DISEO DE FARMACOS

CONCEPTO:
El diseo de frmacos es la forma de encontrar
medicamentos mediante diseos basados en
sus acciones biolgicas. El objetivo (destino) de
un frmaco tpicamente es una molcula clave;
o una va metablica particular, la cual es
especfica de una enfermedad o patologa; o
apunta a la contagiosidad o a la supervivencia
de un microbio patgeno. Algunos mtodos
procuran detener el funcionamiento de una
ruta metablica enferma haciendo que una
molcula clave deje de funcionar. Los frmacos
pueden ser diseados para unirse a la regin
activa de una molcula especfica e inhibirla.

 FONDO:
Normalmente, una diana de frmaco es una molcula clave
implicada en un metablica en particular o va de sealizacin que
es especfico de un estado de enfermedad o patologa o a la
infectividad o la supervivencia de un patgeno microbiano. Algunos
enfoques tratan de inhibir el funcionamiento de la va en el estado
de enfermedad al causar una molcula clave para dejar de
funcionar.
Los medicamentos pueden ser diseados que se unen a la regin
activa e inhiben esta molcula clave. Otro enfoque puede ser para
mejorar la va normal mediante la promocin de molculas
especficas en las vas normales que pueden haber sido afectadas
en el estado de enfermedad.

 TIPOS DE DISEO DE FARMACO:

BASADA LIGANDO:
El diseo de frmacos basado en ligando se basa en el
conocimiento de otras molculas que se unen a la diana
biolgica de inters. Estas otras molculas pueden usarse
para derivar un modelo de farmacforo que define las
caractersticas estructurales necesarias mnimas de una
molcula debe poseer con el fin de unirse a la diana.
En otras palabras, un modelo de la diana biolgica puede
ser construido basado en el conocimiento de lo que se une
a ella, y este modelo a su vez se puede utilizar para disear
nuevas entidades moleculares que interactan con la diana.

 ESTRUCTURA BASE:
El diseo de frmacos basado en la estructura se basa en el
conocimiento de la estructura tridimensional de la diana biolgica
obtenida a travs de mtodos tales como la cristalografa de rayos X
o espectroscopia de RMN. Si una estructura experimental de un
destino no est disponible, puede ser posible crear un modelo de
homologa del objetivo en base a la estructura experimental de una
protena relacionada.

Uso de la estructura de la diana biolgica, los frmacos candidatos

que se predice que se unen con alta afinidad y selectividad para el
objetivo pueden ser diseadas usando grficos interactivos y la
intuicin de un qumico mdico. Alternativamente diversos
procedimientos de clculo automatizadas se pueden utilizar para
sugerir nuevos candidatos a frmacos.

 La primera categora es la de "encontrar" ligandos para un receptor

dado, que se conoce por lo general como la bsqueda de base de
datos. En este caso, un gran nmero de molculas de ligando
potenciales son examinados para encontrar Los instalar el bolsillo
de unin del receptor. Este mtodo se conoce generalmente como
el diseo de frmacos basado en ligando. La ventaja clave de
bsqueda de base de datos es que ahorra esfuerzo sinttico para
obtener nuevos compuestos de plomo.
Otra categora de la estructura de los mtodos de diseo de
frmacos basados en ligandos se trata de "casa", que se conoce
generalmente como el diseo de frmacos basado receptor. En este
caso, las molculas de ligando se construyen dentro de las
limitaciones del bolsillo de unin por unin de trozos pequeos de
una manera escalonada. Estas piezas pueden ser cualquiera de los
tomos individuales o fragmentos moleculares.

 Identificacin del sitio activo

Identificacin del sitio activo es el primer paso en este
programa. Se analiza la protena para encontrar el bolsillo
de unin, se deriva sitios principales de interaccin dentro
del bolsillo de unin, y luego prepara los datos necesarios
para el enlace fragmento de ligando. Las entradas bsicas
para este paso son la estructura 3D de la protena y un
ligando de pre-atracado en formato PDB, as como sus
propiedades atmicas. Tanto el ligando y tomos de la
protena deben ser clasificados y sus propiedades atmicas
deben ser definida, bsicamente, en cuatro tipos atmicos:

 tomo de hidrfobo: Todos los tomos de carbono en

cadenas de hidrocarburos o en los grupos aromticos.
H-bond donante: oxgeno y nitrgeno, tomos unidos
al tomo de hidrgeno.
H-bond receptor: Oxgeno y sp2 o sp tomos de
nitrgeno hibridado con nico par de electrones.
tomo de polar: oxgeno y tomos de nitrgeno que
no son ni los donantes H-esclavo ni aceptor de enlace
de H, azufre, fsforo, halgeno, de metal, y los tomos
de carbono unidos al heteroatomo.

