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Rapport Koussa Samuel
Rapport Koussa Samuel
THEME :
Présenté par :
KOUSSA SAMUEL PAUL JUNIOR
Encadreur :
Dr KOUADJO ZEZE
Année académique :
2021-2022
DÉDICACE
Je dédie ce rapport à Dieu le tout-puissant pour ses bienfaits et à ma famille pour son soutien,
ainsi qu’à tous ceux qui ont contribués à la réalisation de ce rapport
I
REMERCIEMENTS
Ce rapport est le fruit d’un travail qui a vu la collaboration de plusieurs personnes. Elles ont
intervenus directement ou indirectement dans le suivi de ma formation en m’assistant, me
conseillant, m’aidant moralement, techniquement et financièrement à l’élaboration de ce
rapport.
J’adresse donc mes sincères remerciements au Professeur ABDOURAHMANE Sangaré
directeur général du CNRA et au Docteur POKOU Désiré directeur du laboratoire central de
biotechnologie (LCB) qui m’ont permis de faire ce stage, je remercie spécialement Monsieur
ASSOVI Claude du Laboratoire Central de biotechnologie (LCB).
Je remercie particulièrement Dr KOUADJO-ZEZE Claude, chercheur au CNRA/LCB, chargéé
de mon encadrement, qui a bien voulu m’accueillir dans le laboratoire de Biotechnologie. Elle
a su me prodiguer ses conseils, ses encouragements et me témoigner son intérêt à travers sa
disponibilité. Qu’elle en soit très vivement remercie !
J’adresse aussi mes vifs remerciements à Monsieur KOFFI Kouadio Kan Ghislain, technicien
Supérieur de Recherche au CNRA/LCB, pour ses conseils qui m’ont été précieux dans la
réalisation de ce travail
J'adresse aussi mes vifs remerciements à Monsieur YOUHOU Gnakaby Alain, Auxiliaire
Technique au CNRA/LCB, pour ses conseils qui m'ont été bénéfiques pendant mon stage
J'adresse aussi mes vifs remerciements à Mademoiselle Coulibaly Sidonie, Technicien
Supérieur de Recherche au CNRA/LCB, pour ses conseils précieux au cours de mon stage
Enfin mes sincères remerciements à tous les autres techniciens et stagiaires du laboratoire du
LCB
II
LISTE DE TABLEAUX ET FIGURES
III
LISTE DES ABREVIATIONS
IV
AVANT PROPOS
L’institut Voltaire de l’Enseignement Supérieur Technique et Professionnel en abrégé IVESTP
est un établissement situe à Marcory (Abidjan/Cote d’Ivoire) du boulevard Valérie Giscard
d’Estaing (VGE) proche de SOLIBRA.
Cree en 1996 par M. ORMON Léon, IVESTP est l’une des premières écoles supérieures de
formation professionnelle. Elle reçoit chaque année de nombreux bacheliers pour leurs
formations au diplôme de brevet de technicien supérieur (BTS) dans plusieurs filières
notamment le BTS option production dans les industries agro-alimentaires et bio-industries.
Le Brevet de technicien supérieur s’obtient en deux phases :
_ L’admissibilité aux épreuves écrites.
_ La soutenance d’un rapport de stage.
C’est dans ce cadre que j’ai effectué ce stage au laboratoire central de biotechnologie du
CNRA (LCB/CNRA) sur le thème suivant<< IDENTIFICATION DES
MICROORGANISMES D’ALTERATION DE LA MANGUE>>..
