Conformaciones, Compactacin del DNA, Viroides, Partculas Subvirales y Priones

CA Garca Seplveda MD PhD

Laboratorio de Genmica Viral y Humana

Facultad de Medicina, Universidad Autnoma de San Luis Potos 1

Sesin #3 Niveles de organizacin de los cidos nucleicos

Contenido
Conformaciones
A DNA, B DNA & Z DNA mRNA, tRNA & rRNA

Compactacin del DNA y jerarquias organizacionales

Supercoiling
Compactacin plectonmica y solenoide Nucleosomas e histonas Fibras cromatnicas de 30 nm Loops y dominios Andamiaje nuclear Cromtides y cromosomas Centrmeros y telmeros

Genomas

Viroides, partculas subvirales y priones

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Conformaciones del RNA

mRNA, tRNA & rRNA Mucha mayor variedad. Interpretacin de relevancia relativamente facil ms no totalmente comprendida. En el caso de mRNA, simplemente un fragmento lineal de cido nucleico que sirve de intermediario entre el DNA y la proteina. miRNA es un simple fragmento de mRNA que tiene una funcin altamente especializada...silenciar un gen. En general cualquier cido nucleico de cadena sencilla tiende a formar estructuras secundarias. Las estructuras secundarias dependen de secuencias y palindromos que permiten el apareamiento...dificil de predecir.
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Conformaciones
mRNA, tRNA & rRNA La estructura del tRNA es un claro ejemplo de formacin de estructuras secundarias por parte de un ssNA... solo que esta fue provechosa para la vida y se volvi necesaria y comn. Casi simtrica.

Unidad funcional de la traduccin, anti-codon (el codon est en el DNA que est siendo leido).

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Conformaciones
mRNA, tRNA & rRNA

Y si esto se veia complejo, no se iguala al nivel de complejidad exhibido por el rRNA, constituyente crucial de la maquinaria proteosinttica.
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Conformaciones
mRNA, tRNA & rRNA

PyMol

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Compactacin y jerarquias organizacionales

Compactacin y jerarquias organizacionales

Matemticas elementales: 3,000'000,000 de bases en genoma humano 0.34 nm ocupados por cada escalon del DNA Aproximadamente 1080 millones de nanmetros = 1.08 metros de DNA (Conf B) ...en cada clula, y hay miles de millones de clulas...
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Compactacin y jerarquias organizacionales

Los cromosomas bacterianos circulares se compactan con poliaminas (como la espermina) las cuales se unen a las cargas negativas del DNA para neutralizar su carga y evitar la repulsin con el objeto de permitir la formacin de madejas. El problema se agrava cuando se contempla que el ser humano posee 3 mil millones de pares de bases...pero no somos los ms grandes La salamandra comn...poseee 4x ms DNA que nosotros. + + + + + + ++ ++

Incluso algunas plantas poseen ms DNA que nosotros.

Paradoja del valor C...el tamao del genoma no es directamente proporcional a la complejidad del organismo.
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Compactacin y jerarquias organizacionales

El DNA (ca 2 mts de largo) se almacena en el ncleo de las clulas eucaritas. El dimetro del ncleo celular flucta entre 5 y 10 m. El contorno de los cromosomas mide entre 1.6 y 8.2 cm. Compactacin cromosmica human altamente eficiente: Condensacin de 100,000 X
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Compactacin y jerarquias organizacionales

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Supercoiling (super-embobinado)

Es crtico para compactacin del DNA.

Especialmente util durante eventos de divisin nuclear.

Las cohesinas y condensinas (Proteinas de mantenimiento estructural de los cromosomas) la inducen para condensar las cromtides. Resulta de la apertura del duplex de DNA durante la sntesis de DNA/RNA para darle acceso a la polimerasa (girasa, una topoisomerasa tipo II).

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Supercoiling (super-embobinado)

Plectonmica

Solenoide

Superbobina

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Supercoiling (super-embobinado)
En procariotas la plectonmica es suficiente para su pequeo genoma circular. Eucariotas emplean diversos grados de ambos tipos (pero la solenoidal es ms eficiente). La solenoide reduce el espacio ocupado por DNA acoplado a histonas a travs de giros que lo compactan en fibras de 10 y 30 nm.

Compactacin plectonmica: Bobinas extendidas con sentido horario. Se observa en DNA in vitro. Compactacin Toroidal (solenoidal): Giros anti-horarios muy apretados DNA in vivo Ms compacto que la plectonmica. 13

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Supercoiling (super-embobinado)
Duplex relajado, una vuelta sobre su eje cada 10 bp. Una molcula de DNA circular (como en las bacterias) puede ser sometida a torceduras que la obliguen a ocupar menos espacio...DNA-B Figura 8 = super-embobinado (plectonmico) elemental. Lbulos de figura 8 exhibirn rotacin horaria o antihoraria (sobreembobinado o infraembobinado).

