Cahier des charges

Base de connaissance sur les traits

de vie d’espèces récifales

Marielle Dumestre, Jeanne de Mazières

Décembre 2018
UNITE MIXTE DE SERVICE
PATRIMOINE NATUREL
Nom du Programme/Projet : Base de connaissance sur les traits de vie d’espèces récifales

Chef de projet : Jeanne de Mazières

Chargé(e) de mission : Marielle Dumestre

Experts consultés : M. Kulbicki, J. Wickel, experts du Réseau Récifs (IFRECOR)

Relecture : Sandrine Tercerie

Référence du rapport conseillé :

L’UMS Patrimoine naturel - PatriNat
Centre d’expertise et de données sur la nature

Depuis janvier 2017, l'Unité Mixte de Service 2006 Patrimoine naturel assure des missions d’expertise et de gestion des
connaissances pour ses trois tutelles, que sont le Muséum national d’Histoire naturelle, l’Agence française pour la biodiversité
et le CNRS.
Son objectif est de fournir une expertise fondée sur la collecte et l’analyse de données de la biodiversité et de la géodiversité,
et sur la maitrise et l’apport de nouvelles connaissances en écologie, sciences de l'évolution et anthropologie. Cette expertise,
fondée sur une approche scientifique, doit contribuer à faire émerger les questions et à proposer les réponses permettant
d’améliorer les politiques publiques portant sur la biodiversité, la géodiversité et leurs relations avec les sociétés et les humains.

En savoir plus : patrinat.fr

Directeur : Jean-Philippe SIBLET

Directeur adjoint en charge du centre de données : Laurent PONCET
Directeur adjoint en charge des rapportages et de la valorisation : Julien TOUROULT
Inventaire National du Patrimoine Naturel

Porté par l’UMS Patrimoine naturel, cet inventaire est l'aboutissement d'une démarche qui associe scientifiques, collectivités
territoriales, naturalistes et associations de protection de la nature en vue d'établir une synthèse sur le patrimoine naturel en
France. Les données fournies par les partenaires sont organisées, gérées, validées et diffusées par le MNHN. Ce système est un
dispositif clé du SINP et de l'Observatoire National de la Biodiversité.
Afin de gérer cette importante source d'informations, le Muséum a construit une base de données permettant d'unifier les
données à l’aide de référentiels taxonomiques, géographiques et administratifs. Il est ainsi possible d'accéder à des listes
d'espèces par commune, par espace protégé ou par maille de 10x10 km. Grâce à ces systèmes de référence, il est possible de
produire des synthèses, quelle que soit la source d'information.
Ce système d'information permet de consolider des informations qui étaient jusqu'à présent dispersées. Il concerne la
métropole et l'outre-mer, aussi bien la partie terrestre que marine. C’est une contribution majeure pour la connaissance
naturaliste, l'expertise, la recherche en macroécologie et l'élaboration de stratégies de conservation efficaces du patrimoine
naturel.

En savoir plus : inpn.mnhn.fr

Cahier des charges
Base de connaissance sur les traits de vie
d’espèces récifales

1. Contexte
Dans le cadre de la phase IV de l’IFRECOR, le sous-thème Réseau Récifs poursuit les actions pour la
bancarisation et la valorisation des données de suivi de l’état de santé des écosystèmes récifaux. Le plan
d’action du Réseau Récifs prévoit de développer des outils d’analyse et de rapportage, comme le calcul
d’indicateurs, afin de faciliter le processus d’évaluation de l’état de santé des récifs coralliens. Cette
valorisation des données collectées doit s’appuyer sur l’utilisation de bases de connaissance 1 sur les traits
biologiques et écologiques des espèces récifales.
Ce projet s’inscrit notamment dans un effort de l’UMS PatriNat (MNHN/AFB/CNRS) pour développer une
base de connaissance sur les traits de vie de l’ensemble des espèces de la faune, la flore et la fonge de
France inventoriées dans le référentiel taxonomique national TAXREF (Gargominy et al., 2018). L’objectif
principal de cette base appelée « BDC – Traits de vie » est de rassembler et d’harmoniser les traits de vie
qui sont dispersés dans la littérature ou qui peuvent déjà exister dans des bases de données, au sein d’une
base nationale qui soit interopérable avec les systèmes d’information nationaux de la biodiversité (Fig. 1).
Cette centralisation doit permettre d’assurer l’utilisation de connaissances standardisées au niveau national
et de faciliter leur mise à jour taxonomique en lien avec TAXREF. Le passage entre la BDC et le référentiel
taxonomique est facilité par l’existence de « groupes opérationnels 2 », qui sont des regroupements
d’espèces pouvant prendre en compte des paramètres autres que taxonomique, par exemple le groupe des
« poissons récifaux ».
Ce cahier des charges a pour but de présenter les besoins identifiés pour constituer une première version de
la « BDC – Traits de vie » concernant deux groupes d’espèces récifales : les poissons récifaux et les coraux
scléractiniaires. Ces deux groupes ont été choisis car ce sont les principaux groupes ciblés par les
programmes de surveillance des récifs coralliens et utilisés pour la création d’indicateurs sur les
écosystèmes coralliens.

