Les acides nucliques

I-Introduction

    

Isols initialement du noyau des cellules Du point de v ue chimique un acide f aible Ce sont des substances prsentes ,non seulement dans le noyau mais aussi dans le cytoplasme des cellules Il existe 2 types d`acides nucliques: L`ADN et L`ARN Ce sont de longues molcules f ormes par la rptition d`une sous unit appele nuclotide .


 

II-Structure de l`ADN et de L`ARN

L`ADN est une molcule d`une grande importance biologique car elle est le support de l`inf ormation gntique. L`inf ormation gntique qu`elle contient est transmise la descendance donc elle est le principale vhicule du phnomne de l`hrdit . L`ADN est localis principalement dans le noyau ,cependant il existe un ADN dans le cytoplasme c`est l`ADN mitochondrial responsable de l`hrdit mitochondriale . II-Structure de l`ADN et de L`ARN L`ARN est localis essentiellement dans le cytoplasme ,mais il existe aussi dans le noyau . L`ADN et l`ARN sont f orms par la rptition de sous units appeles nuclotides .


  

Chaque nuclotide est constitu son tour de 3 parties : -Une base azote -Un sucre ou ose cinq carbones ribose ou dsoxyribose -Un groupement phosphate

 II-Structure de l`ADN et de L`ARN Les nuclotides ont des f onctions v aries et 

Les nuclotides ont des f onctions v aries et importantes, ce sont : des composs "haut potentiel nergtique" dont dpendent l'activation de molcules : ATP

 des composs structuraux de coenzymes,  des seconds messagers intracellulaires de signaux et des mdiateurs extracellulaires, des rgulateurs d'activit de protines AMPc.

II-Structure de l`ADN et de L`ARN Les groupements phosphates et les molcules d`ose qui composent les acides nucliques sont identiques et jouent un rle structurale par contre les bases peuv ent etre de 4 types et reclent l`inf ormation gntique .

II-Structure de l`ADN et de L`ARN 1-Les bases azots: Ce sont des molcules aromatiques dont le noyau est soit une purine soit une pyrimidine a-Les bases puriques: Drriv ent du noyau purine ,qui est un noyau aromatique 9 atomes 5C et 4N et rsultent de la substitution des atomes d`hydrogne de l`htrocycle par des radicaux hydroxyles amines ou mthyles

a-Les bases puriques

 a-Les bases puriques  b-Les bases pyrimidiques Derrivent du noyau pyrimidine qui est   

Derrivent du noyau pyrimidine qui est un noyau aromatique 6 atomes 4C et 2N et rsultent de la substitution des atomes d`hydrogne de l`htrocycle par des Substituants hydroxyles amines ou methyls. b-Les bases pyrimidiques

b-Les bases pyrimidiques b-Les bases pyrimidiques C-Les proprietes physicochimiques des bases puriques et pyrimidiques

Le caractre aromatique des bases puriques et pyrimidiques leur conf re : - Une rsistance l`oxydation . - Une absorption caractristique dans l`UV (identification et dosage).

La prsence de substituants hydroxyles et amines permet aux bases puriques et pyrimidiques de se prsenter sous plusieurs f ormes tautomriques la forme ceto ou lactame et la f orme enol ou lactime. -La prsence de substituants hydroxyles et amines permet aux bases puriques et pyrimidiques de se prsenter sous plusieurs f ormes tautomriques la f orme ceto ou lactame et la f orme enol ou lactime. A PH physiologique cest la f orme cto qui prdomine. A PH lev revirement la forme nol ce qui aff ecte la liaison entre les paires de bases de lADN = dnaturation de lADN




4- Les nuclosides

Combinaison covalente d`un ose et d`un sucre par une liaison beta N glycosidique



 

Les ribonuclosides

Les desoxyribonuclosidrs

5-Les nuclotides

5-Les nuclotides 0o;p

 

liaisons hydrognes des bases :

Rgle de Chargaff

       

A=T et G=C ce qui est dune trs grande importance dans la structure secondaire de lADN A+G = C+T A+T G+C

9-Structure de l`ARN

Ose: Ribose Base :A, U,G, C Une seule chaine

le dchiffrage du code gntique contenu dans une molcule d`ADN passe par la f ormation d`une molcule dARN L`ARN est synthtis au cours d`un processus complexe qu`on appelle la transcription . L acide ribonuclique est un polymre de ribonuclotides puriques ou pyrimidiques lis entre eux par des pont s 3,5 phosphodiester, analogues ceux de lADN.

