 -n 1 mol2 需要 antechamber
蛋白质中含有钙离子，需要将 PDB 文件中金属离子改为 CA2+，否则不能生成 gro

小分子 itp 文件的 charge 要根据 antechamber 改正

小分子 itp 文件剪切 atomtypes 部分复制到 ffnobonded 下面
protein.itp 最后加限制：
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"
#endif

; Include ligand topology

#include "129211.itp"

[ atomtypes ]
;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
sy sy 0.00000 0.00000 A 3.56359e-01 1.04600e+00 ; 2.00
0.2500
os os 0.00000 0.00000 A 3.00001e-01 7.11280e-01 ; 1.68
0.1700
o o 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66
0.2100
n4 n4 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82
0.1700
n3 n3 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82
0.1700
c3 c3 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91
0.1094
ca ca 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91
0.0860
hx hx 0.00000 0.00000 A 1.95998e-01 6.56888e-02 ; 1.10
0.0157
hc hc 0.00000 0.00000 A 2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49
0.0157
hn hn 0.00000 0.00000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 ; 0.60
0.0157
ha ha 0.00000 0.00000 A 2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46
0.0150
h1 h1 0.00000 0.00000 A 2.47135e-01 6.56888e-02 ; 1.39
0.0157

source /home/software/ENV/gromacs/gromacs2019.3.env
gmx_mpi pdb2gmx -f recA.pdb -o protein.gro -ignh -ter -water spc
gmx_mpi editconf -f protein.gro -o com-box.gro -d 0.85 -bt cubic
gmx_mpi solvate -cp com-box.gro -o com-sol.gro -p topol.top
gmx_mpi grompp -f em.mdp -c com-sol.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx_mpi genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -pname NA -nname CL -neutral
gmx_mpi grompp -f em.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx_mpi grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -o pr.tpr -r em.gro -maxwarn 1
gmx_mpi make_ndx -f pr.gro
1|13|14
!24
name 24 protein_lig
name 25 envir
q
gmx_mpi grompp -f md.mdp -c pr.gro -p topol.top -o md.tpr -r pr.gro -n index.ndx -
maxwarn 1
gmx_mpi mdrun -v -deffnm md

续跑：
CUDA_VISIBLE_DEVICES=4 mpirun -np 1 pmemd.cuda -O gmx_mpi convert-tpr -s md.tpr -
extend 40000 -o md.tpr
CUDA_VISIBLE_DEVICES=4 mpirun -np 1 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt

意外中断：
CUDA_VISIBLE_DEVICES=4 nohup mpirun -np 1 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt -
pme gpu -nb gpu -ntomp 40 -pin on &

蛋白 RMSD：
gmx_mpi rms -s md.tpr -f md.xtc -o rmsd_protein.xvg -tu ps
最小接触距离
gmx_mpi pairdist -f md.xtc -s md.tpr -ref "resid 2" -sel "resid 676"