Travail de chimie pharmaceutique

Médicaments injectables à
administration espacées partie III :
Modification des acides
nucléiques

Encadré Par :
Pr Didier Lambert.
Réalisé Par :
Abdelhak Hachemi BENAOUM Pr Séverine Ravez.
NOMA N° : 0197-23-00
Année universitaire :
2023-2024.
 I. Introduction :
La thérapie génique, une discipline novatrice au croisement de la génétique et de la médecine,
représente une approche révolutionnaire visant à traiter, voire guérir, des maladies en agissant directement
sur le patrimoine génétique d'un individu. Fondamentalement, cette stratégie médicale consiste à introduire,
modifier ou remplacer des gènes spécifiques, ou agir sur la traduction, la transcription génétique et la synthèse
des protéines, dans les cellules d'un organisme, pour corriger des anomalies génétiques responsables de
diverses pathologies.

Depuis ses débuts, la thérapie génique a évolué de manière significative, passant de concepts théoriques
à des applications cliniques tangibles. Cependant, les médicaments natifs à base d'acides nucléiques tels que
les oligonucléotides antisens (ASO), siRNA, miARN, ARNsa, aptamère, etc., présentent des défis tels que la
mauvaise stabilité, la dégradation rapide, la clairance rénale, l'immunogénicité et la faible absorption cellulaire.

Une optimisation par synthèse chimique des structures des médicaments, y compris des modifications
de l'épine dorsale et du sucre vise à surmonter ces difficultés. Plus de dix médicaments à base d'acides
nucléiques ont été approuvés, avec des produits récents comme Givlaari® et Oxlumo® développés par Alnylam
Pharmaceuticals montrant un effet à long terme remarquable. Actuellement, de nombreux médicaments à
base d'ARNsi développés par la même société sont en phase d'essais cliniques, notamment l'Inclisiran pour le
traitement de l'hypercholestérolémie, promettant une réduction significative du taux de LDL-C avec seulement
deux injections annuelles. Des études récentes ont souligné l'importance de la stabilité à long terme des siARN
modifiés dans les compartiments intracellulaires acides pour assurer une activité d'interférence de l'ARN à long
terme, permettant ainsi une évasion durable et une activité continue dans le cytoplasme après l'administration.

II. Chimie des acides nucléiques :

Les acides nucléiques non modifiés présentent des limitations pharmacocinétiques, ils sont sujet à une
dégradation rapide par les nucléases. Des améliorations significatives sont obtenues en introduisant des
modifications chimiques au niveau de l'une ou plusieurs des entités nucléotidiques suivantes : la base azotée
hétérocyclique, la fraction sucre, la liaison phosphodiester et/ou le squelette (sucre et phosphodiester).

Les modifications les plus pertinentes sur le plan clinique sont exposées dans ce travail. Bien que la
majorité d'entre elles aient été initialement étudiées dans le contexte des oligonucléotides antisens (ONA), le
concept général demeure tout aussi applicable à d'autres thérapies basées sur les acides nucléiques. 5
Affinité de liaison et spécificité
 5-methyl
 5-proponyl
7  5-thio
5 1
 2,6 diaminopurine
9 3

Stabilité au nucléase et
pharmacocinétique
 2’-O-Me
5 1
 2’-O-MOE

Stabilité au nucléase et affinité de liaison

4’ 1’  2’-O-Me
 2’-O-MOE
 2-F
2’  LNA
 Tc-DNA
 cEt-BNA

Figure 1 : Un dinucléotide à ARN est représenté avec des modifications de liaison de base, de sucre et
inter-nucléotidiques.
 a. Modification de la base azotée :

L’objectif est d’améliorer l’affinité de liaison de la cible tout en maintenant l’appariement des bases et la
conformation inchangée de la double hélice. C’est le cas pour les ONA qui se traduisent par une structure
double brin qui forme des paires de bases Watson-Crick avec des liaisons hydrogène entre l’ON et sa cible.

