Cdigo gentico

El cdigo gentico es un conjunto de normas por las que la informacin codificada en el material gentico (secuencias de ADN o ARN) se traduce en protenas (secuencias de aminocidos) en las clulas vivas. El cdigo define la relacin entre secuencias de tres nucletidos, llamadas codones, y aminocidos. Un codn se corresponde con un aminocido especfico. El ARN se basa en transportar un mensaje del ADN a la molcula correspondiente La secuencia del material gentico se compone de cuatro bases nitrogenadasdistintas, que tienen una funcin equivalente a letras en el cdigo gentico:adenina (A), timina (T), guanina (G) ycitosina (C) en el ADN y adenina (A),uracilo (U), guanina (G) y citosina (C) en el ARN. Debido a esto, el nmero de codones posibles es 64, de los cuales 61 codifican aminocidos (siendo adems uno de ellos el codn de inicio, AUG) y los tres restantes son sitios de parada (UAA, llamado ocre; UAG, llamado mbar; UGA, llamado palo). La secuencia de codones determina la secuencia aminoacdica de una protena en concreto, que tendr una estructura y una funcin especficas.

Transferencia de informacin
El genoma de un organismo se encuentra en el ADN o, en el caso de algunos virus, en el ARN. La porcin de genoma que codifica varias protenas o un ARN se conoce como gen. Esos genes que codifican protenas estn compuestos por unidades de trinucletidos llamadas codones, cada una de los cuales codifica un aminocido. Cada subunidad nucleotdica est formada por un fosfato, una desoxirribosa y una de las cuatro posibles bases nitrogenadas. Las bases purnicas adenina (A) y guanina (G) son ms grandes y tienen dos anillos aromticos. Las bases pirimidnicas citosina (C) y timina (T) son ms pequeas y slo tienen un anillo aromtico. En la configuracin en doble hlice, dos cadenas de ADN estn unidas entre s por puentes de hidrgeno en una asociacin conocida como emparejamiento de bases. Adems, estos puentes siempre se forman entre una adenina de una cadena y una timina de la otra y entre una citosina de una cadena y una guanina de la otra. Esto quiere decir que el nmero de residuos A y T ser el mismo en una doble hlice y lo mismo pasar con el nmero de residuos de G y C. En el ARN, la timina (T) se sustituye por uracilo (U), y la desoxirribosa por una ribosa. Cada gen codificante para protena se transcribe en una molcula plantilla, que se conoce como ARN mensajero o ARNm. ste, a su vez, se traduce en el ribosoma, en una cadena aminoacdica o polipeptdica. En el proceso de traduccin se necesita un ARN de transferencia ARNt especfico para cada aminocido con el aminocido unido a l covalentemente, guanosina trifosfato como fuente de energa y ciertos factores de traduccin. Los ARNt tienen anticodones complementarios a los codones del ARNm y se pueden cargar covalentemente en su extremo 3' terminal CCA con aminocidos. Los ARNt individuales se cargan con aminocidos especficos por las enzimas llamadas aminoacil ARNt sintetasas, que tienen alta especificidad tanto por aminocidos como por ARNt. La alta especificidad de estas enzimas es motivo fundamental del mantenimiento de la fidelidad de la traduccin de protenas. Hay 4 = 64 combinaciones diferentes de codones que sean posibles con tripletes de tres nucletidos: los 64 codones estn asignados a aminocido o a seales de parada en la traduccin. Si, por ejemplo, tenemos una secuencia de ARN, UUUAAACCC, y la lectura del fragmento empieza en la primera U (convenio 5' a 3'), habra tres codones que seran UUU, AAA y CCC, cada uno de los cuales especfica un aminocido. Esta secuencia de ARN se traducir en una secuencia aminoacdica de tres aminocidos de longitud. Se puede comparar con la informtica,

donde un codn se asemejara a una palabra, lo que sera el trozo estndar para el manejo de datos (como un aminocido a una protena), y un nucletido es similar a un bit, que sera la unidad ms pequea. (En la prctica, se necesitaran al menos 2 bits para representar un nucletido, y 6 para un codn, en un ordenador normal)...

