BODY PROTEIN, contoh :

Enzyme
Receptor
Hormone
Growth Factor
Immunoglobulin
Interferon, Interleukin, Cytokine
Adhesions molecules
HLA/MHC (Major
Histocompatibility Complex)
STRUKTUR PROTEIN
SIFAT PROTEIN
FUNGSI PROTEIN
PEMBENTUKAN PROTEIN
DISTRIBUSI PROTEIN
PEMERIKSAAN PROTEIN

STRUKTUR PROTEIN :
Struktur Primer : Sequensi asam amino

Struktur Sekunder : -helix, lipatan

Struktur Tertier : sub-unit protein

Struktur Kwaterner : keseluruhan protein
(terdiri dari beberapa sub-unit)
Proteins are composed of subunits called amino acids

SIFAT PROTEIN :
Ditentukan oleh sifat asam amino

FUNGSI PROTEIN :
Sangat bervariasi

PEMBENTUKAN PROTEIN :
Berdasarkan gen / DNA di inti sel
Berlangsung di Organella (Ribosome)

Organelles and fraction :
Nucleus Cytoskeleton
Mitochondrion Cytosol
Endoplasmic reticulum Ribosome
Lysosome
Plasma membrane
Golgi Apparatus
Peroxisome

Prokaryotes
Form and Function
Life is based on morphological units known as
cells (1838)
Two major classifications of cells: the
Eukaryotes and Prokaryotes
Prokaryotes (various types of bacteria) have
relatively simple structures and unicellular
(they may form colonies)
Viruses, are not classified as living because
they lack the metabolic apparatus to
reproduced outside their host cells
Prokaryotes
Form and Function
Prokaryotes are the most numerous and
widespread organism on Earth
Highly adaptable metabolism suit them to an
enormous variety of habitats
Certain types of bacteria may thrive in or
even require conditions that are hostile to
eukaryotes (chemical environments, high
temperature and lack of oxygen)
Rapid reproductive rate and ability of many
bacteria to form spores
Prokaryotic cell
Prokaryotes
Form and Function
Prokaryotes have relatively simple anatomies
(cell membrane, cell wall, capsule, cytoplasm
chromosome, RNA enzymes and ribosomes)
Prokaryotes employ a wide variety of
metabolic energy sources (autotrophs,
chemolithotrophs, photoautotrophs,
heterotrophs, obligate aerobes and obligate
anaerobes)
Prokaryotes
Prokaryotic classification
Taxonomy are inaplicable to prokaryotes
because the relatively simple structures
provide little indication of their phylogenetic
relationships
Based on cell wall properties: 3 major types:
Mycoplasma, Gram-positive bacteria and
Gram-negative bacteria
Mycoplasmas are the smallest of all living cells
and possess ~20% of the DNA of an E.coli
Some prokaryotic cells
Eukaryotes
Eukaryotic phylogeny and differentiation
One of the most remarkable characteristics of
eukaryotes is their enormous morphologial
diversity, on both the cellular and organismal
levels (an amoeba, an oak tree and a human
being)
Taxonometric schemes based on gross
morphology as well as on protein and nucleic acid
sequences: three kingdoms (Fungi, Plantae,
Animalia, Protista)
Anatomical comparisons among living and fossil
organisms indicate that the various kingdoms of
multicellular organisms independently evolved
from Protista
Structure of cells
Plasma
Membrane
Endoplasmic Retikulum
Golgi Apparatus
Lysosome
Mitochondrion
Cytoplasm
Nucleus
membrane
Eukaryotes
Eukaryotes cellular architecture
Structural complexity allows sophisticated
regulation of living processes
They have internal membrane-enclosed
organelles
Plasma membrane :
lipid bilayer, external: glycocalyx
Permeability barrier, Ion channel, Receptors
etc
Organelles in Eukaryotic cells
Plasma membrane:
Glycocalyx attached to membrane proteins
and certain lipid molecules
Possesses a diversity of chanel complexes that
transport ions and molecules and receptors
that bind signal molecules
Organelles in Eukaryotic cells
Nucleus:
Lamins (protein) form a fibrous network that
provides structural support
Contain chromatin fibers which is composed
of DNA and histones
Nucleolus : the site of rRNA synthesis

Organelles in Eukaryotic cells
Nucleus:
Nuclear envelope is composed of two membranes
that fuse at nuclear pores
The outer nuclear membrane is continuous with
the RER
Nuclear pore plug: RNA and small proteins into
and out of the nucleus

