Accompagner les producteurs laitiers pour orienter les

équilibres microbiens des laits en faveur de la qualité des

fromages au lait cru
Françoise Monsallier, Christelle Couzy, Caroline Chatelard-Chauvin, Yvette
Bouton, Fabienne Feutry, Isabelle Verdier-Metz, Sophie Hulin,
Marie-Christine Montel

To cite this version:

Françoise Monsallier, Christelle Couzy, Caroline Chatelard-Chauvin, Yvette Bouton, Fabienne Feu-
try, et al.. Accompagner les producteurs laitiers pour orienter les équilibres microbiens des laits
en faveur de la qualité des fromages au lait cru. Innovations Agronomiques, 2016, 49, pp.267-279.
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 Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279

Accompagner les producteurs laitiers pour orienter les équilibres microbiens

des laits en faveur de la qualité des fromages au lait cru

Monsallier F. 1, Couzy C. 2, Chatelard-Chauvin C. 3, Bouton Y. 4, Feutry F. 5, Verdier-Metz I. 6,

Hulin S. 3, Montel M.C. 6
1 Chambre d’agriculture du Cantal, 1 rue des Agials, 15100 Saint-Flour
2 Institut de l’Elevage, 23 rue Jean Baldassini, 69364 Lyon
3 Pôle fromager AOP Massif central, 20 côte de Reyne, 15000 Aurillac
4 Comité interprofessionnel de gestion du Comté, Avenue de la Résistance, 39801 Poligny Cedex
5 Centre de formation des apprentis agricoles des Pyrénées-Atlantiques, route de Cambo, 64240

Hasparren
6 INRA, UR 545, Fromagères, 20 côte de Reyne, 15000 Aurillac

Correspondance : francoise.monsallier@cantal.chambagri.fr

Résumé
Les filières fromagères AOP ont conscience de la nécessité de changer de stratégie au niveau des
élevages pour préserver les microorganismes favorables à la transformation fromagère, et ainsi
maintenir la richesse des fromages au lait cru. Pour répondre à leurs interrogations, un programme de
Recherche et Développement sur l’accompagnement des producteurs de laits a été mis en place, afin
de fournir des outils aux techniciens accompagnant les producteurs. Dans ce cadre, une démarche
d’accompagnement a été testée dans dix entreprises de collecte et de transformation fromagère au lait
cru représentant six filières fromagères AOP. Sur la base d’une analyse sociologique et technique des
démarches tests, des échanges de savoir-faire entre les acteurs impliqués, des outils innovants ont été
conçus (démarche d’accompagnement au changement, méthodes d’analyses de la composition
microbiologique des laits, diagnostic des pratiques d’élevage, module de formation) pour sensibiliser les
acteurs des filières et faire évoluer à la fois les comportements et les pratiques en élevage. De
nouvelles connaissances ont été acquises sur les réservoirs de microorganismes susceptibles
d’ensemencer le lait et sur l’influence des pratiques d’élevage notamment sur l’hygiène post-traite au
travers d’une expérimentation en milieu contrôlé.
Mots-clés : filières fromagères AOP, lait cru, équilibres microbiens, pratiques d’élevage,
accompagnement, formation

Abstract: Assist dairy producers to guide the microbial balance of milk in favour of the quality
of raw milk cheeses
PDO cheeses network has become aware that a change of strategy in animal husbandry is needed to
preserve the microbial flora of interest in cheese-making and so to maintain the specificity of raw milk
cheeses. To answer to their question, a program of research and development was set up, to supply the
useful tools to the technicians who advice milk producers. In this context, an advisory method was
tested in ten small dairies using raw milk representing six French PDO cheeses. On the basis of a
sociological and technical analysis of the advisory methods tested, the involved actors exchanged about
their own “know-how”, innovative tools have been designed (advisory method to a change of attitudes,
analytical methods of the milk microbiota, diagnostic tool of breeding practices, applied training course)
to make PDO cheeses actors aware and induce change in behaviour and breeding practices. New
knowledge has been obtained on microorganisms potential reservoirs that can be sources of milk
inoculation and on the influence of farming practices in particular through an experiment on post-milking
hygiene in a controlled environment.

267 Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279

F. Monsallier et al.

Keywords: PDO cheeses network, raw milk, microbial balance, farming practices, support service,
training

