Proteínas

* Forma zwitteriônica é a que possui mais dificuldade de passar pela

membrana, pois apesar da carga líquida ser zero, ambas as cargas atraem
muita água.
* Os pks dos grupos amina e carboxila são alterados minimamente por
influéncia das cadeias laterais. Geralmente pK(COO-) e pK(NH3+) são 2/3
e 9/10 respectivamente.
* Cadeias laterais com grupo ionizavel possuem um pK caracteristico que
varia. O fato de a histidina possuir um pK(Lateral) préximo ao pH
fisioldgico, torna ela o Unico aminodacido que pode tamponar,
principalmente no interior das células em que estdo em maior quantidade.
* Aminoacidos proteicos são os 20 do codigo genético (possuem RNAts
associados).
* Aminoacidos possuem isomeria 6ptica. Todos são L-aminodacidos
(conforme a convengao de Fischer).
* Farmacos são sintetizados como misturas racémicas, pela igual chance
de um isémero ou outro serem sintetizados, além do fato que isomerases
regulam as quantidades. No entanto, apenas um isômero é metabolizado,
enquanto o outro fica inerte e é excretado.
0 caso da talidomida (remédio para enjoo de inicio de gravidez) foi um
acaso de o isômero óptico do farmaco também ser metabolizado e ser
prejudicial. Infelizmente, nem depois de separar o isômero correto é
possivel administra-lo, tendo em vista que isomerases do corpo
transformam no isémero incorreto.
* A ligação peptidica possui carater parcial duplo, pois não é uma ligagéo
dupla, mas é menor que uma ligagao simples normal. A cadeia vira uma
linha pois essa ligação geralmente é trans, e é fixa pois o carbono da
amida é sp2 (trigonal plano).
* INICIO da cadeia é o N-terminal, enquanto ela ACABA na carboxila-
terminal.
* Ocorre uma condensagéo na formação de uma ligação peptidica.
* Pontes dissulfeto ocorrem geralmente em ambientes oxidantes, pois a
cisteina precisa estar no seu estado oxidado (-S+) para formar uma ponte
dissulfeto.
Cadeias popipeptidicas ndo são ramificadas
* Exemplos de derivados de aminodcidos: GABA, histamina, dopamina,
tiroxina (T4).
* Estrutura Primdria: Sequéncia de aminoacidos e ligações peptidicas.
Varia em nimero, natureza e ordem. A sequéncia dos aminoacidos ja
Aatarmina ac11a fiuiinsãaoa nAaie 2 Aadaia ea tandard a dAalhrar Am emA
et G TNy E bc a o a a aaan a R aa

conformação nativa dependendo da posição dos AAs que interagem na

cadeia. Variações nessa sequência são toleradas se ocorrerem de
maneira conservativa, se não ocorrerem em regiões críticas ou se
conferirem vantagens em vez de desvantagens na função.
* Estrutura Secundária: Arranjo da cadeia principal (esqueleto
polipeptídico). As estruturas formadas podem ser regulares, isto é,
comuns em várias proteínas, ou irregulares, as quais não aparecem em
tantas proteínas. As estruturas regulares são a alfá-hélice e a folha beta-
pregueada. São sempre estabilizadas por ligações de hidrogênio entre
carbonos da cadeia principal
1) Alfa Hélice: Hélice voltada para a direita. 3,6 resíduos por volta. O da
carbonila forma uma ponte de hidrogênio com uma amina de 4 resíduos à
frente. Prolina, muitos aminoácidos carregados, ou muitos aminoácidos
volumosos (interações estéricas) quebram a estrutura de alfa-hélice. No
meio da hélice alfa não existe espaço para cadeias laterais, portanto
aminoácidos hidrofóbicos se contorcem para ficar no meio da proteína,
mas não da hélice.
2) Folha Beta: Ligações de hidrogênio que ocorrem entre segmentos
separados da cadeia polipeptídica, ou entre duas cadeias polipeptídicas.
Podem estar em paralelo ou em antiparalelo. Lig de H estão
perpendiculares. A

folha B

a-hélice

N
o

— Esvunra Secundára
folha B A & e A

@ Pasicia
* Queratina: União de duas alfa-hélices. Os aminoácidos se repetem a cada
6 AAs; o primeiro e o quarto aminoácidos são apolares e mantém a
estrutura em forma de superhélice, pois ocorre efeito hidrofóbico. Elas se
unem em protofilamentos, que se unem em protofibrilas. A estabilização
das estruturas se dá pela cisteina, que forma muitas pontes dissulfetos.
Para moldar o cabelo, se aplica um redutor, responsável por quebrar essas
pontes, e depois um oxidante, para fixar a forma.

* Colágeno: Uma tripla hélice de hélices dobradas para a esquerda em

decorrência da prolina cujo dobramento se dá para direita. Compostos por
prolina, lisina e glicina. A cada 3 aminoácidos, 1 é a glicina (precisa ser
pequeno para não desestabilizar). Algumas dessas prolinas e lisinas são
hidroxiladas para ganharem grupos -OH que promovem ligações de
hidrogênio que estabilizam a molécula (Vitamina C e Fe são necessários
para essa hidroxilação). Cada tipo de colágeno é definido pela glicosilação
que ocorre em alguns de seus resíduos. A

Cross section of a hair

)