Superembobinado Compactacin en levaduras

Relajado

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Supercoiling (super-embobinado)
Topoisomerasas generan o relajan el super-embobinamiento. La Topoisomerasa II eucariota no puede introducir giros negativos. El super-embobinado positivo es deseable por que: 1.- Reduce la posibilidad de interacciones con protenas (hendidura M y m). 2.- Reduce el espacio fsico ocupado por el DNA.

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Nucleosomas

Estructura propuesta por Roger Kornberg (1974). Premio Nobel Quimica 2006 base molecular de la transcripcin de DNA hacia RNA Cromatosoma = Nucleosoma + proteina espaciadora.

Nucleosoma posee coro de histonas (octmero) y ca 146 bp DNA.

Compactacin: 7x 16

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Nucleosomas

Hijo de Arthur Kornberg Premio Nobel Medicina o Fisiologa 1959 Mecanismos de la sntesis del DNA Descubrio DNA polimerasa I (primera de uso in vitro) Tuvo tres hijos: Roger, Nobel 2006 Thomas, Descubridor de DNA polimerasa II Kenneth, Arquitecto especializado en el diseo de laboratorios. 17

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Nucleosomas

Estructura propuesta por Roger Kornberg (1974). Premio Nobel Quimica 2006 base molecular de la transcripcin de DNA hacia RNA Cromatosoma = Nucleosoma + proteina espaciadora.

Nucleosoma posee coro de histonas (octmero) y ca 146 bp DNA.

Compactacin: 7x 18

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Nucleosomas
Histonas poseen carga positiva y hacen funcin de poliaminas bacterianas. Coro formado por ocho histonas formando disco de 11 nm de dimetro.

146 bp de DNA se enrollan alrededor de coro.

Particulas de coro separadas entre ellas por 54 bp (vara desde 8 hasta 114 bp) de DNA espaciador envuelto alrededor de proteina espaciadora (H1).

Cantidad total en particula cromatosomal ca 200 bp de DNA. Las histonas interfieren con la unin de otras proteinas al DNA. El enrollamiento del DNA alrededor de las histonas es un proceso dinmico y regulado. 1.8 vueltas de DNA por nucleosoma.
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Nucleosoma
Coro nucleosomal compuesto por octamero de histonas. 2 x H2A 2 x H2B 2 x H3 2 x H4 6 x 11 nm dimensiones. Pptidos entre 10 y 25 kDa Cargados positivamente para interactuar con DNA negativo. Peptidos ricos en Arg y Lys.
20 6 nm

11 nm

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Nucleosoma
Coro nucleosomal compuesto por octamero de histonas. 2 x H2A 2 x H2B 2 x H3 2 x H4 6 x 11 nm dimensiones. Pptidos entre 10 y 25 kDa Cargados positivamente para interactuar con DNA negativo. Peptidos ricos en Arg y Lys.
21 6 nm

11 nm

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Nucleosoma
Coro nucleosomal compuesto por octamero de histonas. 2 x H2A 2 x H2B 2 x H3 2 x H4 Azules Amarillos Rojos Verdes
6 nm

6 x 11 nm dimensiones. Pptidos entre 10 y 25 kDa Cargados positivamente para interactuar con DNA negativo. Peptidos ricos en Arg y Lys.
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11 nm

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Nucleosoma
Coro nucleosomal compuesto por octamero de histonas. 2 x H2A 2 x H2B 2 x H3 2 x H4 Azules Amarillos Rojos Verdes
6 nm

6 x 11 nm dimensiones. Pptidos entre 10 y 25 kDa Cargados positivamente para interactuar con DNA negativo. Peptidos ricos en Arg y Lys.
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11 nm

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Nucleosoma
Coro nucleosomal compuesto por octamero de histonas. 2 x H2A 2 x H2B 2 x H3 2 x H4 Azules Amarillos Rojos Verdes
6 nm

6 x 11 nm dimensiones. Pptidos entre 10 y 25 kDa Cargados positivamente para interactuar con DNA negativo. Peptidos ricos en Arg y Lys.
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11 nm

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Nucleosoma
Coro nucleosomal compuesto por octamero de histonas. 2 x H2A 2 x H2B 2 x H3 2 x H4 Azules Amarillos Rojos Verdes
6 nm

6 x 11 nm dimensiones. Pptidos entre 10 y 25 kDa Cargados positivamente para interactuar con DNA negativo. Peptidos ricos en Arg y Lys.
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11 nm

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Compactacin y jerarquias organizacionales

Formacin del nucleosoma aporta al super-embobinamiento negativo (DNA in vivo)...por lo que no necesitamos una enzima para lograrlo (topo II no puede).

