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Apuntes de Clase Bioquímica
Apuntes de Clase Bioquímica
INTRODUCCIÓN A LA BIOQUÍMICA
1. Concepto y fines de la Bioquímica
Es la ciencia que estudia la estructura química y funciones de los seres vivos. La química es la
ciencia que estudia la estructura, propiedades y transformación de la materia a partir de su
composición atómica. Por lo que a la definición de bioquímica habría que añadirle el estudio
atómico.
La Bioquímica estudia las bases moleculares de la vida: composición de los organismos vivos y
su funcionamiento, origen de la vida… Es un enfoque multidisciplinar de todas las ciencias
(física, química, fisiología, biología).
En 1833, Payen descubre la primera enzima, la diastasa (amilasa de malta). Rompía el almidón
en amilosa.
La Bioquímica no solo estudia la estructura-función de los seres vivos sino cualquier materia
que viene de los seres vivos. Por ejemplo, el petróleo viene de materia viva, pero ha sufrido
una serie de transformaciones.
Las moléculas más complejas que forman parte de los seres vivos son cadenas lineales, muy
simples.
La vida no es estática, se adapta y evoluciona, pues las moléculas orgánicas en las que
se almacena la información son susceptibles a la variabilidad. Esto da una característica
fundamental de los seres vivos, tienen tendencia a la diversificación. Esto puede ser
muy rápido.
Las células son las unidades estructurales y funcionales de los organismos vivos. Se
organizan de forma ordenada y heterogénea, y podemos hacer un estudio jerarquizado
de todos sus componentes.
3. Bioelementos y biomoléculas
Las biomoléculas están formadas por los bioelementos, que son los elementos químicos más
abundantes en los seres vivos, siendo los principales: el carbono, hidrógeno, oxígeno,
nitrógeno, fósforo y azufre. Estos son fundamentales para formar las biomoléculas orgánicas,
que son glúcidos, lípidos, proteínas y ácidos nucleicos. Las biomoléculas inorgánicas son agua
(70% del contenido de un ser vivo), sales minerales y gases.
Los bioelementos primarios son pequeños en tamaño. Buscan formar el octeto completo (a
excepción del hidrógeno).
El carbono puede formar enlace simple, doble o triple. Esto es lo que nos vamos a encontrar en
las estructuras de las biomoléculas. Hay algo fundamental para la estructura de las
biomoléculas, que es la geometría del carbono. El carbono tiene 4 electrones desapareados, y
cuando forma 4 enlaces simples se sitúan en los vértices de un tetraedro, con el carbono en el
centro. Hay una característica fundamental, y es que permite la rotación de los carbonos sobre
ese enlace, muy importante para la estructura proteica. El enlace doble no permite esta
rotación.
Los grupos funcionales son los responsables de las propiedades de las biomoléculas. Por
ejemplo, acetil-coenzima A, es una molécula que necesita muchas proteínas para transportar
moléculas de dos carbonos. Para conocer la estructura de todas las biomoléculas hay que saber
reconocer sus grupos funcionales.
De todos los elementos que hay en la corteza terrestre, solo hay uno pocos que aparecen ene
los seres vivos.
Las propiedades del agua provienen de su estructura. Tiene unas propiedades muy diferentes a
las de otras moléculas de pequeña masa molecular. Tienen propiedades de disolvente,
posibilita el establecimiento de interacciones débiles y tiene propiedades térmicas.
El agua funde a una temperatura bastante elevada comparada con otras sustancias. El alto
calor de vaporación del agua se debe a sus enlaces de hidrógeno. Hay que aportarle mucha
energía al agua para que se evapore, mientras que otras sustancias no lo necesitan. El agua es
ideal como regulador térmico.
El oxígeno es capaz de formar dos enlaces covalentes, tiene dos electrones desapareados, y el
hidrógeno solo uno. Como el oxígeno es más electronegativo que el hidrógeno, los electrones
se sitúan durante más tiempo en el oxígeno. Esto va a dar lugar a distintas propiedades:
La fuerza de los enlaces de hidrógeno depende de si es directo (línea recta) o si hay un ángulo
entre los dos átomos electronegativos. El primero es más fierte que el segundo. Gracia s a esos
enlaces de hidrógeno tan fuertes el agua es líquida y por eso tiene una akta fuerza de
ochesión. El agua líquida son moléculas de agua en continua dinámica, si la calentamos va a
haber más agitación molecular. Se estima que en el agua líquida se forma 3.4 o 3.5 enlaces.
Esto hace que el agua tenga alta densidad
La presencia a muy corta distancia de dos anillos aromáticos hace que se induzan los dipolos.