Organelles in Eukaryotic cells

Endoplasmic reticulum:
A system of interconnected membranous tubules,
vesicles and large flattened sacs
RER: involved in the synthesis of membrane
proteins and protein for export from the cell
SER: lipid synthesis and biotransformation
Organelles in Eukaryotic cells
Ribosomes:
Cytoplasmic ribosomes: RNA/protein
complexes, 20nm
Function: biosynthesis of proteins
Containing two irregulargy large and small
subunit which is separate when not in use
Organelles in Eukaryotic cells
Golgi Apparatus:
Large, flattened, saclike membranous vesicles
A small membranous vesicles containing
protein and lipid fuse with the cis Golgi
membrane
These molecules are transported and
processed by enzymes
When the products reach the trans face, they
are targeted to other parts of the cell
Secretory granules: exocytosis
Organelles in Eukaryotic cells
Lysosomes:
Spherical saclike organelles, 500nm
Single membrane contain granules that are
aggregates of digestive enzymes (acid
hydrolase)
Tay-Sachs disease (lysosomal storage
diseases)
Organelles in Eukaryotic cells
Peroxisomes:
Small spherical membranous organelles that
contain oxidative enzymes
Involved in breakdown of toxic molecules:
peroxides
Organelles in Eukaryotic cells
Mitochondria:
Cells energy storage molecule
2 Membranes: Outer (permeable to molecules
<10.000 D); Inner (impermeable to ions and
variety organic molecules)
Matrix: several circular DNA and all
components required for protein synthesis
The number: vary with the cells activity
Cytoskeleton:
Components: microtubules, microfilaments and
intermediate fibers
Microtubules: axon, dendrites, mitotic spindle,
cilia and flagella
Functions:
1. Maintenance of overall cell shape
2. Facilitation of coherent cellular
movement
3. Provision of a supporting structure that
guides the movements of organelles
within the cell.

Biokimia : DNA adalah Polymer dari
Desoxyribonucleotide (Basa, zat Gula dan
1 atau lebih gugus Phosphat)
Zat Gula : -D-2 Desoxyribose (Ribose)
Ikatan N-Glykosida antara Desoxyribose
(C1) dengan Pyrimidin (N1) atau Purin
(N9)


Sanger dan Gilbert (1975) : methode
sequensi Basa Nukleotida (A, T, C, G)
Nukleotida : 2,9 milyar (990 mm) di
Chromosome (inti sel)
Telah selesai disequensi pada Juli 2000
Gen : Sepotong DNA (tdd: Intron dan
Exon).
A - T G - C
Satuan DNA : bp (base pair)
Desoxy ribonucleic acid
Tahun 50-an : DNA double stranded yang
membentuk Helix (Watson and
Crick),DNA Polymerase (Kornberg)
Tahun 60-an : DNA extrachromosome
(Plasmid), fungsi mRNA, Codon (Triplet
Nucleotide)
Tahun 70-an : Reverse Transcriptase,
Restriction Endonuclease, DNA Ligase,
Recombinant DNA (Berg), Cloning DNA
(BIOTEKNOLOGI)
Tahun 80-an : Transgenic mouse,
Penerapan rekayasa genetika dalam
bidang kedokteran, pertanian dan
industri.
Tahun 90-an : Gene therapy, Amplifikasi
dan Sequencing DNA (HGP), Diagnostic
dll.
Tahun 2000-an : HGP selesai,
Pathogenese penyakit diketahui dari
fungsi molekul.
The Human Genome
The haploid human genome is made up
of 3 x 10
9
base pairs of DNA

This contains 50,000- 100,000 genes
arranged on 46 chromosomes

Packaged within the nucleus of the cell

Chromosomes
Genes
Segments of DNA code for proteins (or
parts of proteins)
Each coding segment is called a gene
One gene codes one protein (or part of)
Genes contain the information which
makes us what we are
Exons
Introns
Gene Structure
Promoter
TAA
TAG stop
TGA
ATG
start
Exon = coding sequence
Intron= intervening sequence
(non-coding)
A G C G A T C T G G
T C G C T A G A C C
DNA Base Pairing
Double helix consists of 2
complimentary strands of DNA.
Gene Structure
Every three bases of DNA is called a
codon
Each codon specifies an amino acid which
join together to form the protein
eg ATG = methionine = START
TAA = STOP
TAG = STOP
TGA = STOP
DNA Replication
Each of the 2 DNA strands is copied by
machinery in the cell
Each new daughter strand has a
sequence complimentary to the original
template strand
Replication essential to allow cell division
(Mitosis) where 1 cell becomes 2
A
T
C
T
A
G
DNA
unzips
A
T
C
T
A
G
T
A
G
A
T
C
New strands
formed
DNA Replication
semi-conservative
2 daughter cells
Replikasi DNA berlangsung pada kedua helix
dengan arah yang berlawanan
DNA Replication
Replication fork : leading strand and lagging
strand
DNA synthesized in the 5 3
The 5-3 synthesis of the leading strand is
continuous.
The lagging strand is also synthesized in the 5-
3 direction but in small segments
This segments referred to as Okazaki fragments
Okazaki fragments has 100 200 nucleotides
DNA ligase joined the Okazaki fragments.
5 DNA Polymerase : , , , and
DNA Replication and Chromosomes
During the replication of chromosomes, there is
a cross-over of portions of one DNA strand to
another (of the same chromosome).
This cross-over, along with randomization
assures that offspring differ from the parents.
+
meiosis
DNA
mRNA
Protein
transcription
translation
Protein Synthesis