Introduction
Les filières fromagères sous Appellation d’Origine Protégée sont des éléments importants du tissu
économique et social des régions et s’inscrivent dans une dynamique de développement rural et
d’aménagement du territoire. L’originalité des fromages au lait cru repose en grande partie sur les
communautés microbiennes originelles du lait. Celles-ci leur confèrent diversité sensorielle et intensité
de goût mais aussi un lien au terroir, base de leur spécificité, et un argument pour leur protection et
pour l’apport d’une plus-value pour le territoire. Depuis plusieurs années, les opérateurs des filières
fromagères (producteurs, transformateurs…) constatent une dégradation de la qualité microbiologique
des laits appauvris en communautés microbiennes d’intérêt technologique et par conséquent de moins
en moins fromageables. En effet, la mise en place des normes (nécessaire il y a 30 ans), a entraîné
une diminution du niveau des microorganismes dans le lait bien au-delà des niveaux exigés. Les
opérateurs des filières fromagères AOP ont conscience qu’un changement de stratégie est nécessaire
au niveau des élevages pour préserver les microorganismes favorables à la transformation fromagère,
source de diversité sensorielle, tout en continuant à éliminer les pathogènes et ainsi maintenir la
richesse des fromages au lait cru. Pour répondre aux interrogations des filières fromagères, un
programme de Recherche et Développement FlorAcQ1 a été mis en œuvre par les partenaires2 du
groupe « Gestion des écosystèmes microbiens » du Réseau Fromages de Terroirs.
Les objectifs de ce programme étaient de :
- construire une démarche d’accompagnement des producteurs de laits pour favoriser, dès la
production du lait, les groupes microbiens d’intérêt et ainsi obtenir un lait adapté à la production
de fromages au lait cru,
- sensibiliser les acteurs des filières pour faire évoluer à la fois les comportements et les
pratiques.
La valorisation des communautés microbiennes naturelles des laits de ferme dans les fromages doit se
construire par une meilleure connaissance des écosystèmes microbiens en jeu, un changement de
stratégie et une évolution des pratiques en élevage et en fromagerie.

1. Accompagner les producteurs de laits dans le changement

Les critères de paiement du lait à la qualité ont induit une culture dominante du « 0 germe » chez les
producteurs de lait et leur environnement technique. Les populations microbiennes des laits et leurs
impacts (positifs ou négatifs) sur les transformations fromagères sont de mieux en mieux connus
(Microflore du lait cru, 2011). Orienter les communautés microbiennes des laits dès la production en vue
de leur valorisation dans les fromages au lait cru implique des évolutions de culture et demande des
changements importants dans la façon d’appréhender la qualité des laits de la part des différents
acteurs des filières fromagères (du producteur à l’affineur) mais aussi de la part de l’environnement
(conseillers, service sanitaire, fournisseurs…). La construction d’une méthodologie pour accompagner
ces évolutions de pratiques est indispensable.

1 Programme CASDAR n°10019 : Accompagner les producteurs de lait engagés dans des filières sous signe de qualité et
d’origine pour gérer les communautés microbiennes des laits crus (janv 2011 à juin 2014).
2Chambres d’agriculture du Cantal et de l’Aveyron, INRA Clermont-Ferrand – Theix (URF et UEMA), Pôle fromager AOP
Massif Central, SUACI Alpes du Nord (devenu Ceraq), Centre Technique des Fromages Comtois, Comité Interprofessionnel
de Gestion du Comté, Languedoc-Roussillon Elevage, Institut de l’élevage, ISARA-Lyon, EI Purpan, Centre de Formation
des Apprentis Agricoles 64.

268 Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279

 Orienter les équilibres microbiens des laits

L’enjeu était de fournir aux filières fromagères et aux organismes du développement les outils
nécessaires à l’accompagnement des producteurs de laits pour orienter les équilibres microbiens des
laits en faveur de la qualité des fromages au lait cru.

1.1 Une expérimentation grandeur nature

Pour construire cette démarche d’accompagnement, la première action a consisté à développer une
démarche d’accompagnement et à la tester dans dix PME de collecte et de transformation fromagère
au lait cru connues pour leur attachement au lait cru et à sa qualité microbienne, et soucieuses de
mettre en valeur les qualités organoleptiques de leurs fromages (Tableau 1). Celles-ci disposaient de
personnel technique pour les interventions en élevage.
Nb producteurs Technologies
Sites Entreprises Espèces
impliqués fromagères
Franche- Fruitières de Chapelle d’Huin Comté
6 Bovine
Comté et de Bief du Fourg Pâte pressée cuite
Coopérative laitière de Haute Beaufort
Alpes 6 Bovine
Tarentaise Pâte pressée cuite
Pélardon
Cévennes Coopérative des Cévennes 4 Caprine
Pâte molle
Coopérative Fromagère de la Cantal
Cantal 6 Bovine
Planèze Pâte pressée non cuite
Laguiole
Aveyron Coopérative Jeune Montagne 6 Bovine
Pâte pressée non cuite
4 laiteries Ossau Iraty
Pyrénées 12 Ovine
2 associations fermières Pâte pressée non cuite
Tableau 1 : Présentation des six zones d’étude du projet FlorAcQ

1.1.1 Un plan d’action commun à chaque zone

Une méthodologie commune pour un plan d’action en quatre étapes combinant à la fois une approche
technique et sociologique a ainsi été élaborée.
1. Choix des producteurs « tests » par les entreprises (aucun critère de choix imposé).
2. Evaluation de la situation initiale des producteurs (enquêtes sociologique et de pratique
d’élevage, analyses de lait).
3. Formation des producteurs de laits à la microbiologie du lait cru.
4. Mise en place d’évolutions de pratiques (essentiellement des pratiques de traite) et suivi de la
qualité du lait pendant 18 mois.
Dans chaque zone d’étude, le plan d’action a été coordonné par un référent scientifique (partenaire du
projet), accompagné d’un technicien et d’un responsable production ou qualité de l’entreprise. Pour
chaque étape, des outils spécifiques ont été construits (questionnaires d’enquête, protocole d’analyse
des laits, …).