Il existe plusieurs types d`ARN:

 ARN non codant: - ARNr,ARNt, SnRNA ,

- micro RNA, si RNA (rgulation de gnes)

RNLms ARN codants: e A

L`ARN natif existe sous f orme dune molcule monobrin , lunique brin dARN est capable de se replier sur lui mme en une pingle chev eux.




L`ARNt: Permet le transport des acides amines vers le ribosome lieu de la biosynthse des protines: une seule chaine de 73 a 93 ribonuclotides son extremit 3 se trmine par un CCA ou se fixe l`AA et son extremit initiale est toujours un 5 pG, La boucle de lanticodon comporte les bases Suivantes : pyr-pyr-X-Y-Z-pur-base v ariable. L`ARNm: Sa sequence est complementaire l`un des 2 brins de La molecule d`ADN . il contient l`inf ormation gntique pour la biosynthse d`une protine possde des sqences d`initiation de la trtaduction AUG ou GUG et des sequence annoncant la f in

de la traduction :UAA,UAG,UGA

 
 

L`ADN mitochondrial

Bien que chez les eucaryotes, la majeure partie de lADN soit prsente dans le noyau, une partie de cette ADN est situe dans les mitochondries. LADN mt peut tre dtect par microscopie fluorescence, il est situ dans la matrice mitochondriale. La mitochondrie contient 4 6 molcules de DNA bicatenaire . LADN mt humain, une molcule circulaire qui a t entirement squence, Il contient 16 569 pb Possde 13 squences qui commence par un codant ATG (mthionine) se termine par un codant stop et sont suffisamment longues pour coder un polypeptide de plus de 50 AA Contrairement lADN nuclaire, il est dpourv u dintrons et ne contient pas de longues squences codantes.

   


  

Les chromosomes

Dans le gnome humain ,les chromosomes se prsentent sous diffrentes tailles ;le chromosome le plus petit est le chromosome 21 ,il possde environ 50 millions de paires de bases ,tandis que le plus grand chromosome ,cest le chromosome 1 ,il peut atteindre jusqu' 250 millions de paires de bases . On appelle cytogntique ltude des chromosomes ,de leur structure et de leur transmission . Ltablissement dune formule chromosomique dune espce permet de dtecter dventuelles anomalies de structure ou de nombre des chromosomes.

 Le caryotype humain normale comporte 46 chromosomes rparties en 23 paires : -22 paires de chromosomes identiques chez lhomme et la femme nomms autosomes numrots de 1 22,en

-22 paires de chromosomes identiques chez lhomme et la femme nomms autosomes numrots de 1 22,en fonction de leur taille dcroissante. -La dernire paire restante est reprsente par les chromosomes sexuels nomms gonosomes :XX chez la femme et XY chez lhomme .

 La nomenclature dun caryotype se fait comme suit : Le nombre total de chromosome suivie dune virgule les chromosomes sexuels suivies dune virgule lanomalie
chromosomique de structure ou de nombre quand elle existe.

 

46,XY 47,XX,21


          

45,X0 II- Lanalyse chromosomique : Les chromosomes dune cellule humaine en division sont plus facilement analyss au moment de la mtaphase ou de la pro mtaphase dune mitose de cellules en culture .Les chromosomes sont classs et analyss aprs coloration . Chaque chromosome comporte une constriction primaire ou centromre qui unit le deux chromatides s urs et fixe le chromosome au fuseau mitotique .De part et dautre du centromre ,une chromatide prsente un bras court ou bras p et un bras long ou bras q. Selon la position du centromre , on distingue les chromosomes centromre mdian ou mtacentriques ,les chromosomes centromre sub mdian ou sub mtacentrique et les chromosomes centromre distaux ou acrocentriques. Les tlomres sont situs aux extrmits des chromosomes . Les chromosomes 13,14,15,21et 22 ont de petites masses de chromatine appeles DNA satellite relis leurs bras court par un pdoncule troit =constriction secondaire ,portant les gnes codant pour lARN ribosomal 18S,28 S.