Las fuerzas de dispersión tienen un límite, apareciendo las fuerzas repulsivas de van der Waals.
Los glúcidos son polihidroxialdehídos (con grupo aldehído) o polihidroxicetonas (con grupo
cetona). Son las biomoléculas más abundantes (75% de la materia orgánica). Si quitamos el
agua de un ser vivo, este seria el componente más abundante a nivel de la naturaleza.
Los glúcidos son la base estructural de los ácidos nucleicos (cadena de azúcares fosfato con
bases nitrogenadas). Tienen una función estructural muy importante, pues forman la pared de
celulosa de vegetales (en el caso de que haya exceso de agua no explotan). Por otra parte, los
artrópodos tienen exoesqueleto de quitina. Además, se pueden unir a otro tipo de moléculas,
pudiendo formar peptidoglicano (glúcidos con proteínas), para la pared de bacterias. Tienen
función de reconocimiento celular, modifican la función de las enzimas. Señalizan la diferencia
entre el medio intracelular y extracelular, las células animales tienen las proteínas glicosiladas
en el exterior. Sirve de lubricante, por ejemplo, en las articulaciones, que tienen ácido glicólico.
Otra función importante es la función metabólica, se obtiene energía a partir de estos azúcares
y se almacena energía. Tienen múltiples aplicaciones industriales, como la celulosa en la ropa
de algodón, lino… También se pueden obtener biocombustibles.
Son sólidos incoloros (blanco quiere decir que no absorbe ninguna luz) cristalinos, solubles en
agua (porque tienen muchos grupos capaces de establecer enlaces de hidrógeno con el agua) e
insolubles en disolventes apolares. No son hidrolizables, porque si hidrolizas un monosacárido
obtienes características diferentes. La mayoría son compuestos quirales (con distintos tipos de
isómeros).
La isomería óptica (serie D y serie L) hace que hayan imágenes especulares respecto al carbono
uno (D-gliceraldehído y L-gliceraldehído). Si sintetizamos químicamente azúcares vamos a
obtener una mezcla racémica de ambos, pero los seres vivos solo funcionan con la serie D (con
excepciones). D significa que frente un haz de luz polarizada (la luz puede ir en muchas
direcciones, si lo hacemos pasar por una rejilla) desvía la luz hacia la derecha.
La existencia de los epímeros es lo que hace que hayan diferentes glúcidos. Por ejemplo, en las
D-aldosas, a partir de D-gliceraldehído podemos tener la D-eritrosa y la D-treosa, que son
epímeros, y de cada uno de estos obtenemos otros dos epímeros. Lo mismo ocurre con las D-
cetosas. Las D-aldosas más importantes son: D-gliceraldehído, D-ribosa, D-glucosa, D-manosa y
D-galactosa. Las D-cetosas más importantes son: D-ribulosa y D-fructosa.
Suelen aparecer ciclados en forma de pirano o furano, en moléculas con cinco o más carbonos.
Al estar ciclados, si el OH queda hacia abajo es de la serie alfa, si queda hacia arriba es de la
serie beta.
3. Monosacáridos
4. Disacáridos y polisacáridos
El enlace entre los distintos monosacáridos se denomina enlace O-glucosídico, que se hace
mediante el carbono 1 de un monosacárido y el 4 del otro (lo más frecuente). Esa reacción es
una reacción de condensación con la liberación de una molécula de agua, dando lugar a este
enlace. Es reversible y se puede romper el enlace mediante la adición de una molécula de
agua: hidrólisis. Las llevan a acabo unas enzimas llamadas hidrolasas.
La sacarosa se forma por la unión de la glucosa y la fructosa. Es el azúcar de caña. Hay algunas
plantas que utilizan la sacarosa como reserva energética, como el azúcar de caña. Están muy
hidratadas por la cantidad de grupo OH que tiene. Almacenar el carbono en disacáridos suele
aparecer en tubérculos, porque supone un problema para la planta.
La lactosa está formada por galactosa y glucosa. Es el azúcar de la leche, con la que se
alimentan los mamíferos. La única forma de metabolizar la lactosa es con la lactasa. La
expresión temporal de esa lactasa es durante el periodo de lactancia. Por eso hay tanta gente
intolerante a la lactosa. Como no se metaboliza, se queda en el intestino y se hidrata, por eso
causa diarrea.
La glucosa se puede enviar a la glucolisis o como reserva, pero la única forma de metabolizar
esta glucosa es enviándola al ciclo de las pentosas fosfato. Quita o une unidades de carbono, y
acaba generando acetil-coenzima A, que son la base de la síntesis de lípidos de
almacenamiento.