1 Par base de connaissance, on entend ici une base qui regroupe des informations associées aux espèces (ex : régime
alimentaire, statuts de protection) en lien avec un référentiel taxonomique.
2 Par groupe opérationnel, on entend tout groupe biologique renfermant un ensemble de taxons liés par une ou plusieurs relations
écologiques, systématiques et/ou sociétales. Voir §2.3.
1
Fig. 1. Logigramme des données de suivi de l’état de santé des récifs coralliens au niveau national : depuis l’acquisition des
données (1), leur bancarisation (2), leur validation taxonomique (3) et leur mise en lien (4) avec la base de connaissance
nationale (5) pour aboutir à leur valorisation avec la production d’indicateurs (6).

2. Définition du périmètre de la base de connaissance

nationale (BDC)
2.1. Méthodologie de sélection des traits de vie et des bases source
Un premier travail de recherche bibliographique a permis d’identifier des bases source validées et/ou
publiées où sont regroupées les informations sur les traits de vie des deux groupes ciblés ici (Dumestre and
de Mazières, 2018). La sélection des traits de vie résulte d’un processus de consultation des experts
scientifiques et des gestionnaires d’espaces marins. Soumis à consultation à des experts scientifiques et
gestionnaires du réseau Récifs de l’IFRECOR, une liste de traits de vie et leurs modalités a été proposée
pour être renseignés de façon prioritaire. Après consultation, la majorité des traits de vie proposés a été
sélectionnée car disponibles facilement pour un grand nombre d’espèces ou relevant d’un intérêt particulier
pour les membres du réseau Récifs.
2.2. Bases source
Les bases source sont des bases de connaissances qui regroupent déjà certains traits de vie d’intérêt et qui
seront utilisées pour remplir de façon semi-automatique la BDC.
Plusieurs bases source ont été identifiées pour les poissons récifaux, la principale étant FishBase
(Froese and Pauly, 2018) qui regroupe des traits de vie extraits de la littérature mais aussi de modélisation
pour certains indicateurs, comme l’indice de vulnérabilité (Cheung et al., 2005). D’autres bases résultant
de travaux spécifiques sur les poissons récifaux regroupent également certains traits de vie compilés et
catégorisés principalement à partir de FishBase, puis complétés par une revue de plus de 500 références

2
(Kulbicki et al., 2013; Parravicini et al., 2013). Deux bases spécifiques aux poissons récifaux ont été
transmises par M. Kulbicki. La première base (Kulbicki et al., 2011) concerne les poissons récifaux de
l’Indo-Pacifique avec certains traits (relation taille-poids, catégorie trophique, etc.) renseignés pour toutes
les espèces. La seconde base actualisée en 2017, concerne toutes les espèces associées aux récifs (coralliens
ou rocheux, tropicaux ou tempérés), cependant les traits de cette base ne sont pas forcément remplis pour
chaque espèce. Ces trois bases (FishBase, Kulbicki et al., 2011 et base mondiale de Kulbicki : Kulbicki et
al., 2017) serviront de bases source pour compléter les traits de vie de la BDC nationale des poissons
récifaux.
FishBase est structurée par de nombreuses tables 3 qui regroupent différents traits de vie. Un certain nombre
de ces traits de vie est également accessible en utilisant le package rfishbase v. 3.00 avec le logiciel R
(Boettiger et al., 2012). Les traits de vie d’intérêt de FishBase pourront donc être obtenus soit en utilisant
ce package rfishbase (si les traits désirés y sont disponibles), soit en passant par une extraction de
l’ensemble des traits de FishBase sélectionnés.