 Enlace fragmento de ligando

Cuando queremos plantar "semillas" en diferentes regiones definidas por
el apartado anterior, necesitamos una base de datos de fragmentos de
elegir fragmentos de. El trmino "fragmento" se utiliza aqu para describir
los elementos bsicos utilizados en el proceso de construccin. El
fundamento de este algoritmo radica en el hecho de que las estructuras
orgnicas pueden descomponerse en fragmentos qumicos bsicos. A
pesar de la diversidad de estructuras orgnicas es infinito, el nmero de
fragmentos bsicos es ms bien limitada.
Antes de que el primer fragmento, es decir, la semilla, se ponen en el
bolsillo de unin, y otros fragmentos se pueden aadir uno por uno, es til
para identificar los problemas potenciales. En primer lugar, la posibilidad
de que las combinaciones de fragmentos es enorme. Una pequea
perturbacin de la conformacin fragmento anterior sera causar una gran
diferencia en el siguiente proceso de construccin.

El diseo de frmacos basado en estructura de

los intentos de utilizar la estructura de las
protenas como base para el diseo de nuevos
ligandos mediante la aplicacin de los
principios aceptados del reconocimiento
molecular. El diseo de frmacos bsicos
supuesto subyacente estructura de base es
que una buena molcula ligando se unen
fuertemente a su objetivo. Por lo tanto, uno de
los principios ms importantes para el diseo o
la obtencin de potenciales nuevos ligandos es
para predecir la afinidad de unin de un cierto
ligando a su diana y utilizarlo como criterio de
seleccin.

Un mtodo temprana fue desarrollado por Bhm para desarrollar una funcin de
puntuacin emprica en general-utilizados con el fin de describir la energa de
enlace. El siguiente "Ecuacin Master" se deriva:
Donde:
Desolvatacin - pena de entlpico para eliminar el ligando de disolvente.
Movimiento - entrpica pena para la reduccin de los grados de libertad cuando
un ligando se une a su receptor.
Configuracin - requiere energa de deformacin conformacional poner el ligando
en su conformacin "activa".
Interaccin - ganancia entlpico para "resolvating" ligando con su receptor
La idea bsica es que la energa libre de unin en general se puede descomponer
en componentes independientes que se sabe que son importantes para el proceso
de unin. Cada componente refleja un cierto tipo de alteracin energa libre
durante el proceso de unin entre un ligando y su receptor diana. La ecuacin
maestra es la combinacin lineal de estos componentes. Segn la ecuacin de la
energa libre de Gibbs, se construy la relacin entre la constante de equilibrio de
disociacin, Kd, y los componentes de la energa libre.

 Por ltimo, la energa de interaccin puede estimarse

utilizando mtodos como el cambio en la superficie no
polar, potenciales derivados estadsticamente de fuerza
media, el nmero de enlaces de hidrgeno formado,
etc En la prctica, los componentes de la ecuacin
maestra se ajuste a los datos experimentales utilizando
mltiples regresin lineal. Esto se puede hacer con un
diverso conjunto de entrenamiento incluyendo muchos
tipos de ligandos y receptores para producir un modelo
de "global" menos preciso pero ms general o un
conjunto ms restringido de ligandos y receptores para
producir un modelo de "local" ms precisa pero menos
general.

 MEJORAR LA ABSORCION:
Variacin del grupo alquilo :

Variacin de grupos polares:

Variacin del sustituyente para alterar

el pk:

MEJORAR LA RESISTENCIA A LA
DEGRADACIN:
Escudos estricos:

efectos electrnicos de los

bioisosteros:

Efectos estereoelectronicos:

Eliminacin de grupos
metablicamente susceptibles:

 4. ALGUNOS FRMACOS DE DISEO:

Cimetidina, el prototipo de agonista del receptor

H2 a partir del cual se desarrollaron los miembros
posteriores de esta clase.
Inhibidores selectivos de la COX-2. En la clase de
los Antiinflamatorios no esteroidales (AINE) (en ingls:
NSAIDs)
ISRS, (inhibidores selectivos de la recaptacin de
serotonina) (en ingls: SSRIs selective serotonin
reuptake inhibitors), una clase de antidepresivos.
Zanamivir, un medicamento antiviral.
Enfuvirtide, un pptido inhibidor de la entrada del
VIH (en ingls: HIV).

QUIMICA COMBINATORIA
1. CONCEPTO:
El nombre de qumica combinatoria se aplica al conjunto de
procedimientos que permiten sintetizar rpida, eficiente y
simultneamente una gran cantidad de compuestos orgnicos
diferentes entre s llamados colecciones o bibliotecas. Ms que una
nueva tcnica, la qumica combinatoria es una manera novedosa de
utilizar procedimientos ya conocidos. A diferencia de los mtodos
tradicionales de sntesis qumica, que dan lugar a un nico
producto, la qumica combinatoria genera deliberadamente una
gran cantidad de substancias, para luego determinar si alguna de
ellas tiene efectos biolgicos que indiquen una potencial utilidad
que justifique su ulterior estudio para examinar su capacidad de
servir de base para el desarrollo de un nuevo medicamento.