(a) Dimero — (b) Protofilamento (c) Microfibrila

Cabegas
Niterminais

Bastdo X
espiral- ~450 A
enrolado Figure 6-16 Fundamentals
of Biochemistry, 2/e

Caudas
Cterminais

A queratina é ricas em cisteinas, e

sua estrutura é mantida por pontess
— LA | ‘

* Estruturas supersecunddrias/motivos: São acumulos de regides

secundarias que formam uma estrutura maior repetitiva. Auxiliam nos
dobramentos.
* Estrutura Tercidria: Dobramento gerado pelas interacdes entre as
cadeias laterais.
* Efeito hidrofébico coloca as cadeias hidrofébicas para o interior da
proteina, fora do contato com agua. Isso varia com o ambiente.
Aminoéacidos polares sem carga podem aparecer no interior da proteina,
geralmente fazendo ligagdes de hidrogénio.
* Durante a sintese das proteinas elas ja são dobradas, para encaminhar
a proteina ao dobramento correto, uma vez que evita competicoes de
interagdes inapropriadas com aminoacidos que ainda não tenham sido
inseridos. Chaperonas também orientam a sintese e dobramento,
através da proteção, catalise.
* Estrutura Quarternaria: Mais de uma unidade polipeptidica (cadeia
dobrada) se unindo não covalentemente para formar uma proteina. Ex:
Anticorpos e Hemoglobina.
* Desnaturagdo: Mudanga na estrutura do dobramento da proteina_sem_
quebrar a estrutura primaria. Alteragdes fisicas (aumento da
viscosidade), quimicas (reatividade), bioldgicas (perda de função).
* Enderegamento: Indica o local de produção e local de função. RER para
fora (ou vesiculas) e ribossomos livres para dentro. Peptideo sinal é uma
sequéncia de aminodcidos N-terminal que é traduzida e imediatamente
para a tradução e direciona para o RER. Composto por um nucleo
hidrofobico com residuos bésicos em volta, com um sitio de clivagem
de glicina ou alanina.
* A conformagao nativa é uma estrutura energeticamente favoravel, no
entanto, ndo necessariamente é a mais favoravel. 4

Enzimas

* Catalisadores bioldgicos: Reagdes ocorram em tempo útil. A atividade

de uma enzima depende completamente do quanto ela esta proxima da
sua conformação nativa, servindo como mecanismo de controle
(moduladores alostéricos e covalentes alteram a forma da enzima por
mudanga nas interagdes do dobramento; cofatores e coenzimas pod).
O P 77 Y T P Y D T o A B Y R W TN PR T R T
rouct Ltalalitico = velutiudaut Ua IERAYAU Ldldlicaud/ vEiutiuauc Ud ICAYAU

nao-catalisada.
* MECANISMO DA QUIMIOTRIPSINA (Triade catalitica: Serina, Histidina e
Aspartato). Endopeptidase = Só quebra dentro da molécula.
Fase de lise
1) No caso da quimiotripsina, aminodcidos aromaticos são acomodados
no bolsão de especifidade (fenilalanina, tirosina, triptofano).
2) Histidina puxa o H+ da serina, tornando o oxigénio muito eletronegativo
e favorecendo um ataque no carbono da amida da diregao C-terminal.
3) Histidina transfere o H+ para a amina da direção C-terminal,
promovendo a lise.
Fase de liberacdo
4) H20 entra no sitio e transfere um H+ para a histidina, que estabiliza
através do aspartato e um OH- para o carbono que precisa ser liberado.
5) O carbono fica instavel, e a histidina transfere o H+ para serina,
liberando o produto.

N termious
@ — tigncãoasernidrotisada
N C terminus Triade catalítica
/
ec Ser-Hs-Asp

1 A Ser-195 transfere H* para

His-57 formando um estado
- M« terminos de transição tetraédrico com
o substrato. O Asp-102
estabiliza o préton na His-57
fazendo uma ligação iônica

O Hº é transferido da His-
C terminus
57 para o substrato. A
Free peptide ligação susceptivel é
clivada, e parte do
substrato fica ligado
covalentemente à enzima

N terminus & AH,O entra no sitio ativo

QD_ e forma uma ponte de H*
. com a His-57

A H,O transfere H+ para a

His-57 e -OH para o
substrato, formando um
segundo estado de
transição tetraédrico

N terminus Q\
”
|
 Energy ——

”'")gfl“"i Of reaction ===

* A energia de ativação da enzima diminui pois a tríade estabiliza as

transferências do H+.
* Enzimas são estereoespecificas e não produzem sub-produtos.
* Sdo mais eficientes que catalisadores quimicos.
* Quimiotripsina possui residuos distantes na sequéncia primaria (57 His,
102 Asp e 195 Ser).
* Holoenzima = Apoenzima (proteico) + Cofator/Coenzima
Cadmio e Mercurio podem substituir zinco como cofator, prejudicando
função de enzimas.
* Sitio Ativo = Reação/ Sitio de Ligação = Acomodagdo. Ambas as
estruturas (substrato e enzima) se dobram em contato uma com a outra,
sendo esse movimento complementar, por isso a especifidade.
* Especifidade das Serino-proteases:
1) Quimiotripsina (possui serina e glicinas no sitio de ligagao): Aromaticos
(Fenilalanina, tirosina, triptofano)
2) Tripsina (possui aspartato e glicinas no sitio de ligagdo): Positivos
(Histidina, Lisina, Arginina)
3) Elastase: Aminodacidos pequenos e neutros (Glicina; Alanina) 4

Scissile bond Scissile bond

ESPECIFICIDADE
Sitio de ligação Phe
 OU DOISAO UE ” Lys
especificidade
% Gly THPSiNA * QUE BAA
216 o5 TWAS
HENORS, Gly
"'n sa QUMD TAIPSAIA * QueSMA
Arorg:tlcos 1 Ser189 ( > Asp189 Posmvos Mmoriticos
q e Chymotrypsin 'Irypsin- Lys TLASTASE : PEQuUENOS
Y Scissile bond Arg t veuTAOS
Trp N _