Pour les coraux scléractiniaires récifaux, une base de connaissance Coral Trait Database 4, a été créée
récemment et compile les données extraites de plus de 500 références de la littérature scientifique. 158
traits/attributs répartis dans 10 classes sont compilés spécifiquement pour ce groupe taxonomique (Madin
et al. 2016a ; 2016b). Bien que très peu de ces traits soient renseignés pour une majorité de taxons, cette
base est cependant la plus exhaustive actuellement parmi les bases disponibles: elle servira donc de source
pour la BDC des coraux scléractiniaires. Cette base est librement téléchargeable sous la forme de deux
tableurs, l’un correspondant à la base regroupant les traits de vie disponibles pour chaque espèce, l’autre
indexant les sources bibliographiques primaires.
2.3. Interopérabilité des bases (bases de connaissance et bases référentielles)
La base de connaissance nationale sur les traits de vie (BDC – Traits de vie) étant développée en étroite
interaction avec le référentiel taxonomique national TAXREF, les évolutions nomenclaturales et
taxonomiques de TAXREF seront « automatiquement » actualisées au niveau de la BDC. Par ailleurs, le
passage entre la BDC et le référentiel taxonomique est facilité par l’existence de « groupes opérationnels »,
qui sont des groupes biologiques renfermant un ensemble de taxons liés par une ou plusieurs relations
écologiques, systématiques et/ou sociétales. En l’occurrence, deux groupes sont nécessaires pour répondre
aux besoins du présent cahier des charges : les poissons récifaux et les coraux scléractiniaires récifaux.
L’utilisation de groupe opérationnel permet de sélectionner dans TAXREF des noms d’espèces (associés à
des identifiants uniques : CD_NOM) auxquels seront rattachés une base de connaissance (BDC) avec une
sélection spécifique de traits de vie.
Quand l’information sera disponible au niveau de l’espèce dans la base source, le trait de vie correspondant
sera associé à l’espèce. Quand ce ne sera pas le cas, l’information pourra être renseignée au niveau du genre
ou à un niveau taxonomique supérieur en fonction de l’information disponible en base ; ce qui concerne
principalement la relation taille-poids pour les poissons récifaux.
La base de connaissance des poissons récifaux et des coraux scléractiniaires inclura aussi des informations
déjà disponibles dans le volet « Statuts » de la BDC (BDC-Statuts) (Gargominy and Régnier, 2018). Cette
base liste tous les statuts 5 associés à une espèce en fonction des zones géographiques considérées. Ces bases
de connaissance seront exportables dans un format défini (voir parties 3 & 4).

3 Accès au tables de FishBase au lien suivant : http://fishbase.org/manual/English/contents.htm

4 https://coraltraits.org/
5 Statuts sur les espèces disponibles par territoire quand disponibles dans la BDC-Statuts : statut biogéographique,
statut réglementaire (protection, directive, convention), statut ZNIEFF, statut Listes rouges, statut Plans Nationaux d’Action, statut
de sensibilité.
3
Les références primaires et secondaires (bases source) seront indiquées lorsque disponibles et devront être
citées lors de l’utilisation de la base de connaissance.
Pour veiller à l’interopérabilité des différentes bases, les traits sont obligatoirement gérés au niveau de
l’identifiant unique du nom du taxon (CD_NOM), ce qui garantit la pérennité des liens entre bases dans le
temps (peu importe qu’un nom devienne synonyme ou qu’un nom qui était synonyme devienne valide). En
revanche, les traits de vie n’ont bien évidemment de sens qu’à l’échelle d’un taxon et doivent donc être
interprétés au niveau de l’identifiant du nom valide (CD_REF) de TAXREF. La distinction entre gestion
au CD_NOM et interprétation au CD_REF permet de garantir la bonne retranscription des traits de vie, tout
en veillant à l’interopérabilité entre bases et donc au maintien de ces traits de vie dans le temps.
Pour les poissons, les trois bases source sélectionnées (FishBase, Kulbicki et al., 2011 et Kulbicki et al.,
2017) reposent sur la taxonomie retenue dans FishBase, c’est-à-dire sur l’identifiant SpecCode des taxons
de FishBase (équivalent du CD_REF de TAXREF). TAXREF et FishBase étant aligné d’un point de vue
nomenclatural, c’est-à-dire qu’il existe un lien 1-1 entre un nom (CD_NOM) de TAXREF et un nom
(SynCode) de FishBase, l’interopérabilité des deux bases est garantie par ce lien CD_NOM / Syncode. Il
est ainsi possible de repérer facilement les éventuelles différences taxonomiques entre les deux référentiels
(différences entre le CD_REF de TAXREF et le SpecCode de FishBase, qui font référence à des taxons
différents). La mise en place de la BDC sur les poissons récifaux va ainsi être l'occasion d’effectuer au
préalable une mise à jour taxonomique de TAXREF en lien avec FishBase, afin de s’assurer de la cohérence
taxonomique globale des deux référentiels et de garantir une bonne interprétation des traits de vie des
espèces associées.
Pour les coraux, la taxonomie adoptée dans Coral Trait Database suit principalement la taxonomie retenue
dans le World register of marine species (WoRMS 6) mais n’a pas été actualisée depuis 2016. TAXREF et
WoRMS étant aligné d’un point de vue nomenclatural, c’est-à-dire qu’il existe un lien 1-1 entre un nom
(CD_NOM) de TAXREF et un nom (aphia_id) de WoRMS, l’interopérabilité des deux bases est garantie
par ce lien CD_NOM / Aphia_id.