 El uso de la qumica combinatoria aumenta el

nmero de compuestos que pueden probarse
simultneamente y reduce tanto los tiempos
de bsqueda del compuesto lder como los
requeridos para su optimizacin; su aplicacin
para los objetivos mencionados se puede
realizar segn dos estrategias diferentes,
llamadas sntesis en conjunto y sntesis en
paralelo.

 Figura 1:
Un ejemplo de sntesis combinatoria en conjunto. Tres
cloruros de acilo que difieren entre s por la
composicin qumica del grupo sealado con R y tres
aminas que lo hacen por la composicin qumica del
grupo sealado domo R reaccionan entre s a travs
de sus respectivos grupos amina y cloruro de acilo para
dar nueve amidas, que difieren en las nueve
combinaciones distintas que se puede hacer formando
pares constituidos por uno de los tres grupos Ry uno
de los tres grupos R. En el ejemplo de la figura se
muestran tres recipientes que inicialmente contienen
una de las tres substancias que portan el cloruro de
acilo, y que reacciona con las tres aminas. De ese modo
se obtienen en cada recipiente tres de las nueve
amidas posibles.

 En la sntesis en conjunto las colecciones o bibliotecas de

substancias se obtienen colocando en cada recipiente de
reaccin muchos compuestos -hasta cientos o miles-, los
que al reaccionar dan numerosos productos. La figura 1
esquematiza este tipo de sntesis, mostrando cmo cuando
tres compuestos distintos, cada uno de los cuales tiene un
grupo amino (-NH2), reaccionan con un grupo cloruro de
acilo (-COCI) presente en otros tres compuestos diferentes,
se originan nueve (3x3) compuestos llamados amidas, que
resultan de todas las combinaciones posibles, de a pares,
de los compuestos originales, unidos mediante un grupo CONH- resultante de la reaccin entre el -NH2 y el -COCl
aportados por cada uno de los miembros de cada par.

 La sntesis en conjunto da lugar a que en cada

recipiente de reaccin aparezca una mezcla de
compuestos. La actividad biolgica de las
mezclas se evala de acuerdo con
procedimientos similares a los empleados
para analizar las mezclas de compuestos en
extractos de Origen natural. Se puede as
detectar cul de estas posee mayor actividad,
para luego aislar e identificar el compuesto
responsable de ella.

 La sntesis en conjunto -que es particularmente til para el hallazgo

de compuestos lderes, el cual, como se ha dicho, constituye la
primera etapa del desarrollo de un medicamento- aparece como
complemento de la tradicional prospeccin qumica de productos
naturales para la bsqueda de compuestos activos (vase 'Frmacos
naturales', Ciencia Hoy, 33:33, 1996), pero presenta una clara
ventaja frente a esta en lo que se refiere a la determinacin de la
estructura de dichos compuestos. En el caso de los productos
naturales, la ignorancia sobre su estructura obliga al uso de
complejos procedimientos de anlisis para elucidara.
En cambio, cuando se trabaja con productos obtenidos por sntesis
combinatoria, el anlisis de los compuestos formados se ve muy
simplificado por el conocimiento de la naturaleza qumica de los
compuestos utilizados para su sntesis.

 Figura 2.
Sntesis combinatoria en paralelo. Se muestra la
sntesis de las mismas nueve amidas que en el
ejemplo de la fig 1 a partir de los mismos
precursores. A diferencia de lo mostrado en la fig
1, en cada recipiente se mezcla un solo para de
los nueve posibles pares distintos de amidas y
cloruros de acilo y se obtiene slo una de las
nueve posibles amidas distintas por recipiente.

 La sntesis en paralelo o sntesis mltiple es el

otro procedimiento para producir numerosos
compuestos en corto tiempo. Consiste en la
sntesis individual, pero simultnea, de
muchos compuestos -cada uno de ellos en un
recipiente distinto- que forma parte de un
conjunto adecuadamente ordenado como
para conocer unvocamente en qu recipiente
est cada producto (Fg. 2).

 La sntesis en paralelo puede parecer ms engorrosa que la sntesis

en conjunto. Sin embargo, sus dificultades se ven atenuadas porque
tanto los compuestos involucrados como las reacciones qumicas
que sufren son similares (por ejemplo, formacin de amidas a partir
de aminas y cloruros de acilo, en la figura 2), por lo que cada uno de
los recipientes es sometido a las mismas condiciones que el resto,
con lo que simplifica considerablemente el desarrollo de mtodos
de automatizacin o semiautomatizacin.
Como la cantidad de compuestos que se puede obtener es menor
que en la sntesis en conjunto, la sntesis en paralelo se utiliza
preferentemente para la optimizacin de un compuesto lder ya
seleccionado. Este proceso siempre requiere la exploracin de una
menor cantidad de compuestos que durante la bsqueda del
compuesto lder.