Les membres dune paire chromosomique cacd les chromosomes homologues portent une information gntique homologue cad que la squence des locis est identique sur les deux chromosomes bien que chaque locus ,il peut y avoir des formes lgrement diffrentes ou identiques dun mme gne,appells les allles . Un membre de chaque paire chromosomique est hrit du pre et lautre de la mre. -Le garcon hrite du chromosome de sa mre et le tansmet toutes ses filles ,le chromosome Y est hrit du pre qui le transmet tous ses fils.

Ces formes sont appeles allles, donc un allle est une forme alternative dun gne occupant un locus donn sur un chromosome. On peut dire par exemple quil existe un seule gne dterminant la couleur des yeux, mais il ya une forme ou un allle dterminant lobtention dyeux bleus, lobtention dyeux marrons, lobtention dyeux verts etc

Les gnes I- Gnralits, dfinition: - L`unit de linf ormation gntique. - Constitu dune squence dacides nucliques - Codant pour la synthse dune protine ou dun ARN. Les gnes sont des antites stables, se transmettent des parents leur descendance sans changements. Occasionnellement ils peuv ent subir des modifications dans leur squences: un tel phnomne est appel: mutation Un organisme portant le gne normal est dit de type sauv age.

Un organisme portant le gne altr est un mutant. pour chaque gne nous hritons de deux allles, chacun est port par un des deux chromosomes reus de nos parents cad par la paire de chromosomes homologues. II-Classification des gnes: il existe au moins 3 classes de gnes: a -les gnes de classe I:  Gnes transcrits par lARN polymrase I.  Gnes ribosomaux codant pour la synthse de 3 ARN du ribosome: ARN 28H, 18 et 5,8 .  Gnes non disperss dans le gnome, mais rassembls en groupes.  Peuv ent dpasser 200 copies.  Appartiennent la catgorie de lADN moyennement repetitif codant. b- Les gnes de classe II:  Gnes transcrits par lARN polymrase II.  Les gnes sont le plus souv ent uniques ou quasi uniques (sauf pour les gnes codant pour une histone).  Les gnes de classe II codent pour une protine.  Sont classs selon le nombre de leurs copies:

Les gnes uniques ou quasi uniques

     _ _

La trs grande majorit des gnes appartient cette classe . La structure correspond au modele dcrit prcdemment.

Les f amilles de gnes: Il sagit dune extension du phnomne DUPLICATION / DIVERGENCE. Chaque copie ayant div erg indpendamment, il en rsulte toute une srie de gnes codant pour des protines grossirement analogues

Lexpression de chaque copie dpend du type ou de ltat cellulaire. Citons : La f amille des gnes globine. La f amille des gnes actine. La f amille des gnes myosine Les gnes domestiques: (House Keeping genes) Ce sont des gnes qui ne sexpriment que dans certains tissus. Ils codent pour des protines domestiques comme par exemple les gnes des enzymes de la glycolyse, de la respiration et des mtabolismes intermdiaires indispensables la survie de chaque cellule. Les pseudognes :

 -

Ce sont des squences nuclotidiques non f onctionnelles, car elles sont ni transcrites ni traduites. Leur non f onctionnalit peut rsulter : Soit de labsence dun cadre de lecture suffisant (excs de codons stop).

Soit de labsence de codon Mthionine initiateur ou de rgion promotrice.

C-Les gnes de classe III:

  


Transcrits par lARN polymrase III. Ces gnes codent pour les ARN t. Appartiennent la catgorie de lADN rptition intermdiaire codant.

III-Anatomie d`un gene codant une proteine:

        