3. BDC Poissons récifaux

3.1. Groupe opérationnel
Pour la définition de "poissons récifaux" en tant que groupe opérationnel, la définition des poissons récifaux
selon Kulbicki et al. (2013) sera utilisée : espèces de poissons associées aux récifs coralliens et rocheux
(coral reefs and rocky reefs) dont la distribution géographique se situent dans des zones ayant un minimum
mensuel de température d’eau de surface ≥ 17°C. Plus de 6300 espèces ont été déterminées comme récifales
(coral-reef fishes) au niveau mondial, appartenant à 170 familles (Parravicini et al., 2013, 2014).
3.2. Traits sélectionnés pour les poissons récifaux
La structure de la base de connaissance est détaillée dans la Table 1.
Nomenclature et taxonomie
Pour les poissons récifaux, la première partie concerne la nomenclature, la taxonomie et les noms
vernaculaires au niveau de l’espèce et de la famille. Les noms vernaculaires français des espèces sont déjà
disponibles dans le référentiel TAXREF, et ceux au niveau de la famille seront rajoutés dans TAXREF et
obtenus grâce à une recherche bibliographique (e.g. Wickel and Jamon, 2010).

6 http://marinespecies.org/
4
Table 1. Organisation de l’information contenue dans la BDC-Poissons récifaux, avec les modalités décrites et les sources indiquées. En gras est indiquée la valeur du trait, les autres
informations étant complémentaires ou descriptives de cette valeur.
Groupe Variables Attributs Définition Sources
Nom d'espèce TAXREF
Nom vernaculaire FR-Espèce
Nomenclature

Classe
Ordre
Famille
Genre
Auteur, année
Nom vernaculaire FR-Famille Travail bibliographique
Distribution géographique Territoire français / Ecorégion / Province/ Information sur la plus petite unité géographique connue Demander extraction à M. Kulbicki
Région/ Circum-tropical - voir Table 2 - +TAXREF pour les territoires français
administratifs
Distribution

Position dans la colonne d'eau Benthique Espèce qui reste la majorité du temps sur les fonds marins Bases Kulbicki et al., 2011, 2017
(définition Kulbicki et al., 2011) Bentho-pélagique Espèce restant juste au-dessus du fond
Pélagique Espèce nageant bien au-dessus du fond marin
Profondeur Minimale (m) FishBase
Maximale (m)
Taille Taille maximale (cm) Taille maximale mesurée que peut atteindre l'espèce FishBase & Kulbicki et al., 2011, 2017
Type de mesure de la taille Catégorie de taille: Longueur totale, Longueur à la fourche,
Longueur standard, Largeur du disque, Autre
Morphométrie

Relation taille-poids
Type de reproduction
Taille à maturité sexuelle
Reproduction
Coefficient a Coefficient de la relation : Poids = a x Tailleb Bases Kulbicki et al., 2011, 2017
Coefficient b
Niveau taxonomique des coefficients a et b Espèce/Genre/Famille/Similaire
Mesure de la taille Catégorie de taille: Longueur totale, Longueur à la fourche,
Longueur standard, Largeur du disque, Autre
Référence Référence de l'étude
Gonochorique, hermaphrodite simultané, FishBase
protogyne, protandre
Lm (en cm) Taille à laquelle 50% de la population de poissons est mature- FishBase

La taille estimée à partir de modèle empirique en fonction de

Type de mesure de la taille
la taille asymptotique (Linf) et d’autres paramètres tels que le
sexe, la fécondité, la croissance et la température (Froese and
Binohlan, 2000) sera récupérée dans FishBase
Catégorie de taille: Longueur totale, Longueur à la fourche,
Longueur standard, Largeur du disque, Autre
 Catégorie trophique Herbivore-détritivore, herbivore de
macroalgues, invertivore (invertébrés
sessiles), invertivore (invertébrés mobiles),
planctonophage, piscivore, omnivore
Niveau trophique Nombre [1 - 5]
Ecologie
Bases Kulbicki et al., 2011, 2017 -
vérification par rapport aux
informations FishBase
Position dans la chaîne alimentaire, niveau calculé selon FishBase
"Niveau trophique = 1+ niveau trophique moyen des proies