DNA sense strand berfungsi
sebagai template dan
ditranskripsikan menjadi mRNA
mRNA disebut juga sebagai
antisense dimana Thymine
digantikan oleh Uracil

DNA
mRNA
A T C G G
U A G C C
Transcription
3 Nuclear RNA Polymerase : mRNA transcribed
by RNA Polymerase II
The initiation of transcription involves binding
RNA Polymerase to a specific DNA sequence
called a Promoter
Many promoters for RNA Polymerase II contain
consensus sequences, referred to as the TATA
box ( T A T A A/T A A/T A/G) which occur about
25-35 bp upstream from the transcription
initiation site.
The activity of many promoters is affected by
Enhancers (regulatory sequences) that may
occur thousands of base pairs upstream or
downstream of the gene they affect.
Bagian Intron dipisahkan dari mRNA
(Splicing)
mRNA meninggalkan inti sel
Di sitoplasma, ribosom terikat pada mRNA
untuk memastikan sandi asam amino yang
sesuai
mRNA is always read 5 3 protein
synthesis is N C dan dengan peran tRNA
yang mentransfer asam amino, terbentuklah
protein (polypeptida)
rRNA : 40s particle (18s RNA and 55 %
protein) ; 60s particle (28s; 5,8s; 5s rRNA
and protein)
Translational initiation signal : AUG
Amino acid linked tRNA : Aminoacyl-tRNA
synthetase.
Elongation : Peptidyl transferase.
Termination : Stop Codon
(UAG, UAA, UGA)

Amino acid assembly during translation occurs on
ribosomes; tRNA serves as the crucial adaptor molecule
Classes of RNA
Messenger RNA - mRNA
Copy of the genetic information in DNA.
Used as pattern to make proteins.
Transfer RNA - tRNA
Small RNA molecule (70 - 90 base units).
Used to bring the correct amino acid to the
site of protein synthesis.
Ribosomal RNA - rRNA
Platform for protein synthesis. Holds mRNA
in place and helps assemble proteins.
Anticodons on tRNA
A
C
C
A
C
C
U
C
G
U
C
U
U
C
G
G
G
G
G
C C G G G
C C G G
A C G G
C C G G U
C
C
C
C
U
C
A
U
G
G
A
G
G
G
G
G U
U
C C G
U
C G
C
A
U
G
G
C
U
A
G
U
A
G
U
G
G
C
HO-
Site of amino
acid attachment
Three base
anticodon site
Point of
attachment
to mRNA
RER
free
ribosomes
cytoplasmic
proteins
Protein
Traffic
Nukleotida 1. Nukleotida 2. Nukleotida 3.
(5) (3)

U C A G

U Phe Ser Tyr Cys U

U Phe Ser Tyr Cys C

U Leu Ser STOP STOP A

U Leu Ser STOP Trp G

C Leu Pro His Arg U

C Leu Pro His Arg C

C Leu Pro Gln Arg A



Amino Acid Codons
alanine GCA, GCC, GCG
GCU
arginine AGA, AGG, CGA
CGC, CGG, CGU
asparagine AAC, AAU
aspartate GAC, GAU
cysteine UGC, UGU
glutamate GAA, GAG
glutamine CAA, CAG
glycine GGA, GGC, GGG
GGU
histidine CAC, CAU
isoleucine AUA, AUC, AUU
leucine CUA, CUC, CUG
CUU, UUA, UUG
lysine AAA, AAG
methionine AUG
phenylalanine UUC, UUU
proline CCA, CCC
CCG, CCU
serine UCA, UCC
UCG, UCU
AGC, AGU
threonine ACA, ACC
ACG, ACU
tryptophan UGG
tyrosine UAU, UAC
valine GUA, GUC
GUG, GUU
Perbedaan Sandi Nukleotida
Nukleotida : Chr. : Mit. :