V
SOMMAIRE
DÉDICACE ................................................................................................................................. I
REMERCIEMENTS ................................................................................................................. II
LISTE DE TABLEAUX ET FIGURES ................................................................................... III
LISTE DES ABREVIATIONS ................................................................................................ IV
AVANT PROPOS ..................................................................................................................... V
SOMMAIRE ............................................................................................................................ VI
INTRODUCTION ...................................................................................................................... 1
PRÉSENTATION DU CADRE STRUCTUREL ...................................................................... 2
PREMIERE PARTIE : PRÉSENTATION DU CADRE STRUCTUREL ................................ 2
CHAPITRE 1 : STRUCTURE D’ACCUEIL ............................................................................ 3
1.1. LE CENTRE NATIONAL DE RECHERCHE AGRONOMIQUE ............................ 3
DEUXIEME PARTIE : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE .......................................................... 4
Chapitre 2 : LA MANGUE ........................................................................................................ 5
2.1 ORIGINE ET ESPECES DE LA MANGUE .............................................................. 5
2.2 ASPECT BOTANIQUE .............................................................................................. 6
2.3 IMPORTANCE DE LA MANGUE ............................................................................ 6
2.4 TRANSFORMATION ET UTILISATION DE LA MANGUE ................................. 6
2.5 METHODE DE CONSERVATION DE LA MANGUE ............................................ 6
2.6 CONTRAINTES DE LA PRODUCTION DE LA MANGUE ................................... 7
TROISIEME PARTIE : CAS PRATIQUE ................................................................................ 8
Chapitre 3 : MATERIELS ET METHODES ............................................................................. 9
3.1 MATERIELS ............................................................................................................... 9
3.2 METHODES ............................................................................................................. 10
Chapitre 4 : RÉSULTATS ET DISCUSSION ......................................................................... 13
4.1 RÉSULTATS............................................................................................................. 13
4.2 DISCUSSION ............................................................................................................ 15
CONCLUSION ........................................................................................................................ 16
TABLE DE MATIÈRE ............................................................................................................ 17
VI
INTRODUCTION
La mangue est le fruit du manguier, originaire des forets de l’Inde. Cultivé depuis plus de 4000
ans, c’est au XVIe siècle que les arabes l’introduisent en Afrique. La Cote d’Ivoire avec une
production d’environ 180000 tonnes par an, fait de la mangue son 3eme fruit le plus exporté.
Au niveau national, les difficultés d’écoulement liées à l’étroitesse du marché intérieur et les
maladies des fruits provoquent le pourrissement de près de 40% de la production (gouv.ci). Les
maladies sont provoquées par plusieurs types de MO dont les données sur les populations
présentes, sont insuffisantes, dans un système de gestion de la filière mangue en CI.
L’identification des microorganismes d’altération de la mangue a été entreprise afin d’identifier
les MO susceptible d’influer sur la qualité marchande de la mangue.
OBJECTIFS
֍Objectif global
Cette étude s’inscrit dans l’objectif global d’identifier les MO d’altération de la mangue à
travers nos résultats
֍Objectifs spécifiques
Les objectifs spécifiques de l’étude sont :
*Déterminer les caractères culturaux des différents MO
*Déterminer les caractères morphologiques des différents MO
1
PREMIERE PARTIE :
PRÉSENTATION DU
PRÉSENTATION
CADREDU CADRE STRUCTUREL
STRUCTUREL
2
CHAPITRE 1 : STRUCTURE D’ACCUEIL
Dans le cadre d’un stage-école, la structure qui a bien voulu nous accueillir et par laquelle nous
avons pu améliorer nos connaissances est le Centre National de Recherche Agronomique
(CNRA).
Le CNRA a été créé en 1998 après dissolution de plusieurs structures de recherche (IDEFOR,
IDESSA, CIRT) en vue d’une coordination plus rigoureuse de la recherche agronomique en
Côte d’Ivoire. Ce centre a été sous l’instigation de l’Etat ivoirien en accord avec les opérateurs
agricoles et agro-industriels. Le CNRA regroupe présentement treize stations de recherches,
trois laboratoires centraux et cinq stations expérimentales reparties sur l’ensemble du territoire
ivoirien. Il a pour but principal d’initier et d’exécuter des recherches en vue d’assurer :
- Un appui aux groupes sociaux les plus vulnérables, par la formation technique et
professionnelle aux métiers de la terre dans les centres de recherche et de production
spécialisées
3
DEUXIEME PARTIE : ETUDE
BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
4
Chapitre 2 : LA MANGUE
Règne : Plantae
Classe : Equisetopsida
Sous-classe : Magnoliidae
Super-ordre : Rosanae
Ordre : Sapindales
Famille : Anacardiaceae
Genre : Mangifera
La mangue est le fruit du manguier, grand arbre tropical de la famille des Anacardiaceae.