Ala

Thr216
Tou iNEN
Val 226
™
. Pequenos neutros
Elastase - Ala
Figura
ooe e1 27 WiFundamentals
3w ofBlochamistry, o L Gly

Regulacao
* Controle de disponibilidade de enzima: Fatores de transcrigao atuam
na RNA polimerase e controlam a transcri¢cdo do gene de uma enzima.
Pode ocorre também por inibicdo da degradação natural por
proteossomas.
* Alostérico: Sitio alostérico é um sitio o qual um modulador altera a
conformação da enzima e gera uma maior afinidade ou menor afinidade
a determinados substratos.
* Modulagao covalente: Adição de grupos por ligagao covalente.
Fosforilagéo, Metilagao...
ZIMOGENIOS
* Enzimas sintetizadas na forma de precursores inativos possuem
extensdes N-terminais na cadeia que são clivados em resposta a algum
evento, tornando a enzima ativa.
Nunca em estrutura quarternaria
* A ativagdo é irreversivel e existem proteinas inibidoras responsaves
por frear o processo, até que sejam degradadas por proteossomas.
* Carboxipeptidases e Aminopeptidases são EXOPEPTIDASES, que
atuam sempre nas porções terminais dos peptideos, a fim de quebré-los
em aminoéacidos no intestino.
* Pepsinogénio possui uma extengao de 44 aminoacidos, que se dobra
em pH < 4 e se autocliva, tornando-se pepsina.
Pepsina atua em aminodcidos ácidos. Possui sitio ativo composto por 2
residuos de aspartato.

* Inibigdo competitiva altera Km, mas ndo a Vm.

* Inibigdo ndo competitiva altera Vm, mas ndo Km.
Km indica a quantidade de substrato necessério para a velocidade da
reação ser a metade da velocidade máxima. Quanto menor o Km, maior
é a afinidade
 Proteínas Patogênicas

Hemoglobinas
* 4 globinas unidas por ligagdes não covalentes. Cada globina pode ser de
um tipo diferente. No bolsão do heme se acomoda o gupamento heme, que
possui ferro necessario para carregar uma molécula de 02. As globinas
podem ser diferentes (muito parecidas por ter um ancestral comum) e
geralmente estdo em pares. HbA1 (2 alfa e 2 beta) HbA2 (2 alfa e 2 delta).
* Ferro do grupamento heme se liga de um lado a um residuo de histidina
PROXIMAL, e do outro se liga a uma molécula de 02.
Estrutura é de 8 alfa-hélices conectadas por algas. Nessa conformacao, 7
desses segmentos delimitam uma fenda, aonde se localiza o heme.
Histidina PROXIMAL F8 é o aminoacido que se liga covalentemente ao
heme.
* Globinas possuem cerca de 30 aminoacidos sempre idénticos em todas
elas, ao passo que a estrutura é a mesma. Dessa forma, poucos
aminoacidos participam da estrutura espacial da familia das globinas.
Dessa maneira, como eles são sempre idénticos, indica que ao longo da
evolucdo das proteinas esses residuos nao toleram alterações.
* Mioglobina (armazenamento de 02 nas fibras esqueléticas vermelhas) é
formada por apenas uma globina e ndo possui os mecanismos de
regulação como a hemoglobina, resultando em uma afinidade
naturalmente muito maior pelo 02, o que é importante para sua fungao de
armazenamento.
No bolsão do heme, é provavel que existam aminoacidos positivos e
neutros pois o heme apresenta uma porção polar negativa e uma porção
apolar
Hemoglobina possui alteragdes na sua estrutura na sua forma oxigenada
ou desoxigenada. Esse mecanismo de alteração de estrutura é importante
para a regulagao de sua afinidade.
* Curva de saturagao da hemoglobina é sigmoide, ao contrario do da
mioglobina, que é hiperbdlico. Essa curva é resultante da afinidade variavel
da hemoglobina por conta do efeito bohr e efeito BPG. Além disso, a
cooperatividade influencia no aumento da afinidade em baixas pressoes.
Cooperatividade ocorre pois uma molécula de Hb oxigenada ajuda a
estabilizar esse estado oxigenado. A

AToLAR .
APoLAR HelixF
me=m
c
<
 u,b 1T Pandeme

Varias alças se movem

Cavidade central diminue

Estado T da hemoglobina significa estado DESOXIGENADO, enquanto

estado R significa estado OXIGENADO. A

Efeito Bohr: Afinidade da Hb diminui com a diminuição do pH, pois o aspartato

tende a ficar em sua forma nédo-ionizada, perdendo pontes de hidrogénio. Nos
tecidos, o pH é mais baixo e, por isso, a HbO2 libera 02 e vira HbH+. No
pulmao, o pH é mais alto, pela constante liberagao de CO2, favorecendo a
captura do 02 pela Hb. O CO2 alto nos tecidos é um dos fatores do aumento
de pH, pois ele é transportado em sua maioria na forma de bicarbonato, que é
conjugado com H+. Pode ser transportado na porção N-terminal da
hemoglobina, formando carbamino-hemoglobina. A

Eritrócito no capilar
ÁP omem E—N p maa
catabólicas)
A importância
'
t. d da anidrase
d carbônica
b
woa MNA Hzàl;f““ \ se da pois com a mudancga de pH do
Ul RR meio dos tecidos dos pulmões, a
V%HCO, +HHb+O; / .. : " " =
a7\ e hemoglobina "sente" a alteração no
= fiU/ a equilíbrio muito mais rápido, pois
D R ocorre uma maior eficiência na
/ Horco —X > . " ,
m/ == movimentagao de prétons
| H:COs \