UGA Stop Trp
AUA Ile Met
AGA Arg Stop
AGG Arg Stop
KEY ASPECTS OF MITOCHONDRIAL
BIOLOGY AND GENETICS
Semi-autonomous
organelles, contain multiple
copies of mtDNA
Double membrane structure,
cristae containing respiratory
chain enzymes
Most mitochondrial proteins
encoded by nuclear genome
and imported into
mitochondria
Functions in cellular
metabolism and the
regulation of cell death
Outer
Compartment
Inner
Membrane
Inner
Compartment
Outer
Membrane
Cristae Matrix
MITOCHONDRIAL PROTEINS mtDNA
Circular DNA - 16,569 bp
Encodes 13 polypeptides - for OXPHOS 22 tRNA 2 rRNA
D-loop - initiation of replication and transciption
Evolves at higher rate than nDNA
Maternally inherited
MITOCHONDRIAL ENERGY METABOLISM
AND INSULIN SECRETION
MODY2
Gen Mitochondria
Gen yang berbentuk sirkuler, terdiri dari 16569 bp
Diturunkan secara maternal, mudah bermutasi
Menyandi : 7 sub unit kompleks I (NADH Q-
Reduktase), 3 sub unit kompleks IV (Sitokrom
Oksidase), 2 sub unit ATP Synthase dan 1 sub unit
kompleks III (Apositokrom B)
Mutasi noktah (point mutation) pada gen
mitochondria :
A3243G G3316A
A3260G T3394C
A3256G A3252G
luas dijumpai : T16189C
Pathogenese NIDDM
Patophysiologi secara genetik yang berkorelasi
dengan metabolisme energi
Timbul oleh karena perobahan cara hidup dengan
cepat (terutama dalam hal nutrisi)
Sel Pankreas berfungsi untuk mensekresikan
Insulin bergantung pada energi yang
dibentuk di Mt.
Phosphorilasi oksidatif pada rantai respirasi Mt
ATP ATP dependent Potassium
Channel tertutup Calcium Channel terbuka
sekresi Insulin
Mutasi MtDNA penurunan ATP


Transmembrane Protein Synthesis

Mutations
A change in the DNA sequence of the
gene
Mutations can alter protein product of
DNA, stop gene working or activate
gene
Sudden, random alteration of original
DNA code that changes the genotype.
Can be caused by chemical or
environmental factors - mutagens.
Types of Mutation
Deletion - DNA missing
Insertion - extra DNA inserted
Expansion - DNA repeat size has
increased
Point Mutation - change in one
base
Types of Mutation
(in coding sequence)
AGC TTC GAC CCG Wild type
AGC TCG ACC CG Deletion
AGC TTC CGA CCC G Insertion
AGC TTC TTC GAC CCG Expansion
AGC TTC GAC CGG Point mutation

POINT MUTATION

U A A
(Termination Codon)

U C A
(Codon for Serine)
U C U
(Codon for Serine)
C C A
(Codon for Proline)
Expression of Genes
Genotype - actual genetic makeup of
individual.
Phenotype - observed trait for individual.
Phenotype will be based on actual
genotype and how each gene is
expressed.
Since you have a pair of genes they form
an allele.
Each one may be dominate, recessive or
some combination.
Example
Hemophilia - A sex linked genetic disorder in
which blood clotting is deficient - lack of the
necessary substrate thrombroplastin.

Hemophilia A - lack of antihemophilic
globulin.
Most common type (80% of cases).
Hemophilia B - defect in thromboplastic
component - a milder form of the disease.
Sex linked - trait found on X chromosome.

X Chromosome
p
q
22.3
22.2
22.1
21.3
21.2
21.1
11.4
11.3
11.23
11.22
11.21
11.1
11.1
11.2
12
13
21.1
21.2
21.3
22.1
22.2
22.3
23
24
25
26
27
28
coagualation factor IX, hemophilia B
blue-monochromatic color blindness
coagulation factor VIIIc, hemophilia A
homosexuality, male
cleft palate
growth control factor, X-linked
Xg blood roup
ocular albinism
sensorineural deafness
anemia, sideroblastic, with
Spinocerebellar ataxia
lymphoproliferative syndrome
Simpson dysmorphia syndrome
Example
The hemophilia trait is recessive and only
passed via the X chromosome. As a result,
females are much less likely to contract this
disorder.
Frequency of hemophilia trait.
Females - carrier - 1 in 50,000
Females - hemophilic - 1 in 100,000,000
Males - hemophilic - 1 in 100,000
All hemophilic males are also carriers.
Pedigree of Hemophilia
in One Family
female
normal male
hemophilic male
Mutations
Few mutations have a positive effect.
There are ~ 4000 known human genetic
diseases. Many result from mutation of a
single gene.
Sickle cell anemia. Mutation of gene that
makes part of hemoglobin.
Albinism. Lack of ability to produce
tyrosinase which catalyzes the conversion of
tyrosine to DOPA.
Mutagenic Agents
Radiation:
Ionizing - X-rays, rays, cosmic rays
Non-ionizing - UV light
Chemical:
Reactants with bases - formaldehyde
Base analogs - 2-aminopurine, 5-
bromouracil
Acridine dyes - proflavin
Alkylating agents - mustard gases
Others - carcinogens
DNA Mutation and Repair
Cells contain many DNA repair mechanisms.
Yeast - at least 50 repair enzymes are
known.
Example - exposure to UV light.
UV - High energy light.
- What causes tanning.
- Causes formation of thymine dimer.
- at low levels, it can be repaired.
- at high levels, it can be deadly.
Photodimerization
thymine
dimer
UV light
Exposure to UV light
can cause adjacent
thymines to
covalently link.