Caractersticas
Universalidad
El cdigo gentico es compartido por todos los organismos conocidos, incluyendo virus y organelos, aunque pueden aparecer pequeas diferencias. As, por ejemplo, el codn UUU codifica el aminocido fenilalanina tanto en bacterias, como en arqueas y en eucariontes. Este hecho indica que el cdigo gentico ha tenido un origen nico en todos los seres vivos conocidos. Gracias a la gentica molecular, se han distinguido 22 cdigos genticos, que se diferencian del llamado cdigo gentico estndar por el significado de uno o ms codones. La mayor diversidad se presenta en las mitocondrias, orgnulos de las clulas eucariotas que se originaron evolutivamente a partir de miembros del dominio Bacteria a travs de un proceso de endosimbiosis. El genoma nuclear de los eucariotas slo suele diferenciarse del cdigo estndar en los codones de iniciacin y terminacin.

Especificidad y continuidad
Ningn codn codifica ms de un aminocido, ya que, de no ser as, conllevara problemas considerables para la sntesis de protenas especficas para cada gen. Tampoco presenta solapamiento: los tripletes se hallan dispuesto de manera lineal y continua, de manera que entre ellos no existan comas ni espacios y sin compartir ninguna base nitrogenada. Su lectura se hace en un solo sentido (5' - 3'), desde el codn de iniciacin hasta el codn de parada. Sin embargo, en un mismo ARNm pueden existir varios codones de inicio, lo que conduce a la sntesis de varios polipptidos diferentes a partir del mismo transcrito.

Degeneracin
El cdigo gentico tiene redundancia pero no ambigedad (ver tablas de codones). Por ejemplo, aunque los codones GAA y GAG especifican los dos el cido glutmico (redundancia), ninguno especfica otro aminocido (no ambigedad). Los codones que codifican un aminocido pueden diferir en alguna de sus tres posiciones, por ejemplo, el cido glutmico se especfica por GAA y GAG (difieren en la tercera posicin), el aminocido leucina se especfica por los codones UUA, UUG, CUU, CUC, CUA y CUG (difieren en la primera o en la tercera posicin), mientras que en el caso de la serina, se especfica por UCA, UCG, UCC, UCU, AGU, AGC (difieren en la primera, segunda o tercera posicin). De una posicin de un codn se dice que es cuatro veces degenerada si con cualquier nucletido en esta posicin se especfica el mismo aminocido. Por ejemplo, la tercera posicin de los codones de la glicina (GGA, GGG, GGC, GGU) es cuatro veces degenerada, porque todas las sustituciones de nucletidos en este lugar son sinnimos; es decir, no varan el aminocido. Slo la tercera posicin de algunos codones puede ser cuatro veces degenerada. Se dice que una posicin de un codn es dos veces degenerada si slo dos de las cuatro posibles sustituciones de nucletidos especifican el mismo aminocido. Por ejemplo, la tercera posicin de los codones del cido glutmico (GAA, GAG) es doble degenerada. En los lugares dos veces degenerados, los nucletidos equivalentes son siempre dos purinas (A/G) o dos pirimidinas (C/U), as que slo sustituciones transversionales (purina a pirimidina o

pirimidina a purina) en dobles degenerados son antnimas. Se dice que una posicin de un codn es no degenerada si una mutacin en esta posicin tiene como resultado la sustitucin de un aminocido. Slo hay un sitio triple degenerado en el que cambiando tres de cuatro nucletidos no hay efecto en el aminocido, mientras que cambiando los cuatro posibles nucletidos aparece una sustitucin del aminocido. Esta es la tercera posicin de un codn de isoleucina: AUU, AUC y AUA, todos codifican isoleucina, pero AUG codifica metionina. En biocomputacin, este sitio se trata a menudo como doble degenerado. Hay tres aminocidos codificados por 6 codones diferentes: serina, leucina, arginina. Slo dos aminocidos se especifican por un nico codn; uno de ellos es la metionina, especificado por AUG, que tambin indica el comienzo de la traduccin; el otro es triptfano, especificado por UGG. Que el cdigo gentico sea degenerado es lo que determina la posibilidad de mutaciones sinnimas. La degeneracin aparece porque el cdigo gentico designa 20 aminocidos y la seal parada. Debido a que hay cuatro bases, los codones en triplete se necesitan para producir al menos 21 cdigos diferentes. Por ejemplo, si hubiera dos bases por codn, entonces slo podran codificarse 16 aminocidos (4=16). Y dado que al menos se necesitan 21 cdigos, 4 da 64 codones posibles, indicando que debe haber degeneracin. Esta propiedad del cdigo gentico lo hacen ms tolerante a los fallos en mutaciones puntuales. Por ejemplo, en teora, los codones cuatro veces degenerados pueden tolerar cualquier mutacin puntual en la tercera posicin, aunque el codn de uso sesgado restringe esto en la prctica en muchos organismos; los dos veces degenerados pueden tolerar una de las tres posibles mutaciones puntuales en la tercera posicin. Debido a que las mutaciones de transicin (purina a purina o pirimidina a pirimidina) son ms probables que las de transversin (purina a pirimidina o viceversa), la equivalencia de purinas o de pirimidinas en los lugares dobles degenerados aade una tolerancia a los fallos complementaria.