\or ]‘r' H: | " eritrócitonocapiar

VI
S '(Á;Hco; HHSt;/, En
HCos —— o (Doarinspirado)

Efeito BPG: Diminui a afinidade da Hb com 02 por alterar a conformação

quando se liga no meio da hemoglobina. Curva sem BPG quase não tem
sigmoide. BPG é 0 2,3 - bifosfoglicerato, resultante da mutase do 1,3 -
bifosfoglicerato proveniente da glicdlise. A enzima mutase é presente só em
hemacias e é indutivel por fatores de transcricdo. Essa enzima geralmente é
induzida em pessoas que moram em altas altitudes para aumentar a
quantidade de oxigénio efetiva que vai para os tecidos.
Mas se o BPG diminui a afinidade, como ele é responsavel por aumentar o
 oxigênio que é liberado nos tecidos? Isso ocorre pois ao mesmo tempo em
que o BPG diminui a quantidade de oxigênio capturado pelo sangue nos
pulmões, ele diminui mais ainda a quantidade que o sangue segura nos
tecidos, resultando em uma liberação maior.
BPG é formado por dois fosfatos, portanto possuindo carga negativa. Se
algum aminoácido de carga positiva estiver apontado para o centro da
hemoglobina (das 4 globinas) ele vai aumentar a afinidade por BPG e, por
consequência, diminuir a afinidade por 02.
No geral, a função do efeito Bohr é garantir o transporte dos tecidos,
enquanto o efeito BPG é para regular a quantidade de 02 que chega aos
tecidos, de acordo com a quantidade que chega aos pulmões.
Outra alteração fisiológica se trata do aumento do número de hemácias, no
entato esse processo é mais lento, apesar de mais efetivo. A
poz in pozin Arterial
po;in lungs lungs Venous —pozat
tissues (4,500m) — (sealevel)
+ v

0 8 12 40 60
po, (kPa) PO (torr)

* Hb fetal é composta de duas cadeias alfa e duas cadeias gamas. Durante a

vida embrionaria/fetal, diferentes genes são expressos sucessivamente. A

| Hb embrionarias
% Total Hemeglebin

Hb Gower 1
Hb Gower 2
Hb Portiand

Hb Fetal a
Hbadulto a.f,

O gráfico mostra a sucessão de diferentes hemoglobinas e a sua composição em cadeias

globinicas presentes no embrião, feto (após a 12a. semana) e no adulto. Após o nasci-
mento, com a repressão da síntese da cadeia y e aumento da sintese da cadeia 3, ocorre
atroca da HbF pela HbA, que se completa entre o 3° e 4º mês de vida. Nessa fase são
muito importantes os*banhos'de
liz” dados na criança, pois estes auxiliam naldegradação,
dederivados
tóxicos do heme, formados nadestruigao
das hemácias fetais.

Inibição da expressão da globina gama, e aumento da expressão da

globina beta, caracterizando uma troca de HbF para HbA.

Lisina da cadeia beta é substituída por serina na cadeia gama. A lisina é

uma molécula positiva, que possui afinidade com BPG. Portanto, diminui
 afinidade com BPG e, nos mesmos niveis de pO2, apresenta mais
saturação de O2
* HbF tem muito mais afinidade pelo 02 (por ter menor afinidade com
BPG) do que a HbA, por isso 02 vai para o HbF na placenta. A

pO2 (torr)

A curva sigmoide da hemoglobina é consequéncia da

cooperatividade existente em suas globinas, na qual
uma estar oxigenada favorece o encaixe de moléculas
de 02 no grupo heme das outras. Também ocorre por
consequéncia dos mecanismos regulatérios (efeito
Bohr e efeito BPG)

* Hemoglobinopatias: Mutagdes na hemoglobina. 50% na cadeia beta e 25% na

cadeia alfa.
1) Hemoglobinas M: Substitui¢gdes nas histidinas que permitem a oxidacéo do
ferro da forma ferrosa (Fe+2) para a forma ferrica (Fe+3). A ligação covalente
da histidina promove um efeito protetivo quanto a oxidagao.
0 ambiente oxida espontaneamente o ferro das hemoglobinas, tornando-as em
metahemoglobina (incapaz de transporte) no entanto o organismo possui
Meta-Hb redutase, que pode reverter essa situação com agentes redutores
como vitamina C. No caso da hemoglobina M, a falta da ligação covalente da
histidina impede a possibilidade de redugao. O acúmulo de meta Hb é téxico
pois pode levar a acimulos de corpusculos de Heinz nas hemaceas.

2) Hemoglobina S (HbS): Ocorre substituigdo de um residuo de glutamato por

um residuo de valina. O efeito hidrofébico gerado promove o dobramento das
hemadcias, por aproximar essa valina de residuos de fenilalanina e leucina de
outra molécula. Essa interagdo promove a aglomeragao das hemoglobinas em
fibrilas. A interagdo ocorre entre cadeias beta.
* 0 maior problema do dobramento não são alteragdes na afinidade da
molecula de Hb pelo 02 (nem no efeito Bohr, BPG ou cooperatividade), mas
sim que as hemácias dobradas são mal-reconhecidas pelo baço e são
quebradas com mais seletividade, resultando em quadro anêmico.
* Qutro ponto a se considerar é que o dobramento só ocorre em Hb
desoxigenadas, pois o oxigênio afasta os residuos. Portanto, um aumento
normal de pO2 resulta no desdobramento.
Resisténcia à Malária: O Plasmodium Sp., quando infecta uma hemacia,
promove uma leve diminuigao do pH. Essa diminuigdo do pH gera uma maior
desoxigenacgao das Hb, que, em caso de HbS, gera um dobramento. Assim, o
bago vai acabar quebrando a maior parte das hemácias infectadas, pois a
tendéncia é que a maior parte das hemacias dobradas estardo infectadas. A