This results in a
distortion of the DNA
molecule and
breaks the hydrogen
bonding with the
adenine.
4 KELOMPOK/KATAGORI
1. Kelainan pada 1 gen tertentu
2. Kelainan yang multifaktor
3. Anomali pada Chromosome
4. Mutasi pada sel-sel somatis

> 70 % autosomal dominant
20 % autosomal resessif
x-linked < 10 %
PENYAKIT GENETIK
Pengertian/Definisi :
Allele : gen dengan bentuk yang berbeda
pada Locus yang sama
Haplotype : seperangkat DNA -Marker yang
terdapat pada satu locus, yang mana
diturunkan sebagai satu kesatuan
Genotype : konstitusi allele pada suatu locus
tertentu (kedua haplotype pada locus
tersebut)
Phanotype : suatu pertanda yang dikenali
sebagai hasil genotype dan lingkungan
Homozygote / Heterozygote : kedua allele
pada satu locus identik / berbeda


Contoh penyakit molekuler :
Gen normal Hb :
A
/
A
dan /
Thalassemia (point mutation) :

T
/
A
atau
T
/
T

Thalassemia (deletion) :
-/ ; -/- ; - - / ; -/- - (HbH) ; --/--
(Hb Barts Hydrops Fetalis)
Autosomal resessif : Pedigree (vertikal),
biasanya bersaudara dan kedua orangtuanya
sehat
Cystic Fibrosis (penyakit gangguan fungsi kel.
Eksokrin , misalnya penyakit saluran nafas
kronis, meconium ileus pada neonatus, dll).

Contoh penyakit molekuler :
Autosomal dominant : Pedigree (vertikal,
horizontal), terdapat pada setiap generasi,
kelainan 50 % berisiko
Chorea Huntington, Polycystic Kidney,
Familial Hypertrophy Cardiomyopathy,
Marfan Syndrome, Otosklerose dll
X-linked : pada laki-laki homozygote dan
perempuan heterozygote.
Hemofilia A (VIII) : 26 exon, > 186 kb, xq28
Hemofilia B ( IX) : 8 exon, > 34 kb, xq26 - 27
Fragiles X Syndrome : Xq 27. 3, (CCG)n

Contoh penyakit molekuler :
Myotonic Dystrophy : 19q 13.3, (AGC )n
Duchenne dan Becker Dystrophy : 65 %
deletion, 79 exon (2300 kb), Xp21, Dystropin
(427 kD), diagnose prenatal (1987)
Penyakit genetik yang multifaktor :
1. Kelainan pembuluh darah jantung
2. Hypertensi
3. Kelainan jiwa
4. Demensia
5. IDDM
6. Cancer, dll
Tahun 1985, Kary Mullis, California
Metode untuk meng-amplifikasi (melipat
gandakan) fragment DNA /Gen
Sel Chromosome DNA
Gen tdd Triplet dari Nukleotida (Codon)
T (Thymin), C (Cytosin), A (Adenin) dan
G (Guanin) , semuanya ada 64 Codon
61 Triplet + 1 Start- dan 3 Stop- Codon
Polimerase Chain Reaction (PCR)
PCR membutuhkan :
DNA atau RNA
Oligonucleotidprimer (PRIMER)
Enzym Taq-Polimerase
Campuran dari 4 Basa Nukleotida
(dNTPs)
10 x Reactions Buffer
Larutan MgCl
2

Alat Thermal-Cycler


Thermal Cycler
Prinsip : perobahan temperatur secara
otomatis dengan waktu yang telah
ditentukan
Dapat diatur (Program)
Contoh : 95 C------ Denaturasi
55 C------ Hybridisasi (Annealing)
72 C------ Synthese DNA
(Extension)
Lama reaksi, bervariasi tergantung panjang
fragment DNA (2 min. : < 1000 Nukleotida)

DNA
Double stranded single strand
Sequence dari Nukleotida
Start Codon : ATG
Stop Codon : TAA, TAG, TGA
Sense : 5- ATG(Start) -GGT-TCT-GTT-GCT-
GCT-TGG-TAA(Stop)- 3
Antisense : 3 - TAC-CCA-AGA-CAA-CGA-
CGA-ACC-ATT- 5
Exon dan Intron (kedua bagian ini dapat
berfungsi sebagai Matrix untuk amplifikasi)
RNA
Single strand (Uracil pengganti Thymin)
Transkripsi dari DNA mRNA
Mengandung informasi genetik dari Exon
RNA berfungsi sebagai Regulator dari
Expresi Gen (seperti Enzym)
DNA sebagai Matrix dari proses transkripsi
(dari salah satu strand DNA)
Dengan Enzym Reverse Transkriptase
cDNA (complementare DNA)
Primer/ Oligonucleotidprimer
Sequence dari Nukleotida tertentu (Intron atau
Exon) : 20 30 bp
Prinsip : merupakan komplementer dari kedua
strand DNA (Forward Primer dan Reverse
Primer).
Dari kedua Primer ini disinthese DNA yang
baru dan seterusnya berfungsi sebagai matrix
untuk siklus berikutnya.
Penentu bagi fragment DNA yang akan
diamplifikasi (Sequensi nya sudah diketahui)