("food items") ; avec niveau des producteurs primaires = 1"

Mobilité
Période d'activité
Grégarisme
Intérêt commercial
Indice de résilience
Indice de vulnérabilité
Conservation
Sédentaire, mobile au sein du récif, mobile Mobilité en fonction de la taille du territoire de l'espèce Bases Kulbicki et al., 2011, 2017
entre les récifs
Diurne, nocturne, diurne et nocturne Une espèce peut être active le jour, la nuit ou les deux Bases Kulbicki et al., 2011, 2017
Solitaire, par paire, petit groupe (3-20 ind), Les poissons récifaux sont plus ou moins grégaires. Ce Bases Kulbicki et al., 2011, 2017
groupe moyen (20-50 ind), large groupe comportement peut varier en fonction de la taille, de la
(>50 ind) saison ou des conditions environnementales.
Aucun, moyen, important Par territoire: à déterminer en fonction de la bibliographie; Travail bibliographique
e.g. MAY: Wickel et Jamon (2010); REU: (Fricke et al., 2009)
Très faible, faible, moyen et fort Indice proposé par l'American Fisheries Society en fonction FishBase
du temps de dédoublement d'une population, donc de ses
capacités à rétablir une population après une perturbation
Nombre de 1 à 100 Indice qui détermine la vulnérabilité intrinsèque d'une FishBase

espèce, basé sur des traits de vie (Cheung et al., 2005)

Vulnérabilité Faible, Faible à modérée, Modérée à forte, Catégories de vulnérabilité définies dans Cheung et al. (2005) FishBase
Forte, Forte à très forte, Très forte
Statut d'évaluation mondiale de BDC Statuts
liste rouge IUCN
Statut CITES
Réglementation/Protection par
territoires
Distribution
La partie Distribution regroupe les informations qui caractérisent la distribution des espèces, que ce soit au
niveau géographique ou au niveau de la colonne d’eau.
La distribution géographique sera issue d’une coopération avec M. Kubicki et correspondra à la
répartition minimale connue (voir Table 2).
La sémantique et la définition des zones (Province/Région/Bassin) sont à harmoniser entre différentes
sources (Briggs and Bowen, 2012; Cowman et al., 2017; Floeter et al., 2008; Kulbicki et al., 2013; Spalding
et al., 2007). Les régions établies dans les études de la biogéographie des poissons récifaux de l’Indo-
Pacifique (Kulbicki et al., 2013) et de l’Atlantique (Floeter et al., 2008) semblent les plus pertinentes à
utiliser pour définir ces zones (Figure 2).

Région de l’Indo-Pacifique central

Région du Pacifique central
Région de l’Atlantique est
Région du Pacifique est tropical
Région de l’Atlantique ouest
Région du l’océan Indien ouest

Fig. 2. Régions marines tropicales basées sur des mesures de dissimilarités des communautés de poissons récifaux (Kulbicki
et al., 2013). Figure extraite de Cowman et al. (2017).
Table 2. Proposition de délimitation des différentes échelles tropicales pour caractériser la répartition mondiale des poissons
récifaux (Adaptée de Kulbicki et al. 2013).
Bassin Région Province Ecorégion Territoire français tropical
Océan Indien ouest Sud-ouest de l'océan Indien Mascareignes Réunion
Indo-Pacifique Archipel des Comores Mayotte
Iles Eparses
Pacifique central Pacifique sud-ouest Nouvelle-Calédonie
Circum-tropical

Wallis-et-Futuna
Polynésie Polynésie Française
Pacifique tropical est Clipperton
Atlantique Atlantique ouest Caraïbes Petites Antilles Guadeloupe
Martinique
Saint-Martin
Saint-Barthélemy
Atlantique sud-ouest Guyane

La position dans la colonne d’eau est un trait de vie critique pour déterminer la niche écologique d’un
poisson (Mouillot et al., 2014). Comme la plupart des poissons a tendance à rester à un même niveau de la
colonne d’eau, trois catégories ont été définies : benthique, bentho-pélagique et pélagique (Kulbicki et al.,
2011).