Los azúcares forman polisacáridos. Están compuestos por muchas unidades de monosacáridos,
y son las biomoléculas más abundantes. Suelen ser insolubles en agua, porque ya no tienen
tantos grupos polares libres. Nos los podemos encontrar forman cadenas lineales o con
ramificaciones cada 6 u 8 unidades de azúcar, que se suele hacer para compactar las
estructuras, sobre todo en los polímeros de reserva energéticas. Tienen función de almacenaje
de energía. También pueden estar formados por un solo tipo de unidad de azúcar (celulosa)
(homopolisacáridos) o si están formados por distintos tipos de polisacáridos se llaman
heteropolisacáridos. Las cadenas que son lineales solo tienen enlaces entre C1 y C4. Y las que
tienen ramificaciones suelen aparecer en posición C1 y C6 o C1 y C2.
Los polisacáridos más frecuentes son el almidón y el glucógeno. Son de reserva de carbono y
energía en plantas y animales, respectivamente. Los de reserva siempre son
homopolisacáridos. Son polímeros para almacenar glucosa. El glucógeno siempre está formado
por una única cadena con enlaces 1-4 y cada 8-10 azúcares hay una ramificación 1-6.
El almidón está formado por la amilosa con enlaces 1-4 y la amilopectina que tiene enlaces 1-4
y ramificaciones cada 24-30 carbonos con enlace 1-6.
Las características del glucógeno son similares a las del almidón. Están relativamente poco
hidratados.
Las bacterias también tienen polímeros de almacenamiento: dextranos. Donde hay un grupo
alcohol es donde ocurre la ramificación. Son similares
La celulosa son cadenas lineales de glucosa beta 1-4. Su estructura hace que los grupos que
quedan estabilizados en enlace hace que se puedan formar puentes de hidrógeno. El giro de un
monosacárido sobreotro cambia totalmente la configuración del polímero. La estructura es
más compacta, fuerte, resistente. Además, eso va a hacer que las enzimas exoglucanasas les
cuesten más trabajo acceder. Polímeros como la celulosa son muy difícil de hidrolizar y digerir.
La quitana está formada por unidades de glucosa modificadas. Tiene enlaces beta 1 4 hace que
los grupos estén uno para aajo y otro para arriba, oyudiendo formar mas enlaces de H y a su
vez se pueden transformar ,mas enlaces de H intracatenarios. Va a dar lugar a una resistencia
muy alta.
Los polisacáridos de reserva de energía son de reserva de glucosa, y están unidos por enlaces
alfa 1 4, que hace que la cadena esté perfectamente ordenada, sin muchos enlaces de
hidrógeno y así puede ser accesible por laa enzimas porque no se forman muchos puentes de
H
Los beta 1 4 hace que hayan más enlaces de hidrógeno y son menos accesibles por las enzimas.
Los mucopolisacáridos son polisacáridos estructurales pero forman estructuras que aparecen
en eucariotas, tejidos, y lo que van a hacer es dar resistencia, flexibilidad, van a lublicar las
zonas de roce. Son heteropolisacáridos en la parte exterior de la membrana. La mayoría de las
glicosilaciones están por fuera de la célula, esñales para el transporte extracelular. Las bacterias
como E.coli no hacen modificaciones postraduccionales, no son buenos sistemas para
proteínas con glicosilaciones, y para ello se utilizan sistemas de levaduras u hongos. Esas
modificaciones ocurren cuando se mandan las proteínas al exterior.
Las proteínas de membrana sirven para aguantar las fibrasde colágeno, sore esas fibras hay
mucopolisacáridos, froman una sustancia gelationsa que soportan golpes, roces.
La heparina tiene distintas estructuras, susle está formada por un disacárido modificado.
Abunda en los pulmones, el hígado, el músculo esquelético.
Los glúcidos también se pueden unir covalentemente a lípidos, de manera que en la zona
estracekylar también hay lípidos que tienen parte glucídicas, generando glucolípidos y
lipopolisacáridos, y siempre se encuentran en la parte externa de la célula. En el caso de las
enzimas hidrolíticas están glicosiladas las que van de dentro a afuera???
Los esfingolípidos son lípidos con un aminoalcohol de cadena klarga esterificado con un ácido
graso, y sobre el carbono 1 tiene un sustituyente distinto, como la glucosa, o un disacárido
(cerebrósido,…)
Los glúcidos en el exterior de la célula pueden llevar información y pueden ser sitios de
reconocimiento de proteínas a parte de tener otras funciones como de adhesión entre células,
lubricación, protección, y las proteínas
Lectinas: proteínas que reconocen cadenas complejas de oligosacáridos que están expuestas al
exterior de la célula.
