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Investigação de cristal único de L-triptofano com Z '=16

Artigo na Acta cristalográfica. Seção B, Ciência estrutural · Outubro de 2012

DOI: 10.1107/S0108768112033484 · Fonte: PubMed

CITAÇÕES LÊ

68 441

3 autores, incluindo:

Carl Henrik Goerbitz Dia de Graeme

Universidade de Oslo Universidade de Southampton

272 PUBLICAÇÕES 4.663 CITAÇÕES 255 PUBLICAÇÕES 12.506 CITAÇÕES

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reimpressão eletrônica
Acta Cristalográfica Seção B
Estrutural
Ciência
ISSN0108-7681

Editor: Sander van Smaalen

Investigação de cristal único de L-triptofano com COM = 16

¨ ¨
Carl Henrik Gorbitz, Karl Wilhelm Tornroos e Graeme M. Day

Acta Cristal. (2012). B68, 549–557

Copyright c União Internacional de Cristalografia

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Acta Cristalográfica Seção B: Estrutural Ciência publica artigos em química estrutural

e física do estado sólido nos quais a estrutura é o foco principal do trabalho relatado.
Os temas centrais são a aquisição de conhecimento estrutural a partir de novos experimentos
observações ou de dados existentes, a correlação do conhecimento estrutural com
propriedades físico-químicas e outras, e a aplicação desse conhecimento para resolver problemas
no domínio estrutural. A revista cobre metais e ligas, inorgânicos e minerais,
compostos metal-orgânicos e compostos puramente orgânicos.

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Acta Cristal. (2012). B68, 549–557 Carl Henrik Gorbitz¨ você no.
· Investigação de cristal único
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artigos de pesquisa

Acta Cristalográfica Seção B

Estrutural Investigação de cristal único de L-triptofano com Z0 = 16

Ciência
ISSN0108-7681

Carl Henrik Gorbitz, a * Uma estrutura complexa e livre de distúrbios no grupo espacial P1 foi estabelecida Recebido em 13 de junho de 2012

Aceito em 24 de julho de 2012

Karl Wilhelm Tornroosb e Graeme para o l-triptofano, para o qual nenhuma estrutura cristalina estava disponível
M. Dayc anteriormente. As 16 moléculas da unidade assimétrica podem ser divididas em
dois grupos de oito; um onde as cadeias laterais têm orientações gauche e outra
com orientações trans. As moléculas dentro de cada grupo têm geometrias
a
Departamento de Química, Universidade de Oslo,
moleculares quase idênticas. Os parâmetros da célula unitária imitam uma célula
1033 Blindern, Oslo N-0315, Noruega,
b hexagonal, mas os desvios de 90 para os ângulos da célula = 84,421 (4) e =
Departamento de Química, Universidade de Bergen, Alle´gt.
41, Bergen N-5007, Noruega, e 87,694 (4) fornecem uma pequena inclinação que exclui a simetria hexagonal. O
c
Departamento de Química, Universidade de padrão de ligação de hidrogênio se assemelha ao encontrado na estrutura
Cambridge, Lensfield Road, Cambridge CB2 cristalina da estrutura racêmica do dl-triptofano, mas uma densidade mais baixa
1EW, Inglaterra
combinada com ligações de hidrogênio mais longas e interações interaromáticas
mostram que a estrutura enantiomérica é compactada de forma menos eficiente.
E-mail para correspondência:

chgorbitz@kjemi.uio.no

1. Introdução

Devido ao seu interesse óbvio como unidades de construção de

# 2012 União Internacional de Cristalografia
Impresso em Singapura – todos os direitos reservados
proteínas e ao seu papel em muitos processos metabólicos, os
aminoácidos estavam entre os primeiros compostos quirais a serem
investigados com métodos de difração de raios X (a estrutura da
glicina aquiral foi determinada por Albrecht & Corey a partir de um
conjunto de dados incompletos em 1939). Em 1950, quando
Shoemaker et al. publicaram seu trabalho sobre l-treonina, apenas
14 outras estruturas detalhadas de moléculas orgânicas cristalizando
em grupos espaciais Sohnke eram conhecidas [de acordo com o
Cambridge Structural Database (CSD); versão 5.33 de novembro de
2011; Allen, 2002], dos quais apenas metade tratou de substâncias
quirais (ou seja, não de formas aquirais ou meso). Mais estruturas
de aminoácidos apareceram nos anos seguintes (como hidratos
para l-asparagina e l-arginina), a sequência refletindo, até certo
ponto, a facilidade com que cristais de alta qualidade poderiam ser
obtidos. A corrida inicial terminou assim, em 1976, com o 17º
aminoácido, a l-leucina, famoso pelos seus cristais finos e
escamosos. Após um intervalo de 14 anos (ou 10 se for considerada
a determinação da forma do ácido l-glutâmico), uma estrutura bruta
(fator R 0,147) foi revelada para a fenilalanina (como o enantiômero
d), para a qual os cristais são atormentado por vários tipos, ainda indeterminados, de distúrbios de empilhame
Recentemente, estruturas anidras foram finalmente obtidas tanto
para l-asparagina (Yamada et al., 2007) quanto para l-arginina
(Courvoisier et al., 2012), o que significa que antes da presente
investigação estruturas cristalinas puras eram conhecidas para 18
dos 20 aminoácidos padrão, faltando ainda l-triptofano (l-Trp) e l-
lisina (Tabela 1). O
l-Trp foi previamente investigado em complexos com ácido acético
(como hidrato, GOMDAO: Li et al., 2009), ácido fórmico (MUGKAA:
Hu¨bschle et al., 2002; MUGKAA01: Scheins et al., 2004) , ácido
piridina-2,4-dicarboxílico (como um solvato de etanol, NUQHIR: Di,
2010) e d-(R)-mandelato (como um 1,5