ABS

3) Hemoglobina Porto Alegre:

Substituicdo de uma serina por
uma cisteina. Em ambiente
oxidante, essas cisteinas
podem formar pontes
dissulfetos e gerar tetrameros
de Hb. Essa polimerização
Tetramero de HbPA
ocorre mais em sangue
armazenado, pela perda do PASSPAGEYER)
poder redutor (ndo pode doar 00
sangue). $ $
;
PA
i
PA

@® EX
— YB N PASSPAR Yoo
 AAAA A

Doengas Conformacionais:
* Afetam a fungao de proteinas através do dobramento e ndo por mutações
na sequéncia primaria.
Prions: Proteinas que agem como agentes infecciosos. Causam
encefalopatias esponiformes transmissiveis. Scrapie, nas ovelhas e doenga
da vaca louca. O contato com essas proteinas alteradas é contagioso.
Afetam prioritariamente tecido nervoso. Sintomas são deméncia, paralisia,
placas amildides e vacuolização dos tecidos do cérebro.
Dificil diagndstico (sintomas caracteristicos aparecem em estagios
avancados) e ndo existe tratamento que atrase a neurodegeneragao.
* Ocorre o mal dobramento da proteina PrPc (alfa-hélices) em proteinas
PrPsc (folhas beta).
* Proteinas PrPc se encontram na membrana neuronal com uma ancora de
glicosifosfoinositol (GPi), com fungdes de defesa contra o estresse
oxidativo, metabolismo do Cu+2 e sinalizagao celular.
* Proteinas PrPsc possuem a mesma sequéncia primaria, no entanto em
sua estrutura secundaria prevalecem folhas beta e ela se agrega no sistema
endossomo-lisossomo. Sendo insollveis e neurotéxicos.
Camundongos knockout (sem o gene da PrPc) provaram-se imunes á
infeccgao.
* A doenga pridnica e outras doencas amiloides sdo prevalentes em mais
velhos por dois motivos: As chaperonas vao perdendo a função e vão
deixando passar cada vez mais proteinas mal-dobradas; a degradação por
ubiquitina-proteossomas também perde sua fungdo com o tempo, não
conseguindo lidar com a proteinas mal-dobradas e favorecendo seu
acumulo.
Degradagao proteolitica é dificultada pela sequéncia primdria idéntica
* A descoberta dos prions quebrou paradigmas:
1) A conformagdo nativa não é necessariamente a mais energeticamente
favoravel, alguma determinada energia pode direcionar o dobramento para
uma posicao mais estdvel ainda. 4
(b) PrP%

Prpc
Sy * PrPeprpSe
& M= MRy
PreScprpSe iZ
Doença de Alzheimer: Acúmulos de placas amiloides. Ocorre pela
clivagem anormal de uma proteína de membrana gera beta-amiloides, que
promove o acúmulo de placas insolúveis nos neurônios. Mal dobramento
da proteína TAU também gera fibrilas insolúveis. 4

TABLE | Common neurodegenerative discases characterized by deposition of aggregated proteins

Discase Microscopic lesion Location Aggregated protein
Alzhcimer's discase Amyloid plaque Extracellular Amyloid-B (AB)
Neurofibrillary tangle Intracytoplasmic (neurons) Tau
Lewy bodies (seen in Intracyroplasmic (neurons) a-synuclein
Lewy body variant)
Amyotrophic lateral Hyaline inclusions Intracytoplasmic (neurons) Superoxide dismutase-1 (SOD1)
sclerosis
Cortical basal Tau positive inclusions Intracytoplasmic (neurons, Tau
degeneration/ oligodend
progressive
supranuclear palsy
Dementia with Lewy Lewy bodies Intracytoplasmic (neurons) a-synuclein
bodies
Huntington discase Neuronal inclusions Intranuclear (neurons) Huntington (containing
polyglutamine repeat expansion)
Multiple system Glial cytoplasmic Intracytoplasmic (oligodendroglia) -synuclein
atrophy inclusions
Parkinson’s disease Lewy bodies Intracytoplasmic (neurons) a-synuclein
Pick’s disease Pick bodies Intracytoplasmic (neurons) Tau
Prion discases Prion plaques Extracellular Protease-resistant prion protein
(PrP)
Spinocercbellar ataxia Neuronal inclusions Intranuclear (neurons) Ataxi ntaining polyglutamine
repeat expansion)

Evolugéo das Proteinas

* Visualização da estrutura espacial das proteínas e noção de que proteínas
novas se originam de proteínas já existentes.
* Foi percebido que a estrutura primária de algumas proteínas são
extremamente parecidas umas com as outras, variando em poucos
aminoácidos. Dessa maneira, da mesma forma que espécies evoluem de
um ancestral comum, as proteínas devem seguir essa linha de raciocínio.

Citocromo C: Presente na membrana interna da mitocôndria, e associando

ao complexo IV da cadeia respiratória. No centro do citocromo C existe um
grupamento heme. Proteínas são geralmente incolores por não interagirem
com comprimento de luz visível, porém o citocromo C interage com essa
faixa, provavelmente pela quantidade de ressonância.