 2. SNTESIS COMBINATORIA:
La combinatoria "sntesis dividida mezcla" se basa en la sntesis en
fase slida desarrollada por Merrifield. Si una biblioteca
combinatoria de pptidos se sintetizaron usando 20 aminocidos
del soporte slido en forma de perlas se divide en 20 porciones
iguales. Esto es seguido por acoplamiento de un aminocido
diferente para cada porcin. El tercer paso es la mezcla de todas las
porciones. Estas tres etapas comprenden un ciclo. Alargamiento de
las cadenas de pptidos se puede realizar simplemente repitiendo
los pasos del ciclo.
El procedimiento se ilustra por la sntesis de una biblioteca
dipptido usando los mismos tres aminocidos como bloques de
construccin en ambos ciclos. Cada componente de esta biblioteca
contiene dos aminocidos dispuestos en diferentes rdenes.

 Los aminocidos utilizados en los acoplamientos estn

representados por crculos de color amarillo, azul y rojo
en la figura. Flechas divergentes muestran dividiendo
resina de soporte slido en porciones iguales, las
flechas verticales significan acoplamiento y flechas
convergentes representan mezclar y homogeneizar las
partes del soporte.
La figura muestra que en los dos ciclos sintticos se
forman 9 di pptidos. En tercera y cuarta 27 ciclos de
tripptidos y tetra pptidos 81 formaran,
respectivamente.

La "sntesis dividida mix" tiene varias caractersticas sobresalientes:

Es altamente eficiente. Como la figura muestra el nmero de pptidos

formadas en el proceso de sntesis se incrementa exponencialmente con el
nmero de ciclos ejecutados. Uso de 20 aminocidos en cada ciclo sinttico el
nmero de pptidos formados son: 400, 8000, 160000 y 5200000,
respectivamente. Esto significa que el nmero de pptidos aumenta
exponencialmente con el nmero de los ciclos ejecutados.

Todas las secuencias de pptidos se forman en el proceso que puede ser

deducido por combinacin de los aminocidos utilizados en los ciclos.

Porcionado del apoyo en muestras iguales asegura la formacin de los

componentes de la biblioteca en cantidades molares casi iguales.

Slo un nico pptido se forma en cada taln del apoyo. Esta es la

consecuencia de la utilizacin de un solo aminocido en las etapas de
acoplamiento. Es totalmente desconocido, sin embargo, que es el pptido que
ocupa un cordn seleccionado.

El mtodo split-mezcla puede ser utilizado para la sntesis orgnica o de

cualquier otro tipo de biblioteca que puede ser preparado a partir de sus bloques
de construccin en un proceso paso a paso.

 3. DECONVOLUCIN Y CRIBADO:
Si una biblioteca combinatoria se escinde del soporte
slido, en la solucin resultante se encuentra una
mezcla de varios componentes. En tal solucin, se
pueden encontrar millones de diferentes compuestos.
Al principio, pareca imposible de identificar y
encontrar entre ellos los componentes que presentan
propiedades tiles. Se desarrollaron estrategias, sin
embargo, para resolver el problema si los mtodos de
deteccin apropiados estn disponibles. Todas estas
estrategias se basan en la sntesis y ensayo de
bibliotecas parciales.

 La estrategia ms temprana, el "mtodo de iteracin" se

describe en el documento mencionado de Furka notariado
en 1982 - Identificacin de la secuencia del pptido activo
consiste en la extraccin de las muestras despus de cada
etapa de acoplamiento de la sntesis antes de la mezcla.
Estas muestras se utilizan en la identificacin paso a paso
mediante el ensayo y el acoplamiento de partida en el
extremo N-terminal.
El mtodo de "barrido posicional" se basa en la sntesis y
ensayo de una serie de sub-bibliotecas en las que una
cierta posicin de la secuencia en todos los componentes
est ocupado por el mismo aminocido.

 Los componentes de bibliotecas combinatorias tambin se

pueden probar de uno en uno despus de la escisin ellos
de las perlas individuales.
Si nos ocupamos de una biblioteca bibliotecas orgnico no
peptdico no es tan simple para determinar la identidad de
el contenido de un cordn como en el caso de un un
pptido. Con el fin de eludir esta dificultad se desarrollaron
mtodos para unir a las perlas, en paralelo con la sntesis
de la biblioteca, las molculas que codifican la identidad del
compuesto formado en el taln. Las molculas unidos
pueden formar secuencias de pptidos o nucletidos o un
cdigo binario.