L’espèce Mangifera indica (le manguier) est la seule cultivée. Il existe plusieurs variétés :
- Mangifera indica var. armeniaca Bello
- Mangifera indica var. intermedia Bello
- Mangifera indica var. ieosperma Bello
- Mangifera indica var. macrocrapa Bello
- Mangifera indica var. viridis Bello.
5
2.2 ASPECT BOTANIQUE
La mangue est une drupe de forme oblongue attachée à un long pédoncule, de taille variable
selon la variété, de 20 à 45 cm de long sur 7 à 12 cm de diamètre, de poids variant de 0,5 à 2,5
kg. La peau lisse et mince, assez résistante, est à maturité de couleur verte, jaune ou écarlate
(selon les variétés) plus ou moins tachetée de vert et de rouge, de violet ou de rose (sur la face
exposée au soleil).
Le noyau, plutôt gros et aplati contient une graine de taille (4 à 7 cm de long sur 3 à 4 cm de
large et 1 cm d’épaisseur) adhérant à la chair. Il est recouvert de fibres plus ou moins
développées dans la chair selon les variétés. Sa forme peut être ronde, ovale ou réniforme. Sa
chair plus ou moins onctueuse, juteuse, sucrée et parfumée selon les variétés, est souvent douce
comme celle de la pêche d’où son surnom de "pêche de tropique".
La mangue est une culture importante au plan de la production mondiale. La récolte annuelle
est de plus de 50 millions de tonnes. Cette production permet de nourrir un grand nombre de
populations sur la planète (sikafinance.com).Les principaux exportateurs sont en Asie, la
Thaïlande, la Malaisie et l’Indonésie (fao.org) Au plan culturel, la mangue est originaire des
forets de l’Inde, pays ou le manguier pousse encore à l’état sauvage. Cet arbre au feuillage
persistant et à la fructification généreuse est vénéré par les hindous. Et c’est son ombrage que
le Bouddha choisit pour méditer des journées entières sur la destinée de l’homme.(fruits et
legumes frais.com)
Au niveau du profil sante, notons que la mangue est un fruit exotique qui fournit plusieurs
vitamines(Vit A, Vit C, Vit B9,Vit K)(aprifel.com) et aussi des enzymes qui aident à
décomposer les protéines, aide à la digestion et soulage les brulures
d’estomac(reyesgutierrez.com).
La mangue est utilisée comme matière première dans les industries de transformation
alimentaire. Elle présente un large éventail de possibilités de transformation à travers la mangue
fraiche, la mangue séchée, la confiture, les chips de mangues, le jus de mangue et la valorisation
de la pulpe (gouv.ci).
La mangue se conserve de préférence dans un endroit frais comme une cave ou un cellier et
peut être stockée quelques jours à température ambiante dans une corbeille. Elle supporte mal
les basses températures donc évité lui le réfrigérateur (cuisineaz.com)
6
2.6 CONTRAINTES DE LA PRODUCTION DE LA MANGUE
7
TROISIEME PARTIE : CAS
PRATIQUE
CAS PRATIQUE
8
Chapitre 3 : MATERIELS ET METHODES
3.1 MATERIELS
9
3.1.2 MATERIEL TECHNIQUE
3.2 METHODES
Pour pouvoir effectuer cette étude, nous avons prélevés des fragments de mangue où les MO
ont provoqué de la pourriture due à leurs multiplications. Ses fragments ont été mis en culture
dans les milieux PDA et LPGA dans des tubes à 27°c pendant 48h afin de favoriser leurs
multiplications.