1.1.2 Analyse sociologique des six démarches tests

La démarche demandait aux producteurs, volontaires, et à leurs conseillers de faire évoluer leur vision
de la qualité microbiologique des laits (en particulier préserver les communautés microbiennes natives
d’intérêt technologique). L’enjeu était d’aider à la compréhension des freins et atouts d’une telle
démarche, afin de la diffuser à d’autres techniciens, tout en tenant compte des caractéristiques de
chaque filière.

Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279 269

F. Monsallier et al.

Pour répondre à cet objectif, il était nécessaire de caractériser i) les actions sur le terrain : « qu’est ce
qui a été fait ? », ii) les comportements des acteurs : « qu’est-ce qu’en disent les acteurs ? », iii) les
impacts de ces actions : « en quoi les acteurs ont-ils évolué ? ». Au total, 40 entretiens semi-directifs
ont été conduits auprès de différents acteurs des six zones (référents, techniciens, responsables
production ou qualité et producteurs) en s’appuyant sur la méthode de Kling-Eveillard et al (2012).

1.2 Points clefs d’une démarche d’accompagnement réussie

1.2.1 Créer un collectif et s’organiser
L’analyse sociologique a révélé l’importance de rapprocher les acteurs des filières notamment les
producteurs de laits et les fromagers dans un même objectif : fabriquer des fromages de haute qualité
ancrés sur leur territoire. Dans le collectif à créer, deux niveaux d’acteurs ont été identifiés : i) les
acteurs majeurs (indispensables car directement impliqués dans la mise en œuvre de la démarche) et
ii) les acteurs secondaires (non directement impliqués, mais à informer de la démarche pour éviter les
discours contradictoires). En fonction du contexte de la filière ou de l’entreprise, des liens préexistants
entre les acteurs (habitudes de travail), différents types d’organisation ont été observés dans les 6
zones. Ils sont décrits dans le Tableau 2. Une évolution au cours du temps du type d’organisation
(passage d’une organisation « collégiale » à une organisation « partagée ») est souhaitable pour
pérenniser la démarche.

1.2.2 Former les acteurs pour partager une culture et un vocabulaire communs
Les témoignages des producteurs ont montré qu’ils étaient demandeurs de connaissances de base sur
les microorganismes du lait (d’où viennent-ils ?, à quoi servent-ils en fromagerie ?, …). L’analyse a
montré que plus le transfert de connaissances incluait des échanges, (et non seulement un cours
magistral), plus l’acquisition de connaissances par les producteurs était importante. De plus, l’effet
groupe favorisait l’adhésion des producteurs à la démarche.

1.2.3 Accompagner individuellement dans un cadre collectif

La majorité des producteurs étaient prêts à évoluer à condition d’être suivis régulièrement et dans la
durée, par un technicien en qui ils avaient confiance pour pérenniser la dynamique et maintenir leur
motivation. Par ailleurs, ils avaient également besoin des résultats d’analyses pour suivre la qualité de
leur lait et s’assurer de l’absence de pathogènes. En plus d’un suivi individuel, des réunions d’échanges
entre producteurs et fromagers étaient nécessaires pour remettre la qualité des fromages au cœur des
discussions.

2. Les producteurs : inégaux face aux changements

Les raisons qui expliquent les choix techniques et les pratiques habituelles du producteur reposent
souvent sur le niveau de connaissances du producteur, le contexte matériel (équipements), ses
objectifs (économique, qualité de vie, performance technique…) mais aussi les représentations
(croyances, opinions, logique de pensée…) (Jodelet, 1989). Pour accompagner des évolutions de
pratiques chez les producteurs de lait, le technicien a besoin i) de comprendre les raisons qui
expliquent les choix techniques pour les intégrer dans son conseil et ii) de connaître les conditions de
production du lait et sa qualité. C’est pourquoi différents outils de diagnostic des pratiques et d’analyses
des laits ont été développés par les partenaires du projet.