Human, chimpanzee
Rhesus monkey
 Screwwormfly
‘Drosophila fruitfly)
Baker's yeast
Candida krusei (a yeast)
crassa (a mold)

Number of different amino acids TIH851341432101111424123214112181322123133

“The amino acid side chains have been shaded according to their polarity characteristics 50 that an invariant or
conservatively substituted residue is identified by a vertical band of a single color. The letter a at the beginning of the chain

G1331280 1204327 1745235411301 111111111308122169217223322264484

Hydrophilic, acidic: [B] Asp €] Glu
Hydrophilic, basic: [)ms [)ts [N Arg [X] Trimethyllys
Polar,uncharged: [] Asnorasp [G]Gly ] Asn @] Gin
E Em Em W1y [# Ginorciu
Hydrophobic: Mlam [Elcys [Flphe [Mue [L]Leu
(M|met [B]Pro (W] val
Table 5-5 part 2 Fundamentals of Biochemistry, 2/e

Observar a semelhanga entre os grupos de aminodcidos e as regides

da sequéncia priméria. Essas caracteristicas ilustram a semelhanga
estrutural que sera visualizada na proteina

* Mutações no gene de uma proteina que acarretam em alteragdes de

aminodcidos que nao prejudiquema fungdo de uma proteina, tanto por
grupo quanto por tamanho, são mutações conservativas e podem ser
levadas adiante. Por outro lado, se eventualmente ocorrerem alteragdes na
estrutura, se caracterizam por mutagdes deletérias. A
/100 sites

Fibrinopeptides
Bo
 Number of amino acid changes
Hemoglobin

Cytochrome c

" T CANEGADA TARD

Histone H4 NEGA T\VAME NTE
0 L bt 1
0 200 400 600 800 1000 1200 1400
Millions of years since divergence
Figure 524 Fundamental
( 3006 John Wiey & Sons
of Biochemistry, o TAXA Dt HUTAÇÃO

Quanto maior o ângulo da linha com o eixo x, maior a taxa de

mutações. Histonas, responsáveis por condensar a cromatina,
possuem sua estrutura quase intacta, sem brecha para mutações,
provavelmente por ser uma estrutura delicada. Fibrinopeptídeos
são os peptídeos que são cortados na transição de zimogênio
para forma ativa da fibrina, portanto tolera muitas mutações.

Mecanismos de Evolução:
* Células tém mecanismos genéticos que permitem aos genes serem
duplicados e modificados por mutações ao longo da evolução. Se uma
mutação gera uma proteína com funções importantes, a sua estrutura
básica tende a ser incorporada a outras proteínas. Famílias de proteínas
evoluíram de um único gene ancestral comum que se duplicou ao longo
da evolução para originar outros genes, apresentando proteínas
relacionadas com outras funções.
Na estrutura do citocromo C, 9 glicinas estão constantemente a redor do
grupamento heme, provavelmente por conta de espaço. 4
COMO ACONTECEM AS MUTAÇÕES E DUPLICAÇÕES GÊNICAS ?

Gene 1 oM Qu º
=
Fenstica 1 MUTAÇOES 7ONTUAIS — Function 3
0 (D Gene duplication e & ot
, a superfluous copy :
6F NiCh 7EaDA DO estrutura
(S (il B ENE OMO MGiIAL relacionad:
relacionada

Function 1 Function 1

(@ Mutations in gene 1 copy give rise

: to gene 2. Gene 2 encodes a protein
UMTER with a new, different function.

Gene 1 Gene 2
—— o
Function 1 Function 2
Função diferente
e estrutura
relacionada
 * Serino proteases da digestao e coagulagao tambem apresentam
estruturas semelhantes. Além disso, a triade catalitica sempre se
mantém nas mesmas posigoes

quimotripsinogénio — « elastase

Outro
exemplo
de
duplicação
gênica

I'rypsin Chymotrypsin

Thrombin

* Dominios são porgdes da proteina priméaria dobrada independentemente,

mantendo a estrutura ligada para o exercicio das funções. Ocorre geralmente
em polipeptideos com mais de 200 aminoacidos. Não se trata de uma
estrutura quarternaria, pois é apenas uma cadeia polipeptidica. Genes de um
dominio proteico podem variar, enquanto outro dominio de uma mesma
proteina pode continuar do mesmo jeito.
4
Gene 1 Gene 1 Gene 1 copy

I
Function 1 Duplicagao
A Function 1 Function 1
génica
 Gene 1 Gene 2

Function 1 Function 2

A duplicagao génica gera / \

proteinas com fungdes
diferentes, mas mantém muitos
dominios estruturais que
SRRV SSEAEG domain X domain A domainX domain 8
ancestral.

Surgimento dos
dominios conservados ,
em um familia de
proteinas

CLWADD
o T GLUTAHATO

Pvmummhum-l_ t LiGan Co*

Fadorvm YRRl
Y Ainda outro exemplo ...

Factor IX A maioria das

oc enzimas da
Fadors Fador X coagulação são
serino-proteases e
Factor XI cada uma possui
ranvor uma função
Factor XII específica no
E processo de
L Prekalikrein RZx — coagulação.

.FGEN R ecrouman Provavelmente todas foram

l PN Bin originadas a partir de um
* ANTA ancestral comum, pois
M sc apresentam domínios
estruturais conservados
engeDaman em suas estruturas

PoOLP ALimeENTAR — PEPSIN0GEW0

(ATUA EM AMINOACITOS
PEPSINA Acioos)
á
ESTOMAGO nel
CLIWWA GEW DE

FROT EM TGEPTIDEOS HAIONES

QUINOTRIPSoGE .& TANCREAS
QUIHO '£W1/Tn-?6-loa2u«q
+ Heo, o
PS
M Eufl\o?a?'r DASE

CLVAGEM
em ,E?TIDI-OS Cuv. EM AA,

* AMINGÁCIDOS

AR
|PEP AMINOPEP.
 Cascatas

* Cascatas de enzimas proteolíticas são um grupo de proteases que são

sintetizadas na forma de zimogênios. Então, cada protease cortará a
extensão da enzima seguinte, ativando-a. Esse mecanismo tem como
vantagem o controle e a rapidez de aumentar rapidamente a concentração
de enzimas.