La distribution bathymétrique comprend la profondeur minimale et maximale, extraites de FishBase

(Froese and Pauly, 2018).
Morphométrie
La taille maximale correspond à la taille maximale que peut atteindre l’espèce et sera obtenue en priorité
de FishBase, et complétée si nécessaire par d’autres sources (Kulbicki et al., 2011). Le type de mesure de
taille sera indiqué pour chaque taille. Les tailles dont la mesure est la longueur à la fourche (FL = Fork

7
Length) seront privilégiées pour le remplissage de ce trait car ce sont les mesures généralement utilisées
lors d’échantillonnages des communautés ichtyologiques (J. Wickel 2018., pers. comm.).
La relation taille–poids W=aLb (W= Poids, L= Longueur, a= constante et b= coefficient d’allométrie) est
principalement utilisée pour l’estimation de la biomasse des espèces à partir de méthodes de recensement
visuel en plongée (Froese, 2006). Les coefficients seront renseignés à des niveaux taxonomiques supérieurs
si indisponibles au niveau de l’espèce et, en dernier recours, par rapport à des espèces similaires (Kulbicki
et al., 2011). La mesure de la taille et la référence primaire sont indiquées pour chaque estimation de
coefficients a et b.
Reproduction
Le type de reproduction est indiqué selon les catégories suivantes : gonochoriques (sexes séparés),
hermaphrodite simultané, protogyne (femelle en premier), protandre (mâle en premier) (Sadovy, 1996).
La taille à maturité sexuelle (Lm) correspond à la taille à laquelle 50% de la population est mature, estimée
à partir de modèle empirique basé sur la taille asymptotique, le sexe, la fécondité, la croissance et la
température (Froese and Binohlan, 2000).
Ecologie
La catégorie trophique comprend sept catégories définies dans Mouillot et al., (2014) et sera vérifiée avec
les informations de régime alimentaire basé sur l’identification des proies majoritaires (Froese and Pauly,
2018; Kulbicki et al., 2011).
Le niveau trophique7 correspond à un nombre entre 1 et 5, basé sur l’analyse du niveau trophique des
proies majoritaires comme suit : Niveau trophique = 1+ moyenne trophique des proies. La moyenne des
niveaux trophiques des proies est pondérée par rapport à la proportion relative des différentes proies qui
composent le régime alimentaire de l’espèce (Pauly and Christensen, 1995).
La mobilité des poissons récifaux est déterminée selon Kulbicki et al. (2011). Ce trait peut être utilisé
comme un proxy des besoins énergétiques des espèces (Mouillot et al., 2014).
Bien que la période d’activité puisse varier en fonction des régions où l’espèce est présente, le
comportement prédominant a été renseigné dans Kulbicki et al. (2011).
Les poissons récifaux sont plus ou moins grégaires. Ce comportement de grégarité peut varier en fonction
de la taille, de la saison ou des conditions environnementales et a été catégorisé en cinq groupes selon le
comportement prédominant de chaque espèce (Kulbicki et al., 2011).
Conservation
La partie conservation regroupe les informations relatives à l’exploitation et à la conservation des espèces.
L’intérêt commercial sera défini en trois catégories (Aucun, Moyen, Important) par territoire sur la base
d’un travail bibliographique (e.g. Fricke et al., 2009; Wickel and Jamon, 2010).
L’indice de résilience correspond à la résilience des populations de poissons à la pression de pêche, comme
définie par la Compagnie Américaine des Pêches (American Fisheries Society). Prenant en compte
différents paramètres biologiques, cet indice permet de catégoriser la capacité (très faible, faible, moyenne
et forte) des populations ichthyologiques à se rétablir après une perturbation importante (Musick, 1999).
L’indice de vulnérabilité est estimé à partir d’une analyse intégrant de nombreux traits de vie biologiques
et détermine la vulnérabilité intrinsèque d'une espèce, s’apparentant à un risque d’extinction (Cheung et al.,

7Informations disponibles au lien suivant :

https://www.fishbase.de/manual/english/FishBaseThe_ECOLOGY_Table.htm

8
2005). Cet indice est exprimé par un nombre compris entre 1 et 100, avec 100 caractérisant les espèces les
plus vulnérables, et ayant le plus haut risque d’extinction.
La vulnérabilité correspond à l’indice de vulnérabilité catégorisé en sept classes selon Cheung et al. (2005)
et peut servir d’outils d’aide à la décision pour la gestion durable et la conservation de la ressource.
Les autres informations relatives à la conservation, comme le statut des listes rouges UICN, le statut CITES
et les protections réglementaires, sont déjà disponibles dans la BDC-Statuts (Gargominy and Régnier,
2018).