TEMA 3. LÍPIDOS
Se considera lípido a cualquier molécula insoluble en agua. Puede ser anfipática, pero insoluble
en agua. Puede ser soluble en disolventes orgánicos apolares. Suelen ser muy pequeñitas y se
asocian en solución acuosa mediante interacciones hidrófobas.
Forman parte de las membranas biológicas, pueden funcionar a nivel estructural, funcionan
dentro de las proteínas como cofactores enzimáticos que pueden transportar electrones,
fragmentos de dos o más carbonos…
Los lípidos saponificables son los que tienen un grupo ácido. Los no saponificables son
terpenos, esteroides… sin grupos ácidos. Los hidrocarburos se consideran lípidos porque son
apolares.
Son triglicéridos (un glicerol esterificado con ácidos grasos). Los ácidos grasos son moléculas
anfipáticas. Es un ácido carboxílico con una cadena más o menos larga de carbonos que están
saturados con hidrógeno. Tienen de 12 a 24 carbonos, aunque también aparecen con menos
número de carbono, pero con un número par de C, porque el metabolismo de síntesis de
ácidos grasos se basa en el transporte de grupos acilo, por lo que se le añaden los carbonos de
dos en dos, y cuando se degrada también se le quita de dos en dos.
Suelen presentar insaturaciones. No suelen ser conjugados (no hay dos enlaces dobles juntos).
Cuando aparecen los dobles enlaces aparecen en posición cis (giro en la cadena), si aparece en
trans la cadena sigue lineal. Sus propiedades dependen de la longitud de la cadena.
El punto de fusión es una propiedad fundamental. Si no tienen ninguna insaturación, los ácidos
grasos se van a empaquetar por efecto hidrófobo completamente rectos. Van a tener un punto
de fusión más alto. Si aparece alguna insaturación en cis vamos a tener unos lípidos más fluidos
Insaturaciones en trans hacen que se pierdan el ángulo y la distorsionan, lo que tenemos son
unas grasas insaturadas altamente empaquetadas y son más densas y compactas siendo más
difícil que entren las enzimas y más difícil de digerir, no tenemos muchas enzimas necesarias
para hidrolizar enlaces tipos trans. Los dobles enlaces trans se producen en grasas o aceites a
alta temperatura.
El ácido oleico es más estable a más temperatura que el aceite de girasol. Lo mismo con el
aceite de oliva.
Los lípidos nos pueden servir para generar calor: la grasa parda es un tejido adiposo altamente
vascularizado, esto lo tienen los bebés, por eso no tiritan, hidrolizando los los lípidos y
obtienen calor. Lo perdemos al crecer, pero esto es lo que tienen los animales que invernan.
LIPIDOS ISOPRENOIDES
- Colesterol: hace que la transición entre estado de gel y sol sea más paulatina.
Fundamental es la MP de células de animales. No hay colesterol en bacterias, ni
membranas de orgánulos. En plantas hay colesterol en las MP
o Ácidos biliares
o Hormonas esteroideas
- Vitaminas liposolubles
o Vitamina D
o Vitamina A o retinol
o Vitamina K1 o filoquinona
o Vitamina K2 o menaquinona
o Vitamina E o alfa-tocoferol
3.5 Esteroles
Bajo el nombre de lípidos meteos a sustancias químicas de estructura diferente pero que todas
tienen en común que son hidrófobas.
Los lípidos de membrana, como los fosfoglicéridos, a parte de funcionar constituyendo esas
membranas también pueden ser precursores de moléculas señalizadoras. A partir de los lípidos
de membrana se pueden hidrolizar mediante lipasas y sufrir distintas modificaciones
importantes de cara al metabolismo.
TEMA 4
Los ácidos nucleicos son polinucleótidos unidos mediante enlaces fosfodiéster. Sus funciones
son:
Los nucleótidos son moléculas formadas por un azúcar, en estructura furanosa, que está unido
covalentemente a un fosfato y a una base nitrogenada. La unión de la base y la pentosa se
llama nucleósido.
Hay dos tipos de pentosa: ribosa o 2-desoxirribosa (en el carbono 2 le falta un OH). La ribosa se
va a ciclar en forma de furanosa, y se cicla entre el carbono 1 y el 4. La diferencia de la
presencia o ausencia del OH hace que cambie mucho la estabilidad de la molécula. Por eso el
ARN es menos estable que el ADN. La pentosa no es una estructura plana. Tenemos dos
modelos estructurales: C-2’ exo o C-3’ exo,
Lo de 5’-3’ es porque primero se enumeran los carbonos de la base nitrogenada y luego los
carbonos del azúcar