Acta Cristal. (2012). B68, 549–557 doi:10.1107/S0108768112033484 549

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hidratar, UGITAG: Fujii, 2009). Desvendando o estado sólido tabela 1

Primeiras determinações completas da estrutura de um único cristal (incluindo átomos
a estrutura para l-Trp puro, no entanto, provou ser muito difícil.
coordenadas) dos 20 aminoácidos padrão de acordo com Cambridge
Khawas & Murti (1969) relataram uma célula unitária com os parâmetros a Banco de Dados Estrutural (CSD; Versão 5.33 de novembro de 2011; Allen, 2002).
= 16,81, b = 17,90 e c = 6,90 Aÿ no ortorrômbico
Aminoácido† Refcode CSD Referência
grupo espacial Pmmm (que em retrospecto parece um pouco estranho
para um composto quiral). Agora obtivemos um monocristal l-Alanina l- LALNIN Simpson e Marsh (1966)
–
estrutura de l-Trp (I), que é descrita aqui e comparada Arginina‡ l- Courvoisier et al. (2012)
Aparagina§ l-Ácido VIKKEG Yamada et al. (2007)
com o racemato dl-Trp (II) (grupo espacial P21/c com a = aspártico} l-Cisteína (mon) LASPRT Derissen et al. (1968)
18,90, b = 5,74, c = 9,31 Aÿ = 101,8, refcode
, CSD l-Cisteína (ort) l-Glutamina LCISTN Harding e Longo (1968)
LCISTN21 Kerr e Ashmore (1973)
QQQBTP01: Bakke & Mostad, 1980; QQQBTP02: Hubschle l-Ácido glutâmico ()
Ácido l-Glutâmico () Gula Cochran e Penfold (1952)
e outros, 2004). LGLUAC03 Lehmann e Nunes (1980)
LGLUAC Hirokawa (1955)
Glicina ()†† GLICINA02 Pântano (1958)
Glicina () GLICINA Itaka (1960)
Glicina () l- GLICINA01 Itaka (1961)
histidina (ort) LHISTD10 Madden, McGandy e
Seeman (1972)
l-histidina (meu) LHISTD01 Madden, McGandy,
Seeman, Harding &
Hoje (1972)
l-Isoleucina l- LISLEU Torii e Iitaka (1971)
Leucina LEUCINA Harding e Howieson
(1976)
– –
l-Lisina l-
Metionina d- LMETON10 Torii e Iitaka (1973)
l-Trp é um aminoácido essencial para humanos, o que significa que Fenilalanina l- SIMPEI Weissbuch et al. (1990)
Prolina‡‡ PROLINA Kayushina e Vainshtein
deve fazer parte da nossa dieta. É o menos comum do padrão
(1965)
aminoácidos em proteínas com uma ocorrência média de cerca de l-Serina§§ l- LSERIN10 Benedetti et al. (1973)
1,3%, mas os resíduos de Trp desempenham papéis importantes na estabilidade proteica Treonina l- LTREO Sapateiro et al. (1950)
- Este trabalho
e reconhecimento. Além disso, o Trp é um precursor bioquímico Triptofano l-
Tirosina l- LTYROS10 Mostad et al. (1972)
para serotonina (um neurotransmissor), melatonina (um neuro-hormônio) e Valina LVÁLIN Torii e Iitaka (1970)
niacina (vitamina B3 ou ácido nicotínico).
† O polimorfismo é indicado por (mon) e (ort) para monoclínicos e ortorrômbicos
formulários, respectivamente, ou por letras gregas. ‡ A partir de dados de pó, ainda não incluídos no CSD,
dihidrato (ARGIND): Karle & Karle (1964). § Monohidrato (ASPARM): Kartha &
de Vries (1961). } Monohidrato (VINHO): Umadevi et al. (2003). †† Resolvido e
2. Experimental refinado a partir de um conjunto de dados incompletos de Albrecht & Corey (1939). ‡‡ Monohidrato
(RUWGEV): Janczak & Luger (1997). §§ Monohidrato (LSERMH): Frey et al.
2.1. Preparação de cristal (1973).

A partir de uma solução saturada de (I) em água (aproximadamente

10 mg ml1 ), 30 ml foram depositados em uma série de 30 6 mm
tubos de ensaio que foram posteriormente selados com Parafilm1. A
agulha foi então usada para perfurar um único pequeno buraco no
N—H = 0,88 (aromático) ou 0,91 Aÿ (amino) e C—H = 0,95
Parafilm1 de cada tubo, após o qual foi colocado dentro de um
(aromático), 0,99 (metileno) ou 1,00 Aÿ (metino), enquanto
tubo de ensaio maior cheio com 1 ml de acetonitrila. Os sistemas
permitindo rotação livre para os grupos amino. Os valores de Uiso foram
foram finalmente tampados e deixados por 3 dias a 293 K. l-Trp precipitou
definido como 1,2Ueq do átomo transportador ou 1,5Ueq para grupos amino.
regularmente como flocos finos, mas um tubo produziu alguns
Na ausência de efeitos de dispersão anômalos significativos,
cristais de hábito diferente, como prismas romboédricos, e o
23.163 pares de Friedel foram fundidos. Detalhes experimentais são
o maior exemplar foi utilizado para coleta de dados.
dado na Tabela 2.
Refinamentos alternativos utilizaram uma redução significativamente
2.2. Coleta de dados e refinamento da estrutura número de parâmetros de refinamento através do emprego de