Plusieurs modifications sur les bases azotées ont été rapportées, la position 5 des pyrimidines (C, U et T)
étant l’un des sites de substitution les plus étudiés (11). Un exemple largement utilisé dans les ON ciblant l’ARN
est l’introduction d’un groupe méthyle dans la cytosine, qui améliore la stabilité thermique duplex (figure 1).

Cette amélioration de la propriété a été attribuée à l’empilement du groupe méthyle entre les bases
azotés dans le sillon principal. Il est intéressant de noter que cela est également valable pour les brins guides
d’ARN modifiés dans l’ARN interférent court (siRNA) et pour les ON ciblant l’ADN double brin (ADNdb). Le
groupe 5-propynyle est un autre groupe chimique (figure 2), qui améliore la stabilité duplex ; cependant, il
réduit l’activité de l’ARNsi, probablement en raison de l’obstruction stérique du complexe de silençage induit
par l’ARN (RISC) causée par ce groupe alkyle volumineux (12). Une justification acceptée dans la conception de
l’ARNi est que les nucléotides modifiés fonctionnent différemment dans les brins guide et passager. De plus, la
position et la nature chimique des nucléotides altérés peuvent affecter l’activité de silençage génique, ce qui
rend plus difficile une conception complète des brins d’ARN. Plusieurs éléments au-delà de la stabilité
thermique duplex doivent être pris en compte (11).

Figure 2 : exemples de modifications chimiques sur des bases azotées.

b. Modifications du sucre

Les modifications chimiques de la fraction sucre furanose, le désoxyribose dans l’ADN et le ribose dans
l’ARN, ont été largement examinées pour améliorer l’affinité de liaison, réduire la susceptibilité au clivage de la
nucléase et moduler l’activité. Il est bien connu qu’un duplex ARN/ARN est plus stable que le duplex ADN/ADN
correspondant. En effet, la position 2′ du sucre ribose dans l’ARN a un groupe de retrait d’électrons, ce qui se
traduit par un plissement du sucre C3′-endo avec une conformation nord favorable à la formation duplex.
Suivant ce principe, plusieurs modifications de sucre dans les ONA ont été développées pour obtenir une
structure de type ARN en se concentrant sur les substitutions en position 2′. 2′-O-méthyl (2′-O-Me) (Graphiques
2 et 3) est une modification naturelle et reste l’une des plus appliquées dans plusieurs stratégies, y compris
dans l’antisens et les aptamères(16, 17)

Une modification supplémentaire du 2′-O du ribose, le 2′-O-méthoxyéthyle (2′-O-MOE), est largement

utilisée dans les ON pour améliorer l’affinité de liaison à l’ARN et la résistance aux nucléases (19). Le 2′-O-MOE
augmente également la stabilité thermique et nucléase dans l’ARNi ; cependant, la présence du groupe
volumineux dans le brin guide réduit l’activité (15). L’incorporation d’une modification de l’ARN 2′-fluoré (ARN-
F 2′) augmente également l’affinité de liaison pour les séquences d’ARN cibles (20). D’autres études sur les
propriétés biophysiques de l’ARN2′-F ont révélé que l’augmentation de l’affinité d’appariement Watson-Crick
est principalement basée sur l’augmentation de l’enthalpie plutôt qu’uniquement sur le réarrangement de
conformation (21). L’ARN2′-F est bien toléré dans les deux brins d’ARNsi, en raison de la petite taille de l’atome
de fluor, et confère la stabilité de la nucléase (22).