270 Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279

 Orienter les équilibres microbiens des laits

2.1 Un outil de sensibilisation et de dialogue entre techniciens et producteurs :

le diagnostic FlorAcQ
Pour sensibiliser les producteurs de lait à l’impact de leurs pratiques vis-à-vis de la qualité microbienne
du lait en vue d’une transformation fromagère au lait cru, un outil de diagnostic spécifique ayant une
approche différente des audits pratiqués habituellement lors des interventions sanitaires en élevage
était demandé par les techniciens de terrain.
L’outil de diagnostic FlorAcQ vise ainsi à qualifier les conditions de production du lait vis-à-vis du
respect des communautés microbiennes du lait tout en tenant compte du risque sanitaire et d’altération
des produits. Il a été co-construit avec les techniciens des entreprises sur la base de leur expérience
« terrain » et avec les partenaires du projet qui ont apporté des connaissances bibliographiques
(Microflore du lait cru, 2011) et les nouvelles connaissances acquises dans le projet. L’outil FlorAcQ
s’inscrit dans une démarche de progrès applicable à tout producteur mais à adapter au cas par cas en
fonction de la qualité initiale des laits et des conditions de production (Figure 1).
Le diagnostic FlorAcQ doit être réalisé par des techniciens sensibilisés et formés au pilotage des
équilibres microbiens des laits crus. Il se déroule en trois phases.

2.1.1 Faciliter le dialogue technicien-producteur

Afin de comprendre les motivations du producteur, la première phase du diagnostic consiste à évaluer
le niveau d’implication et d’adhésion du producteur avec les orientations de sa fromagerie, son niveau
de connaissances sur les caractéristiques microbiennes du lait cru ou encore le sens donné à son
métier lors d’un entretien préliminaire sous forme d’une discussion guidée entre le technicien et le
producteur.

Figure 1 : Schéma de progression des producteurs de laits

2.1.2 S’assurer que le lait est produit dans de bonnes conditions

Avant toute évolution de pratiques, les risques de contamination par des bactéries pathogènes ou
d’altération des fromages doivent être maîtrisés. Le technicien doit donc s’assurer que les animaux sont
en bonne santé, que l’alimentation est saine et équilibrée, que l’installation de traite est correctement
installée et bien utilisée. Pour cela, il analyse les bilans qualité et sanitaire disponibles sur l’exploitation.
Selon les conclusions, si nécessaire, des mesures correctives pour améliorer les conditions de
production du lait peuvent être mises en œuvre (ex. réglage de la machine à traire) avant de poursuivre
le diagnostic FlorAcQ.

Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279 271

 Orienter les équilibres microbiens des laits

Organisation collégiale Organisation pivot Organisation partagée

Coordinateur
Expert Coordinateur
Fromager Expert Coordinateur Technicien  
Expert
Technicien   Autres Fromager

Responsable  
qualité Producteur

Technicien   Autres Producteur

Producteur

Mise en place d’un groupe de travail constitué de tous Le coordinateur de la démarche ou Le travail est réparti entre le coordinateur et un
les acteurs et animé par l’expert/référent ou le l’expert/référent est le pivot : responsable technique qui prend en charge les actions
coordinateur -réalise aussi les actions auprès des auprès des producteurs.
Principe

Toutes les décisions sont prises collectivement
Tous les membres du groupe participent à la
coordination et à la mise en œuvre
- Dynamique de groupe
- Répartition des tâches sur un plus grand nombre
Atouts
producteurs Les deux travaillent séparément, chacun prend seul les
-communique les avancées du projet et les décisions dans son domaine de compétences
actions à venir aux autres acteurs Ils se rencontrent ponctuellement pour échanger sur
l’avancée du projet et les actions à venir
- Vision d’ensemble des actions par le - Efficacité et autonomie : chacun dans son domaine de
coordinateur/pivot compétences

d’acteurs
- Peut aussi servir à construire un groupe de travail sur
un temps long.
- Effort et temps de coordination (beaucoup de - Implication plus difficile des autres acteurs - Implication plus difficile des autres acteurs
Limites

réunions) - Besoin d’un soutien fort (légitimité) du pivot par - Circulation de l’information plus difficile entre acteurs,
- Nécessite que les acteurs partagent les mêmes le responsable de filière ou de l’atelier de - Disposer d’un responsable technique expérimenté
convictions et aspirent aux mêmes objectifs. transformation fromagère.
Tableau 2 : Description des trois types d’organisation observés dans le projet

272 Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279

 Orienter les équilibres microbiens des laits

2.1.3 Qualifier les conditions de production du lait vis-à-vis de la préservation des

communautés microbiennes du lait
Pour cette qualification, les pratiques ou combinaison de pratiques correspondant à diverses
« situations » sont observées par un technicien préalablement formé. Les critères pris en compte
concernent le couchage des animaux, l’état des trayons et leur préparation avant la traite, l’hygiène et
l’ambiance de traite, la machine à traire et le stockage du lait. Des scores ont été attribués à chaque
« situation » afin de positionner l’impact potentiel des pratiques sur une échelle tenant compte de
l’équilibre bénéfices/risques liés à la préservation des communautés microbiennes du lait. Ces scores
vont de « 0 » à « 5 »3 : « 0 » correspond à une pratique ou combinaison de pratiques défavorable aux
communautés microbiennes ou présentant un risque supérieur aux bénéfices et « 5 » correspond à une
pratique ou combinaison de pratiques favorable aux communautés microbiennes potentiellement
positive pour la qualité du fromage et ne présentant pas de risque.
A l’issue de cette dernière étape, une discussion peut être engagée entre le producteur et le technicien
sur les pratiques susceptibles d’évoluer en s’appuyant sur un support de restitution visuel et simple des
informations recueillies.