Taq-Polimerase
Klenow - DNA Polymerase (E.Coli)
1988 (Saiki et al.) Taq-Polymerase dari Bakteri
Thermus aquaticus
Hybridisasi dan Polimerisasi berlangsung
pada temp. 50-70 C
1 Double strand DNA , 20 Cycle , 220.000
Double strand DNA
Perhatikan : Buffer yang digunakan (10 x RB)
Diperlukan : konsentrasi MgCl
2
tertentu
Parameter lainnya
Sampel/Material : darah, urine,
jaringan biopsi, dari autopsi, fossil,
rambut, jaringan yang difixasi dengan
paraffin atau formalin
Semua pekerjaan memerlukan
ketepatan yang tinggi (pipet dengan
ukuran 1/100 l)
PCR-REACTION
PCR-Reaction
PCR Product (Amplifikat)
Gel-elektrophorese (Agarose)
Southern Blot (Hybridisasi dengan
Sonde DNA spesifik)
Dot - Blot (deteksi : Enhanced Chemie
Luminescense = ECL)
Denaturating Gradient Gel
Elektrophorese (DGGE) atau PFGE
Enzym Restriksi : Restriction
Endonuclease
Sequence analyse (DNA Sequencing)

Perkembangan Teknologi untuk Diagnosa
Penentuan langsung secara optis
(mikroskop cahaya atau elektron)
Kultur (isolasi, koloni, sifat-sifat micro-
organisme dan reaksi biokimia)
Reaksi antigen-antibody (enzyme-
linked, zat fluorisensi, agglutinasi)
Penggunan teknologi DNA : Hybridisasi
(southern blot, dot-blot, PFGE), Insitu
Hybridisasi dan Amplifikasi DNA (PCR)



MOLECULAR MICROBIOLOGY
Aplikasi teknologi DNA
INFEKSI SALURAN CERNA :
Membedakan jenis : pathogen non
pathogen (Eschericia coli)
Untuk bakteri yang sulit dikultur oleh
karena memerlukan syarat tertentu
(Campylobacter)
Membedakan jenis bakteri dari toxin yang
diproduksinya (E. coli dan Shigela sp.)
Subklas bakteri : Campylobacter,
Helicobacter
Mengidentifikasi jenis Rotavirus (A, B, C)

Aplikasi teknologi DNA
Meningitis : Neisseria meningitidis
Diagnose harus cepat untuk mencegah
komplikasi.
Pewarnaan Gram dapat dilakukan,
tetapi minimal 24 jam
Pemberian antibiotika pada stadium dini
mengganggu interpretasi
Transport bahan pemeriksaan
Test Kit : antigen meningococcus
tidak sensitif dan false positif
Aplikasi teknologi DNA
Encephalitis : Herpes simplex type I
CAT dan EEG non spesifik
Antibody cross reaction dengan
virus type II
Kultur virus dari biopsi dan
berisiko tinggi
Sementara ditherapy dng : Acyclovir
Pemeriksaan DNA
Encephalopathy : P. falciparum

Aplikasi teknologi DNA
Mycobacterium tuberculosis :
Membedakan jenis atypic, dengan
mikroskop hal ini tidak mungkin
Kultur : waktu yang lama dan bakteri
harus banyak (terutama untuk sensitivity
test)
Diagnose cepat dibutuhkan, mis. pada
penderita AIDS.
Ditemui jenis yang multi drug resistant
Diagnosa dengan PCR dan Hybridisasi
(contoh : dot-blot)

RESULT
RESULT
Aplikasi teknologi DNA
Chlamydia : susah dikultur.
Transport nya tidak stabil (mekanis)
false positif
Test Kit : EIA atau Immunofluorisensi
false positif .
Hybridisasi : hasil baik.



Aplikasi teknologi DNA
VIRUS : HIV 1 dan HIV 2
Test Kit (antibody) dan DNA (PCR)
Masalah : Prognosa pasien yang serologi (-) tetapi
PCR (+), Transfusi darah bila antibody anti p24
(+) pada Western Blot dari donor yang tidak
berisiko, Infeksi sampai antibody dideteksi : 3
bulan, Infeksi pada bayi dari Ibu yang serologi (+)
Protein : env : gp 120 dan gp 41, gag : p 24
dan p 18
PCR : sensitif (99% ) dan spesifik (94,7 % )

Aplikasi teknologi DNA
Cytomegaly virus : immunosuppresif atau
transplantasi organ, ataupun infeksi intra uterine
tuli dan retardasi mental.
Hepatitis : membedakan virus C , pada transfusi
(10 %), dengan EIA : tidak dapat
Malaria : Mikroskopik : terbatas , kapasitas
tertentu, dengan recombinant DNA
hybridisasi (repetitive DNA atau RNA)
Papilloma virus : Type 16 dan 18 Cancer
type 6 dan 11 Condyloma.