A coleta de dados foi realizada em um Bruker AXS APEX II
Difratômetro ULTRA de ânodo rotativo Pt135 CCD, usando
radiação Mo K monocromada com grafite (= 0,71073 Aÿ)
para 0,3 varreduras acima de 182 pol. em quatro posições ortogonais.
A solução da estrutura foi realizada por métodos diretos
combinado com síntese iterativa de diferença-Fourier (Shel-drick, 2008).
A estrutura, com 16 moléculas marcadas como A – P no
unidade assimétrica, foi refinada sem restrições ou restrições
nas posições C, N ou O. Nenhum distúrbio posicional foi indicado.
Átomos de H foram introduzidos em posições teóricas com fixo
Comandos SHELX EADP, forçando o uso do mesmo
parâmetros de deslocamento anisotrópico para átomos relacionados por
simetria pseudotraducional. Um desses modelos (CIF disponível
como material suplementar1 ) rendeu um valor R de 0,088 para
1338 parâmetros. As incertezas padrão estimadas para
os parâmetros geométricos calculados permaneceram inalterados em comparação
com o refinamento irrestrito, ou mesmo com o aumento
um pouco.
1
Dados suplementares para este artigo estão disponíveis no IUCr electronic
arquivos (Referência: EB5018). Os serviços para acessar esses dados são descritos
no final do diário.

550 Carl Henrik Gorbitz et al. Investigação de cristal único Acta Cristal. (2012). B68, 549–557

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mesa 2 Tabela 3
Detalhes experimentais. Ângulos de torção () para l-Trp em estruturas cristalinas.
1 2
Dados de cristal Refcode† ‡ ‡ Referência

Fórmula química C11H12N2O2

204.23 –
Senhor (EU)§ 173,4, 172,9 (4), 113,8, 112,2 (6),
Sistema de cristal, grupo espacial Triclínica, P1 174,1 (4) 115,2 (6)
Temperatura (K) a, 123 (EU) 79,0, 77,8 (5), 80,0 (5) 111,6, 109,6 (6), 113,6 (6) –
b, c (Aÿ ) , , 11.430 (3), 11.464 (4), 35.606 (9) (II) 166,8 107,9 (a)
() 84.421 (4), 87.694 (4), 60.102 (2) GOMDAO 62.1 MUGKAA01 (b) 103,3
V (Aÿ 3 ) 4025,6 (19) 53.5 (c) 104,1
Z, Z0 16 PRATA 58,5 (d) 114,4
Tipo de radiação Mo K VIAGEM 164,4(e) 102,3
(mm1 ) 0,095
Tamanho do cristal 0,62 0,28 0,14 Referências: (a) Hu¨bschle et al. (2004); (b) Li et al. (2009); (c) Scheins et al. (2004); (d) Diga
1 2
(2010); (e) Fujii (2009). † CDS (Allen, 2002). ‡ Para (I) e são N1—C2—C3—
Coleção de dados C5 e C2—C3—C5—C4, respectivamente (ver Fig. 2). § A primeira linha é para a família T,
Correção de Usa APEXII ULTRA CCD a segunda linha é para a família G. Para cada ângulo de torção, a média para oito moléculas é
dado, seguido dos valores extremos (em itálico face com sus calculado).
absorção do difratômetro Varredura múltipla

Tmin, Tmax 0,943, 0,987

No. de medidas, independentes e 66 471, 24 736, 19 659
reflexões observadas [I > 2(I)]
Runt 0,043 desvio para o melhor ajuste entre átomos de O, N e C em pares de
(sin /)max (Aÿ 1 ) 0,721 moléculas com a mesma conformação geralmente ficam em torno
0,03 Aÿ .
Refinamento
R[F2 > 2(F2 )], wR(F2 ), S 0,085, 0,255, 1,13 A Fig. 1 mostra que a estrutura de (I) tem uma camada
Nº de reflexões Nº de 24 736 construção. A ligação de hidrogênio ocorre em duas
parâmetros Nº de 2178
restrições Tratamento 3
camadas hidrofílicas, incluindo as cabeças polares das moléculas A–
com átomo de H Parâmetros do átomo H restritos G e I – P, respectivamente. Entre as camadas hidrofílicas estão
máximo, min (e Aÿ 3 ) 0,53, 0,47 bicamadas hidrofóbicas das cadeias laterais, uma composta pelo
cadeias laterais das moléculas E – L e uma das cadeias laterais
Programas de computador utilizados: APEX2 (Bruker, 2007a), SAINT-Plus (Bruker, 2007b),
SHELXTL (Sheldrick, 2008), SADABS (Sheldrick, 1996). das moléculas A – D e M – P.

3 Resultados e discussão
3.1. Estrutura molecular, unidade assimétrica e célula unitária

A unidade assimétrica e a célula unitária são mostradas na Fig.