2.2 Évaluation de la qualité microbienne des laits crus : optimisation d’outils

analytiques simples
Afin d’apprécier et suivre la qualité microbienne des laits d’exploitation, des outils analytiques simples
ont été optimisés pour mesurer l’équilibre des principaux groupes microbiens d’intérêt technologique
pour les fromages au lait cru.

2.2.1 Approche culture dépendante

• Quantification des bactéries d’affinage (bactéries à Gram et catalase positives) sur le
milieu CRBM (Cheese Ripening Bacteria Media, Denis et al, 2001)
Le milieu CRBM présente une bonne sélectivité vis à vis des bactéries d’affinage avec plus de 88 %
des isolats appartenant à ce groupe bactérien, dont une forte dominance des Staphylococcaceae suivie
des genres Brachybacterium, Brevibacterium et Corynebacterium (Figure 2).

Figure 2 : Familles bactériennes (genres) identifiées par séquençage de l’ADNr 16S de 467 colonies isolées sur
le milieu CRBM à partir de 21 laits de vache, 6 laits de brebis et 4 laits de chèvre.

3 Les scores affectés à chaque « situation » ont été établis à « dire d’experts » par les techniciens des entreprises.

273 Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279

F. Monsallier et al.

Les genres Aerococcus et Lactococcus (bactéries lactiques) identifiés sur ce milieu à partir des laits de
vache se distinguaient des bactéries d’affinage par leur morphotype.
• Mesure de l’équilibre entre les principaux groupes microbiens des laits
Pour évaluer l’équilibre microbien global des laits crus, la proportion de cinq groupes microbiens,
quantifiés sur quatre milieux de culture, a été calculée et représentée graphiquement (Figure 3). Cette
méthode, testée sur 629 laits, s’est avérée être un outil de comparaison des laits de différentes
exploitations et de suivi de la qualité microbienne des laits d’une exploitation au cours du temps
permettant de mettre en évidence des modifications majeures en lien avec des changements de
pratiques (ex : mise au pâturage). Cependant, pour certains laits, ces quatre milieux de culture ne
quantifiaient pas l’ensemble des microorganismes cultivables sur un milieu non sélectif (PCA lait)
probablement du fait de leur trop grande sélectivité.

Figure 3 : Proportion entre

les principaux groupes
microbiens d’un lait
(quantifiés sur quatre milieux
de culture)

2.2.2 Approche culture indépendante : méthode FISH (Fluorescent In Situ

Hybridization)
Une méthode d’hybridation des groupes bactériens des laits crus avec des sondes moléculaires
fluorescentes couplée à une quantification au microscope à épifluorescence a été optimisée.
Différentes sondes ont été sélectionnées pour cibler les bactéries lactiques : Lab158 (Harmsen et al.,
1999) et Strc0493 (Franks et al., 1998), la classe des Actinobacteria (bactéries d’affinage) : HGC69a
(Roller et al., 1994), le genre Staphylococcus : Staph462 (Gory, 2000) et la classe des
Gammaproteobacteria qui appartient aux bactéries à Gram négatif : Gam42a (Manz et al., 1992). Après
optimisation des conditions de fixation, de perméabilisation et d’hybridation des bactéries, ces cinq
sondes ciblaient, avec une bonne spécificité et peu de redondance, une grande diversité de genres
bactériens des laits crus ; seul le genre Leuconostoc était hybridé avec deux sondes, Lab158 et
Strc0493.
Dans des laits UHT inoculés avec une espèce bactérienne, la quantification par la méthode FISH avec
la sonde universelle Eub338 couplée à la microscopie donnait des résultats reproductibles et bien
corrélés à la quantification sur un milieu de culture non sélectif (R²=0,88). Cependant, elle sous-estimait
les niveaux bactériens d’environ 1 log (ufc/mL), probablement en raison d’une perte ou lyse d’une partie
des bactéries lors de la transparisation du lait (élimination / dégradation des matières grasse et
protéique) ou de l’hybridation.
Dans les laits crus, les niveaux des groupes bactériens déterminés par la méthode FISH avec les cinq
sondes spécifiques étaient dans la plupart des cas équivalents ou supérieurs à ceux quantifiés par
dénombrement sur les milieux de culture sélectifs (cf 2.2.1). En particulier, pour les bactéries à Gram
négatif, la méthode FISH avec la sonde Gam42a donnait des niveaux de population plus élevés que
ceux évalués par culture sur le milieu PCAi pour 5 laits sur 8, ce qui pourrait être dû à une trop grande
sélectivité de ce milieu de culture. Ainsi, la méthode FISH pourrait quantifier certaines populations

274 Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279

 Orienter les équilibres microbiens des laits

bactériennes non cultivables sur ces milieux. L’adaptation de cette méthode d’hybridation à une
quantification par cytométrie de flux pourrait fournir une méthode rapide et automatisée pour quantifier
les principaux groupes bactériens des laits crus.