Onkos (Yunani ) = tumor (massa)
Cancer didasari oleh kelainan genetik
yang bermanifestasi pada tingkat sel
Beberapa bukti peran gen dalam
menyebabkan suatu tumor :
Orang yang mempunyai kelainan
dalam mekanisme Repair DNA
mempunyai risiko yang lebih tinggi
untuk timbulnya tumor.
MOLECULARE ONKOLOGY
Faktor kimia dan fisik tertentu yang
menyebabkan perobahan pada DNA,
akan menyebabkan kanker (pd hewan
percobaan).
Perobahan pada chromosome germ
line memudahkan timbulnya kanker.
Phanotype yang maligna dapat
dipindahkan kepada sel normal melalui
gentransfer.
Pada sel-sel tumor dijumpai adanya
mutasi somatis .
MOLECULARE ONKOLOGY

Beberapa pengertian dalam Onkology :
Onkogen dan Protoonkogen
Tumorsuppressorgen
Transformation, Transduktion dan
Transfektion
Cancer yang berhubungan dengan
virus
Pengaruh lingkungan terhadap
terjadinya Cancer
MOLECULARE ONKOLOGY
PROTOONKOGEN : gen yang normal pada
Genom yang berperan penting dalam
Proliferasi dan Differensiasi sel
ONKOGEN : protoonkogen yang oleh karena
mutasi atau gangguan pada ekspresinya
menyebabkan proliferasi sel yang neoplastis
TUMORSUPPRESSOR GEN : gen yang
berperan pada proliferasi dan differensiasi sel,
dimana bila gen ini di-inaktivasi atau tidak
terdapat, akan terbentuk sel neoplastis
MOLECULARE ONKOLOGY
Produk Protoonkogen
Inti Sel
FOS
MYC
JUN
Orga
nella
ERB-B1
FMS
SIS
MOS
ABL
FMS
SRC
RAS
Protoonkogen DNA Neoplasma

abl Translocation CML
myc Translocation Burkitt Lymphoma
erb B Amplification Epithelcarcinoma,
Astrocytoma,
Ca Oesophagus
neu Amplification Adeno Ca (Mammae,
Ovarium, Gaster)
myc Amplification Ca- Mammae, Paru,
Uterus, Oes
N-myc Amplification Neuroblastoma,
Ca.Paru
Int-2 Amplification Ca-Oesophagus
Protoonkogen DNA Neoplasma

K-ras Point mutation Ca-Usus besar,
Paru, Pankreas,
Melanoma
N-ras Point mutation AML, ALL, Ca-
Thyroid,
Melanoma
H-ras Point mutation Ca-Urogenital,
Ca-Thyroid
ros Belum diketahui Astrocytoma
sis Belum diketahui Astrocytoma
src Belum diketahui Ca- Usus besar

TRANSFORMATION : terbentuknya
phenotype neoplastis pada sel yang
normal
TRANSFEKTION : gentransfer, yaitu
fragment DNA dimasukkan ke dalam
sel eukaryotik
TRANSDUKTION : pemindahan gen
dari sebuah sel kepada sel lain melalui
infeksi virus.
Reaksi tubuh atas Cancer
komplex (tergantung banyak faktor)
MOLECULARE ONKOLOGY
RNA virus (Retrovirus) berperan pada
carcinogenese. 3 Gen Retrovirus : env,gag, pol
Transformasi pada sel inhibisi kontak
antar sel phenotype yang neoplastis
V-onc : sequensi DNA dari Retrovirus yang
menyebabkan transformasi sel.
C-onc : gen yang terdapat pada setiap sel
yang homolog dengan viral onkogen
ROUS (1910) : hubungan Virus - Cancer pada
binatang percobaan
MOLECULARE ONKOLOGY
Protoonkogen > 60 jenis, meliputi :
1. Faktor pertumbuhan : induksi proliferasi
sel, bbrp transformasi pada sel (invitro)
2. Reseptornya : fms - gen (reseptor CSF-1)
untuk diferensiasi Makrophage
3. Protein Signal transduktion pada membran
atau sitoplasma second messenger ,
misalnya protein G.
4. Protein yang terikat pada DNA (transkripsi)

MOLECULARE ONKOLOGY
Contoh Neoplastic Transformation :
1. Gentranslocation : bcr-abl (chr. 9 dan 22)
2. Genamplification : N-myc gen 300 x pada
Neuroblastoma pada anak-anak
3. Point mutation : ras mengontrol GTP
(aktif) GDP (inaktif)
4. Insertion gen virus : virus Hepatitis B
5. Tumorsuppressorgen : p53 dan gen
retinoblastoma : regulasi siklus sel (stop pada
G
1
untuk DNA - repair)