4. BDC Coraux scléractiniaires

4.1. Groupe opérationnel
Comme la BDC coraux cible les coraux scléractiniaires des récifs coralliens, le groupe opérationnel
consistera en la sélection de l’ordre des Scleractinia des territoires français tropicaux qui sont indiqués
comme récifaux dans la revue d’Huang et al. (2017), afin de ne pas inclure les coraux profonds. La
taxonomie de cet ordre dans TAXREF a été mise à jour début 2019 pour s’aligner avec la taxonomie du
WoRMS Sleractinia (Hoeksema and Cairns, 2019).
4.2. Traits sélectionnés pour les coraux scléractiniaires
La structure de la base de connaissance est détaillée dans la Table 3.
Nomenclature et taxonomie
Pour les coraux, la nomenclature regroupe toutes les informations de taxonomie, disponibles dans
TAXREF ; i.e. la nomenclature, la taxonomie et les noms vernaculaires au niveau de l’espèce.
Distribution
Pour la distribution géographique des coraux, la répartition minimale connue sera indiquée, selon les
échelles croissantes définies dans la Table 2. En effet, les provinces identifiées dans l’étude de la
biogéographie des coraux de l’Indo-Pacific (Keith et al., 2013), peuvent concorder avec les régions définies
pour les poissons récifaux en considération les territoires français seulement (Kulbicki et al., 2013), d’où
l’utilisation d’une sémantique commune pour les différentes échelle spatiale de répartition (Table 2, Figure
3). Il est à noter que la province du Pacifique Sud (Région Australia, Figure 3) est séparée de la région du
Pacifique central de la Fig. 2 (Fidji-Caroline Islands, Figure 3), mais cela est pris en compte au niveau de
l’échelle des provinces (Table 2).
Les informations provenant de Huang and Roy (2015) seront utilisées. En effet, ces données (Huang et al.,
2015b) précisent la présence de 1547 espèces de Scléractiniaires au niveau de 141 écorégions marines, ces
dernières étant définies dans Veron et al. (2009). La répartition de chaque espèce provient principalement
de la base « Coral Geographic » (Veron et al., 2011, 2009) concernant 798 espèces zooxanthellées,
complétée pour les autres espèces avec la distribution provenant de la liste rouge mondiale UICN (Carpenter
et al., 2008), du GBIF (http://data.gbif.org) et des actualisations de Hughes et al., (2013).
Une harmonisation de la taxonomie de ces données avec la version 13 de TAXREF est à prévoir. De même,
certaines distributions géographiques ont été actualisées avec la révision de la taxonomie et seront à corriger
en se référant à la littérature (cf. Huang et al., 2017).

9
 Indonesia
Faunal provinces
Japan–Vietnam
Persian Gulf
N
Africa – India
Fiji–Caroline Islands
Tonga–Samoa
Australia
Polynesia
Hawaii–Line Islands
Red Sea
Andaman–Nicobar Islands
Unclustered reefs

Fig. 3. Provinces marines tropicales définies pour les coraux scléractiniaires de l’Indo-Pacifique. Figure extraite de Keith et
al. (2013).

En utilisant les données de Huang et al., (2015b), le sub-endémisme (endémisme régional) indiqué dans
TAXREF (Gargominy et al., 2018) sera également vérifié pour les écorégions correspondantes entre les
deux sources.
La distribution bathymétrique comprend les profondeurs minimale et maximale, issues de l’évaluation
mondiale UICN des listes rouges des coraux constructeurs (Carpenter et al., 2008).
Morphologie
La forme morphologie dominante/typique des coraux (Veron, 2000: 200) sera extraite de la Coral Trait
Database. Les catégories de la BDC correspondent à celles utilisées dans la BD Récif. Les formes typiques,
plus nombreuses de Veron (2000), devront être regroupées, en s’appuyant sur les regroupements effectués
dans les publications de Mizerek et al. (2018) et de Carturan et al., (2018).
Physiologie
La symbiose avec les zooxanthelles (Symbiodinium spp) est renseignée et les références primaires
indiquées.
Reproduction
Pour ce qui concerne le type de reproduction des coraux (gonochorique versus hermaphrodite), un peu
plus de la moitié des coraux est renseignée dans Coral Trait Database, et cela pourra être complété jusqu’à
75% au moins en intégrant les données utilisées dans Keith et al. (2013).
Ecologie
Les traits de vie : préférence de la clarté d’eau et d’hydrodynamisme proviennent principalement de
deux sources primaires (Díaz and Madin, 2011; Veron, 2000) et sont disponibles à partir de la Coral Trait
Database.
La stratégie démographique est ici disponible pour 138 espèces de coraux et ne correspond pas aux
stratégies classiques r/K, mais à celles définies récemment par Darling et al. (2012). En effet, en se basant
sur des traits de vie caractéristiques d’espèces coralliennes, Darling et al. (2012) ont différencié quatre
stratégies d’histoire de vie (Table 3 pour définitions). Bien que récents, ces types de stratégie
démographique (surtout les trois premières) sont de plus en plus utilisés pour caractériser les coraux
(Darling et al., 2013; Zinke et al., 2018).
Conservation
Comme pour la BDC-poissons récifaux, les informations relatives à la conservation, comme le statut des
listes rouges UICN, le statut CITES et les protections réglementaires, sont déjà disponibles dans la BDC-
Statuts (Gargominy and Régnier, 2018).