gene de classe II. Ces gnes ne prsentent pas une structure absolue dfinie. Ce sont les plus frquents. Sa structure ne se limite pas sa partie transcrite et encore moins sa partie codante Linf ormation gntique est presque toujours morcele Le gne commence en 5 par des squences rgulatrices non transcrites, dont la prsence est ncessaire pour que la transcription seff ectue quantitativement et qualitativement de manire normale. Ces squences qui peuv ent tre trs loignes (jusqu quelques Kb en amont) sont trs difficiles mettre en vidence et dterminer de manire prcise. fixent un ou plusieurs f acteurs protiques de la transcription. Vers - 100 par rapport au site dinitiation de la transcription commence la region dite PROMOTRICE, o se fixe lARN polymrase II. Vers - 70 - 80 se trouve trs souv ent une squence CAAT, o se Vers -25 -30: on retrouv e, sauf dans de rares cas comme dans certains gnes domestiques, la squence TATA appele TATA box ou Goldberg-Hogness box, cest au niv eau de cette boite que se fixe le f acteur TFIID. Si elle est artificiellement dlte (Dltion ou Mutation), le taux de transcription est diminu et la fidlit du point dinitiation est perdue, cette dernire se f aisant quelques bases av ant ou aprs le site habituel , cependant la transcription nest jamais abolie dans sa totalit. Vient ensuite le site dinitiation de la transcription, la base correspondant ce site est le plus souv ent: une purine, suit une partie non codante de longueur v ariable et ce jusqu la squence ATG, codon Methionine qui signale le lieu dinitiation de la traduction. Suivent ensuite une alternance de squences prsentes (Exons) ou non (Introns) dans la version finale de lARN m cytosolique. On appelle "Exon toutes les squences transcrites retrouv es dans le messager cytosolique, cela ne v eut en rien dire quIls correspondent aux parties codantes du gne; en eff et des squences exoniques non codantes plus ou moins longues peuv ent exister, en 5 avant le codon ATG, et en 3 en av al du premier codon STOP. On appelle Intron toute squence transcrite limine par pissage en cours de la maturation du transcrit primaire, donc non retrouve dans le messager cytosolique mr; il nexiste aucune rgle concernant la longueur et le nombre des introns et des exons qui varient considrabement dun gne lautre ( voir tableau).

   

Le signal pour larrt de la traduction est donn par lun des codons stop: UAA, UGA et UAG. Enfin 10 20 bases av ant la fin du dernier exon est retrouv e une squence AATAAA improprement appele squence de polyadnylation, il sagit dune squence de reconnaissance pour la coupure du transcrit primaire, site de la fixation de la poly A polymrase. Le gne se termine par une rgion 3 adjacente o lon a parf ois caractris des squences rgulatrices.




Les limites des gnes sont imprcises, leurs tailles sont trs v ariables pouv ant atteindre jusqu 2 millions de pb (gne de la dystrophine); il ny a pas de relation directe entre la taille de la protine et la longueur du gne ( voir tableau)

C) Exemple : Famille des gnes de la F GLOBINE

     

En allant 5 vers 3, on retrouv e dans lordre les gnes suiv ants:I, GK ,, A K , = F 1( pseudogne ), et . Ces gnes stendent sur environ 50 Kb. Le gne I est spar de 15 18 Kb du gne GK ,, ce dernier tant spar du gne A K de 5 6 Kb;15 18 Kb plus loin on retrouv e les gnes H et . Ces gnes possdent 2 introns IVS1 et IVS2, ce dernier a la caractristique dtre plus long. les squences codant pour A K et GK sont presque identiques, ce qui indique que leur duplication est un phnomne rcent. 2 types de squences rptes sont retrouv es:

 

Squences ALU. Squences LINE 1.

REPRESENTATION DE LA CLASSIFICATION DE LADN EUCARYOTIQUE ADN prsent ADN espaceur ADN copie unique en plusieurs copies (fonction inconnue) codant pour une protine

Squences fonctionnelles Familles de gnes

Squences non fonctionnelles ADN lments tlomriques transposables centromriques VNTR (microsatellite)

Squences fonctionnelles codant pour des ARN

  

Lhmoglobine, durant les premiers mois de la gestation est de type embryonnaire ^2 epsilon2). Puis ds les premiers mois, des chaines K et dHb f tale ( 2, K2).

(xeta2

sont synthtises, ce qui se traduit par lapparition

Enfin, immdiatement aprs la naissance, une diminution brutale de la synthse des chaines et une augmentation parallle de la synthse des chaines induisent le remplacement de lHb f tale par lHb A ( 2, F2). Cette transition Hb F Hb A porte le nom de switch.

 

Pour le f tus, le f ait de possder une hmoglobine diff rente de celle de sa mre est un avantage; en effet lHb F ayant une plus f orte affinit pour loxygne que lHb A, les transf erts de loxygne entre la mre et le f tus sont f acilits. +