MOLECULARE ONKOLOGY
Second-Messenger Mechanism
Adenosine 3,5-cyclic monophosphate (cAMP)
cAMP
Adenylate cyclase
Hormone
Receptor
Transducer G Protein
Protein Kinase A
Structural Proteins
Enzymes
Membrane
Channels
ATP
(+,-)
(+,-)
Penerapan Teknologi Gen/DNA
dalam Therapy
Produk-produk bioteknologi :
Faktor VIII : 2000 AA ( 26 exon, 186 kb,
mRNA 9 kb)
1984 : cloning gen Faktor VIII dan
expresinya
1987 : Recombinant F VIII.
Erythropoietin : diketahui sejak > 80 thn
1985 : cloning dan sequensi
Recombinant Erythropoietin.
Penerapan Teknologi Gen/DNA
dalam Therapy
Hormon pertumbuhan : 191 AA
1979 : cloning dan expresi gen GH
Faktor pertumbuhan pada hematopoietik
system: CSF (Colony Stimulating Factors)
dan Interleukine
Contoh : G-CSF, M-CSF, GM-CSF
Interleukine : proliferasi dan differensiasi
sel, juga pada reaksi peradangan dan
sistem immunitas.
Penerapan Teknologi Gen/DNA
dalam Therapy
Pertanyaan :
Therapy bagaimana yang optimal
Apakah pemberian tunggal atau kombinasi
Kombinasi yang bagaimana
Kapan sebaiknya therapy dilakukan
Bagaimana effek sampingnya (terutama
dalam therapy jangka panjang).

Penerapan Teknologi Gen/DNA
dalam Therapy
Immunisasi :
1982 : vaksin Hepatitis dari virus yang
diinaktifkan dan dimurnikan
1987 : produk teknologi gen (DNA
recombinant)
Plasma expander :
Hb recombinant pada E. coli atau sel Ragi
affinitas O
2
meningkat
Penerapan Teknologi Gen/DNA
dalam Therapy
Hb recombinant pada babi melalui
transgenic pig.
Perobahan pada gen Alfa dan Beta
Contoh : Posisi 108 gen Beta :
Asparagin digantikan oleh Lysin
Menurunkan affinitas Oksigen.
Fusi dari 2 gen Alfa Hb lebih
stabil.
Produk dari gen untuk therapy dan
prophylaxis :
Erythropoietin
Insulin
Hormon pertumbuhan
Faktor pembekuan darah VIII
Plasminogen aktivator
Vaksin Hepatitis B
Penerapan Teknologi Gen/DNA dalam Therapy
Penerapan Teknologi Gen/DNA dalam Therapy
Produk dari gen untuk therapy dan
prophylaxis :
GM CSF
G-CSF
Interleukine
Interferone
Immuntherapy : antibody monoklonal
Untuk : tumor, dimana Ab diikatkan
dengan Toxin, Radionuclide,
Chemotherapy
Penerapan Teknologi Gen/DNA dalam Therapy
Resistensi terhadap obat :
Chemotherapy : resistensi intrinsik atau
didapat
Contoh Methotrexate synthese
DHFR meningkat.
Gentherapy :
Transfer material genetik terhadap sel
atau organisme untuk mengatasi suatu
penyakit. (pada sel somatik saja)
Penerapan Teknologi Gen/DNA dalam Therapy
Gentherapy :
Haemophilia A atau B
Hemoglobinopathy
Penyakit penurunan immunitas :
defisiensi enzym Adenosindesaminase
Gangguan siklus Urea : Ornithine
transcarbamoylase
HGPRT : Lesch-Nyhan Syndrome.
Resistensi terhadap obat :

Resistensi thd chemotherapy utk penyakit
infeksi maupun tumor.
Contoh : Methotrexate : amplifikasi gen
menyebabkan synthese DHFR meningkat
netralisir efek obat.
Point mutation pada gen DHFR dari parasit
Malaria resistensi Pyrimetamin.

Aplikasi gen dalam Forensik
Sebelum teknologi DNA diterapkan (1978)
biasanya digunakan protein, misalnya
antigen gol.darah, HLA, dll.
1985 : DNA Polymorphismus.
Nov.1987 : DNA sebagai barang bukti di
pengadilan di Inggris.
Sampai akhir 80-an : lebih dari 1000
perkara dibantu oleh bukti-bukti DNA
Juga dapat menentukan Paternity
Profil DNA tiap individu berbeda
Aplikasi gen dalam Forensik
30 % DNA eukaryotik terdiri dari repetitive
sequence (tidak berfungsi)
Beberapa kriteria : mikrosatelit (< 1 kb),
minisatelit (1-30 kb) dan makrosatelit
(megabase).
Minisatelit terutama berperan dalam
menentukan hubungan kekeluargaan.
Studi populasi dapat didasarkan pada HLA
genotype (lengan pendek dari Chr. 6)
HLA juga digunakan untuk identifikasi
jaringan dan dapat dilakukan dengan
bantuan Test Kits