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 Table 3. Organisation de l’information contenue dans la BDC-Coraux scléractiniaires, avec les modalités décrites et les sources indiquées.
Groupe Variable Attributs Définition Base source
Nom d'espèce TAXREF
Nomenclature

Famille
Genre
Auteur, année
Nom vernaculaire FR-Espèce
Distribution géographique Territoire français / Ecorégion / Province/ Information sur la plus petite unité géographique Huang et al. (2015b)
Distribution

Profondeur
Morphologie Forme morphologique dominante
Physiologie Symbiose
Reproduction Type de reproduction
Préférence de clarté de l'eau
Préférence d'hydrodynamisme
Stratégie démographique
(de Darling et al., 2012)
Ecologie
Région/ Circum-tropical
Minimale (m) de Carpenter et al., 2008 Coral Trait Database
Maximale (m)
Branchu, Digité, Encroutant, Foliacé, Massif, à adapter avec les catégories plus fines disponibles dans Coral Coral Trait Database
Submassif, Tabulaire, Corail libre Trait Database, issues de Veron, 2000 -
Zooxanthellé, azooxanthellé, les deux Coral Trait Database
Références Les 32 sources primaires seront renseignées
Gonochorique, hermaphrodite Coral Trait Database
et Keith et al., 2013
Clair, turbide, les deux - non spécialiste de Veron, 2000, Diaz et Madin, 2011 Coral Trait Database
Mode exposé, mode protégé, non spécialiste de Veron, 2000, Diaz et Madin, 2011 Coral Trait Database
Compétitive Espèce qui domine les récifs en absence de perturbations et de Coral Trait Database
stress, ex. espèces d’Acropore branchu
Tolérante Espèce résistante aux stress associés aux récifs coralliens, qui se
reproduit par ponte en masse et possède une croissance lente et

une morphologie généralement massive, ex. espèces massives de

Porites
Rudérale (weedy) Espèce qui est de petite taille et peut se reproduire par une
fécondation interne et une croissance qui lui permet d’être apte à
recoloniser un milieu perturbé, ex. espèces branchues de Porites
Généraliste Espèce ayant des traits moins démarqués que les autres
catégories d'espèces compétitives, tolérantes ou rudérales, ex.
Montipora spp
Statut d'évaluation de liste rouge Evaluation mondiale, régionale et nationale BDC Statuts
Conservation

IUCN
Statut CITES
Règlementation/Protection par
territoires
5. Actions à prévoir
Différentes actions sont à prévoir au sein de l’UMS PatriNat pour une sortie des deux BDC décrites ci-dessous, prévue en fin
d‘année 2019 (Table 3).
Table 3. Actions à prévoir pour l’année 2019.
Thématique Actions
BDC Relecture cahier des charges
Récupération des sp récifales/Kulbicki (base mondiale actualisé 2017) et comparaison avec FishBase
Demande traits pour espèces à compléter de Kulbicki., 2013
Création du groupe opérationnel des « Poissons récifaux » (une fois l’info « récif » entrée dans la
BDC)
Renseigner les traits de vie disponibles sur bases de données – Poissons : requêtage bases Kulbicki et
FishBase
Requêtage traits de vie disponibles sur bases de données - Coraux
Complétion traits de vie nécessitant une recherche bibliographique
Complétion traits de vie manquants
TAXREF Réconciliation taxonomique
Mise à jour taxonomique du groupe opérationnel des poissons récifaux en lien avec FishBase
 Vérification et correction des sister spp/ poissons récifaux dans TAXREF/INPN (Choat et al.,
2012; Floeter et al., 2008)

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