Modelo de collar de cuentas en ME:

Cuentas = nucleosomas Hilo = DNA espaciador H1 se une al DNA espaciador

Prdida de H1 no disrumpe nucleosoma

Observable bajo microscopa electrnica.
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Solenoide - Fibras de 30 nm

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Solenoide - Fibras de 30 nm
6 nucleosomas forman un arreglo helicoidal. El arreglo helicoidal resultado del superembobinamiento solenoidal del collar de cuentas forma una fibra de 30 nm. El collar de cuentas se fija al andamiaje nuclear. Fibra cromatnica observada en ME.

En general solo regiones inactivas (sin expresin gentica).

Corresponde a la mayor parte de la heterocromatina. Compactacin: 100x
5 4 3 28

1
6 2

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Asas de 300 nm
Fibras de 30 nm forman asas largas (300 nm de largo) ancladas al andamiaje nuclear.

Cada asa posee aprox 75,000 bp

Asas de 300 nm = Dominios estructurales (no confundir con dominios funcionales...otro cuento).

Andamiaje nuclear

Asas
300 nm Andamio

(c) Looped domains (300-nm fiber) 29

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Rosetas
En los cromosomas condensados (de metafase) las asas (entre 6 y 9) de 300 nm forman estructura helicoidal llamada kernel o roseta.

Andamiaje nuclear = cromosmico

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Bobinas
Las rosetas (ca 30) se apian una sobre otra de manera helicoidal formando las bobinas de las cromtides.

Bobina cromatnica (solenoide cromatnico) = como el cordn telfono.

Bobina

Roseta

Asa

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Cromtides
Bobinas cromatnicas empalmadas forman cromtides.

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Cromosomas
Cromosoma de metafase forma ms compacta. Compactacin: 15,000 x En los procariotas el cromosoma consiste en una sola molcula circular de DNA de doble cadena desnuda (con excepcin de las poliaminas).
Andamiaje cromosmico DNA depletado de histonas

Los eucariotas poseen un conjunto diploide de cromosomas lineares.

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Compactacin y jerarquias organizacionales

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Compactacin y jerarquias organizacionales

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Compactacin y jerarquias organizacionales

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Compactacin y jerarquias organizacionales

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Compactacin y jerarquias organizacionales

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Cromosomas
Especie Num. Cromosomas (diploide) 8 16 16 24 36 36 38 38 40 42 44 44 46 46 48 54 56 60 62 64 78 78 104

D. melanogaster Cobayo Pichn Caracol de tierra Lombriz de tierra Zorro Gato Cerdo Ratn Rata Conejo Hamster Liebre Humano Gorillas, chimpances Oveja Elefante Vaca Burro Caballo Perro Pollo Carpa dorada

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Cromosomas

Cual es el organismo que mayor nmero de cromosomas posee? Cuantos tiene?

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Cromosomas

Cual es el organismo que mayor nmero de cromosomas posee? Cuantos tiene?

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Cromosomas

Ophioglossum Adders-tongue Fern Tropical/Subtropical 1400 Cromosomas

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Centrmeros y Telmeros
Centrmero formado por heterocromatina empleada en la fijacin a huso mittico/meitico (microtbulos).
Telmero formado por heterocromatina repetitiva destinada a proteger extremos cromosmicos.

Centrmeros y telmeros contienen cantidades abundantes de DNA de secuencia simple repetitiva (SSR).
SSR: Multiples copias en tandem de secuencias cortas). SSR desempean funciones estructurales en telmeros y centrmeros. Los centrmeros humanos poseen una secuencia de 170 bp repetida entre 500 y 3,000 veces! Misma secuencia telomrica para todos los vertebrados! TTAGGG
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Telmeros
Existen telmeros en los extremos de todos los cromosomas eucariotas lineares. Son una solucin al problema de la replicacin de lo extremos cromosmicos.

Cada vez que la clula se divide se pierde algo del extremo terminal (telmero) de los cromosomas.

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Telmeros y telomerasa
La telomerasa extiende los extremos 3 descubiertos que quedan despus de retirar el primer de RNA al final de la replicacin.

Telomerasa es una transcriptasa inversa, sintetiza DNA a partir de RNA.

El RNA de referencia forma parte de la misma Telomerasa. La Telomerasa agrega multiples copias de la secuencia de referencia al extremo 3'. La DNA polimerasa convencional entonces se encarga de extender los extremos 5'.
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Panorama global

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