Agrupamiento de codones por residuos aminoacdicos, volumen molar e hidropata

Una consecuencia prctica de la redundancia es que algunos errores del cdigo gentico slo causen una mutacin silenciosa o un error que no afectar a la protena porque la hidrofilidad o hidrofobidad se mantiene por una sustitucin equivalente de aminocidos; por ejemplo, un codn de NUN (N =cualquier nucletido) tiende a codificar un aminocido hidrofbico. NCN codifica residuos aminoacdicos que son pequeos en cuanto a tamao y moderados en cuanto a hidropata; NAN codifica un tamao promedio de residuos hidroflicos; UNN codifica residuos que no son hidroflicos.1 2 Estas tendencias pueden ser resultado de una relacin de las aminoacil ARNt sintetasas con los codones heredada un ancestro comn de los seres vivos conocidos. Incluso as, las mutaciones puntuales pueden causar la aparicin de protenas disfuncionales. Por ejemplo, un gen de hemoglobina mutado provoca la enfermedad de clulas falciformes. En la hemoglobina mutante un glutamato hidroflico (Glu) se sustituye por una valina hidrofbica (Val), es decir, GAA o GAG se convierte en GUA o GUG. La sustitucin de glutamato por valina reduce la solubilidad de -globina que provoca que la hemoglobina forme polmeros lineales unidos por interacciones hidrofbicas entre los grupos de valina y causando la deformacin falciforme de los eritrocitos. La enfermedad de las clulas falciformes no est causada generalmente por una mutacin de novo. Ms bien se selecciona en regiones de malaria (de forma parecida a la talasemia), ya que los individuos heterocigotos presentan cierta resistencia ante el parsito malrico Plasmodium (ventaja heterocigtica o heterosis). La relacin entre el ARNm y el ARNt a nivel de la tercera base se puede producir por bases modificadas en la primera base del anticodn del ARNt, y los pares de bases formados se llaman pares de bases wobble (tambaleantes). Las bases modificadas incluyen inosina y los pares de bases que no son del tipo Watson-Crick U-G.

Usos incorrectos del trmino

La expresin "cdigo gentico" es frecuentemente utilizada en los medios de comunicacin como sinnimo de genoma, de genotipo, o de ADN. Frases como Se analiz el cdigo gentico de los restos y coincidi con el de la desaparecida, o se crear una base de datos con el cdigo gentico de todos los ciudadanos son cientficamente incorrectas. Es insensato, por ejemplo, aludir al cdigo gentico de una determinada persona, porque el cdigo gentico es el mismo para todos los individuos. Sin embargo, cada organismo tiene un genotipo propio, aunque es posible que lo comparta con otros si se ha originado por algn mecanismo de multiplicacin asexual.

Tabla del cdigo gentico estndar

El cdigo gentico estndar se refleja en las siguientes tablas. La tabla 1 muestra qu aminocido especfica cada uno de los 64 codones. La tabla 2 muestra qu codones especifican cada uno de los 20 aminocidos que intervienen en la traduccin. Estas tablas se llaman tablas de avance y retroceso respectivamente. Por ejemplo, el codn AAU es el aminocido asparagina, y UGU y UGC representan cistena (en la denominacin estndar por 3 letras, Asn y Cys, respectivamente).

Ntese que el codn AUG codifica la metionina pero adems sirve de sitio de iniciacin; el primer AUG en un ARNm es la regin que codifica el sitio donde latraduccin de protenas se inicia. La siguiente tabla inversa indica qu codones codifican cada uno de los aminocidos.