A conformação molecular do l-Trp é essencialmente descrita
pelos dois ângulos de torção N1—C2—C3—C5 (1 ), que podem
ser gauche+, trans ou gauche, e C2—C3—C5—C4 (2 ),
que pode ser positivo ou negativo, dando origem a um total de seis
1 2
conformações básicas (combinações de e ). A torção
ângulos listados na Tabela 3 mostram que as moléculas de 16 l-Trp no
a estrutura de (I) preenche apenas duas dessas conformações;
1
moléculas A, B, E, F, I, J, M e N têm = trans e 2'

114 (chamada família T), enquanto as moléculas C, D, G, H, K, L,

1 2
O e P têm = gauche e ' 112 (família G). O
as moléculas vizinhas B e C, mostradas na Fig. 2, são exemplos
representativos de ambas as conformações.
Cada conformação encontrada na estrutura de (I) foi
observado para l-Trp em duas estruturas anteriores, enquanto o fórmico
1 =
solvato ácido MUGKAA01 (Scheins et al., 2004) com gauche+ e
2 figura 1
conformação l-Trp negativa. fornece o único exemplo de um terceiro A unidade assimétrica, escolhida de modo que todas as 16 moléculas estejam dentro da unidade
célula, vista aproximadamente ao longo da diagonal ab. Átomos de H ligados a C
As faixas muito estreitas para ângulos de torção fornecidas na Tabela 3 foram omitidos para maior clareza. Moléculas da família T (cadeia lateral trans
orientação, ver texto) são mostrados com átomos de C cinza escuro; os do G
e um diagrama de sobreposição molecular (material suplementar)
família tem átomos de C cinza claro. As ligações de hidrogênio aparecem como linhas pontilhadas.
ilustrar que as geometrias moleculares dentro de cada um dos A cadeia lateral da molécula G foi representada em wireframe
famílias conformacionais são notavelmente semelhantes. Cadeia lateral representação para aliviar a sobreposição com a molécula F; uma cópia extra de
geometrias e orientações são dificilmente distinguíveis, enquanto um molécula G com todos os átomos em branco, chamada G0, em (x; 1 þ y; z) está incluído.
A linha tracejada azul representa a interface no centro do
rotação limitada é vista para o grupo amino, que é determinado por um
bicamada hidrofóbica, enquanto a seta aberta mostra um parafuso pseudo duplo
único parâmetro de refinamento (nenhum su disponível eixo. Vários termos usados para descrever a estrutura são fornecidos no
devido ao refinamento restrito). O RMS calculado fundo.

Acta Cristal. (2012). B68, 549–557 Carl Henrik Gorbitz et al. Investigação de cristal único 551
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Tabela 4 (Görbitz et al., 2009). Três tipos de hidrogênio

Distâncias das ligações de hidrogênio (Aÿ) e ângulos () nas estruturas de (I) e (II) (Hu¨bschle
ligações estão presentes na Fig. 3 (a) (bem como no
e outros, 2004).
padrão qualitativamente idêntico na Fig. 3b), formando
Tipo† HO NÃO N—HO
o que pode ser descrito como uma série de fitas com um

l-Trp (I)
unidade repetida de oito moléculas, por exemplo
N1—H1O1 1 1,94, 1,90, 1,98‡ 2,804, 2,784 (6), 2,833 (5) 159, 152, 165 E:A:H:D:F:B:G:C, utilizando ligação de hidrogênio tipo 1
N1-H3O1 2 2,00, 1,97, 2,04 2,902, 2,870 (6), 2,928 (6) 171, 161, 179
com C1—C2—N1—H1 = gauche e tipo 2
N1-H2O2 3 1,82, 1,79, 1,86 2,711, 2,692 (6), 2,735 (6) 167, 161, 177
com C2—C1—N1—H3 = gauche+. Notavelmente,
dl-Trp(II)§ moléculas com conformações semelhantes ocorrem em
N15—H15AO13 1 1,91} 2.814 172} pares ao longo das fitas, que são posteriormente
N15-H15BO13 2 1,94 2.826 165
N15—H15CO14 3 1,80 2.707 175 interconectados por interações do tipo 3 com C1—
C2—N1—H2 = trans em cadeias perpendiculares cabeça-cauda
† Conforme identificado nas Figs. 3 e 4. ‡ Para cada parâmetro é dada a média de 16 interações, seguida após um deslocamento de quatro aminoácidos em
pelos valores extremos (em itálico face com sus calculado). § Números atômicos retidos do
contribuição original. } Os valores listados são após a normalização dos comprimentos das ligações N—H para como usado a direção da fita. Isso gera E:F:E:F e
0,91 Aÿ no refinamento de (I).
outras sequências equivalentes na Fig. 3 (a), com

3.2. Ligação de hidrogênio

A Fig. 3 mostra o padrão de ligação de hidrogênio no cristal
estrutura de (I). Os aminoácidos com cadeias laterais volumosas são frequentemente
incapazes de formar bons padrões de ligações de hidrogênio por conta própria,
presumivelmente porque isso introduziria
conflito, e antes dependem da incorporação de moléculas de água
como partes integrantes da rede. Exemplos incluem compostos não
aromáticos como monohidrato de terc-butilglicina e
monohidrato de neopentilglicina (Weissbuch et al., 1990)
[neopentil é —CH2—C—(CH3)3] bem como aminoácidos com
cadeias laterais aromáticas como monohidratos de 3-fluoro- e 2,4,5-
trifluoro-fenilalanina (In et al., 2003), monohidrato de 4-nitrofenil-lalanina
(Dai & Fu, 2008) e -
monohidrato de metiltriptofano (Cyr et al., 1999). l-Trp pode
evidentemente dispensa água, mas forma um padrão que é distinto
daqueles encontrados para outras estruturas de aminoácidos em camadas