Le lendemain, nous avons préparé les milieux PDA (Potato Dextrose Agar) et LPGA (Levure
Peptone Glucose Agar).
Le deuxième jour, nous avons procédés au repiquage des colonies de MO sur les différents
milieux de culture dans des boites de Petri afin de pouvoir observer leurs multiplications et
pouvoir les identifies par plusieurs méthodes notamment l’observation au microscope (à l’état
frais) qui fera partie de la suite de notre étude. Ensuite ses boites ont été mises en incubation
pendant 48h à 27°c.
10
3.2.2 OBSERVATION AU MICROSCOPE
Afin de connaitre leurs formes et leurs capacités de mobilité, nous avons procédé à un examen
microscopique à l’état frais. Cet examen consiste à enfermer entre lame et lamelle une
suspension de MO vivants. On la place ensuite sur le plateau du microscope pour l’observer.
On utilise l’objectif qui grossit 40 fois.
Extraction d’ADN
Dans l'objectif d'isoler la molécule d'ADN pour obtenir un échantillon pur et en quantité
suffisante pour permettre toutes manipulations de biologie moléculaire. Nous avons procédé
par l'extraction d'ADN.
Nous avons procédé comme suit :
- Repiquage des souche sur milieu solide
- Mise en bouillon pendant 48h
- Centrifugation dans des tubes eppendorf à 12mille trs/7min
- Ajouter 200microlitres de CTAB dans le culot puis ajouter du sable
- Vorterxer pendant 7min
- Ajouter du cloroforme(200microlitres )
- Remuez puis centrifuger à la même vitesse
- Récupérer le surnagent dans un autre tube eppendorf
- Ajouter 200microlitres d'isopropanol ou éthanol absolu puis laisser au congélateur
pendant 10 min pour la précipitation de l'ADN
- Remuez et centrifuger dans les mêmes conditions
- Verser le surnagent et garder le culot
- Ajouter 300microlitres d'éthanol 70%
- Remuez et centrifuger dans les même conditions
- Versez le surnagent puis laisser l'alcool s'évaporer pendant 3h à 37 degrés Celsius
- Ajouter 50 microlitres d'eau PCR puis vortexer
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Rôle des milieux PDA ET LPGA
Le milieu PDA est utilisé pour la croissance des bactéries et le milieu LPGA est utilisé pour la
croissance des bactéries et des champignons
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Chapitre 4 : RÉSULTATS ET DISCUSSION
4.1 RÉSULTATS
Les échantillons de MO repiqués sur les différents milieux PDA et LPGA ont poussé
convenablement dans les boîtes de pétri
Nous observons sur le milieu LPGA des colonies bactériennes qui ont des caractéristiques
suivantes :
_Couleur jaune citron
13
Sur le milieu PDA nous avons observé des colonies bactériennes présentants des
caractéristiques similaires à ceux du milieu LPGA et aussi des colonies de champignons avec
des caractéristiques différentes :
_Couleur marron
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4.1.2 CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
L'observation au microscope de l'état frais des colonies nous a permis d'identifier les
caractéristiques morphologiques suivantes:
_Sporulé
4.2 DISCUSSION
Notre étude avait pour objectif d'identifier les MO d'altération de la mangue. Celle ci s'est fait
par les techniques de repiquage et d'observation au microscope ( état frais). Nous avons pu
identifier certains MO grâce aux caractères culturaux et morphologiques trouvés. Au niveau
des caractères culturaux, le repiquage a permis de mettre en évidence plusieurs types de MO en
fonction des différents milieux de cultures. Les caractères identifiés sur le milieu LPGA nous
montre qu'il s'agit de colonies de bactéries tandis que sur le milieu PDA nous montre qu'il s'agit
de colonies de bactéries et de champignons
Au niveau des caractères morphologiques, l'observation au microscope (état frais) nous permet
de connaître les caractéristiques morphologiques de ses différents types de MO
Les caractères culturaux et morphologiques des bactéries trouvés nous permette de déduire qu'il
s'agit de la bactérie Xanthomonas alors que les caractères culturaux et morphologiques des
champignons nous montrent qu'il s'agit de champignons Colletotrichum et Fusarium
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CONCLUSION
Au terme de notre travail, les caractères culturaux et morphologiques nous montrent que les
maladies qui touchent les mangues sont principalement causées par la bactérie Xanthomonas
pour la bacteriose et le champignon Colletotrichum pour l'anthracnose.