Na coagulação...

LESÃO TECIDUAL

Y Ca DaDa
Sinal miciador DaDaDa
Ba CaCa DaDaDaDa
Ba Ca ga ga aBa BaBa
A7 Pi
XAa B) Ba m) Cacaca m) papapaca
aDaDaDa a

? CaCa
Ca
DaDa DaDa
DaDaDaDa
DaDaDa
DaDa
Fator Vila Fator Va Trombina Fibrinogénio

0,5 mg/L 20 mg/L 150 mg/L 3000 mg/L

e
—————

* Alguns processos são a diferenciag@o dorso-ventral, coagulagao,

apoptose, etc
* Hemostasia: Controle da fluidez do sangue ao mesmo tempo que evita
extravazamento. Equilibrio
Disturbios na hemostasia podem gerar ou trombose (ativação excessiva
desregulada dos fatores) ou hemorragias (falta de fatores ou erro na
ativação dos fatores).

Etapas da coagulagao.
10: Vasoconstrigao local: 3-10s
20: Agregacgao plaquetaria
30: Codgulo de fibrina.

Coagulacéo Sanguinea
* Fatos importantes a serem levados em consideragao:
1) O fator X é o grande responsavel por ativar a protrombina em trombina
2) Trombina ativa o fibrinogénio em fibrina, responsavel por formar a rede
de fibrina.
3) Existem duas vias: a intrínseca, na qual todos os componentes estão
presentes no sangue, e a via extrínseca, na qual é necessário contato com
fatores teciduais lesionados.
4) Eventos da Cascata podem ser divididos no período de iniciação,
amplificação e proliferação.
4

ke mm Modelo Clássico da coagulação e fibrinólise —

lum/\m Ratnoff & Macfarlane, 1964

// FiXa + Villa + Ca*?

Fatorxm | oxXMa Complexo TENASE
oo w (ativa Fator X)
FatorX1 62”() Xla 2

FatorDx Ca”, P Da vita T, RL FatorVIZ

7 o — Fator Il
Fetor VIl : k FXa + Va + Ca*?
FatorX Ca”” pl Xa ‘T’mL FatorX Complexo
m a b PROTROMBINASE
E= E
(ativa PROTROMBINA)
Protrombina C3**, pl Trombina

D o b
Plasminogénio * Plasmina
R

INICIAÇÃO — o

FaT
i ’CI)’:C.OUAL \¥> C}\( A Y
PAROTRONBINA
G
XA ml/ l » R
V
Tronbuih

ExtAaNSECO QUE CumMiNA NUNA FonMAÇÃO INICIAL

- 790CHSSO
De TAIONBINA
T RE
pra ms" . Hemostasia Hemostasia

AuPLFICAÇÃO
Ccoraçexo Uha NT NSEU:)
_ TRoMBiNA AJUDA YA ADESÃO 1

AGAEGADO DE PLAQUETAS QUE TAAZEN F

— T3%oHBIWNA ATIVA
Y & Wl = Sho ATWADOS FELA TRONEINA
% FASE DE PHEPA AA C AO PARA FROPAGCAÇÃO

FL AQUETA_S + CoLNGEXO

NVA & Q_º

Vul )k\ ARSI

w
 ATWA

Hemostasia Hemostasia

() ()

o o
o 2 @

: é
TroLIFE
RA CAO
— Foauação DOS COMPLEXOS QUE GARANTEM
A AETRO AL, MENTAÇÃO
1) Con?LExo TENASE ÃW +*X roanma X

2) Couprrxo TAOTAOM BiaDE . Xy *La Jonna

HAIS Typo]N)\

X (2)
A .__—,?___\]

Ç—"ª T20OH BiA —> Í

FIBY-IMDGENIO

() EV , \ ]
 \l( FIBAINA

Hemostasia V0 tn Hemostasia

[ró-trombina)
PE
"‘ >
2 @ ” '

M
Hemostasia Hemostasia

o0 O
l ® o0
* Fator XIll é importante para formação do coagulo a partir da rede de
fibrina. Esse codgulo corresponde a rede de plaquetas, fibrina e hemacias
sequestadas.
Fibrinopeptideos é a extensão do fibrinogénio que é cortada durante a sua
ativagao, portanto sendo bastante permissivo quanto a mutagoes.

IMPORTANTE: Alguns fatores possuem residuos de gama-carboxiglutamato,

isto é, um residuo de glutamato carboxilado (2 carboxilas). Esse residuo
pelas duas carboxilas serve para se ligar ao célcio que estd nas membranas
lesadas por se atrair as cargas negativas de fosfolipidios que estariam
apenas na camada interna da membrana plasmatica, mas que foram
expostos pelo dano. Portanto, o célcio é importantissimo para aproximar e
ancorar os fatores. ‘

Muitas proteinas da coagulagao

possuem dominios ricos em
aminoacidos y-carboxiglutamato
(Gla) importantes na ligação com
calcio

Ala Al yo-Ghy-Phe-Leu-Gla-Gla-Vai-Arg- Lye-Giy A en Low Gla- Arg-

Gla-Cye-Leu-Gla-Gla-Pro-Cys-Ser-Arg-Gla-Gla-Ala Phe-Gia-Ala-Lys-Gla-
“Gla domar”

Yom

* Vitamina K é importantíssima na coagulação pois ela é cofator das enzimas

carboxilases que utilizam CO2 do meio para carboxilar os resíduos de
glutamato em resíduos de gama-carboxiglutamato.
* A vitamina K possui as formas reduzida e oxidada, aonde ela precisa estar
na forma reduzida para participar da reação.
Varfarina possui um formato parecido com o da vitamina K e realiza uma
inibição competitiva nas enzimas responsáveis pela desoxigenação e
redução.
Tendo em vista de que se trata de um inibidor competitivo, o aumento da
vitamina K é o "antidoto" desse veneno.