Figura 2
Molécula B com orientação trans para molécula C com
orientação gauche. Os elipsóides de deslocamento foram
sorteado ao nível de 50% de probabilidade; Os átomos de H são mostrados como esferas de
tamanho arbitrário.
Figura 3
Ligação de hidrogênio dentro das duas camadas hidrofílicas distintas no cristal
estrutura de (I) com referência à Fig. 1. As cadeias laterais não são mostradas além
C (C3 na Fig. 2). O código de cores para átomos de C é semelhante à Fig. 1, enquanto
duas cores diferentes foram usadas de forma arbitrária para N e O
1
(N1—C2—C3—C5) e átomos para dar a cada molécula em cada camada uma aparência única. As visualizações são
perpendicular ao plano ab, ou seja, ao longo de c*. Os três números em (a)
identificam três tipos de ligações de hidrogênio, enquanto os retângulos destacam uma
fita ligada a hidrogênio (vermelha) e uma cadeia cabeça-cauda (azul).

552 Carl Henrik Gorbitz et al. Investigação de cristal único Acta Cristal. (2012). B68, 549–557

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cadeias cabeça-cauda adjacentes com direções opostas. A estrutura do composto aquiral ácido 8-amino-1,4-diox-
Curiosamente, o padrão de ligação de hidrogénio do racemato aspiro[4.5]decano-8-carboxílico (JAPJUF: Vela et al., 1989), no grupo
(II), representado na Fig. 4 (a), assemelha-se ao padrão de (I), espacial Pna21, também está relacionada a (I) com o padrão de
apesar do facto de faltarem as fitas características. O dímero na Fig. ligação de hidrogênio mostrado na Fig. 4 (b). A única modificação
4 (a) é centrossimétrico e, portanto, não poderia ocorrer para l-Trp, essencial em comparação com (I) é que o átomo de O carboxilato
mas as cadeias cabeça-cauda são, no entanto, muito semelhantes envolvido nas cadeias cabeça-cauda também aceita um segundo
em ambas as estruturas, a principal diferença é que a orientação das átomo de H, enquanto para (I) este átomo de O não está envolvido
cadeias ocorre em pares para ( II), ou seja, ""##"" em vez de "#" para no motivo da fita.
(I). Os comprimentos das ligações de hidrogênio de (I) e (II) são
comparados na Tabela 4 [uma descrição completa da geometria da
ligação de hidrogênio para (I) está disponível como material suplementar].
A ligação de hidrogênio do tipo 2, com H—C—N—H = trans, é
claramente mais curta para (II) do que para (I). Para as outras duas
interações não há diferenças significativas. A interação do tipo 1 é
mais linear para (II) do que para (I), mas não é mais curta.

3.3. Interações aromáticas e estrutura pseudosimétrica,

unidade assimétrica e célula unitária
Se todas as moléculas de l-Trp tivessem a mesma orientação de
cadeia lateral, o eixo do parafuso ao longo da diagonal ab envolvendo
moléculas I – P prontamente visíveis na Fig. 1, teria sido adequado
em vez de pseudo (um parafuso pseudo-duplo semelhante ao longo
do b eixo opera nas cabeças polares das moléculas A – H).
Evidentemente, um tal arranjo simples não é compatível com um
empilhamento eficiente das cadeias laterais aromáticas, uma vez
que a vista superior aproximada na Fig. 5 mostra que as cadeias
laterais estão relacionadas por planos pseudo-deslizantes. A
presença de tais planos pseudo-deslizantes é tornada possível pela
ocorrência de duas conformações diferentes de cadeia lateral na estrutura de (I) e

Figura 4
Padrões de ligação de hidrogênio nas estruturas cristalinas de (a) dl-Trp (II)
(Hu¨bschle et al., 2004) e (b) um ácido aminociclohexanocarboxílico
(Vela et al., 1989), ambos reduzidos além de C. Rótulos e retângulos
coloridos aparecem como na Fig. dímero ligado destacado em (a).

Figura 6
(a) Seção representativa de uma região hidrofóbica na estrutura de (I) mostrando
interações entre os grupos indol das cadeias laterais Trp das moléculas A, B, C e
D. Os átomos de C são coloridos de acordo com a conformação da cadeia lateral
Figura 5 como na Fig. 1, enquanto duas cores diferentes foram usadas para átomos de N
Um eixo de parafuso pseudo duplo para moléculas I – P operando nas cabeças para distinguir moléculas individuais. (b) Interações entre cadeias laterais na
polares das moléculas de aminoácidos (dentro do círculo). As cadeias laterais estrutura de (II) (Hu¨bschle et al., 2004) com l ou d dando quiralidade de
hidrofóbicas são, em vez disso, relacionadas por planos horizontais de pseudo- aminoácidos. As distâncias HC() (em Aÿ) foram medidas após a normalização da
deslizamento (linhas tracejadas). Nesta ilustração, as moléculas pertencentes a ligação N-H para 0,88 Aÿ e são diretamente comparáveis com as distâncias
diferentes famílias conformacionais não são apenas distinguidas pela cor dos correspondentes em (a). As linhas horizontais tracejadas mostram um verdadeiro
átomos de C, mas os membros da família T também possuem átomos de O e N em cores plano
mais escuras.
de deslizamento cristalográfico em (b) e um pseudo plano de deslizamento em (a).