3. Des connaissances pour agir

Une action du projet était consacrée à l’acquisition de connaissances techniques supplémentaires sur
les pratiques d’élevage favorables aux groupes microbiens d’intérêt fromager. Elle visait d’une part, (i) à
décrire les caractéristiques microbiologiques de réservoirs potentiels de microorganismes (litières, peau
des trayons) présents dans des élevages laitiers (vaches et brebis) et à mettre en évidence les liens
entre les réservoirs et le lait et d’autre part, (ii) à évaluer la relation entre l’hygiène des trayons en fin de
traite et les équilibres microbiens sur la peau des trayons des vaches laitières, en conditions contrôlées.

3.1 Suivi d’élevages laitiers

Quatre supports de couchage (paille, tapis, herbe, caillebotis) issus de 48 fermes de quatre zones
fromagères françaises de montagne en AOP (Alpes, Auvergne, Franche-Comté, Pyrénées) ont été
étudiés. Les litières, les trayons et le lait ont été échantillonnés en hiver (logement en bâtiments) et en
été (pâturage) pour les bovins et sur une saison à l’herbe pour les brebis. Les groupes microbiens ont
été dénombrés sur les cinq milieux de culture utilisés pour mesurer l’équilibre entre les principaux
groupes microbiens des laits.

3.1.1 Les réservoirs litières et trayons et leurs facteurs de variation

Les surfaces de couchage (Tableaux 3 et 4) étaient caractérisées par une dominance des bactéries
d’affinage (95 à 99 % de la population totale). Les bactéries lactiques (1 à 3 %) et les bactéries à Gram
négatif (0,1 à 2 %) étaient à des niveaux inférieurs. Les levures et moisissures avaient les niveaux les
plus bas. Les niveaux des groupes microbiens à l’exception des bactéries lactiques ainsi que des
bactéries d’affinage pour les vaches étaient plus élevés sur la paille que sur les tapis ou les caillebotis.
En été, les bactéries d’affinage dominaient à la surface de l’herbe (62% de la population) mais à des
niveaux plus faibles que sur les surfaces de couchage en hiver. Les bactéries lactiques représentaient
moins de 1% de la flore totale et les levures et moisissures atteignaient jusqu’à 9% de la population
totale. L’entretien des surfaces de couchage (curage, fréquence de paillage, quantité de paille) n’a pas
eu d’incidence sur les niveaux des groupes microbiens.
Tableau 3 : Valeur moyenne (± écart-type) des groupes microbiens (log ufc/cm2) dénombrés i) sur la paille et les
tapis en hiver, ii) sur les supports de couchage en hiver et au pâturage en été pour les vaches.
Saison Hiver Eté
Support de couchage Paille Tapis Paille vs Couchage Herbe Couchage
(n=30) (n=30) sans hiver hiver vs
paille (n=60) (n=52) pâturage

Flore totale 6,5±0,8 5,9± 0,9 ** 6,2±0,9 5,1±0,8 ***

Bactéries lactiques 4,3±1,6 3,8±1,2 NS 4,0±1,4 2,3±0,9 ***
Bactéries d’affinage 6,3±1,1 5,9±1,0 NS 6,1±1,1 4,1±1,1 ***
Bactéries à Gram
3,6±1,0 3,0±0,9 ** 3,3±1,0 3,6±0,9 *
négative
Levures 3,4±1,3 2,3±1,2 *** 2,9±1,3 3,2±1,6 **
Moisissures 2,6±0,9 1,8±0,9 *** 2,2±1,0 3,1±1,0 ***
*P<0,05, **P<0,01, ***P<0,001, NS: non significatif.

Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279 275

F. Monsallier et al.

Tableau 4 : Valeur moyenne (± écart-type) des groupes microbiens (log ufc/cm2) dénombrés sur la paille et les
caillebotis des ovins.
Support de couchage Paille Caillebotis Paille vs
(n=42) (n=24) caillebotis

Flore totale 4,8± 1,0 3,9± 0,9 **

Bactéries lactiques 1,4±0,6 1,2±0,6 NS
Bactéries d’affinage 5,4±0,6 4,8±0,9 **
Bactéries à Gram
2,6±0,6 1,9±0,6 ***
négative
Levures et moisissures 1,9±0,6 1,4±0,6 **
*P<0,05, **P<0,01, ***P<0,001, NS: non significatif