Ala (A) Arg (R)

GCU, GCC, GCA, GCG CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG AAU, AAC GAU, GAC UGU, UGC CAA, CAG

Lys (K) AAA, AAG Met (M) AUG

Asn (N) Asp (D) Cys (C) Gln (Q)

Phe (F) UUU, UUC Pro (P) CCU, CCC, CCA, CCG Sec (U) UGA Ser (S) UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC

Glu (E) Gly (G)

GAA, GAG GGU, GGC, GGA, GGG

Thr (T) ACU, ACC, ACA, ACG Trp (W) UGG

His (H) Ile (I) Leu (L)

CAU, CAC AUU, AUC, AUA UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG

Tyr (Y) UAU, UAC Val (V) GUU, GUC, GUA, GUG

Comienzo AUG

Parada UAG, UGA, UAA

Aminocidos 21 y 22
Exiten otros dos aminocidos codificados por el cdigo gentico en algunas circunstancias y en algunos organismos. Son la selenocistena y la pirrolisina. La selenocistena (Sec/U)3 es un aminocido presente en multitud de enzimas (glutatin peroxidasas, tetraiodotironina 5' deiodinasas, tioredoxina reductasas, formiato deshidrogenasas, glicina reductasas y algunas hidrogenasas). Est codificado por el codn UGA (que normalmente es de parada) cuando estn presentes en la secuencia los elementos SECIS (Secuencia de insercin de la seleniocistena). El otro aminocido, la pirrolisina (Pyl/O),4 5 es un aminocido presente en enzimas metablicas de arqueas metangenas. Est codificado por el codn UAG (que normalmente es de parada) cuando estn presentes en la secuencia los elementos PYLIS (Secuencia de insercin de la pirrolisina).

Citoplasma
El citoplasma es la parte delprotoplasma que, en una clula eucariota, se encuentra entre el ncleo celular y lamembrana plasmtica.1 2Consiste en una emulsincoloidal muy fina de aspecto granuloso, el citosol ohialoplasma, y en una diversidad de orgnulos celulares que desempean diferentes funciones. Su funcin es albergar los orgnulos celulares y contribuir al movimiento de estos. El citosol es la sede de muchos de los procesos metablicos que se dan en las clulas. El citoplasma se divide en ocasiones en una regin externa gelatinosa, cercana a la membrana, e implicada en el movimiento celular, que se denomina ectoplasma; y una parte interna ms fluida que recibe el nombre de endoplasma y donde se encuentran la mayora de los orgnulos.3 El citoplasma se encuentra en las clulas procariotas as como en las eucariotas y en l se encuentran varios nutrientes que lograron atravesar la membrana plasmtica, llegando de esta forma a los orgnulos de la clula. El citoplasma de las clulas eucariotas est subdividido por una red de membranas (retculo endoplasmtico liso y retculo endoplasmtico rugoso) que sirven como superficie de trabajo para muchas de sus actividadesbioqumicas. El retculo endoplasmtico rugoso est presente en todas las clulas eucariotas (inexistente en las procariotas)4 y predomina en aquellas que fabrican grandes cantidades de protenas para exportar. Es continuo con la membrana externa de la envoltura nuclear, que tambin tiene ribosomasadheridos.

Citoesqueleto
Artculo principal: Citoesqueleto.
En el citoplasma existe una red de filamentos proteicos, que le confieren forma y organizacin interna a la clula y permiten su movimiento.5 A estos filamentos se le denomina citoesqueleto. Existen varios tipos de filamentos: Microfilamento o filamentos de actina, tpicos de las clulas musculares. Microtbulo, que aparecen dispersos en el hialoplasma o forman estructuras ms complejas, como el huso acromtico. Filamentos intermedios como los filamentos de queratina tpicos de lasclulas epidrmicas. A su vez, estas estructuras mantienen una relacin con las protenas, y originan otras estructuras ms complejas y estables. Asimismo, son responsables del movimiento citolgico.

Citosol
Artculo principal: Citosol.
El medio intracelular est formado por una solucin lquida denominada hialoplasma o citosol. Los orgnulos estn contenidos en una matriz citoplasmtica. Esta matriz es la denominada citosol o hialoplasma. Es un material acuoso que es una solucin o suspensin de biomolculas vitales celulares. Muchos procesos bioqumicos, incluyendo la gluclisis, ocurren en el citosol. En una clula eucariota, puede ocupar entre un 50% a un 80% del volumen de la clula. Est compuesto aproximadamente de un 70% de agua mientras que el resto de sus componentes son molculas que forman una disolucin coloidal. Estas molculas suelen ser macromolculas. Al ser un lquido acuoso, el citosol carece de forma o estructura estables, si bien, transitoriamente, puede adquirir dos tipos de formas: Una forma con consistencia de gel El estado sol, de consistencia fluida. Los cambios en la forma del citosol se deben a las necesidades temporales de la clula con respecto al metabolismo, y juega un importante papel en la locomocin celular.5