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arranjo de empilhamento de grupos aromáticos que é surpreendentemente
semelhante ao encontrado para o racemato (II), Fig.
As moléculas A e B na Fig. 6 (a) pertencem à família T e têm a mesma
função que os enantiômeros l conformacionalmente idênticos na Fig. 6
(b), enquanto as moléculas C e D pertencem à família G e desempenham
o papel dos enantiômeros D em (II). Os comprimentos representativos
das duas interações N-HC mais curtas indicam, no entanto, que os grupos
hidrofóbicos são compactados de forma ligeiramente menos eficiente na
estrutura cristalina do enantiômero puro. Juntamente com a ligação de
hidrogênio tipo 2 mais longa em (I), isso contribui para uma densidade
ligeiramente menor para (I) do que para (II), sendo os valores calculados
1,348 (T = 123 K) e 1,371 g cm3 (T = 173 K) , respectivamente.
3.4. Célula unitária revisitada: princípios de construção de cristal
Com apenas oito entradas no CSD (Allen, 2002), as estruturas
cristalinas de moléculas orgânicas com Z0 16 são extremamente raras.
Consequentemente, sempre que uma estrutura cristalina com um valor
Z0 desta magnitude for apresentada, serão imediatamente levantadas
suspeitas relativamente à potencial falha na inclusão da simetria em falta.
É, portanto, imperativo obter uma base
Figura 7
(a) Bicamadas hidrofóbicas na estrutura cristalina de (II), vistas ao longo do eixo b.
Para cada bicamada, os átomos de C na monocamada superior e inferior são
coloridos em cinza claro e cinza escuro, respectivamente. As linhas tracejadas rosa,
separando superfícies estruturalmente idênticas, mostram a interface central em
cada célula unitária. As camadas hidrofílicas aparecem como retângulos sombreados
(grupos amino e carboxilato não são mostrados), enquanto os átomos de C são
pequenas esferas e as ligações C-C são amarelas. A seta mostra a direção de
visualização na Fig. 8. (b) Semelhante para (I) com uma vista ao longo do eixo a.
(Nota: nas Figs. 7 e 8 a cor da cadeia lateral não reflecte a conformação.) Para cada
monocamada são identificadas as moléculas que contribuem com uma cadeia lateral,
por exemplo A, B, C, D para a camada no topo. Duas interfaces distintas, rotuladas
como 1 e 2, separam superfícies estruturalmente diferentes.
554 Carl Henrik Gorbitz et al. Investigação de cristal único
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compreensão do acúmulo de cristal de (I) para verificar que o grupo
espacial P1 com Z0 = 16 não é um artefato.
A pilha de moléculas I – P nas Figs. 1 e 6 é essencialmente obtido a
partir de duas unidades repetidas semelhantes M:I:O:K e N:J:P:L com
conformações T:T:G:G. Assim, a unidade estrutural operacional de (I)
consiste em quatro moléculas independentes.
Potencialmente, tais unidades poderiam ser usadas para construir
estruturas cristalinas triclínicas, monoclínicas ou mesmo ortorrômbicas
com Z0 = 4, todas mantendo o padrão de ligação de hidrogênio e
interações aromáticas (dentro de monocamadas hidrofóbicas) de (I).
Além disso, esses arranjos de empacotamento hipotéticos têm em comum
o fato de incluirem apenas um único tipo de bicamada ou interface
hidrofóbica, que é o padrão para estruturas de aminoácidos em camadas
enantioméricas e racêmicas. Isto inclui a estrutura de (II), comparada na
Fig. 7 com a estrutura de (I).
Na Fig. 8 o foco está nas interfaces hidrofóbicas tracejadas na Fig. 7.
As superfícies de (II) mostradas nas Figs. 8 (a) e (b) estão relacionadas
por simetria de inversão, que inverte as direções indicadas dos vetores
de ligação C-C (para estruturas enantioméricas, uma reversão das
direções da monocamada dentro de uma camada dupla é geralmente
realizada por uma operação de parafuso duplo).
Unir as duas superfícies em (c) torna o ajuste dos 'botões nos furos'
facilmente visível. Em contraste, a superfície gerada pelas moléculas E,
F, G e H na Fig. 8 (e) é obtida qualitativamente a partir da superfície IJKL
na Fig. vetor de ligação) e, em seguida, uma rotação de 60º no sentido
anti-horário em torno do eixo z. Se a interface resultante mostrada em
detalhes na Fig. 8 (f) e rotulada como 1 na Fig. 7 (b) tivesse sido a única
maneira de ajustar as duas superfícies, a estrutura de (I) teria pertencido
ao grupo espacial hexagonal P65 com Z0 = 8 (duas unidades de quatro
moléculas) e parâmetros celulares aproximados a0 = b0 = 11,44 Aÿ [= (a
+ b)/2] e c0 = 106,22 Aÿ (= csin sen 3). Parece não haver estruturas no
CSD com simetria hexagonal e tal torção de 60 entre camadas distintas,
mas o aminoácido dimérico l-cistina (Dahaoui et al., 1999), no grupo
espacial P6122 com parâmetros celulares a = b = 5,412 (1) e c = 55,956
(1) Aÿ, dá uma impressão de tal arranjo, uma diferença conceitual para
(I) sendo que as bicamadas hidrofóbicas são ligadas covalentemente por
Títulos S—S.
O que torna a estrutura de (I) particularmente intrigante, entretanto, é
que não existe apenas uma única maneira de encaixar duas superfícies
hidrofóbicas, mas também uma segunda alternativa que é operacional na
interface 2 da Fig. 7 (b). Uma compreensão da diferença sutil entre 1 e 2
pode ser obtida comparando as Figs. 8(d)–(f) com as Figs. 8(g)–(i). A
superfície IJKL na Figura 8 (d) e a superfície ABCD na Figura 8 (g) são
indistinguíveis. O mesmo também é verdade para as superfícies EFGH e
MNOP nas Figs. 9 (e) e (h), mas enquanto a rotação final no plano na
Fig. 8 (e) para dar o ajuste mostrado na Fig. 8 (f) é no sentido anti-horário,
é no sentido horário na Fig. ), resultando em um novo ajuste mostrado na
Fig. Desta forma, todas as 16 moléculas independentes (quatro unidades
de quatro moléculas) obtêm um conjunto único de vizinhos no que diz
respeito às interações intermoleculares. Observe, por exemplo, na Fig. 8
como as moléculas A, B, I e J, todas pertencentes à família T, têm
contatos diferentes com moléculas sobrepostas O (G), N (T),
Acta Cristal. (2012). B68, 549–557
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E (T) e H (G), respectivamente. A rotação de 60 camadas deixa a célula unitária
triclínica de (I) algumas características hexagonais, como os eixos aeb de
aproximadamente o mesmo comprimento e um ângulo próximo de 60 (Tabela 2),
mas como as rotações alternadas de +60 e 60 ao longo do eixo c operam com
centros de rotação que são ligeiramente translocados nas outras duas direções
e são deslocados significativamente para longe de 90 (Tabela 2).
Duas outras estruturas cristalizaram no grupo espacial P1 com Z0 = 16 (2,2-
aziridina-dicarboxamida, BIPCOS01: Bruckner, 1982; colesterol a 310 K,
CHOEST21, Hsu et al., 2002), mas nenhuma está dividida em camadas
hidrofóbicas e hidrofílicas com esse tipo de relação entre grupos de moléculas.
maneira (nem gemelaridade nem desordem foram indicadas no refinamento).
3.5. Ausências sistemáticas no padrão de difração
A presença de eixos pseudo-parafusos e planos de deslizamento descritos
acima leva a que certos grupos de reflexões sejam sistematicamente fracos ou
ausentes, mas muito mais importante para o padrão de difração observado é a
pseudosimetria translacional. É útil neste contexto considerar primeiro cada um
dos dois blocos da Fig. 1 independentemente e depois passar para a estrutura
completa.