A la surface des trayons, le niveau de flore totale était de 6,6 log ufc/2 trayons pour les vaches et 4,7
log ufc/trayon pour les brebis avec une dominance des bactéries d’affinage (95% des groupes
microbiens dénombrés). Chez les vaches, les bactéries lactiques (4,4 log ufc/2 trayons) et les bactéries
à Gram négatif (3,8 log ufc/2 trayons) étaient à un niveau inférieur. Les niveaux des levures et des
moisissures étaient inférieurs à 3 log ufc/2 trayons. Chez les brebis, les niveaux des bactéries lactiques,
bactéries à Gram négatif, levures et moisissures étaient inférieurs à 3 log ufc/trayon.
Les niveaux microbiens à la surface des trayons des vaches différaient selon la saison. Les niveaux des
bactéries d’affinage et des bactéries lactiques étaient 0,7 à 1 log ufc/2 trayons plus haut en hiver
(logement en étables) qu'en été (pâturage des vaches). Le confinement des vaches en étable durant
l’hiver pourrait expliquer ce résultat. Le type de litière (davantage marqué en ovins) et le bâtiment
influençaient également les niveaux microbiens à la surface des trayons. Par exemple, les niveaux des
groupes microbiens étaient globalement plus faibles quand les brebis étaient sur caillebotis que sur
litières végétales (paille, fougère) (Feutry, 2012). L’ensemble des corrélations entre les niveaux des
groupes microbiens des surfaces de couchage et ceux des trayons suggéraient l’existence d’un lien
sans qu’il soit encore possible d’établir sa nature. D’autre part, les niveaux des bactéries d’affinage, des
bactéries lactiques, des bactéries à Gram négative, des levures et des moisissures à la surface des
trayons des vaches étaient plus élevés lorsque les pratiques d’hygiène du trayon étaient peu ou
moyennement intensives confirmant ainsi les résultats de Bouton et al (2012) et Monsallier et al (2012).

3.1.2 Liens entre les niveaux microbiens des litières, des trayons et du lait
Dans le lait, le niveau de flore totale était de 3,6 log ufc/ml pour les vaches et 4,3 log ufc/ml pour les
brebis avec une dominance des bactéries d’affinage (2,9 log ufc/ml pour les vaches et 3,5 log ufc/ml
pour les brebis) et des bactéries lactiques (2,3 log ufc/ml pour les vaches et 2,6 log ufc/ml pour les
brebis). Les bactéries à Gram négatif (2 log ufc/ml pour les vaches et 2,4 log ufc/ml pour les brebis), les
levures (en moyenne 2 log ufc/ml) et les moisissures (<1 log ufc/ml) avaient des niveaux inférieurs.
La saison, le type de bâtiment et la nature de la litière avait un effet peu marqué sur les niveaux des
groupes microbiens des laits de vaches. Les niveaux des groupes microbiens à la surface des trayons
des vaches (avant préparation) et les niveaux des groupes microbiens des laits n’étaient pas corrélés.
L’hypothèse d’un point de rupture du lait de la sortie du trayon jusqu’au lait de tank doit être
approfondie. En revanche, en ovin, les niveaux des bactéries d’affinage et lactiques de la peau des
trayons étaient positivement corrélés à ceux du lait.
Les pratiques intensives d’hygiène du trayon et de nettoyage du matériel de traite entraînaient
généralement une baisse des niveaux des groupes microbiens du lait. Les pratiques d’hygiène autour
des trayons (pas de nettoyage des trayons en ovins) pourraient impacter le transfert des micro-
organismes du trayon au lait. Ces résultats confortent l’hypothèse que des pratiques intensives
d’hygiène du trayon et de nettoyage de la machine à traire diminueraient les niveaux microbiens des
laits. De plus, des analyses complémentaires en ovins ont montré le rôle non négligeable de la machine

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 Orienter les équilibres microbiens des laits

à traire comme réservoir potentiel de microorganismes d’intérêt laitier et la corrélation entre la quantité
de certains groupes microbiens retrouvés dans ce réservoir et dans le lait.

3.2 Etude en milieu contrôlé

Une expérimentation centrée sur la relation entre l’hygiène des trayons en fin de traite et les équilibres
microbiens sur la peau des trayons des vaches laitières et dans leur lait a été mise en œuvre en milieu
contrôlé (INRA-UEMA site de Marcenat, Cantal). Les trayons de 75 vaches laitières réparties en
trois lots équivalents ont été traités, du vêlage au tarissement, avec un produit de post-trempage
(iodé (action antiseptique), glycérolé (hydratant) ou aucun) à l’issue de chaque traite. Toutes les
pratiques de traite étaient équivalentes par ailleurs. Parmi les différents groupes microbiens des laits,
les niveaux des « bactéries dites d’affinage » étaient les plus élevés quel que soit le traitement appliqué
aux trayons, avec des niveaux compris entre 5,1 et 5,9 log ufc/ml de jus de trayons, confirmant ainsi la
littérature (Vacheyrou et al, 2011 ; Verdier-Metz et al, 2012). Les niveaux des bactéries lactiques et à
Gram négatif étaient compris entre 3,2 et 3,8 log ufc/ml de jus de trayons tandis que ceux des levures
et des moisissures étaient inférieurs à 2,2 log ufc/ml de jus de trayons. L’application d’un produit de
post-trempage (iode ou glycérol) tendrait à réduire de façon significative les niveaux de germes totaux
et « bactéries d’affinage » à la surface des trayons. En revanche, aucune différence de niveaux
microbiens n’a été observée entre les laits de chaque lot selon le produit appliqué. Les niveaux des
bactéries lactiques et à Gram négatif, des levures et des moisissures dans les laits variaient entre 2,8 et
3,6 log ufc/ml et celui de la population totale avoisinait 4,8 log ufc/ml.
Par séquençage de l’ADNr 16S de colonies (387 issues des trayons et 602 des laits en fin de
traitement) une grande diversité des populations bactériennes (67 genres bactériens) en surface des
trayons et dans les laits a été mise en évidence.