Pour restreindre davantage la conformation du sucre C3′-endo et du sucre, l’acide nucléique verrouillé
(LNA) a été développé, où un pont de méthylène relie la position 2′-O à la position C4′ (23, 24). L’ARN présente
des propriétés remarquables de stabilisation duplex et a été appliqué avec succès dans les siARN, les gapmers
ONA, et en particulier dans les ON antimicroARN où des séquences courtes sont fréquemment utilisées ( 25).
Les ON à base d’ONs à base de LNA ont d’autres propriétés intéressantes, telles que la capacité d’améliorer la
liaison à l’ADNdb formant à la fois des structures duplex et triplex (26). De nombreux analogues de l’ARN, ou
acides nucléiques pontés (BNA), avec une conformation contrainte sont à l’étude pour leur capacité à améliorer
les performances de l’ON (examinés dans 15), comme le N-MeO-amino BNA (27) et l’éthyle (cEt)-BNA 2′,4′-
contraint (28). Contrairement aux analogues de sucre contraints, l’acide nucléique débloqué, qui n’a pas de
liaison covalente entre C2′ et C3′, a été utilisé pour fournir une flexibilité de conformation dans les ON. Cela
peut s’avérer important pour améliorer les interactions protéine-acide nucléique, p. ex., augmentation du
clivage de l’ARN médié par la ribonucléase H (RNase H) (29), réduction des événements hors cible dans les
siRNA (30), ou une affinité de liaison plus élevée dans les aptamères (31).

Les analogues de l’ADN bicyclo et tricyclo (ADN-tc) représentent une autre classe d’acides nucléiques
retenus conformationnellement. L’ADN-tc a trois atomes de carbone supplémentaires entre C5′ et C3′ qui
améliorent la liaison de l’ON à l’ARN cible. L’ADN-tc a montré un potentiel thérapeutique antisens chez la souris
dans le foie et d’autres tissus, tels que les reins et le cœur (32–35).

Figure 3 Exemples de modifications sur le sucre. Abréviation B : base azotée.

 c. Modifications de la tringlerie Phosphodiester

Le squelette phosphodiester est rapidement clivé par les endo/exonucléases dans le sérum et dans les
cellules (5, 36–38). De nombreuses tentatives ont été faites pour surmonter ce problème, tout en maintenant
une bonne affinité pour l’ARN, ce qui a entraîné une pléthore de modifications chimiques de la liaison inter-
nucléotidique. Les modifications du phosphodiester et du sucre sont fréquemment combinées pour obtenir des
avantages supplémentaires. La première modification du phosphodiester a été rapportée par le
phosphorothioate (PS) dans lequel le soufre remplace l’un des atomes d’oxygène non pontants (Graphique 3).
Les modifications de PS sont faciles à incorporer dans une synthèse d’ON standard, sont compatibles avec le
clivage de l’ARN médié par la RNase H et présentent une résistance significative à la dégradation par les
nucléases (39). Les PS ON ont des propriétés pharmacocinétiques améliorées qui leur permettent de se lier à
l’albumine sérique, comme cela a été démontré pour la première fois pour les insecticides contenant du PS (40)
et aux protéines de liaison à l’héparine (41) et entrer dans les cellules (5, 39). La modification PS est largement
utilisée dans les ONA ; cependant, une certaine toxicité, comme l’activation du complément, a été signalée
(42).

Dans le N3′-phosphoramidate (NP), le 3′-OH est substitué par une amine, ce qui confère une
conformation nord du sucre et donc une affinité de liaison accrue lors de la formation d’un duplex. Les ON
modifiés par NP sont très résistants aux nucléases ; cependant, ils ne sont pas des substrats de la RNase H ( 43).
Le boranophosphate est un autre exemple de modification du phosphodiester couramment utilisée dans l’ARNi
(44).

d.

Figure 4 : modifications du phosphodiester. Abréviation B : base azotée.