En terme de perspectives, étant donné que ces mangues proviennent des villes du nord de la
Côte d'Ivoire, il serait intéressant pour les agriculteurs d'adopter de nouvelles méthodes
agricoles afin d'améliorer la qualité et la quantité des mangues et aussi entreprendre des
recherches plus poussées pour l'identification de la population des bactéries et des champignons
(leurs diversités et leurs virulences)
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TABLE DE MATIÈRE
DÉDICACE ................................................................................................................................. I
REMERCIEMENTS ................................................................................................................. II
LISTE DE TABLEAUX ET FIGURES................................................................................... III
LISTE DES ABREVIATIONS ................................................................................................ IV
AVANT PROPOS ..................................................................................................................... V
SOMMAIRE ............................................................................................................................ VI
INTRODUCTION ...................................................................................................................... 1
PREMIERE PARTIE : PRÉSENTATION DU CADRE STRUCTUREL ................................ 2
PRÉSENTATION DU CADRE STRUCTUREL ...................................................................... 2
CHAPITRE 1 : STRUCTURE D’ACCUEIL ............................................................................ 3
1.1. LE CENTRE NATIONAL DE RECHERCHE AGRONOMIQUE ............................ 3
1.1.1. HISTORIQUE ET OBJECTIF ............................................................................. 3
1.1.2 . LE LABORATOIRE CENTRAL DE BIOSECURITE ..................................... 3
DEUXIEME PARTIE : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE .......................................................... 4
Chapitre 2 : LA MANGUE ........................................................................................................ 5
2.1 ORIGINE ET ESPECES DE LA MANGUE .............................................................. 5
2.2 ASPECT BOTANIQUE .............................................................................................. 6
2.3 IMPORTANCE DE LA MANGUE ............................................................................ 6
2.4 TRANSFORMATION ET UTILISATION DE LA MANGUE ................................. 6
2.5 METHODE DE CONSERVATION DE LA MANGUE ............................................ 6
2.6 CONTRAINTES DE LA PRODUCTION DE LA MANGUE ................................... 7
TROISIEME PARTIE : CAS PRATIQUE ................................................................................ 8
Chapitre 3 : MATERIELS ET METHODES ............................................................................. 9
3.1 MATERIELS ............................................................................................................... 9
3.1.1 MATERIEL VEGETAL ...................................................................................... 9
3.1.2 MATERIEL TECHNIQUE ................................................................................ 10
3.2 METHODES ............................................................................................................. 10
3.2.1 ISOLEMENT DES MICROORGANISMES ..................................................... 10
3.2.2 OBSERVATION AU MICROSCOPE .............................................................. 11
3.2.3 INITIATION A LA BIOLOGIE MOLECULAIRE POUR
L’IDENTIFICATION DES MO ...................................................................................... 11
Chapitre 4 : RÉSULTATS ET DISCUSSION ......................................................................... 13
4.1 RÉSULTATS............................................................................................................. 13
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4.1.1 CARACTÈRES CULTURAUX ........................................................................ 13
4.1.2 CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES ............................................................ 15
4.2 DISCUSSION ............................................................................................................ 15
CONCLUSION ........................................................................................................................ 16
TABLE DE MATIÈRE ............................................................................................................ 17
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