O mistério de (I) é, obviamente, por que e como superfícies dificilmente
distinguíveis deveriam interagir de duas maneiras diferentes em uma estrutura
cristalina, e de fato fazê-lo de uma forma totalmente ordenada.
3 (a), fica claro que o bloco A – H tem simetria translacional quase perfeita ao
longo do eixo b vertical, efetivamente cortando a unidade de repetição em b/2.
As reflexões com k ímpar, portanto, não têm contribuição deste bloco, Fig. 9 (a).
De maneira semelhante, o padrão mostrado na Fig. 4 (b) é centrado na face, o
que significa que não dá contribuições para
reflexões com h +

k ímpar, Fig. 9 (b). Ao combinar informações

das Figs. 9 (a) e (b) na Fig. 9 (c), descobrimos
que as reflexões que não preenchem nenhuma
das condições hkl: k = 2n ou hkl: h + k = 2n,
por exemplo (0,1, 0) ou (2,1,1), não possuem
contribuições significativas de nenhum dos
dois blocos e, portanto, estão ausentes.

Isto explica as 'ausências sistemáticas'

incomuns para o grupo espacial triclínico P1
observadas no padrão de difração de (I), Fig.

3.6. Procure por polimorfos

Para estabelecer se o único cristal usado

para coleta de dados foi o resultado de uma
ocorrência estranha de

outro polimorfo do que normalmente obtido

para l-Trp, cristalizações adicionais foram
realizadas a partir de vários solventes, dando
uniformemente os familiares flocos muito finos.
Os parâmetros celulares determinados a partir
de duas dessas amostras correspondiam aos
listados na Tabela 2.

Além disso, dados de difração de raios X

em pó foram coletados para uma amostra

típica, e o padrão observado ajustou-se ao

padrão simulado da estrutura de cristal único
[ilustração disponível como material
suplementar, os parâmetros da célula à
Figura 8
temperatura ambiente são a = 11,5223 (13), b
(a) e (b) Monocamadas na estrutura de (II). As setas indicam as direções dos vetores de ligação C—C; l e d fornecem
quiralidade de aminoácidos. (c) Ajustado entre as duas monocamadas para fornecer uma bicamada completa, os átomos = 11,5156 (12), c = 35,877 (6) Aÿ 84,393 (9), =
na monocamada inferior (a) são exibidos aqui como uma representação de preenchimento de espaço. (d) – (f) Desenhos 87,681 (7), , =
semelhantes para as duas bicamadas independentes na estrutura de (I). Veja o texto para detalhes. =