Modifications de l’épine dorsale

La liaison phosphodiester est chargée négativement au pH physiologique, ce qui contribue à la solubilité

dans l’eau, à la formation de liaisons hydrogène et aux interactions électrostatiques. D’autre part, le caractère
polyanionique des ON aggrave leur passage à travers la membrane cellulaire. Deux classes différentes de
modifications du squelette non polyanionique ont été développées : l’acide nucléique peptidique (PNA) et
l’oligomère morpholino phosphorodiamidate (PMO) (45). Le PNA et le PMO ont tous deux des squelettes
neutres en charge, ne sont pas dégradés par les nucléases, offrent une affinité de liaison élevée et ne
déclenchent pas la RNase H (Graphique 4). Le PNA a un squelette à base de peptides composé de N-(2-

(a) (a) (c)

aminoéthyl)glycine et se lie aux acides nucléiques avec une affinité supérieure à celle de l’ADN ou de l’ARN.
Malgré sa déviation majeure par rapport à la structure des acides nucléiques, il est toujours capable de former
des structures à double et triple brin grâce à l’appariement de bases Watson-Crick, Hoogsteen ou Hoogsteen
inversé. PNA (46), comme le LNA (47, 48), peut envahir l’ADNdb et former différents complexes PNA :ADN.

Figure 5 : structure chimique des oligomères morpholino phosphoronodiamidate (a); ADN ou ARN (b); acide
III. nucléique peptidique (c). Abréviation B : base azotée.

Exemples de médicaments à ARNi approuvés ou en stade avancé de développement :

Tableau 1 : médicaments à ARNi approuvés ou en stade avancé de développement RNA B IOL. 2022; 19(1): 452–467.

 Le Patirisan (ONPATTRO ®) :

C’est le premier médicament thérapeutique à base d’ARNsi commercialisé sous le nom d’ONPATTRO® par
Alnylam Pharmaceuticals, Approuvé par la FDA le 10 août 2018, il traite la maladie des nerfs
périphériques secondaire à l’amylose héréditaire médiée par la transthyrétine (ATTRh).
Le médicament est composé de deux brins de base 21, avec onze modifications 2′-OMe présentes sur toutes
les pyrimidines dans le brin sens et deux des uridines dans le brin antisens. Tous les autres ribonucléotides ne
sont pas modifiés. Il n’y a aucune modification de l’épine dorsale ; Toutes les liaisons sont des phosphodiesters
non modifiés. 31

Figure 6 : structure du Patirisan.

 Discussion :

En raison de ses modifications chimiques limitées, le Patirisan a montré une faible stabilité, ce qui a poussé les
développeurs de le formuler dans des LNP de deuxième génération, qui contiennent du cholestérol un DSPC
lipidique polaire, un PEG lipidique pégylé2000-C-DMG, et un lipide aminé ionisable DLin-MC3-DMA.

Le cholestérol et le DSPC augmentent la stabilité de la formulation, le PEG 2000-C-DMG augmente la stabilité et le

temps de circulation, et DLin-MC3-DMA facilite la formation, l’absorption et la libération du LNP. Ces grands
LNP ont une forte affinité pour le tissu fenêtré du foie qui représente le tissu cible pour ce médicament, se liant
aux récepteurs ApoE et s’endocytosant dans les hépatocytes, les principaux producteurs de TTR. 31

IV. Conclusion :
En conclusion, l'exploration des différentes modifications chimiques des oligonucléotides pour la synthèse de
médicaments destinés à la thérapie génique ouvre des perspectives passionnantes dans le domaine de la
chimie pharmaceutique. Ces modifications visent à améliorer la stabilité, la spécificité, et l'efficacité des
oligonucléotides en tant qu'outils thérapeutiques.

En manipulant judicieusement la structure moléculaire des oligonucléotides, les chercheurs peuvent surmonter
des défis tels que la dégradation enzymatique, améliorer la délivrance ciblée et optimiser l'interaction avec les
séquences génétiques cibles. Le potentiel de la thérapie génique basée sur ces avancées est immense, offrant
des traitements plus précis et personnalisés pour diverses conditions génétiques. Cependant, il est également
important de relever les défis réglementaires, de sécurité et éthiques associés à cette approche
révolutionnaire. En continuant à perfectionner les modifications chimiques des oligonucléotides, la chimie
pharmaceutique contribue de manière significative à façonner l'avenir des thérapies géniques, ouvrant la voie à
une médecine plus ciblée et individualisée.