H
tAN ÇAA
Glu residues T Gla residues
in prothrombin \T Bk in prothrombin
COQ| 1
s) 'H 20 HEIO
Co, /
Vn À coFATOR Sq—(
o 0, ~

R vitaminK
2,3-epoxide
 + vitamin K vitamin K )
\ roductasc opox ido
\ reductase /
War'nrinº. \ /
> o ..Qw:darin
U., íl/ I 2 k

ENV R
VENENO
vitamin K quinone DE MATO

Inibição proteica irreversível

* Tendo em vista que a ativação de zimogênio é irreversível, existem
inibidores proteícos irreversíveis para controle.
* Trombina no plasma deve-se ser inativada pela Antitrombina Illl (serpina),
que se liga ao sítio ativo da trombina dependentemente de heparina.
Heparina aproxima antitrombina Il e trombina, potencializando o efeito.

Inibidores proteicos irreverssíveis

ANTITROMBINA |ll

SERPINA
(Inibidor de serino-protease)

Inibidor de trombina presente no plasma

Inibe sitio ativo

Inibição dependente de heparina

* Coagulupatias:
Hemofilia A: Deficiéncia no fator 8
Hemofilia B: Deficiéncia no fator 9
Hemofilia C: Deficiéncia no fator 11

Cascata Apopdtica 4
* Processo de morte celular programada necessário para controle e manutenção
tecidual. Ocorre na forma de cascata.
* Ocorre durante o desenvolvimento embrionário/fetal.
* Processo:
1) Convoluções da membrana plasmática
2) Vacuolização do citoplasma e preservação das organelas.
3) Condensação da cromatina
4) Fragmentação nuclear
5) Degradação do DNA.

C.Elegans Á4

C. elegans me

Genótipo Fenótipo

Viável? Morte celular programada

Selvagem Sim Normal
ced-9 (pf) Não Excessiva
ced-4 (pf) Sim Reduzida
ced-3 (pf) Sim Reduzida
egl-1 (pf) Sim Reduzida
ced-4 (pf): ced-9 (pf) Sim Reduzida
ced-9 (pf): ced-3 (pf) Sim Reduzida
ced-9 (pf): egl-1 (pf) Nio Excessiva

egl-l —H ced-9%—— ced4/ced-3 — morte

INBIDOR
DA AOPTOSE

* Num estudo com verme nematoideo C. Elegans, foi percebido que a falta
do gene ced-9, ao contrário dos genes egl-1, ced-3 e ced-4, aumenta a
apoptose.
* Quando dois genes eram retirados, se tornava possivel ver quais eram
possiveis reguladores de quem, tendo em vista que se a manifestação de
um se prevalecer, significa que esse tera um impacto mais direto na
cascata, sendo o outro um possivel regulador. A

C. elegans

Step 1 Step 2
 i
Upstream signals EGL-1

o
P Inactive
CED-3
Active
CED-3
\]\
CASPADR

(Metzstein et al, 1998. Trends Genet. 14:410)

CEDO- Lioao Ao CED Y,

INi
% D0 BiTin ATNO GsTEINO
PROTEASES

* Caspases: São cisteino-proteases triade catalitica (Cys-His-Asp) com sitio

de ligagao apropriado para o ASPARTATO (D). As diferentes variagdes do
aspartato buscam diferentes sequéncias de residuos de aminoacidos, mas
sempre com aspartato na porção N-terminal. Sintetizada na forma de
zimogénios (procaspases), na qual o prodominio sofre clivagem e residuos
de aspartato.
* Caspases 2,8,9,10 são iniciadoras, caspases 3,6,7 sdo executoras.

Caspases executoras tem como alvo iCAD, um inibidor da CAD (DNAse), as

caspases ativam a proteina Acinus que condensam a cromatina e
degradam citoesqueleto e laminina nuclear. Hidrélise de PARP impede
reparo de DNA.

BCL-2: Pro-sobrevivéncia
APAF-1: Pré-apoptose

Vias de apoptose em mamiferos:

1) Intrinseca (todas as células com mitocondria): BCL-2 inibe o o APAF-1,
que ativaria a caspase 9 (iniciadora da apoptose), que ativaria as caspases
3,6,7 (executoras). A mitocondria liberaria citocromos C, que auxiliariam a
APAF-1 a ativar a caspase 9. BCL-2 é uma proteina de membrana integral,
enquanto o citocromo C nao.
2) Extrinseca (Células com receptores): Receptor de membrana, como o
TNF se trimeriza (em procaspases 8) e, quando clivado, liberam caspases 8
que ativam as caspases 3,6,7
Proteinas perforinas em complexo com GranB (serino protease), também
ativam apoptose.
Via extrineeca atiia na via intrineeca nor ativacao dos RID 4
 CITOLIVAS
SERND
PROTEASE
v Ligante
Vias extrínsecas
” EXTAINSECA Fois
X 00 AECEPTOL
S0 En ALGUNS
Ti%os DE CÉLLA PT

InTAlNSECAS 2 MITOCÊNOA

Via intrínseca

" (erTc ¥ NAT)

CTOCNONO C — NÃO Cou?LEXD
L INTEGWAL DE 10 1'579*5‘ — = c 19715E D
RANA
em 6 COVALENTE)
(NAQ FAZ L