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59,987 (8), V = 4102,1 (10) Aÿ 3 ]. Embora outros polimorfos Estaríamos então procurando por alguma pseudo-tradução unificada
certamente pode existir, portanto, não vemos nenhuma indicação disso em nossa entre A, B, E, F, I, J, M, N (família T) e da mesma forma para C, D,
experimentos. G, H, K, L, O, P (família G). Ambos os conjuntos têm relações
semelhantes com a molécula líder. No refinamento molecular o
3.7. Uma estrutura modulada? Uma molécula foi usada como motivo com o qual o restante
os membros da família eram relacionados por rotações e translações
Estruturas de compostos orgânicos com valores elevados de Z0 podem
Um 0; sim; zA 0; 0;
às vezes ser descrito (e potencialmente melhor compreendido) como
B0; 0; 0; yA + 1=2; zA
estruturas proporcionalmente (ou incomensuravelmente) moduladas
E 60; 0; 180; sim; zE
ao aplicar a abordagem do superespaço de dimensão superior F 60; 0; 180; sim + 1=2; Z e
(Schoënleber, 2011). Exemplos incluem 4,40 -dimetil-2- EU
60; 0; 0; yI; zI distante; distante; carro; carro; XI;
ácido hidroxi-6-oxociclohexeno-1-carboxílico com Z0 = 2,5 J. 60; 0; 0; xI + 1=2; yI + 1=2; zeu
(cinco meias moléculas; Duncan et al., 2002), bem como vários
M0; sim; zM 0; 180; xM;
complexos de coroa como [Cu(H2O)2(15-coroa-5)](NO3)2 com
N0; 0; 180; xM + 1=2; yM + 1=2; ZM
Z0 = 10 (Schoënleber & Chapuis, 2004; Hao et al., 2005). Era
portanto, apropriado verificar se este também poderia ser o caso Então para A + B e E + F temos a pseudotradução
para a estrutura de (I). (0,1/2,0), o que realmente levaria a efeitos de supercélula e ao
Vários testes foram feitos usando JANA2006 (Petrÿ´cek et al., possibilidade de uma descrição ser modulada, mas para I + J
2006), com a conclusão de que não há de fato nenhuma e M + N a pseudotradução é diferente (1/2,1/2,0).
maneira de aplicar a teoria do superespaço e lidar com a estrutura Conseqüentemente, não há chance de usar o formalismo para
como modulado. Existem 16 moléculas independentes no estruturas moduladas. Um esquema semelhante é válido para moléculas
grupo espacial P1, em duas conformações diferentes (ver acima). da família G.

4. Conclusão
A indescritível estrutura de estado sólido de
l-triptofano (l-Trp) foi
determinado a partir de uma análise de
raios X de cristal único baseada em difração
dados coletados de um espécime de
qualidade excepcionalmente alta. A embalagem
arranjo, incorporando um
padrão de ligação de hidrogênio não
previamente observado para amino
ácidos, imita a estrutura do dl-Trp, onde l-
Trp totalmente ordenado
moléculas pertencentes a dois
diferentes conformações chamadas T
e G desempenham os papéis de l- e
d-enantiômeros na estrutura cristalina do
racemato. Isto dá origem
para pseudo-simetria estendida e
juntamente com a ocorrência de dois
tipos independentes de hidrofóbicos
interfaces no cristal trazem o
número de moléculas na unidade
assimétrica até 16, um número muito raro
fenômeno de fato. Não há
indicação de que se trata de fato de um
estrutura modulada. Do ponto de vista
teórico, o empacotamento é
único porque, para o triclínico
grupo espacial P1, dá aparente
Figura 9 ausências sistemáticas com base no
(a) – (c) Padrões de difração simulados de (I) para uma camada hk. Átomos no bloco A – H dão contribuições condição hkl: h+k = 2n ou k = 2n.
apenas às reflexões coloridas em azul em (a), enquanto o bloco I – P (b) dá origem às reflexões vermelhas em (b).
No padrão combinado em (c), as reflexões com contribuições de ambos os blocos são coloridas em preto. (d) Para investigar a energia adquirida
Uma projeção da camada hk0 observada experimentalmente. por l-Trp no aumento de Z0 de 1 ou

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2, como visto para os outros aminoácidos enantiomericamente
puros, para 8 ou 16, e para estudar as estruturas alternativas de
baixo Z0 que estão disponíveis para a molécula, estamos no
processo de realizar cálculos estendidos de predição de estrutura
e cálculos de energia no estrutura observada descrita aqui.
Estruturas cristalinas com moléculas múltiplas e flexíveis na
unidade assimétrica representam um desafio particular para
métodos teóricos de previsão de estrutura, geralmente baseados
na minimização da energia da rede global (Day, 2011), devido à
alta dimensionalidade da superfície de energia que deve ser
explorada (van Eijck & Croon, 2000). Esses estudos serão
discutidos em um artigo futuro, agora em preparação.
Os autores agradecem ao Dr. David Wragg, Departamento de
Química, Universidade de Oslo, Noruega, pela coleta e refinamento
dos dados de XRD do pó, e ao Dr. Va´ clav Petrÿÿ´cÿek, Instituto
de Física, Academia de Ciências da República Tcheca, República
Tcheca, para testar o conjunto de dados experimentais em relação
à modulação potencial.
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