Genre Trayon Lait

Gram positif Aerococcus, Enterococcus x x
Catalase négative Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc x
Staphylococcus, Arthrobacter, Kocuria x x
Bacillus, Jeotgalicoccus, Plantibacter, Macrococcus, Micrococcus,
Gram positif x
Agrococcus,Dietzia, Curtobacterium, Citrococcus, Janibacter, Paenibacillus
Catalase positive
Microbacterium, Brachybacterium, Rothia, Rhodococcus,
x
Brevibacterium, Propioniciclava
Raoultella, Ochrobactrum, Pseudomonas, Stenotrophomonas x x
Gram négatif Pantoea, Escherichia, Aminobacter x
Catalase positive Chryseobacterium, Delftia, Citrobacter, Comamonas, Klebsellia,
x
Hafnia, Achromobacter, Yersinia, Sphingobacterium
Tableau 5: Genres identifiés par séquence de l’ADNr 16S des colonies issues des échantillons de lait et de
surface de trayons et isolées en surface des milieux de culture
La communauté microbienne de la peau des trayons était dominée par les genres Staphylococcus,
Aerococcus, Jeotgalicoccus et Enterococcus et se caractérisait par une grande diversité de bactéries à
Gram positif catalase positive (24 genres) et une faible diversité de bactéries à Gram négatif (11
genres). Jeotgalicoccus serait plus fréquemment isolé de la peau de trayon traitée à l’iode que sur
celles ayant reçu du glycérol ou aucun traitement. Le traitement à l’iode ou l’absence de traitement
semblerait favoriser les Staphylococcus. Les Aeorococcus sembleraient plus fréquents sur les trayons
traités au glycérol. La communauté microbienne des laits diffère fortement de celle des trayons par une
moindre diversité en bactéries à Gram positif catalase positive mais une plus grande diversité de
bactéries à Gram négatif. Elle est dominée par Staphylococcus, Microbacterium, Lactobacillus, Kocuria,
Brachybacterium et enfin Chryseobacterium et Stenotrophomonas. Les laits des animaux ayant reçu un

Innovations Agronomiques 49 (2016), 267-279 277

F. Monsallier et al.

post-trempage iodé sembleraient se distinguer par une fréquence plus importante de

Stenotrophomonas.

Conclusion
La complémentarité des compétences, les échanges de savoir-faire entre les partenaires du projet,
l’implication forte des entreprises et des producteurs de lait ont permis de co-construire des outils
innovants à destination des filières fromagères ou ateliers de transformation fromagère soucieux
d’améliorer la spécificité de leurs fromages. Ceux-ci se déclinent en : 1/ une démarche
d’accompagnement « FlorAcQ », 2/ des méthodes d’analyses de la composition microbiologique des
laits, 3/ un diagnostic des pratiques d’élevage « FlorAcQ », 4/ un module de formation.
Grâce au programme FlorAcQ, des connaissances ont été acquises sur les réservoirs de
microorganismes susceptibles d’ensemencer le lait et l’influence des pratiques d’élevage. Elles ont été
partiellement diffusées lors de colloques scientifiques mais aussi de formations à destination des
techniciens d’élevage. Des perspectives de transfert des savoirs et outils du programme FlorAcQ se
dessinent. Ainsi, un programme visant à adapter la méthode FISH à une quantification des
microorganismes par cytométrie de flux impliquant l’INRA, le Pôle fromager AOP Massif central, le
Laboratoire interprofessionnel d’analyses laitières du Massif central et VetAgroSup est en cours. La
démarche FlorAcQ sera transférée aux filières dans le cadre du groupe transfert du RMT Réseau
fromages de terroirs au travers d’une offre d’accompagnement à la mise en œuvre de la démarche
FlorAcQ, de formations pour les techniciens et les laboratoires d’analyses laitières.
Ce programme conforte la nécessité de nouvelles stratégies pour la prise en compte des communautés
microbiennes naturelles des laits de ferme. Il milite pour une stratégie basée sur des pratiques
d’hygiène garantissant l’élimination des pathogènes mais aussi respectueuses de la biodiversité
microbienne et sur un accompagnement personnalisé des producteurs de lait qui s’inscrit dans la durée.
Pour consolider cette stratégie, il devrait se poursuivre par i) une description plus fine des
communautés microbiennes et par une meilleure connaissance des transferts de souches microbiennes
des environnements aux fromages, ii) une validation de la démarche à plus grande échelle et iii) une
mesure de l’impact des changements de stratégie au niveau de la production du lait sur la qualité finale
des fromages.

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